מאמר מחקר

פרופיל RNA-seq של בלוטות לימפה מנקזות וגרורתיות בסרטן שד HER2 חיובי מזהה את POSTN כסמן פרוגנוסטי

DOI:

10.3791/69570

⸱

16 בינואר 2026

 ,  , 
1Department of Breast Surgery, Boai Hospital of Zhongshan, 2Department of Surgery, Boai Hospital of Zhongshan

* These authors contributed equally

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אנו חושפים תוכנית ממוקדת מטריצה חוץ-תאית ו-PI3K-AKT הבסיס להפצת בלוטות לימפה בסרטן שד HER2 חיובי, ומזהים את POSTN כסמן פרוגנוזה לקויה, התומך בסטרטיפיקציה של סיכון ואסטרטגיות טיפוליות מונחות מסלול.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סרטן השד החיובי ל-HER2 הוא אגרסיבי קלינית ולעיתים קרובות מתפשט לבלוטות לימפה אזוריות, אך התוכניות הטרנסקריפטומיות הקשורות להתפשטות בלוטות נשארות לא מוגדרות במלואן. כאן, פרופילנו בלוטות לימפה מנקזות גידול (TDLN) וקשרי לימפה מעורבים בגידול גרורתי (TMLN) משש מטופלות עם סרטן שד חיובי ל-HER2 באמצעות ריצוף RNA (RNA-seq). ניתוח ביטוי דיפרנציאלי בוצע עם DESeq2, תוך שימוש בתיקון Benjamini-Hochberg (FDR < 0.05) וסף שינוי קיפול log2 מוחלט (|log2FC| ≥ 1). זיהינו 237 גנים מבוטאים באופן שונה (182 בוויסות גבוה ו-55 בוויסות נמוך ב-TMLN לעומת TDLN). ניתוחי העשרה פונקציונלית הדגישו אינטראקציה בין מטריצה חוץ-תאית (ECM) לקולטנים, איתות PI3K-AKT, הידבקות מוקדית ומטבוליזם של כולסטרול כמסלולים בולטים הקשורים לבלוטות לימפה גרורות, מה שמרמז על עיצוב מחדש מתואם של ECM והפעלה של איתות במהלך הפצת הצמתים. מבין הגנים המוסדרים ביותר, POSTN הפך למועמד מרכזי ונקשר לתכונות קליניקופתולוגיות שליליות. בקוהורט אימות עצמאי (n = 120), ביטוי POSTN גבוה יותר היה קשור להישרדות נחותה ללא מחלות. ביחד, תוצאות אלו מציבות את POSTN כסמן ביולוגי פרוגנוסטי פוטנציאלי ותומכות במנגנונים ממוקדי ECM ובמנגנונים הקשורים ל-PI3K-AKT כמאפיינים ביולוגיים ניתנים ליישום של גרורות בלוטות לימפה בסרטן שד חיובי ל-HER2.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סרטן השד (BC) הוא הסרטן המאובחן ביותר בנשים וגורם מוביל לתמותה מסרטן ברחבי העולם, עם נטל משמעותי וגובר בסין1. כ-15%-20% מהגלולות הם חיוביים ל-HER2 (HER2+), המאופיין בהגברה/ביטוי יתר של ERBB2 ופנוטיפ אגרסיבי עם סיכון גבוה יותר להישנות ומוות 2,3. למרות שטיפול מערכתי נגד HER2 שיפר משמעותית את התוצאות, חלק ניכר מהמטופלים עדיין חוזרים או מפתחים גרורות, מה שמדגיש את הצורך בסטרטיפיקציה ביולוגית לסיכונים ואפשרויות טיפוליות חדשות4.

גרורות בלוטות לימפה (LNM) היא גורם מרכזי בשלב השלבים, בחירת טיפול משני ותחזית ב-BC; מעורבות בית השחי מבשרת הישרדות נחותה ומקלה על הפצה נוספת לאיברים רחוקים 5,6. ובכל זאת, סמנים ביולוגיים חזקים שתופסים את הביולוגיה של התפשטות הצמתים במחלת HER2+ עדיין מוגבלים, והגורמים הקליניקופתולוגיים הנוכחיים מסבירים רק חלקית את ההטרוגניות בתוצאה7.

התקדמות ב-RNA-seq מאפשרת פרופילינג רחב של טרנסקריפטום בטווח דינמי גבוה, וכיום מאומצת באופן נרחב באונקולוגיה תרגומית8. עם זאת, רוב מחקרי הביטוי ב-HER2+ BC מתמקדים בגידולים ראשוניים או בקבוצות לא מזווגות, בעוד שפרופיל השוואתי של בלוטות לימפה מנקזות גידול תואמות (TDLN) ובלוטות לימפה גרורתיות (TMLN) הוא דל, מה שמגביל את התובנות לגבי תוכניות מולקולריות שמאחורי הקולוניזציה וההתקדמות של בלוטות9.

בהתבסס על החשיבות הקלינית של גרורות בלוטות הלימפה וראיות קודמות המצביעות על שינוי מטריצת חוץ-תאית (ECM) והפעלת PI3K-AKT בזריעה גרורתית10, הנחנו כי בתוך אותו מטופל, בלוטות הלימפה הגרורתיות (TMLN) יציגו תוכנית טרנסקריפטומית מובחנת בהשוואה לבלוטות הלימפה המנקזות גידולים (TDLN) תואמות, ושתת-קבוצה של גנים הקשורים ל-ECM עם ויסות גבוה בעקביות תהיה קשורה למאפיינים קליניקופתולוגיים שליליים ו סיכון חזרתיות. כדי לבדוק השערה זו, פרופילנו זוגות של TDLN ו-TMLN משישה מטופלים חיוביים ל-HER2 כדי לזהות גנים מבוטאים באופן שונה (DEGs) ומסלולים הקשורים להתפשטות צומתים. לאחר מכן נתנו עדיפות ל-POSTN והערכנו את הרלוונטיות הפרוגנוסטית שלו בקבוצה עצמאית, תוך קישור שיפוץ ECM ואיתות PI3K-AKT לבין סטרטיפיקציה קלינית מועילה לסיכון בסרטן HER2+. פרטים על הערכת HER2 (לפי קריטריוני ASCO-CAP עכשוויים), בקרת איכות ריצוף, קריאת DEG עם בקרת DESeq2 ו-Benjamini-Hochberg FDR, ונהלי אימות מסופקים כאן11,12.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה אושר על ידי ועדת האתיקה המוסדית ובוצע בהתאם להצהרת הלסינקי ולתקנות המקומיות המסדירות את השימוש בדגימות ביולוגיות אנושיות. מחקר זה אושר על ידי ועדת האתיקה של בית החולים בואאי בג'ונגשאן (KY-2020-012-124). הסכמה מדעת בכתב התקבלה מכל המשתתפים לפני כל הליך ספציפי למחקר.

קבוצות מחקר ודגימות
קבוצת הגילוי כללה רקמות זוגיות של קשרי לימפה מנקזות גידול (TDLN) ורקמות קשרית לימפה גרורתיות (TMLN) שנאספו במהלך הניתוח מ-6 מטופלות עם סרטן שד חיובי ל-HER2. עבור כל מטופל, ה-TDLN התואם הוגדר כבלוטת לימפה מנקזת ללא עדות היסטולוגית לגרורות ושימש כמשוואה לביקורת בתוך המטופל, בעוד שה-TMLN הייתה רקמה גרורתית מאושרת על ידי פתולוגיה. רקמות טריות נשטפו לזמן קצר בתמלח קר עם בופר זרחן (PBS), טושטפו ייבוש, הוקפאו בחנקן נוזלי תוך 30 דקות מהכריתה, ונשמרו בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס עד ההוצאה. קריטריוני ההכללה היו קרצינומה פולשנית מאושרת פתולוגית, מצב HER2 חיובי לפי ASCO/CAP, זמינות של קשרים זוגיים, וללא טיפול נאואדג'ובנטי. קריטריוני ההדרה היו מספר שלמות רקמה או RNA לא מספק < 7.0. דגימה אחת שנבדקה בתחילה נכשלה בקרת איכות עקב RIN < 7.0 ונפסלה, כך שכל ניתוחי הגילוי משתמשים בעקביות ב-n = 6. קבוצת האימות העצמאית כללה 120 דגימות ארכיוניות של קשרי לימפה FFPE עם מעקב קליני ושימשה לניתוח qRT-PCR ותוצאות. למודלים פרוגנוסטיים, המטופלים הושוו לפי קבוצות ביטוי POSTN (גבוה לעומת נמוך, כאשר נקודת חיתוך נקבעה על ידי אריח X), כאשר קבוצת הנמוך שימשה כמשוואה ייחוס. מקרים עם מעקב חסר או משתנים לא שלמים הוצאו מהמודלים הפרוגנוסטיים.

נימוק גודל המדגם (גילוי ואימות)
שלב הגילוי השתמש בעיצוב TDLN-TMLN זוגי כדי למקסם את הניגודיות בתוך המטופל ולהפחית שונות בין-אישית, תוך שליטה בריבוי ב-FDR = 0.05. עבור קבוצת האימות (n = 120), ביטוי POSTN חולק בנקודת החיתוך שנקבעה על ידי אריח X (גבוה/נמוך = 40/80). בהינתן 48 אירועי הישרדות ללא מחלה (DFS) ו-α = 0.05, הערכה של שונפלד מצביעה על ≥-80% כוח לזהות יחסי סיכון קליניים רלוונטיים של כ-HR ≥ 2.3 בהקצאה שווה; זה תואם את גודל ההשפעה הנצפה (HR = 2.31, רווח סמך 95% 1.41-3.77).

הגדרת חיוביות HER2
החיוביות ל-HER2 התקיימה לפי קריטריוני ASCO/CAP 13 העכשוויים: אימונוהיסטוכימיה (IHC) 3+ המוגדרת כצביעת ממברנה אחידה ואינטנסיבית ב->10% מתאי הגידול, או כהגברת היברידיזציה במיקום (ISH) המוגדרת כיחס HER2/CEP17 ≥2.0 עם ממוצע מספר עותק HER2 ≥4.0 אותות לכל תא. תוצאות IHC 2+ עברו ISH רפלקסי עם ספירה עיוורת של ≥20 תאי גידול פולשים לאישור מצב הגברה.

עיבוד רקמות ובידוד RNA
כל ההליכים בוצעו על קרח אלא אם צוין, תוך שימוש בחומרים מתכלים ללא RNase. לכל דגימה עם ≤ 100 מ"ג רקמה, בוצעה הומוגניזציה ב-1 מ"ל של תגובת חומצה גואנידיניום תיוציאנאט-פנול-כלורופורם (AGPC), ולאחר מכן נוספה 200 מיקרוליטר כלורופורם עם ערבוב אינטנסיבי של 15 שניות ודגירה בטמפרטורת החדר למשך 2-3 דקות. הפרדת פאזה הושגה באמצעות צנטריפוגציה בעוצמה של 12,000 x גרם למשך 15 דקות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס. השכבה המימית הועברה לאחר מכן לצינור טרי, וה-RNA הושקע ב-500 מיקרו ליטר איזופרופנול לאחר דגירה של 10 דקות בטמפרטורת החדר. הפלטה הושלמה בטמפרטורה של 12,000 x גרם למשך 10 דקות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס. הכדור נשטף עם 1 מ"ל של 75% אתנול וצנטריפוגה בטמפרטורה של 7,500 x גרם במשך 5 דקות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס, יובש באוויר במשך 5-10 דקות, ומומס במים ללא RNase. נעשה שימוש בעיכול DNase I בעמודה כאשר חשד היה העברת DNA גנומי. נקודות ביקורת ויזואליות כללו הפרדה ברורה בשלב לאחר הפקת כלורופורם וכדור שקוף שלם לאחר שקיעת איזופרופנול. פתרון הבעיות כלל חזרה על שטיפת האתנול ליחסי A260/230 נמוכים והארכת המשקעים או הבטחת קירור במהלך הפלט לתפוקות נמוכות.

בקרת איכות RNA
כימות השתמש בספקטרופוטומטריה לניטור A260/280 ו-A260/230 עם מטרות סביב 1.8-2.1, בתוספת מדידה פלואורומטרית לדיוק. השלמות נבדקה במערכת אלקטרופורזה מיקרופלואידית ונדרשה RIN ≥ 7.0. שיאי rRNA מובחנים של 18S/28S והיעדר ממרח DNA גנומי שימשו כקריטריונים לקבלה; דגימות שנכשלו בסף נלקחו מחדש או הוצאו מהדרך.

הכנה לספרייה
ספריות mRNA סטרנד נבנו עם בחירת poly(A) ל-RNA שלם, בעוד שהותר דלדול rRNA עבור קלטים שהתדרדרו חלקית. הקלט הטיפוסי היה ≥ 1 מיקרוגרם RNA בסך הכל לכל ספרייה. הפיצול בוצע בטמפרטורה של כ-94 מעלות צלזיוס במשך 8 דקות; סינתזת cDNA של גדיל ראשון בטמפרטורה של 50 מעלות צלזיוס למשך 50 דקות; סינתזה של גדיל שני ב-16 מעלות צלזיוס למשך 60 דקות; קשירת מתאם ב-20 מעלות צלזיוס למשך 15 דקות; והגברת PCR השתמשה ב-10-12 מחזורים מותאמים כדי למנוע הגברה יתר. הניקויים השתמשו ביחס חרוזים בסביבות 0.8x-1.0x, וההתפלגות הצפויה של גודל הספרייה הייתה 300 bp, כולל מתאמים. איכות הספרייה אושרה באמצעות אלקטרופורזה מיקרופלואידית; זיהום מתאמ-דימר הוביל לניקוי מחמיר יותר, ופיזורי גודל רחבים מדי תוקנו על ידי קיצור מתון של פיצול.

רצף
הספריות המדוברות סודרו במצב זוג של 150 bp (PE150), במטרה ל-30 מיליון זוגות קריאה לכל ספרייה. איכות הריצה דרשה Q30 ≥ 90% וצפיפויות אשכולות יציבות עם הטיית נתיבים מינימלית. הספריות היו אקראיות בין נתיבים כדי לצמצם את אפקטי האצווה, והפעילו רשומות, תיעודי הקצאות נתיבים וכל בקרת סנטינל ששימשה למעקב אחר זיהום צולב.

ניתוח חישובי וביטוי דיפרנציאלי
ניתוחים נערכו ב-R (v4.3.2) על לינוקס. איכות הקריאה הגולמית הוערכה באמצעות FastQC (v0.11.9). חיתוך מתאם ואיכות בוצעו באמצעות fastp (v0.23.4) באמצעות זיהוי אוטומטי של מתאמים, חיתוך חלון מחליק (גודל חלון 4 בסיס; ממוצע Phred Q ≥ 20), אורך קריאה מינימלי של 50 בסיס, וגזירת פולי-G כאשר זוהו כימיקלים רלוונטיים. הקריאות הותאמו לגנום הייחוס GRCh37/hg19 באמצעות HISAT2 (v2.2.1) עם פרמטרי גדיליות מתאימים לספרייה ואינדקסים ידועים לאתרי חיבור. ספירות ברמת הגנים נוצרו באמצעות featureCounts (Subread v2.0.3) מול GENCODE v19 באמצעות ספירה זוגית, טיפול בקריאה כימרית, הגדרות מודעות למפות מרובות ודגל הסטרנד הנכון. גנים עם ספירה נמוכה סוננו על ידי דרישה לספירה ≥ 10 לפחות בשלוש דגימות. ניתוח ביטוי דיפרנציאלי (DE) בוצע באמצעות DESeq2 (v1.40.2) תחת עיצוב זוגי (design = ~ pair + condition) להשוואה בין TMLN ל-TDLN, עם נרמול ברירת מחדל של גורמי גודל והתכווצות שינוי קיפול log2 באמצעות apeglm. יוצאי דופן פוטנציאלי הוערך לפי מרחק של קוק. ריבוי הטרנסקריפטום נשלט באמצעות קצב הגילוי השקרי של בנג'מיני-הוכברג (FDR). המובהקות הוגדרה כ-FDR < 0.05 וסף שינוי קיפול מוחלט של log2 (|log2FC|) ≥ 1. המסגרת השלילית-בינומית של DESeq2 מספקת מודלים מתאימים של שונות ממוצעת לנתוני ספירה ומייצבת הערכות שינוי קיפול בקבוצות קטנות עד בינוניות. כניתוחי רגישות, הרצנו מחדש בדיקות DE באמצעות edgeR ו-limma-voom עם אותם קריטריוני סינון וספי FDR, שהניבו אותות מדורגים גבוהים תואמים שתמכו בעמידות של אפשרויות הניתוח העיקריות.

העשרה פונקציונלית (GO ו-KEGG)
אנוטציה פונקציונלית בוצעה ב-R באמצעות clusterProfiler (v4.8.3). DEGs מוסדרים בפיקוח גבוה ולמטה נותחו בנפרד. מזהי גנים מופו ל-Entrez Gene IDs (אורגניזם: Homo sapiens) לפני ההעשרה. העשרת אונטולוגיית גנים (GO) בוצעה באמצעות enrichGO (OrgDb: org. Hs.eg.db; ONT = BP/CC/MF; pAdjustMethod = "BH"; pvalueCutoff = 0.05; qvalueCutoff = 0.05), והעשרת מסלול KEGG בוצעה באמצעות enrichKEGG (אורגניזם = "has"; pAdjustMethod = "BH"; pvalueCutoff = 0.05; qvalueCutoff = 0.05). יקום הרקע הוגדר ככל הגנים המובעים שנשמרו לאחר סינון בספירה נמוכה בניתוח DE. מונחים מועשרים עברו סינון נוסף כדי לשמור על מערכי גנים עם 10-500 גנים עם הערות (minGSSize = 10; maxGSSsize = 500). ויזואליזציות נוצרו באמצעות ggplot2 (v3.5.1) ו-ComplexHeatmap (v2.16.1), כולל גרפים של יחס גנים וערכי -log10 (P מותאם); המונח "מסלולי תגובה חיסונית" מתייחס למודולי GO מאוזנים המכסים עיבוד והצגת אנטיגן, איתות אינטרפרון והפעלת לימפוציטים.

חקירת מסד נתונים חיצוני
גנים מועמדים נבדקו במשאבים חיצוניים כדי לספק הקשר אורתוגונלי. הבעה בין גידול ל-mRNA נורמלי נבדקה באמצעות GEPIA2 (v2.0) עם דגימות TCGA של קרצינומה פולשנית לשד (TCGA-BRCA) בהשוואה לרקמות שד תקינות (תקינים ב-GTEx/TCGA, לפי הזמינים). ערכי ביטוי שדווחו על ידי GEPIA2 (log2[TPM+1]) ומסגרת הבדיקה הסטטיסטית המוגדרת כברירת מחדל להשוואות קבוצות שימשו ליצירת תרשימי קופסה וערכי P לכל גן שנשאל. המיקום ברמת החלבון הוערך באמצעות אטלס החלבון האנושי (HPA) על ידי סקירת תמונות ואינטוציות של אימונוהיסטוכימיה מאטלס הרקמות והאטלס הפתולוגי לרקמת השד/סרטן, ורישום עוצמת הצביעה המדווחת ומחלקת התאים (למשל, סטרומלי מול אפיתלי) כאשר זמינים.

אימות qRT-PCR
רקמות קשרי לימפה עצמאיות עובדו כפי שצוין לעיל כדי להפיק RNA מלא, ו-cDNA סונתז מ-1 מיקרוגרם RNA בתגובות שעתוק הפוך של 20 מיקרוליטר. PCR כמותי בזמן אמת (qRT-PCR) בוצע באמצעות כימיה מבוססת SYBR, כאשר כל תגובה הכילה 1x תערובת מאסטר ו-0.2-0.4 מיקרומטר מכל פריימר. ספציפיות הפריימר אושרה על ידי פרופילי עקומת התכה חד-שיאית, ויעילות ההגברה הוערכה באמצעות עקומות סטנדרטיות בסדרת דילול, עם יעילות מקובלת שהוגדרה כ-90%-110%. כל דגימה נבדקה בשלושה עותקים טכניים; נדרשו שכפולים לעמוד בסף מחזור-מחזור (Ct) SD ≤ 0.3. ביטוי הגנים נורמל ל-GAPDH (או לגן ייחוס מאומת אחר, כאשר רלוונטי), והביטוי היחסי חושב באמצעות שיטת 2^-ΔΔCt. הנורמליות הוערכה באמצעות מבחני שפירו-וילק; השוואות בין קבוצות השתמשו במבחני t דו-צדדיים עבור נתונים תקינים בקירוב או במבחני Mann-Whitney U בדרך אחרת.

ניתוח פרוגנוסטי במחזור האימות
ההישרדות ללא מחלות (DFS) הייתה נקודת הסיום העיקרית וחושבה מתאריך הניתוח ועד לאירוע ההישנות המתועד הראשון או המעקב האחרון (מצונזר). לניתוח הראשוני, ביטוי POSTN הועבר לדיכוטומיה בנקודת החיתוך שנקבעה על ידי אריח X (גבוה מול נמוך = 40/80); ניתוחי רגישות השתמשו בנקודות חיתוך חלופיות כמו שלישיות. עקומות קפלן-מאייר ומבחני דירוג לוגריתם שימשו להשוואות חד-משתנים. מודלים מרובי משתנים של סיכונים פרופורציונליים של Cox התאימו להערכת יחסי סיכון (HRs) ורווחי ביטחון של 95%, תוך התאמת גיל, גודל הגידול, מצב נודלי, דרגת היסטולוגיה ומצב הקולטנים. הנחת הסיכונים הפרופורציונליים הוערכה באמצעות שאריות שונפלד, הקולינאריות נבדקה באמצעות גורמי שונות-אינפלציה, ותצפיות משפיעות הוערכו באמצעות dfbetas. ניתוחי מקרה מלאים בוצעו לאחר החרגת מקרים עם משתני מעקב חסרים או משתנים לא שלמים, כפי שתואר לעיל.

סטטיסטיקות כלליות ודיווח
אלא אם צוין אחרת, הנתונים מסוכמים כממוצע ± SD או חציון (IQR), משתמשים במבחנים דו-צדדיים, ו-p < 0.05 נחשבים למובהק סטטיסטית. לניתוחים והעשרה רחבי הטרנסקריפטום, הריבוי נשלט באמצעות BH-FDR, וגודל ההשפעה מלווה בטווחי ביטחון של 95% כאשר הדבר אפשרי.

בטיחות וסילוק פסולת
תגובות פנול-גואנידיניום וממסים אורגניים טופלו במכסה אדים מוסמך עם שכבות מעבדה, כפפות ניטריל והגנה מפני התזות. הפסולת האורגנית וההלוגנית הופרדו למכלים מסומנים והושלכו בהתאם למדיניות המוסדית. הפסולת הביולוגית עברה אוטוקלף או חיטוי כימי לפני ההשלכה, ומשטחים וכלים נוקו בתמיסות משביתות RNase. סיכונים ספציפיים לראגנט כמו קורוזיביות ורעילות תועדו בנהלי מעבדה ונצפו בכל ההליכים.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

קוהורטות ומאפיינים קליניקופתולוגיים
קבוצת הגילוי כללה 6 דגימות TDLN/TMLN זוג, וקוהורט האימות כלל 120 דגימות ארכיון של בלוטות לימפה עם מעקב לאורך זמן. המאפיינים הקליניים-פתולוגיים הבסיסיים של שתי הקבוצה, כולל גיל, גודל הגידול, דרגה, מצב הקולטנים ומצב הצומת, מסוכמים בטבלה 1.

איכות ריצוף ומבנה נתונים גלובלי
כל 12 ספריות הגילוי השיגו ממוצע של כ-30 מיליון זוגות קריאה לכל דגימה, כאשר Q30 ≥ 90% ושיעורי המיפוי > 85%. ניתוח רכיבים עיקריים של ס...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סרטן השד החיובי ל-HER2 מאופיין בפולשניות מוגברת, גרורות תכופות בבלוטות הלימפה (LNM) ותוצאות נחותות למרות הטיפול המערכתי המודרני15. גורמים קליניים-פתולוגיים קונבנציונליים מסבירים רק חלקית את הפרוגנוזה בתת-סוג זה, ומשאירים פער לסמנים מבוססי ביולוגיה שלוכדים את הסיכון להתפשטות נודלים16. על ידי פרופיל השוואתי של בלוטות לימפה מנקזות גידול (TDLN) וקשרי לימפה גרורתיות (TMLN) תואמים עם RNA-seq, זיהינו 237 גנים מבוטאים באופן שונה (DEGs) המת...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים הצהירו שאין ניגודי עניינים בעבודה זו.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

עבודה זו נתמכה על ידי פרויקטי מחקר רפואי של לשכת הבריאות והרווחה העירונית של ג'ונגשאן (2021J452).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
ביואנלייזר2100-BAאגילנט, ארה"בציוד להערכת שלמות ה-RNA ובקרת איכות.
DESeq2לא זמיןR ביו-קונדוקטורתוכנת ניתוח ביטוי דיפרנציאלי לנתוני RNA-seq.
תוכנת FastQCלא זמיןבברהם ביואינפורמטיקהתוכנת בקרת איכות לנתוני RNA-seq להערכת איכות רצפים.
קו התאים HEK293ATCC-CRL-1573ATCC, ארה"בקו תאי הכליה העובריים האנושיים המשמש לניסויי טרנספקציה.
ערכת qRT-PCR4385616תרמופישר, ארה"בערכת PCR כמותית לאימות ביטוי גנים.
ערכת חילוץ RNA74204קיאגן, גרמניהערכת חילוץ RNA המשמשת לבידוד RNA איכותי מדגימות רקמה.
ערכת ריצוף RNARS-122-2001אילומינה, ארה"בערכת הכנת ספריית RNA לריצוף דגימות RNA.
פלטפורמת ריצוףNovaSeq 6000אילומינה, ארה"בפלטפורמת ריצוף RNA בתפוקה גבוהה לריצוף ספריות RNA.
ציוד הקפאת רקמותTFE-300תרמו פישר, ארה"בציוד להקפאת דגימות רקמה בחנקן נוזלי.
מדחום תמפני55678-TTתרמוסיינס, יפןמדחום מדויק המשמש למדידת טמפרטורת גוף.

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Han, B., et al. Cancer incidence and mortality in China, 2022. J Natl Cancer Cent. 4 (1), 47-53 (2022).
  2. Schettini, F., et al. Clinical, pathological, and PAM50 gene expression features of HER2-low breast cancer. NPJ Breast Cancer. 7 (1), 1(2021).
  3. Vahed, S. Z., et al. Introducing effective genes in lymph node metastasis of breast cancer patients using SHAP values based on the mRNA expression data. PLoS One. 19 (8), e0308531(2024).
  4. Lee, J. J., Ng, K. Y., Bakhtiar, A. Extracellular matrix: unlocking new avenues in cancer treatment. Biomark Res. 13 (1), 78(2025).
  5. Kim, G., et al. Differentially expressed genes in matched normal, cancer, and lymph node metastases predict clinical outcomes in patients with breast cancer. Appl Immunohistochem Mol Morphol. 28 (2), 111-122 (2020).
  6. Xu, K., et al. Single-cell RNA sequencing reveals cell heterogeneity and transcriptome profile of breast cancer lymph node metastasis. Oncogenesis. 10, 66(2021).
  7. Chung, Y., Chu, J., Do, S. I., Kim, H. S. Spatial transcriptomic profiling reveals gene expression characteristics in lymph node-positive breast carcinoma. Anticancer Res. 44 (8), 3381-3395 (2024).
  8. Nazemi, M., et al. The extracellular matrix supports breast cancer cell growth under amino acid starvation by promoting tyrosine catabolism. PLoS Biol. 22 (1), e3002406(2024).
  9. Karamanos, N. K., Piperigkou, Z., Gourdoupi, C., Mangani, S. Extracellular matrix matters: matrix-based bioscaffolds in advancing translational cancer research and targeted therapy. Am J Physiol Cell Physiol. 328 (6), C1957-C1963 (2025).
  10. Lin, Y., et al. Identification of potential key genes for HER-2 positive breast cancer based on bioinformatics analysis. Medicine (Baltimore). 99 (1), e18445(2020).
  11. Lee, C. K., et al. Tumor metastasis to lymph nodes requires YAP-dependent metabolic adaptation. Science. 363 (6427), 644-649 (2019).
  12. Sleeboom, J. J., et al. The extracellular matrix as hallmark of cancer and metastasis: from biomechanics to therapeutic targets. Sci Transl Med. 16 (728), eadg3840(2024).
  13. Wolff, A. C., et al. Human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer: ASCO-College of American Pathologists guideline update. J Clin Oncol. 41 (22), 3867-3872 (2023).
  14. Null, J. L., et al. Periostin+ stromal cells guide lymphovascular invasion by cancer cells. Cancer Res. 83 (13), 2105-2122 (2023).
  15. Conway, S. J., et al. The role of periostin in tissue remodeling across health and disease. Cell Mol Life Sci. 71 (7), 1279-1288 (2014).
  16. Ubellacker, J. M., et al. Lymph protects metastasizing melanoma cells from ferroptosis. Nature. 585 (7823), 113-118 (2020).
  17. Xian, Y., Wang, L. Periostin: a matricellular protein with a multifaceted role in tumorigenesis. Int J Mol Med. 56 (6), 229(2025).
  18. Bozkul, G., Celik, S. S., Arslan, H. N. Nursing interventions for the self-efficacy of ostomy patients: a systematic review. J Tissue Viability. 33 (2), 165-173 (2024).
  19. Nenclares, P., Harrington, K. J. The biology of cancer. Medicine (Baltimore). 48 (2), 67-72 (2020).
  20. Wasik, A., Ratajczak-Wielgomas, K., Badzinski, A., Dziegiel, P., Podhorska-Okolow, M. The role of periostin in angiogenesis and lymphangiogenesis in tumors. Cancers (Basel). 14 (17), 4225(2022).
  21. Xu, L., et al. A comprehensive single-cell breast tumor atlas defines epithelial and immune heterogeneity and interactions predicting anti-PD-1 therapy response. Cell Rep Med. 5 (5), 100460(2024).
  22. De Oliveira Macena, Y., et al. The roles of periostin derived from cancer-associated fibroblasts in tumor progression and treatment response. Cancer Metastasis Rev. 44 (1), 11(2025).
  23. Brasó-Maristany, F., et al. Gene expression profiles of breast cancer metastasis according to organ site. Mol Oncol. 16 (1), 69-87 (2022).
  24. Englander, K., et al. Factors influencing lymph node positivity in HER2/neu+ breast cancer patients. Curr Oncol. 30 (3), 2825-2833 (2023).
  25. Wu, T., et al. Matrix stiffening facilitates the collective invasion of breast cancer through the periostin-integrin mechanotransduction pathway. Matrix Biol. 121, 22-40 (2023).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

RNAPOSTNPI3K AKT

מאמרים קשורים