$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
בשנים האחרונות נרשמו שיפורים משמעותיים בתוצאות הקליניות של ממאירות לימפואידיות, דבר שהוביל לחיפוש אחר סמנים חלופיים המסוגלים לנבא נקודות קצה של הישרדות בשלב מוקדם יותר ולהאיץ את הערכתם של טיפולים חדשים20. מטה-אנליזה מקיפה שכללה 8,098 מטופלים איששה מחדש את הערך הפרוגנוסטי החזק של MRD שלילי בשיפור ההישרדות לטווח ארוך בקרב חולי MM21. יתרה מכך, ארגונים מחדש של BCR ו-TCR הוכרו כסמנים קריטיים לאבחנה ולמעקב MRD, המנחים את קבלת ההחלטות הטיפוליות בממאירות של מערכת הלימפה22.
ראיות גוברות תומכות בעליונותה של הערכת קלונליות של BCR/TCR מבוססת NGS על פני בדיקות MFC ובדיקות מבוססות PCR, במיוחד כאשר זמינים דגימות DNA בכמות מספקת. NGS מציעה רגישות גבוהה יותר וסטנדרטיזציה פשוטה יותר10,23,24,25,26 וזוהתה כגורם פרוגנוסטי חזק הן עבור PFS והן עבור הישרדות כוללת בתחילת טיפול תחזוקה27.
במחקר זה, פיתחנו את הבדיקה מבוססת ה-NGS, אשר מראה שיעור זיהוי חיובי העולה על 90% עבור קלונליות של BCR ו-TCR במalignancies לימפואידיים. ה-LOD של הבדיקה מוערך בין 1 ל-2 תאים ממאירים עבור בדיקות קלונליות של BCR ו-TCR, רמה הדומה לרגישות הגבוהה של בדיקת clonoSEQ עם LOD של 1.903 תאים ממאירים16. צפינו ליניאריות עם שיפועים מוערכים הנעים בין 0.93 ל-1.06 על פני תדירויות קלונליות מ-1 עד 10-6, מה שמעיד על פרופורציונליות חזקה בין התדירויות הקלונליות שנצפו לאלו שהיו צפויות. לאחר ביסוס שיטות זיהוי סטנדרטיות והשלמת תיקוף מעבדתי, ביצענו תיקוף קליני כדי להבטיח את התאמת הבדיקה לניטור MRD קליני.
מחקר זה חשף התאמה של 81.36% (48/59) בין הבדיקה המבוססת על NGS לבין MFC. שתי השיטות הדגימו רגישות של 100% בזיהוי תאי גידול במקרים המאובחנים מחדש או במקרי הישחעות. עבור ניטור לאחר טיפול, לא מצאנו מתאם מובהק בין סטטוס MRD שהוערך באמצעות MFC לבין PFS, ככל הנראה בשל גודל המדגם המוגבל. כתוצאה מכך, ביצענו ניתוח מקיף של כל המקרים.
מבין 18 המטופלים שזוהו כחיוביים ל-MRD בשתי השיטות, תוצאות ה-MRD תאמו את הערכות התגובה הקלינית. תשעה ממטופלים אלה חוו PD או הישנות, ארבעה הגיעו ל-SD, ארבעה הגיעו ל-PR, ואחד נפטר. הדבר מרמז כי עבור מטופלים שנמצאו חיוביים ל-MRD בשתי השיטות, נצפה כמעט תמיד PD או הישנות. נתונים אלה מצביעים על כך שחיוביות ל-MRD הן בבדיקות NGS והן בבדיקות MFC משקפת בעיקר יעילות מוגבלת או פרוגנוזה גרועה במטופלים אלו. מתוך 11 המטופלים שנמצאו חיוביים ל-MRD ב-NGS אך שליליים ל-MRD ב-MFC, 36.36% לא הגיעו ל-CR. ממצאים אלה מדגישים את יכולתה של NGS לגלות MRD בתדרים הנעים בין 10-2 ל-10-6, גם עם דגימות שיוריים מוגבלות, בעוד ש-MFC נכשלה בגילוי MRD בחלק מהמקרים. הדבר תומך עוד יותר ברגישות ובסגוליות הגבוהות יותר של NGS בזיהוי MRD בהשוואה ל-MFC.
מחקרים קודמים הדגימו כי סטטוס MRD המוערך באמצעות MFC הוא מנבא חזק של PFS והישרדות כוללת בחולי MM, דבר המדגיש את חשיבות הניטור של MRD בהכוונה של החלטות טיפוליות ובהערכת הפרוגנוזה לאחר השתלת תאי גזע אוטולוגית28. התוצאות המוצגות כאן מדגישות עוד יותר את המשמעות של בדיקות NGS, כפי שניתן לראות בשני מקרים (מטופלים 11 ו-14) שבהם המטופלים נבחנו כ-MRD-negative ב-MFC אך כ-MRD-positive ב-NGS. חשוב לציין כי הפסקת הטיפול במקרים כאלה עלולה להוביל לסיכון להישנות, דבר המדגיש את הצורך בהערכה קפדנית של התגובה לטיפול כאשר נצפית אי-התאמה בתוצאות ה-MRD.
מחקר זה שובר את התלות של שיטות NGS ו-MFC קיימות בדגימות שאיבת מח עצם טריות או בתאים קפואים, ובפעם הראשונה, מתקף באופן שיטתי שמשטחי מח עצם שאריתיים, שצבעו עבורם הליך צביעה, אשר נותרו לאחר האבחנה השגרתית, יכולים לשמש כחומר מוצא מהימן לגילוי MRD ברגישות גבוהה. הדבר נותן מענה ישיר לפערים הקליניים והמתודולוגיים הבאים: (1) הוא נמנע מהצורך לשאוב נפחים גדולים של נוזל מח עצם לצורך ניטור MRD, במיוחד בחולים קשישים או באלו שדגימה מהם היא קשה; (2) הוא מאפשר ניתוח רטרוספקטיבי של משטחים מאוחסנים, ובכך ממנף משאבים פתולוגיים קיימים כדי לבסס ראיות פרוגנוסטיות מבוססות MRD בקוהורטות היסטוריות; ו-(3) עם רגישות גילוי של 10-5-10-6, הוא עולה בהרבה על MFC קונבנציונלי (בדרך כלל 10-4-10-5) ועוקף את התוצאות השליליות השגויות הנגרמות מבעיות באיכות הדגימה ב-MFC, ובכך מספק כלי להערכת MRD מבוסס DNA וניתן למעקב עבור הפרקטיקה הקלינית.
זוהו מספר שלבים קריטיים להבטחת ההצלחה והמהימנות של הבדיקה. גירוד עדין של שאריות המריחות, ולאחריו יישום מיידי של בופר, היו חיוניים להשגת תבואת gDNA נאותה. נדרשה כמות מדויקת של DNA קלט (100 ng לתגובה, בטווח של ±10%) כדי למנוע נשירה של אללים (allele dropouts) או הגברה מוטה. איסוף אקו-מולרי של תוצרים עם ברקוד (2 nM) תרם לעומק ריצוף אחיד, ויישום עקבי של ספי סביב בביואינפורמטיקה (שכיחות קלונלית של ≥10% בעת האבחנה ו-≤5% אי-התאמות למעקב) סייע במניעת זיהויי MRD חיוביים שגויים. בנוסף, הוכנסו מספר שינויים לפרוטוקול הסטנדרטי כדי לטפל בבעיות ניסיוניות נפוצות. כאשר ריכוז הספרייה הסופי ירד מתחת ל-5 nM, נוסף בזהירות סבב שני של PCR עם 2–4 מחזורים נוספים כדי למנוע הטיות עקב הגברה יתר. עבור דגימות שבהן מעקב קלונלי נכשל עקב אי-התאמות מרובות (>5%), עודכן מאגר הנתונים IMGT הייחוס, וסובלנות אי-ההתאמה הורחבה זמנית ל-8% לצורך ניתוח גישוש, אם כי 5% נותר רף החיתוך הסטנדרטי לדיווח קליני. אם עומק הריצוף ירד מתחת ל-50,000 קריאות לדגימה, בוצעו איסוף מחדש וריצוף מחדש ללא חזרה על שלב ה-PCR.
בסך הכל, תיקוף זה מהעולם האמיתי מוכיח שדגימות שאריות של משטח מחול מח uczni המוח במיטבן מספקות תוצאות בדיקה עקביות ואמינות במגוון הגדרות טיפוליות. באזורים עם מצב כלכלי לקוי, שבהם ביופסיית מחול מח uczni מוח ו-MFC מבוצעות באופן שגרתי במקום NGS, הממצאים מצביעים על כך שניתן לשקול NGS להמשך הערכה מולקולרית כאשר התוצאות הראשוניות הן שליליות. שימוש בדגימות שאריות הוא הולם במצבים אלה, שכן הוא מבטל את הצורך בשאיבת מחול מח uczni מוח חוזרת, ובכך מפחית את העומס על המטופל.
בעוד שהמחקר המתמשך שלנו בעולם האמיתי שואף להגדיל את גודל המדגם לצורך ניתוחים נוספים, אנו מכירים במספר מגבלות. תוצאות שגויות שליליות עלולות להתרחש, במיוחד כאשר תכולת ה-DNA שחולצה אינה מספיקה, כפי שנצפה בזיהוי ה-MRD השני עבור חולה 10. בנוסף, הפרופורציה של השיבוטים שזוהו על ידי NGS מושפעת מכמות התאים, מה שעלול להוביל להערכת יתר של פרופורציות תאי ה-MRD. התיקוף מתמקד בעיקר בדגימות מחולש הגרם. עם זאת, המשמעות ארוכת הטווח של NGS-MRD טמונה במעקבים מרובים לאחר הטיפול, שבהם דם פריפריאלי עשוי להיות מתאים יותר. תיקוף של דגימות דם פריפריאלי טרם בוצע. בהתחשב במספר המוגבל של דגימות תיקוף קליניות, גיוס מקרי של חולים והגישות הטיפוליות המגוונות במחקר זה בעולם האמיתי, איסוף דגימות MRD רצופות התגלה כאתגר. כתוצאה מכך, התמקדנו בהערכת המשמעות של תגובות MRD מוקדמות ביחס להתקדמות מאוחרת, ולא יכולנו להדגים את ההשפעה של סטטוס MRD מתמשך על תוצאים ארוכי טווח. יתרה מכך, NGF לא נכלל בניתוח ההשוואתי. למרות ש-NGS ו-MFC קונבנציונלי הושוו באופן שיטתי, NGF, כאחת משתי שיטות ה-MRD המומלצות על ידי IMWG (השנייה היא NGS), היה מספק תובנה נוספת לגבי ביצועי הבדיקה. בנוסף, גודל המדגם קטן יחסית (n = 40), והקוהורט הוא הטרוגני וכולל ממאכרים המטולוגיים שונים. מחקרים רב-מרכזיים רחבי היקף בעתיד, שישלבו NGF ויתמקדו בממאירות אחת, כגון מיילומה נבובת, נדרשים כדי לאשר ולהרחיב את מסקנותינו.
לאחר שביצענו אפיון יסודי ותיקוף של ביצועי בדיקת הכלונליות של BCR/TCR המבוססת על NGS, הדגמנו כי לבדיקה זו פוטנציאל לשמש כשיטה רגישה, מדויקת ומעשית לכימות ומעקב אחר MRD בדגימות של מריחות מוח עצם שיוריים מחולי MM.