הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר שיטה

ניתוחים מורפומטריים של צורה: ארגז כלים לתוכנת ניתוח לכימות צורת קרניופנים בדגי זברה

929 צפיות

⸱

DOI:

10.3791/70345

⸱

27 בפברואר 2026

 ,  ,  , 
1Department of Biochemistry and Molecular Genetics, Alcohol Research Center, University of Louisville, 2Department of Pediatrics, Section of Developmental Biology, University of Colorado School of Medicine, Anschutz Medical Campus

במאמר זה

סיכום

עבודה זו מתארת פרוטוקול לכימות צורת הסחוס הקרניופציאלי באמצעות תוכנה חופשית (tpsDigs2, MorphoJ ו-PAST) למדידת שינויים במבנה הפנים של זחלי דגי זברה.

תקציר

הפרעות ספקטרום האלכוהול העוברי (FASD) מאופיינות במגוון מוגבלויות פיזיות, קוגניטיביות והתנהגותיות הנגרמות מחשיפה לאתנול טרום-לידתית, כולל אלו המשפיעות על שלד הפנים. לוקוסים גנטיים רגישים לאתנול תורמים לרמת השונות הגבוהה הזו ב-FASD, מה שמסבך את ניתוחי צורת הפנים. כבר הראינו בעבר שניתן לנתח את השינויים הללו בצורת הפנים כתוצאה מאינטראקציות בין גנים לאתנול בדגי זברה. דגי זברה הם מודל אידיאלי לניתוח שונות זו ממספר סיבות; (i) 70% מהגנים הם אורתולוגיים בין בני אדם לדגי זברה; (ii) הפריה חיצונית מאפשרת לחוקרים לשלוט בתזמון ובמינון של טיפולי אתנול; (iii) מבנה השלד של פניהם נשמר על ידי חולייתנים; (iv) זחלים שקופים מאפשרים צפייה ישירה בשינויים במבנה השלד הקרניופציאלי במהלך ההתפתחות. עם זאת, ניתוח צורת שלד הקרניופציאלי יכול להיות קשה להערכה מלאה באמצעות מדידות ליניאריות פשוטות, שכן הן אינן תופסות שינויים כלליים בצורה. בנוסף, שינויים בגודל הראש עלולים להקשות על פרשנות הנתונים. כדי להתמודד עם זה, נקטנו בגישה מורפומטרית, שבה ניתחנו את צורת הפנים הכוללת באמצעות ניתוחי רכיבים עיקריים באמצעות תוכנה חינמית, tpsDigs2, MorphoJ ו-PAST. השילוב של תוכנה זו מאפשר השוואה זוגית של מורפולוגיית הפנים הכוללת. כאן, אנו מתארים את הגישה והניתוח שלנו של צורת הפנים במוטנטים של דגי זברה שטופלו באתנול, תוך שימוש בתוכניות אלו לביצוע סדרת ניתוחים סטטיסטיים משלימים רב-משתניים.

מבוא

הפרעות ספקטרום האלכוהול העוברי (FASD) מאופיינות במגוון רחב של ליקויים התפתחותיים, כולל התנהגותיים, נוירולוגיים ופיזיים 1,2. בין הפגמים הפיזיים הללו נכללים ליקויים קרניופציאליים, כגון היפופלזיה של הלסת 3,4,5,6. בעוד שמועד ומינון החשיפה לאתנול תורמים לאתיולוגיה המורכבת של FASD, התרומה הגנטית ממלאת תפקיד משמעותי באטיולוגיה של FASD 6,7,8,9,10,11,12. שילוב זה של גורמים הופך את חקר ליקויי הפנים בקרב קבוצות אנושיות למאתגר. כדי לחקור את השפעת החשיפה לאתנול בהריון על ההתפתחות, אנו משתמשים במודל דג הזברה. דגי זברה מהווים מודל חזק ל-FASD שכן הם חולקים 70% אורתולוגים גנים עם בני אדם, 82% מהגנים הידועים הגורמים למחלות 13,14,15,16. בנוסף לשימור גנטי, דגי זברה: (i) בעלי פוריות גבוהה, מה שמאפשר לייצר מספר זחלים של דגי זברה בו זמנית, (ii) עוברים הפריה חיצונית, המאפשרת חקר ישיר של תהליכי התפתחות רגישים לאתנול, (iii) התפתחות גולגולת-פנים של חולייתנים שמורה וסטריאוטיפית מאוד, ו-(iv) הם עוברים/זחלים שקופים המאפשרים ויזואליות של מבני שלד17. הראינו בעבר שמוטציות בגנים שונים של דגי זברה מרגישות עוברים למומים בפנים שנגרמו מאתנול, ופגמים אלו יכולים להיות עדינים וקשים לזיהוי בעין10,18. בנוסף, שמנו לב שגם לזחלים מסוג בר שטופלו באתנול יש שינויים קלים באזור הגולגולת-פנים בהשוואה לזחלים לא מטופלים, אם כי שוב, שינויים אלה קשים לזיהוי בעין10. למרות ששינויים אלו אינם מזוהים בצפייה ויזואלית, הצלחנו להראות את השינויים הללו בצורת הפנים שנגרמו על ידי אתנול באמצעות ניתוחים מורפומטריים הזמינים בתמונות דו-ממדיות של הוויסרוקרניום10.

הפאה היא מבנה תלת-ממדי מורכב שקשה למדוד באמצעות מדידות ליניאריות קונבנציונליות. מדדים ליניאריים בודדים אלו אינם מתחשבים במיקום היחסי של כל מבנה הנמדד והשפעתה על המבנים הנמדדים האחרים של הפנים. ניתוחים מורפומטריים מתמודדים עם ליקויים אלו באמצעות תצורות צורה באמצעות נקודות ציון שמסבירות את המיקום היחסי של כל המבנים שנמדדו, ואף שולטות בהבדלים הכלליים בגודל 18,19,20. גישה זו מניבה נתונים מדויקים יותר, בעלי רזולוציה גבוהה יותר וקלים יותר להמחשה, מה שיכול להניב תוצאות שאינן נצפות באמצעות מדידות ליניאריות קונבנציונליות 18,19,20. בנוסף, גישות מורפומטריות יכולות לבצע השוואות ישירות בין ובתוך קבוצות באמצעות שיטות סטטיסטיות רב-משתניות. כאן אנו מתארים את השימוש בתוכנת המורפומטריה החינמית, tpsUtil, tpsDigs221, MorphoJ20, ו-Paleontological Statistics (PAST)22, בשילוב עם תמונות דו-ממדיות של הוויסרוקרניום בהטרוזיגוטים מסוג בר וזחלים לא מטופלים ומטופלים באתנול עבור גן החלבון המורפוגני לעצם (Bmp) bmp7a. בעוד שתוכניות אלו שימשו בעיקר בפלאונטולוגיה ובתחומים המתמקדים באקולוגיה, כאשר הן משולבות הן מספקות ניתוח מעמיק של צורת הפנים. בסופו של דבר, בפרוטוקול זה, אנו מראים כיצד ניתן להשתמש בתוכנות הזמינות בחינם כדי לכמת שינויים בצורת סחוס הגולגולת-פנים במודל דג הזברה.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

כל זחלי דגי הזברה ששימשו בהליך זה גודלו והורבעו בהתאם לפרוטוקולי IACUC שאושרו על ידי אוניברסיטת לואיוויל23.

הערה: זן דגי הזברה bmp7aty68a24 ואחים מסוג בר (כולם ברקע AB) שימשו במחקר זה, כאשר דגים בוגרים נשמרו בטמפרטורה של 28.5 מעלות צלזיוס עם מחזור אור/חושך של 14/10 שעות. השתמש בקווים המתאימים בהתאם לתוצאות הניסוי הרצויות. השתמש במים שעברו עיקור באוסמוזה הפוכה. המין כמשתנה ביולוגי אינו חל על שלבי ההתפתחות הנחקרו, שכן המין ניתן לזיהוי לראשונה בדגי זברה בסביבות 20-25 ימים לאחר ההפריה (dpf)25, לאחר כל הניתוחים.

1. טיפול באתנול

  1. לאסוף ביצים מהכלאות הטרוזיגוטיות ולבצע עוברים בשלב מורפולוגי כפי שתואר23.
  2. מיין עוברים לקבוצות דגימה של 100 ומגיע בטמפרטורה של 28.5 מעלות צלזיוס לנקודות זמן התפתחותיות רצויות. הדגר את כל הקבוצות במדיה עוברית (EM)10,18.
  3. ב-6 שעות לאחר ההפריה (hpf), החלף את ה-EM ל-EM טרי או ל-EM שמכיל 1% אתנול (v/v). בעוצמה של 24 כ"ס (כ"ס), שטוף את ה-EM המכיל אתנול עם שלוש החלפות טריות של EM10.18.

2. צביעת פנים והדמיה

  1. לקבע את זחלי דג הזברה ב-5 DPF ולצבוע בכחול אלציאני, תוך סימון הסחוס (איור 1) כפי שתוארקודם 26.
  2. קחו תמונות של הוויסרוקראניום, תצוגה גחונית מלאה, שדה בהיר של הוויסרוקרניום, הזחלים המורכבים כפי שתוארו קודם27.
  3. בקצרה, הרכבו דגים, המשטח הגחוני כלפי מעלה, בתמיסת גליצרול 50% מסוף צביעת אלציאן בלו.
    הערה: ההגדרות במיקרוסקופים מורכבים יכולות להשתנות; השתמש בהגדרות המתאימות למבני התמונה הרצויים. מיקרוסקופ מורכב Olympus BX53 שימש במחקר זה ליצירת כל התמונות שנותחו. התמונות צולמו בהגדלה פי 10.

3. גנוטיפינג

  1. הסר את הזנבות מזחלי 5 dpf לאחר צביעת סחוס אלציאן כחול כפי שתוארקודם 18.
  2. הפרדו את ראשי הזחלים והזנבות. שמור על הראש באחסון של 50% גליצרול להדמיה מאוחרת יותר.
  3. ליז עובר עם 5 מיקרו-ליטר של פרוטינאז K (10 מ"ג/מ"ל) כדי להפיק gDNA.
  4. בצע PCR על ה-gDNA עבור כל דגימה באמצעות פריימרים המכוונים לגן הרצוי כדי להגביר אזורים המכילים את ה-SNP.
  5. לעכל את מוצר ה-PCR באמצעות עיכול DNA מבוסס אנדונוקלז הגבלה כדי להבדיל אללים מוטנטים מאללים מסוג בר בהתבסס על ה-SNP ולזיהוי ה-SNP. חלק את הדגימות לפי גנוטיפ לקבוצות מאוחדות ותמונה לניתוח.
    הערה: לצורך עבודה זו, ה-SNP הוגבר ב-bmp7a וגנוטיפ באמצעות BslI (NEB).

4. תוכנה המשמשת לניתוחי צורה

  1. השתמש ב-tpsUtil ו-tpsDig221, וב-MorphoJ20 (https://sbmorphometrics.org) לניתוח מורפומטרי של זחלים מוכתמים באלציאנים, ובתוכנת ניתוח MorphoJ ו-Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis (PAST)22 (https://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/) לכל הניתוחים הסטטיסטיים.
    הערה: תוכנת tpsUtil נמצאת תחת קישור "תוכניות שימושיות", תוכנת tpsDig2 נמצאת תחת קישור "רכישת נתונים", ו-MorphoJ נמצא תחת קישור "תוכניות מקיפות" ב-https://sbmorphometrics.org. פתרון תקלות לכל תוכנה ניתן למצוא בקלות הן באינטרנט, דרך פלטפורמות שונות והן בתוך התוכנה. ניתוח רכיבים עיקריים (PCA), ניתוח משתנים קנוני (CVA), Procrustes ANOVA וגרפים של וריאציות פנים נוצרו באמצעות MorphoJ, ובוצעו בדיקת נורמליות רב-משתנית וניתוח רב-משתני של שונות (MANOVA) באמצעות PAST.

5. הדמיית שלד הפנים באופן עקבי לכל הדגימות שיש לנתח

  1. ודאו שתמונות שלד הפנים מצולמות באותן הגדרות מיקרוסקופ ונשמרות כקבצי .tif.
    הערה: הגדרות המיקרוסקופ משתנות בהתאם להגדרה ולפונקציונליות של המיקרוסקופ ולדגימות/רקמות שיש לצלם. המפתח הוא סידור מיקרוסקופ עקבי והכנת דגימות.
  2. שמור קבצים בתיקייה אחת שמסומנת כדי לזהות במלואו את הניסוי.

6. הכנת תמונות באמצעות תוכנת ה-TPS

  1. פתח מחברת ובחר לשמור בשם. מכאן, לחצו על כל הקבצים בתחתית. שמור את הקובץ כ"experiment-name.tps" ושמור אותו בתיקייה שבה כל התמונות לניתוח.

7. הזנת תמונות לתוכנת TPS

  1. פתח תוכנת tpsUtil. לאחר מכן, פתח את Operation ובחר את קובץ Build tps מתוך לשונית התמונות .
  2. מהלשונית הזו, לחץ על קלט ופתח את הקובץ המכיל את התמונות. לחץ על התמונה הראשונה בקובץ ובחר 'פתח'.
  3. בחר את לשונית הפלט , אחריו קובץ הפנקד של TPS, ושמור. כשמתבקשים להחליף את הקובץ, בחר כן.
  4. לאחר מכן, לחץ על לשונית ההגדרה וצור. גש לקובץ כדי לראות אם התמונות נוספו.

8. הוספת נקודות ציון לתמונות

  1. פתח את tpsDigs2 ופתח את הלשוניות הבאות בסדר: מקור הזנה, קובץ, ואז קובץ ה-Notepad השמור של tps.
  2. לאחר מכן, לחץ על האפשרויות כדי להמחיש את אפשרות כלי התמונה . כאן, ודאו להגדיר את אורך ההתייחסות ל-100 מיקרון. לחץ על קנה מידה.
    הערה: אל תגדל את הגודל ביחס לקנה המידה בתמונה.
  3. כשאתה מגדיר את הסקאלה, לחץ על OK כדי להגדיר פרמטרים, ואז צא מ-Image Tools.
  4. בשלב זה, הוסף נקודות ציון לכל תמונה לניתוח מורפולוגיה נכון על ידי לחיצה על סימן המטרה.
  5. ודא שהסימנים ממוקמים באותו סדר לכל תמונה. נקודות ציון הוצבו על המפרקים הבאים בין יסודות הסחוס (ראו איור 1E, E'):
    1. מפרק קו האמצע בין סחסי המקל (סימן #1, איור 1E, E').
    2. המפרקים הדו-צדדיים בין סחוס מקל לסחוס הפלטוקוודרט (נקודות ציון #2, איור 1E, E').
    3. מפרק קו האמצע בין סחסי הצרטוהיאל (Landmark #3, איור 1E, E').
    4. המפרקים הדו-צדדיים בין סחוס הפלאטוקוודרט לסחוס הצרטוהיאלי (נקודות ציון #4, איור 1E, E').
    5. הקצה המרוחק של סחוס ההיומנדיבולר (נקודות ציון #5, איור 1E, E').
  6. לאחר הצבת נקודות ציון בתמונה, לחץ על קבצים בתפריט הנפתח. עקבו אחרי המסלול הזה כדי לשמור נתונים ואז להחליף.
  7. צא מ-tpsDigs2.

9. שימוש ב-MorphoJ לניתוח צורה באמצעות Procrustes ANOVA

  1. פתח את תוכנת MorphoJ.
  2. בהקדמות, צור ושם למאגר הנתונים. בחר ליצור מערך נתונים חדש ולתת שם למערך. לאחר מכן, לחץ על TPS ובחר את הפנקס עם נקודות הנתונים החדשות שנוספו משלב 8.4. צור את מערך הנתונים.
  3. התמונות מוכנות לצפייה סטטיסטית באמצעות Procrustes fit. בחר את עץ הפרויקט לקריאת הלשונית ולחץ על מאגר הנתונים. בחר את הכפתורים הבאים במסלול זה: שלבים מוקדמים, התאמת פרוקרסטים חדשים, יישור לפי צירים עיקריים, וביצוע התאמת פרוקרוסט.
  4. Select יוצר מטריצת קו-וריאנטיות תחת הקדמות; התוכנה תגיד קואורדינטות פרוקרסט. בצע את הפונקציה כשמתבקשים.
  5. בחר ליצור או לערוך wireframe תחת הקדמות ולקשר את הנקודות בתמונות. לאחר מכן בחר נקודות קישור וקבל או צור את התמונה. ערוך מסווגים.
  6. פתח גיליון אלקטרוני תוך שמירה על MorphoJ פתוח. הוסף את כל המידע הנדרש, לדוגמה: גנוטיפ, טיפול, גנוטיפ וטיפול, ניסוי וכו'. שמור את הגיליון כקובץ CSV.
  7. ב-MorphoJ, לחץ על קובץ וייבא משתני מסווג כדי לבחור את קובץ CSV. לאחר פתיחת הקובץ, חזור לעץ הפרויקט ולחץ על מערך הנתונים.
  8. לאחר פתיחת מאגר הנתונים, לחצו על מקדימות וערכו מסווגים. זה יבטיח שכל התמונות יתווספו.
  9. לאחר מכן, לחץ על עץ הפרויקט, Covmatrix, ואז על Variation למעלה.
  10. בחר בניתוח רכיבים עיקריים כדי לראות ציוני PC. לחצו על ציוני המחשב כדי לראות את הגרף שנוצר.
  11. כדי להוסיף צבעים לגרף, לחץ קליק ימני ולחץ על אליפסת ביטחון כדי להוסיף את המסווג הרצוי. לחץ על נקודות נתוני צבע כדי להוסיף את הצבעים, ואישור לקבל את השינויים האלה.
    הערה: לאחר שלשונית ניקוד המחשב נסגרת ונפתחת מחדש לפי ההוראות בשלב 9.10, יש לעדכן את הצבעים.
  12. כדי לשנות את צבעי ה-wireframe, עבור ל-Preliminaries. לחץ על הגדרות הגדרות לגרף הצורה, הממוקם בתחתית המסך. בחר גרפים של wireframe כדי לשנות את צבעי צורת היעד, צורת ההתחלה והמספרים.
  13. בחר וריאציה, ואז פרוקרוסט ANOVA.
  14. ייצא את תוצאות ה-ANOVA של פרוקרסטס לקובץ הגיליון האלקטרוני משלב 9.7.

10. ניתוח משתנים קנוני של מאגר הנתונים

  1. ב-MorphoJ, בחר את מערך הנתונים או הפרויקט המקורי. כדי להתחיל בניתוח משתנים קנוני (CVA), בחר בהשוואה ואחריו בניתוח משתנים קנוני. בחר את המשתנה המסווג - בחר גנוטיפ & טיפול ובצע את הפונקציה.
  2. כדי לייצא CVA, לחצו על לשונית התוצאות ולחצו קליק ימני על דף התוצאות שנפתח כעת. בחר ייצוא לקובץ ושמור את המידע.
  3. לחץ על עץ פרויקט ובחר CVA ואז ציונים. בפינה השמאלית העליונה של הדף, בחר קובץ. לאחר שלשונית הקובץ נפתחה, בחר ייצוא מערך נתונים ובחר את סוג הנתונים וגנוטיפ & טיפול. שמור את ציוני CVA כקובץ .txt.
  4. כדי להכין את הקובץ לתוכנת PAST, פתח את ציוני CVA השמורים ב-Notepad או בתוכנה מקבילה. שנה את המזהה בפינה השמאלית העליונה ל-Label כדי לא לבלבל את תוכנת PAST. שמור את ציוני CVA הערוכים או מקבילים.

11. MANOVA בתוכנות PAST

  1. כדי לייבא את ציוני CVA ב-PAST, בחר קובץ, ואז פתח כדי לגשת לציוני CVA השמורים מ-Notepad או מקביל. כאשר נפתח חלון קובץ הטקסט Import , בחר שמות, נתונים לשורה ועמודה, וטאב למפריד. בחר ייבוא.
  2. בלשונית ההצגה , בחר מאפייני עמודות. ליד כפתור ה-Type , פתחו את תפריט הנפתח ובחרו קבוצה עבור העמודה הראשונה שצריכה להכיל את משתנה(ים) המסווגים.
  3. הדגישו את נתוני המחשב או נתוני קורות החיים. בחר ב-Multivariate, Test, ו-Multivariate Normality כדי להריץ את מבחן הנורמליות. הרץ את הבדיקה הזו בנפרד במחשב וב-CV.
  4. לחצו על התא האפור הריק בפינה השמאלית העליונה, מעל הסוג, כדי לבחור את כל מערך הנתונים. בחר Multivariate, Test, ו-MANOVA כדי לעבד את ה-MANOVA. ייצא את תוצאות ה-MANOVA לקובץ הגיליון האלקטרוני משלב 9.7.
    הערה: גם תוצאות סיכום וגם תוצאות זוגיות יינתנו על ידי התוכנה. ייצא או שמור את שניהם.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

כדי לזהות שינויים בצורת הפנים בדג זברה שנגרמו מאתנול, שילבנו תוכנות זמינות בחינם כדי ליצור ולכמת נתונים מורפולוגיים של שלד הפנים. עוברים מדגים בוגרים הטרוזיגוטיים bmp7a נוצרו וטופלו באתנול בין 6 ל-24 hpf. הזחלים מההכלאות הללו היו קבועים בעוצמה של 5 DPF, וסחסי הפנים הוכתמו בכחול אלקי. צולמו תמונות של הוויסרוקרניום עבור כל זחל בכל גנוטיפ וקבוצת טיפול (איור 1A-D). סחוס הוויסרוקרניום מסומן בתמונה מייצגת (

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

FASD מאופיין במגוון רחב של ליקויים התפתחותיים, כולל ליקויים קרניופציאליים כגון היפופלזיה בלסת. דגי זברה הם מודל חזק ל-FASD בשל שימורם הגנטי אצל בני אדם, פוריות גבוהה, זחלים שקופים וההפריה החיצונית. דגי זברה משמשים כבר עשרות שנים לחקר היווצרות שלד הקרניופציאלי והשפעת האתנול על התפתחות 6,12,13,15,18,28,29.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

למחברים אין מה לחשוף.

תודות

המחקר שהוצג במאמר זה נתמך במענק מהמכון הלאומי לבריאות/המכון הלאומי לשימוש לרעה באלכוהול (NIH/NIAAA) R01AA031043 ל-C.B.L.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
tpsUtil, tpsDig2, MorphoJhttps://sbmorphometrics.orgתוכנה חינמית - ייתכן שתידרש הרשאות ניהול להורדה
עברhttps://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/תוכנה חינמית - ייתכן שתידרש הרשאות ניהול להורדה
מיקרוסקופ ברייטפילד מורכבאולימפוסBX53

מקורות

  1. May, P. A., Baete, A., Russo, J., et al. Prevalence and characteristics of fetal alcohol spectrum disorders. Pediatrics. 134 (5), 855-866 (2014).
  2. May, P. A., Gossage, J. P., Kalberg, W. O., et al. Prevalence and epidemiologic characteristics of FASD from various research methods with an emphasis on recent in-school studies. Dev Disabil Res Rev. 15 (3), 176-192 (2009).
  3. Klingenberg, C. P., Wetherill, L., Rogers, J., et al. Prenatal alcohol exposure alters the patterns of facial asymmetry. Alcohol. 44 (7-8), 649-657 (2010).
  4. Smeriglio, P., Zalc, A. Cranial neural crest cells contribution to craniofacial bone development and regeneration. Curr Osteoporos Rep. 21 (5), 624-631 (2023).
  5. Smith, S. M., Garic, A., Flentke, G. R., Berres, M. E. Neural crest development in fetal alcohol syndrome. Birth Defects Res C Embryo Today. 102 (3), 210-220 (2014).
  6. Vo, H. D. L., Lovely, C. B. Ethanol induces craniofacial defects in Bmp mutants independent of nkx2.3 by elevating cranial neural crest cell apoptosis. Biomedicines. 13 (3), (2025).
  7. Brooks, E. R., Islam, M. T., Anderson, K. V., Zallen, J. A. Sonic hedgehog signaling directs patterned cell remodeling during cranial neural tube closure. Elife. 9, e60234(2020).
  8. Eberhart, J. K., Parnell, S. E. The genetics of fetal alcohol spectrum disorders. Alcohol Clin Exp Res. 40 (6), 1154-1165 (2016).
  9. Fish, E. W., Murdaugh, L. B., Sulik, K. K., Williams, K. P., Parnell, S. E. Genetic vulnerabilities to prenatal alcohol exposure: Limb defects in sonic hedgehog and GLI2 heterozygous mice. Birth Defects Res. 109 (11), 860-865 (2017).
  10. Klem, J. R., Schwantes-An, T. H., Abreu, M., et al. Mutations in the bone morphogenetic protein signaling pathway sensitize zebrafish and humans to ethanol-induced jaw malformations. Dis Model Mech. 18 (4), dmm052223(2025).
  11. Swartz, M. E., Lovely, C. B., McCarthy, N., Kuka, T., Eberhart, J. K. Novel ethanol-sensitive mutants identified in an F3 forward genetic screen. Alcohol Clin Exp Res. 44 (1), 56-65 (2020).
  12. Swartz, M. E., Wells, M. B., Griffin, M., et al. A screen of zebrafish mutants identifies ethanol-sensitive genetic loci. Alcohol Clin Exp Res. 38 (3), 694-703 (2014).
  13. Fernandes, Y., Lovely, C. B. Zebrafish models of fetal alcohol spectrum disorders. Genesis. 59 (11), e23460(2021).
  14. Howe, K., Clark, M. D., Torroja, C. F., et al. The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome. Nature. 496 (7446), 498-503 (2013).
  15. Lovely, C. B. Animal models of gene-alcohol interactions. Birth Defects Res. 112 (4), 367-379 (2020).
  16. Lovely, C. B., Fernandes, Y., Eberhart, J. K. Fishing for fetal alcohol spectrum disorders: Zebrafish as a model for ethanol teratogenesis. Zebrafish. 13 (5), 391-398 (2016).
  17. Marrs, J. A., Sarmah, S. The genius of the zebrafish model: Insights on development and disease. Biomedicines. 9 (5), 577(2021).
  18. Gray, R., Lloyd, A., Lovely, C. B. Interactions between the bone morphogenetic protein and the planar cell polarity pathways lead to distinctive ethanol-induced facial defects. Alcohol Clin Exp Res (Hoboken). 49 (11), 2502-2519 (2025).
  19. Mutsvangwa, T., Douglas, T. S. Morphometric analysis of facial landmark data to characterize the facial phenotype associated with fetal alcohol syndrome. J Anat. 210 (2), 209-220 (2007).
  20. Klingenberg, C. P. MorphoJ: An integrated software package for geometric morphometrics. Mol Ecol Resour. 11 (2), 353-357 (2011).
  21. Rohlf, F. The Tps series of software. Hystrix. 26, 1-4 (2015).
  22. Hammer, O., Harper, D., Ryan, P. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontol Electron. 4, 1-9 (2001).
  23. Westerfield, M. The Zebrafish Book. A Guide for the Laboratory Use of Zebrafish (Danio rerio). , 5th edition, University of Oregon Press. Eugene. (2007).
  24. Dick, A., Hild, M., Bauer, H., et al. Essential role of Bmp7 (snailhouse) and its prodomain in dorsoventral patterning of the zebrafish embryo. Development. 127 (2), 343-354 (2000).
  25. Aharon, D., Marlow, F. L. Sexual determination in zebrafish. Cell Mol Life Sci. 79 (1), 8(2021).
  26. Walker, M. B., Kimmel, C. B. A two-color acid-free cartilage and bone stain for zebrafish larvae. Biotech Histochem. 82 (1), 23-28 (2007).
  27. McGurk, P. D., Lovely, C. B., Eberhart, J. K. Analyzing craniofacial morphogenesis in zebrafish using 4D confocal microscopy. J Vis Exp. (83), e51190(2014).
  28. Lovely, C. B. Quantification of ethanol levels in zebrafish embryos using head space gas chromatography. J Vis Exp. (156), e60766(2020).
  29. Klem, J. R., Gray, R., Lovely, C. B. The zebrafish Tol2 system: A modular and flexible gateway-based transgenesis approach. J Vis Exp. (189), e64679(2022).
  30. Suttie, M., Foroud, T., Wetherill, L., et al. Facial dysmorphism across the fetal alcohol spectrum. Pediatrics. 131 (3), e779-e788 (2013).
  31. Lovely, C. B., Swartz, M. E., McCarthy, N., Norrie, J. L., Eberhart, J. K. Bmp signaling mediates endoderm pouch morphogenesis by regulating Fgf signaling in zebrafish. Development. 143 (11), 2000-2011 (2016).
  32. Sheehan-Rooney, K., Swartz, M. E., Lovely, C. B., Dixon, M. J., Eberhart, J. K. Bmp and Shh signaling mediate the expression of satb2 in the pharyngeal arches. PLoS One. 8 (3), e59533(2013).
  33. Dong, X. R., Wan, S. M., Zhou, J. J., et al. Functional differentiation of BMP7 genes in zebrafish: bmp7a for dorsal-ventral pattern and bmp7b for melanin synthesis and eye development. Front Cell Dev Biol. 10, 838721(2022).
  34. McCarthy, N., Wetherill, L., Lovely, C. B., Swartz, M. E., Foroud, T. M., Eberhart, J. K. Pdgfra protects against ethanol-induced craniofacial defects in a zebrafish model of FASD. Development. 140 (15), 3254-3265 (2013).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

תגיות

ניתוח מורפומטרימודל דגי זהבספקטרום ההשפעות העובריות של אלכוהולמורפומטריה מבוססת נקודות ציוןניתוח גורמים ראשייםProcrustes ANOVAניתוח משתנים קנונייםניתוח רב-משתני
ניתוחים מורפומטריים של צורה: ארגז כלים לתוכנת ניתוח לכימות צורת קרניופנים בדגי זברה
צרו קשר
המליצו לספרייה

פרטיות

תנאי שימוש

מדיניות

זכויות יוצרים © 2026 MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.