הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר שיטה

מגמות ותחזיות מחקר על Caenorhabditis elegans באזור ההזדקנות: ניתוח ביבליומטרי והדמיה

252 צפיות

⸱

DOI:

10.3791/70364

⸱

22 במאי 2026

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of General Surgery, Tianjin Medical University General Hospital, 2Ambulatory surgery center, Tianjin Medical University General Hospital, 3Tianjin Key Laboratory of Precise Vascular Reconstruction and Organ Function Repair, 4Tianjin General Surgery Institute

* These authors contributed equally

במאמר זה

סיכום

כאן אנו מציגים פרוטוקול לשחזור, אימות וניתוח רשומות Web of Science Core Collection על Caenorhabditis elegans והזדקנות באמצעות CiteSpace, VOSviewer, Bibliometrix ו-Scimago Graphica למיפוי ביבליומטרי שניתן לשכפול.

תקציר

הזדקנות היא תופעה ביולוגית מורכבת המתאפיינת בהידרדרות הדרגתית של תפקודים פיזיולוגיים ובפגיעות מוגברת למחלות הקשורות לגיל. ברמה התאית, תהליך זה מתבטא בזדקנות, שבה התאים חווים עצירה בלתי הפיכה בחלוקה ונכנסים למצב של עצירת גדילה קבועה, מבלי להתקדם לאפופטוזיס. עם זאת, המנגנונים הבסיסיים עדיין לא מובנים במלואם. הנמטודה Caenorhabditis elegans (C. elegans), בעלת תוחלת חיים קצרה וגנטיקה מאופיינת היטב, היא מודל עוצמתי לפענוח הבסיס המולקולרי של ההזדקנות. עם זאת, עדיין חסר מיפוי ביבליומטרי מקיף של מחקר בצומת בין C. elegans להזדקנות. כאן אנו מציגים פרוטוקול לשלפת רשומות מאוסף הליבה של Web of Science, ביצוע עיבוד נתונים וביצוע ויזואליזציה ביבליומטרית שכפולה באמצעות CiteSpace, Bibliometrix (R), VOSviewer ו-Pajek, במטרה למפות את מבנה הידע ולזהות מגמות מתפתחות במחקר ההזדקנות של C. elegans . באמצעות 6,117 מאמרים שפורסמו בין 1970 ל-5 ביוני 2025, ניתחנו תרומות של מדינות ומוסדות, מחברות, השפעת כתב העת, דפוסי ציטוט והתפתחות נושאית. מאגר הנתונים כלל 6,117 רשומות מ-19,864 מחברים ב-3,798 מכונים ב-91 מדינות. מספר הפרסומים השנתיים עלה מ-312 ב-2020 ל-341 ב-2021 ומאז נשאר גבוה. ארצות הברית הובילה את התפוקה העולמית, ואחריה סין, גרמניה ובריטניה, עם רשתות שיתופי פעולה מרוכזות בין המדינות הללו. מערכת אוניברסיטת קליפורניה דורגה ראשונה בפרודוקטיביות, בעוד האקדמיה הסינית למדעים דורגה שלישית. התפתחות הנושא הצביעה על מעבר ממחקרים בסיסיים של מסלולי איתות דמויי אינסולין/גורם גדילה 1 (IIS) ותגובות לחץ, לכיוון נושאים מתפתחים כמו שליטה תרמית ומיטופגיה במודלים של הזדקנות C. elegans . בסך הכול, פרוטוקול זה מאפשר ניתוחים ביבליומטריים שקופים וניתנים לעדכון ותומך במחקרים עתידיים של כיוונים מרכזיים, כולל הגבלת קלוריות ומיטופגיה.

מבוא

הזדקנות היא תהליך ביולוגי רב-ממדי המתייחס לאובדן יכולת ההתרבות של תאים סומטיים תקינים לאחר מספר מוגבל של חלוקות. במהלך תהליך ההזדקנות, התפקוד הפיזיולוגי של האורגניזם מתדרדר בהדרגה, והרגישות למחלות הקשורות לגיל עולה1. ברמה התאית, תהליך זה מתבטא בנזק DNA, כגון הצטברות שברים דו-גדיליים ונזק חמצוני, ונזקים אלו חורגים מיכולת הטיפול של מנגנוני התיקון. שינויים ברמת התא משתקפים ברמת האורגניזם כהידרדרות הדרגתית של תפקודים פיזיולוגיים. יתרה מזאת, מחקרים מסוימים הראו כי תאים מבוגרים מניעים תהליכים פתולוגיים הקשורים לגיל על ידי הפרשת פנוטיפ הפרשה הקשור להזדקנות (SASP). גורמים אלו עלולים להפריע למיקרו-סביבת הרקמה ולקדם פיברוזיס, מה שמוביל לדלקת כרונית ואפילו להתקדמות סרטן2. עם העמקת המחקר על הזדקנות, הוכרה כי להזדקנות תפקיד משמעותי בהופעה ובהתפתחות של מחלות שונות, כולל מחלות לב וכלי דם, סוכרת סוג 2, מחלת אלצהיימר וסרטן,בין היתר. עם האצת ההזדקנות הגלובלית, הבנת מנגנוני ההזדקנות היא חיונית להארכת תוחלת חיים בריאה.

בעשורים האחרונים, אורגניזמים מודליים מילאו תפקיד חיוני בחשיפת הגורמים הגנטיים, המולקולריים והסביבתיים של ההזדקנות. אורגניזמים מודליים מציגים יתרונות ברורים, כולל זמני דורות קצרים, רקע גנטי מאופיין היטב ויכולת ניסוי גבוהה. אורגניזמים נפוצים במודל כוללים שמרים, זבובי פירות ועכברים4. בשנות ה-60, Caenorhabditis elegans (C. elegans) הוקם לראשונה כאורגניזם מודל חדשני. היתרונות המרכזיים שלו לברירה כוללים מחזור חיים קצר וקלות גידול, בשילוב עם מערך כלים גנטיים בוגרים. יתרה מזאת, בשל גודלו הזעיר, ניתן לגדל ולנהל אותו בקנה מידה גדול בצורה סטנדרטית, בדומה למיקרואורגניזמים5. הכי חשוב, היא ממלאת למעשה פער משמעותי במחקרים קודמים, שכן אורגניזמים חד-תאיים, למרות שהם פשוטים וקלים לתפעול, מאתגרים לשימוש במחקר גנטי על מנגנוני חיים מורכבים. בנוסף, בעלי חיים מודליים מסורתיים מוגבלים ביעילות הסינון בקנה מידה גדול בשל פעולתם המורכבת. היישום של C. elegans פותר בדיוק את הבעיות הנ"ל6.

השימוש ב-C. elegans במחקר הזדקנות החלבשנות ה-80. רק בשנת 1993 תחום C. elegans במחקר ההזדקנות קיבל קפיצה מהפכנית. סקרים למוטגנזה בהובלת תומאס ג'ונסון ועמיתיו זיהו את המוטנט הראשון בעל ימים ארוכים, גן גיל-1 8,9. ממצא זה שינה את התפיסה הרווחת שההזדקנות היא תהליך סטוכסטי ולא מפוקח, ובמקום זאת מערב מסלולים גנטיים ספציפיים בקביעת תוחלת החיים. מחקרים מאוחרים יותר בנו על בסיס זה, וחשפו רשת שמורה של מסלולי איתות המתאמים את ההזדקנות. מסלול IIS הפך לרגולטור מרכזי. המוטציה ב-daf-2, שמקודדת את אורתולוג C. elegans של קולטן האינסולין/גורם הגדילה דמוי האינסולין (IIGF-1), עשויה להפחית את פעילות IIS, להפעיל את פקטור השעתוק FOXO DAF-16, שגורם לו לעבור מהציטופלזמה לגרעין, ובכך לקדם ביטוי גנים של תגובת לחץ, צ'פרונים מולקולריים ואנזימי ניקוי רעלים, וכך לעכב את תהליך ההזדקנות ולהאריך תוחלת חיים בריאה10. DAF-16 עובר מהציטופלזמה לגרעין, ומקדם ביטוי גנים עמידים ללחץ, צ'פרונים מולקולריים ואנזימי ניקוי רעלים, ובכך מאריך את תוחלת הבריאות של האורגניזם ומעכב את התקדמות ההזדקנות ומאריך את תוחלת הבריאות של האורגניזם11. יתרה מזאת, C. elegans האיר מנגנונים שמורים נוספים של הזדקנות. לדוגמה, מסלול המטרה של ראפמיצין (TOR), ציר מרכזי לחיישת חומרים מזינים, הוכח כמווסת את תוחלת החיים דרך אינטראקציות עם IIS12.

בשנים האחרונות, שיטות ביבליומטריות יושמו באופן נרחב בתחומים רבים. ניתוח רשתות ביבליומטרי עושה שימוש בשיטות סטטיסטיות כדי לחשוף דפוסי התפתחות, מבני תחום, מוקדי מחקר ומגמות בתחום על ידי בחינת כמות, מבנה, התפלגות וקשרי ציטוט של ספרות13. למרות מחקר נרחב על C. elegans בהזדקנות, אף מחקר לא סיפק ניתוח ביבליומטרי מקיף של תחום בין-תחומי זה. במחקר זה אנו מציגים ניתוח מקיף, רב-שיטתי וניתן לשחזור, שמבהיר את המסגרת השיתופית, הבסיס האינטלקטואלי וההתפתחויות התמטיות הדינמיות בתחום, ובכך מזהה מסלולים מתפתחים למחקר עתידי. מאמר זה סוקר את נוף ההישגים האחרונים במחקר ההזדקנות בתחום C. elegans . יתרה מזאת, מחקר זה שואף ל: (1) לנתח מגמות פרסום וציטוט במחקר הזדקנות של C. elegans משנת 1970 ועד 5 ביוני 2025; (2) להעריך תרומות של מדינות ומוסדות ולבחון רשתות שיתוף פעולה; (3) לזהות מחברים מובילים וכתבי עת מרכזיים לפי השפעת פרודוקטיביות וציטוטים; (4) לחשוף את הבסיס האינטלקטואלי של התחום באמצעות ניתוח ציטוטים משותפים ופרץ ציטוטים; ו-(5) לעקוב אחר נושאי מחקר מרכזיים ומגמות מתפתחות באמצעות מילות מפתח וניתוח זמן. בסופו של דבר, תובנות אלו יסייעו להבנה עמוקה יותר של המסלול המתפתח של התחום.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

מחקר זה אינו מתייחס לאישור אתי והסכמה להשתתפות. הנתונים ששימשו במחקר זה התקבלו מאוסף הליבה של Web of Science (WoSCC).

1. בחירת מסד נתונים

  1. גש למסד הנתונים Web of Science Core Collection (WoSCC) דרך https://webofscience. clarivate.cn/wos/author/author-search.
  2. בנה אסטרטגיית חיפוש באמצעות מילות מפתח ממוקדות, במיוחד "C. elegans" ו"הזדקנות", כדי לזהות ספרות רלוונטית.
  3. סינון רלוונטיות ואימות נתונים
    1. בדוק כל תקליט שהוחזר לרלוונטיות עכשווית על ידי סקירת הכותרת. כללו רשומות המשתמשות ב-C. elegans כאורגניזם המחקר העיקרי ועסקו במושגים או תוצאות הקשורים להזדקנות.
    2. אם לא ניתן לקבוע רלוונטיות מהכותרת בלבד, עיין בתקציר כדי לאשר זכאות.
    3. החריגו רשומות שאינן מתמקדות ב-C. elegans ו/או שאינן עוסקות בתוצאות או מנגנונים הקשורים להזדקנות.
    4. לרשומות גבוליות, יש לתעד את הסיבה לאי-הוודאות ולפתור את ההכללה באמצעות בדיקה משנית על ידי מחבר שני או בהסכמה בין שני סוקרים.
    5. החריג כל רשומה המסומנת כ-Retracted במטא-דאטה של מסד הנתונים.
    6. רשמו את מספר הרשומות שהוחרגו ואת הסיבה להחרגה ודיווחו על גודל מאגר הנתונים הסופי המשמש לניתוח ביבליומטרי.
      הערה: עיין בחומר משלים 1 לרשימה מלאה של מילות מפתח המשמשות באסטרטגיית החיפוש לשיפור הדיוק וההכלה.

2. פרמטרי חיפוש

  1. הגדר את תקופת הפרסום מ-1970 ועד 5 ביוני 2025, כדי ללכוד את מגמות המחקר העדכניות והמקיפות ביותר.
  2. הגבל את תוצאות החיפוש לכלול רק מאמרים ומאמרי סקירה שפורסמו באנגלית כדי להבטיח עקביות בנתונים ולהקל על ניתוח השוואתי.

3. שליפת נתונים ופורמט

  1. אספו פרסומים נבחרים בפורמט "רשומה מלאה ומקורות מצוטטים" לשימור מטא-דאטה מפורטת.
  2. שמור את הנתונים שנאספו כקבצי "טקסט פשוט" לניתוח עתידי באמצעות כלים ביבליומטריים.
  3. ודאו שכל רשומה מכילה מטא-דאטה מלאה, כולל מידע על ציטוטים ושותפות לכתיבה, כדי לאפשר ניתוח ביבליומטרי מעמיק.

4. קדם-עיבוד נתונים

  1. איסוף ויבוא נתונים
    1. פתח את R (גרסה 4.5.2) וטען את bibliometrix (גרסה 4.5.2). הרץ את הפקודות הבאות כדי להפעיל את Biblioshiny:
      1. ספרייה (Bibliometrix)
      2. packageVersion("bibliometrix")
      3. biblioshiny()
    2. פתח את לוח הייבוא.
      1. בממשק הספרוני, לחץ על "נתונים" בסרגל הצד השמאלי.
      2. תחת נתונים, לחץ על "ייבוא או טעינה".
    3. הגדר הגדרות ייבוא.
      1. בבקשה, בחר מה לעשות, בחר "ייבוא קובץ גולמי".
      2. במסד הנתונים, בחר "רשת המדע (WoS/WoK)".
      3. בפורמט שם המחבר, בחר "שם משפחה וראשי תיבות".
    4. בחר בקובץ WoSCC וייבא.
      1. תחת בחירת קובץ, לחץ על "גלישה"... ובחר את קובץ הטקסט הפשוט של WoSCC הממוזג שייוצא עם רשומה מלאה והפניות מצוטטות.
      2. לחץ על "התחל" כדי לייבא את מערך הנתונים.
      3. בסרגל הצד השמאלי, לחץ על "סקירה כללית", ואז בחר את המודול הנדרש (למשל, ייצור מדעי שנתי או ממוצע ציטוטים לשנה) כדי להציג את התוצאות.
      4. לייצא דמויות, לחץ על ייצוא גרף כ-PNG. כדי לייצא טבלאות, לחץ על "Excel" ושמור את הקובץ שהורד לניתוח הבא.
  2. מגמת הגידול השנתית של פרסומים וציטוטים
    1. מגמת הצמיחה השנתית של פרסומים וניתוח ציטוטים ב-CiteSpace.
      1. פתח את CiteSpace, בחר "תאריך", ואז "ייבוא/ייצוא".
      2. עיין בתיקיית הקלט ובספריית הפלט.
      3. לחץ על "הסרת כפילות", בחר "מאמר" ו"ביקורת", ולבסוף לחץ על "התחל". לאחר מכן תוכל לקבל את הסטטיסטיקות הספציפיות של פרסום שנתי וציטוטים.
      4. השתמש בתוכנת Word כדי להמיר את התוצאות המיוצאות לפורמט תרשים.
  3. פרסום לאומי וניתוח שיתופי פעולה
    1. ניתוח פרסום ושיתופי פעולה לאומי בווסוויו.
      1. פתח את VOSviewer, בחר "יצירה", ואז "צור מפה המבוססת על נתונים ביבליוגרפיים".
      2. ייבא את קבצי הטקסט המקורי הרלוונטיים באמצעות אפשרות "Read data from bibliographic database files".
      3. הגדר את סוג הניתוח ל"שותפות לכתיבה", באמצעות שיטת "ספירה מלאה", כאשר "מדינות" היא יחידת הניתוח.
      4. החלו מספר מקורות לבחירה, 50, ולחצו על "ניתוח". הגדר את מספר המקורות שיש לבחור ל-20 ולחץ על "ייצוא מקורות נבחרים" כדי לייצא כקובץ CSV לצפייה.
      5. בצע את הניתוח על ידי לחיצה על "GO" ליצירת מפת ציטוט משותף של הפניות, התאמת הגדרות הגופן והצבע לשיפור הקריאות.
    2. התפלגות גאוגרפית של פרסומים לאומיים: ניתוח ב-Scimago Graphica.
      1. פתח את Scimago Graphica, לחץ על "LOAD DATE FILE", ואז ייבא את קבצי הטקסט הרגילים הרלוונטיים.
      2. צור תצוגה חדשה, בחר "מסמכים" לגודל, "link_strength" לצבע, "תווית" לתווית, "דיסקים" לסימונים, ו"מפה" לפריסה.
      3. מדינה עם ממוצע הציטוטים הגבוה ביותר ניתוח
        1. השיק את ממשק Biblioshiny של חבילת Bibliometrix ב-R.
        2. היגש למסד הנתונים של WoSCC ובחר קובץ טקסט פשוט מאוחד המכיל נתוני ביבליומטריה.
        3. ייבא את הנתונים ויצא אותם בפורמט txt לניתוח הבא.
        4. בחר "מחבר", ואז לחץ על "המדינות המצוטטות ביותר"
          הערה: הקוד הספציפי מסופק כך:
          1. ספרייה (Bibliometrix)
          2. packageVersion("bibliometrix")
          3. biblioshiny()
  4. ניתוח התפלגות של אוניברסיטאות ומוסדות
    1. ניתוח שותפות לכתיבה
      1. הגדרת ניתוח ב-VOSviewer: הפעל VOSviewer, בחר "יצירה" ואז "יצירת מפה המבוססת על נתונים ביבליוגרפיים". בחר "קרא נתונים מקבצי מסד נתונים ביבליוגרפיים" וייבא את קבצי הטקסט הפשוט המכילים מידע מוסדי.
      2. קונפיגורציה ופרמטרים: הגדר את סוג הניתוח ל"שותפות לכתיבה", בחר "ספירה מלאה", והשתמש ב"ארגונים" כיחידת ניתוח. הגדר את הפרמטרים כך שיאפשרו עד 3,798 ארגונים לכל מסמך וקבע סף מינימום של הכללה עבור 50 המוסדות הראשונים לבניית רשת שיתוף פעולה מייצגת.
      3. ויזואליזציה ופרשנות: לחץ על "סיום" כדי ליצור את מפת שיתוף הפעולה המוסדית. בחן את האשכולות והקשרים כדי לזהות מוסדות ליבה, עוצמת שיתוף פעולה ודפוסי שיתוף פעולה מרכזיים בין אוניברסיטאות וארגוני מחקר.
    2. ניתוח המוסדות עם מספר הפרסומים הרב ביותר
      1. השיק את ממשק Biblioshiny של חבילת Bibliometrix ב-R.
      2. היגש למסד הנתונים של WoSCC ובחר קובץ טקסט פשוט מאוחד המכיל נתוני ביבליומטריה.
      3. ייבא את הנתונים ויצא אותם בפורמט txt לניתוח הבא.
      4. בחר "מחבר", ואז לחץ על "הפקת שייכוכים לאורך זמן"
        הערה: הקוד הספציפי מסופק כך:
        ספרייה (Bibliometrix)
        packageVersion("bibliometrix")
        biblioshiny()
    3. האוניברסיטאות עם הציטוטים החזקים ביותר מתפרצות ניתוח
      1. פתח את CiteSpace, עבור לתפריט "נתונים" ובחר "ייבוא/ייצוא".
      2. ייבא נתונים ממסד הנתונים של WoSCC בפורמט המתאים, תוך הגדרת מקטע זמן הניתוח מינואר 1972 עד 5 ביוני 2025, עם מרווח של שנה לפרטים זמניים.
      3. הגדר את סוג הצומת ל"Reference" והפעיל גיזום באמצעות האפשרויות "Pathfinder" ו-"Cutting Sliced Networks" כדי לייעל את הרשת, תוך התמקדות בהפניות המשפיעות ביותר שמצוטטות במשותף.
      4. בצע את הניתוח על ידי לחיצה על "GO" ליצירת מפת ציטוט משותף של הפניות, התאמת הגדרות הגופן והצבע לשיפור הקריאות.
      5. בחר באפשרות "Burstness" והגדר את γ הפרמטר ל-[0, 1].
      6. רעננו את הנתונים כדי לייצר את 25 המוסדות המובילים עם העלייה המשמעותית ביותר במספר הציטוטים, להדגיש את אלו עם עלייה משמעותית בציטוטים, ולהצביע על כך שהשפעתם בתחום הולכת וגדלה כל הזמן.
  5. רשתות שיתופי פעולה עם סופרים
    1. פתח את CiteSpace, בחר בתפריט "נתונים", ולחץ על "ייבוא/ייצוא" כדי לייבא נתונים מ-WoSCC בפורמט הנדרש.
      1. הגדר את פרק הזמן מינואר 1970 עד 5 ביוני 2025, עם שלב של שנה ללכוד את ההתפתחות הזמנית של שיתופי פעולה.
    2. תצורת רשת וגיזום
      1. הגדר את סוג הצומת ל"Author", והחלו את "Pathfinder" ו-"Prunning Slice Networks Slices" כדי להפחית קישורים מיותרים תוך שמירה על מבני מפתח.
      2. לחץ על "GO" כדי לבצע את הניתוח וליצור את מפת הציטוט הקו-ציטוט/שותפות הכתיבה, החושפת את ההתפתחות, המבנה והדינמיקה הצמיחה של רשתות שיתוף הפעולה בין המחברים לאורך זמן.
  6. ניתוח הפניות משותפות ורשת אשכולות
    1. ייבוא והגדרה של נתונים ב-CiteSpace
      1. פתח את CiteSpace, לך ל"נתונים" ובחר "ייבוא/ייצוא" כדי לטעון את נתוני WoSCC.
      2. קבע את טווח זמן הניתוח מינואר 1970 עד 5 ביוני 2025, תוך שימוש בפרק זמן של שנה אחת לקבלת מידע זמני מפורט.
    2. תצורת רשת וגיזום
      1. בחר "Reference" כסוג הצומת והשתמש ב"Pathfinder" יחד עם "Cutting Sliced Networks" כדי לשמור על קישורי הקו-ציטוט המרכזיים ולהסיר חיבורים משניים או מיותרים.
      2. לחץ על "GO" כדי להריץ את הניתוח וליצור את רשת הציטוט המשותף של הפניות, ואז לחדד גופנים, צבעים ופריסה לשיפור הבהירות הוויזואלית.
    3. זיהוי הפניות בעלות השפעה גבוהה
      1. הפעל את אפשרות "Burstness" והגדר γ במרווח [0, 1].
      2. רענן את הנתונים כדי לקבל את 25 המקורות המובילים עם פרצי הציטוטים החזקים ביותר, ולהדגיש את העבודות שחוו צמיחה מהירה בציטוטים והפכו למשפיעות מאוד בתחום המחקר.
  7. ניתוח כתבי עת וכתבי עת משותפים
    1. ניתוח כתבי עת בווסוויו
      1. פתח את VOSviewer, בחר "יצירה", ואז "צור מפה המבוססת על נתונים ביבליוגרפיים".
      2. ייבא את קבצי הטקסט המקורי הרלוונטיים דרך אפשרות "Read data from bibliographic database files".
      3. הגדר את סוג הניתוח ל"ציטוט", בחר את שיטת "ספירה מלאה", וציין את "מקורות" כיחידת ניתוח.
      4. הגדר את מספר המקורות המינימלי ל-20, הרץ את הניתוח, והשתמש ב"ייצוא מקורות נבחרים" כדי לשמור את כתבי העת הנבחרים כקובץ CSV לבדיקה נוספת.
    2. ניתוח כתבי עת מצוטטים ב-Vosview.
      1. פתח שוב את VOSviewer, בחר "יצירה", ואז "צור מפה המבוססת על נתונים ביבליוגרפיים".
      2. ייבא את אותם קבצי טקסט פשוט עם "Read data from bibliographic database files".
      3. הגדר את סוג הניתוח ל"ציטוט משותף", בחר "ספירה מלאה" והשתמש ב"מקורות מצוטטים" כיחידת ניתוח.
      4. הגדר את מספר המקורות המצוטטים המינימלי ל-20, הרץ את הניתוח, ולחץ על "ייצוא מקורות נבחרים" כדי להפיק קובץ CSV לניתוח מפורט של כתב עת מצוטט משותף.
  8. ניתוח הופעה משותפת של מילות מפתח
    1. ניתוח רשת של הופעה משותפת במילות מפתח ב-VOSviewer.
      1. פתח את VOSviewer, בחר "יצירה", ואז "צור מפה המבוססת על נתונים ביבליוגרפיים".
      2. ייבא את קבצי הטקסט המקורי הרלוונטיים באמצעות אפשרות "Read data from bibliographic database files".
      3. הגדר את סוג הניתוח ל"הופעה משותפת", באמצעות שיטת "ספירה מלאה", כאשר "כל מילות המיקר" היא יחידת הניתוח.
      4. החלו מספר מילות מפתח כדי להיבחר 100 ולחצו על "סיום" להשלמת הניתוח, כך שנוצרת רשת הופעות משותפת שמציגה יחסי מילות מפתח בשדה.
      5. לחצו על "ויזואליזציה שכבות" כדי ליצור ייצוג אנליטיקה ויזואלית של אשכולות ההופעה המשותפת של מילות מפתח המתפתחים.
      6. לחץ על "ויזואליזציה של צפיפות" ותרשים הפצת מילות מפתח ייווצר.
    2. ניתוח פרצי מילות מפתח ב-CiteSpace.
      1. השתמש ב-CiteSpace לביצוע ניתוח פרץ מילות מפתח על ידי בחירת האפשרות "Burstness" והגדרת γ הפרמטר ל-[0, 1].
      2. לאחר רענון הנתונים, בחרו ב"צפייה" כדי ליצור רשימה של 25 מילות המפתח המובילות עם פרצי הציטוט החזקים ביותר, ומציינת מילות מפתח שזכו לתשומת לב משמעותית לאורך השנים.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

סקירה כללית של מגמות והתפתחות של C. elegans באזור ההזדקנות
הניתוח הביבליומטרי כלל 6,117 רשומות פרסום מ-1,123 מקורות, שנבחרו מתוך 6,205 פרסומים ראשוניים מ-WOSCC שעמדו בקריטריוני זכאות. זה כלל 45 סקירות גישה מוקדמת ו-145 מאמרי פרוטוקולים. לאחר החרגת 87 פרסומים לא רלוונטיים ופרסום אחד שנמשך, נותחו הנתונים מבחינת התפלגות זמנית וסוגי מסמכים. במהלך חמשת העשורים האחרונים פורסמו 4,949 מאמרים (80.90%) ו-1,168 ביקורות (19.09%) על C. elegans והזדקנות, כאשר הראש...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

כדי להבטיח שחזוריות וניתנות לפרשנות, שלבים מרכזיים בזרימת עבודה זו כוללים: דיווח יסודי על אסטרטגיית השליפה (מקור מסד נתונים, שאילתה, סוגי מסמכים, מגבלות שפה, תאריך שליפה), ביצוע סינון רלוונטיות ואימות נתונים למזעור רשומות לא קשורות, דיווח עקבי על פרמטרי כלי (חיתוך זמן, סוגי צמתים, גיזום, ספים, אשכולות), וייצא פלטים בפורמטים סטנדרטיים תוך תיעוד גרסאות תוכנה לשקיפות ועדכונים עתידיים. פרוטוקול זה ניתן להתאמה לגודל גופים שונים ולמטרות מחקר שונות על ידי שינוי ספים וקריטריוני בחירה. לרשתות צפ...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

למחברים אין מה לחשוף.

תודות

המחברים מבקשים להביע את הערכתם לכל המשתתפים והחוקרים שתרמו לעבודה זו. יתרה מזאת, הם מודים על הכלים האנליטיים שסיפקו CiteSpace, VOSviewer, Scimago Graphica ו-R, שהיו חיוניים לביצוע מחקר זה.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
מחשב נייד LEGION Savior Y7000 משנת 2019 (מספר סידורי PF1CGZJU)לנובוhttps://pcsupport.lenovo.com/us/en/products/laptops-and-netbooks/legion-series/legion-y7000-2019מחשב המשמש לניתוחים
R (גרסה 4.5.2)קרן R למחשוב סטטיסטי / צוות ליבת Rhttps://www.r-project.org/סביבת מחשוב סטטיסטית
CiteSpace (גרסה 6.3.R3)CiteSpace / Chaomei Chen (אוניברסיטת דרקסל)https://citespace.podia.com/תוכנת ויזואליזציה וניתוח ביבליומטרית
VOSviewer (גרסה 1.6.20)CWTS אוניברסיטת ליידן (ניס יאן ואן אק, לודו וולטמן)https://www.vosviewer.com/תוכנת מיפוי ביבליומטרי
פאג'ק (גרסה 64.6.01)אוניברסיטת לובליאנה (ולדימיר בטאג'לי, אנדריי מרבר)http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/תוכנת ניתוח רשת והדמיה

מקורות

  1. McHugh, D., Durán, I., Gil, J. Senescence as a therapeutic target in cancer and age-related diseases. Nat Rev Drug Discov. 24 (1), 57-71 (2025).
  2. Young, A. R. J., Narita, M. SASP reflects senescence. EMBO Rep. 10 (3), 228-230 (2019).
  3. Suda, M., Tchkonia, T., Kirkland, J. L., Minamino, T. Targeting senescent cells for the treatment of age-associated diseases. J Biochem. 177 (3), 177-187 (2025).
  4. Irion, U., Nüsslein-Volhard, C. Developmental genetics with model organisms. Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (30), e2122148119(2022).
  5. Wu, C. Y., Davis, S., Saudagar, N., et al. Caenorhabditis elegans as a convenient animal model for microbiome studies. Int J Mol Sci. 25 (12), 6670(2024).
  6. Kimble, J., Nüsslein-Volhard, C. The great small organisms of developmental genetics: Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster. Dev Biol. 485, 93-122 (2022).
  7. Riddle, D. L., Swanson, M. M., Albert, P. S. Interacting genes in nematode dauer larva formation. Nature. 290 (5808), 668-671 (1981).
  8. Friedman, D. B., Johnson, T. E. A mutation in the age-1 gene in Caenorhabditis elegans lengthens life and reduces hermaphrodite fertility. Genetics. 118 (1), 75-86 (1988).
  9. Shmookler Reis, R. J., Ayyadevara, S., Crow, W. A., Lee, T., Delongchamp, R. R. Gene categories differentially expressed in C. elegans age-1 mutants of extraordinary longevity: new insights from novel data-mining procedures. J Gerontol A Biol Sci Med Sci. 67 (4), 366-375 (2012).
  10. Guarente, L., Kenyon, C. Genetic pathways that regulate ageing in model organisms. Nature. 408 (6809), 255-262 (2000).
  11. Berk, Ş, Cetin, A., Özdemir, ÖÜ, Pektaş, A. N., Yurtcu, N., Dastan, S. D. The combination of metformin and high glucose increased longevity of Caenorhabditis elegans in a DAF-16/FOXO-independent manner: cancer/diabetic model via C. elegans. Front Endocrinol. 15, 1435098(2024).
  12. Pandey, T., Wang, B., Wang, C., et al. LPD-3 as a megaprotein brake for aging and insulin-mTOR signaling in C. elegans. Cell Rep. 43 (3), 113899(2024).
  13. Chen, C., Dubin, R., Kim, M. C. Emerging trends and new developments in regenerative medicine: a scientometric update (2000-2014). Expert Opin Biol Ther. 14 (9), 1295-1317 (2014).
  14. Beguet, B., Brun, J. L. Influence of parental aging on the reproduction of the F1 generation in a hermaphrodite nematode Caenorhabditis elegans. Exp Gerontol. 7 (3), 195-206 (1972).
  15. Beguet, B. The persistence of processes regulating the level of reproduction in the hermaphrodite nematode Caenorhabditis elegans, despite the influence of parental aging, over several consecutive generations. Exp Gerontol. 7 (3), 207-218 (1972).
  16. Ogg, S., Paradis, S., Gottlieb, S., et al. The forkhead transcription factor DAF-16 transduces insulin-like metabolic and longevity signals in C. elegans. Nature. 389 (6654), 994-999 (1997).
  17. Lin, K., Dorman, J. B., Rodan, A., Kenyon, C. Daf-16: An HNF-3/forkhead family member that can function to double the life-span of Caenorhabditis elegans. Science. 278 (5341), 1319-1322 (1997).
  18. López-Otín, C., Blasco, M. A., Partridge, L., Serrano, M., Kroemer, G. The hallmarks of aging. Cell. 153 (6), 1194-1217 (2013).
  19. Olshansky, S. J., Willcox, B. J., Demetrius, L., Beltrán-Sánchez, H. Implausibility of radical life extension in humans in the twenty-first century. Nat Aging. 4 (11), 1635-1642 (2024).
  20. Chen, C., Lim, J., Koh, J., Beard, J., Rowe, J. W. Research network on an aging society: a global analysis of adaptation to societal aging across low-, middle-, and high-income countries using the Global Aging Society Index. Nat Aging. 5 (1), 113-121 (2025).
  21. Johnson, T. E., Conley, W. L., Keller, M. L. Long-lived lines of Caenorhabditis elegans can be used to establish predictive biomarkers of aging. Exp Gerontol. 23 (4-5), 281-295 (1988).
  22. Johnson, T. E. Increased lifespan of age-1 mutants in Caenorhabditis elegans and lower Gompertz rate of aging. Science. 249 (4971), 908-912 (1990).
  23. Kimura, K. D., Tissenbaum, H. A., Liu, Y., Ruvkun, G. Daf-2, an insulin receptor-like gene that regulates longevity and diapause in Caenorhabditis elegans. Science. 277 (5328), 942-946 (1997).
  24. Dorman, J. B., Albinder, B., Shroyer, T., Kenyon, C. The age-1 and daf-2 genes function in a common pathway to control the lifespan of Caenorhabditis elegans. Genetics. 141 (4), 1399-1406 (1995).
  25. Barzilai, N., Huffman, D. M., Muzumdar, R. H., Bartke, A. The critical role of metabolic pathways in aging. Diabetes. 61 (6), 1315-1322 (2012).
  26. Lee, H., Lee, S. V. Recent progress in regulation of aging by insulin/IGF-1 signaling in Caenorhabditis elegans. Mol Cells. 45 (11), 763-770 (2022).
  27. Martins, R., Lithgow, G. J., Link, W. Long live FOXO: unraveling the role of FOXO proteins in aging and longevity. Aging Cell. 15 (2), 196-207 (2016).
  28. Fontana, L., Partridge, L. Promoting health and longevity through diet: from model organisms to humans. Cell. 161 (1), 106-118 (2015).
  29. Calorie restriction increases muscle mitochondrial biogenesis in healthy humans. PLoS Med. Civitarese, A. E., Carling, S., Heilbronn, L. K., et al. 4 (3), e76(2007).
  30. Palikaras, K., Lionaki, E., Tavernarakis, N. Coordination of mitophagy and mitochondrial biogenesis during ageing in C. elegans. Nature. 521 (7553), 525-528 (2015).
  31. Jang, J. Y., Blum, A., Liu, J., Finkel, T. The role of mitochondria in aging. J Clin Invest. 128 (9), 3662-3670 (2018).
  32. Picca, A., Faitg, J., Auwerx, J., Ferrucci, L. D'Amico D. Mitophagy in human health, ageing and disease. Nat Metab. 5 (12), 2047-2061 (2023).
  33. Ryu, D., Mouchiroud, L., Andreux, P. A., et al. Urolithin A induces mitophagy and prolongs lifespan in C. elegans and increases muscle function in rodents. Nat Med. 22 (8), 879-888 (2016).
  34. Hong, X., Isern, J., Campanario, S., et al. Mitochondrial dynamics maintain muscle stem cell regenerative competence throughout adult life by regulating metabolism and mitophagy. Cell Stem Cell. 29 (9), 1298-1314.e10 (2022).
  35. Rappe, A., McWilliams, T. G. Dynamic mitophagy trajectories hallmark brain aging. Autophagy. 21 (2), 487-489 (2025).
  36. Kerr, J. S., Adriaanse, B. A., Greig, N. H., et al. Mitophagy and Alzheimer's disease: cellular and molecular mechanisms. Trends Neurosci. 40 (3), 151-166 (2017).
  37. Tarpey, M. D., Davy, K. P., McMillan, R. P., et al. Skeletal muscle autophagy and mitophagy in endurance-trained runners before and after a high-fat meal. Mol Metab. 6 (12), 1597-1609 (2017).
  38. Estébanez, B., Moreira, O. C., Almar, M., de Paz, J. A., Gonzalez-Gallego, J., Cuevas, M. J. Effects of a resistance-training programme on endoplasmic reticulum unfolded protein response and mitochondrial functions in PBMCs from elderly subjects. Eur J Sport Sci. 19 (7), 931-940 (2019).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

גלה מאמרים נוספים

מחקר הזדקנותניתוח ביבליומטריסיגנלינג של אינסוליןתגובה למעמדההגבלה קלוריתמיטופגיהמיפוי ידעאורגניזם מודל
צרו קשר
המליצו לספרייה

פרטיות

תנאי שימוש

מדיניות

זכויות יוצרים © 2026 MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.