$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
כל הכימיקלים המסוכנים (למשל, גלוטראלדהיד, בופר קקודילאט נתרן, הקסמתילידילזאן [HMDS] ואתנול) טופלו בהתאם למדיניות הבריאות והבטיחות הסביבתית (EHS) המוסדית. הכנה ושימוש בחומרים נדיפים/רעילים בוצעו באמצעות מכסה אדים כימי מוסמך עם ציוד מגן אישי מתאים (מעיל מעבדה, מגן עיניים וכפפות עמידות לכימיה), וממסים דליקים נשמרו הרחק ממקורות הצתה. הפסולת הכימית הופרדה ונאספה במיכלים מסומנים כראוי (כולל פסולת ייעודית המכילה ארסן לקקודילטה ופסולת ממסית ל-HMDS/אתנול) להשלכה במסגרת תוכנית הפסולת המסוכנת המוסדית. חומרים ביו-מסוכנים (תרביות חיידקים, צלחות מזוהמות וחומרים חד-פעמיים) עברו טיהור בהתאם לנהלי בטיחות ביולוגית (כגון אוטוקלבינג או חומרי חיטוי מאושרים) לפני ההשלכה, וכל עיקור אתילן אוקסיד בוצע בהתאם לפרוטוקולים מוסמכים של המתקן ולשיטות האוורור הנדרשות.
דגמים מודפסים בתלת-ממד
הדגמים תוכננו באמצעות תוכנת עיצוב חינמית בעזרת מחשב והודפסו באמצעות מדפסת תלת-ממד המצוידת בטכנולוגיית מידול הפקדה מותכת, עם סיבים בקוטר 1.75 מ"מ של חומצה פולילקטית (PLA) ופוליאתילן טרפתלאט גליקול (PETG) (טבלת חומרים). פרמטרי ההדפסה לייצור הדגימות היו כדלקמן: מהירות תנועה של פיה (0.4 מ"מ) של 1800 מ"מ לדקה; מהירות השכבה הראשונה של 300 מ"מ לדקה; טמפרטורת הדיה של האקסטרוזיה של 220 מעלות צלזיוס (PLA) ו-255 מעלות צלזיוס (PETG); טמפרטורת המיטה של 60 מעלות צלזיוס; גובה שכבה של 0.08 מ"מ; רוחב אקסטרוזיה של 0.48 מ"מ ו; צפיפות מילוי של 100% לכל הדגימות. אף אחת מהדגימות לא דרשה שימוש במבני תמיכה. מודלים תלת-ממדיים כללו דיסקים, פלטות שטוחות, מכשיר הביופילם קלגרי (CBD) ומכשיר רובינס המותאם (MRD). הדיסקים תוכננו כצילינדר בקוטר 6 מ"מ (קוטר) x 6 מ"מ (גובה).
עבור ה-CBD נוצר מודל (טבלת חומרים). ה-CBD כלל שני חלקים: פלטת בסיס, לוח מיקרוטיטר סטנדרטי עם 96 בארות (פורמט ANSI/SLAS), ומכסה (פלטת יתדות): מכסה פולימרי (PLA או PETG) עם 96 יתדות גליליות בקוטר 2 מ"מ (קוטר) ו-5 מ"מ (גובה). ה-MRD פותח עם פינים בקוטר 4 מ"מ (קוטר וגובה) שהיו מקובעים במודל בורג-הברג (טבלת חומרים). לאחר סיום תהליך ההדפסה, המודלים הוסרו בזהירות מלוח הבנייה, נבדקו ויזואלית לאיתור עיוותים, ולאחר מכן עוטרו עם תחמוצת אתילן.
מודל דיסק של ביופילם סטטי
שיטה זו שימשה להשראת יצירת ביופילם על PLA באמצעות דיסקים גליליים בקוטר 6 מ"מ × 6 מ"מ23 שתוארו קודם (איור 1).

איור 1: דיסקי PLA ו-PETG ולוחית עם 24 בארות ליצירת ביופילם במודלים של דיסקים אלו. (א) דיסקי PLA ו-PETG מודפסים בתלת-ממד מייצגים לפני חיסון חיידקים ויצירת ביופילם. (B) דיסקי PLA ו-PETG הממוקמים בלוח של 24 בארות במהלך השראת ביופילם בתנאי תרבית חוץ-גופית . קיצורים; PLA = חומצה פולילקטית; PETG = פוליאתילן טרפתלאט גליקול שעבר. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.
S. aureus אוחסן בטמפרטורה של −80°C במרק סויה טריפטי (TSB) עם תוספת של 15% גליצרול, ולפני כל ניסוי גודל על אגר דם ודגרה במשך 24 שעות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס. מושבה מבודדת הועלתה מחדש ב-10 מ"ל של TSB עם תוספת של 50 מ"מ מ"ל גלוקוז, נוספה לצינור קוני של 50 מ"ל, ודגרה במשך 24 שעות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס בשייקר אורביטלי במהירות 120 סל"ד. התרבית שנוצרה עברה צנטריפוגה למשך 5 דקות בעוצמה של 200 x g, והסופרנטנט נזרק. הכדור נשטפ שלוש פעמים עם 10 מ"ל של NaCl סטרילי של 0.9%. בשלב השטיפה הסופי, הכדור הושתה מחדש ב-10 מ"ל של TSB טרי לקבלת תלייה חיידקית עם עכירות השווה לסטנדרט 0.5 מקפרלנד (כ-1.5 × 108 CFU/mL), כפי שנקבע בנפלומטריה. לאחר מכן דולל המתלה ביחס של 1:10 ל-10 מ"ל של TSB בצינור חרוטי של 15 מ"ל כדי להגיע לריכוז חיידקי סופי של 107 CFU/mL. לניסויים עם דיסקים, נוספו 2 מ"ל מהמתלה החיידקית הקודמת לכל באר של לוחות סטריליים עם 24 בארות כדי לכסות כל קבוצת דיסקים (PLA ו-PETG) למשך שעתיים כדי לאפשר היצמדות תאים. הדיסקים הועברו אז באופן אפטי באמצעות פינצטה סטרילית ללוח סטרילי חדש עם 24 בארות המכיל 2 מ"ל של 0.9% NaCl להסרת תאי פלנקטוניים. נוספו 10 מ"ל טרי של TSB לבארות, והלוחות דוגרו ב-37 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות. במהלך שלב זה, תאים שדבקו למשטחי הדיסק יצרו ביופילם. לאחר הדגירה, מדיום התרבית נאסף, והדיסקים נשטפו ב-2 מ"ל של 0.9% NaCl להסרת מדיום שנותר ותאים לא דביקים לאזור. הוכנה פלטת 24 בארות עם 1 מ"ל תמיסת ונקומיצין בדילול סדרתי (2–4,096 מ"ג/ליטר), והדיסקים הוטבעו במשך 24 שעות. קבוצת ביקורת ללא ונקומיצין (NaCl 0.9%) נכללה. לאחר 24 שעות, הדיסקים נשטפו ב-2 מ"ל NaCl 0.9%.
כדי לכמת את החיידקים הדבוקים על הדיסקים, כל דיסק הועבר באמצעות פינצטה סטרילית למיקרוצינור המכיל 1 מ״ל של NaCl סטרילי 0.9% וסוניקציה באמבט אולטרסוני למשך 15 דקות בתדרים של 40 קילוהרץ ו-37 מעלות צלזיוס לניתוק התאים הדבוקים לניתוק. המיקרוצינוריות היו מערבולות במשך 60 שניות כדי להבטיח פירוק מלא של אשכולות תאים. אליקווטים של 100 מיקרוליטר של הדגימה הלא מדוללת (10°) ו-10⁻2 ו-10⁻4 בדילול סטרילי של 0.9% NaCl צויפו על TSA ונדגרו במשך 24 שעות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס. צמיחת חיידקים נמדדה על ידי ספירת CFU על צלחת ומובעת כ-CFU/mL.
לוחות שטוחים עם 24 בארות לריכוז מינימלי של חיסול ביופילם
לניסויים בלוחות עם 24 בארות, נוספו 3 מ"ל של השעיה חיידקית (שהוכנה כמתואר לעיל) לכל באר למשך שעתיים כדי לאפשר היצמדות תאית מספקת. לאחר מכן, השעיה החיידקית נשאפה, והוספה 3 מ"ל של NaCl סטרילי של 0.9% להסרת תאי פלנקטוניים. נוספו 3 מ"ל TSB טריים, והלוחות דוגרו בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות. במהלך שלב זה, תאים שדבקו למשטחי הבאר יצרו ביופילם. לאחר הדגירה, ה-TSB נשיפה, והבארות נשטפו ב-3 מ"ל של 0.9% NaCl להסרת תווים שנותרו ותאי מדיה שאינם דבקים. 3 מ"ל תמיסת ונקומיצין בדילול סדרתי (2–4,096 מ"ג/ליטר) נוספו לכל באר. קבוצת ביקורת ללא ונקומיצין (NaCl 0.9%) נכללה.
לאחר 24 שעות, התמיסה הוסרה, וכל באר נשטפה בעדינות פעמיים עם 3 מ"ל של 0.9% NaCl. שלושה מיליליטרים של 0.9% NaCl נוספו לכל באר, הלוח כוסה ונאטם בפארפילם, ואז סוניקי באמבט אולטרסוני במשך 15 דקות ב-40 קילוהרץ ו-37 מעלות צלזיוס כדי לפרק את הביופילם הדבוק. נאספו אליקווטים של 100 מיקרוליטר מהבארות, והדגימה הלא מדוללת (10°), 10⁻2 ו-10⁻4 של דלילים שהוכנו ב-NaCl 0.9% סטרילי צויפו על TSA ודגרו במשך 24 שעות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס. צמיחת החיידקים נמדדה לאחר מכן על ידי ספירת CFU/mL. כל הניסויים בוצעו בשלושה עותקים. ריכוז מינימלי של חיסול ביופילם (MBEC) הוגדר כהפחתה של לפחות 3 log10 בהשוואה לקבוצת הביקורת (איור 2).

איור 2: לוחות מודפסים עם 24 בארות. (א)לוחות עם 24 בארות מודפסים ב-PLA. (ב)לוחות עם 24 בארות מודפסים עם PETG. קיצורים; PLA = חומצה פולילקטית; PETG = פוליאתילן טרפתלאט גליקול. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.
מכשיר הביופילם של קלגרי
ה-CBD מורכב מלוח מיקרוטיטר עם 96 בארים ומכסה עם 96 יתדות, שכל אחת מתוכננת להתאים בדיוק לבאר כאשר המכסה מונח על הפלטה. כדי לגרום להיווצרות ביופילם, כל באר של לוח סטרילי בן 96 בארות מולא ב-200 מיקרוליטר של מתליית חיידקים, ולאחר מכן הונחו מכסי יתד סטריליים על הלוח. הלוחות שהורכבו נדגרו בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס במשך 24 שעות בתנאים סטטיים כדי לאפשר התפתחות ביופילם על הפנים. לאחר הדגירה, מכסי היתדות נשטפו בעדינות בצלחת 96 בארות המכילה 200 מיקרוליטר של 0.9% NaCl להסרת תאי פלנקטוניים. הפלטה עם היתדות הוטבלה בלוח נוסף עם 96 בארות שהכילה ונקומיצין בריכוזים מתקדמים (2–4,096 מ"ג/ליטר) ודגרה בטמפרטורה של 37°C למשך 24 שעות בתנאים סטטיים.
הפלטה עם היתדות נשטפה בלוח 96 בארות המכיל 200 מיקרוליטר של 0.9% NaCl, והפינים הוטבעו בקפידה בפלטת TSA בקוטר 15 ס"מ ודגרו ב-37 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות. נצפתה גידול חיידקים, ו-MBEC הוגדר כרכוז הנמוך ביותר שבו לא התרחש צמיחה. כל הניסויים בוצעו בשלושה עותקים (איור 3).

איור 3: מכשיר קלגרי ולוחות שטוחים עם 96 בארות מודפסים עם PLA ו-PETG. (A) מכשיר קלגרי מודפס עם PLA. (ב)לוחות שטוחים עם 96 בארים מודפסים ב-PLA. (C) מכשיר קלגרי מודפס עם PETG. (D) לוחות שטוחים עם 96 בארות מודפסים ב-PETG. קיצורים; PLA = חומצה פולילקטית; PETG = פוליאתילן טרפתלאט גליקול. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.
מערכת דינמית בתנאי זרימה רציפים
כל MRD מכיל חמישה יתדות נפרדות הקבועות בדגם ברג-הברג ומסודרות בקו ישר לאורך תעלה עם חתך מלבני. המערכת הדינמית כללה בקבוק המכיל 1 ליטר תמיסה עם האנטיביוטיקה לבדיקה, מחוברת למשאבה פריסטלטית באמצעות צינור סיליקון המחובר ל-MRD. ההרכבה בוצעה בארון זרימת אוויר למינרי כדי למנוע זיהום. קצב הזרימה הבינוני נשמר על 1 מ"ל לדקה והסתובב במערכת במשך 24 שעות. הנוזל העובר דרך ה-MRD נזרק לבקבוק זכוכית אחר (ללא סירקולציה מחודשת).
ביופילמים של S. aureus הושרו על הפינים של MRD, והפלו את הפינים על לוחות 24 בארות עם TSB עם 3 מ"ל בריכוז של 107 CFU/mL. היתדות נשטפו בעדינות בטבילה בצלחת בת 24 בארות הממולאת ב-3 מ"ל של תמיסת NaCl של 0.9%. היתדות הוברגו בזהירות לתוך ה-MRD (n = 5). תמיסת ונקומיצין (40 מ"ג/ליטר) מדוללת ב-0.9% NaCl הוזרמת דרך ה-MDR באמצעות המשאבה כפי שתואר לעיל למשך 24 שעות. קבוצת ביקורת ללא אנטיביוטיקה (0.9% NaCl) נכללה. ריכוז זה נבחר בהתבסס על ריכוז הסרום שהושג במינונים גבוהים של ונקומיצין תוך-ורידי, כפי שתוארקודם 24. הפינים הוסרו באופן אספטי מה-MRD באמצעות פינצטה סטרילית, הונחו במיקרופופרופסים המכילים 1 מ"ל של NaCl סטרילי 0.9% לאחר שטיפה עם 0.9% NaCl, וסוניקו באמבט אולטרסוני למשך 15 דקות ב-40 קילוהרץ ו-37 מעלות צלזיוס כדי להבטיח ניתוק מוחלט של הביופילם. המיקרוצינורות עברו מערבולת במשך 60 שניות, וההליך חזר על עצמו שלוש פעמים כדי לשבש את האגרגטים הביופילמים שנותרו. אליקווטים של 100 מיקרוליטר צויפו ב-TSA, והלוחות דוגרו במשך 24 שעות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס. גידול החיידקים נמדד ובוטא כ-CFU/mL (איור 4).

איור 4: מכשיר רובינס מותאם עם PETG ו-PLA ותמונה של המערכת הדינמית. (א) מכשיר רובינס מותאם שהודפס עם PETG או PLA. (ב) תמונה של המערכת הדינמית. קיצורים; PLA = חומצה פולילקטית; PETG = פוליאתילן טרפתלאט גליקול. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.
מיקרוסקופיית אלקטרונים סורקת
כדי להמחיש את המורפולוגיה והמבנה של הביופילמים, בוצעה מיקרוסקופיה אלקטרונית סורקת (SEM) על הדיסקים. ביופילם הושר על דיסקים כפי שמתואר בפרוטוקולים. הדיסקים הוסרו בזהירות מהצלחת באמצעות פינצטה סטרילית וקיבעו בתמיסה (0.68 גרם סוכרוז, 0.42 גרם קקודילט נתרן ו-0.6 מ"ל 30% גלוטראלדהיד), עם 19.4 מ"ל מים דה-יוניים, למשך 45 דקות. לאחר מכן, הדגימות הועברו לתמיסת בופר (0.68 גרם סוכרוז ו-0.42 גרם קקודילט נתרן) למשך 10 דקות. הדגימות יובשו לאחר מכן בסדרת אתנול מדורגת (35%, 50%, 70%, ו-100%) למשך 10 דקות כל אחת. לאחר מכן, הדגימות הועברו לצלחת פטרי אחרת וכוסו ב-100% הקסמתיל דיזילזאן למשך 10 דקות. לבסוף, הדיסקים צופו בזהב באמצעות משאבה סיבובית והותקנו על עמוד מתכת לתצפית בהגדלות שונות במיקרוסקופ אלקטרונים סורק (איור 5).

איור 5: מיקרוסקופיה אלקטרונית סורקת של מודלים מודפסים תלת-ממדיים PLA ו-PETG עם ובלי השראה ביופילם. (א) צילום מיקרוסקופ אלקטרוני סורק של PLA ללא ביופילם. (B) צילום מיקרוסקופ אלקטרוני סורק של PETG ללא ביופילם. (C) צילום מיקרוסקופ אלקטרוני סורק של חיידקים יוצרים ביופילם על דיסקי PLA. (ד) צילום מיקרוסקופ אלקטרוני סורק של חיידקים יוצרים ביופילם על דיסקי PETG. C ו-D מראים תכונות טיפוסיות של ביופילמים: ארגון חיידקים למבנה תלת-ממדי, היצמדות למשטחים, ונוכחות של מטריצה חוץ-תאית. פס קשקשים לבן מייצג 10 מיקרון. קיצורים; PLA = חומצה פולילקטית; PETG = פוליאתילן טרפתלאט גליקול. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.
ניתוח סטטיסטי
חלק מהניתוחים היו תיאוריים. בנתונים כמותיים, גודל המדגם הצדיק את השימוש בממוצע עם טווח בין-רבעוני, עם מבחן מאן-וויטני להשוואה סטטיסטית. ערך p < 0.05 נחשב מובהק סטטיסטית.