כל ההליכים עמדו בתקנות המוסדיות והלאומיות ואושרו על ידי ועדת האתיקה של בית החולים העם של שינגטאי (מס' 2024-124). הדרישה להסכמה מדעת בכתב בוטלה משום שנעשה שימוש בנתונים קליניים שנאספו באופן שגרתי ובדגימות שאריות. כל הנתונים הושמרו אנונימיים לפני הניתוח.
עיצוב המחקר, ההגדרה והסכמטיקה הכוללת
מחקר זה נערך כקבוצת תצפית מרכזית אחת שנועדה להעריך את ההשלכות הקליניות של MMP-12 בסרום ושל גידול CDH13, בנפרד ובשילוב, לתת-סוג מולקולרי של סרטן הריאות ולטיפול מותאם אישית. המחקר בוצע בבית החולים של העם שינגטאי. זוהו מטופלים זכאים שנוהלו בין ינואר 2021 ליוני 2022, ונרשמו 262 מטופלים עוקבים שעמדו בקריטריוני הכללה וההדרה שנקבעו מראש.
תהליך העבודה הכולל של הלימוד מוצג באיור 1. הסכימה מתארת את התהליך המלא מזיהוי המטופל ועד לניתוח, כולל סינון ורישום מטופלים, אפיון קליניקופתולוגי בסיסי ופרופיל מולקולרי המבוסס על בדיקות קליניות שגרתיות, איסוף ועיבוד של סרום טרום-טיפול, הכנת רקמת הגידול לאימונוהיסטוכימיה CDH13, כימות של MMP-12 בסרום, דירוג אימונוריאקטיבי CDH13, סיווג טיפול קו ראשון ומסלולי טיפול לאחר מכן, ותוצאה אורכית הערכה, כולל תגובה לטיפול, הישרדות ללא התקדמות, והישרדות כללית. הסכימה מבחינה בין ניתוחי אבחון ותת-סוגים מולקולריים לבין ניתוחי טיפול ותוצאות, ומציינת את נקודות הזמן בהן נאספו הדגימות הביולוגיות, נוצרו תוצאות מולקולריות, החל טיפול ובוצעו הערכות מעקב.
סינון משתתפים, קריטריוני זכאות והפשטת נתונים קליניים
מטופלים פוטנציאליים זכאים זוהו ממערכת המידע של בית החולים ומרשימת הפתולוגיה במהלך חלון ההרשמה שנקבע מראש (ינואר 2021 עד יוני 2022). סרטן הריאות הראשוני אובחן באמצעות היסטופתולוגיה, בתוספת סקירה קלינית רב-תחומית בעת הצורך. נרשמו מטופלים בוגרים עוקבים שעמדו בכל קריטריוני הזכאות. קריטריוני ההכללה כללו סרטן ריאות ראשוני שאושר היסטולוגית, זמינות דגימת סרום לפני הטיפול שהושגה לפני תחילת כל טיפול אנטי-גידולי (ולפני ניתוח במטופלים שעברו כריתה ראשית), זמינות רקמת גידול מספקת לאימונוהיסטוכימיה של CDH13, וזמינות מידע מולקולרי על תת-סוג שנוצר כחלק מטיפול קליני שגרתי. מטופלים עם היסטוריה מתועדת של גידול ממאיר נוסף לפני ההרשמה, מטופלים עם נפח סרום לא מספק או פגיעה בשלמות הדגימה, מטופלים ללא רקמת גידול מוערכת להערכת CDH13, ומטופלים שקיבלו טיפול אנטי-סרטני מערכתית לפני איסוף דם בסיסי.
נתונים קליניקופתולוגיים וטיפוליים נלקחו מרשומות רפואיות אלקטרוניות באמצעות טופס דוח מקרה סטנדרטי עם הגדרות משתנים מוגדרות מראש וכללי קידוד. המשתנים שנרשמו כללו דמוגרפיה (גיל ומין), חשיפה לעישון, מצב ביצועים של קבוצת האונקולוגיה השיתופית המזרחית (ECOG), מחלות נלוות, ממצאי דימות בסיסיים, תת-סוג היסטולוגי, שלב הגידול-גושום-גרורות (TNM) (בהתאם למערכת השלבים בפרקטיקה קלינית שגרתית במהלך תקופת המחקר), פרמטרים בסיסיים במעבדה, ומידע מפורט על טיפול (כולל משטר קו ראשון, תאריכי התחלה, שינויים במינון ומעברי טיפול). חשיפה לעישון נמדדה בשנות חפיסה כך: שנות חפיסה = (סיגריות ביום ÷ 20) × שנות עישון. כאשר היסטוריית העישון אינה שלמה או לא עקבית בין הרשומות, משתנה העישון סווג כלא ידוע, והמקור תועד כאי-התאמה ביומן ההפשטה; ההיעדרות טופלה בהתאם לתוכנית הניתוח הסטטיסטית שנקבעה מראש.
איסוף דגימות, עיבוד ואחסון
דם ורידי היקפי נאסף בתחילת הטיפול האנטי-גידולי. הסרום הופרד בצנטריפוגה ב-1,500 × גרם למשך 10 דקות בטמפרטורת החדר. הסופרנטנט של הסרום הועבר לקריוביאלים בעלי קשר נמוך מבלי להפריע לשכבת התא. הסרום חולק למנות של 200–500 מיקרוליטר כדי למזער מחזורי הקפאה–הפשרה, והאלקוטים אוחסנו בטמפרטורה של −80 מעלות צלזיוס עד ניתוח האצוות. התקופה בין איסוף הדם להקפאה לכל דגימה נרשמה, ודגימות עם זמן איסוף להקפאה העלה על שעתיים לא נלקחו.
נהלי בקרת איכות טרום אנליטיים מוגדרים מראש יושמו על ידי תיעוד המוליזה וליפימיה בעיבוד. דגימות שעברו המוליזציה נראית לעין הוצאו מכימות ELISA. אליקווטים בסרום הופשרו על קרח מיד לפני הבדיקה, מעורבבים בהיפוך עדין, וצונו בצנטריפוגה ב-2,000 × גרם למשך 5 דקות להסרת חלקיקים במידת הצורך. נמנעו מערבולת ומערבולת חזקה כדי למנוע היווצרות בועות וארטיפקטים אופטיים במהלך מדידות הספיגה.
רכישת רקמת הגידול וההכנה
נאספה רקמת גידול מהליכים אבחנתיים שגרתיים (ביופסיה, ברונכוסקופיה, ביופסיית מחט ליבה או כריתה כירורגית). הרקמה התקבעה בפורמלין ניטרלי עם בופר לפי פרקטיקה פתולוגית סטנדרטית והוטמעה בפרפין. חתכים (3–4 מיקרון) הוכנו על שקופיות טעונות לאימונוהיסטוכימיה. שקופיות לא מוכתמות אוחסנו בסביבה יבשה בטמפרטורת החדר ונצבעו במרווח זמן מוגדר מראש כדי למזער את התדרדרות האנטיגן. נשמר יומן שרשרת שמירה שקישור מזהי דגימות לקודי מחקר שאינם מזוהים. הפתולוג שביצע את דירוג CDH13 היה עיוור לערכי MMP-12 בדם, תת-סוג מולקולרי, טיפול ותוצאות.
כימות MMP-12 בסרום באמצעות בדיקת אימונוסורבנט המקושרת באנזימים (ELISA)
דם ורידי היקפי נאסף לפני כל טיפול אנטי-גידולי, רצוי בתוך 7 ימים לפני ביופסיה או תחילת הטיפול. סרום MMP-12 נמדד באמצעות ערכת ELISA מסחרית של MMP-12 לאדם. כל אליקווט סרום הופש פעם אחת על הקרח, ערבב בעדינות, ונבדק בהכפלה לפי הוראות הערכה. עקומה סטנדרטית נוצרה על כל לוח באמצעות דילול סדרתי של התקן הרקומביננטי שסופק, והספיגה נקראה ב-450 ננומטר עם תיקון ייחוס באמצעות קורא מיקרופלט. הריכוזים חושבו על ידי התאמת עקומת רגרסיה לוגיסטית בת ארבעה פרמטרים. כדי להבטיח עמידות אנליטית, נכללו סרום בקרת איכות פנימית (QC) על כל לוח ונעקבו לדיוק בתוך הבדיקה ובין הבדיקות (מקדמי יעד שונים התואמים לאימות הבדיקה). אם התוצאות ירדו מתחת לגבול התחתון של הכמות, חצי מהגבול הזה הוקצה לניתוח סטטיסטי; אם התוצאות עברו את הגבול העליון, המדידה חזרה על עצמה לאחר דילול מתאים. כדי למזער את השפעות האצווה, הדגימות הוקצו באקראי בין הלוחות, וסט זהה של סראות QC נכללה בכל פלטה כדי לעקוב אחרי שונות בין הלוחות. אנשי המעבדה שביצעו את ELISA היו עיוורים לקיבוץ קליני ולתוצאות.
גידול CDH13 אימונוהיסטוכימיה וניקוד אימונוריאקטיבי
אימונוהיסטוכימיה של CDH13 בוצעה על חתכי גידול מוטמעים בפרפין עם פורמלין, תוך שימוש בנוגדן ראשוני מאומת נגד CDH13. קומפלקסים של אנטיגן-נוגדנים זוהו באמצעות מערכת גילוי מבוססת פולימר, והצביעה נראתה באמצעות 3,3′-דיאמינובנזידין (DAB). תהליך צביעה זהה הוחל על כל דגימות המחקר; שקופיות עובדו בכמות, ונכללו בקרות מתאימות.
בלוקים של פרפין חולקו ב-3–4 מיקרון, הופרפו בקסילן, והודרו מחדש באמצעות אתנול מדורג למים מזוקקים. שחזור אפיטופים מונע חום בוצע בבופר ציטראט (10 מ"מ, pH 6.0) באמצעות מיקרוגל בטמפרטורה של 95–100 מעלות צלזיוס למשך 15 דקות, ולאחר מכן קירור לטמפרטורת החדר למשך 20 דקות. פעילות פרוקסידאז אנדוגנית נרגעה עם 3% מי חמצן למשך 10 דקות בטמפרטורת החדר, וחסימת חלבון בוצעה באמצעות תמיסת חסימת סרום רגילה למשך 20 דקות בטמפרטורת החדר. החתכים עברו דגירה עם הנוגדן האנטי-CDH13 הראשי במהלך הלילה בטמפרטורה של 4°C. לאחר השטיפה, המגיב המשני מבוסס הפולימר הוחל במשך 20–30 דקות בטמפרטורת החדר, ולאחר מכן בוצע ויזואליזציה עם כרוגן 3.3′-DAB למשך 3–5 דקות תחת ניטור מיקרוסקופי. המקטעים צובקו בהמטוקסילין, יובשו באמצעות אתנול מדורג, נוקו בקסילן, והותקנו במדיום קבוע להתקנה.
בקרות איכות פנימיות נכללו בכל ריצת צביעה. חתך רקמה חיובי ידוע ל-CDH13 עובד במקביל כקבוצת ביקורת חיובית, והנוגדן הראשי הושמט בביקורת השלילית. הרצה התקבלה רק כאשר מערכת הביקורת החיובית הראתה את דפוס ההצבעה הצפוי בעוצמה מתאימה, והבקרה השלילית לא הראתה צביעה ספציפית. צביעה חזרה על עצמה עבור ריצות עם רקע מופרז, ביצועי שליטה כושלים, או עם אות לא ספציפי שפוגע בפרשנות.
ביטוי CDH13 נמדד באמצעות ציון אימונוראקטיבי (IRS) שנגזר מעוצמת הצביעה ויחס תאי הגידול החיוביים. שני פתולוגים מוסמכים דירגו את כל השקופיות באופן עצמאי תוך עיוורון למדידות סמן ביולוגי בדם, תת-סוג מולקולרי, טיפול ותוצאות. ציונים סותרים נפתרו באמצעות סקירה משותפת במיקרוסקופ רב-ראשי, ודוח ה-IRS שהוכרע נרשם. עוצמת הצביעה הוקצתה ל-0 (ללא צביעה), 1 (חלשה), 2 (בינונית) או 3 (חזקה). שיעור תאי הגידול החיוביים הוקצה ל-0 (0%), 1 (1–10%), 2 (11–50%), 3 (51–80%) או 4 (81–100%). ה-IRS חושב כך: IRS = ציון עוצמה × ציון פרופורציה. ערכי ה-IRS נעו בין 0 ל-12. ביטוי נמוך של CDH13 הוגדר כ-IRS ≤ 3, בהתבסס על סף נפוץ לניקוד אימונורי. IRS נשמר הן כמשתנה רציף והן כקטגוריה דיכוטומית לניתוחים במורד הזרם, כולל השוואות תת-קבוצות ומודלים משולבים של סמנים ביולוגיים. ההסכמה הבין-צופים הוערכה במדגם אקראי מוגדר מראש שכללה 30% מהמקרים באמצעות סטטיסטיקת קאפה משוקללת, והליך הדגימה, הערכת ההסכמה והחלטות השיפוט תועדו במסלול ביקורת.
תת-סוג מולקולרי וסיווג טיפול
מידע על תת-הסוג המולקולרי התקבל מבדיקות קליניות שגרתיות שנערכו על רקמת גידול אבחנתית. התוצאות הושגו באמצעות בדיקות מאומתות קלינית שיושמו בטיפול סטנדרטי, כולל בדיקות מבוססות PCR ממוקדת, פאנלים ממוקדים לרצף מהדור הבא, אימונוהיסטוכימיה ופלואורסצנציה בשטח. לכל מטופל נרשמו סוג הבדיקה, מקור הדגימה, הצהרת ההתאמה ותאריך הדיווח. המטופלים סווגו לפי מצב שינוי דרייבר שניתן לפעול, כולל מוטציות מפעילות EGFR, סידורי ALK, סידורי ROS1, מוטציות KRAS, מוטציות BRAF, שינויים מדלגים על אקסון 14 ב-MET, סידורי RET, שינויים ב-ERBB2 ומיזוג NTRK. ציון היחס בין הגידול ל-PD-L1 נרשם במקום בו בוצע, והביטוי של PD-L1 סווג לפי השכבות שבהן השתמשו בפרקטיקה השגרתית במהלך תקופת המחקר. כל קטגוריות תת-הסוגים המולקולריים הוגדרו מראש לפני הניתוח. כאשר דווחו יותר משינוי פעולה אחד, חולים חולקו לפי כלל סיווג היררכי מוגדר מראש שהעדיף שינויים עם השלכות טיפוליות מונחות גנוטיפ בסדר הבא: מוטציות EGFR, סידורי ALK, סידורי ROS1, מוטציות BRAF, שינויים מדלגים על אקסון 14 ב-MET, סידורי RET, שינויים ב-ERBB2, מיזוגי NTRK ומוטציות KRAS.
מידע הטיפול נלקח מרשומות רפואיות, כולל משטר קו ראשון, תאריכי התחלה והפסקה, וקווי טיפול נוספים. הניהול הראשוני סווג לקטגוריות טיפול בלעדיות שהוגדרו מראש: טיפול ממוקד מונחה גנוטיפ, טיפול מבוסס מעכבי נקודות ביקורת חיסונית, טיפול מבוסס כימותרפיה, וניהול רב-מודאלי הכולל ניתוח עם טיפול מערכתי סביבי ניתוח לפי הצורך. תאריך האינדקס הוגדר כתאריך תחילת הטיפול הסיסטמי הקו הראשון; עבור מטופלים שנוהלו באמצעות כריתה ראשית, תאריך האינדקס היה תאריך הניתוח, והטיפול המערכתי שלאחר מכן סווג כאדג'ובנט לפי הרשומה הקלינית. לניתוחים שעסקו בטיפול מותאם אישית, המטופלים סווגו במשותף לפי תת-סוג מולקולרי וקטגוריית טיפול, וריכוזי MMP-12 בסרום והביטוי של CDH13 הגידול הושוו בין מחלה חיובית לנהג ושלילי למחלה, ובין קבוצות טיפול ממוקדות וקבוצות טיפול מבוססות מעכבי נקודות ביקורת חיסונית.
הגדרות תוצאות ומעקב
תאריך האינדקס הוגדר כתאריך תחילת טיפול אנטי-גידולי קו ראשון. עבור מטופלים שנוטלו בניתוח ראשוני, תאריך האינדקס הוגדר כתאריך הניתוח; טיפול מערכתי מאוחר יותר סווג כאדג'ובנטי או פליאטיבי לפי הרשומה הרפואית. כל מטופל עוקב מתאריך האינדקס ועד המוות, תאריך המגע האחרון המאומת, או תאריך הצנזורה המנהלית, לפי מה שקרה קודם. משך המעקב נרשם בחודשים, ולכל נקודת סיום נשמרו מדד האירוע ותאריך האירוע או הצנזורה המתאים. התוצאות נקבעו באמצעות הפשטה מובנית של התיק הרפואי האלקטרוני, כולל דוחות רדיולוגיה, תיעוד מרפאת אונקולוגיה, רשומות אשפוז ומעקב טלפוני בעת הצורך. נעשה שימוש בטופס דוח מקרה מוגדר מראש, והוחלו כללי ההיררכיה האחידים של המקור. כאשר התאריכים או הסיווגים היו שונים בין הרשומות, הסתירות נפתרו על ידי מתן עדיפות לדוחות רדיולוגיה עכשוויים ולהערות החלטה טיפוליות; הערך הסופי שנקבע והמקורות התומכים בו תועדו. נוהל יומן מעקב המתעד תאריכי דימות, מעברי טיפול, אשפוזים וניסיונות מגע כדי למזער אובדן במעקב ולהבטיח מעקב.
תגובת הגידול הוערכה בחולים עם מחלה מדידה לפי גרסה 1.1 של RECIST. התגובה הכוללת הטובה ביותר סווגה כתגובה מלאה, תגובה חלקית, מחלה יציבה או מחלה מתקדמת. קצב התגובה האובייקטיבי הוגדר כתגובה מלאה או חלקית, וקצב שליטה במחלה כתגובה מלאה, תגובה חלקית או מחלה יציבה. תאריכי תגובה והתקדמות נקבעו בהתבסס על הראיות המתועדות המוקדמות ביותר.
הישרדות ללא התקדמות (PFS) הוגדרה כמרווח מתאריך האינדקס ועד להופעה הראשונה של התקדמות המחלה או מוות מכל סיבה, לפי מה שקרה קודם. ההתקדמות נקבעה בעיקר מדוחות רדיולוגיה המתעדים התקדמות לפי RECIST 1.1. כאשר הרדיולוגיה אינה זמינה בזמן ההידרדרות הקלינית, התקדמות מתועדת על ידי הרופאים התקבלה אם היא קשורה במפורש להחמרת עומס הגידולים וגורמת לשינוי בניהול האנטי-סרטני. מטופלים ללא אירוע בתאריך ההערכה האובייקטיבית האחרונה צונזרו, מה שמאשר את היעדר ההתקדמות. אם קו טיפול מערכתי חדש החל ללא תיעוד מפורש של ההתקדמות, נבדק ההדמיה וסופק תיעוד קליני עכשווי. אם לא ניתן היה לאמת את ההתקדמות, המטופלים צונזרו בהערכה הרנטגונית האחרונה לפני שינוי הטיפול, וכלל ההחלטה שהוחל נרשם.
הישרדות כוללת (OS) הוגדרה כמרווח מתאריך האינדקס ועד למוות מכל סיבה. המצב החיוני נקבע באמצעות רשומות בית חולים והערות מעקב במרפאות חוץ, בתוספת אישור טלפוני מובנה בעת הצורך. תאריך המוות נרשם כמתועד בתיק הרפואי או, כאשר לא היה זמין, כתאריך שאושר על ידי המשפחה במהלך מעקב מעקב, עם תיעוד תומך שנרשם ביומן המעקב. מטופלים שהיו בחיים במועד המגע המאומת האחרון צונזרו.
יושמה זרימת עבודה סטנדרטית של מעקב המותאם למסלולי טיפול שגרתיים. במהלך טיפול מערכתי פעיל, תועדו הערכות קליניות בכל מחזור טיפול, והערכות רדיוגרפיות חוזרות במרווחים קבועים נקבעו לפי פרוטוקול קליני, כאשר שיטת ההדמיה והתאריך נרשמו לכל הערכה. לאחר סיום הטיפול הקו הראשון או במהלך מעקב לאחר הניתוח, נרשמו ביקורי מעקב והערכות דימות בהתאם ללוח הזמנים של המוסד. כאשר לא ניתן היה להשלים מעקב פרונטלי, נערך מעקב טלפוני מובנה לאישור המשך הטיפול, תיעוד אשפוזים במרווחים, אישור מצב המחלה כפי שתועד בהדמיה חיצונית, כאשר רלוונטי, ואישור מצב הישרדות. כל הביקורים שהוחמצו, ניסיונות בלתי נגישים והסיבות להפסקת המעקב תועדו. לפני סיווג מטופל כאבוד במעקב, ניסו ליצור קשר לפחות פעמיים נוספות בימים שונים, וכל ניסיון נרשם.
נשמרה הפרדה פרוצדורלית בין הערכת סמנים ביולוגיים לבין הערכת התוצאה. אנשי הצוות שביצעו מדידת MMP-12 בסרום וניקוד CDH13 היו עיוורים לתוצאות קליניות. הפשטת התוצאה בוצעה ללא גישה לתוצאות הסמנים הביולוגיים כאשר היה אפשרי. תהליך שיפוט דו-שלבי הוחל עבור נקודות קצה של התקדמות ותגובה. תקציר מיומן הקצה סיווג אירועים ותאריכים לפי הכללים שנקבעו מראש, ולאחר מכן קלינאי בכיר סקר באופן עצמאי את ההקצאות. אי-התאמות נפתרו באמצעות סקירה משותפת של דוח הרדיולוגיה המקורי, הערות האונקולוגיה ולוח הזמנים של הטיפול, ונשמר מסלול ביקורת של כל החלטות ההכרעה.
בוצעו בדיקות עקביות לזיהוי רצפים בלתי סבירים, כולל אירועים המתוארכים לפני תאריך האינדקס, מעברי טיפול ללא הערכות תואמות, או תאריכי פטירה ללא תיעוד תומך. מקרים שסומנו תושרו על ידי חזרה למסמכי המקור ועדכון מערך הנתונים עם הערת תיקון מתוארכת שמפרטת את סיבת השינוי ואת הראיות התומכות.
ניתוח סטטיסטי
ניתוחים סטטיסטיים בוצעו באמצעות SPSS (גרסה 26.0) ו-R (גרסה 4.3.0). משתנים רציפים הוצגו כסטיית תקן ממוצעת ± או חציון (טווח בין-רבעוני), לפי הצורך, ומשתנים קטגוריים הוצגו כספירות ואחוזים. השוואות קבוצתיות השתמשו במבחנים פרמטריים או לא-פרמטריים לפי הצורך, עם חי-ריבוע או מבחני פישר המדויקים לנתונים קטגוריים. כל המבחנים היו דו-צדדיים, כאשר P < 0.05 נחשבו למובקות סטטיסטית.
משתנים נבחרו מראש בהתבסס על רלוונטיות קלינית וראיות קודמות, ואותו סט משתנים יושם על מודלים קשורים לתמיכה בהשוואתיות. משתני ההתאמה המרכזיים כללו גיל, מין, חשיפה לעישון, שלב TNM, מצב ביצועי ECOG ותת-סוג היסטולוגי, עם התאמה נוספת לקבוצת הטיפול כאשר יעד הניתוח הוא תת-סוג מולקולרי באוכלוסיות מטופלות. רב-קולינאריות הוערכה באמצעות גורמי אינפלציה של שונות, וקולינאריות בעייתית טופלה באמצעות כללי הפחתת משתנים מוגדרים מראש. דווחו יחסי הסתברויות מותאמים עם רווחי ביטחון של 95% וערכי P דו-צדדיים. מספר המשתנים המשולבים במודלים הלוגיסטיים ורגרסיית Cox הרב-משתנית הוגדר מראש והוגבל ביחס למספר אירועי התוצאה כדי למזער את הסיכון להתאמת יתר. יחס האירועים למשתנה נותר מקובל (≥10) לכל המודלים. לתוצאות מולקולריות רב-קטגוריות, הותקנו מודלים של רגרסיה לוגיסטית רב-נומית, או שבוצעו סדרת השוואות לוגיסטיות בינאריות באמצעות קטגוריית ייחוס מוגדרת מראש, ואסטרטגיית המודלים הוצגה בבירור.
הישרדות ללא התקדמות והישרדות כוללת נותחו באמצעות הערכות קפלן–מאייר, ועקומות הישרדות הושוו באמצעות מבחן דירוג לוגריתם. הקשרים בין סמנים ביולוגיים לתוצאות נמדדו באמצעות רגרסיית סיכונים פרופורציונליים של קוקס, תוך דיווח על יחסי סיכון עם רווחי ביטחון של 95%. מודלים מרובי משתנים של קוקס נבנו באמצעות משתנים קליניים-פתולוגיים מוגדרים מראש, כולל תת-סוג מולקולרי וקטגוריית טיפול, כדי להעריך את ההשלכות לטיפול מותאם אישית. הנחת הסיכונים הפרופורציונליים אושרה באמצעות אבחון שארית של שונפלד וגרפים של הישרדות בלוגריתם-מינוס-לוגם. אם הנחת הסיכונים הפרופורציונליים הופרה עבור משתנה קו-משתנה, הבעיה טופלה באמצעות גישה מוגדרת מראש כגון סטרטיפיקציה על אותו משתנה או הכללת מונח אינטראקציה תלוי זמן, ודווח המפרט הסופי של המודל.
נתונים חסרים טופלו באמצעות אסטרטגיה מוגדרת מראש. כאשר החסרות הייתה מינימלית, בוצעו ניתוחים מלאים של מקרים; אחרת, השתמשו בהטלאות מרובות עם משוואות שרשרתיות, כולל כל המשתנים במודלים האנליטיים. נוצרו עשרה מערכי נתונים מיוחסים, והערכות מאגדות חושבו באמצעות כללי רובין. בניתוחים שכללו השוואות של תתי-סוגים מרובים או נקודות קצה מרובות, קצב הגילוי השגוי נשלט באמצעות הליך מוגדר מראש, או שהניתוחים סומנו בבירור כחוקרים כדי להבטיח שקיפות לגבי ריבוי.
מערך הנתונים של הניתוח ננעל לפני התאמת המודל, ונשמר מילון נתונים מקיף שהגדיר כל משתנה, יחידה, סכמת קידוד וטווח מותר לכל משתנה. דגימות בקרת איכות כפולות על פני לוחות בדיקה נכללו כדי לכמת שונות בין לוחות ולניטור סטייה. לצורך ניקוד באימונוהיסטוכימיה, תועדו רובריקת הניקוד, הליכי עיוורון והערכת ההסכמה בין הצופים, ויומני שיפוט נשמרו למקרים סותרים. יושמו בדיקות טווח מתוכנתות ובדיקות עקביות לוגית בין משתנים מרכזיים, כולל תאריך אינדקס, תאריך איסוף דגימה, תאריך תחילת הטיפול ותאריכי תוצאה. כל הסקריפטים הסטטיסטיים ויומני הפלט המבוקרים בגרסאות נשמרו כדי לאפשר שכפול מלא של זרימת העבודה האנליטית.