הצהרת אתיקה
מחקר זה אושר על ידי ועדת האתיקה של בית החולים הרביעי בשיג'יאטשואנג (מספר אישור 20200031). הסכמה מודעת בכתב התקבלה מכל תורמי רקמות השילייה לפני איסוף הדגימות. כל ההליכים שכללו משתתפים אנושיים בוצעו בהתאם להצהרת הלסינקי. רשימה מלאה של ריאגנטים, חומרים מתכלים, ציוד ותוכנה ששימשו בפרוטוקול זה מופיעה בטבלת החומרים.
איסוף נתונים
נתוני RNA-seq הופקו ממאגר הנתונים GEO. מערכי הנתונים כללו את GSE75010, המכיל נתוני ביטוי גנים מ-157 שליות עם PE ו-173 שליות ללא PE (N = 330). GSE10588 מכיל נתוני ביטוי גנים מ-26 שליות נורמליות ומ-17 שליות עם PE חמור (N = 43). GSE60438 מכיל נתוני פרופיל טרנסקריפטום של decidua basalis מחולות עם פרה-קלמפסיה והריונות נורמוטנסיביים (N = 125). נתוני טרנסקריפטום של תא בודד הופקו ממערך הנתונים GSE183338 ב-GEO. מערך זה כולל דגימות של גרעינים בודדים מהסילי chorionic/הממשק העוברי-אימי של הריונות עם PE והריונות בריאים.
ניתוח DEGs
ראשית, בוצעו עיבוד מקדמי ונרמול עבור מערכי הנתונים GSE75010, GSE10588 ו-GSE60438 של DEGs הקשורים ל-PE. לאחר מכן, בוצע ניתוח ביטוי דיפרנציאלי באמצעות חבילת ה-R “limma”14 בהתבסס על מידע על חלוקת הדגימות לקבוצות. נבחרו גנים עם p < 0.05 ו- |log2FC| > 0.5. תרשימי Volcano של ה-DEGs הופקו באמצעות חבילת ה-R ggplot2. מפות חום של 20 ה-DEGs המובילים שורטטו באמצעות חבילת ה-R pheatmap. לאחר מכן, נלקח החיתוך של ה-DEGs שנבחרו משלושת מערכי הנתונים, ונבנתה רשת אינטראקציות חלבון-חלבון (PPI) עבור הגנים המועמדים באמצעות הפלטפורמה המקוונת STRING, עם ציון אינטראקציה של ≥0.15. 20 גני ה-hub המובילים זוהו עוד יותר מרשת PPI זו על בסיס דרגת הקישוריות שלהם, ודורגו באמצעות תוכנת Cytoscape. תוצאות רשת ה-PPI הוצגו ויזואלית באמצעות תוכנת Cytoscape או STRING.
ניתוח העשרה
ניתוח העשרה של גנים בוצע באמצעות חבילות התוכנה ClusterProfiler ו-DOSE בשילוב עם אתר Metascape. מסדי הנתונים הופקו מ-GO ומ-KEGG. ניתוח ההעשרה בוצע באמצעות הפונקציה “EnrichGO”. מסלולים עם p < 0.05 נחשבו כבעלי העשרה מובהקת. תוצאות ההעשרה הוצגו באופן ויזואלי באמצעות חבילות התוכנה “ggplot2” ו-“ggpubr”.
למידת מכונה
כדי לזהות גנים מובהים (DEGs) חסונים בעלי משמעות ביולוגית הקשורים ל-PE, בוצע ניתוח בחירת מאפיינים באמצעות למידת מכונה רב-מודלית, המבוסס על מאגר הנתונים הטרנסקריפטומי הזמין לציבור GSE60438 (פלטפורמה: GPL6884). מאגר נתונים זה כולל פרופיל ביטוי של דגימות decidua basalis שנאספו מהריונות עם פרה-קלמפסיה והריונות נורמוטנסיביים בניתוח קיסרי. ה-DEGs שעברו סינון ראשוני עברו סטנדרטיזציה, ומטריצת הביטוי, יחד עם מידע תואם על החלוקה הקלינית, שימשה כקלט לארבעה אלגוריתמים שונים של למידת מכונה, זאת במטרה להפחית את הטיות המודל ולהגביר את היציבות של בחירת המאפיינים.
ארבעת האלגוריתמים יושמו בו-זמנית, ללא סדר ספציפי. LASSO בוצע באמצעות חבילת ה-“glmnet” לביצוע ניתוח רגרסיה ובחירת גנים המהווים תכונות חשובות. איבר רגולריזציית L1 הוסף לפונקציית ההפסד, אשר מקטין את המקדמים של תכונות פחות חשובות לאפס, ובכך משיג בחירת תכונות. SVM-RFE יושם באמצעות חבילת ה-“e1071” לבניית מכונת וקטורים תומכים עם סילוק תכונות רקורסיבי. תחילה אומן מסווג באמצעות SVM, והתכונות הפחות אינפורמטיביות הוסרו באופן איטרטיבי על בסיס משקלי תכונות, מה שהוביל לתת-קבוצה אופטימלית של תכונות. XGBoost יושם באמצעות חבילת ה-“xgboost” לבניית עצי החלטה מרובים. כל עץ התאים את השאריות של העץ הקודם, והפלטים המשוקללים נצברו כדי לקבל את התחזית הסופית. Boruta בוצע באמצעות חבילת ה-“randomForest”, תוך יצירת תכונות צל (shadow features) שהתחרו מול תכונות אמיתיות באימון של יער אקראי. תכונות עם ערכי חשיבות הגבוהים באופן מובהק מרעש אקראי נשמרו.
ניתוח נתוני טרנסקריפטום של תא בודד
נתוני טרנסקריפטום של תא בודד הושגו ממאגר ה-GEO, ומטריצת הספירה הגולמית נשProfileAction מ-GSE183338. מטריצת הספירה יובאה באמצעות פונקציית "Read10X" של חבילת Seurat והומרה לפורמט dgCMatrix. אובייקטים בודדים מוזגו לאובייקט מצטבר יחיד באמצעות פונקציית "merge", ותוויות התאים הפכו לייחודיות באמצעות "RenameCells". תאים באיכות נמוכה סוננו על בסיס הקריטריונים הבאים: גנים שהובעו בפחות משלושה תאים הוסרו, ותאים שהביעו פחות מ-200 גנים הוצאו מהניתוח. תאים שעברו בקרת איכות נורמלו וגנים בעלי שונות גבוהה זוהו. נורמליזציה גלובלית של קנה מידה הוחלה באמצעות "LogNormalize" (scale factor = 10,000), גנים בעלי שונות גבוהה (n = 2,000) נבחרו באמצעות "FindVariableFeatures", והנתונים הותאמו באמצעות "ScaleData". ניתוח רכיבים ראשיים (PCA) בוצע על מאפיינים בעלי שונות גבוהה, ו-30 הרכיבים הראשיים המובילים נשמרו. אפקטים של אצוות (Batch effects) בין דגימות תוקנו באמצעות שיטת Harmony. התאים הוצגו ויזואלית ועברו הפחתת ממדים באמצעות UMAP. גרפים של שכנים קרובים משותפים נבנו באמצעות "FindNeighbors" ו-"FindClusters" בהתבסס על אלגוריתם Louvain. פרמטר הרזולוציה ב-"FindClusters" עבר אופטימיזציה בין 0.1 ל-1. עץ הצבירה הוצג ויזואלית באמצעות פונקציית "clustree", ורזולוציה של 0.9 נבחרה להגדרת צבירי התאים. דובלטים פוטנציאליים הוסרו באמצעות אלגוריתם Scrublet. צבירי התאים סומנו על ידי זיהוי גנים מסמנים המובעים באופן דיפרנציאלי באמצעות פונקציית "FindAllMarkers". מבחן Wilcoxon rank sum לא-פרמטרי הוחל עם תיקון בונפרוני. זהויות תאים הוקצו על בסיס סממנים שטח, ספרות רלוונטית ומסד הנתונים לסיווג תאים 15.
תרבית תאים
תאי שורת התאים של הטרופובלסט HTR-8/SVneo תורבדו במצע RPMI-1640 מועשר ב-10% fetal bovine serum ו-1% penicillin/streptomycin. תנאי היפוקסיה הוקמו על ידי תרבית של תאים ב-1% O₂, 5% CO₂, ו-94% N₂ למשך 24 h; ביקורות נורמוקסיות נשמרו ב-20% O₂ ו-5% CO₂16. יש לבצע את כל הליכי תרבית התאים במC-cabinet לבטיחות ביולוגית מסוג Class II תוך שימוש בטכניקה אספטית. יש להשליך מצעי תרבית, ריאגנטים לטרנספקציה ופסולת תאים בהתאם להנחיות הבטיחות הביולוגית המוסדיות.
טרנספקציית תאים
סונתזו פלסמידים המכילים sh-SASH1, sh-NC, OE-SASH1 ו-OE-NC. תאי HTR-8/SVneo נזרעו בצפיפות של 5 × 105 תאים לבאר בלוחיות של שש בארות. לאחר מכן, התאים עברו טרנספקציה עם 2 µg של פלסמיד sh-SASH1, sh-NC, OE-SASH1 או OE-NC לבאר, תוך שימוש בחומר טרנספקציה בהתאם להוראות היצרן. בקצרה, DNA פלסמידי ו-P3000 Reagent דוללו ב-Opti-MEM, עורבבו עם Lipofectamine 3000 שדולל בנפרד ב-Opti-MEM, דגרו למשך 15 min בטמפרטורת החדר, והתווספו לתאים שהגיעו ל-70–80% התמזגות (confluency). ארבעים ושמונה שעות לאחר הטרנספקציה, ביטוי SASH1 נבחן באמצעות RT-qPCR ו-Western blot. רצפי המטרה של shRNA ששימשו להשתקה של SASH1 מופיעים ב-Supplementary Table 1.
PCR כמותי בזמן אמת
RNA כולל הוצא מהתאי HTR-8/SVneo ועבר שעתוק הפוך ל-cDNA באמצעות ערכה לשעתוק הפוך ב-42 °C למשך 30 דקות, ולאחר מכן ב-85 °C למשך 5 דקות. PCR כמותי בזמן אמת (qPCR) בוצע באמצעות SYBR Green master mix בתנאי מחזורים הבאים: 95 °C למשך 10 דקות, ולאחריהם 40 מחזורים של 95 °C למשך 15 שניות ו-60 °C למשך דקה אחת. ביטוי ה-mRNA היחסי חושב באמצעות שיטת ה-ΔΔCt, כאשר β-actin שימש כביקורת פנימית. רצפי הפריימרים ששימשו בניסוי זה מופיעים ב-Supplementary Table 2.
בדיקת Western blot
חלבון כולל הופק מתאי HTR-8/SVneo באמצעות באפר ליזיס. ליזאטים של תאים נאספו, הודגרו על קרח, ועברו סנטריפוגציה ב-12,000 × g למשך 30 דקות ב-4 °C להסרת שאריות בלתי מסיסות. ריכוז החלבון נקבע באמצעות ספקטרופוטומטר. כמויות שוות של חלבון (50 µg) הופרדו ב-SDS-PAGE והועברו לאחר מכן לממברנות PVDF. הממברנות נחסמו עם 5% חלב דל שומן והודגרו עם נוגדנים ראשוניים למשך לילה ב-4 °C. לאחר שטיפה, הממברנות הודגרו עם הנוגדנים המשניים המתאימים, ופסי החלבון הודגמו באמצעות מערכת גילוי כימילומנצנציה מוגברת.
לגילוי חלבונים, הנוגדנים הראשוניים כללו anti-SASH1 ו-β-actin. נעשה שימוש בנוגדנים משניים מתאימים המצומדים ל-horseradish peroxidase (HRP) — goat anti-rabbit ו-goat anti-mouse. β-actin שימש כבקרת טעינה פנימית כדי להבטיח טעינה שווה של חלבונים. עוצמת פסי החלבון נמדדה וכומתה באמצעות תוכנת ImageJ.
בידוד של P-EXOS
P-EXOS בודדו מרקמת סיסי שליה שהושגה משליות במועד של נשים בריאות שעברו ניתוח קיסרי אלקטיבי. רקמת סיסי השליה נשטפה ביסודיות ב-PBS סטרילי, קוצצה למקטעים של כ-1 mm3, ותורבת במצע RPMI-1640 מועשר ב-10% FBS נטול אקסוזומים ב-37 °C ב-5% CO2 למשך 48 h. המצע המותנה הועבר לסבבי צנטריפוגה דיפרנציאלית באופן הבא: 300 × g למשך 10 min להסרת תאים ושאריות רקמה; 2,000 × g למשך 20 min להסרת פסולת תאית; ו-10,000 × g למשך 30 min להסרת מיקרו-וזיקולות, הכל ב-4 °C. הנוזל העליון שהתקבל הועבר לאולטרה-צנטריפוגה ב-120,000 × g למשך 70 min ב-4 °C כדי לשקיע את האקסוזומים. המשקע נשטף פעם אחת ב-PBS והועבר שוב לאולטרה-צנטריפוגה ב-120,000 × g למשך 70 min ב-4 °C. המשקע הסופי הומס מחדש ב-PBS. האקסוזומים המבודדים אופיינו באמצעות אנליזת Western blot לסממני אקסוזומים (PLAP, CD63, ו-TSG101, כאשר GM130 שימש כביקורת שלילית) ונבחנו בהמשך באמצעות מיקרוסקופ אלקטרונים חודר לתצפית מורפולוגית.
ניסוי ספיגה תאית של P-EXOS
כדי לאשר הפנמה תאית של P-EXOS, סומנו אקסוזומים באופן פלואורסצנטי באמצעות צבע ממברנה ליפופילי PKH67 בהתאם לפרוטוקול היצרן. בקצרה, P-EXOS דגרו עם PKH67 (4 µM) ב-Diluent C למשך 5 דקות בטמפרטורת החדר, והתגובה הופסקה על ידי הוספת נפח שווה של 1% bovine serum albumin (BSA). אקסוזומים מסומנים בודדו מחדש באמצעות אולטרה-צנטריפוגציה (120,000 × g, 70 דקות, 4 °C) כדי להסיר צבע שאינו קשור. לאחר מכן, P-EXOS המסומנים ב-PKH67 (50 µg/mL) התווספו לתאי HTR-8/SVneo ודגרו יחד למשך 24 שעות בתנאי נורמוקסיה או היפוקסיה (1% O₂). לאחר מכן, התאים נשטפו שלוש פעמים ב-PBS, קובעו עם 4% פאראפורמאלדהיד למשך 15 דקות, והגרעינים נצבעו ב-DAPI (1 µg/mL). ההפנמה של אקסוזומים מסומני PKH67 הודגמה באמצעות מיקרוסקופיית סריקה לייזר קונפוקלית (CLSM; עירור 490 nm, פליטה 502 nm). לצורך ניסויי קו-קלטורה פונקציונליים, תאי HTR-8/SVneo טופלו ב-P-EXOS בריכוז של 50 µg/mL (שווה ערך לחלבון) במצע RPMI-1640 מלא המועשר ב-10% FBS נטול אקסוזומים תחת תנאי היפוקסיה (1% O₂) למשך 24 שעות.
בדיקת אימונוסורבנט מקושרת לאנזים (ELISA)
נאספו תלויות של תרביות תאים, ורמות ה-IL-6, IL-1β ו-TNF-α נמדדו באמצעות ערכות ELISA עבור IL-6, IL-1β ו-TNF-α, בהתאמה, בהתאם להוראות היצרן. הבליעה באורך גל של 450 nm נמדדה באמצעות קורא מיקרופלייטים, והריכוזים הממשיים חושבו מעקומות הסטנדרט.
סימון קצוות של חריצים באמצעות dUTP בתיווך TdT (שיטת TUNEL)
תאים אפופטוטיים זוהו באמצעות ערכה לבדיקת TUNEL בהתאם להוראות היצרן. בקצרה, התאים קובעו ב-4% paraformaldehyde למשך 15 min בטמפרטורת החדר, עברו פרמבליזציה עם 0.1% Triton X-100 ב-PBS למשך 5 min על קרח, ואומחרו עם תערובת תגובת TUNEL למשך 60 min ב-37 °C בחשכה. הגרעינים נצבעו בצביעה נגדית עם DAPI, ותאים חיוביים ל-TUNEL הודגמו באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנציה וכמותם נקבעה על ידי ספירת אחוז התאים החיוביים ל-TUNEL בלפחות חמישה שדות שנבחרו באופן אקראי לכל דגימה.
ניתוח סטטיסטי
כל הנתונים נותחו באמצעות R ו-GraphPad Prism. משתנים רציפים מוצגים כממוצע ±SD. השוואות בין שתי קבוצות בוצעו באמצעות מבחן t של Student, בעוד שהשוואות בין קבוצות מרובות בוצעו באמצעות ANOVA חד-כיווני ולאחריו מבחן post hoc של Tukey. מובהקות סטטיסטית עבור משתנים קטגוריאליים הוערכה באמצעות מבחן חי-ריבוע או מבחן מדויק של Fisher. אלא אם צוין אחרת, מתאמים בין מולקולות חושבו באמצעות ניתוח מתאם Spearman. ניסויי אפיון אקסוזומים בוצעו באמצעות P-EXOS שהבודדו משלושה תורמי שליה בלתי תלויים. ניסויי תאים בוצעו בשלוש חזרות ביולוגיות בלתי תלויות, המייצגות ניסויים נפרדים שנערכו במועדים שונים באמצעות תאי HTR-8/SVneo ממעברים שונים, כאשר בכל חזרה נעשה שימוש ב-P-EXOS שהבודדו מתורם שליה שונה. ערך p < 0.05 נחשב למובהק סטטיסטית.