השפעות של תמצית ZeLan על פנוטיפים קליניים של PCOS
מתן DHEA השרה של פנוטיפים אנדוקריניים ומטבוליים דמויי PCOS בחולדות, כפי שבא לידי ביטוי בעליות משמעותיות במשקל הגוף, בריכוז הטסטוסטרון בסרום, ביחס LH/FSH ובברמות אינסולין בצום בהשוואה לקבוצת הביקורת (כולם P < 0.05). הערכת התפלגות באמצעות מבחן Shapiro-Wilk תמכה בניתוח פרמטרי עבור נקודות הקצה העיקריות של משקל הגוף והורמונים המסוכמות ב-טבלה 1. טיפול בתמצית ZeLan למשך 28 ימים שיפר באופן משמעותי הפרעות מטבוליות והורמונליות אלו. משקל הגוף נמדד בסיום תקופת הטיפול ביום 56 לפרוטוקול, כולל תקופת אקלמיזציה של 7 ימים. כפי שמוצג ב-טבלה 1, משקל הגוף בקבוצת המודל (291.12 ± 15.35 g) היה גבוה משמעותית מזה של קבוצת הביקורת (227.45 ± 10.12 g, P < 0.05), בעוד שטיפול ב-ZeLan הפחית באופן משמעותי את משקל הגוף ל-245.25 ± 10.21 g (P < 0.05 לעומת מודל). רמות הטסטוסטרון בסרום היו מוגברות באופן ניכר בחולדות מודל PCOS (1.85 ± 0.21 ng/mL) בהשוואה לביקורות (0.51 ± 0.05 ng/mL), והתערבות ב-ZeLan הפחיתה את הטסטוסטרון ל-0.92 ± 0.12 ng/mL. יחס ה-LH/FSH עלה באופן משמעותי בקבוצת המודל (3.28 ± 0.25) ביחס לביקורת (1.25 ± 0.11) והחזיר למצב נורמלי באופן חלקי על ידי טיפול ב-ZeLan (1.85 ± 0.15). רמות אינסולין בצום היו מוגברות בבעלי חיים מהמודל (28.95 ± 2.35 mIU/L לעומת 12.55 ± 1.12 mIU/L בביקורות) והופחתו באופן משמעותי לאחר מתן ZeLan (18.82 ± 1.55 mIU/L) (איור 2). ממצאים אלו אישרו הקמה מוצלחת של פנוטיפ אנדוקרינו-מטבולי דמוי PCOS; עם זאת, היסטופתולוגיה של השחלה, ספירת זקיקים, ניתוח גוף צהוב ומעקב אחר מחזור הבעולת לא בוצעו במחקר זה.
תמצית ZeLan שיחזרה את מגוון האלפא של מיקרוביוטת המעי
ניתוח של מדדי מגוון אלפא (alpha diversity) חשף שינויים משמעותיים במבנה קהילת המיקרוביום במעי הקשור ל-PCOS ולטיפול בו. כפי שמוצג ב-טבלה 2 וב-איור 3, מדד המגוון של שאנון (Shannon diversity index) היה נמוך באופן מובהק בחולדות ממודל PCOS (4.19 ± 0.35) מאשר בביקורות בריאות (6.51 ± 0.28; P < 0.05), מה שמעיד על ירידה במגוון האלפא המיקרוביאלי במצב מחלה. טיפול ב-ZeLan שיקם חלקית את המגוון המיקרוביאלי, כאשר מדד שאנון עלה ל-5.79 ± 0.26 (P < 0.05 לעומת המודל). תוצאות עקביות נצפו עבור מדד סימפסון (Simpson index), שירד מ-0.98 ± 0.01 בביקורות ל-0.82 ± 0.03 בבעלי חיים מהמודל, והשתקם ל-0.93 ± 0.02 בעקבות התערבות ב-ZeLan. מדד Chao1, המשקף את עשירות המינים, הראה דפוס דומה: השראת PCOS הפחיתה באופן משמעותי את ערכי ה-Chao1 מ-1215.3 ± 45.4 ל-665.8 ± 52.1, בעוד שטיפול ב-ZeLan הגביר את העשירות ל-963.5 ± 38.6. ממצאים אלו מעידים במצטבר כי PCOS קשור לדיסביוזיס של מיקרוביום המעי המאופיין בירידה במגוון ובשפע של אלפא, וכי תמצית ZeLan יכולה לשקם חלקית את מבנה הקהילה המיקרוביאלית לכיוון פרופיל הביקורת.
שינויים בהרכב מיקרוביוטת המעי
פרופיל טקסונומי ברמת המערכה (Phylum) חשף הבדלים הרכביים מובחנים בין הקבוצות הניסוייות. כפי שמוצג ב-איור 4, Firmicutes ו-Bacteroidetes היו המערכות הדומיננטיות בכל הקבוצות, ויחד הן היוו למעלה מ-85% מכלל קהילת החיידקים. קבוצת המודל הראתה שפע מוגבר משמעותית של Firmicutes (כ-75%) לצד פרופורציה מופחתת של Bacteroidetes (כ-15%) בהשוואה לקבוצת הביקורת (Firmicutes כ-40%, Bacteroidetes כ-45%), מה שהביא לעלייה ניכרת ביחס בין Firmicutes ל-Bacteroidetes (יחס F/B), המאפיין דיסביוזיס מטבולי. טיפול ב-ZeLan ויסת חוסר איזון זה, על ידי הפחתת שפע ה-Firmicutes לכ-52% תוך הגדלת ה-Bacteroidetes לכ-35%, ובכך נרמול חלקית את יחס ה-F/B לכיוון רמות הביקורת.
ניתוח LEfSe שימש לזיהוי טקסונים חיידקיים שהבדילו בין קבוצת הביקורת (Control) לקבוצת המודל (Model), ובכך הגדירו את החתימה המיקרוביאלית הקשורה למחלה. כפי שמוצג ב-איור 5, ברמת הסוג, קבוצת מודל ה-PCOS הראתה שפע מוגבר באופן משמעותי של Bacteroides (ציון LDA > 3.5), Prevotella (ציון LDA > 3.0) ו-Escherichia (ציון LDA > 2.5), שכולם מקושרים בדרך כלל לתפקוד מטבולי לקוי ולדלקת. לעומת זאת, קבוצת הביקורת הפגינה העשרה של סוגים מועילים, כולל Lactobacillus (ציון LDA > 3.0) ו-Ruminococcus (ציון LDA > 2.5), ששניהם מוכרים בשל תפקידם בשמירה על שלמות מחסום המעי ובהפקת מטבוליטים מועילים כגון חומצות שומן קצרות שרשרת. קבוצת ה-ZeLan לא הוצגה כמחלקה נפרדת בניתוח ה-LEfSe ב-איור 5 כיוון שניתוח זה התמקד בטקסונים המבדילים בין מחלה לבריאות; השפעות הקשורות ל-ZeLan פורשו מתוך שינויי השפע לעבר פרופיל קבוצת הביקורת ומתוך קורלציות בין המיקרוביום למטבולום.
פרופיל מטבולימי וזיהוי מטבוליטים דיפרנציאליים
ניתוח מטבולומיקה לא מכוון זיהה שיבושים מטבוליים משמעותיים הקשורים לתסמונת השחלות הפוליציסטיות (PCOS) ולטיפול בה באמצעות תמצית ZeLan. תרשים ההר געש ב- איור 6 מציג את התפלגות מאפייני המטבוליטים בין קבוצת המודל לקבוצת הביקורת, כאשר מאפיינים עם ביטוי מוגבר (upregulated) ומאפיינים עם ביטוי מופחת (downregulated) מודגשים על פי כיוון השינוי (fold-change) והמובהקות הסטטיסטית. סך של 52 מאפייני מטבוליטים מזוהים נשמרו בטבלת הדיווח המטבולומית המלאה עבור ההשוואה בין קבוצת המודל לקבוצת הביקורת. הרשימה המלאה, הכוללת את שם המטבוליט, מזהה HMDB, סיווג ביוכימי, ערך log2 fold change, ערך P וכיוון הרגולציה, מסופקת כ- טבלה נלווית 1. טבלה 3 מציג מטבוליטים מייצגים ומכוונים בעלי רלוונטיות ביולוגית גבוהה לתסמונת השחלות הפוליציסטיות (PCOS).
טבלה 3 מסכמת מטבוליטים מבדלים מרכזיים מייצגים עם ציוני VIP גבוהים ורלוונטיות ביולוגית לפתופיזיולוגיה של PCOS. הורמונים סטרואידיים, כולל testosterone (VIP = 2.56, P < 0.001) ו-androstenedione (VIP = 2.34, P < 0.001), היו מוגברים באופן משמעותי בבעלי חיים במודל PCOS, בהתאם למצב ההיפראנדרוגני המאפיין מצב זה. גם מטבוליזם של חומצות שומן הופר, כאשר palmitic acid (VIP = 2.12) ו-arachidonic acid (VIP = 1.89) הראו עליות משמעותיות, בעוד שהמתווך הליפי הפרו-דלקתי prostaglandin E2 הוגבר באופן דומה (VIP = 2.05). לעומת זאת, מטבוליטים הקשורים לפעילות מיקרוביאלית מועילה במעי היו מופחתים בבעלי חיים עם PCOS: lithocholic acid, חומצה מרה שניתית המיוצרת באמצעות ביו-טרנספורמציה מיקרוביאלית, פחתה באופן משמעותי (VIP = 2.45), וכך גם חומצת השומן קצרה-השרשרת butyric acid (VIP = 2.21). בנוסף, succinic acid והחומצה האמינו חיונית L-tryptophan הראו ירידות בקבוצת המודל, מה שמרמז על פגיעה בתסיסה מיקרוביאלית ומטבוליזם משתנה של חומצות אמינו.
ניתוח העשרה של מסלולי KEGG
ניתוח העשרה של מסלולים באמצעות מאגר הנתונים KEGG חשף מספר מסלולים מטבוליים בסרום שהיו מושפעים באופן משמעותי ב-PCOS וסבלו משינויים בעקבות טיפול ב-ZeLan. כפי שמתואר ב-איור 7, ביוסינתזה של הורמונים סטרואידיים הופיעה כמסלול המועשר ביותר באופן משמעותי (Rich Factor = 0.80, P < 0.01), באופן העולה בקנה אחד עם הפנוטיפ ההיפראנדרוגני של PCOS. מסלול הסטרואידוגנזה השחלאית היה מועשר במידה גבוהה באופן דומה (Rich Factor = 0.75, P < 0.01), מה שמשקף את מעורבותה של סינתזת אנדרוגנים משובשת בתפקוד לקוי של השחלה. ביוסינתזה של חומצות מרה ראשוניות הראתה העשרה משמעותית (Rich Factor = 0.62, P < 0.02), המצביעה על הפרעה במחזור חומצות המרה האנטרו-הפתי שעשויה להיות קשורה לשינויים במיקרוביוטת המעי. מטבוליזם של חומצה ארכידונית (Rich Factor = 0.56, P < 0.03) ומסלול עמידות לאינסולין (Rich Factor = 0.40, P < 0.04) היו גם הם מועשרים באופן משמעותי, מה שתומך בנוכחות של הפרעות דלקתיות ומטבוליות האופייניות ל-PCOS. מסלול ביוסינתזה של חומצות שומן הראה העשרה מתונה (Rich Factor = 0.30), מה שמרמז על מעורבות של הפרה בבקרת המטבוליזם של ליפידים.
ניתוח קורלציה בין המיקרוביום למטבולום
כדי להעריך קשרים תפקודיים בין הרכב מיקרוביוטת המעי לבין שינויים מטבוליים, בוצע ניתוח מתאם Spearman עם בקרת שיעור גילויים שגויים (false-discovery rate) בין סוגים של חיידקים בעלי שפע שונה לבין מטבוליטים מרכזיים. מפת החום של המתאמים, המאורגנת במקבצים היררכיים ומוצגת ב-איור 8 , חושפת תבניות מובחנות של קשרים בין המיקרוביוטה למטבולום. חיידקים מועילים, הכוללים את Lactobacillus ו-Ruminococcus, הראו מתאמים חיוביים חזקים עם lithocholic acid (r = 0.72 ו-0.68, בהתאמה) ועם butyric acid (r = 0.65 ו-0.60, בהתאמה), בעוד שהראו מתאמים שליליים עם testosterone (r = -0.75 ו-0.80-) ו-androstenedione (r = -0.68 ו-0.72-). ממצאים אלו מרמזים כי חיידקים מועילים שזוהו בניתוח הטקסונומי היו קשורים למטבוליטים הקשורים לאנדרוגנים ולפעילות מטבולית הקשורה ל-SCFA.
לעומת זאת, הסוגים Bacteroides, Prevotella ו-Escherichia הקשורים ל-PCOS הראו דפוסי מתאם הפוכים. חיידקים אלו היו במתאם חיובי עם טסטוסטרון (r = 0.85, 0.82 ו-0.60, בהתאמה), אנדרוסטנדיון (r = 0.78, 0.75 ו-0.55) וחומצה פלמיטית (r = 0.65, 0.60 ו-0.45), בעוד שהם הראו מתאמים שליליים עם מטבוליטים מועילים, כולל חומצה ליתוכולית וחומצה בוטירהטית. דפוסי מתאם אלו תומכים בקשרים פונקציונליים בין טקסונומיות מיקרוביאליות ספציפיות במעי לבין ההפרעות המטבוליות האופייניות ל-PCOS, אך הם אינם מבססים סיבתיות ישירה.
זמינות נתונים:
מערכי הנתונים שהופקו ונותחו במהלך מחקר זה כוללים מטא-נתונים של דגימות, נתוני מקור של פנוטיפ, מדדי alpha-diversity של 16S, סיכומי שכיחות ברמת phylum, תוצאות של טקסונים חיידקיים דיפרנציאליים, טבלאות ניתוח דיפרנציאלי של מטבוליזם, תוצאות של מטבוליטים נבחרים, תוצאות העשרה של נתיבי KEGG, ומטריצת מתאם בין המיקרוביוטה למטבוליטים. נתוני מקור אלו מסופקים כSupplementary File 1 המצורף. מערך הנתונים המעובד של המטבוליטים הדיפרנציאליים מסופק כSupplementary Table 1.

איור 1: עיצוב ניסויי וציר זמן הטיפול. איור סכמטי של זרימת העבודה הניסויית המציג תקופת אקלמיזציה של 7 ימים, תקופת הזרקות של DHEA או vehicle למשך 21 ימים, טיפול בתמצית ZeLan או vehicle למשך 28 ימים, ואיסוף סופי של דגימות סרום וצואה ביום ה-56 לפרוטוקול. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מורחבת של איור זה.

איור 2: השפעות של תמצית ZeLan על פרמטרים אנדוקריניים ומטבוליים. תרשימי קופסה המראים (A) ריכוז טסטוסטרון בנסיוב, (B) יחס LH/FSH, ו-(C) משקל גוף בקבוצות הביקורת (Control), המודל (Model) והטיפול ב-ZeLan לאחר תקופת ההתערבות. נא ללחוץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 3: מגוון אלפא של מיקרוביומה במעי. השוואה של מדד מגוון שאנון בין קבוצת הביקורת, קבוצת המודל וקבוצת הטיפול ב-ZeLan, הממחישה הבדלים במגוון אלפא של מיקרוביומה במעי. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 4: הרכב מיקרוביוטת המעי ברמת המפה (phylum). תרשים עמודות מוערם המציג את השכיחות היחסית של המפות הבקטריאליות השולטות במיקרוביוטת המעי של קבוצות ה-Control, Model והטיפול ב-ZeLan. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 5: טקסונים בקטריאליים דיפרנציאליים שזוהו על ידי ניתוח LEfSe. ניתוח גודל אפקט של אנליזה מבדילה ליניארית (LEfSe) המזהה סוגים בקטריאליים המבדילים בין קבוצת הביקורת לקבוצת המודל. ציוני LDA מציינים את גודל האפקט של טקסונים בעלי שפע דיפרנציאלי. שינויים הקשורים ל-ZeLan מתוארים בתוצאות על בסיס שינויי שפע ביחס לקבוצת המודל. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 6: פרופיל מטבוליטים דיפרנציאלי. תרשים Volcano המציג מאפייני מטבוליטים דיפרנציאליים בין קבוצת המודל לקבוצת הביקורת. נקודות אדומות וכחולות מייצגות מאפייני מטבוליטים עם עלייה (upregulated) וירידה (downregulated) משמעותית בביטוי, בהתאמה, בהתבסס על fold change ומובהקות סטטיסטית. אנא לחץ כאן להצגת גרסה מוגדלת של איור זה.

איור 7ניתוח העשרה של נתיבי KEGG. תרשים בועות (Bubble plot) המציג מסלולים מטבוליים שהועשרו באופן מובהק, אשר זוהו מתוך מטבוליטים דיפרנציאליים. גודל הבועה מייצג את מספר המטבוליטים שמופו, וצבע הבועה מציין את המובהקות הסטטיסטית (P-value) של העשרת המסלול. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מורחבת של איור זה.

איור 8: מתאם בין מיקרוביוטת המעי למטבוליטים בסרום. מפת חום המבוססת על מקבץ היררכי המציגה מקדמי מתאם של Spearman בין סוגים של חיידקים בעלי שפע דיפרנציאלי לבין מטבוליטים נבחרים בסרום. צבע אדום מציין מתאמים חיוביים, בעוד שצבע כחול מציין מתאמים שליליים. אנא לחצו כאן להצגת גרסה גדולה יותר של איור זה.
| קבוצה | N | משקל גוף (ג') | טסטוסטרון (ng/mL) | יחס LH/FSH | אינסולין (mIU/L) |
| ביקורת | 8 | 227.45 ± 10.12 | 0.51 ± 0.05 | 1.25 ± 0.11 | 12.55 ± 1.12 |
| מודל | 8 | 291.12 ± 15.35a | 1.85 ± 0.21a | 3.28 ± 0.25a | 28.95 ± 2.35a |
| ZeLan | 8 | 245.25 ± 10.21b | 0.92 ± 0.12b | 1.85 ± 0.15b | 18.82 ± 1.55b |
| הערה: הנתונים מוצגים כממוצע ± סטיית תקן (SD). a = p < 0.05 בהשוואה לקבוצת הביקורת; b = p < 0.05 בהשוואה לקבוצת המודל (Model group). |
טבלה 1: פרמטרים אנדוקריניים ומטבוליים בחולדות עם PCOS. משקל גוף, רמות טסטוסטרון בנסיוב, יחס LH/FSH ורמות אינסולין בצום נמדדו בקבוצת הביקורת, בקבוצת המודל ובקבוצת הטיפול ב-ZeLan. הנתונים מוצגים כממוצע ± SD.
| קבוצה | מדד שאנון | מדד סימפסון | מעריך Chao1 |
| ביקורת | 6.51 ± 0.28 | 0.98 ± 0.01 | 1215.3 ± 45.4 |
| מודל | 4.19 ± 0.35a | 0.82 ± 0.03a | 665.8 ± 52.1a |
| ZeLan | 5.79 ± 0.26b | 0.93 ± 0.02b | 963.5 ± 38.6b |
| הערה: הנתונים מוצגים כממוצע ± סטיית תקן (SD). a = p < 0.05 בהשוואה לקבוצת הביקורת; b = p < 0.05 בהשוואה לקבוצת המודל. |
טבלה 2: מדדי alpha diversity של מיקרוביומ המעי. השוואה של מדד Shannon, מדד Simpson ומעריך Chao1 בין קבוצת הביקורת (Control), קבוצת המודל (Model) וקבוצות הטיפול ב-ZeLan. הנתונים מוצגים כממוצע ± SD.
| שם המטבוליט | HMDB ID | סוג/מחלקה | מגמה (מודל מול ביקורת) | p-value | ציון VIP |
| Testosterone | HMDB0000286 | סטרואיד | עלייה ↑ | < 0.001 | 2.56 |
| Androstenedione | HMDB0000055 | סטרואיד | עלייה ↑ | < 0.001 | 2.34 |
| Palmitic acid | HMDB0000220 | חומצת שומן | עלייה ↑ | < 0.001 | 2.12 |
| Arachidonic acid | HMDB0001043 | חומצת שומן | עלייה ↑ | 0.003 | 1.89 |
| Prostaglandin E2 | HMDB0001036 | ליפיד | עלייה ↑ | < 0.001 | 2.05 |
| Lithocholic acid | HMDB0000752 | חומצת מרה | ירידה ↓ | < 0.001 | 2.45 |
| Butyric acid | HMDB0000039 | SCFA | ירידה ↓ | < 0.001 | 2.21 |
| Succinic acid | HMDB0000254 | חומצה אורגנית | ירידה ↓ | 0.021 | 1.65 |
| L-Tryptophan | HMDB0000929 | חומצה אמינית | ירידה ↓ | 0.015 | 1.58 |
| הערה: VIP = Variable Importance in Projection (ערך של VIP > 1 נחשב למשמעותי). | | |
טבלה 3: מטבוליטים דיפרנציאליים מייצגים בסרום. מטבוליטים רפרנטיביים מזוהים הקשורים לתסמונת השחלות הפוליציסטיות (PCOS) והמוסדרים על ידי תמצית ZeLan, כולל מזהי HMDB, סיווג מטבוליטים, מגמת ויסות, ערך P וציון VIP. הרשימה המלאה של 52 מאפייני מטבוליטים מזוהים מופיעה ב- טבלה נלווית 1.
טבלה נלווית 1: מערך נתונים מלא של מטבוליטים מאונוטטים. רשימה מלאה של 52 מאפייני מטבוליטים מאונוטטים שנשמרו לדיווח מטבולומי, הכוללת את שם המטבוליט, מזהה HMDB, סיווג ביוכימי, fold change, ערך P, וכיוון רגולציה.אנא לחצו כאן להורדת קובץ זה.
קובץ משלים 1: נתוני מקור התומכים בניתוחים הניסויים, המיקרוביומיים והמטבוליים. חוברת עבודה זו מכילה את מידע הדגימות, מדידות פנוטיפ קליני, מדדי גיוון של ריצוף 16S rRNA, שפע יחסי של מיקרובים ברמת המערכה (phylum), ניתוח טקסונים דיפרנציאליים באמצעות LEfSe, ניתוח מטבולי דיפרנציאלי, מטבוליטים מייצגים, ניתוח העשרה של נתיבי KEGG, נתוני מטריצת מתאם וסיכום אימות נתונים ששימשו ליצירת האיורים והטבלאות המוצגים במאמר.אנא לחצו כאן להורדת קובץ זה.