כל ההליכים הניסיוניים במחקר הנוכחי בוצעו בהתאם למדריך של המכונים הלאומיים לבריאות (National Institutes of Health) לטיפול ושימוש בבעלי חיים במעבדה, ואושרו על ידי הוועדה המוסדית לטיפול ושימוש בבעלי חיים (מספר אישור IACUC-2023-0156).
בעלי חיים
נקבות של חולדות Sprague-Dawley (מספר = 24, גיל 6 שבועות, משקל גוף 180–200 g) הושגו ממרכז החיות למעבדה של המוסד המסונף והושכנו בתנאים סביבתיים מבוקרים (טמפרטורה של 22 ± 2°C, לחות של 50 ± 10%, מחזור אור/חושך של 12 שעות) עם גישה חופשית למזון סטנדרטי למכרסמים ולמים מזוקקים. לאחר תקופת אקלימציה של שבוע אחד, הבעלי החיים חולקו באופן אקראי לשלוש קבוצות ניסוי (מספר = 8 לכל קבוצה): ביקורת, מודל PCOS וטיפול ב-ZeLan. גודל המדגם נקבע על בסיס מחקרים קודמים שבחנו שינויים במיקרוביוטה של המעי במודלים של PCOS, כאשר ניתוח עוצמה הצביע על כך ש-8 בעלי חיים לקבוצה יספקו עוצמה של 80% לזיהוי הבדל פי 1.5 במדדי גיוון אלפא ב-α = 0.05.
הקמה של מודל PCOS ופרוטוקול טיפולי
מודל ה-PCOS הוקם באמצעות פרוטוקול מנוסח היטב הכולל הזרקה תת-עורית של dehydroepiandrosterone (DHEA; Sigma-Aldrich, USA) המומס בשמן שומשום לאזור העורף במינון של 6 mg/100 g ממשקל הגוף מדי יום למשך 21 ימים רצופים. חיות הבקרה קיבלו נפחים שווי ערך של שמן שומשום כנושאי חומר (vehicle). ציר הזמנים הניסויי המלא כלל 7 ימי אקלימציה, 21 ימים של השראת המודל, ו-28 ימי התערבות, כאשר דגימת נקודת הסיום התבצעה ביום ה-56 של הפרוטוקול, כולל תקופת האקלימציה (איור 1). תמצית ה-ZeLan הוכנה מצמח Lycopus lucidus Turcz. מאומת באמצעות מיצוי מימי, ותוקננה כך שתכיל פלבנואידים כלליים בריכוז של לא פחות מ-2.5% לפי כרומטוגרפיה נוזלית בעוצמה גבוהה (HPLC), אשר שימשה כקריטריון בקרת האיכות הכימית עבור התמצית הבוטנית. לאחר השלמת הקמת המודל המושרה על ידי DHEA, חולבים בקבוצת ה-ZeLan קיבלו מתן פהיתה (oral gavage) של תמצית ZeLan במינון של 200 mg/kg ממשקל הגוף מדי יום למשך 28 ימים רצופים, בעוד שקבוצות הבקרה והמודל קיבלו נפחים שווי ערך של מים מזוקקים. מינון ה-200 mg/kg נבחר כמינון פרמקולוגי גשש בהתבסס על ניסיון קודם בשימוש בחיות עם תמציות בוטניות ושיקולי סבילות ראשוניים; הערכה פורמלית של תגובת מינון-מענה לא הייתה חלק מהניסוי הנוכחי. משקל הגוף נרשם מדי שבוע לאורך התקופה הניסויית. בתכנון ניסויי זה, הצלחת הקמת מודל ה-PCOS הוערכה באמצעות פרוטוקול השראת ה-DHEA יחד עם פנוטיפים אנדוקרינים ומטבוליים בנקודת הסיום, כולל משקל גוף, טסטוסטרון בנסיב, יחס LH/FSH ואינסולין בצום. בדיקה היסטופתולוגית של השחלה, ספירת זקיקים, כימות גופי חלקה (corpus luteum) וניטור סדרתי של מחזור ההשבחה לא נכללו כנקודות סיום לאישור המודל, ולכן פרשנות התפקוד השחלאי התבססה על מדדים אנדוקרינים ומטבוליים ולא על הערכה ישירה ברמת הרקמה.
איסוף ועיבוד דגימות
דגימות (סרום וצואה) נאספו מכל שלוש הקבוצות (n = 8 לכל קבוצה) לצורך ניתוחים ביוכימיים, ניתוחי מיקרוביוטה וניתוחי מטבוליזום בהמשך. איסוף הדגימות הסופי בוצע בבוקר לאחר צום של לילה כדי להפחית שונות הקשורה למחזור דבירי (circadian) ולהאכלה. דגימות דם נאספו מאורטה בטנית תחת הרדמה ועברו צנטריפוגציה ב-3,000 × g למשך 15 דקות ב-4°C להשגת סרום, אשר חולק למכסויות (aliquots) ואוחסן ב-80°C- עד לניתוחי ההורמונים והמטבוליזום. דגימות צואה טריות נאספו ישירות מהמעי העיוור (cecum) בתנאים סטריליים לתוך קריו-מבחנות סטריליות, נשמרו על קרח יבש במהלך ההעברה, הוקפאו בהקפאה מהירה בחנקן נוזלי תוך 10 דקות מהאיסוף, ואוחסנו ב-80°C- עד לביצוע ריצוף גן 16S rRNA.
מדידות הורמונים בסרום
ריכוזים בסרום של טסטוסטרון, הורמון לוטאיזינציה (LH), הורמון מעורר זקיקים (FSH) ואינסולין נמדדו באמצעות ערכות ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) זמינות מסחרית (Cusabio Biotech, Wuhan, China) בהתאם להוראות היצרן. יחס ה-LH/FSH חושב כמדד משולב של חוסר איזון בגונדוטרופינים האופייני ל-PCOS. כל הדגימות נותחו בכפולות, ומדידות עם מקדמי שונות של כפולות הגדולים מ-15% בוצעו שוב. נקבע כי מקדמי השונות בתוך הבדיקה (intra-assay) ובין הבדיקות (inter-assay) יישמרו מתחת ל-10% ו-15%, בהתאמה. ערכים חריגים פוטנציאליים נסרקו אל מול רשומות המקור ומידע על ביצועי הבדיקה, ולא הוצא ערך כלשהו מהניתוח על בסיס סטטיסטי בלבד ללא סיבה טכנית מתועדת.
ריצוף של הגן 16S rRNA ואנליזה ביואינפורמטית
DNA גנומי בקטריאלי כולל הופק מתכני העקום באמצעות ערכת QIAamp DNA Stool Mini Kit (Qiagen, Germany) בהתאם לפרוטוקול היצרן. איכות וכמות ה-DNA נבחנו באמצעות ספקטרופוטומטריית NanoDrop ואלקטרופורזה בג'ל אגרוז, ותמציות ה-DNA נשמרו בטמפרטורה של -80°C לפני בניית הספריות. האזורים ההיפרו-וריאביליים V3-V4 של גן ה-16S rRNA הוגברו באמצעות הפריימרים אוניברסליים 338F (5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3') ו-806R (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3') עם רצפי אדפטור של Illumina. ספריות אמפליקונים נבנו, טוהרו, כמותן נמדדה, איחודן בוצע בריכוזים אקו-מולריים, והרצף נקרא בפלטפורמת Illumina NovaSeq 6000 (Novogene, Beijing, China) באמצעות קריאות paired-end של 250 bp.
קריאות רצף גולמיות עובדו באמצעות צינור העיבוד QIIME2 (גרסה 2022.2). קריאות Paired-end עברו דה-מולטיפלקס (demultiplexing), מיזוג, סינון איכות באמצעות סף ציון Phred של לפחות 20, ועיבוד עם DADA2 להסרת רצפים כימריים ולהפקת וריאנטים של רצפי אמפליקון (ASVs). סיווג טקסונומי בוצע מול מאגר הייחוס SILVA 138 באמצעות מסווג naive Bayes. מדדי גיוון אלפא, כולל מדד שאנון (Shannon index), מדד סימפסון (Simpson index) ואומדן Chao1, חושבו כדי להעריך את הגיוון והעשירות בתוך הדגימות. תוצרי עומק הרצף, כולל סיכומי קריאות, טבלאות שפע של ASV, כיסוי של Good (Good's coverage) וקבצי עקומות רריפקציה (rarefaction-curve), נחשבו כחלק מסט הנתונים של המיקרוביום המתואר בסעיף זמינות הנתונים. ניתוח גודל אפקט של אפליה ליניארית (LEfSe) שימש לזיהוי טקסונים הקשורים למחלה בהשוואה בין קבוצת הביקורת (Control) לקבוצת המודל (Model), תוך שימוש בסף ציון LDA הגבוה מ-2.0 ו-P < 0.05; השפעת ההיפוך הקשורה ל-ZeLan הוערכה על ידי השוואת כיוון השינויים בשפע הטקסונומי בקבוצת ה-ZeLan ביחס לקבוצת המודל.
ניתוח מטבוליקה לא מכוון
פרופיל מטבוליקה של סרום בוצע באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית בעלת ביצועים גבוהים במיוחד המשולבת עם ספקטרומטריית מסות מסוג quadrupole time-of-flight (UHPLC-Q-TOF-MS; Agilent 1290 Infinity II/6550, USA). דגימות סרום (100 μL) עורבבו עם 400 μL של תערובת קרה של methanol: acetonitrile (1:1, v/v) המכילה סטנדרטים פנימיים, עוברו בערבול (vortex) והודגרו בטמפרטורה של -20°C למשך שעה אחת כדי להשקיע חלבונים. לאחר צנטריפוגציה ב-14,000 × g למשך 15 דקות, תמליי השכבה העליונהיובשו תחת זרם חנקן וחודשו ב-100 μL של acetonitrile:water (1:1, v/v) לצורך הניתוח. הפרדה כרומטוגרפית הושגה בעמודת ACQUITY UPLC HSS T3 (2.1 × 100 mm, 1.8 μm) שנשמרה בטמפרטורה של 40°C, תוך שימוש במים המכילים 0.1% formic acid כפאזה ניידת A וב-acetonitrile המכיל 0.1% formic acid כפאזה ניידת B בקצב זרימה של 0.30 mL/min. לצורך הפרדת המטבוליטים נעשה שימוש בתוכנית גרדיאנט המעלה את הפאזה האורגנית מ-5% ל-95%, ולאחריה שטיפת העמודה ואיזון מחדש. נתוני ספקטרומטריית מסות נרכשו הן במצב יינון חיובי והן במצב יינון שלילי של electrospray עם טווח סריקה של m/z 50–1200; פרמטרי המקור כללו מתח קפילרי של 3.5 kV, זרימת גז ייבוש של 10 L/min, טמפרטורת גז ייבוש של 325°C, לחץ נבולר של 35 psi ומתח fragmentor של 120 V.
קבצי נתונים גולמיים הומרו לפורמט mzXML ועובדו באמצעות חבילת XCMS ב-R לצורך זיהוי שיאים, יישור זמני שימור (retention-time alignment) ואינטגרציה של שטחי שיאים. דגימות לבקרת איכות, שהוכנו על ידי איחוד מנות שוות של כל תמצי סרום, הוכנסו לאורך רצף הניתוח כדי לנטר את יציבות המכשיר. תכונות עם חסר מופרז בנתונים או שחזור לא יציב של בקרת האיכות הוסרו לפני המידול הסטטיסטי. זיהוי המטבוליטים בוצע על ידי התאמת מסה מדויקת, זמן שימור ותבניות פרגמנטציה של MS/MS אל מול מאגרי המידע Human Metabolome Database (HMDB), METLIN וספריות ספקטרליות פנימיות. ניתוחים סטטיסטיים רב-משתנים בוצעו באמצעות MetaboAnalyst 5.0. תכונות של מטבוליטים שנשמרו לדיווח המשכי תועדפו באמצעות קריטריון משולב שכלל תרומה מבחינה מבדילה רב-משתנית, כיוון שינוי קיפול (fold-change) וראיות סטטיסטיות; ערכי P הותאמו באמצעות שיטת Benjamini-Hochberg כדי להתחשב בבדיקות מרובות. טבלת הדיווח המלאה והמannotated, המכילה 52 תכונות של מטבוליטים, מסופקת כ-Supplementary Table 1. ניתוח העשרה של מסלולים בוצע באמצעות מאגר הנתונים Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG).
ניתוח סטטיסטי
כל הניתוחים הסטטיסטיים בוצעו באמצעות SPSS גרסה 26.0 (IBM Corporation, Armonk, NY, USA) ותוכנת R (גרסה 4.2.1). נתונים רציפים הוצגו כממוצע ± סטיית תקן (SD) ונבחנו לנורמליות באמצעות מבחן שפירו-וילק (Shapiro-Wilk) לפני ביצוע בדיקות הסקה. עבור נתונים בעלי התפלגות נורמלית, נעשה שימוש בניתוח שונות חד-כיווני (ANOVA) ולאחריו מבחן פוסט-הוק של Tukey להשוואות בין קבוצות מרובות; עבור נתונים שאינם בעלי התפלגות נורמלית, נעשה שימוש במבחן קרوسקל-וואליס (Kruskal-Wallis) עם מבחן פוסט-הוק של Dunn. מתאמים בין טקסונים של מיקרוביוטת המעי לבין מטבוליטים בנסיוב הוערכו באמצעות מקדם המתאם הרגבי של ספירמן והוצגו כמפות חום עם אשכולהיררכי. ערכי ה-P של המתאמים הותאמו לבדיקות מרובות באמצעות שיטת קצב התגליות השגויות של בנימיני-הוכברג, ורק מתאמים שהיו עקביים בכיוונם ומובהקים סטטיסטית פושטרו. ערך P דו-זנבי < 0.05 נחשב למובהק סטטיסטית, אלא אם צוין סף P מתואם.