מחקר זה השתמש בפרמקולוגיה רשתית, עגינה מולקולרית ומודל ניקוב בדיסק זנב בעכברים כדי לחקור את ההשפעות הפרה-קליניות האפשריות של דקוקציה Yi Qi Huo Xue על נמצאות דיסק מותני, עם דגש על מטרות מועמדות כגון AKT1, BCL2 ו-STAT3, ומסלולים כמו איתות PI3K-AKT.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר מחקר
מחקר זה השתמש בפרמקולוגיה רשתית, עגינה מולקולרית ומודל ניקוב בדיסק זנב בעכברים כדי לחקור את ההשפעות הפרה-קליניות האפשריות של דקוקציה Yi Qi Huo Xue על נמצאות דיסק מותני, עם דגש על מטרות מועמדות כגון AKT1, BCL2 ו-STAT3, ומסלולים כמו איתות PI3K-AKT.
במחקר זה נעשה שימוש בפרמקולוגיה רשתית, עגינה מולקולרית, סימולציה של דינמיקה מולקולרית ואימות ניסויי כדי לחקור את הבסיס הפרמקולוגי והמנגנונים המולקולריים הפוטנציאליים של דקוקציה Yi Qi Huo Xue (YQHXD) בניוון דיסק מותני (LDD). זוהו בסך הכל 678 מטרות פעילות הקשורות לתרכובות של YQHXD ו-296 מטרות טיפוליות פוטנציאליות הקשורות ל-LDD. ניתוח רשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון וניתוח טופולוגי זיהו מספר מטרות מועמדים, כולל AKT1, IL6, TNF, BCL2 ו-STAT3. ניתוחי העשרה באמצעות Gene Ontology ו-Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes הראו כי היעדים המועמדים היו קשורים לתפקודים כמו קישור חלבונים וקישור ATP, עם העשרת מסלולים שכללה איתות PI3K-AKT. עגינה מולקולרית חזה אינטראקציות בין תרכובות פעילות נבחרות, כגון קוורצטין, טטרנוירין A ואיזורהמנטין, לבין היעדים המרכזיים. סימולציות דינמיקה מולקולרית הציעו עוד כי הקומפלקסים בעלי האנרגיה הנמוכה ביותר נשארו יציבים. שבעים זכרים של חולדות ספרג-דולי חולקו באקראי לקבוצות הביקורת, המטופלות בפיקוח, מודל, קבוצת ביקורת חיובית, וקבוצות YQHXD במינון נמוך, בינוני וגבוה. לאחר הקמת מודל ניקוב דיסק בין-חולייתי במודל, קבוצת ביקורת חיובית ו-YQHXD, חולדות קיבלו YQHXD או סלקוקסיב באמצעות גאווג' דרך הפה במשך 8 שבועות, בעוד שבקבוצות הביקורת וקבוצות ההפעלה המזויפת קיבלו תמיסת מלח תקינה. הערכה היסטופתולוגית הראתה כי טיפול ב-YQHXD היה קשור להפחתת ניוון דיסק בין-חולייתי במודל זה. בדיקת אימונוסורבנט מקושרת באנזים, תגובת שרשרת פולימראז וניתוחי ווסטרן בלוט הראו שינויים ברמות ה-mRNA והביטוי של חלבונים במטרות נבחרות, כולל AKT1, BCL2 ו-STAT3. ממצאים אלו מצביעים על כך ש-YQHXD עשוי להפעיל השפעות הגנה פרה-קליניות ב-LDD באמצעות ויסות רב-רכיבי ורב-מטרות, הכולל מנגנונים הקשורים לדלקת ואפופטוזיס. מחקר זה מספק ראיות פרה-קליניות ראשוניות התומכות בחקירה נוספת של YQHXD עבור LDD.
ניוון דיסק מותני (LDD) הוא מצב אורתופדי נפוץ הקשור לגיל, המאופיין בהופעה מאוחרת, קושי בטיפול, הישנות גבוהה ונכות. LDD כולל שינויים פתולוגיים ניווניים הקשורים לחוסר איזון בין מטבוליזם קטבולי לאנאבולי של המטריצה החוץ-תאית (ECM) בדיסק הבין-חולייתי (IVD) והוא קשור קשר הדוק לכאבי גב תחתון (LBP)1. מחקרים אפידמיולוגיים מראים כי LBP הוא אחד הגורמים המובילים לנכות בפרקטיקה קלינית2.
בין 1990 ל-2017, מספר המקרים העולמיים עלה מ-42.5 מיליון ל-64.9 מיליון3, מה שהשפיע על חיי היומיום והטיל נטל חברתי וכלכלי משמעותי. לכן, טיפול יעיל ב-LDD נשאר חשוב קלינית. בפרקטיקה קלינית, LDD מנוהל לעיתים קרובות באמצעות טיפולים סימפטומטיים שמרניים או כירורגיים, שיכולים להקל על התסמינים אך בדרך כלל אינם מבטלים ניוון דיסק בין-חולייתי (IVDD). תרופות נוגדות דלקת לא-סטרואידיות נפוצות לטיפול שמרני עשויות להיות קשורות גם לתופעות לוואי כליות, מערכת העיכול והלב וכלי הדם.
הרפואה הסינית המסורתית (TCM) משמשת זמן רב בניהול מחלות4. דווח כי תרכובות צמחיות ורכיבים בודדים מעכבים את התקדמות ה-IVDD ומקדמים רגנרציה של רקמות5. בפרקטיקה הקלינית, נוסחאות הרפואה הסינית משמשות גם כחלק מאסטרטגיות ניהול שמרניות למחלות ניווניות של עצם ומפרקים. בית הספר לרפואה של משפחת וו באזור סוז'ואו השתמש ב-Yi Qi Huo Xue Decoction (YQHXD) כמרשם מרכזי להפרעות IVD מותניות; עם זאת, נדרשת ראיות מכניות נוספות כדי להבהיר את תפקידו הפוטנציאלי ב-LDD.
מחקרים קודמים הציעו ש-YQHXD עשוי לעכב את IVDD על ידי קידום אוטופגיה תאית והפעלתהשפעות אנטי-אייג'ינג. עם זאת, המנגנונים הפרמקולוגיים שבאמצעותם YQHXD עשוי להשפיע על LDD עדיין לא ברורים, ועדיין חסר ניתוח שיטתי של אופן הפעולה שלו. במחקר זה, פרמקולוגיה רשת שימשה לניתוח המאפיינים הרב-רכיביים והרב-מטריים של YQHXD ביחס ל-LDD. עגינה מולקולרית שימשה להערכת אינטראקציות בין תרכובות לחלבוני מטרה, ואחריה סימולציות דינמיקה מולקולרית. תחזיות אלו הוערכו לאחר מכן באמצעות מודל ניקוב דיסק זנב של חולדה כדי לחקור מנגנונים פוטנציאליים של YQHXD ב-LDD8. כפי שמוצג באיור 1, מחקר זה מספק ראיות פרה-קליניות לכך ש-YQHXD עשוי להשפיע על תהליכים הקשורים ל-LDD על ידי ויסות גנים וחלבונים כמו AKT1, BCL2 ו-STAT3, עם העשרת מסלולים הכוללת איתות PI3K-Akt וקטגוריות מסלולים נוספות הקשורות למחלות.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
כל הניסויים אושרו על ידי מועצת הביקורת המוסדית של אוניברסיטת נאנג'ינג לרפואה סינית (קוד פרוטוקול: 202501A018) ונערכו בהתאם למדריך המכון הלאומי לבריאות (NIH) לטיפול ושימוש בבעלי חיים במעבדה. כל ההליכים הניסיוניים עמדו בהנחיות ARRIVE.
תרופות ניסיוניות
תמיסת הדגימה של YQHXD הכילה 20 גרם שורש Astragalus membranaceus , 20 גרם שורש Angelica sinensis , 15 גרם Ligusticum chuanxiong rhizome, 6 גרם שורש Stephania tetrandra , 15 גרם פרי Chaenomeles speciosa ו-10 גרם זרעי Sinapis alba בוגרים, עם משקל תרופתי גולמי כולל של 86 גרם לכל מרשם. כל החומרים הצמחיים אומתו לפי הפרמקופיאה הסינית (מהדורת 2020) על ידי המחלקה לרוקחות, בית החולים רויקאנג, המסונף לאוניברסיטת גואנגשי לרפואה סינית. תמיסת הדגימה YQHXD הוכנה בשיטת דגימה במים. נוספו מים מזוקקים סטריליים בגודל פי 8 מהכמות הכוללת של התרופות הגולמיות, והעשבים הושרתו למשך 30 דקות עד שנטמעו לחלוטין. לאחר מכן התערובת הורתחה ורוקנה על אש נמוכה למשך 30 דקות לפני הסינון. השאריות הוצאו שוב עם אותו נפח מים מזוקקים סטריליים באותו הליך. הסינון משני הניקוזים שולבו ורוכזו ל-55.5 מ"ל תחת לחץ מופחת באמצעות אידוי סיבובי לקבלת תמיסת המלאי YQHXD. בהתבסס על משקל התרופה הגולמי הכולל, ריכוז התרופה הגולמי הסופי היה 1.55 גרם/מ"ל, עם תפוקת הפקה של כ-64.5%. המינון שניתן לעכברים ניסיוניים הומר מהמינון הקליני של מבוגרים באמצעות שיטת נרמול שטח הגוף. מקדם ההמרה בין בני אדם לחולדות היה כ-6.3; לכן, מינון העכברים (mg/kg) חושב כמינון האנושי (mg/kg) × 6.3. קבוצת המינון הגבוה קיבלה 15.48 גרם/ק"ג/יום כמנה ייחוסה, בעוד שקבוצות המינון הבינוני והנמוך קיבלו 7.74 גרם/ק"ג/יום ו-3.87 גרם/ק"ג/יום, בהתאמה. לנפח גאבאג' של 10 מ"ל/ק"ג, ריכוזי העבודה המתאימים היו 1.548, 0.774 ו-0.387 גרם/מ"ל עבור קבוצות המינון הגבוה, הבינוני והנמוך, בהתאמה. תמיסת המלאי מדוללת בהתאם כדי להגיע למינון היעד לכל קבוצת ניסוי לפני ההעברה. לאחר ההכנה, הסוכריות הוקררו, הופרקו בתנאים סטריליים, ונשמרו בטמפרטורה של −40 מעלות צלזיוס עד לשימוש.
ניתוח פרמקולוגיה רשתית
חיזוי חלבוני מטרה לרכיבים פעילים
ב-24 בנובמבר 2025 נשלפו תרכובות פעילות ממסד הנתונים של TCMSP באמצעות מונחי החיפוש "Huangqi, Angelica, Chuanxiong, Stephania, Mugua, ו-Jiezi." התרכובות נבדקו בהתבסס על זמינות ביולוגית דרך הפה (OB ≥ 30%) ודמויות תרופות (DL ≥ 0.18). הנימוק לספים אלו הוא כדלקמן: מאגר הנתונים של TCMSP משלב נתוני תרכובות ממקורות סמכותיים כגון PubChem, ChEMBL ו-ChemSpider ומספק פרמטרים הקשורים ל-ADME, כולל זמינות ביולוגית אוראלית. זמינות ביולוגית דרך הפה מתייחסת לאחוז המנה הניתנת דרך הפה שמגיע למחזור הדם המערכתי ללא שינוי, ו-OB גבוה חיוני לזיהוי מולקולות ביואקטיביות. דמיון תרופות הוא מדד המשמש להערכת יכולת התרופות של תרכובות ולחיזוי מסיסותן ויציבותן. במחקר זה, הוחל סף OB מחמיר יותר (≥30%), העולה על הערך המומלץ במאגר הנתונים (≥20%), לזיהוי תרכובות מועמדות עם פרופיל ספיגת אוראלי ופרמקוקינטי מועדפים. בינתיים, DL שימש להערכת הפוטנציאל דמוי התרופות של תרכובות, ואומץ סף של DL ≥ 0.18 בהתבסס על ערך DL הממוצע שנצפה בתרכובות הרפואה הסינית המסורתית. התרכובות הפעילות שנבחרו נאספו בפורמט SMILES ממאגר PubChem ויובאו למסד הנתונים SwissTargetPrediction לחיזוי מטרות, כאשר המין מוגדר כ-Homo sapiens. חלבוני המטרה הוסדרו מסטנדרטים באמצעות סמלי גנים רשמיים, ורק מטרות עם ערכי הסתברות גבוהים מ-0 נשמרו לשיפור אמינות החיזוי. תרכובות ללא יעדים צפויים הוצאו מניתוח רשת מאוחר יותר. לאחר מיזוג כל היעדים, ערכים כפולים הוסרו באמצעות תוכנת גיליונות אלקטרוניים כדי להבטיח שכל מטרה מיוצגת רק פעם אחת במאגר הנתונים הסופי.
איסוף יעדים מרכזיים
גנים הקשורים למחלה נאספו ממאגרי GeneCards10, OMIM11 ו-TTD12 באמצעות מילת המפתח "התנוונות בדיסק מותני". מטרות הגנים שנאספו אוחדו, ורשומות כפולות הוסרו כדי לקבל סט סופי של מטרות הקשורות למחלות.
מטרות פוטנציאליות של YQHXD לטיפול ב-LDD
פלטפורמת Venny 2.1.0 שימשה לקביעת היעדים הפוטנציאליים של YQHXD ב-LDD. לאחר מכן נוצרה רשת שהראתה את הקשרים בין הרכיבים הפעילים לבין היעדים החזויים שלהם. רכיבים פעילים מרכזיים נבחרו לפי ערכי הדרגה שלהם ברשת.
בניית רשת של רכיבי תרופות ומטרות חיתוך מחלות
רכיבים פעילים, חלבוני מטרה וגנים הקשורים ל-LDD מנוסחת ה-TCM YQHXD יובאו לתוכנת Cytoscape13 לבניית דיאגרמת רשת תרופה-רכיב-מטרה-מחלה.
בניית רשת PPI וזיהוי יעדי ליבה מרכזיים
מטרות חותכות הוגשו לפלטפורמת STRING14 לניתוח, כאשר האורגניזם מוגדר להומו ספיינס. כדי לבנות את רשת האינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI), סף ציון האינטראקציה נקבע על >0.4, הצמתים המנותקים הוסתרו, וכל שאר ההגדרות נותרו כברירת מחדל. הנתונים שהתקבלו יובאו לתוכנה, שם נעשה שימוש בכלי NetworkAnalyzer להערכת תכונות טופולוגיות ולחישוב דרגות צומתים. חמשת הצמתים המובילים שדורגו לפי דרגה זוהו כיעדים מרכזיים במרכזים.
ניתוח העשרה של מטרות ליבה
יעדים מצטלבים הועלו למאגר הנתונים של DAVID15 לאנוטציה פונקציונלית של GO וניתוח העשרת מסלולים של אנציקלופדיה של גנים וגנומים של קיוטו. רקע האורגניזם נקבע כהומו ספיינס, כאשר חיתוך ההעשרה הוגדר לפי פרמטרי DAVID ברירת המחדל, כולל סף EASE < 0.1 וסף Count ≥ 2. יקום הגנים התבסס על רקע הגנום המלא המוגדר כברירת מחדל שסופק על ידי דייוויד. בדיקות מרובות תוקנו באמצעות שיטת Benjamini-Hochberg לשליטה בקצב הגילוי השגוי (FDR), ותוצאות DAVID הותאמו על בסיס זה. מסלולים מועשרים סודרו לפי ערך הספירה בסדר יורד. גרשי הבר להעשרה של GO ו-KEGG יוצרו באמצעות פלטפורמת ביואינפורמטיקה מקוונת.
עגינה מולקולרית
כדי לחזות אינטראקציות בין המרכיבים הפעילים המרכזיים של YQHXD לבין היעדים המרכזיים של LDD, בוצע ניתוח עגינה מולקולרית במחקר זה. חמש התרכובות הפעילות המרכזיות, שדורגו לפי ערכי דרגה טופולוגית ברשת ורלוונטיות למטרה, נבחרו כליגנדים, בעוד חלבוני המטרה המתאימים שימשו כקולטנים. קבצי SDF של ליגנד נאספו מ-PubChem, ומבנים תלת-ממדיים של חלבוני המטרה הורדו מבנק נתוני החלבונים (PDB). ניתוח העגינה בוצע על פלטפורמת CB-Dock2 באמצעות פרוטוקול עגינה עיוורת אוטומטי לחלוטין. לאחר העלאת מבני החלבון, הפלטפורמה הסירה אוטומטית הטרואטומים, כולל מולקולות קטנות, יונים ומולקולות מים, ובהמשך תיקנה אטומים ואטומי מימן חסרים. נעשה שימוש במצב עגינה אוטומטית עיוורת. במצב זה, CB-Dock2 מזהה כיסי קישור פוטנציאליים לפני שטח חלבון באמצעות אלגוריתם זיהוי חלל מבוסס עקמומיות ולאחר מכן מבצע חישובי עגינה באמצעות מנוע Vina16 המשולב AutoDock. במהלך תהליך העגינה, החלבונים טופלו כמבנים קשיחים, בעוד הליגנדים נחשבו לגמישים, וכל פרמטרי העגינה הוגדרו לערכי ברירת המחדל של הפלטפורמה. תוצאות העגינה עברו ויזואליזציה תלת-ממדית וניתוח אינטראקציה באמצעות הכלים המובנים של CB-Dock217, וחושבו אנרגיות קישור כדי להעריך את הזיקות הצפויות בין התרכובות הפעילות לחלבוני המטרה.
סימולציית דינמיקה מולקולרית
סימולציות דינמיקה מולקולרית בוצעו עבור קומפלקס חלבון-ליגנד המטרה באמצעות GROMACS 2022.2. החלבון עוצב באמצעות שדה כוח Amber14SB, ומערכת הממס יוצגה באמצעות מודל המים TIP3P. מטענים אטומיים של הליגנד חושבו באמצעות שיטת AM1-BCC שיושמה ב-Antechamber, ואחריה הקצאה של סוגי אטומי GAFF2. קבצי הטופולוגיה שהתקבלו הומרו לפורמט תואם GROMACS באמצעות ACPYPE. פרמטרי יון התואמים את מודל המים TIP3P הוקצו על בסיס קבוצת הפרמטרים של ג'ונג-צ'יטהאם. קומפלקס ההתחלה הוצב בתיבת סימולציה דודקאדרית מקוצרת עם לפחות 1.2 ננומטר בין פני החלבון לשפת הקופסה. מולקולות מים TIP3P נוספו להמיס את המערכת, ויוני Na+ ו-Cl− הוכנסו לנטרול מטען המערכת והגדרת עוצמת היונים ל-0.15 M. מזעור אנרגיה בוצע באמצעות אלגוריתם הירידה התלול ביותר עד שהכוח המקסימלי היה מתחת ל-1,000 kJ·mol−1·nm−1. המערכת הותאמה אז ל-100 כוחות סוס תחת אנסמבל NVT ב-298 K ו-1 בר. לאחר האיזון, סימולציית הפקה של 100 ננו-שניות הופעלה תחת אנסמבל NPT עם צעד זמן של 2 fs. אינטראקציות לא קשורות טופלו באמצעות סכמת החיתוך Verlet. אינטראקציות אלקטרוסטטיות חושבו באמצעות שיטת רשת חלקיקים Ewald (PME), וחיתוך של 1.2 ננומטר שימש הן לאינטראקציות ואן דר ואלס והן לקולון. קשרים המכילים מימן הוגבלו באמצעות אלגוריתם LINCS. הטמפרטורה נשלטה באמצעות תרמוסטט נוסה-הובר, והלחץ נשלט באמצעות ברוסטט פארינלו-רחמן, תוך שמירה על 298 קלווין ו-1 בר. המסלולים נשמרו כל 10 ps. דינמיקה מבנית ואינטראקציות בין-מולקולריות נותחו באמצעות כלי GROMACS מובנים, VMD ו-PyMOL. אנרגיית הקישור החופשית הוערכה עם gmx_MMPBSA כאשר נדרש.
מחקרי בעלי חיים
גידול בעלי חיים
שבעים זכרים של חולדות ספרג-דולי (SD) בגילאי 3–8 שבועות חולקו באקראי לשבע קבוצות ניסוי (n = 10 לקבוצה) תוך שימוש במספרים אקראיים שנוצרו על ידי מחשב, כדי להבטיח שלא יהיו הבדלים מובהקים סטטיסטית במשקל הגוף הבסיסי בין הקבוצות. כל בעלי החיים הוחזקו בתנאים מבוקרים (22 ± 1 מעלות צלזיוס, 55 ± 10% לחות יחסית, מחזור אור/חושך של 12 שעות) עם גישה חופשית למזון ולמים. מיקומי הכלוב היו אקראיים בכל החלפת כלוב כדי למזער הטיה סביבתית. לאחר שבוע של הסתגלות, חולדות בקבוצות המודל עברו ניקוב IVD זנבי כדי לגרום לניוון. הרדמה מקומית עם בופיבאקאין ניתנה לפני הניתוח להפחתת הכאב. בעלי החיים היו תחת פיקוח צמוד במהלך הניתוח ובמהלך ההחלמה לאחר הניתוח. תצפיות לאחר הניתוח כללו זמן החלמה, שיקום פעילות ספונטנית, צריכת מזון ומים, ושינויים במשקל הגוף. שבוע לאחר הקמת המודל, שני חולדות מכל קבוצה נבחרו באקראי להדמיית רדיוגרפיה דיגיטלית (DR) לאחר ניתוח ולצביעת המטוקסילין ואאוזין (HE). ניתוח רדיוגרפי הראה ירידה בגובה IVD הזנב, בעוד שצביעת HE חשפה ירידה משמעותית בתאי הנוטוכורד של גרעין הפולפוסוס (NP) וחוסר ארגון במבנה הלמלר18 של האנולוס פיברוזוס, מה שמאשר הצלחת הקמת המודל. שמונה שבועות לאחר הניתוח, חולדות הושמתו באמצעות שאיפת מנת יתר של איזופלורן, ונאספו דגימות רקמת זנב ודם. לאחר אימות ראשוני, נעשה שימוש בשלוש דגימות עצמאיות מכל קבוצה שעמדו בקריטריוני איכות מוגדרים מראש לניתוחי ההיסטולוגיה הסופית, ELISA, PCR ו-Western Blot. חתכים היסטולוגיים הוערכו בתנאי עיוורון יחיד, כאשר המצגות סומנו רק לפי מספרי זיהוי בעלי חיים. לבדיקות ELISA, PCR ו-Western Blot, הוחל קידוד עיוור במהלך התייחסות והסימון של הדגימות, וסדר הבדיקות של כל הדגימות היה אקראי לפני הניסויים. נתונים גולמיים, כולל ערכי ספיגה, ערכיCt ועוצמות תחום, פוענחו לזהויות קבוצות על ידי סטטיסטיקאי שלא היה מעורב בקיבוצים ניסיוניים או בעיבוד דגימות, ולאחר מכן נותחו על ידי אנשי צוות סטטיסטי. כל הניתוחים הסטטיסטיים בוצעו על ידי סטטיסטיקאים שלא היו מעורבים בקיבוצים ניסיוניים או בעיבוד דגימות. כל תופעת לוואי, כולל זיהום פצע, התפרקות, דימום או עייפות חמורה, נרשמה והועברה מיד. מצבים קלים נבדקו בקפידה עם טיפול תומך מוגבר. נקודות קצה הומניות יושמו אם חולדות הציגו ירידה במשקל הגוף העולה על 20% מהבסיס הבסיסי, כאב חמור שלא הוקם על ידי משככי כאבים, אובדן ניידות, חוסר יכולת לגשת למזון או מים, זיהום, נמק, סיבוכים חמורים לאחר הניתוח, מצוקה נשימתית או כל מצב מסכן חיים. במקרים כאלה, בעלי חיים הושמתו בהומאן על ידי שאיפת מנת יתר של איזופלורן.
מודלים ניסיוניים
העכברים הורדמו באמצעות איזופלוראן שנשאף והונחו על השכיבה. ה-IVDs בזנב של CO6/7, CO7/8 ו-Co8/9 אותרו תחת הנחיית פלואורוסקופית של קרני רנטגן. מחט 21 G הועברה אנכית לתוך ה-IVD עד שהגיעה לצד הנגדי של העור, ולאחר מכן קצה המחט נמשך לכיוון מרכז הזנב. מחט שנייה שימשה כהתייחסות למיקום. כדי לגרום לניוון IVD מתמשך, המחט סובבה 360°, הוחזקה במקום למשך 30 שניות, ואז הוסרה. בקבוצת השאם, עומק הדקירה בעור ובשריר היה כ-2 מ"מ, מבלי לפגוע ב-IVD. בקבוצות אחרות, המחט הוחדרה 5 מ"מ למרכז ה-IVD, כדי להימנע מכלי דם. לאחר ההחדרה, המחט סובבה 360° והשאירה במקום למשך 30 שניות. אתר הניקוב חוטא, סומן והוגן בגזה סטרילית. שבוע לאחר המודל, צילום רנטגן של עמוד השדרה הזנבי הראה ירידה בגובה ה-IVD. צביעת HE חשפה ירידה משמעותית בתאי נוטוכורד NP וחוסר ארגון במבנה הלמלה הטבעתית, מה שאישר הצלחת בבניית המודל. לאחר מידול מוצלח, הקבוצות שקיבלו טיפולי TCM וקבוצת הביקורת החיובית (PC) קיבלו את המינונים המתאימים, שחושבו בהתבסס על יחס שטח הגוף בין בני אדם לחולדות.
קיבוצים והתערבות
בסך הכול שימשו 70 זכרים בגילאי 3–8 שבועות בניסוי זה, וחולקו לשבע קבוצות:
(1) קבוצת ביקורת (Ctrl): חולדות בקבוצה זו חולקו באקראי באותו זמן ובתנאים זהים לקבוצות הניסוי. הם הוחזקו בכלובים נפרדים במתקן בעלי חיים ברמת SPF, עם גישה חופשית לאוכל סטנדרטי ומים לשתייה.
(2) קבוצת שמים: העכברים הורדמו על ידי שאיפת איזופלורן. לאחר שהוקמה ההרדמה, עור הזנב חוטא בפובידון-יודין, והעכברים הונחו לשכיבה. ה-IVDs של CO6/7 ו-Co7/8 אומצו תחת הנחיית פלואורוסקופית בקרני רנטגן. המחט התקדמה כ-2 מ"מ דרך העור והשריר מבלי לפגוע ב-IVD. מים מזוקקים (10 מ"ל/ק"ג) ניתנו פעם ביום על ידי גוואג' במשך 8 שבועות.
(3) קבוצת מודל: העכברים הורדמו באמצעות איזופלורן שנשאף. לאחר שהוקמה ההרדמה, עור הזנב חוטא בפובידון-יודין, והעכברים הונחו לשכיבה. בהנחיית פלואורוסקופית של רנטגן, אותרו תצורות ה-CO6/7, Co7/8 ו-Co8/9. מחט 21G הועברה אנכית לתוך ה-IVD עד שהגיעה לצד הנגדי של העור, ואז קצה המחט נמשך לכיוון מרכז הזנב.
מחט שנייה שימשה כנקודת ייחוס מיקומית. המחט סובבה 360° והוחזקה במקומה במשך 30 שניות כדי לגרום להידרדרות מתמשכת של ה-IVD לפני ההסרה. מים מזוקקים (10 מ"ל/ק"ג) ניתנו מדי יום באמצעות גוואג' במשך 8 שבועות, וההחלמה של העכברים נבדקה מקרוב לאחר הניתוח.
(4) קבוצת הביקורת החיובית: קבוצת הביקורת החיובית עברה את אותו הליך מידול כמו קבוצת המודל ולאחר מכן קיבלה תזונת אורלית של סלקוקסיב (20 מ"ג/ק"ג/יום), שהוכן כמתכון ב-0.5% נתרן קרבוקסימתילצלולוז (CMC-Na), במשך 8 שבועות רצופים, עם נפח גאבאז' של 10 מ"ל/ק"ג משקל גוף.
(5) קבוצת המינון הנמוך YQHXD [YQHXD(L)]: המידול בוצע כמו בקבוצת המודלים. העכברים קיבלו YQHXD של 3.87 גרם/ק"ג/יום על ידי גאווג' במשך 8 שבועות, עם נפח גאבאג' של 10 מ"ל/ק"ג וריכוז עבודה של 0.387 גרם/מ"ל.
(6) קבוצת מינון בינוני YQHXD [YQHXD(M)]: המודלים בוצעו כמו בקבוצת המודלים. העכברים קיבלו YQHXD של 7.74 גרם/ק"ג/יום באמצעות גאווג' במשך 8 שבועות, עם נפח גאבאז' של 10 מ"ל/ק"ג וריכוז עבודה של 0.774 גרם/מ"ל.
(7) קבוצת המינון הגבוה של YQHXD [YQHXD(H)]: המידול בוצע כמו בקבוצת המודלים. העכברים קיבלו YQHXD ב-15.48 גרם לק"ג/יום באמצעות גאווג' במשך 8 שבועות, עם נפח גאבג' של 10 מ"ל/ק"ג וריכוז עבודה של 1.548 גרם/מ"ל.
שינויים פתולוגיים
רקמת ה-IVD הזנבית של העכברוש בודדה בניתוח, ונצפו שינויים ב-IVD וברקמות השרירים הסובבות. הרקמה שנאספה עובדה לאחר מכן לחתכים פתולוגיים, כאשר הדגימות הוכנו בחתכים אורכיים לצורך תצפית מורפולוגית. ה-IVD החוליתי הזנב, שנקבע בפורמלדהיד במשך 96 שעות, עבר דה-אלציפיקציה מהירה באמצעות תמיסה דה-אלציפית, התייבש באמצעות סדרת אלכוהול מדורגת, ונוקר עם קסילן. לאחר הטמעה בפרפין, הוכנו מקטעי פרפין בגודל 5 מיקרון. לאחר דה-פרפיניזציה עם קסילן והתייבשות באמצעות סדרת גרדיאנטים של אלכוהול, החתכים צוברו בהמטוקסילין ואאוזין. לאחר מכן התייבשו, פונו והועלו על הרכב. הדגימות נצפו תחת מיקרוסקופ אופטי כדי לבחון שינויים מורפולוגיים במבנה ה-IVD הזנבי בין הקבוצות. בהמשך, בוצעה צביעת טריכרום של מסון. החתכים צוברו ברצף בתמיסת אשלגן דיכרומט והמטוקסילין למשך 3 דקות כל אחד, לאחר מכן התמיינות באתנול חומצי, ולאחר מכן צובעו ב-Picrosirius Red למשך 10 דקות. לאחר טיפול בחומצה פוספוטונגסטית במשך 10 דקות, החלקים צובקו בכחול טולואידין למשך 5 דקות. לאחר ההתייבשות, החתכים נוקו עם קסילן, הותקנו ונצפו תחת מיקרוסקופ כדי לבחון שינויים ב-IVD הזנב.
זיהוי ELISA של חלבוני מטרה בסרום
שמונה שבועות לאחר הניתוח, חולדות הורדמו באמצעות איזופלורן שנשאף, ונאסף דם באאורטה הבטנית. דגימות הדם ההיקפי נשמרו בטמפרטורת החדר במשך שעה וצנטריפוגה ב-1,400 × גרם למשך 10 דקות. הסרום הופרד ואוחסן בטמפרטורה של −80°C עד לשימוש. רמות AKT1, STAT3 ו-Bcl-2 בסרום נמדדו באמצעות בדיקת אימונוסורבנט קשור לאנזים (ELISA). הבדיקות בוצעו בהתאם לפרוטוקולי היצרנים. הספיגה נקראה ב-450 ננומטר, והריכוזים נקבעו על פי עקומות סטנדרטיות. טווחי הגילוי של AKT1, STAT3 ו-BCL-2 היו 0.625–40 ng/mL, 31.25–1000 pg/mL, ו-0.16–10 ng/mL, בהתאמה, עם רגישויות של 0.1 ng/mL, 10pg/mL ו-0.1ng/mL. כל דגימות הסרום נותחו ללא דילול, וכל התוצאות נכנסו לטווחי העקומות הסטנדרטיים המתאימים. כל הדגימות והתקנים נבדקו בכפלות, והנרמול בוצע על בסיס נפחי דם שווים.
זיהוי PCR של רמות ביטוי גנים
רקמות דיסק בין-חולייתי ננתקו מחוליות הזנב של העכברים, ונאספו כ-20 מ"ג מכל דגימה. הרקמות טוחנו בחנקן נוזלי ופורקו ב-500 מיקרוליטר של בופר ליזזה לא אנזימטי למשך 15 דקות. לאחר מכן הופק סך ה-RNA, וריכוזו וטוהרו נמדדו באמצעות ספקטרופוטומטר. דגימות עם ערכי A260/A 280 של 1.8–2.0 התקבלו לניתוח, וריכוזי ה-RNA הותאמו ל-500 ng/μL. שעתוק הפוך בוצע בהתאם לפרוטוקול היצרן. PCR כמותי (qPCR) בוצע על מערכת PCR בזמן אמת למדידת ביטוי mRNA של Akt1, Bcl-2 ו-Stat3 . רצפי פריימרים מסופקים בטבלה 1. תוכנית ה-PCR כללה דנאטורציה ראשונית ב-95 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות, ואחריה 40 מחזורים של 95 מעלות צלזיוס למשך 5 שניות ו-60 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות. ניתוח עקומת ההתכה בוצע לאחר ההגברה כדי לאמת את ספציפיות המוצר. Gapdh שימש כגן ייחוס, וכל הדגימות נותחו בשלושה עותקים. יעילות הגברת הפריימר הייתה בין 90%–110%. ביטוי הגנים היחסי חושב באמצעות שיטת 2−ΔΔCt .
ווסטרן בלוטינג לרמות ביטוי חלבון
חלבון כולל בודד מרקמות דיסק בין-חולייתי בזנב של חולדה מכל קבוצה. הרקמות עברו ליזה בבופר RIPA בתוספת מעכבי פרוטאז. ריכוז החלבון נמדד באמצעות ערכת בדיקת חלבון BCA והותאם ל-2 מיקרוגרם/מיקרוליטר. כמויות חלבון שוות (15 מיקרוגרם לדגימה) הופרדו על ידי 10% SDS-PAGE והועברו לממברנות פוליווינילידין דיפלואוריד (PVDF) בזרם קבוע של 300 מילי-אמפר למשך 90 דקות באמצעות מערכת העברה רטובה. הממברנות נחסמו עם חלב דל שומן 5% למשך שעה בטמפרטורת החדר ודגרו במהלך הלילה בטמפרטורה של 4°C עם נוגדנים ראשוניים נגד AKT1 (1:5,000), STAT3 (1:6,000), Bcl-2 (1:1,500) ו-β-אקטין (1:4,000). לאחר שטיפת TBST, הממברנות הודגרו בנוגדנים משניים צמודים לפרוקסידאז חזרת (HRP) בדילול של 1:5,000 למשך שעה בטמפרטורת החדר. רצועות חלבון זוהו באמצעות תגובת כימילומינסנציה מוגברת (ECL), והתמונות צולמו באמצעות מערכת הדמיית ג'ל בתנאי חשיפה זהים. עוצמות הרצועות נמדדו באמצעות ImageJ ונרמלו ל-β-אקטין כדי לקבוע ביטוי חלבון יחסי. כל ניסוי בוצע באופן עצמאי בשלושה עותקים, כאשר כל דגימה נלקחה מחיה שונה.
סטטיסטיקות
התוצאות מבוטאות כסטיית תקן ממוצעת ± (SD). ההבדלים בין הקבוצות הוערכו באמצעות ניתוח חד-כיווני של שונות (ANOVA), ואחריו בדיקת ההבדל המינימלי המובהקת (LSD) לאחר מבחן. המובהקות הסטטיסטית הוגדרה כ-P < 0.05.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
מסקנות שנגזרו מהמחקר
מחקר זה שילב פרמקולוגיה רשתית, עגינה מולקולרית, סימולציות דינמיקה מולקולרית וניסויים ב-vivo כדי לחקור את ההשפעות ההגנתיות האפשריות של YQHXD נגד LDD. התוצאות מצביעות על כך ש-YQHXD עשוי לפעול, לפחות בחלקו, באמצעות ויסות ציר האיתות AKT1/STAT3/BCL-2, המאופיין בביטוי מופחת של STAT3 ובהגברת ביטוי AKT1 ו-Bcl-2. ניתוחים היסטולוגיים ומולקולריים הראו כי טיפול ב-YQHXD היה קשור לשיפור שלמות הגרעין הפולפוסוסי, מבנה הטבעת הפיברוזוס וארגון המטריצות החוץ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
דווח כי תרופות צמחיות סיניות מסורתיות מפעילות השפעות פרמקולוגיותכולל פעילויות אנטי-דלקתיות, משככות כאבים ומקדמות מחזור דם. מחקרים קודמים הציעו כי דקוקטון שיאוסוי חואהה, הנוסחה הקדומה ל-YQHXD, עשוי לקדם ספיגת פריצת IVD מסיבית על ידי פגיעה בספיגת גרעין הפולפוסוס (NP) ובספיגת IVD20; עם זאת, המנגנונים המולקולריים הבסיסיים אינם ברורים. במחקר הנוכחי, פרמקולוגיה רשת שימשה לחקר אינטראקציות פוטנציאליות בין תרכובות מרובות, מטרות ומסלולי איתות המעורבי...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר עליהם.
אנו מודים לד"ר ג'ינטאו ליו מבית החולים המסונף של בית החולים TCM של סוז'ואו, המסונף לאוניברסיטת נאנג'ינג לרפואה סינית בסוז'ואו, על עזרתם בכל שלבי המחקר הזה. עבודה זו נתמכה במענק מקרן המדע הטבעי הלאומית של סין פרויקט (82474529); ליו 2024, פרויקט הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (82374220); ג'יאנג 2023, קרן המדעים הטבעיים של מחוז ג'יאנגסו (מס' BK20250396); תוכנית פיתוח המדע והטכנולוגיה של רפואה סינית מסורתית במחוז ג'יאנגסו (מס' QN202419); פרויקט החדשנות המדעית והטכנולוגית של מחקר בסיסי יישומי (רפואי ובריאותי) בסוז'ואו (NO. SYWD2024154); פרויקט פיתוח טכנולוגיית הרפואה הסינית המסורתית של מחוז ג'יאנגסו (MS2022080); המחזור השלישי של כישרונות מובילים ברפואה הסינית המסורתית במחוז ג'יאנגסו (מדע וחינוך סו TCM [2023] מס' 17); פרויקט שיפור יכולות המדע והחינוך של מחוז ג'יאנגסו: פרויקט בניית תחום מרכזי רפואי ופרויקט מעבדות מפתח רפואיות (מדע וחינוך סוווי [2022] מס' 17); פרויקט קרן המדע הטבעי של מחוז ג'יאנגסו (מס' BK20241802); המחזור ה-29 של פרויקט פיתוח המדע והטכנולוגיה של סוז'ואו לשנת 2022 (בניית מעבדה מרכזית חדשה) (SZS2022019); פרויקט שיפור יכולות מחקר בסיסי של מורים צעירים ובגיל העמידה באוניברסיטאות בגואנגשי עד יואן צ'אי (2024KY0300); פרויקט מחקר מדעי במימון עצמי של מנהל הרפואה הסינית המסורתית של מחוז גואנגשי ג'ואנג (GXZYA20240113); מענק מפרויקט המחקר ברמת האוניברסיטה של אוניברסיטת גואנגשי לרפואה סינית מסורתית ליואן צ'אי (2023QN010); מענק מפרויקט ההכשרה לחדשנות לסטודנטים באוניברסיטה באזור גואנגשי ג'ואנג לאוטונומי ג'ואנג ליונגיואן לי (202410600022); מענק מפרויקט ההכשרה לחדשנות לסטודנטים באוניברסיטת גואנגשי לרפואה סינית לסוג'יה ליו (X202410600062); מענק מפרויקט ההכשרה לחדשנות לסטודנטים באוניברסיטת גואנגשי לרפואה סינית למנגפיי לין (S202410600084)
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| 0.5% נתרן קרבוקסימתילצלולוז (CMC-Na) | לא צוין | הרכב המשמש להכנת מתלה סלקוקסיב לצורך גאווג'. | |
| מחט 21 G | לא צוין | משמש לניקוב דיסק בין-חולייתי בזנב. | |
| 2× Universal Blue SYBR Green qPCR Master Mix | Servicebio Technology Co., Ltd., ווהאן | G3326 | מגיב הגברה qPCR. |
| 30% תמיסת ג'ל אקרילאמיד/ביס-אקרילאמיד (29:1) | Solarbio Co., Ltd. | תמיסת הכנת ג'ל ל-SDS-PAGE; מופיע בטבלת החומרים המקוריים כפתרון ג'ל 30%/29:1. | |
| מכונת הקפאה תלת-ממדית | Servicebio Technology Co., Ltd., ווהאן | משמש להומוגניזציה/טחינה של רקמות. | |
| 4× בופר ג'ל מרוכז SDS-PAGE (pH 6.8) | Solarbio Co., Ltd. | תגובת הכנת ג'ל ווסטרן בלוט. | |
| אתנול חומצי | לא צוין | משמש להבדלת צביעה היסטולוגית. | |
| ACPYPE | פרויקט ACPYPE | משמש להמרת קבצי טופולוגיה ליגנד לפורמט תואם GROMACS. | |
| ערכת ELISA של AKT1 | האנגג'ואו אפינג ביו טכנולוגיה בע"מ | SYP-R1928 | משמש למדידת רמות AKT1 בסרום; טווח זיהוי 0.625– 40 ng/mL. |
| שיטת הטעינה AM1-BCC | כלי חדר קדם/AMBER | משמש לחישוב מטען אטומי של ליגנד. | |
| שדה כוח Amber14SB | שדה כוח אמבר | שדה כוח חלבוני המשמש בסימולציה של דינמיקה מולקולרית. | |
| שורש אנג'ליקה סיננסיס | בית המרקחת ג'יאנשו, נאנינג, גואנגשי, סין | אצווה מס' 20250503 | רכיב בוטני YQHXD; 20 גרם לכל מרשם. |
| אתנול חסר מים | טיאנג'ין אופושנג כימיקלים בע"מ | משמש לעיבוד רקמות/התייבשות. | |
| חדר קדם | AMBER Tools | משמש לחישוב מטען ליגנד ולטיפוס אטום. | |
| נוגדן אנטי-AKT1 | חברת ווהאן סאנינג בע"מ. | נוגדן ראשי ל-Western blotting; דילול 1:5,000. | |
| נוגדן אנטי-Bcl-2 | חברת ווהאן סאנינג בע"מ. | נוגדן ראשי ל-Western blotting; דילול 1:1,500. | |
| נוגדן אנטי-STAT3 | חברת ווהאן סאנינג בע"מ. | 10253-2-AP | נוגדן ראשי ל-Western blotting; דילול 1:6,000. |
| מגיב APS | Beyotime/Biyuntian Co. | תגובת פולימריזציה של ג'ל ווסטרן בלוט. | |
| שורש Astragalus membranaceus | בית המרקחת ג'יאנשו, נאנינג, גואנגשי, סין | אצווה מס' 20250405 | רכיב בוטני YQHXD; 20 גרם לכל מרשם. |
| אוטוקלאב | סאניו, יפן | ציוד חיטוי. | |
| מנוע אוטודוק וינה | פרויקט AutoDock/Vina | מנוע עגינה המשמש בתוך CB-Dock2. | |
| ערכת בדיקת חלבון BCA | Solarbio Co., Ltd. | משמש לקביעת ריכוז החלבון לפני ווסטרן בלוטינג. | |
| ערכת BCL-2 ELISA | חברת ווהאן פיין ביוטכנולוגיה בע"מ. | PMK1545 | משמש למדידת רמות Bcl-2 בסרום; טווח זיהוי 0.16 ו-ndash; 10 ng/mL. |
| בופיבאקאין | לא צוין | הרדמה מקומית לחדירה בשימוש טרום-ניתוח. | |
| CB-Dock2 | שרת האינטרנט CB-Dock2 | פלטפורמת עגינה מולקולרית עיוורת אוטומטית. | |
| סלקוקסיב | סצ'ואן ניו סטון פארמה בע"מ. | H20233911 | סם בקרה חיובית; 20 מ"ג/ק"ג/יום לפי גוואז'. |
| פרי Chaenomeles speciosa | בית המרקחת ג'יאנשו, נאנינג, גואנגשי, סין | אצווה מס' 231001 | רכיב בוטני YQHXD; 15 גרם לכל מרשם. |
| ציטוסקייף | קונסורציום סייטוסקייף | גרסה 3.9.0 | משמש לבניית וניתוח דיאגרמות רשת. |
| ערכת תגובת כרומוגנית DAB (20&) | בייג'ינג ג'ונגשאן גשר הזהב ביוטכנולוגיה בע"מ | רשום בטבלת החומרים הקיימים. | |
| דיוויד | המכון הלאומי לסרטן | גרסה 6.8 | מאגר נתונים להערות, ויזואליזציה וגילוי משולב; משמש לניתוח העשרה של GO ו-KEGG. |
| פתרון דה-קלציפיקציה | בייג'ינג ג'ונגשאן גשר הזהב ביוטכנולוגיה בע"מ | משמש לדקלציפיקציה של רקמת IVD חוליתית זנבית. | |
| שייקר דה-קולוריזציה | ליו יי ביוטכנולוגיה בע"מ, בייג'ינג | מנער מעבדה. | |
| מי DEPC | חברת ווהאן סאנינג בע"מ. | עבודת RNA/הכנת תגובה. | |
| מערכת הדמיית רדיוגרפיה דיגיטלית | לא צוין | משמש לאימות מודלים רדיוגרפיים לאחר ניתוח. | |
| מים מזוקקים | לא צוין | כיסוי רכב/בקרה והכנת תבליט YQHXD. | |
| מצע כימי לומיניסנטי ECL | חברת ביושארפ | מגיב זיהוי אות עם כתם מערבי. | |
| תמיסת שחזור אנטיגנים EDTA (pH 8.0) | בייג'ינג ג'ונגשאן גשר הזהב ביוטכנולוגיה בע"מ | רשום בטבלת החומרים הקיימים. | |
| מכשיר אלקטרופורזה | לא צוין | משמש לאלקטרופורזה של SDS-PAGE. | |
| בופר אלקטרופורזה | חברת Servicebio | תמיסת אלקטרופורזה של כתם מערבי. | |
| יצרן קרח FM40 | חברת הכלים המדעיים צ'אנגליו, בייג'ינג | יצרן קרח. | |
| פורמלדהיד | לא צוין | מקבע המשמש לרקמת IVD חוליתית זנבית. | |
| סוגי אטומי GAFF2 | AMBER Tools | סוגי אטומי ליגנד המשמשים לסימולציות דינמיקה מולקולרית. | |
| מערכת הדמיית ג'ל | טיאנן סיינטיפיק, שנחאי | משמש ללכידת תמונות Western Blot. | |
| ג'ינקארדס | מכון ויצמן למדעים | גרסה 5.26 | מאגר גנים אנושי המשמש לאחזור מטרות הקשורות למחלות. |
| gmx_MMPBSA | פרויקט gmx_MMPBSA | משמש להערכת אנרגיה חופשית בקישור MM-PBSA כאשר רלוונטי. | |
| פריזמת GraphPad | תוכנת GraphPad | גרסה 8.0 | תוכנות סטטיסטיות/גרפים שמופיעות בגרסת כתב היד המוקדמת של המחברים. |
| חרוזי השחזה | Servicebio Technology Co., Ltd., ווהאן | משמש לטחינת רקמות/הומוגניזציה. | |
| גרומקס | צוות הפיתוח של GROMACS | גרסה 2022.2 | משמש לסימולציות דינמיקה מולקולרית. |
| מגיבים לצביעת המטוקסילין ואאוזין | לא צוין | משמש לצביעת HE של חלקי IVD זנביים. | |
| צנטריפוגה מהירה | אפנדורף, גרמניה | צנטריפוגה מעבדתית. | |
| מטחנת רקמות במהירות גבוהה בטמפרטורות נמוכות | סרוויסביו, סין | משמש לטחינת רקמות בטמפרטורה נמוכה. | |
| שייקר אופקי | חברת צ'ירינבל | מנער מעבדה. | |
| נוגדן אנטי-ארנב לעזים המסומן על ידי HRP | חברת Servicebio | נוגדן משני ל-Western blotting; דילול 1:5,000. | |
| HyperScript III RT SuperMix ל-qPCR עם מסיר gDNA | Servicebio Technology Co., Ltd., ווהאן | תגובת שעתוק הפוך מופיעה בטבלת החומרים הקיימים. | |
| יצרן קרח | סימאג, סין | יצרן קרח. | |
| ImageJ | המכונים הלאומיים לבריאות | משמש לכימות עוצמת פס הכתמים המערביים. | |
| מיקרוסקופ ביולוגי הפוך | אולימפוס, יפן | משמש למיקרוסקופיה של אזורים מוכתמים. | |
| איזופלוראן | לא צוין | חומר הרדמה/המתת חסד בשאיפה. | |
| תגובת איזופרופנול | קבוצת התרופות הלאומית של סין לחומרים כימיים בע"מ. | תגובת חילוץ RNA. | |
| פרמטרי יון ג'ונג-צ'יטהאם | לא רלוונטי | קבוצת פרמטרי היונים המשמשת לסימולציות דינמיקה מולקולרית. | |
| ריזום ליגוסטיקום צ'ואנשיונג | בית המרקחת ג'יאנשו, נאנינג, גואנגשי, סין | אצווה מס' 20250301 | רכיב בוטני YQHXD; 15 גרם לכל מרשם. |
| חנקן נוזלי | לא צוין | משמש לטחינת רקמות לפני חילוץ RNA. | |
| צנטריפוגה במהירות נמוכה | אפנדורף, גרמניה | משמש להפרדת סרום ולשלבי צנטריפוגה נוספים במהירות נמוכה. | |
| תמיסת הצביעה הטריכרום של מסון | לא צוין | משמש לצביעת מסון של חלקי IVD זנביים. | |
| קורא מיקרופלט (TECAN) | TECAN, שווייץ | משמש למדידת ספיגה ב-450 ננומטר; הרשימה בטבלת החומרים הקיימים. | |
| קורא מיקרופלט (Thermo Fisher Scientific) | תרמו פישר סיינטיפיק, ארה"ב | קורא מיקרופלט רב-תכליתי מופיע בטבלת החומרים הקיימת. | |
| תוכנת Microsoft Excel/גיליונות אלקטרוניים | מיקרוסופט | משמש להסרת ערכי יעד כפולים ולניהול נתונים טבלאיים. | |
| ספקטרופוטומטר NanoDrop 2000 | תרמו פישר סיינטיפיק, ארה"ב | משמש למדידת ריכוז וטוהר ה-RNA. | |
| בופר ליזיס לא-אנזימטי | לא צוין | משמש לניתוח רקמות לפני חילוץ RNA. | |
| OMIM | בית הספר לרפואה של אוניברסיטת ג'ונס הופקינס | ירושה מנדלית מקוונת באדם; משמש לשחזור מטרות הקשורות למחלות. | |
| פלטפורמת תכנון ביו-אינפורמטיקה מקוונת | לא צוין | משמש ליצירת גרפים של GO ו-KEGG. | |
| סוכן פולימריזציה ג'ל PAGE | Solarbio Co., Ltd. | תגובת הכנת ג'ל ווסטרן בלוט. | |
| פרפין | לא צוין | מדיום הטמעה לחתכים היסטולוגיים. | |
| מדריך PCR ל-Akt1, Bcl-2, Stat3 ו-Gapdh | חברת ווהאן סרוויסביו טכנולוג'י בע"מ. | רצפי פריימר מפורטים בטבלה 1. | |
| PDB | RCSB PDB | מאגר נתוני חלבונים; משמש להשגת מבנים תלת-ממדיים של חלבוני מטרה. | |
| מעכבי זרחן/פרוטאז | חברת Servicebio | הוספתי לזירת RIPA לצורך הפקת חלבון. | |
| חומצה פוספוטונגסטית | לא צוין | בשימוש בצביעת מסון. | |
| פיקרוסיריוס רד | לא צוין | בשימוש בצביעת מסון. | |
| ממברנת פוליווינילידן דיפלואוריד (0.45 & mu; m) | חברת Servicebio | ממברנת PVDF המשמשת להעברת כתם מערבי. | |
| רכב סמים בשליטה חיובית | לא צוין | רכב מתלים CMC-Na של 0.5% עבור סלקוקסיב. | |
| פובידון-יוד | לא צוין | משמש לחיטוי אתר ניתוח. | |
| סמן חלבון | תרמו פישר סיינטיפיק, ארה"ב | סמן משקל מולקולרי לבלוט מערבי. | |
| מכשיר העברת חלבון | ביו-רד, ארה"ב | ציוד העברה רטוב ל-Western Blutting. | |
| מודול העברת חלבון (העברה רטובה) | ביו-רד, ארה"ב | מודול העברה רטוב של ווסטרן בלוט. | |
| PubChem | המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי (NCBI) | משמש להשגת קבצי SMILES/SDF של מבנים מורכבים. | |
| מערכת הכנת מים טהורים | לה פנג ביוטכנולוגיה בע"מ, שנגחאי | משמש להכנת מים טהורים. | |
| PyMOL | Schrö דינגר, LLC | משמש להמחשה וניתוח של דינמיקה מולקולרית/פלטי עגינה. | |
| מערכת qPCR בזמן אמת PCR | Applied Biosystems QuantStudio, ארה"ב | משמש להגברה כמותית של PCR. | |
| בופר ליזיס רקמות/תאים של RIPA | Solarbio Co., Ltd. | משמש להפקת חלבון מלאה. | |
| פתרון פירוק RNA | Servicebio Technology Co., Ltd., ווהאן | תגובת טיפול ב-RNA. | |
| אידוי סיבובי | לא צוין | משמש לריכוז הסינון המשולב של YQHXD תחת לחץ מופחת. | |
| זרעי Sinapis alba בוגרים | בית המרקחת ג'יאנשו, נאנינג, גואנגשי, סין | אצווה מס' 20240801 | רכיב בוטני YQHXD; 10 גרם לכל מרשם. |
| עכברי ספרג-דולי | שנגחאי סלאק ניסיוניית בעלי חיים בע"מ. | SCXK (שנגחאי) 2022-0004 | שבעים עכברים זכרים, בני 3&00; 8 שבועות, שימש למודל הניקוב בדיסק הזנב. |
| SPSS | IBM, ארה"ב | גרסה 21.0 | תוכנה סטטיסטית שמופיעה בגרסת כתב היד המוקדמת של המחברים. |
| ערכת STAT3 ELISA | האנגג'ואו אפינג ביו טכנולוגיה בע"מ | SYP-R1555 | משמש למדידת רמות STAT3 בסרום; טווח זיהוי 31.25– 1000 pg/mL. |
| שורש סטפניה טטרנדרה | בית המרקחת ג'יאנשו, נאנינג, גואנגשי, סין | אצווה מס' 230301 | רכיב בוטני YQHXD; 6 גרם לכל מרשם. |
| גזה סטרילית | לא צוין | משמש להגנה על אתר הניקוב לאחר הדגמה. | |
| מיתר | קונסורציום המיתרים | גרסה 12.0 | פלטפורמת רשת אינטראקציה בין חלבון. |
| SweScript RT All-in-One SuperMix עבור qPCR | Servicebio Technology Co., Ltd., ווהאן | G3337 | תגובת שעתוק הפוך מופיעה בטבלת החומרים הקיימים. |
| SwissTargetPrediction | SIB המכון השווייצרי לביואינפורמטיקה | משמש לחיזוי מטרות פוטנציאליות של תרכובות. | |
| בופר TBST | לא צוין | משמש לשטיפת ממברנה במהלך ווסטרן בלוטינג. | |
| TCMSP | מרכז לביואינפורמטיקה, הפקולטה למדעי החיים, Northwest A&. אוניברסיטת F | גרסה 2.3 | מאגר מערכות פרמקולוגיה של רפואה סינית מסורתית; משמש להשגת רכיבים פעילים של תרכובות צמחיות סיניות. |
| מודל המים של TIP3P | לא רלוונטי | מודל מים המשמש בסימולציות דינמיקה מולקולרית. | |
| טולואידין כחול | לא צוין | בשימוש בצביעת מסון. | |
| בופר העברה | חברת Servicebio | בופר העברת כתם מערבי. | |
| ריאגנט TriQuick | Servicebio Technology Co., Ltd., ווהאן | תגובת חילוץ RNA. | |
| ריאגנט טריזול | לא צוין | תגובת חילוץ RNA כוללת המוזכרת בכתב היד. | |
| TTD | האוניברסיטה הסינית של הונג קונג (IDRBLab) | מאגר מטרות טיפוליות; משמש לשחזור מטרות הקשורות למחלות. | |
| וני | BioinfoGP, CNB-CSIC | גרסה 2.1.0 | משמש לזיהוי מטרות חופפות בין YQHXD ל-LDD. |
| סכמת חיתוך ורלט | גרומקס | שיטת אינטראקציה לא קשורת המשמשת בסימולציות דינמיקה מולקולרית. | |
| מכשיר אלקטרופורזה אנכי | ביו-רד, ארה"ב | משמש ל-SDS-PAGE. | |
| VMD | אוניברסיטת אילינוי באורבנה-שמפיין | משמש להמחשה וניתוח של פלטי דינמיקה מולקולרית. | |
| מערכת העברה רטובה | ביו-רד, ארה"ב | משמש להעברת חלבון ב-Western blotting. | |
| מערכת פלואורוסקופיה לקרני רנטגן | לא צוין | משמש לזיהוי רמות IVD זנב במהלך מודלים של ניקובים. | |
| קסילן | לא צוין | משמש לדפרפיניזציה/ניקוי במהלך היסטולוגיה. | |
| נוגדן ראשוני &בטא;-אקטין | חברת ווהאן סאנינג בע"מ. | נוגדן ראשוני לבקרת טעינה ל-Western blotting; דילול 1:4,000. |