מחקר זה זיהה את היעדים המרכזיים והמסלולים של שיקונין נגד RCC באמצעות ניתוח רב-שיטתי ואימות מבחנה , וסיפק מסגרת למחקרים מכניים נוספים.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר מחקר
מחקר זה זיהה את היעדים המרכזיים והמסלולים של שיקונין נגד RCC באמצעות ניתוח רב-שיטתי ואימות מבחנה , וסיפק מסגרת למחקרים מכניים נוספים.
קרצינומה של תאי כליה (RCC) היא אחת הגידולים הנפוצים ביותר במערכת השתן ובעלת שיעור התמותה הגבוה ביותר. מחקרים קודמים הראו כי שיקונין יכול לטפל בקרצינומה של תאי הכליה, אך המנגנון נותר לא ברור. לכן, המחקר שלנו נועד להבהיר את מנגנון השיקונין בטיפול בקרצינומה של תאי כליה באמצעות פרמקולוגיה רשתית, עגינה מולקולרית ובדיקות פונקציונליות במבחנה, כולל התרבות תאים, נדידה ואפופטוזיס, עם אימות ווסטרן בלוט (WB). מטרות שיקונין נבדקו באמצעות PharmMapper, SwissTargetPrediction ומאגרי מידע נוספים, וזיהו מטרות הקשורות ל-RCC מתוך Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), GeneCards ומאגרי מידע נוספים; היעדים הטיפוליים הפוטנציאליים הושגו באמצעות ניתוח חיתוך. נבנתה רשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI), ו-Cytoscape שימשה לסינון מטרות ליבה, בעוד שהעגינה המולקולרית יושמה לניתוח הקשר בין השיקונין למטרות מפתח. נאספו בסך הכל 374 מטרות שיקונין ו-1,087 מטרות הקשורות ל-RCC, וזוהו 98 גנים חופפים של מטרות. זוהו שישה יעדים מרכזיים (SRC, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PTPN11 ו-PIK3R1). ניתוחי Gene Ontology (GO) ואנציקלופדיה קיוטו לגנים וגנומים (KEGG) הראו כי שיקונין מפעיל השפעות אנטי-RCC בעיקר על ידי ויסות פעילות קינאז חלבונים, מסלולי איתות HIF-1 ו-IL-17. עגינה מולקולרית אישרה שלשיקונין יש זיקה חזקה של קשירה למטרות הליבה הללו. מחקרים חוץ-גופיים שהשתמשו בתאי RCC Caki-1 ו-786-O אנושיים הראו כי שיקונין מעכב משמעותית התרבות ונדידה של תאים באופן תלוי במינון, קידם אפופטוזיס תאי והגביר את פעילות הקספאז-3 והקספאז-8. ניסויי Western Blot אישרו עוד יותר כי השיקונין מווסת את ביטוי חלבוני המטרה המרכזיים ומדכא את מסלול האיתות HIF-1. מחקר זה מבהיר באופן שיטתי את המנגנון הפרמקולוגי של השיקונין נגד קרצינומה של תאי הכליה, ומספק בסיס תיאורטי לפיתוח ויישום של שיקונין כסוכן אנטי-RCC חדשני.
קרצינומה של תאי כליה (RCC) היא הגידול הממאירי הנפוץ ביותר במערכת השתן, ומהווה כ-90% מכלל הגידולים הממאירים בכליה וכ-2%–3% מהגידולים הממאירים בוגרים ברחבי העולם. לפי נתוני GLOBOCAN 2022, נרשמו כ-434,800 מקרים חדשים ו-155,953 מקרי מוות של קרצינומה של תאי כליה ברחבי העולם בשנת 2022, כאשר השכיחות והתמותה של RCC מראות מגמת עלייה מתמשכת. האגודה האמריקאית לסרטן העריכה 80,980 מקרים חדשים ו-14,510 מקרי מוות של קרצינומה של תאי כליה בארצות הברית בלבד בשנת 2025. לקרצינומה של תאי כליה יש את שיעור התמותה הגבוה ביותר בין גידולים ממאיריים במערכת השתן, ומטופלים עם RCC גרורתי או עמיד לתרופות עדיין מציגים פרוגנוזה ירודה. עם היישום הנרחב של טיפול ממוקד ואימונותרפיה, הושגה התקדמות מרשימה בטיפול הקליני ב-RCC. הטיפול הסטנדרטי הראשון לקרצינומה מתקדמת או גרורתית של תאי כליה מאמץ בעיקר משטרים משולבים של מעכבי נקודות ביקורת חיסוניות, או משטרים המשלבים מעכבי נקודות ביקורת חיסונית עם מעכבי טירוזין קינאז אנטי-אנגיוגניים. למרות ההתקדמות המתמשכת של גישות טיפוליות, מספר רב של מטופלים עדיין חווים התקדמות מחלה, עמידות לתרופות או אי סבילות לטיפול. לכן, פיתוח תרופות חדשות נגד RCC עם מנגנונים ברורים, בטיחות ויעילות נותר צורך קליני דחוף 1,2,3.
שיקונין הוא הרכיב הביואקטיבי העיקרי שמופק מ-Radix Arnebiae, ונגזרתו אצטילשיקונין הפגינה השפעות פרמקולוגיות בולטות נגד RCC. ראיות קיימות הראו כי שיקונין מפעיל פעילות אנטי-RCC באמצעות מנגנוני רגולציה רב-מטריים ורב-מסלולים. מבחינה מכנית, שיקונין יכול להעלות את הביטוי של גן מדכא הגידולים TEK ולעכב את הפוספורילציה של מפל האיתות AKT/mTOR, ובכך לדכא את ההתפשטות, הנדידה והפלישה של תאי RCC4; בנוסף, שיקונין מגרה הצטברות מיני חמצן תגובתיים תוך-תאית (ROS) שמפעילים תפקוד לקוי של מיטוכונדריה, מה שמוביל להפעלת דפוסי מוות תאים מתוכנתים מרובים, כולל אפופטוזיס, נקרופטוזיס ואוטופגיה בתאי RCC5. הוא גם מווסת את הביטוי של מיקרו-RNA כגון miR-15b ו-miR-99b ומווסת גנים יעדיים הקשורים לאפופטוזיס, כולל FOXO1 ו-PDCD4, דרך מסלול MAPK/ERK, כאשר השפעות רגולטוריות אלו מראות ספציפיות ברורה לקו התאים6. ראוי לציין כי שיקונין שומר על פעילות אנטי-גידולית חזקה נגד קווי תאי RCC עמידים לסוניטיניב, שם הוא מעורר השפעות טיפוליות על ידי הפעלת קומפלקסים נקרוזומים, עיכוב מסלול AKT/mTOR והשראת עצירה במחזור תאי G2/M7. למרות שההשפעות האנטי-RCC של השיקונין אושרו חלקית על ידי מחקרים ניסיוניים קיימים, היעדים הטיפוליים המרכזיים, רשתות האיתות המרכזיות והמנגנונים המולקולריים הבסיסיים של שיקונין נגד RCC אינם ברורים; יתרה מזאת, חיזוי שיטתי, אימות מולקולרי ואישור ניסויי של יעדי המרכז עדיין חסרים, מה שיוצר פער מחקרי חשוב במחקרים הנוכחיים.
פרמקולוגיה רשתית ועגינה מולקולרית משמשות כגישות טכניות משלימות במחקר תרופות טבעיות מודרניות ובחקר מנגנוני פרמקולוגיה. מנקודת מבט שיטתית, פרמקולוגיית הרשת יכולה לפענח באופן שיטתי את מאפייני האינטראקציה ההוליסטית הרב-מטרותית ורב-המסלולים בין תרכובות ביואקטיביות למטרות הקשורות למחלות. לעומת זאת, עגינה מולקולרית מאפשרת אימות ברמה המולקולרית של זיקת הקשר ודפוס האינטראקציה היציב בין תרכובות מולקולות קטנות לחלבוני המטרה המרכזיים. השילוב של שתי המתודולוגיות הללו יוצר לולאה סגורה שיטתית של חיזוי מטרות הוליסטי ואחריה אימות מולקולרי. שילוב אימות ניסויי עם פרמקולוגיה רשתית ועגינה מולקולרית הוא גישה מרכזית למחקר תרופות טבעיות, המסייעת להבהרת פתוגנזה של מחלה והבהרת מנגנוני פרמקולוגיה מורכבת, ומספקת מסגרת תיאורטית למחקר בסיסי וליישום תרגומי של תרופות 8,9.
במחקר זה, פרמקולוגיה רשתית יושמה לחיזוי היעדים המועמדים של שיקונין בטיפול בקרצינומה של תאי כליה. עגינה מולקולרית שימשה לאימות תיאורטי של מטרות פוטנציאליות, ומטרות הפעולה המרכזיות נקבעו לבסוף בניסויים במבחנה ואושרו עוד יותר בניסויים של Western Blot (WB). כל תהליך המחקר מוצג באיור 1.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
כל קווי התאים האנושיים ששימשו במחקר זה נרכשו מבנקי תאים מסחריים מאומתים, ולא נאספו רקמות אנושיות טריות או דגימות מטופלים. לכן, לא נדרש אישור אתי למחקר זה המבוסס על תאים חוץ-גופיים .
השגת וחיזוי מטרות שיקונין
מילת המפתח "shikonin" נבדקה במסד הנתונים של PubChem. מבנה SDF של השיקונין הורד, והושגה סימון מערכת כניסת שורות מולקולרית פשוטה (SMILES). בהתאם לדרישות מסדי הנתונים המטרותיים, היעדים הפוטנציאליים של שיקונין חזו ונאספו ממאגרי PharmMapper, SwissTargetPrediction, HERB ו-SEA Search Server ב-3 במרץ 2026ב-10, 11, 12.
השגת מטרות לקרצינומה של תאי כליה
באמצעות קרצינומה של תאי כליה כמילת מפתח, מטרות מחלות שמקורן בבני אדם נאספו ממאגר מטרות טיפוליות (TTD), OMIM ו-GeneCards, כאשר המינים הוגבלו להומו סאפיינס וציון רלוונטיות > 50. בסך הכל הושגו בתחילה 1148 מטרות, ולאחר סיכום והסרת שכפול, הושגו לבסוף 1087 יעדים ייחודיים הקשורים לקרצינומה של תאי כליה.
זיהוי מטרות חיתוך של שיקונין לטיפול בקרצינומה של תאי הכליה
היעדים הגנים החזויים של שיקונין ומטרות קרצינומה של תאי הכליה הוזנו לכלי Venny 2.1, כלי ניתוח מקוון. מטרות חופפות זוהו באמצעות ניתוח חיתוכים והוצגו בדיאגרמת ון.
הקמת רשת הרכיב-יעד-המחלה
באמצעות שיקונין כנקודת התחלה מרכזית למחקר, שילבנו מידע אסוציאציונלי פיזיולוגי בין מטרות הליבה הללו ל-RCC, ובנינו רשת אינטראקציה מולקולרית של מערכת הטרינרית "רכיב-מטרה-מחלה" באמצעות תוכנת ויזואליזציה של Cytoscape.
בניית רשת אינטראקציות חלבונים ורכישת מטרות ליבה של שיקונין בטיפול בקרצינומה של תאי הכליה
מאגר האינטראקציות של חלבונים STRING הוא הכלי המרכזי לבניית רשתות אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI), המאפשר כרייה והמחשה של מערכת היחסים בין חלבונים. במחקר זה, היעדים החופפים בין שיקונין לקרצינומה של תאי הכליה הוגשו למאגר הנתונים STRING, כאשר המין הוגדר ל-Homo sapiens להמשך שאיבו. לחצו על כפתור המשך לניתוח נוסף. במודול ההגדרות בתחתית דף תוצאות הניתוח, הציון המינימלי הנדרש באינטראקציה הוגדר לרמת ביטחון גבוהה של 0.900. במקביל, חלבונים לא קשורים וצמתים מנותקים ברשת הוסתרו כדי לקבל את המיפוי ההדדי האופטימלי של רשת PPI. הנתונים נשמרו בפורמט TSV ויובאו לתוכנת Cytoscape. הפרמטרים המתאימים הותאמו כך שגודל הצומת וגוון הצבע שיקפו את הערכים המתאימים, ועובי הקצה שיקף את ציון קצב הקישור. מפת רשת PPI נקבעה 16,17.
בהתבסס על רשת ה-PPI שצוינה לעיל, מטרות הליבה נבדקו במדויק. תוסף cytohubba נפתח במודול האפליקציות של Cytoscape, וכפתור החישוב נלחץ כדי להפעיל את תוכנית החישוב. אלגוריתם MCC נבחר מתוך 6 הצמתים המובילים שדורגו לפי האפשרות, וכפתור השליחה נלחץ להשלמת החישוב. ששת היעדים המרכזיים הראשונים סוקרנו לשיפור היופי והורדת נתונים.
ניתוח העשרת GO וניתוח מסלול KEGG של שיקונין בטיפול בקרצינומה של תאי כליה
מסד הנתונים Metascape שימש לניתוח העשרת GO. במחקר זה, הצמתים הממוקדים על ידי שיקונין עם קרצינומה של תאי הכליה יובאו למאגר הנתונים. ראשית, המין שנבחר היה הומו ספיינס (אדם), ואז נבחר מצב ניתוח מותאם אישית. ניתוח העשרה בוצע עבור שלושת הממדים של העשרת פונקציונליות GO: פונקציות מולקולריות, רכיבים תאיים ותהליכים ביולוגיים. סף ערך ה-p נקבע ל-0.01, וכפתור ניתוח ההעשרה נלחץ לביצוע ניתוח באמצעות פלטפורמת המיקרו-אשראי לבניית הדמיית ניתוח העשרת GO של שיקונין בטיפול בקרצינומה של תאי כליה18,19.
מאגר KOBAS 3.0 שימש לביצוע ניתוח העשרת מסלולי איתות KEGG על היעדים החופפים בין שיקונין לקרצינומה של תאי הכליה, ומאגר זה יכול לבצע ניתוח סטטיסטי של אנוטציות מסלולים והעשרה של גנים. מטרות הצמתים המצודדות יובאו למאגר KOBAS 3.0; מקור המין שנבחר היה H. sapiens (אדם), סוג הסקר הוגבל למסלול האיתות KEGG, וסף ערך p לניתוח העשרה נקבע ל-<0.01. לאחר הניתוח, התקבלו תוצאות ההעשרה של מסלול KEGG. בהתבסס על תוצאות ניתוח ההעשרה, ערך ה-p שימש כבסיס למיון, ועשרת מסלולי האות המובילים של KEGG סונו. עיבוד הוויזואליזציה הושלם בעזרת פלטפורמת מיקרו-איתות, ולבסוף צויר תרשים בועות דיאגרמת סנקי של KEGG להעשרת KEGG ונשמרוב-20,21.
אימות עגינה מולקולרית
המבנה התלת-ממדי (3D) של השיקונין נשלף ממסד הנתונים PubChem, ותוכנת Open Babel יושמה להמרת המבנה התלת-ממדי לפורמט PDB סטנדרטי. מבני החלבון התלת-ממדיים של מטרות הליבה שזוהו בניתוח פרמקולוגיית רשת הורדו בפורמט PDB ממסד הנתונים של חלבוני RCSB וממאגר AlphaFold. מבני הגביש של החלבונים היעד כללו PIK3CA (PDB ID: 9B4T), PIK3CD (PDB ID: 8BCY), PIK3R1 (מזהה PDB: 7CIO), PTPN11 (מזהה PDB: 9R16), SRC (מזהה PDB: 9NS1), PIK3CB (מבנה חזוי על ידי AlphaFold, AF-Q8BTI9-F1-model_v6). מולקולות מים והטרואטומים הוסרו, נוספו מימנים קוטביים, ומטעני גסטייגר הוקצו באמצעות AutoDock Tools. תוכנת AutoDock Tools שימשה לבחירת קופסת העגינה בגודל מתאים שתכסה את כל חלבון היעד לעגינה מולקולרית. לבסוף, הושגה הדמיה של זוגות רכיבים פעילים בין מטרות עם אנרגיית קישור אופטימלית. תוכנת PyMol שימשה לניתוח אתרי הקשר, סוג ומרחק האינטראקציה של הקשר, וליצירת תמונת הדמיה קונפורמציה תלת-ממדית22,23.
בדיקת ציטוטוקסיות
תאי קאקי-1 הונחנו ללוחות תרבית של 96 בארות בצפיפות של 5,000 תאים בכל באר וטופלו בשיקונין בריכוזים של 12.5, 25, 50 ו-100 מיקרומול/ליטר למשך 12 שעות ו-24 שעות בהתאמה. עבור תאי 786-O, בוצע טיפול של 24 שעות בלבד עם אותו גרדיאנט ריכוז. ההשפעה הציטוטוקסית של שיקונין על שני קווי התאים הוערכה באמצעות בדיקת MTT. כל הניסויים בוצעו בשלשות ביולוגיות עם שלושה שכפולים טכניים לכל מצב. התוצאות מבוטאות בערכי IC50 . למרות שמגמת העיכוב הכללית הייתה עקבית בין שני קווי התאים, השיקונין הראה ציטוטוקסיות חזקה יותר כלפי תאי קאקי-1. לכן, נבחרו תאי קאקי-1 לניסויים פונקציונליים נוספים.
השפעת השיקונין על נדידת תאי קאקי-1 כפי שנקבעה על ידי בדיקת פצע שריטה
תאי קאקי-1 ותאי 786-O בשלב לוגריתמי הוזרעו ללוחות של 6 בארות. קווי גירוד מקבילים נוצרו בתחתית כל באר באמצעות קצה פיפטה סטרילי בנפח 200 מיקרוליטר. לאחר ההצמדה הלילית, השתמשו ב-PBS לשטיפת התאים המתורבתים. התאים טופלו בריכוזים שונים של שיקונין (12.5, 25, 50 ו-100 מיקרומול לליטר) במשך 12 שעות. לאחר 12 שעות נצפתה השינוי באזור השריטה באותו אתר תחת מיקרוסקופ.
הנוסחה לחישוב השפעת השיקונין על פעילות הגדילה של תאי קאקי-1 הייתה כדלקמן: ניידות = [(0 שעות שטח שריטה − 12 שעות שטח גירוד)/0 שעות שטח גירוד] × 100%.
קביעת פעילויות Caspase-3 ו-Caspase 8
תאי קאקי-1 בשלב הגידול הלוגריתמי נאספו, וריכוז התאים הותאם ל-5 × 106 תאים למ"ל, ואחריו דגירה במשך 12 שעות. לאחר שטופלו תאי קאקי-1 בריכוזים שונים של שיקונין (12.5, 25, 50 ו-100 מיקרומול/ליטר) ודגרו במשך 24 שעות, בוצע זיהוי תאים כפי שתואר בערכת הבדיקה של קספאז.
השפעות השיקונין על קצב האפופטוזיס של תאי קאקי-1
תאי קאקי-1 שגדלו לוגריתמית נזרעו ללוחות תרבית בעלי 6 בארות. התאים טופלו בשיקונין בריכוזים של 12.5, 25, 50 ו-100 מיקרומול לליטר במשך 24 שעות בהיעדר קבוצת ביקורת. התאים הושעו בעדינות ב-PBS, נאספו ונספרו. בסך הכל 1 ×-10 תאים תלויים הועברו לצנטריפוגה ב-300 × גרם למשך 5 דקות. הסופרנטנט הושלך, והכדור התא הושהה בעדינות ב-195 מיקרוליטר של בופר קישור Annexin V-FITC. לאחר מכן נוספו 5 מיקרוליטר של אנקסין V-FITC, ואחריהם 10 מיקרוליטר תמיסת צביעת יודיד פרופידיום, שניהם עם ערבוב עדין. התאים הוגדרו בטמפרטורת החדר (20–25 מעלות צלזיוס) בחושך למשך 15 דקות לפני הניתוח.
ניתוח מסלולי איתות תאים
תאי Caki-1 טופלו ב-12.5, 25, 50 ו-100 מיקרומול לליטר שיקונין. לאחר 24 שעות, התאים נאספו ב-PBS קר, עברו ליזה עם בופר פירוק תאים המכיל מעכב פרוטאז, ונמדד ריכוז החלבון. החלבון בודד בג'ל פוליאקרילאמיד 10% נתרן דודציל סולפט (SDS). לאחר ההעברה לממברנות PVDF, הממברנות נחסמו ב-5% BSA למשך 3 שעות, ואז דגרו במהלך הלילה בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס עם נוגדן ראשוני שונה. לאחר מכן, הממברנות נדגרו עם הנוגדן המשני בדילול של 1:3000. רצועות חלבון זוהו באמצעות מערכת זיהוי ECL ונותחו כמותית באמצעות תוכנת ImageJ.
ניתוח סטטיסטי
תוצאות הניסוי הוצגו כסטיית תקן ממוצעת ± (x ± s, n = 3). לפני ניתוח סטטיסטי פרמטרי, נורמליות אושרה באמצעות מבחן שפירו-וילק, והומוגניות של השונות הוערכה במבחן לוון. ניתוח חד-כיווני של שונות (ANOVA) בשילוב עם מבחן פוסט-הוק של טוקי בוצע באמצעות תוכנת SPSS. גרפים סטטיסטיים נבנו באמצעות תוכנת GraphPad Prism. מבחן t עם מדגמים בלתי תלויים שימש להשוואות זוגיות בין קבוצות, ו-p < 0.05 הצביע על הבדלים מובהקים סטטיסטית.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
השגת וחיזוי מטרות שיקונין
באמצעות ארבעת מסדי הנתונים שהוזכרו, חזו מטרות שיקונין פוטנציאליות, וזוהו 426 מטרות לאחר אינטגרציה וסיכום. המטרות המסוכמות הוסרו מהכפילות, מה שהוביל ל-374 מטרות, כפי שמוצג באיור 2A.
השגת מטרות לקרצינומה של תאי כליה
בסך הכל הושגו 1,147 מטרות לאחר סיכום הנתונים הקשורים לשלושת מאגרי המידע, ובסך הכל 1,087 מטרות לקרצינומה של תאי כליה הושגו לאחר סיכום והסרת שכפול.
זיהוי ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
PIK3CA ידוע רשמית בשם פוספטידילינוזיטול 4,5-ביספוספט 3-קינאז תת-יחידה קטליטית אלפא. PIK3CA, רכיב מרכזי במסלול PI3K/AKT/mTOR, ממלא תפקיד חיוני בהופעת, התפתחות וטיפול בקרצינומה של תאי כליה (RCC). מחקרים הראו ש-PIK3CA הוא גן מוטנטי בתדירות גבוהה של תת-הסוג הזה (6/57, 11%), והמוטציה שלו קשורה ישירות להפעלה לא תקינה של מסלול PI3K/AKT. יתרה מזאת, מטופלים כאלה מגיבים היטב למשטר הטיפולי של מעכב נקודת ביקורת חיסונית בשילוב עם מעכב טירוזין קינאז (ICI/TKI), ושיעור ההפוגה האובייקטיבי ושיעור השליטה ב...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
למחברים אין מה לחשוף.
מחקר זה מומן על ידי ועדת הבריאות המחוזית למדע וטכנולוגיה (gzwkj2024-516); תוכנית טיפוח צוות החדשנות הלאומית והמחוזית במדע וטכנולוגיה של אוניברסיטת גויג'ואו לרפואה סינית מסורתית, אוניברסיטת גויג'ואו לרפואה סינית מסורתית TD Hopes [2023] 005; קרן המדעים הטבעיים של מחוז גוויז'ואו [מספרי מענקים: ZK [2024] 404]; קומפלקס חלבון-פוליסכרידים צ'ואנשיונג המבוסס על מאפייני חלב פיקרינג בעל מחזור ארוך לקידום טיפול בכאבי ראש באמצעות צ'ואנשיונג (82360779).
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| 786-O | American Type Culture Collection (ATCC) | RRID: CVCL_1051 (ATCC CRL-1932) | תאי סרטן כלייתי אנושיים מסוג תאים בהירים |
| AlphaFold database | European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - EBI | AlphaFold Protein Structure Database | מאגר חיזוי מבנה חלבון (מאגר מבנה חלבון AlphaFold) |
| AutoDock Tools software | Scripps Research Institute | 1.5.7 | תוכנת עגינה מולקולרית לחיזוי עגינה של ליגנד-חלבון |
| Caki-1 | American Type Culture Collection (ATCC) | RRID: CVCL_0234 (ATCC HTB-46) | תאי סרטן כלייתי אנושיים מסוג תאים בהירים |
| Caki-1 cells | Mudanjiang Normal University | HTB-46 (RRID: CVCL_0234) | תאי סרטן כלייתי אנושיים מסוג תאים בהירים |
| Caspase 3 and caspase 8 detection kits | Credit Suisse Biotechnology Co Ltd (QUANZHOU, China) | Caspase-3 Activity Assay Kit, Cat. No. RX302848M, Caspase-8 Activity Assay Kit, Cat. No. RX302849M | משמשים לזיהוי פעילות caspase להערכת אפופטוזיס של תאים |
| Cytoscape software | Cytoscape Consortium | 3.9.1 | משמש לבנייה וויזואליזציה של רשתות ביולוגיות |
| DMEM medium | Hyclone | SH30022.01 | מדיום תרבות תאים עבור תרבות תאים Caki-1 ו-786-O |
| Fetal bovine serum | Gbico | 10099-141 | תוסף תרבות תאים עבור צמיחת תאים Caki-1 ו-786-O |
| GeneCards | Weizmann Institute of Science | https://www.genecards.org/ | מאגר גנים אנושי מקיף לביאור גנים מטרה |
| GraphPad Prism | GraphPad, San Diego, CA, USA | version 8.3.0 | לבניית גרפים סטטיסטיים |
| HERB database | Chinese Academy of Sciences | http://herb.ac.cn | מאגר רכיבים-מטרות של רפואה סינית מסורתית |
| ImageJ software | National Institutes of Health (NIH) | Fiji | תוכנת ניתוח תמונות למורפולוגיה של תאים וכימות רצועות Western blot |
| inverted microscope | Olympus, IX73, Japan | 100× magnification. | משמש לצפייה בשינויים במורפולוגיה התאית לאחר טיפול בשיקונין |
| KOBAS 3.0 database | Peking University | http://bioinfo.org/kobas/ | כלי לניתוח העשרה של אונטולוגיה של גנים ומסלולים |
| Metascape database | Memorial Sloan Kettering Cancer Center | https://metascape.org/gp/index.html) | כלי לניתוח העשרה ורשתות של תפקודי גנים |
| Microcredit platform | National Center for Bioinformation (China) | http://www.bioinformatics.com.cn/ | פלטפורמה מקוונת לניתוח ביואיפורמטיקה לעיבוד נתונים |
| MTT assay kit | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. (Beijing, China) | Cat. No. M8180 | משמש לזיהוי כושר חיות התא (מבחן עכבת ריבוי) |
| OMIM | Johns Hopkins University School of Medicine | https://www.omim.org/ | תורשה מנדלית מקוונת בבני אדם (מאגר מחלות גנטיות אנושיות) |
| PharmMapper database | East China University of Science and Technology | https://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/ | מאגר חיזוי מטרות תרופות מולקולריות קטנות |
| PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, and PTPN11 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. (Dallas, TX, USA) | Santa Cruz Biotechnology, Inc. (Dallas, TX, USA) | נוגדנים ראשוניים לניתוח Western blot של חלבונים מטרה |
| PyMol software | Schrödinger, Inc. | 2.2.0 | תוכנת הדמיה מולקולרית לניתוח מבנה חלבון |
| RCSB protein database | RCSB Protein Data Bank (Rutgers University) | https://www.rcsb.org/ | מאגר מבנה חלבונים (PDB) למודלים מולקולריים |
| SEA Search Server database | University of California, San Francisco | https://sea.bkslab.org | גישת Ensemble Similarity להערכת מטרות |
| Shikonin (purity 98% | leaf organisms originating in China | Y0001439 | תרכובת מולקולה קטנה המשמשת לטיפול בסרטן כלייתי (RCC) במחקר זה |
| SPSS | IBM, Armonk, NY, USA | version 20.0 | לניתוח סטטיסטי |
| STRING | European Molecular Biology Laboratory (EMBL) | https://stringdb.org/ | מאגר רשתות אינטראקציות חלבון-חלבון |
| SwissTargetPrediction database | Swiss Institute of Bioinformatics | https://www.swisstargetprediction.ch/ | כלי לחיזוי מטרות מולקולריות קטנות לגילוי תרופות |
| Therapeutic Target Database | Shanghai Institute of Materia Medica | https://ttd.idrbrab.cn | מאגר מטרות ותרופות טיפוליות |
| Venny 2.1 | Spanish National Center for Biotechnology (CNB-CSIC) | https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html) | כלי דיאגרמת Venn לניתוח חיתוך נתונים |