אזהרה: תרביות hiPSC אנושיות צריכות להיות מטופלות כחומר ביו-מסוכן פוטנציאלית במסגרת נהלי בטיחות ביולוגית מוסדית. בצע את כל הליכי תרבית ה-hiPSC האנושית בארון בטיחות ביולוגי מוסמך מסוג II באמצעות טכניקת סטרילית. כל פסולת המכילה תאים אנושיים, מדיה החשופה לתאים אנושיים וחומר פלסמיד CRISPR/Cas9 צריכה להיות מזוהמת בהתאם להנחיות הבטיחות הביולוגית המקומיות לפני ההטלה. יש לטפל בדוקסיציקלין, פורומיצין, DMSO וחומרים כימיים נוספים עם כפפות והגנה מתאימה על העיניים והעור, ויש להשליך פסולת לפי נהלי הפסולת הכימית המוסדיים. יש לטפל בתמצית ממברנת הבסיס (BME) בטכניקת סטרילית ולאחסן אותה על קרח לפני השימוש כדי למנוע פולימריזציה מוקדמת. אגירת חנקן נוזלי וטיפול בקרוביאלי יש לבצע עם כפפות קריוגניות מתאימות, הגנה על הפנים וזהירות כדי למנוע כוויות קרות או פיצוץ בקבוקון במהלך הפשרה.
הערה: לפני עריכה מתווכת CRISPR/Cas9 והבחנה נוירונלית, תרביות hiPSC צריכות לעמוד בקריטריונים מוגדרים מראש לבקרת איכות. תאים חייבים להיות שליליים למיקופלסמה, להציג קריוטיפ תקין או פרופיל שלמות גנומי מקובל, ולשמור על ביטוי חזק של סמנים פלוריפוטנטיים, כולל OCT4, SOX2, NANOG, TRA-1-60 ו/או SSEA4. התרביות צריכות להציג מורפולוגיה טיפוסית של מושבות hiPSC קומפקטיות, עם יחס גרעיני לציטופלזמה גבוה, גבולות מושבה מוגדרים והבחנה ספונטנית מינימלית. יש להשתמש רק בתרביות המתרבות באופן פעיל בטווח המעבר המומלץ, והתאים לא צריכים לעלות על מספר המעבר המרבי שהוגדר במעבדה, בדרך כלל מתחת למעבר 40, אלא אם אומת אחרת. תרביות המראות מורפולוגיה חריגה, התמיינות ספונטנית מוגזמת, גדילה לקויה, זיהום מאומת או עדויות לאי-יציבות גנומית צריכות להיפסל מניסויי עריכה והבדלה. כל החומרים הנדרשים לפרוטוקול זה, כולל מתכוני מדיה, מופיעים בטבלת החומרים.
1. הכנת מגיבים ולוחות תרבית
- הכינו את מדיום ההקפאה על ידי שילוב של 40 מ"ל תחליפי סרום (KOSR) ו-10 מ"ל דימתיל סולפוקסיד (DMSO) בצינור קונוסי של 50 מ"ל.
- הומוגניזציה של מדיום ההקפאה על ידי פיפטינג למעלה ולמטה 10 פעמים. אחסן את התמיסה בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס עד חודש.
- דיללו את תמצית ממברנת הבסיס (BME) במדיום Modified Eagle Medium/F12 (DMEM/F12) של Dulbecco בריכוז סופי של 80 מיקרוגרם/מ"ל.
הערה: לפני הדילול, בדוק את ריכוז תמיסת ה-BME שהתקבלה באמצעות מספר האצווה באתר הספק.
- הוסיפו 1 מ"ל מה-BME המדולל לכל באר לפלטה עם 6 בארות. החזר מיד את ה-BME המקורי ל-4 מעלות צלזיוס למשך עד חודש.
- הטה את הפלטה כדי לפזר את התמיסה באופן שווה על פני כל פני הבארות. ודא שאין אזורים לא מצופים.
- דגרו את הצלחת לפחות 30 דקות בטמפרטורה של 37°C לפני השימוש.
הערה: אין זמן דגירה מקסימלי. אם אתה דגר יותר מיום אחד, ודא שה-DMEM/F-12 לא יתאדה. תמיסת ה-BME המשמשת לבאר אחת ניתנת לשימוש חוזר רק פעם אחת כדי לצפות באר שנייה. המניפולציה של BME בטמפרטורת החדר צריכה להיות קצרה בגלל הפולימריזציה המהירה שלו.
2. תחזוקה ומעבר של hiPSCs
הערה: בפרוטוקול זה, מדיום תחזוקת hiPSC מתייחס ל-mTeSR plus. mTeSR plus הוא המדיום המומלץ לתחזוקה שוטפת, מעבר מטוסים, התאוששות לאחר נוקלופקטון ובחירת פורומיצין.
- בצע מעבר HIPSC בערך כל 4–6 ימים כאשר התאים מגיעים ל-60% מפגש המים.
- שאפו את מדיום התרבות מהבארות באמצעות פיפטה שואפת.
- הוסיפו 1 מ״ל ReLeSR לבאר ודגרו במשך 30 שניות בטמפרטורת החדר.
- שאף את תגובת הדיסוציאציה ודוגר את הפלטה למשך 8 דקות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס.
- הוסיפו בעדינות 1 מ"ל מדיום תחזוקה hiPSC באמצעות פיפטה של 5 מ"ל. אסוף את המתלה של התא בצינור של 50 מ"ל.
- מערבבים 10 מיקרוליטר מתלה התא עם 10 מיקרוליטר של טרייפן בלו בצינור מיקרוצנטריפוגה. טעין 10 מיקרו ליטר מהתערובת על סלייד מונה תאים כדי לקבוע את ריכוז התאים הבריא.
- שאפו את ציפוי ה-BME מבאר שהוכנה מראש. הוסף 2 מ"ל מדיום תחזוקה של hiPSC בתוספת מעכב קינאז סליל סליל קשור ל-Rho (Rho-27632; 10 מיקרומום סופי).
- זרעו 100,000 hiPSCs בבאר, במטרה להכדאיות של >90%. הזיזו את הלוח בתנועה בצורת שמונה כדי להבטיח התפלגות אחידה של התאים.
- דגרו את התאים בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס עם 5%CO2.
- אחרי 24 שעות, החלף את המדיום ב-2 מ"ל של mTeSR טרי בתוספת מדיום ללא מעכב ROCK.
הערה: שינוי חולף במורפולוגיית התא (הארכת התא) צפוי בנוכחות מעכב ROCK. וודא שהתאים מחזירים את המורפולוגיה האופיינית שלהם לאחר הסרתם.
3. גרעין של hiPSCs
- העבירו את התאים כאשר המפגש מגיע לכ-60%.
הערה: בפרוטוקול זה, כ-60% מהמפגש מתמקד בהתפתחות פעילה של מושבות hiPSC המכסות קצת יותר ממחצית משטח הבאר, עם מרווח נראה בין המושבות והבחנה ספונטנית מינימלית. מושבות לא צריכות להיות מגודלות יתר על המידה, מיזוג נרחב או להציג מרכזים צפופים ורב-שכבתיים בזמן הגרעין.
- ודאו שמכשיר הנוקלאופקציה מופעל ותוספת הנוקלאופקציה מתווספת לתמיסת הנוקלאופקציה P3. הכינו דלי קרח.
- הוסף 110 מיקרו-ליטר מתמיסת הגרעין P3 לצינור מיקרוצנטריפוגה המונח על הקרח.
- הוסף לצינור 1 מיקרוגרם של פלסמיד CRISPR/Cas9 ו-1 מיקרוגרם מהפלסמיד התורם המכיל את ASCL1-P2A-DLX2 המושרה דוקסיציקלין. ערבבו בעדינות מבלי להכניס בועות.
- הכינו את לוח היעד על ידי שאיפת ה-BME משני בארות מצופים. הוסף 2 מ"ל מדיום תחזוקה hiPSC המכיל מעכב ROCK לכל באר, ודוגר את הפלטה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס.
- הפרדה של hiPSCs במפגש של 60% מבאר של לוח בן 6 בארות כפי שמתואר בשלבים 2.2 עד 2.5. העבר את המתלה לצינור סטרילי וצנטריפוגה למשך 5 דקות בטמפרטורה של 500 x גרם בטמפרטורת החדר.
- השליכו את הסופרנטנט והחזירו את כדור התא לתוך 110 מיקרוליטר של תמיסת נוקלאופקציה P3 המכילה את הפלסמידים. פיפט בעדינות כדי למנוע היווצרות בועות.
- העבר 100 מיקרולטר מהמתלה התא לקובטה נוקלאופקטית המונחת על קרח.
- הכנס את הקובטה למכשיר הנוקלאופקטור והפעיל את תוכנית CB-150 ל-hiPSCs.
- שלפו מיד את התאים באמצעות פיפטת פסטר מפלסטיק. העבר נפחים שווים של תליית התא לשני הבארות שהוכנו מראש.
- פזר את התאים בתנועת צורת שמונה ודוגר בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס.
- אחרי 24 שעות, החלף את המדיום ב-mTeSR פלוס מדיום שחסר מעכב ROCK. בדוק את יעילות הגרעין על ידי צפייה בפלואורסצנציה אם רלוונטי.
4. בחירת אנטיביוטיקה
אזהרה: פורומיצין רעיל. לטפל בציוד מגן אישי מתאים ולהיפטר מהפסולת בהתאם להנחיות המוסדיות.
הערה: לפני בחירת hiPSCs ערוכים, קבעו את ריכוז הפורומיצין האופטימלי לכל קו hiPSC. זרעי hiPSC לא ערוכים ב-100,000 תאים לבאר בלוח מצופה BME עם 6 בארות במדיום תחזוקה של hiPSC בתוספת מעכב ROCK. לאחר 24 שעות, החליפו את המדיום במדיום תחזוקה טרי של hiPSC המכיל פורומיצין ברמות 0, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 1.0 ו-1.5 מיקרוגרם/מ"ל. החלפת מדיום המכיל פורומיצין מדי יום ומנטרת את מורפולוגיית התאים וההישרדות באמצעות מיקרוסקופיית ברייטפילד למשך 5 ימים. הריכוז שנבחר אמור להסיר את כל ה-hiPSCs הלא ערוכים בתוך 3–5 ימים תוך מזעור רעילות מופרזת. בפרוטוקול זה, ריכוז הפורומיצין האופטימלי הוא בדרך כלל 0.4–0.6 מיקרוגרם/מ"ל.
- המתינו ל-3 מעברים לאחר הגרעין, בדרך כלל כ-1–2 שבועות בהתאם להתאוששות וקצב הגדילה, כדי לאפשר אובדן פלסמידים לא משולבים לפני תחילת הסלקציה.
- לבצע מעבר תאים ולזרוע 100,000 תאים בכל באר.
- לאחר 24 שעות, מוסיפים פורומיצין בריכוז שנקבע על ידי עקומת ההרג, בדרך כלל 0.4–0.6 מיקרוגרם/מ"ל.
- שמרו על בחירת הפורומיצין למשך הזמן שנקבע מראש, בדרך כלל כ-5 ימים.
- אימות האוכלוסייה הנבחרת באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי או ציטומטריית זרימה כדי להעריך את שיעור התאים החיוביים למדווח.
הערה: יש להתקדם רק עם אוכלוסיות מאוחדות המציגות ביטוי מדווח הומוגני באופן רחב, רצוי >80–90% תאים חיוביים למדווחים. אם ביטוי המדווח נשאר פסיפס, האריך את הבחירה, חזור על העשרה, או שקול בידוד קלוני לפני ההבדלה.
- אשר את המיקוד הנכון של AAVS1. באמצעות PCR לפני התחלת התמיינות נוירונלית.
- כאשר נדרש אימות קפדני, יש לאמת מוצרי PCR באמצעות ריצוף סנגר ולהעריך את מספר העתק הטרנסגן באמצעות qPCR, ddPCR או מבחן מספר עותק מתאים אחר.
- הערכת אינטגרציה אקראית באמצעות בדיקות מבוססות PCR עבור רצפי עמוד שדרה של פלסמיד או ניתוח אינטגרציה רחב יותר של הגנום, בהתאם ליישום המיועד בהמשך.
- אישור שאוכלוסיית ה-hiPSC הנבחרת נשארת שלילית למיקופלסמה, שומרת על מורפולוגיה טיפוסית של מושבות hiPSC, ושומרת על גדילה איתנה לאחר ברירה פורומיצין.
- הערכה מחדש של שלמות הגנומית באמצעות קריוטיפינג, מערך SNP או מבחן מאומת אחר, במיוחד כאשר תאים ערוכים ישמשו למידול מחלות, בדיקות פונקציונליות או מחקרים ארוכי טווח.
- הערכת השפעות פוטנציאליות מחוץ למטרה של CRISPR/Cas9 באמצעות ריצוף ממוקד של אתרים חזויים מחוץ למטרה או, במידת הצורך, גישות גנומיות רחבות יותר.
הערה: אין להשתמש בתרביות להבדלה אם הן מראות מורפולוגיה לא תקינה, התאוששות לקויה לאחר ברירה, ביטוי מתמשך של דיווח פסיפס, חריגות גנומיות מאומתות או אינטגרציה נכשלת של AAVS1 . בפרוטוקול זה, hiPSCs מהונדסים נבחרים משמשים כאוכלוסייה מאוחדת וניתן לשמר אותם בהקפאה לפני השראת דוקסיציקלין, ביטוי מדווח, AAVS1. היעד, המורפולוגיה והצמיחה אומתו. הקפאה לאחר השראה של דוקסיציקלין או במהלך הבשלה נוירונית אינה חלק מתהליך העבודה הסטנדרטי ויש לאמת אותה אמפירית לפני השימוש.
5. התמיינות לנוירונים GABAergic
- הכן את מספר הבארות המצופות BME. יש לשים לב שזריעה היטב ביום 0 תניב באר אחת של נוירונים GABAergic.
- הכינו 6.9 מ"ל מדיום נוירו-אינדוקציה לכל באר, תוך השלמת דוקסיציקלין (1 מיקרוגרם למ"ל). כלול נפח עודף של 15% כדי להתחשב בטעויות באידוי או בפיפטינג.
הערה: דוקסיציקלין משמש בריכוז סופי של 1 מיקרוגרם/מ"ל, החל מהיום 0, ונשמר לאורך כל ההתמיינות וההבשלה. עם כל שינוי מדיום מכין מדיום טרי המכיל דוקסיציקלין כדי לשמור על השראה עקבית של הטרנסגנים. מינון זה נבחר כי הוא יצר ביטוי מדווח חזק והמרת נוירונים יעילה בידינו. בפרוטוקול זה לא בוצעה תגובה פורמלית למינון דוקסיציקלין; לכן, מעבדות המתאימות את השיטה עשויות לבדוק אמפירית 0.1–2 מיקרוגרם/מ"ל דוקסיציקלין אם השראת הטרנסגן נראית תת-אופטימלית.
- ביום 0, הפרדו את ה-hiPSCs המהונדסים וזרעו 200,000 תאים לבארות המצופות ב-BME. דגירה ב-37 מעלות צלזיוס.
- בימים 1, 2 ו-3, שאפו את המדיום והוסיפו 2 מ"ל של מדיום נוירו-אינדוקציה טרי המכיל דוקסיציקלין.
הערה: עד היום השלישי, התרחבות התאים צפויה לרדת משמעותית, ומבנים דמויי דנדריטים עשויים להתחיל להופיע. אם נדרש אישור ניסויי ליציאה ממחזור התא, ניתן לבצע צביעת חיסון Ki-67 או שילוב EdU/BrdU ביום 3–4.
- ביום הרביעי, הכינו מדיום נוירו-בשלה המכיל גורם נוירוטרופי שמקורו במוח (BDNF), גורם נוירוטרופי מקו תאי גליה (GDNF) ונוירוטרופין-3 (NT-3), כל אחד בריכוז סופי של 10 ng/mL, דוקסיציקלין ב-1 מיקרוגרם/מ"ל, ו-PluriSln ב-20 מיקרומטר.
- שאפו את המדיום הנוירו-אינדוקציוני. הוסיפו בזהירות 2 מ"ל של מדיום ההתבגרות הנוירובטית טיפה אחר טיפה לאורך דופן הבאר כדי לא להפריע לנוירונים החדשים.
- ביום השביעי, שואף את המדיום והוסיף בעדינות 2 מ"ל מדיום נוירו-בשלה המכיל את הנוירוטרופינים והדוקסיציקלין, אך השמטת מעכב הישרדות תאי פלוריפוטנטי.
- לתחזוקה ארוכת טווח, החלף את מדיום ההתבגרות הנוירו-סופית לחלוטין כל 3 עד 4 ימים, תוך התאמת התדירות בהתאם לצפיפות התאים.
הערה: יום 21 הוא נקודת הסיום הסטנדרטית להערכת זהות נוירונלית GABAergic. ביום ה-21, תאים אמורים להציג תכונות נוירונליות GABAergic, כולל DLX1.ביטוי, וממשיכים להבשיל את רשתות האקסונים שלהם. צפיפות זריעה של 200,000 תאים לבאר נבחרה אמפירית ליצירת מושבות מרווחים היטב תוך הימנעות מצפיפות מופרזת ומוות תאי הקשור לבגירה. צפיפויות של 150,000–300,000 תאים לבאר תואמות, כאשר צפיפויות נמוכות מועדפות למורפולוגיה וצפיפויות גבוהות יותר לשחזור חומר. כדי להפחית ניתוק, יש לבצע החלפות תכופות יותר של חצי-בינוני באמצעות פיפטה של 1,000 מיקרוליטר בזרימה נמוכה מבלי להטות את הלוח. במידת הצורך, ניתן לצלוח מחדש תאים פעם אחת לאחר השראת דוקסיציקלין בת 3 ימים, לפני הוספת מדיום הבשלה, באמצעות ציפויים משופרים כמו פולי-אל-ליזין/למינין או למינין-521. יש להימנע ממעבר נוסף לאחר תחילת הבגרות.
- תרביות יכולות להישמר מעבר ליום ה-21 לצורך הבשלה ממושכת אם הרשתות נשארות מחוברות, בעלות קיימא וללא התפשטות מושבות דמויות hiPSC. לאחר יום 21, יש לבצע שינויים חצי-בינוניים כל 3–4 ימים עם מדיום נוירו-בשלה טרי המכיל דוקסיציקלין וגורמים נוירוטרופיים.
הערה: השתמש בתרביות לבדיקות במורד הזרם לאחר שמורפולוגיית הנוירונים ורשתות הנויריטים יציבות, ההיפרדות מינימלית, ואין מושבות בלתי מובחנות נראות. אצלנו, תרביות בדרך כלל משמשות בין יום 21 ליום 35.