משמעות קלינית, נוף חדירה חיסונית וניתוח רשת תפקודית של miR-192-5p בסרטן המעי הגס והחלחול (Colorectal Cancer)

Wei Zhang; Xin Yang; Zhui Ke; Shouhua Wang; Li Feng

doi:10.3791/71908

הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר מחקר

משמעות קלינית, נוף חדירה חיסונית וניתוח רשת תפקודית של miR-192-5p בסרטן המעי הגס והחלחול (Colorectal Cancer)

72 צפיות

⸱

DOI:

10.3791/71908

⸱

1 בספטמבר 2026

Wei Zhang^*¹ , Xin Yang^*² , Zhui Ke¹ , Shouhua Wang¹ , Li Feng³

¹XiangShui County People's Hospital, ²Inner Mongolia International Hospital of Mongolian Medicine, ³Affiliated Tumor Hospital of Inner Mongolia Medical University

^* These authors contributed equally

במאמר זה

סיכום

מחקר זה משלב מאגרי נתונים ציבוריים, תיקוף של רקמות זוגיות, בדיקות נדידת תאים, חיזוי רשת מטרות וניתוח חתימה חיסונית כדי להעריך את miR-192-5p בסרטן המעי הגס והחלחולת. הממצאים מדגישים אי-התאמה בין נתוני הביטוי של TCGA/GDC לבין תוצאות qRT-PCR מקומיות, ומזהירים מפני פרשנות יתר של המשמעות האבחנתית, הפרוגנוסטית, התפקודית והחיסונית שלו.

תקציר

סרטן המעי הגס והחלחולת (CRC) הוא גידול ממאיר הטרוגני שבו miR-192-5p עשוי לתרום להתקדמות הגידול ולגילוי סמנים ביולוגיים. מחקר זה בחן את המשמעות הקלינית, הקשרים החיסוניים והרשת התפקודית של miR-192-5p ב-CRC באמצעות שילוב של ניתוחים ביו-אינפורמטיים ממסדי הנתונים TCGA/GDC ו-GEO, תיקוף באמצעות qRT-PCR של רקמות זוגיות, חיזוי מטרות, ניתוח חתימה חיסונית וניסויי ריפוי פצעים בתאי HT29. ניתוח חוזר של נתוני miRNA-seq מ-TCGA/GDC כלל 616 דגימות גידול ו-11 דגימות נורמליות של COADREAD, והראה אות hsa-mir-192 גבוה יותר ברמת מסד הנתונים בדגימות גידול מאשר בדגימות נורמליות (Mann-Whitney p = 9.96 x 10^-8). כיוון דומה נצפה ב-11 מקרים זוגיים מ-TCGA (הפרש חציוני בין גידול לנורמה = 3.13 log2[RPM + 1], Wilcoxon p = 0.0029), בעוד ש-qRT-PCR מקומי ברקמות קליניות זוגיות תמך בביטוי נמוך יותר של miR-192-5p בוגר ברקמות CRC. ניתוח ROC מבוסס TCGA הראה הפרדה חזקה בין גידול לנורמה, אך ניתוחי דגימה חוזרת מאוזנת (balanced resampling) וניתוחי leave-one-normal-out אישרו כי יש לפרש תוצאה זו בזהירות בשל המספר המוגבל של דגימות נורמליות. ניתוח קליני-פתולוגי הצביע על קשרים עם שלב N וגיל בקוהורט ה-TCGA, בעוד ששלב T ושלב M לא היו מובהקים בטבלה המסכמת, וניתוח הישרדות כוללת לא הראה קשר פרוגנוסטי מובהק. ניתוחים של גנים מרכזיים (hub-genes) מועמדים באמצעות RNA-seq של TCGA סיפקו ראיות גילוי של ביטוי, מתאם והישרדות, אך לא ביססו מיקוד ישיר של miR-192-5p. ניתוח חתימה חיסונית הראה מתאמים הטרוגניים וחלשים ברובם. מבחינה תפקודית, טרנספקציה של mimic של miR-192-5p הפחיתה את סגירת הפצע בתאי HT29. ממצאים אלה מעידים על כך ש-miR-192-5p רלוונטי ביולוגית ל-CRC, אך כיוון הביטוי שלו והפרשנות הקלינית תלויים בפלטפורמה ודורשים תיקוף ניסויי נוסף.

מבוא

סרטן המעי הגס והחלחולת (CRC) הוא אחד הממאירות השכיחות ביותר ברחבי העולם ונשאר סיבה מובילה לתמותה הקשורה לסרטן¹^,². למרות שקולונוסקופיה, בדיקות אימונוכימיות לצואה, בדיקות מתילציה של SEPT9, סממנים גידוליים במחזור הדם ופרופיל מולקולרי שיפרו את הגילוי והניהול הקליני של CRC³^,⁴, נותרת הטרוגניות משמעותית בביולוגיה של הגידול, בתגובה לטיפול ובתוצאות עבור המטופלים⁵^,⁶^,⁷. לפיכך, סממנים ביולוגיים המסייעים לאפיון הביולוגיה של CRC עשויים לתרום לסיווג סיכונים ולפיתוח אסטרטגיות טיפוליות מותאמות אישית יותר⁸.

מיקרו-RNAs (miRNAs) הם RNAs קצרים שאינם מקודדים, באורך של כ-19–24 נוקלאוטידים, המווסתים את ביטוי הגנים בעיקר באמצעות מנגנונים פוסט-טרנסקריפציונליים⁹. ביטוי לא מאוזן של miRNA עשוי להשפיע על שגשוג תאי סרטן, נדידה, פלישה, אפופטוזיס, אינטראקציות חיסוניות ותגובה לטיפול¹⁰. דווח כי miR-192-5p פועל באופן תלוי-הקשר במחלות ובסוגי סרטן שונים, עם קשרים אונקוגניים או מדכאי-גידול, בהתאם לסוג הרקמה, הרקע המולקולרי והמערכת הניסויית¹¹^,¹²^,¹³^,¹⁴^,¹⁵^,¹⁶. ב-CRC, מחקרים קודמים דיווחו על פרופילי miRNA משתנים בדגימות קליניות ועל ויסות תפקודי של פנוטיפים ממאירים בתאי סרטן המעי הגס¹²^,¹⁴^,¹⁵. עם זאת, ניתוחים של מאגרי נתונים ציבוריים עשויים שלא להראות תמיד את אותו כיוון ביטוי, והמשמעות הקלינית, רשת המטרות והקשרים החיסוניים של miR-192-5p ב-CRC דורשים הערכה זהירה.

המחקר הנוכחי בחן את miR-192-5p ב-CRC על ידי שילוב של ניתוחים ביו-אינפורמטיים ממאגרי TCGA/GDC ו-GEO, תיקוף באמצעות qRT-PCR ברקמות קליניות זוגיות, בדיקות נדידה in vitro, חיזוי גנים מטרה פוטנציאליים, העשרת מסלולים וניתוח קורלציה של חתימה חיסונית. המחקר התבסס על ההיפותזה כי miR-192-5p בוגר עשוי להיות מופחת (downregulated) ברקמות CRC וייתכן כי הוא מפעיל השפעה מדכאת גידולים. מכיוון שסיגנל ה-miRNA-seq שנותח מחדש מ-TCGA/GDC הראה כיוון ביטוי הפוך, התוצאות מפורשות כגילויים ראשוניים (exploratory) התלויים בפלטפורמה, ולא כדפוס ביטוי חד-משמעי אחד.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

מחקר זה בוצע בהתאם להצהרת הלסינקי. אישור ניתן על ידי ועדת האתיקה של Inner Mongolia Medical University ב-21 באוקטובר 2021. הסכמה מדעת בכתב התקבלה מכל המשתתפים שנכללו במחקר.

איסוף דגימות קליניות

רקמות של CRC ורקמות לא סרטניות סמוכות שנלקחו כזוגות נאספו מ-45 מטופלים שעברו כריתה רדיקלית בין דצמבר 2017 לפברואר 2020. אף אחד מהמטופלים לא קיבל רדיותרפיה או כימותרפיה טרום-ניתוחית, ומטופלים עם גידולים ממאירים אחרים הוחרגו. רקמה לא סרטנית סמוכה נאספה במרחק של לפחות 5 cm משולי הגידול. הדגימות הוקפאו מיד לאחר ההסרה הכירורגית ואוחסנו בחנקן נוזלי עד למיצוי ה-RNA. העוקבה כללה 27 מטופלים גברים ו-18 מטופלות נשים; 13 מטופלים היו צעירים מ-60 שנים, ו-32 היו בני 60 שנים ומעלה. המשתנים הקליניקופתולוגיים כללו קוטר גידול, שלב TNM, דיפרנציאציה, תסביב גידול כלי דם, גרורות בקשרי לימפה ורמת CEA טרום-ניתוחית.

איסוף נתונים ציבוריים ועיבוד מקדים

נתוני miRNA-seq, RNA-seq ונתונים קליניים בגישה פתוחה עבור TCGA-COAD ו-TCGA-READ התקבלו מפורטל Genomic Data Commons. גידולי ראשוניים ודגימות רקמה מוצקה נורמלית זוהו בהתאם לסוג הדגימה של GDC. דגימות של גידולים גרורתיים וחוזרים הוצאו מניתוח הביטוי הדיפרנציאלי בין גידול לנורמה. עבור קבצי miRNA-seq של TCGA, הרשומה ברמת בסיס הנתונים שזוהתה עבור ניתוח זה הייתה hsa-mir-192; ערכי הביטוי נותחו כ-log2(RPM + 1), כאשר RPM מציין reads per million של קריאות miRNA ממופות. ניתוחים של גידול-נורמה, הן לא מזווגים והן מזווגים, בוצעו כאשר היו דגימות תואמות זמינות. מערכי נתונים GEO GSE89076 ו-GSE156355 שימשו לסריקת גנים מועמדים למטרה. גנים עם ביטוי דיפרנציאלי מ-GEO נסרקו באמצעות p adjusted < 0.05 וערך מוחלט של log2 fold-change ≥ 2. שמות מערכי הנתונים נבדקו לעקביות לאורך כתב היד.

ניתוחים אבחנתיים, קליניקו-פתולוגיים ושל הישרדות

ניתוח עקומת מאפייני המקלט (ROC) שימש להערכת ההפרדה הראשונית בין גידול לרקמה נורמלית ב-TCGA-COAD, TCGA-READ, ובקוהורט המשולב COADREAD. מכיוון שמספר הדגימות הנורמליות היה קטן, בוצעו ניתוחי רגישות נוספים, כולל דגימה חוזרת מאוזנת של גידול-נורמלית ב-5,000 חזרות וניתוח leave-one-normal-out. לצורך ניתוחי קשר קליני-פתולוגיים, דגימות גידול ראשוני חולקו לקבוצות בעלות ביטוי גבוה ונמוך על פי רמת הביטוי החציונית של miR-192 ב-TCGA. הניתוחים חזרו על עצמם עבור קוהורט COADREAD המשולב ועבור COAD ו-READ בנפרד כאשר גודל המדגם התיר זאת. הישרדות כוללת הוערכה באמצעות ניתוח Kaplan-Meier עם מבחן log-rank ורגרסיית Cox חד-משתנית. ניתוחים אבחנתיים, קליני-פתולוגיים וניתוחי הישרדות דווחו בנפרד כדי למנוע הגזמה במסקנות הפרוגנוסטיות.

ניתוחים של גנים מועמדים למטרה וגני צומת (hub-genes)

גנים מטרת-מועמדים זוהו על ידי שילוב של תחזיות miRWalk עם גנים בעלי ביטוי דיפרנציאלי מ-GSE89076 ו-GSE156355. החפיפה בין שלושת המקורות הללו נשמרה לצורך ניתוח גישוש המשכי. רשת אינטראקציות חלבון-חלבון נבנתה באמצעות STRING, וגני מפתח (hub genes) נבחרו על פי דרגת הצומת (node degree) וקישוריות המודול באמצעות ניתוחי cytoHubba ו-MCODE מבוססי Cytoscape. גני המפתח שנשמרו (KIF20A, TPX2, CDCA5, CCNB1, CDK1, PLP1, NRXN1, GRIK3, ו-KIF5C) הוערכו בהמשך באמצעות נתוני RNA-seq של TCGA. הבדלי ביטוי בין גידול לרקמה נורמלית, מתאמי Spearman עם ביטוי miR-192 ב-TCGA, וקשרים עם הישרדות כוללת סוכמו כניתוחי גישוש משלימים. גנים אלו נחשבו כגנים מטרת-מועמדים בלבד; לא הוסק מהנתונים הביואינפורמטיים קשירה ישירה, אפקט הצלה (rescue effect) או רגולציה ברמת החלבון במורד המסלול.

ניתוח העשרה של GO ו-KEGG

ניתוחי העשרה של Gene Ontology (GO) ו-Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) בוצעו עבור קבוצת הגנים המועמדת ומודולי רשת משמעותיים. מונחי GO קובצו לקטגוריות של תהליך ביולוגי, רכיב תאי ותפקוד מולקולרי. תוצאות העשרה עם p < 0.05 נחשבו למשמעותיות סטטיסטית ופורשו כאותות של מסלולים המעוררים השערות, ולא כמנגנונים המהווים אישוש ניסויי.

מיצוי RNA ואנליזת qRT-PCR

RNA כולל הופק מ-45 דגימות זוגיות של CRC ורקמה לא סרטנית סמוכה באמצעות ריאגנט TRIzol בהתאם לפרוטוקול היצרן. טוהר ה-RNA והריכוז שלו נבדקו באופן ספקטרופוטומטרי, ודגימות עם ערכי A₂₆₀/A₂₈₀ שבין 1.8 ל-2.1 שימשו לתעתוק הפוך. qRT-PCR בוצע באמצעות מערכת לתעתוק הפוך של miRNA וריאגנטים ל-miRNA qPCR מבוססי SYBR Green מחברת TransGen Biotech. התעתוק ההפוך וההגברה ב-qPCR בוצעו בהתאם להוראות יצרן הריאגנטים. כל תגובת qRT-PCR הורצה בשלישייה טכנית. RNU6B שימש כרפרנס פנימי. הפריימרים של miR-192-5p היו 5'-GGGGCTGACCTATGAATTGA-3' (forward) ו-5'-CAGTGCAGGGTCCGAGGT-3' (reverse). הפריימרים של RNU6B היו 5'-ATTGGAACGATACAGAGAAGATT-3' (forward) ו-5'-GGAACGCTTCACGAATTTG-3' (reverse). ניתוח עקומת המסת (Melt-curve) שימש להערכת ספציפיות ההגברה כאשר פלטפורמת ה-qPCR תמכה בכך. ביטוי יחסי חושב באמצעות שיטת 2^-ΔΔCt. תוצאות של גידול ורקמה סמוכה בזוגות נותחו כמדידות קליניות זוגיות.

תרבית תאים והסמכה (טרנספקציה)

קו התאים האנושי CRC HT29 הושג ממלאי התאים של מעבדת המחברים, ואומת ונמצא נקי מזיהום mycoplasma. תאי HT29 תורגלו בתווך McCoy's 5A מועשר ב-10% fetal bovine serum, 100 U/mL penicillin, ו-100 µg/mL streptomycin בטמפרטורה של 37 ^oC באטמוספירה של 5% CO₂. התאים הועברו למצע חדש כאשר הגיעו לכ-80% confluence. miR-192-5p mimics והאוליגוניוקלאוטיד לשלילה con238 נרכשו מ-Sangon Biotech (שנגחאי, סין) ושימשו לטרנספקציה זמנית. תאי HT29 נזרעו בלוחות של 6 באריים וטרנספקטו כאשר צפיפות התאים הגיעה לכ-20–30%, תוך שימוש בריכוז סופי של אוליגוניוקלאוטיד של 50 nM ובפרוטוקול טרנספקציה מבוסס ליפידים שבוצע בהתאם להוראות יצרן הריאגנט. היחס המדויק בין הריאגנט לאוליגוניוקלאוטיד וכמות הריאגנט התאימו לפרוטוקול המומלץ של היצרן כפי שמופיע ברישומי המעבדה של המחברים. התאים הוצאו לדגירה עם קומפלקסי הטרנספקציה בתנאי תרבית סטנדרטיים, ובדיקות דימוי לאחר טרנספקציה ובדיקות ריפוי פצעים (wound-healing assays) בוצעו לאחר הטרנספקציה בהתאם ללוח הזמנים הניסויי. רק נתונים של תאי HT29 נכללו במחקר הנוכחי.

בדיקת ריפוי פצעים

תאי HT29 שעברו טרנספקציה נזרעו בלוחות של 6 בארות וגודלו עד להיווצרות שכבה חד-שכבתית רציפה (confluent monolayer). שריטה ליניארית נוצרה באמצעות טיפ של פ pipette סטרילי בנפח 200 µL, ותאים שהסתלקו הוסרו על ידי שטיפה ב-PBS. לאחר מכן, המצע הוחלף במצע נטול סרום כדי להפחית השפעות הקשורות לשגשוג במהלך הערכת הנדידה. תמונות של הפצע צולמו בנקודות הזמן 0 h, 24 h ו-48 h. בדיקת ריפוי הפצע בוצעה בשלוש חזרות ביולוגיות בלתי תלויות, ושדות מיקרוסקופיים מרובים נמדדו עבור כל קבוצה ונקודת זמן. רוחב הפצע כומת מתמונות המיקרוסקופיה באמצעות תוכנה לניתוח תמונות; גרסת התוכנה המדויקת ששימשה למדידות המקוריות לא הייתה זמינה ברשומות המקור. קצב ריפוי הפצע חושב לפי הנוסחה: [(רוחב הפצע ב-0 h - רוחב הפצע בנקודת הזמן המצוינת) / רוחב הפצע ב-0 h] x 100%. מכיוון שנתוני כתב היד הזמינים אינם כוללים ניסוי נפרד לבקרת שגשוג, תוצאות ריפוי הפצע פורשו כקשורות לנדידה, אך לא כהדרה מוחלטת של השפעות שגשוג.

ניתוח קורלציה של חתימה חיסונית

הקשר בין ביטוי miR-192 ב-TCGA לבין חתימות הקשורות למערכת החיסון נבחן מחדש באמצעות נתוני RNA-seq של גידולים ראשוניים. סה"כ 425 דגימות גידול עם נתוני miRNA ו-RNA-seq תואמים נכללו בניתוח המתאם של ציון החתימה. ביטוי miR-192 הראה מתאמים שליליים חלשים אך מובהקים סטטיסטית עם מספר חתימות חיסוניות לאחר תיקון שיעור גילוי שגוי (FDR), כולל תאי Tfh (rho = -0.205, FDR = 0.00049), תאי דנדריטיים מופעלים (rho = -0.186, FDR = 0.00098), תאי Treg (rho = -0.185, FDR = 0.00098), תאי דנדריטיים פלסמציטואידיים (rho = -0.169, FDR = 0.0027) ומקרופאגים (rho = -0.149, FDR = 0.0092). מתאמים חיוביים נצפו בעיקר עבור חתימות של אאוזינופילים (rho = 0.139, FDR = 0.0155) ותאי Th17 (rho = 0.121, FDR = 0.0296). ממצאים אלו מעידים על קשרים חיסוניים הטרוגניים ובדרך כלל חלשים, ולא על דפוס אחיד של חדירה חיסונית חיובית.

ניתוח סטטיסטי

ניתוחים סטטיסטיים בוצעו באמצעות GraphPad Prism 9.0, SPSS 25.0, ותוכנת R 3.6.3. משתנים רציפים סוכמו כממוצע ± סטיית תקן או כחציון עם טווח בין-רבעוני, לפי העניין. השוואות של רקמות זוגיות נותחו באמצעות מבחנים מזווגים כאשר דגימות הגידול והרקמה הסמוכה לו היו תואמות. מבחנים לא פרמטריים שימשו כאשר הנחות הנורמליות לא התקיימו. עקומות ROC, דגימה חוזרת מאוזנת (balanced resampling) וניתוח leave-one-normal-out שימשו לאפיוני הבחנה אבחנתית ראשונית; מבחני Chi-square שימשו לקשרי קליניקה-פתולוגיה קטגוריים; מודלי Cox ומבחן log-rank שימשו לניתוחי הישרדות; ומתאם Spearman שימש לניתוחי מערכת החיסון וגני מפתח (hub-genes). ערך p < 0.05 דו-צדדי נחשב למשמעותי סטטיסטית, כאשר עבור מתאמי חתימת חיסונית דווח תיקון של שיעור התגליות השגויות (false-discovery rate).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

ניתוח ביטוי במאגרי נתונים ציבוריים וברקמות קליניות תואמות

דפוס הביטוי של miR-192 נבחן מחדש באמצעות נתוני miRNA-seq של TCGA-COAD ו-TCGA-READ שהופקו מה-GDC (איור 1). בקבצים אלו, הערך ברמת מסד הנתונים סומן כ-hsa-mir-192 ולא ישירות כסוג ה-hsa-miR-192-5p הבוגר; לפיכך, תוצאה זו ממסד הנתונים הציבורי פורשה כאות של TCGA miR-192. בעקבה המשולבת של COADREAD, נותחו 616 גידולים ראשוניים ו-11 דגימות רקמה נורמליות מוצקות. דגימות גידולים הראו ביטוי גבוה יותר של mi...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

מחקר זה העריך את הרלוונטיות הקלינית והביולוגית של miR-192-5p ב-CRC באמצעות שילוב של ניתוח מאגרי נתונים ציבוריים, תיקוף רקמות מקומי, חיזוי רשת מטרות, ניתוח חתימה חיסונית וניסויי נדידה in vitro. בניתוחים נעשה שימוש בהגדרות דגימות מאושרות של TCGA, הפרדה בין COAD ל-READ במידת האפשר, ערכי miRNA של log2(RPM + 1), הבחנה בין השוואות מזווגות לבלתי מזווגות, בדיקת חוסן של ROC, והוספת ניתוחי רגישות של RNA-seq לגנים מרכזיים (hub-genes). הממצא המרכזי הוא שאות ה-miR-192 במאגר הציבורי TCGA/GDC ותוצאות ה-qRT-PCR המקומיות של miR-192-5p בו...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

למחברים אין ניגוד עניינים להצהיר עליו.

תודות

המחברים מודים למעבדת האבחון המולקולרי של גידולי אוניברסיטת הרפואה של מונגוליה הפנימית על התמיכה הטכנית. עבודה זו נתמכה על ידי פרויקט המחקר המדעי של ועדת הבריאות העירונית של יאנצ'נג (מענק מס' YK2023101), אשר מימן גם את דמי עיבוד המאמר.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
0.25%+2:60 trypsin-EDTA	Biological Industries	03-054-1	עיכול/מעבר תאים
10% ammonium persulfate	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	A8090	ריאגנט SDS-PAGE
10% sodium dodecyl sulfate	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	SIS1070	ריאגנט SDS-PAGE
4x protein loading buffer	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	P1016	הכנת דגימת חלבון
מקפיא בטמפרטורה נמוכה מאוד -80 C	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	אחסון דגימות
Anti-Myc mycoplasma removal reagent	Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd.	P-CMR-001	דקונטמינציה של מיקופלסמה
ערכות פריימרים ל-ARL2, BATF2, MEN1, ו-beta-actin	Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China	Custom synthesized	פריימרים ל-mRNA qPCR
קורא מיקרופלט אוטומטי	PerkinElmer, USA	VICTOR Nivo	מדידת absorbance
BCA Protein Assay Kit	Thermo Fisher Scientific	23225	כימות חלבון
מטודת בטיחות ביולוגית / שולחן נקי	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	תרבית תאים אספטית
תא ספירה של תאים / המוציטומטר	Shanghai Qiujing Biochemical Reagent Instrument Co., Ltd.	http://www.shqiujing.net/	ספירת תאים
Cell Counting Kit-8 (CCK-8)	Biosharp	BS350B	בדיקת פרוליפרציה של תאים/ציטוטוקסיות
בקבוקי תרבית תאים, פלטות תרבית, מבחנות צנטריפוגה וטיפים לפיפט	Corning	https://www.corning.com/in/en.html	מתכלים כלליים לתרבית תאים
Cell Cycle and Apoptosis Detection Kit	Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China	https://www.chemicalbook.com/ShowSupplierProductsList13366/0_EN.htm	ניתוח מחזור תא/אפופטוזיס בציטומטריה זרימתית
אינקובטור CO2 לתאים	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	תרבית תאים
con238 negative-control oligonucleotide	Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China	Custom synthesized	בקרת טרנספקציה
תוכנת Cytoscape	Cytoscape Consortium	https://cytoscape.org/	ויזואליזציה של מודול רשת וגנים מרכזיים (hub-genes)
מערבל מגנטי תרמוסטטי דיגיטלי	Changzhou Saipu Experimental Instrument Factory	https://czxtyq.en.alibaba.com/	הכנת תמיסות
תנור ייבוש תרמוסטטי חשמלי	Nanjing Wohuan Technology Industry Co., Ltd.	https://www.wtsensor.com/about-wt/aboutwt/	תמיכה בייבוש/סטריליזציה
מערכת אלקטרופורזה	Bio-Rad Laboratories	Mini-PROTEAN 3 Cell	אלקטרופורזה של ג'ל
מערכת להעברה חשמלית	Hoefer	TE77XP	העברת חלבון
סרום עוברי בקר	Biological Industries	04-001-1ACS	תוסף לתרבית תאים
ציטומטר זרימתי	ACEA Biosciences	NovoCyte	ציטומטריה זרימתית
מיקרוסקופ פלואורסצנציה הפוך	Ningbo Sunny Instruments Co., Ltd.	https://www.sunny-instrument.com/en	דימוי תאים ופצעים
פורטל GDC/TCGA	National Cancer Institute	Open-access database	נתונים ציבוריים של miRNA-seq, RNA-seq ונתונים קליניים
מאגר נתוני GEO	National Center for Biotechnology Information	GSE89076 and GSE156355	מאגרי נתונים ציבוריים של ביטוי גנים
GraphPad Prism	GraphPad Software	Version 9	ניתוח סטטיסטי וגרפיקה
צנטריפוגה מקוררת במהירות גבוהה	Shanghai Huxiangyi Centrifuge Instrument Co., Ltd.	https://www.bioridgecentrifuge.com/	הכנת דגימות
תאי HT29	Authors' laboratory cell stock	Not applicable	שורת תאי סרטן מעי-רחם אנושית
תוכנה לניתוח תמונות	ImageJ	Not applicable	כימות רוחב פצע
מערכת דימוי	Tanon Science & Technology Co., Ltd.	Tanon-5200	דימוי ג'ל/בלוט
מערכת IncuCyte S3 לתצפית דינמית על תאים וניתוח תפקודי	Beijing Sensi Wantong Technology Co., Ltd.	IncuCyte S3	דימוי תאים חיים/ניתוח תפקודי
אמבט מים תרמוסטטי חכם	Leica	HI1210	דגירה בבקרת טמפרטורה
לנטי-וירוס וריאגנט הדבקה	Shanghai GeneChem Co., Ltd.	https://synapse.patsnap.com/organization/04ffbf33ff2a6311226a8fa05498cec4	טרנסדוקציה יציבה של תאים
פיפטות ידניות	Gilson	PIPETMAN P	טיפול בנוזלים
McCoy's 5A basal medium	Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd.	PM150710	תווך תרבית לתאי HT29
צנטריפוגה רפואית	Zhuhai manufacturer not specified	3200	הכנת דגימות
מקרר-מקפיא רפואי	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	אחסון ריאגנטים/דגימות
Meilunbio Fixer Supersensitive ECL Chemiluminescence Substrate	Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China	MA0186	זיהוי אימונובלוט
מיני-צנטריפוגה	Beijing DLAB Scientific Co., Ltd.	https://www.dlabsci.com/	הכנת דגימות
ערכות פריימרים ל-miR-192-5p ו-U6	TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China	Custom synthesized	פריימרים ל-miRNA qPCR
miR-192-5p mimic	Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China	Custom synthesized	אוליגוניוקלאוטיד לטרנספקציה זמנית
miRcute Enhanced miRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit	TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China	KR211	שעתוק הפוך של miRNA
miRcute Enhanced miRNA Fluorescence Quantitation Kit (SYBR Green FP)	TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China	FP411	miRNA qPCR
miRWalk	Public database	Web database	מאגר לחיזוי מטרות miRNA
ממברנת ניטרוסלולוז	Millipore	HATF00010	ממברנת העברה לחלבונים
חלב רזה מיובש	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	D8340	ריאגנט חסימה לאימונובלוט
רקמות סרטן מעי-רחם צמודות לרקמות לא סרטניות	Authors' institution	Not applicable	דגימות קליניות
מבחנות PCR	Corning	PCR-02-C	הכנת PCR/qRT-PCR
תמיסת פניצילין-סטRepartition	Biological Industries	03-031-1B	אנטיביוטיקה לתרבית תאים
PerfectStart Uni RT&qPCR Kit	TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China	AUQ-01	שעתוק הפוך של mRNA ו-qPCR
Phosphate-buffered saline (PBS)	Biological Industries	02-023-1A	בופר לשטיפת תאים
סמן חלבון צבוע מראש	Fermentas	26619	סמן משקל מולקולרי לחלבון
מערכת להכנת מים טהורים	China Moer	Not available	הכנת מים טהורים
Puromycin	Phygene	PH1143	סלקציה של תאים שעברו טרנסדוקציה
תוכנת R	R Foundation for Statistical Computing	Version 3.6.3	ניתוח סטטיסטי וביואינפורמטיקה
בופר העברה מהירה	Crisbio	Not applicable	העברה חשמלית של חלבון
מערכת PCR כמותית עם פלואורסצנציה בזמן אמת	Applied Biosystems (ABI), USA	Not available	זיהוי qRT-PCR
בופר ליזיס RIPA	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	R0020	מיצוי חלבון
מבחנות מיקרוצנטריפוגה נקיות מ-RNase	Corning	3208	טיפול ב-RNA
תווך קריו-שימור תאים ללא סרום	New Cell & Molecular Biotech Co., Ltd.	C40100	קריו-שימור של תאים
SPSS Statistics	IBM	Version 25	ניתוח סטטיסטי
מדלל נוגדנים מיוצב	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	Not applicable	דילול נוגדנים ראשוניים/שניוניים
טיפים סטריליים לפיפט	Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd.	TP-10-C	כלי לשריטה עבור בדיקת ריפוי פצעים
מאגר נתוני STRING	STRING Consortium	Web database	ניתוח רשת אינטראקציות חלבונים
TEMED	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T8090	ריאגנט SDS-PAGE
TransZol Up	TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China	ET111-01	מיצוי RNA
בופר Tris-HCl, pH 6.8	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T1020	בופר ג'ל ריכוז (stacking-gel) ל-SDS-PAGE
בופר Tris-HCl, pH 8.8	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T1010	בופר ג'ל הפרדה (resolving-gel) ל-SDS-PAGE
Tween-20	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T8220	ריאגנט שטיפה לאימונובלוט
סטריליזטור קיטור אנכי	Shanghai Boxun Medical Biological Instrument Corp.	BXM-30R	סטריליזציה

מקורות

Sung, H. et al. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J Clin. 71 (3), 209-249 (2021).
Siegel, R. L., Miller, K. D., Jemal, A. Cancer statistics, 2019. CA Cancer J Clin. 69 (1), 7-34 (2019).
Issa, I. A., Noureddine, M. Colorectal cancer screening: an updated review of the available options. World J Gastroenterol. 23 (28), 5086-5096 (2017).
Song, L., Jia, J., Peng, X., Xiao, W., Li, Y. The performance of the SEPT9 gene methylation assay and a comparison with other CRC screening tests: a meta-analysis. Sci Rep. 7 (1), 3032 (2017).
Linnekamp, J. F., Wang, X., Medema, J. P., Vermeulen, L. Colorectal cancer heterogeneity and targeted therapy: a case for molecular disease subtypes. Cancer Res. 75 (2), 245-249 (2015).
Sveen, A., Kopetz, S., Lothe, R. A. Biomarker-guided therapy for colorectal cancer: strength in complexity. Nat Rev Clin Oncol. 17 (1), 11-32 (2020).
Whiffin, N. et al. Identification of susceptibility loci for colorectal cancer in a genome-wide meta-analysis. Hum Mol Genet. 23 (17), 4729-4737 (2014).
Ballman, K. V. Biomarker: predictive or prognostic? J Clin Oncol. 33 (33), 3968-3971 (2015).
Bartel, D. P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell. 116 (2), 281-297 (2004).
Forterre, A., Komuro, H., Aminova, S., Harada, M. A comprehensive review of cancer microRNA therapeutic delivery strategies. Cancers (Basel). 12 (7), 1852 (2020).
Ren, F. J., Yao, Y., Cai, X. Y., Fang, G. Y. Emerging role of miR-192-5p in human diseases. Front Pharmacol. 12, 614068 (2021).
Nagy, Z. B. et al. Colorectal adenoma and carcinoma specific miRNA profiles in biopsy and their expression in plasma specimens. Clin Epigenetics. 9, 22 (2017).
Hanzelmann, S., Castelo, R., Guinney, J. GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-seq data. BMC Bioinformatics. 14 (1), 7 (2013).
Staiteieh, S. A. et al. Study of microRNA expression profiling as biomarkers for colorectal cancer patients in Lebanon. Mol Clin Oncol. 16 (2), 39 (2022).
Przygodzka, P. et al. Regulation of miRNAs by Snail during epithelial-to-mesenchymal transition in HT29 colon cancer cells. Sci Rep. 9 (1), 2165 (2019).
Sun, C. Y., Zhang, X. P., Wang, W. Coordination of miR-192 and miR-22 in p53-mediated cell fate decision. Int J Mol Sci. 20 (19), 4768 (2019).
Zhao, L., Wang, B., Sun, L., Sun, B., Li, Y. Association of miR-192-5p with atherosclerosis and its effect on proliferation and migration of vascular smooth muscle cells. Mol Biotechnol. 63 (12), 1244-1251 (2021).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

גלה מאמרים נוספים

ניתוח TCGA תיקוף qRT-PCR גילוי ביומרקרים בדיקת ריפוי פצעים חתימה חיסונית ניתוח גנים מרכזיים (Hub genes)