הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר מחקר

ביטוי של חלבון הקורא m6A YTHDC2 בסרטן ריאותה של תאים לא קטנים בקוהורט קליני סיני

75 צפיות

⸱

DOI:

10.3791/72012

⸱

14 באוגוסט 2026

 ,  , 
1The First School of Clinical Medicine, Hainan Medical University, 2School of Basic Medical Sciences, Hainan Medical University

במאמר זה

סיכום

מחקר זה בוחן את הביטוי של YTHDC2 בסרטן ריאותה שאינו תאי קטנים באמצעות ביואינפורמטיקה ו-qRT-PCR. בעוד שניתוחי מאגרי נתונים מצביעים על ביטוי נמוך (downregulation) ועל רלוונטיות פרוגנוסטית, תיקוף קליני אינו מראה הבדל משמעותי. הממצאים מדגישים חוסר עקביות, המעיד על דיוק אבחנתי מוגבל ועל הצורך בתיקוף נוסף לפני יישום קליני.

תקציר

סרטן ריאות מסוג תאים שאינם קטנים (NSCLC) נותר גורם מוביל לתמותה הקשורה לסרטן ברחבי העולם, כאשר קיימים ביומרקרים מוגבלים לאבחון מוקדם ולפרוגנוזה. המודיפיקציה של RNA מסוג N6-methyladenosine (m6A) וחלבונים קוראים (reader proteins) כגון YTHDC2, ממלאים תפקידים קריטיים בבקרה גנטית ובתהליכי קרצינוגנזה. מחקר זה נועד להעריך את פרופיל הביטוי של YTHDC2 ברקמות NSCLC באמצעות ביואינפורמטיקה ו-quantitative real-time PCR (qRT-PCR), לבחון את הקשר בין YTHDC2 למאפיינים קליניו-פתולוגיים, ולחקור את הרלוונטיות הקלינית והביולוגית הפוטנציאלית שלו למחקרים עתידיים. נתוני ביטוי גנים והישרדות ממאגרי נתונים נותחו כדי לבחון את הדיוק הפרוגנוסטי. ביטויו של YTHDC2 נמדד ברקמות NSCLC בקוהורט קליני סיני, ומאפיינים קליניו-פתולוגיים נותחו. ניתוחים של מאגרי נתונים ציבוריים הראו כי YTHDC2 היה בעל ביטוי מופחת (downregulated) ברקמות NSCLC (p < 0.05) והיה קשור להישרדות המטופלים, אם כי ביצועיו הפרוגנוסטיים היו דלים (AUC ≈ 0.5). ניתוח qRT-PCR של 19 זוגות של רקמות גידול ורקמות נורמליות סמוכות לא הראה הבדל מובהק סטטיסטית (p = 0.537) בביטוי של YTHDC2 בין רקמות הסרטן לרקמות הסמוכות. באופן כולל, ניתוחים של מאגרי נתונים ציבוריים מרמזים כי YTHDC2 עשוי להיות בעל ביטוי מופחת ובעל רלוונטיות פרוגנוסטית פוטנציאלית ב-NSCLC, אך תיקוף קליני עצמאי בקוהורט שלנו לא אישש ביטוי דיפרנציאלי מובהק. ממצאים אלו מדגישים הטרוגניות משמעותית בין מאגרי נתונים רחבי היקף לבין קוהורטים מהעולם האמיתי, ומצביעים על כך שסביר ש-YTHDC2 לא ישמש כביומרקר אבחנתי או פרוגנוסטי מהימן באופן עצמאי, ועשוי לדרוש שילוב עם סמנים מולקולריים נוספים לצורך יישום קליני.

מבוא

סרטן ריאות מסוג תאי לא קטנים (NSCLC), הכולל קרצינומה של תאי קשקש ואדנוקרצינומה, הוא סרטן הריאות המאובחן בשכיחות הגבוהה ביותר וגורם מוביל לתמותה מסרטן בעולם1. נתונים סטטיסטיים עולמיים על סרטן מראים כי סרטן הריאות הוא אחת הסיבות המרכזיות למוות מסרטן2. התפתחויות אחרונות באבחנה, בניתוחים, ברדיותרפיה ובטיפול מולקולרי ממוקד לא שיפרו באופן משמעותי את הפרוגנוזה של NSCLC, כיוון שהאבחנה הראשונית מתבצעת בשלב מאוחר, והמחלה לרוב אינה מלווה בתסמינים בשלבים המוקדמים3. נתון זה מדגיש את הצורך בביו-מרקרים חדשים לזיהוי, לחיזוי הפרוגנוזה ולהערכת יעילות הטיפול בחולי NSCLC.

m6A הוא המודיפיקציה הראשונה שזוהתה והנפוצה ביותר של RNA באיקריוטים, והוא מעורב ביציבות של RNA, בתרגום ובשעתוק4. מודיפיקציות m6A הן דינמיות והפיכות, ומתוּמכות על ידי מתילטרנספראזים (writers), דמתילאזים (erasers) וחלבוני קישור ספציפיים (readers)5. מבין אלו, YTHDC2, חלבון reader מרכזי של m6A, מווסת את יציבות ה-RNA ואת קצב התרגום6. מחקרים עדכניים מעידים כי YTHDC2 מעורב בבקרה של סוגי סרטן מרובים, בין אם על ידי דיכוי גדילת תאים ופלישה ובין אם על ידי השראת מוות תאי7. מחקרים הדגישו גם את הרלוונטיות הקלינית של חלבוני m6A reader אחרים, כולל YTHDF1, YTHDF2 ו-YTHDC1, בהתקדמות סרטן ריאה, בבקרת חיסונית ובפרוגנוזה, מה שמדגיש את החשיבות של הערכה סיסטמטית של m6A readers בודדים בקוהורטות עצמאיות של חולים8,9,10. ב-NSCLC קיימות רמות נמוכות באופן משמעותי של YTHDC2, דבר שנמצא קשור לשלבי גידול מתקדמים, גרורות בקשרי לימפה ופרוגנוזה גרועה עבור החולים, מה שמעיד על כך שהוא עשוי להוות גורם אנטי-גידולי11. ניסויי in vitro ו-in vivo חושפים גם כי ביטוי גבוה של YTHDC2 מעכב פרוליפרציה של תאים וגרורות בסרטן ריאה7.

במחקר זה, נבחנה הרגולציה של YTHDC2 ב-NSCLC באמצעות ניתוחים חישוביים משולבים ותיקוף ניסיוני באמצעות qRT-PCR. כמו כן, נבחן הקשר בין הביטוי של YTHDC2 למאפיינים קליניקו-פתולוגיים ולפרוגנוזה של המטופלים. למרות הראיות הגוברות ממאגרי נתונים ציבוריים המצביעות על הפרה ברגולציה של YTHDC2 ב-NSCLC, מחקרים שפורסמו דיווחו על ממצאים לא עקביים בנוגע להיקף ולמשמעות הקלינית של הפרה זו, ותיקוף עצמאי בקוהורטות קליניות מאפיינות בעולם האמיתי, ובמיוחד באוכלוסיות אסייתיות, נותר מוגבל. יתרה מכך, מרבית המחקרים הקודמים הסתמכו בעיקר על מאגרי נתונים טרנסקריפטומיים ציבוריים או על מודלים ניסיוניים, ומספרם של מחקרים ששילבו ממצאים ביואינפורמטיים עם תיקוף קליני עצמאי היה קטן יחסית. על ידי שילוב של ניתוחים טרנסקריפטומיים ציבוריים רחבי היקף עם תיקוף qRT-PCR עצמאי בקוהורט קלינית סינית, מחקר זה שאף להעריך את השחזוריות של ממצאים קודמים ולגשר על הפער התרגומי בין ניתוחי מאגרי נתונים ציבוריים לבין דגימות קליניות מהעולם האמיתי. לפיכך, מטרת מחקר זה הייתה להעריך באופן שיטמתי את הביטוי של YTHDC2 באמצעות גישות משולבות של ביואינפורמטיקה ותיקוף קליני, ולבחון את הרלוונטיות הביולוגית והקלינית הפוטנציאלית שלו ב-NSCLC. ההשערה הייתה כי הביטוי של YTHDC2 מופר ב-NSCLC, וששילוב של ניתוחים ביואינפורמטיים עם תיקוף קליני עצמאי יספק הערכה מהימנה יותר של המשמעות האבחנתית והפרוגנוסטית שלו מאשר כל אחת מהגישות לבדה.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

המחקר אושר על ידי הוועדה לאתיקה של אוניברסיטת היינאן לרפואה (מספר אישור HMC1984.24) ובוצע בהתאם להצהרת הלסינקי (כפי שעודכנה בשנת 2013).

נשואי המחקר

מחקר של 50 חולי סרטן ריאה שאובחנו בין השנים 2017 ל-2024 בבית החולים המרכזי בסניה (Sanya Central Hospital) במחוז היינאן נערך בהתאם להנחיות הקליניות של איגוד הרופאים הסיני לאבחון וטיפול בסרטן ריאה (מהדורת 2024). שלב ה-CSCO (2024) הותאם למהדורה השמינית של AJCC כדי להבטיח השוואתיות בין מחקרים, כפי שתוקף בקוהורטות סיניות12, ובוצעו שתי סקירות עצמאיות של אונקולוגים כדי להבטיח עקביות. תהליך בחירת המטופלים, זמינות הרקמות, הערכת איכות ה-RNA והכללת הדגימות הסופית לניתוח qRT-PCR מסוכמים ב-איור 1.

נתוני המחקר

מחקר זה השתמש בביואינפורמטיקה כדי לנתח את רמות הביטוי של YTHDC2 ב-NSCLC ואת הקשר שלהן למאפיינים קליניקו-פתולוגיים, ובכך סיפק תובנות לגבי מנגנונים פוטנציאליים. ניתוחים ביואינפורמטיים בוצעו אך ורק באמצעות נתוני ריצוף RNA הזמינים לציבור מ-The Cancer Genome Atlas (TCGA), כולל אדנוקרצינומה של הריאה (LUAD), קרצינומה של תאי קשקית בריאה (LUSC), ודגימות תאי ריאה נורמליים תואמות שהורדו דרך GDC Data Portal (https://portal.gdc.cancer.gov/). מערך הנתונים שהורד כלל נתוני ביטוי של ריצוף RNA יחד עם משתנים קליניים זמינים (מזהה מטופל, מזהה דגימה, גיל, מין, שלב פתולוגי, סטטוס הישרדות וזמן הישרדות כולל) עבור מקרי TCGA-LUAD ו-TCGA-LUSC מתאימים. דגימות שחסרו מידע על ביטוי גנים או על הישרדות הוצאו מניתוחי ההישרדות וניתוחי ה-ROC העוקבים. מערך הנתונים ששימש במחקר זה מסופק כקובץ משלים 1 (Supplementary File 1). לא נעשה שימוש בדגימות קליניות שנאספו בבית החולים המרכזי בסניה (Sanya Central Hospital) עבור הניתוחים הביואינפורמטיים. הליכים מפורטים עבור ניתוחי GEPIA, Kaplan–Meier Plotter ו-survivalROC מופיעים בסעיף הניתוח הביואינפורמטי להלן. זרימת העבודה הביואינפורמטית המלאה, הכוללת רכישת נתונים, עיבוד מקדמי, ניתוח ביטוי גנים, ניתוח הישרדות וניתוח ROC, מסוכמת ב-איור 2.

קריטריוני הכללה והחרגה

קריטריוני ההכללה וההחרגה של המטופלים מוצגים ב-טבלה 1. ניתוח עוצמה באמצעות תוכנה לניתוח עוצמה סטטיסטית קבע כי לפחות 26 מקרים לכל קבוצה יספקו עוצמה של 80% לזיהוי גודל אפקט בינוני (d = 0.8, α = 0.05, דו-זנבי). בעוד שגיוס המשתתפים הראשוני שHפ ל-50 זוגות בקבוצת סרטן הריאה, ניתוח ה-qRT-PCR הסופי כלל 30 דגימות גידול ו-19 דגימות של רקמה נורמלית סמוכה, לאחר החרגות בשל איכות הרקמה או ה-RNA. הפחתה זו בגודל המדגם משקפת מגבלות קליניות מהשטח ומדגישה את חשיבות שלמות ה-RNA וזמינות הרקמה במחקרי תרגום (translational studies). עבור n = 19 להשוואות, גודל האפקט המינימלי הניתן לזיהוי הוא d = 1.0 (עוצמה של 80%, α = 0.05). לפיכך, הניסוי היה בעל עוצמה מספקת כדי לזהות הבדלים גדולים בביטוי של YTHDC2, אך לא הבדלים קטנים עד בינוניים.

דגימות רקמה ו-PCR כמותי בזמן אמת (qRT-PCR)

האבחנות הפתולוגיות נקבעו באופן סמיות-כפולה על ידי שני פתולוגים שונים. טהרת הגידול נאמדה על ידי הפתולוגים (>70% תאים ממאירים) ואושרה באמצעות ESTIMATE (TCGA). רקמות נורמליות סמוכות נגזרו באמצעות מקרו-דיסקציה כדי למזער זיהום סטרומלי. סוגי ההיסטולוגיה של סרטן הריאה כללו אדנוקרצינומה של הריאה וקרצינומה של תאי קשקש, עם 26 מקרים של אדנוקרצינומה של הריאה ו-4 מקרים של קרצינומה של תאי קשקש. השיוך הקליני (staging) של 50 חולי סרטן הריאה בוצע בהתאם לקריטריוני השיוך המפורטים ב-"Chinese Medical Association Clinical Guidelines for Lung Cancer (2024 Edition)". דגימות NSCLC שאושרו פתולוגית (n = 50) ייצגו התפלגויות קליניות טיפוסיות (ראה Table 2). מתוך 50 החולים שגויסו בתחילה, 30 דגימות רקמת גידול ו-19 דגימות רקמה נורמלית סמוכה תואמות עמדו בקריטריוני האיכות של ה-RNA. מכיוון שניתוח סטטיסטי מזווג דורש דגימות תואמות מאותו חולה, השוואת הביטוי ברקמת גידול לעומת רקמה נורמלית סמוכה בוצעה באמצעות 19 הזוגות התואמים שהיו זמינים. דגימות קליניות אלו שימשו אך ורק לאישור ניסויי באמצעות qRT-PCR, ונותחו באופן בלתי תלוי ממאגרי הנתונים הציבוריים של TCGA ששימשו לניתוח ביו-אינפורמטי. דגימות נבחרות אלו עובדו מיד לאחר האישור הפתולוגי וטופלו בתנאים נטולי RNase לפני הפקת ה-RNA. תת-קבוצה זו משקפת את המקרים שבהם ניתן היה להשיג הן כמות רקמה מספקת והן RNA כולל באיכות גבוהה (מדד שלמות RNA, RIN >7.0). ריכוז וטהרת ה-RNA הכולל נמדדו לפני שעתוק הפוך, ורק דגימות עם איכות RNA מספקת (RIN >7.0) נכללו בניתוחים הבאים. כמויות שוות של RNA כולל שעתקו הפוך ל-DNA משלים (cDNA) בהתאם לפרוטוקול היצרן לפני ביצוע PCR כמותי. תהליך זה הבטיח את תקפות נתוני ביטוי הגנים שנותחו. ניסויי ה-qRT-PCR בוצעו במכשיר real-time PCR thermocycler באמצעות בדיקת PCR כמותית מבוססת גשש (probe). כל התגובות בוצעו בשלישייה, יחד עם בקרים ללא תבנית (no-template controls) כדי להבטיח שחזור אנליטי. הגברה של ה-PCR בוצעה תחת תנאי מחזור הבאים: שלב ראשוני של הפעלה אנזיתית/דנטורציה ב-95°C למשך 10 min, ולאחריו 40 מחזורים של דנטורציה ב-95°C למשך 15 s והתאמה/הארכה ב-60°C למשך 60 s. אותות פלואורסצנציה נרכשו בסוף כל מחזור הגברה. כל הרכיבים והמתכלים נרכשו מספקים מסחריים (ראה Table of Materials). רצפי הפריימרים והגששים ששימשו ב-qRT-PCR מופיעים ב-Table 3.

ניתוח ביו-אינפורמטיקה

ניתוח של ביטוי הגן YTHDC2 באמצעות מאגר הנתונים GEPIA

בסיס הנתונים GEPIA שימש לניתוח הביטוי של YTHDC2 ב-NSCLC. הגישה לשרת האינטרנט של GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn/) בוצעה באמצעות דפדפן. נבחר מודול Expression DIY, הוזן סמל הגן "YTHDC2", נבחרה קבוצת הנתונים של LUAD ו-LUSC, פרמטרי הנורמליזציה כברירת המחדל נשמרו, ותרשימי קופסה של ביטוי דיפרנציאלי הופקו ישירות דרך ממשק GEPIA. מובהקות סטטיסטית הוגדרה כ- p < 0.05.

מאגר נתוני Kaplan-Meier plotter לניתוח הישרדות של חולי סרטן ריאות

המחקר ניתח את הקשר בין הביטוי של YTHDC2 לבין הפרוגנוזה במטופלים עם סרטן ריאות באמצעות מאגר הנתונים Kaplan-Meier Plotter. נבחר מאגר הנתונים של סרטן ריאות, הוזן סמל הגן "YTHDC2", הוחלה אפשרות ה-cutoff האופטימלית שנבחרה באופן אוטומטי, ועקומות קפלן-מייר (Kaplan–Meier) להישרדות כללית ולהישרדות לאחר התקדמות המחלה הופקו באמצעות הגדרות הניתוח ברירת המחדל. המטופלים סווגו באופן אוטומטי לקבוצות של ביטוי גבוה ונמוך באמצעות ה-cutoff האופטימלי שנקבע על ידי פלטפורמת Kaplan–Meier Plotter, ומדדי סיכון (hazard ratios) עם רווחי סמך של 95% תואמים הופקו באמצעות הגדרות ברירת המחדל של הפלטפורמה.

הרצת חבילות R בתוכנת R לצורך שרטוט עקומות ROC

נתוני ביטוי של רצף RNA ומטא-נתונים קליניים תואמים עבור מקרים מתאימים של TCGA-LUAD ו-TCGA-LUSC הורדו מפורטל הנתונים GDC. מאגרי הנתונים שהורדו אוחדו לפי מזהה המטופל ויובאו ל-R לצורך ניתוחים המשכיים. חבילת survivalROC שימשה להפקת עקומות ROC תלויות-זמן בנקודות זמן לחיזוי של שנה אחת, 3 שנים ו-5 שנים, וערכי השטח תחת העקומה (AUC) התואמים חושבו כדי להעריך את ביצועי הפרוגנוזה של ביטוי YTHDC2. בניתוח ה-ROC להישרדות נכללו רק חולי TCGA-LUAD ו-TCGA-LUSC עם מידע זמין על ביטוי RNA-seq והישרדות. הקוהורט הקליני המקומי לא שימש לחיזוי הישרדות מכיוון שלא היו זמינים נתוני מעקב ארוכי טווח.

בדיקת ביטוי YTHDC2 ברקמה באמצעות qRT-PCR

כדי לנתח את רמות ביטוי הגנים, בוצע qRT-PCR. נפחים שווים של cDNA הוספו לכל תגובה בהתאם לתנאי התגובה המומלצים על ידי היצרן. ההגברה בוצעה באמצעות בדיקת PCR כמותית מבוססת גשושית (probe), ונתוני פלואורסצנציה נאספו באופן אוטומטי בסיום כל מחזור הגברה. בקצרה, תהליך הפקת ה-RNA כלל מספר שלבים, הכוללים הכנת דגימה, הסרת פאראפין (deparaffinization), הסרת נוזל שאריות, עיכול באמצעות proteinase K, דגירה, צנטריפוגה, טיפול ב-DNase, הוספת DNase I והשקעה באתנול. לאחר מכן, הדגימה נקשרה לעמודת טהרת RNA מבוססת סיליקה וסובבה בצנטריפוגה ב-8,000 × g למשך 30 s. לאחר מכן העמודה נשטפה עם wash buffer 1, wash buffer 2 ו-wash buffer 2 מדולל באתנול, ויובשה ב-13,000 × g למשך 2 min. ה-RNA הוצא מהעמודה (eluted) על ידי הוספה של 70 µL של RNase-Free Water למרכז ממбраנת העמודה, ולאחר מכן צנטריפוגה ב-13,000 × g למשך 1 min. כל זוג פריימרים הראה תוצר הגברה יחיד, דבר שאושר באמצעות ניתוח עקומת התכה (melting-curve analysis) לפני חישוב ביטוי הגנים היחסי. יעילות הפריימרים (90–110%) תוקפה באמצעות עקומות סטנדרט לפני ניתוח הדגימות. ניתוחי עקומת התכה אישרו את נוכחותם של אמפליקונים יחידים ואת היעדרם של דימרים של פריימרים. ביטוי יחסי של YTHDC2 חושב באמצעות שיטת 2-ΔCt, שבה ערכי Ct נורמלו מול הגן הפנימי GAPDH. מכיוון שערכי הביטוי הוצגו כרמות ביטוי מנורמלות ולא כשינויי קיפול (fold changes) ביחס לדגימת כיול, התוצאות דווחו כערכי 2−ΔCt. GAPDH נבחר כגן הבית (housekeeping gene) מכיוון שביטויו הראה שונות מינימלית (CV < 5%) בהשוואה לחלופות שנבדקו (ACTB, CV = 12%; 18S rRNA, CV = 18%), בהתאם לקריטריונים לבחירת גן ייחוס במחקרי m6A.

ניתוח סטטיסטי

ניתוחים סטטיסטיים בוצעו באמצעות תוכנה סטטיסטית, כולל יצירת גרפיקות ותרשימים. לצורך ניתוח נתונים כמותיים וקטגוריאליים של ביטוי הגן YTHDC2 בחולי NSCLC, נעשה שימוש בתוכנת R לצורך ניתוחים ביואינפורמטיים ויצירת עקומות ROC. עקומות ROC וערכי AUC שימשו להערכת הביצועים האבחנתיים של ביטוי YTHDC2 בניבוי הישרדות. עבור ניתוחים מבוססי רגרסיה, דווחו הערכות השפעה (odds ratios) עם רווחי סמך של 95% תואמים, במידת הצורך. מבחן הדירוגים הסימניים של וילקוקסון (Wilcoxon signed-rank test) שימש להשוואת ביטוי YTHDC2 בין דגימות גידול תואמות לדגימות רקמה נורמלית סמוכה, בעוד שניתוח מתאם פירסון שימש להערכת הקשר בין ביטוי YTHDC2 למאפיינים קליניקופתולוגיים. מקדמי מתאם (r) וערכי p תואמים דווחו. מכיוון שנתוני ה-qRT-PCR כללו דגימות גידול ורקמה נורמלית סמוכה מזוגים של אותם חולים, ונתוני ביטוי הגנים לא היו בעלי התפלגות נורמלית, נעשה שימוש במבחן הדירוגים הסימנתיים של וילקוקסון להשוואת רמות ביטוי YTHDC2 בין רקמות זוגיות. מבחן זה אינו מניח נורמליות של הנתונים ונפוץ בשימוש עבור נתונים ביולוגיים בעלי התפלגות אסימטרית. כל המבחנים הסטטיסטיים היו דו-צדדיים, וערך p <0.05 נחשב למשמעותי סטטיסטית. משתנים רציפים נבדקו לנורמליות לפני הניתוח. משתנים רציפים מוצגים כממוצע ± סטיית תקן או כחציון (טווח בין-רבעוני), לפי העניין.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

ביטוי של הגן YTHDC2 בגידולים על בסיס מאגר הנתונים TCGA

איור 3 מדגים את הקשר בין NSCLC ל-YTHDC2 על ידי בחינת רמות הביטוי של YTHDC2 בסוגים שונים של סרטן באמצעות כלי ה-GDC במאגר הנתונים TCGA.

ביטוי של הגן YTHDC2 ב-NSCLC במסד הנתונים GEPIA

483 דגימות רקמה של אדנוקרצינומה של הריאה, 347 דגימות רקמה נורמלית של הריאה, 486 דגימות רקמה של קרצינומה של תאי קשקש של הריאה, ו-338 דגימות רקמ...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

YTHDC2, חלבון קישור ה-N6-methyladenosine (m6A) הגדול ביותר במשפחת YTH, ייחודי בזכות פעילות הליקאז של RNA התלויה ב-ATP, המגדירה אותו כרגולטור מרכזי של מטבוליזם של RNA13. בניגוד לחברים אחרים במשפחת YTH, YTHDC2 נמצא הן בגרעין והן בציטופלזמה, שם הוא מווסת את תרגום ה-mRNA ואת יציבות ה-RNA14. מחקרים ניסויים קודמים הראו כי YTHDC2 מדכא את התקדמות אדנוקרצינומה של הריאה (LUAD) על ידי עיכוב ביטוי של mRNA של ADIRF ו-MRPL12, הגברת אפופטוזה והפחתה של שגשוג תאים וגרורות1...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

למחברים אין אינטרסים רלוונטיים, פיננסיים או שאינם פיננסיים, להצהיר עליהם.

תודות

מחקר זה נתמך על ידי הקרן למדעים טבעיים של מחוז היינאן (מספר 821RC735).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
פריימרים ופרובים בהתאמה אישיתSangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, Chinaסינתזה מותאמת אישיתרצפי הפריימרים והפרובים מפורטים בטבלה 6
DNase IMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaDNase I (HiPure FFPE RNA Kit)הסרת זיהום של DNA גנומי
אלגוריתם ESTIMATEYoshihara et al.חבילת R (גרסה 1.0.13)הערכת טוהר הגידול
ערכה למיצוי RNA מ-FFPEMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaHiPure FFPE RNA Kit (R4130-02)מיצוי RNA מרקמה ב-FFPE
פורטל הנתונים GDCNational Cancer Institute (NCI), NIH, USAhttps://portal.gdc.cancer.govהורדה של מערכי נתונים מ-TCGA
שרת האינטרנט GEPIAPeking University, Chinahttp://gepia.cancer-pku.cnניתוח ביטוי גנים
Kaplan–Meier PlotterSemmelweis University, Hungaryhttps://kmplot.comניתוח הישרדות
מיקרוצנטריפוגהEppendorf AG, Hamburg, Germany5424 Rנהלי טיהור RNA
ספקטרופוטומטר NanoDropThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USANanoDrop 2000/2000cכימות RNA
תערובת מאסטר qPCR מבוססת פרוביםThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USATaqMan Universal PCR Master Mix II (4440040)הגברה של PCR כמותי
תוכנת הסטטיסטיקה RR Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austriaגרסה 4.4.1ניתוחים סטטיסטיים וניתוח ROC
מערכת PCR בזמן אמתBio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USACFX Opus 96PCR כמותי בזמן אמת
ערכה לשעתוק הפוךThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USARevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit (K1622)סינתזת cDNA
עמודת טיהור RNAMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaHiPure Mini Column Iעמודת טיהור RNA עם ממברנת סיליקה
מים נטולי RNaseMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaRNase-Free Waterאלוציה של RNA
SPSS StatisticsIBM Corp., Armonk, NY, USAIBM SPSS Statistics גרסה 27.0ניתוחים סטטיסטיים
חבילת survivalROCCRAN (R Foundation for Statistical Computing)גרסה 1.0.3.1ניתוח ROC תלוי זמן
מסד נתוני TCGANational Cancer Institute (NCI), NIH, USAhttps://portal.gdc.cancer.govמסד נתונים גנומי ציבורי לסרטן
בופר שטיפה RW1Magen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaBuffer RW1בופר שטיפה לטיהור RNA
בופר שטיפה RW2Magen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaBuffer RW2בופר שטיפה לטיהור RNA

מקורות

  1. Shen, Y., Chen, J. Q., Li, X. P. Differences between lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma: Driver genes, therapeutic targets, and clinical efficacy. Genes Dis. 12 (1), 101374 (2025).
  2. Cao, W., Qin, K., Li, F., Chen, W. Comparative study of cancer profiles between 2020 and 2022 using global cancer statistics (GLOBOCAN). J. Natl. Cancer Cent. 4 (2), 128-134 (2024).
  3. Alduais, Y., Zhang, H., Fan, F., Chen, J., Chen, B. Non-small cell lung cancer (NSCLC): A review of risk factors, diagnosis, and treatment. Medicine (Baltimore). 102 (13), e32899 (2023).
  4. Sun, H., Li, K., Liu, C., Yi, C. Regulation and functions of non-m6A mRNA modifications. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 24 (11), 714-731 (2023).
  5. Zhang, W., Qian, Y., Jia, G. The detection and functions of RNA modification m6A based on m6A writers and erasers. J. Biol. Chem. 297 (2), 100973 (2021).
  6. Li, Y. et al. Autophagy activation is required for N6-methyladenosine modification to regulate ferroptosis in hepatocellular carcinoma. Redox Biol. 69, 102971 (2024).
  7. Wang, J. et al. Downregulation of m6A reader YTHDC2 promotes the proliferation and migration of malignant lung cells via the CYLD/NF-κB pathway. Int. J. Biol. Sci. 17 (10), 2633-2651 (2021).
  8. Koh, Y. W., Han, J. H., Haam, S., Lee, H. W. Prognostic and predictive value of YTHDF1 and YTHDF2 and their correlation with tumor-infiltrating immune cells in non-small cell carcinoma. Front. Oncol. 12, 996634 (2022).
  9. Tsuchiya, K. et al. YTHDF1 and YTHDF2 are associated with better patient survival and an inflamed tumor-immune microenvironment in non-small-cell lung cancer. Oncoimmunology. 10 (1), 1962656 (2021).
  10. Diao, H. et al. The m6A reader YTHDF1 promotes lung carcinoma progression via regulating ferritin-mediated ferroptosis in an m6A-dependent manner. Pharmaceuticals (Basel). 16 (2), 185 (2023).
  11. Sun, S. et al. Downregulation of m6A reader YTHDC2 promotes tumor progression and predicts poor prognosis in non-small cell lung cancer. Thorac. Cancer. 11 (11), 3269-3279 (2020).
  12. Chen, S., Wang, Z., Sun, B. Chinese Society of Clinical Oncology Non-small Cell Lung Cancer (CSCO NSCLC) guidelines in 2024: Key update on the management of early and locally advanced NSCLC. Cancer Biol. Med. In Press (2025). doi:10.20892/j.issn.2095-3941.2024.0592. (2025).
  13. Fan, S., Xu, X., Chen, J., Yin, Y., Zhao, Y. Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of m6A readers-YTH domain-containing genes in alfalfa. BMC Genomics. 25, 18 (2024).
  14. Shi, R. et al. Linking the YTH domain to cancer: The importance of YTH family proteins in epigenetics. Cell Death Dis. 12 (4), 346 (2021).
  15. Wu, X. et al. The biological function of the N6-methyladenosine reader YTHDC2 and its role in diseases. J. Transl. Med. 22, 490 (2024).
  16. Teng, Y., Zhao, X., Xi, Y., Fu, N. N6-methyladenosine-regulated ADIRF impairs lung adenocarcinoma metastasis and serves as a potential prognostic biomarker. Cancer Biol. Ther. 24 (1), 2249173 (2023).
  17. Ma, L. et al. The m6A reader YTHDC2 inhibits lung adenocarcinoma tumorigenesis by suppressing SLC7A11-dependent antioxidant function. Redox Biol. 38, 101801 (2021).
  18. Ma, L. et al. Targeting SLC3A2 subunit of system XC− is essential for m6A reader YTHDC2 to be an endogenous ferroptosis inducer in lung adenocarcinoma. Free Radic. Biol. Med. 168, 25-43 (2021).
  19. Lin, Y. et al. Pan-cancer analysis reveals m6A variation and cell-specific regulatory network in different cancer types. Genomics Proteomics Bioinformatics. 22 (4), qzae052 (2024).
  20. Li, L. et al. Bioinformatic analysis of m6A "reader" YTH family in pan-cancer as a clinical prognosis biomarker. Sci. Rep. 13, 17350 (2023).
  21. Sun, Y., Liu, Y., Wang, P., Chang, L., Huang, J. The m6A reader YTHDC2 suppresses lung adenocarcinoma tumorigenesis by destabilizing MRPL12. Mol. Biotechnol. 66 (8), 1051-1061 (2024).
  22. Hajian-Tilaki, K. Receiver operating characteristic (ROC) curve analysis for medical diagnostic test evaluation. Caspian J. Intern. Med. 4 (2), 627-635 (2013).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

תגיות

YTHDC2m6A RNAReader ProteinsPCR
צרו קשר
המליצו לספרייה

פרטיות

תנאי שימוש

מדיניות

זכויות יוצרים © 2026 MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.