כל ניסויי בעלי החיים שבוצעו במחקר זה אושרו על ידי ועדת האתיקה למדע וטכנולוגיה של אוניברסיטת אנחוי למדע וטכנולוגיה (מספר אישור GZ2025-048) והתבצעו בהתאם לתקנים הלאומיים לרווחת בעלי חיים במעבדה (GB/T 35892-2018) של סין. איור 1 מציג את מערך המחקר.
הכנת תמיסות
הכנת תרחף סיליקה:
סיליקה גבישית (SiO₂, 80%, גודל חלקיקים 1–5 µm) עוקרה באמצעות אוטוקלאב. אבקת הסיליקה העקרה פוזרה לאחר מכן בתמיסת סליין סטרילית כדי להגיע לריכוז סופי של 10 mg/mL, והסספנסיה הומוגניזתה ביסודיות באמצעות הומוגנייזר אולטרסוניק מיד לפני המתן כדי להבטיח סספנסיית חלקיקים אחידה.
הכנת תמיסת DMSO:
תחת תנאים אספטיים, DMSO (≥99.9%) דולל במי מלח פיזיולוגיים סטריליים להכנת תמיסת DMSO בריכוז של כ-10% (v/v), אשר הומוגניזה באמצעות ערבול אולטרה-סוני. כל עכבר קיבל זריקה של תמיסת ה-DMSO במינון של 0.9 g/kg, כפי שתואר בעבר14,15.
בעלי חיים למחקר
במחקר זה נעשה שימוש בשלושים ושניים עכברים זכרים בריאים מסוג C57BL/6J בגילאי 8–12 שבועות, אשר עברו תקופת אקלמיזציה של שבוע אחד לפני תחילת הניסויים. העכברים חולקו באופן אקראי לארבע קבוצות ניסוייות (n = 8 לכל קבוצה) באמצעות שיטת רנדומיזציה ממוחשבת: קבוצת ביקורת, קבוצת DMSO, קבוצת סיליקה וקבוצת סיליקה+DMSO. גודל המדגם נקבע על בסיס מחקרים קודמים שהשתמשו באותו מודל עכברים לסיליקוזיס ובניסיוננו המוקדם, אשר הצביעו על כך ש-8 חיות לכל קבוצה מספיקות כדי לזהות הבדלים היסטופתולוגיים ומולקולריים בין הקבוצות. החיות שוכנו בתנאי מעבדה סטנדרטיים עם טמפרטורה מבוקרת, מחזור אור/חושך של 12 שעות וגישה חופשית למזון ומים. נקודות סיום הומניטריות נקבעו לפני תחילת המחקר, ולא היו חיות שעמדו בקריטריונים שהוגדרו מראש להדרה מוקדמת (euthanasia).
הקמת מודל של סיליקוזיס והתערבות תרופתית
סיליקוזיס הושרה באמצעות טפטוף אינטראנזלי בודד של 60 µL של תגלי תליה של סיליקה גבישית סטרילית (10 mg/mL). לאחר השראה של הרדמה, העמדיים הוצבו במצב גב (supine). לאחר שנצפתה נשימה עמוקה ואיטית, 60 µL של תגלי התליה של הסיליקה טפטפו בזהירות לנחיריים, תוך מתן אפשרות לתגלי התליה להישאף באופן ספונטני לריאות16. עכברים בקבוצת המתן DMSO קיבלו זריקות אינטraperitoneal של תמיסת DMSO במינון קבוע פעמיים בשבוע, בהפרש של 3–4 ימים בין הזריקות, למשך חודש רצוף. עכברים בשאר הקבוצות טופלו באופן זהה בנפח שווה של תמיסת סליין סטרילית במקום זאת. ניטור יומי של משקל הגוף בוצע לאורך כל הניסוי. ביום ה-30 לאחר השראת המודל, כל העכברים הורדמו, ורקמות ריאה נאספו תחת תנאים סטריליים. ההמתה בוצעה על ידי פריקה של הצוואר לאחר מתן אינטraperitoneal של tribromoethanol (0.2 mL/10 g) להשראת הרדמה. רקמות ריאה חלקיות נשמרו בחנקן נוזלי לצורך ריצוף טרנסקריפטום. חלק מהרקמות קובעו ב-4% paraformaldehyde למשך 48 h לפני צביעה פתולוגית, והרקמות שנותרו אוחסנו ב-80 °C- לצורך ניסויים מולקולריים מאוחרים יותר. כל הפעולות בבעלי החיים בוצעו בהתאם להנחיות האתיקה המוסדיות לטיפול בבעלי חיים.
הערכה היסטופתולוגית, כולל מדד פיברוזיס של Ashcroft, בוצעה באופן בלתי תלוי על ידי שני חוקרים שלא היו מודעים להקצאה של הקבוצות הניסיוניות.
בדיקה פתולוגית של הריאות
רקמות ריאה מקובעות עברו דהידרציה, השקיפות והטמעה בבלוקים של פראפין, ולאחר מכן נחתכו לפרוסות בעובי של 5 µm.
צביעת המטוקסילן ואוזין (HE): את החתכים צבעו בהמטוקסילן למשך 3–5 דקות, ביצעו דיפרנציאציה בתמיסה חומצית, שטפו תחת זרם מים (bluing), וצבעו צביעת ניגוד באוזין למשך 5 דקות. לאחר התייבשות באמצעות סדרת ריכוזי אתנול, את החתכים ביצעו להם הבהרה בקסילן וחתמו אותם עם שרף ניטרלי17.
צביעת trichrome של Masson: חתכים נצבעו ברצף עם hematoxylin, Lichun Red–acid fuchsin, חומצה פוספו-מוליבדית ו-Bright Green. לאחר דיפרנציאציה חומצית, החתכים עברו דהידרציה, הבהרה ב-xylene והשכבה עם שרף ניטרלי18,19.
ריצוף טרנסקריפטום
רקמות ריאה של עכברים מארבע קבוצות הניסוי נאספו מיד לאחר ההקטלה והוקפאו במהירות בחנקן נוזלי. RNA כולל הופק באמצעות ריאגנט TRIzol בהתאם להוראות היצרן. ריכוז ה-RNA ודרגת הטוהר שלו נבדקו, ושלמות ה-RNA הוערכה באמצעות Bioanalyzer עם תוכנה מובנית. דגימות עם ערכי RIN הגבוהים מ-8.0 נחשבו לקבילות. הכנת הספריות כללה העשרה של mRNA poly(A) באמצעות חרוזי Oligo(dT), פרגמנטציה של ה-RNA, סינתזת cDNA, ליגציה של אדפטורים והגברה ב-PCR. הריצוף בוצע על פלטפורמת Illumina, והפיק כ-6.2–6.4 Gb של נתונים נקיים לכל דגימה. כל נתוני הריצוף הגולמיים שהופקו במחקר זה הופקדו במאגר הנתונים Gene Expression Omnibus (GEO) תחת מספר גישה GSE311671.
קריאות נקיות הותאמו לגנום הייחוס של Mus musculus (mm8) באמצעות ה-aligner STAR. רמות ביטוי הגנים כומתו כספירות קריאות גולמיות. ניתוח ביטוי דיפרנציאלי בוצע באמצעות חבילת limma ב-R. לפני מידול לינארי, נתוני הספירה הגולמיים הועברו טרנספורמציה באמצעות פונקציית voom כדי להעריך את קשר הממוצע-שונות ולהפיק משקלי דיוק. ערכי P גולמיים תוקנו עבור בדיקות מרובות באמצעות שיטת Benjamini-Hochberg (BH), וגנים עם |log₂FoldChange| > 1.5 ושיעור גילוי שגוי (FDR) < 0.05 נחשבו כבעלי ביטוי דיפרנציאלי. ניתוחי העשרה תפקודיים בוצעו באמצעות חבילת clusterProfiler ב-R. ניתוח העשרת אונטולוגיה של גנים (GO) נערך כדי לזהות קטגוריות מועשרות באופן מובהק של תהליכים ביולוגיים (BP), רכיבים תאיים (CC) ותפקודים מולקולריים (MF), בעוד שניתוח העשרת מסלולים של Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) בוצע כדי לזהות מסלולי איתות מועשרים באופן מובהק. מובהקות ההעשרה הוערכה באמצעות מבחן היפראומטרי, וערכי P תוקנו עבור השוואות מרובות באמצעות שיטת Benjamini-Hochberg. מונחי GO ומסלולי KEGG עם ערך P מתוקן (padj) < 0.05 נחשבו כמעשירים באופן מובהק20,21,22,23.
גילוי באמצעות Western blot
רקמת ריאה טרייה של עכבר נאספה והומוגניזה עם נפח מתאים של בופר ליזיס מסוג radioimmunoprecipitation assay (RIPA). לאחר צנטריפוגה, נאסף הנוזל העליון (supernatant), וריכוז החלבון נקבע באמצעות ערכת BCA protein assay. לאחר מכן, הדגימות ערבובו עם בופר טעינה (loading buffer) וחוממו בטמפרטורה של 100 °C למשך 10 min. הפרדת החלבונים בוצעה על ג'לים של 10% sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) בזרם של 200 V למשך 30 min. לאחר מכן, החלבונים הועברו בהעברה חשמלית (electrotransfer) לממברנות polyvinylidene fluoride (PVDF) בזרם קבוע של 300 mA למשך 30 min. הממברנה נחסמה עם 5% חלב רזה, ולאחר מכן הודגרה למשך לילה בטמפרטורה של 4 °C עם נוגדנים ראשוניים נגד β-Actin (1:1500), IL-6 (1:1000), STAT3 (1:800), p-STAT3 (1:1500) ו-MMP12 (1:800). למחרת, הממברנה נשטפה עם TBST והודגרה עם נוגדן שני בטמפרטורת החדר למשך 1 h, ולאחר מכן נשטפה שוב עם TBST. פסי החלבון הודגמו באמצעות סובסטרט כימילומנסנטי, וכמות החלבון נקבעה באמצעות תוכנת ImageJ.
ניתוח Western blot בוצע באמצעות שלוש חזרות ביולוגיות עצמאיות מכל קבוצה ניסוייית. דגימות חלבון הוכנו מרקמות ריאה של עכברים בודדים, וכל חזרה ביולוגית ייצגה בעל חיים עצמאי אחד.
ניתוח סטטיסטי
כל הנתונים הניסויים נותחו באמצעות GraphPad Prism 9.5. בדיקות לנורמליות ולהומוגניות של השונות בוצעו מראש. מבחן t של Student שימש להשוואה בין שתי קבוצות, ומבחן ANOVA חד-כיווני בשילוב עם מבחן post-hoc של Tukey אומץ להשוואה בין קבוצות מרובות. P ≤ 0.05 נחשב כמובהק סטטיסטית.