סכימה סכמטית של זרימת העבודה של עיבוד מקדים של EEG, חילוץ מאפיינים וסיווג מוצגת ב- איור 1. החומרים והתוכנות ששימשו במחקר מפורטים ב- טבלת חומרים.

איור 1: זרימת העבודה של צינור העיבוד המקדים, חילוץ המאפיינים והסיווג של ה-EEG. סקירה סכמטית של זרימת העבודה במחקר, הכוללת אימות נתוני EEG, סינון מעבר-פס (band-pass) והגדרה מחדש של נקודת הייחוס (re-referencing), חילוץ מאפייני שורש ממוצע ריבועי (RMS), צפיפות הספק ספקטרלית (PSD) ואנטרופיה, הוספת גיל, חלוקה למערכות אימון ובדיקה, פיתוח מודל Random Forest, ניתוח יציבות מאפיינים, ניתוח SHAP, ניתוח גודל אפקט של Cohen’s d, בחירת מאפיינים משולבת, אבלציה (ablation) של מאפייני אנטרופיה, אימון מחדש של המודל והערכת ביצועים. אנא לחצו כאן כדי להציג גרסה מוגדלת של איור זה.
1. איסוף נתונים
מערך נתוני EEG במצב מנוחה הזמין לציבור הושג ממאגר OpenNeuro (מערך נתונים ds004504, גרסה 1.0.9)33. תוויות המשתתפים והמידע הדמוגרפי אומתו. מערך הנתונים כלל 88 משתתפים, ביניהם 36 משתתפים עם מחלת אלצהיימר (AD), 23 עם דמנציה פרונטו-טמפורלית (FTD), ו-29 ביקורות בריאות (HC).
2. ייבוא הקלטות EEG
עבור כל משתתף, הקלטת ה-EEG נטענה באמצעות ספריית MNE-Python. כל קובץ EEG נבדק כדי לוודא שהוא נגיש, שניתן לייבא אותו בהצלחה ושהוא כולל מזהה משתתף תקף. הקלטות עם קבצים חסרים או פגומים הוצאו מהמחקר. תדר הדגימה המקורי של ה-EEG, 500 Hz, נשמר בשלב זה. האותים עברו דגימה מחדש (downsampled) כדי להפחית את העומס החישובי תוך שמירה על כל המידע הקליני הרלוונטי של ה-EEG למחקר זה.
3. סינון פס-מעבר
הקלטות ה-EEG הרציפות סוננו באמצעות מסנן פס-מעבר מסדר רביעי עם תדר חיתוך נמוך של 0.5 Hz ותדר חיתוך גבוה של 40 Hz.
4. ייחוס ממוצע משותף וחלוקה לתקופות (Epoching)
ייחוס ממוצע משותף (CAR) הוחל על הקלטות ה-EEG המסוננות. עבור כל דגימת זמן, חושב ממוצע האות בכל ערוצי ה-EEG הזמינים והוא הופחת מכל ערוץ. אותי ה-EEG המיוחסים נשמרו לצורך ניתוחים המשכיים. כל הקלטת EEG מיוחסת חולקה לתקופות (epochs) באורך קבוע באמצעות הפונקציה make_fixed_length_epochs() ב-MNE-Python. נעשה שימוש במשך תקופה של 10 s ללא חפיפה (0 s overlap).
5. תיקוף תקופות (Epoch validation)
עבור כל משתתף, נשמרו רק תקופות שלמות באורך 10s. כל מקטע EEG שנותר באורך של פחות מ-10 s בסוף ההקלטה נשלף. כל תקופה שנשמרה שימשה לאחר מכן כדגימה בודדת לצורך חילוץ מאפיינים.
6. הכנת מאפיינים
למרות שנתוני מבחן המצב המנטלי המקוצר (MMSE) היו זמינים במערך הנתונים המקורי, הם הוצאו מהניתוח הנוכחי. המאפיינים שהופקו מה-EEG מוזגו עם מידע דמוגרפי של המשתתפים, כולל גיל ותוויות אבחנה, אשר הושגו מקובץ המטא-נתונים participants.csv. מזהה המשתתף שימש כמפתח המשותף, ורק משתתפים עם רשומות מאפייני EEG ומידע דמוגרפי תואם נשמרו.
מטריצת מאפייני הרב-מישור כללה חמישה מאפייני שורש ממוצע ריבועים (RMS) (delta_rms, theta_rms, alpha_rms, beta_rms, ו-gamma_rms), חמישה מאפייני צפיפות ספקטרלית של הספק (PSD) (delta_psd, theta_psd, alpha_psd, beta_psd, ו-gamma_psd), וחמישה מאפייני אנטרופיה (delta_entropy, theta_entropy, alpha_entropy, beta_entropy, ו-gamma_entropy). גיל נכלל כמשתנה דמוגרפי משלים. מכיוון שפילוגי הגיל עשויים להשתנות בין קבוצות אבחנה שונות, לא ניתן היה לשלול לחלוטין השפעה דמוגרפית מתערבת. קבוצת האבחנה, שהוגדרה כ-AD, HC או FTD, הוקצתה כתגית היעד.
7. עיבוד מקדמי של הנתונים וחלוקה למערכי אימון ובדיקה
במהלך העיבוד המקדמי, קצב הדגימה של ההקלטות הופחת מ-500 Hz ל-250 Hz כדי להפחית את הדרישות החישובתיות תוך שמירה על מידע התדרים של ה-EEG הרלוונטי.
מערך הנתונים חולק לתתי-קבוצות של אימון (80%) ובדיקה (20%) ברמת הנבדק, תוך שימוש באסטרטגיית פיצול מקובצת (grouped splitting). תחזיות ברמת הנבדק הושגו לאחר מכן באמצעות הצבעת רוב בין התקופות (epochs) שנחזו עבור כל משתתף. ההערכה העיקרית השתמשה בפיצול אימון-בדיקה מקובץ ברמת הנבדק כדי למנוע מצב שבו תקופות מאותו משתתף יופיעו בשתי תתי-הקבוצות. תחזיות ברמת הנבדק הושגו באמצעות הצבעת רוב בין התקופות שנחזו עבור כל משתתף. מערך הנתונים נסקר לאיתור ערכים חסרים, ותצפיות חסרות הוסרו או הושלמו (imputed) בהתאם לצורך. תוויות אבחנתיות קודדו. StandardScaler הותאם על נתוני האימון ולאחר מכן הוחל הן על מערך נתוני האימון והן על מערך נתוני הבדיקה.
8. פיתוח מודל Random forest
מסווג Random Forest אותחל באמצעות 80 עצים, עומק מקסימלי של 10 עבור העץ, מקסימום של ארבעה מאפיינים, מינימום של חמישה דגימות לכל עלה, ומצב רנדומלי (random state) של 42. המסווג אומן באמצעות מערך הנתונים המנורמל לאימון.
9. הערכת מודל
תוויות סיווג נחזו הן עבור מערך הנתונים לאימון והן עבור מערך הנתונים לבדיקה. נבנתה מטריצת בלבול (confusion matrix), וחושבו הדיוק (accuracy), הדיוק החזוי (precision), הרגישות (recall) ומדד F1-score יחד עם דוח הסיווג. רמות הדיוק באימון ובבדיקה תועדו.
עבור ההערכה ברמת המשתתף, ודאו שכל התקופות (epochs) של משתתף נתון הוקצו באופן בלעדי למערך האימון או למערך הבדיקה. מסווג ה-Random Forest אומן באמצעות אותם היפר-פרמטרים ששימשו בניתוח הראשוני.
10. תיקוף צולב (Cross-validation)
כהליך נוסף להערכת המודל, בוצע תיקוף צולב מרובד בעל חמישה קיפולים (five-fold stratified cross-validation) תוך שימוש ב-shuffle = True ו-random_state = 30. חושבו הדיוק הממוצע וסטיית התקן על פני חמשת הקיפולים. ניתוח זה נבחן בנפרד מהערכת ההשמטה (holdout) העיקרית ברמת הנבדק.
11. ניתוח יציבות תכונות
יציבות התכונות הוערכה על ידי חזרה על אימון ה-Random Forest 10 פעמים תוך שימוש בגרעינים אקראיים (random seeds) מ-0 עד 9. עבור כל הרצה, תועדו דיוק הבדיקה וציוני חשיבות התכונות. הממוצע וסטיית התקן של ציון חשיבות התכונה עבור כל Predictor חושבו על פני 10 ההרצות, וה-Predictors דורגו לפי יציבותם. ניתוח זה שימש להערכת העקביות של דירוג התכונות ולא כדי להחליף את ההערכה הראשונית ברמת הנבדק.
12. ניתוח בינה מלאכותית ניתנת להסבר (Explainable AI)
כלי ה-SHAP TreeExplainer הוחל על מודל ה-Random Forest המאומן. ערכי SHAP חושבו כדי להעריך את תרומתו של כל מאפיין לתחזיות המודל. עבור כל מאפיין חושב ערך ה-SHAP המוחלט הממוצע, והמאפיינים דורגו בהתאם לתרומות ה-SHAP שלהם. מאפיינים עם ערכי SHAP נמוכים באופן עקבי זוהו והושוו לתוצאות ניתוחי יציבות המאפיינים וניתוחי Cohen’s d. מאפיינים שהפגינו תרומות נמוכות באופן עקבי נבחרו לשלב הבא של ablation ולאימון מחדש של המודל.
13. ניתוח סטטיסטי של גודל האפקט
חישוב של d של כוהן (Cohen’s d) בוצע עבור כל סמן ביולוגי (biomarker) של EEG עבור AD מול ביקורת בריאה, מחלה של אלצ하이מר לעומת דמנציה פרונטו-טמפורלית, ודמנציה פרונטו-טמפורלית לעומת השוואות לבקרי בריאות (HC). גדלי גודל-השפעה (effect-size) פושטו באמצעות ספי סף של 0.20 להשפעה קטנה, 0.50 להשפעה בינונית ו-0.80 להשפעה גדולה.
14. בחירת מאפיינים משולבת
התוצאות של ניתוח חשיבות המאפיינים ב-Random Forest, ניתוח SHAP וניתוח Cohen’s d הושוו. משתנים מנבאים שהפגינו באופן עקבי חשיבות מאפיין נמוכה, תרומת SHAP נמוכה וגדלי אפקט קטנים זוהו כמועמדים להסרה.
15. השמטת מאפיינים (Feature ablation)
מאפייני אנטרופיה הוערכו בניתוח השמטה גשש, ונבנתה מטריצת מאפיינים מצומצמת הכוללת RMS, PSD וגיל. מסווג ה-Random Forest אומן מחדש תוך שימוש באותם היפר-פרמטרים. אימון המודל, הבדיקה, התיקוף הצולב (cross-validation) וניתוח עקומת ROC (receiver operating characteristic) חזרו על עצמם באמצעות סט המאפיינים המצומצם.
16. ניתוח ROC
הסתברויות המחלקה הופקו ממסווג Random Forest שעבר אופטימיזציה. עקומות ROC רב-מחלקיות הופקו באמצעות שיטת one-לעומת-אסטרטגיית מנוחה. חושבו ערכי השטח תחת העקומה (AUC) ספציפיים למחלקה וה-AUC הממוצע.
17. השוואת ביצועים
ביצועי מודל התכונות המלא הושוו לביצועי מודל התכונות המצומצם שהתקבל לאחר השמטת תכונות האנטרופיה (entropy-feature ablation).