הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר מחקר

פארמקולוגיה של רשתות, טרנסקריפטומיקה של GEO ועגינה מולקולרית של מרשם Zhenwu Decoction עם Wuling Powder לטיפול באי-ספיקת לב כרונית

116 צפיות

⸱

11 בספטמבר 2026

 ,  ,  ,  , 
1National Clinical Research Center for Traditional Chinese Medicine in Cardiovascular Diseases, Xiyuan Hospital

במאמר זה

סיכום

מחקר זה משלב מיפוי מטרות מבוסס רשת, נתוני ביטוי מ-GEO ועגינה (docking) כדי לדרג מועמדים הקשורים לשילוב Zhenwu-Wuling באי-ספיקת לב כרונית.

תקציר

מרשם Zhenwu Decoction בשילוב עם Wuling Powder משמש לטיפול באי-ספיקת לב כרונית (CHF), אך הבסיס המולקולרי שלו אינו מוגדר במלואו. שילבנו מיפוי מטרות מבוסס רשת, נתונים טרנסקריפטומיים מ-Gene Expression Omnibus (GEO) וסימולציית עגינה מולקולרית (molecular docking) כדי לתעדף מטרות ומסלולים מועמדים. רשומות של תרכובות עבור שמונת הצמחים הופקו ממאגרים פרמקולוגיים וכימיים והועברו לסריקת תרכובות ומטרות. גנים הקשורים ל-CHF נאספו משישה מקורות מחלה, והחפיפה שלהם עם מטרות הקשורות למרשם נבדקה באמצעות רשת PPI ואנליזות העשרה תפקודית. GSE5406 סיפק נתוני ביטוי בשריר הלב עבור דגימות של לב נפגע ודגימות תקינות. זרימת העבודה הניבה 89 תרכובות נסרקות, 314 מטרות תרכובות לא כפולות ו-2,515 מטרות הקשורות ל-CHF, עם 143 גנים משותפים. AKT1, IL6, TNF, SRC ו-ESR1 דורגו במקום הגבוה ביותר ברשת מחלה-מטרה. אנליזת הביטוי הניבה 1,348 גנים בעלי ביטוי שונה (DEGs) ובחרה ב-HSP90AA1 וב-STAT1 כמועמדים למרכזי רשת (hub) טרנסקריפטומיים. מונחים מועשרים התקבצו סביב היפוקסיה, זרימה, איתות הקשורה ל-TNF, ומסלולי PI3K-Akt ו-MAPK. העגינה הניבה ציונים חזויים שליליים עבור זוגות מייצגים של רכיב-מטרה; הציון השלילי ביותר נצפה עבור STAT1 ו-alisol C (-9.2 kcal/mol). ממצאים אלו יוצרים היפותזה חישובית הניתנת לבדיקה ומעדפים מועמדים לאישור ניסויי.

מבוא

CHF מהווה תסמונת הטרוגנית הנובעת מהפרעות מבניות או תפקודיות של השריר הלבבי. שינויים אלו עלולים לפגוע במילוי החדרים או בפליטה הסיסטולית, ולעתים קרובות הם מלווים בגודש ריאתי או סיסטמי. התסמינים הטיפוסיים כוללים קוצר נשימה (dyspnea), עייפות ואגירת נוזלים1. ניתוח רטרוספקטיבי של נתוני ה-Global Burden of Disease של סין משנת 1990 עד 2023 הראה כי השכיחות הלאומית של CHF המאובחן מחדש עלתה ב-208.4% לאורך שלושה עשורים2.

ברפואה סינית מסורתית (TCM), CHF תואם לבצקת לבבית, תסמונת של קוצר נשימה ובצקת כללית. הפתוגנזה שלו מתוארת בדרך כלל כחסר בשורש ועודף בענף. חסר ב-yin, yang ו-qi מהווה את הבסיס הפתולוגי העמוק, בעוד שהצטברות נוזלים פנימית והstasis של דם מייצגים את העודף הגלוי. בהתאם לכך, הטיפול ב-TCM מדגיש חימום של yang, סילוק נוזלים שהצטברו, קידום זרימה ופירוק של stasis.

השימוש המשולב של מרשם Zhenwu Decoction ואבקת Wuling Powder מהווה אסטרטגיה צמחית קלאסית לניהול קליני של CHF. מרשם Zhenwu Decoction מחמם את ה-yang ומעודד השתנה, בעוד ש-Wuling Powder תומך ב-yang qi ומסדיר את חילוף חומרי הנוזלים. יחד, שני הנוסחאות עשויות לחזק את ה-yang ולסלק לחות פנימית. ראיות קליניות מצביעות על כך ששילוב זה יכול להקל על תסמינים, לשפר מדדי תפקוד לבבי ולהאט את ההידרדרות של CHF3. ראשית, מיפינו את רכיבי הנוסחאות ואת יעדי ה-CHF הפוטנציאליים באמצעות פרמקולוגיה של רשתות, ולאחר מכן השתמשנו בעגינה (docking) כדי לדרג זוגות נבחרים של רכיב-יעד. לאחר מכן, נעשה שימוש בפרופילי ביטוי שהופקו מ-GEO כדי להציב את המועמדים מהרשת בהקשר של מחלות השריר הלבבי ולבחון מסלולים במורד. המחקר מספק מסגרת חישובית ליצירת היפותזות לצורך תיעדוף מועמדים לאימות ניסויי עתידי; הוא אינו קובע יעילות קלינית או מנגנון מאומת.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

מחקר זה ניתח משאבי מאגרי נתונים ציבוריים ולא כלל משתתפים אנושיים חדשים, דגימות אנושיות או ניסויי בעלי חיים. כל מאגרי הנתונים, המשאבים מבוססי הרשת, התוכנות, חבילות הניתוח, כלי הוויזואליזציה, כלי העגינה המולקולרית (molecular docking) ומשאבים חישוביים אחרים ששימשו במחקר זה, יחד עם פרטיהם, מופיעים ב- טבלת חומרים.

Formula composition and botanical provenance
The eight distinct crude drugs were aligned to current botanical and pharmacopoeial naming as follows: Aconiti Lateralis Radix Praeparata, the processed lateral root of Aconitum carmichaelii Debeaux; Poria, the sclerotium of Wolfiporia cocos (F.A.Wolf) Ryvarden & Gilb.; Atractylodis Macrocephalae Rhizoma, the rhizome of Atractylodes macrocephala Koidz.; Paeoniae Radix Alba, the root of Paeonia lactiflora Pall.; Zingiberis Rhizoma Recens, the fresh rhizome of Zingiber officinale Roscoe; Alismatis Rhizoma, the rhizome of Alisma orientale (Sam.) Juzep.; Polyporus, the sclerotium of Polyporus umbellatus (Pers.) Fr.; and Cinnamomi Ramulus, the young twig of Cinnamomum cassia (L.) J.Presl. The prescription comprised 9 g Aconiti Lateralis Radix Praeparata, 12 g Poria, 9 g Paeoniae Radix Alba, 12 g Atractylodis Macrocephalae Rhizoma (stir-fried Atractylodes), 9 g Zingiberis Rhizoma Recens, 9 g Polyporus, 15 g Alismatis Rhizoma, and 6 g Cinnamomi Ramulus; the corresponding ratio was 3:4:3:4:3:3:5:2. Aconiti Lateralis Radix Praeparata was treated as processed material. This was an entirely in silico study: no decoction batch was prepared, purchased, chemically assayed, or administered. Manufacturer, lot number, batch-specific processing records, and voucher specimens are therefore not applicable; the gram amounts define the formula composition and relative ratio, not experimental exposure. Poria and Atractylodis Macrocephalae Rhizoma are shared by the two formulae. Botanical names and medicinal-part terminology were checked against the 2025 Pharmacopoeia of the People’s Republic of China4.

סריקה וניבוי מטרות של רכיבים פעילים במרקחת Zhenwu ובאבקת Wuling
ביצוע שאילתות ב-TCMSP עבור תרכובות המתועדות עבור מרקחת Zhenwu ואבקת Wuling, כולל Aconiti Lateralis Radix Praeparata, Poria, Atractylodis Macrocephalae Rhizoma, Paeoniae Radix Alba, Zingiberis Rhizoma Recens, Alismatis Rhizoma, Polyporus ו-Cinnamomi Ramulus. סינון ראשוני דרש זמינות ביולוגית דרך הפה (OB) של לפחות 30% ודמיון לתרופה (DL) של לפחות 0.18. כאשר רשומת מערכת קלט שורית מולקולרית מפושטת (SMILES) לא הייתה זמינה, המבנה התואם שאב מהמאגר כימי ציבורי. רשומות SMILES הוערכו לבדיקת תכונות פיזיקו-כימיות ותכונות דמיון לתרופה. תרכובת עברה את הסינון המשני כאשר המשקל המולקולרי שלה היה ≤500, הידרופוביות (lipophilicity) ≤5, תורמי קשרי מימן ≤5, מקבלי קשרי מימן ≤10, לפחות שלושה מסטים של כללי Lipinski, Ghose, Veber, Egan ו-Muegge היו חיוביים, וספיגה גסטרו-אינטסטנלית חזויה הייתה גבוהה5. מבנים מתאימים הועברו לניבוי מטרות, ורק ניבויים עם הסתברות >0.02 נכללו ברשימת המטרות. רשומות TCMSP ורשומות ניבוי המטרות שולבו ברמת צמח-תרכובת-מטרה, מזהים כפולים הוסרו, ושמות הגנים הותקנו לסמלי הגנים הרשמיים.

תהליך הסרת הכפילויות הניב 646 קשרי מועמדות; 71 שורות ללא סמל גן רשמי ממופה הוצאו, ובכך נותרו 575 קשרים סטנדרטיים. האינטגרציה העצמאית ברמת הצמח הניבה 314 גנים של מטרות שאינם כפולים. קריטריוני הסינון של התרכובות והמטרות נתמכים על ידי מאמרי המקור של TCMSP ו-SwissTargetPrediction6,7.

סריקה של מטרות מחלה עבור CHF
רשומות של גנים הקשורים ל-CHF הורדו מ-GeneCards, OMIM, TTD, DisGeNET, DrugBank ו-PharmGKB. החיפוש אחר המחלה השתמש בארבעה ביטויים: heart failure, congestive heart failure, diastolic heart failure ו-systolic heart failure. עבור GeneCards, נשללו רשומות עם מדדי רלוונטיות הנמוכים מ-0.20. שש קבוצות המטרות שהופקו מבסיסי הנתונים שולבו לאחר הסרת מזהים כפולים, תוך שמירה על בסיס הנתונים המקור עבור כל רשומה. כל שמות הגנים שנסרקו סטנדר化した לסמלי גנים רשמיים. החפיפה בין רשימות המטרות של הפורמולה לבין אלו של CHF הוצגה באמצעות תרשים ון. המזהים המשותפים הוגדרו כמטרות מועמדות הקשורות לפורמולה עבור CHF.

חיפוש במאגר TCMSP בוצע ב-7 בפברואר 2026; חיפוש במאגרים SwissTargetPrediction, GeneCards, OMIM ו-DisGeNET בוצע ב-10 בפברואר 2026; וחיפוש במאגרים PharmGKB, TTD ו-DrugBank בוצע ב-12 בפברואר 2026. שאילתות המחלה שהוזנו היו heart failure, congestive heart failure, heart failure, diastolic ו-heart failure, systolic; החיפוש הוגבל ל-Homo sapiens במקומות שבהם נתמך הדבר. רשומות שנשלפו סטנדרטו לסמלי גנים רשמיים לפני ביצוע דה-דופליקציה.

בניית רשת אינטראקציות בין חלבונים (PPI) וסריקת מטרות ליבה
מזהי המטרות המשותפים נסרקו ב-STRING לצורך ניתוח PPI. השאילתה השתמשה באינטראקציות של Homo sapiens וסף ביטחון (confidence cutoff) מעל 0.9. צמתים מבודדים הושמטו, ונתוני האינטראקציה שהתקבלו מ-STRING שימשו לוויזואליזציה של הרשת ולניתוח טופולוגי. מועמדים לרכזים (hubs) דורגו על פי הטופולוגיה של הרשת. מרכזיות בינאיות (Betweenness), קרבה (closeness), דרגה (degree) ומרכזיות וקטור עצמי (eigenvector) חושבו כמתארים של הרשת. הדרגה שימשה כמשתנה הדירוג העיקרי, וחמש המטרות בעלות הדרגה הגבוהה ביותר נשמרו כמועמדים לרכזים.

עבור ניתוחים ברמת הגן נעשה שימוש בסמלי גנים רשמיים, כולל AKT1, IL6, TNF, SRC, ESR1, BCL2, CASP3, PPARG, PTGS2 ו-MMP9; שמות חלבונים נכתבו במלואם רק כאשר הדבר היה נחוץ לצורך בהירות. רשת ה-PPI הראשונית הכילה 143 צמתים ו-584 רשומות אינטראקציה לפני סינון ספציפי להדמיה; לאחר עיבוד הרשת, הגרף הכיל 143 צמתים ו-292 קשתות.

בניית רשת התרופה-מחלה-מרכיב-מטרה
לאחר ששמותיהם של הרכיבים הותקנו, נאספו נתוני הרשת ושימשו לבניית גרף התרופה-מחלה-מרכיב-מטרה.

ניתוחי העשרה של GO ו-KEGG
רשימת מטרות ה-CHF המועמדות הוגשה ל-Metascape לצורך אנוטציה פונקציונלית ואנליזה של העשרה של מסלולים. האנליזה בוצעה עבור Homo sapiens. הנתונים הגולמיים pסף ערך ה-p נקבע ל-0.01, חפיפה מינימלית של 3, וציון העשרה מינימלי של 1.5. לצורך ויזואליזציה, נוצרו תרשימי עמודות של GO ותרשימי בועות של KEGG. קבוצת הקלט של 143 הגנים שימשה לניתוחים של תהליכים ביולוגיים (GO-BP), תפקוד מולקולרי (GO-MF) של Gene Ontology, וניתוחי העשרה של KEGG. ספי ניתוח היו גולמיים p < 0.01, חפיפה מינימלית של 3, והעשרה מינימלית של 1.58ניתוח ה-GO-CC התבסס על רשימת פגיעות של 60 גנים מול ספרייה של 30,230 גנים. מכיוון שקלט זה היה שונה מהקלט של 143 הגנים ששימש לניתוחי ה-BP, MF ו-KEGG, תוצאות ה-GO-CC דווחו בנפרד ולא שולבו כמותית עם הקטגוריות האחרות.

סריקה של יעדים הקשורים לאי-ספיקת לב על בסיס מאגר ה-GEO
הדאטה-סט GSE54069 שימש לניתוח ביטוי דיפרנציאלי. הסדרה כללה 210 דגימות שריר לב: 108 עם קרדיומיופתיה איסכמית, 86 עם קרדיומיופתיה דילטטיבית אידיופתית, ו-16 ביקורות של תורמים ללא כשל בלב. רשומת ה-GEO מזהה את הפלטפורמה כ-GPL96, שהיא Affymetrix Human Genome U133A Array. מטריצת הסדרה עברה נרמול RMA (robust multi-array average). פרובים ללא השמות SYMBOL תואמות הוסרו לאחר התאמה להערות הפלטפורמה, והוחל התנאי rowSums(expression > 0.5) ≥ 3 לפני התאמת limma. רמות הקבוצות הוגדרו כ-Control, DCM ו-ICM, עם מטריצת עיצוב ללא נקודת חיתוך (~0 + group) והשוואות של (DCM+ICM)/2-Control, DCM-Control ו-ICM-Control. ביטוי דיפרנציאלי הוגדר כערך p מותאם < 0.05 ו- |log2(Fold Change)| > 0.3. מכיוון שכל הדגימות עובדו בתוך סדרת GEO אחת ולא היה זמין משתנה batch נפרד, לא הוכנס מונח לתיקון batch. תוצאות הביטוי הדיפרנציאלי הוצגו ויזואלית באמצעות מפות חום (heatmaps) וגרפי הר געש (volcano plots). הגנים בעלי ביטוי דיפרנציאלי (DEGs) הועברו לניתוח PPI, ולאחריו דירוג מוקדי רשת (network-based hub ranking). עיגון (Docking) וויזואליזציה של תנוחה בוצעו עבור היעדים הנבחרים והתרכובות הרשומות.

רשומת ה-GEO מזהה את הפלטפורמה כ-GPL96, ה-Affymetrix Human Genome U133A Array. רמות הקבוצות הוגדרו כ-Control, DCM ו-ICM, עם מטריצת עיצוב ללא נקודת חיתוך (~0 + group) והניגודים (DCM+ICM)/2-Control, DCM-Control ו-ICM-Control. מטריצת הסדרות הייתה כבר מנורמלת בשיטת robust multi-array average (RMA); גשים (probes) עם הערות SYMBOL חסרות הוסרו לאחר התאמה להערות הפלטפורמה, והקוד מחיל את הפעולה rowSums(expression > 0.5) ≥ 3 לפני התאמת ה-limma. מכיוון שכל הדגימות עובדו בתוך סדרת GEO אחת ולא היה זמין משתנה batch נפרד, לא הוכנס מונח לתיקון batch.

אימות עגינה מולקולרית
מבנה PDB תלת-ממדי עבור כל רספטור ה obtained ממאגר החלבונים RCSB Protein Data Bank. מבני החלבונים הוכנו על ידי הסרת מולקולות מים קריסטלוגרפיות וליגנדים שאינם הרספטור. מבני קובץ נתוני מבנה (SDF) עבור חמשת התרכובות בעלות הדרגה הגבוהה ביותר הושגו ממאגר כימי ציבורי.

מבני הרספטורים ששימשו לעגינה (docking) היו AKT1/1H10 (שרשרת A, 1.40 Å, 4IP), IL6/1ALU (שרשרת A, 1.90 Å, TLA), TNF/1A8M (שרשרת A, 2.30 Å, ללא ליגנד קריסטלי משותף), SRC/1A09 (שרשרת A, 2.00 Å, ללא ליגנד), ESR1/1A52 (שרשרת A, 2.80 Å, EST), STAT1/1BF5 (שרשרת A, 2.90 Å, ללא ליגנד), ו-HSP90AA1/3OWB (שרשרת A, 2.05 Å, BSM). המרכז, מימדי תיבת החיפוש והזרע האקראי (random seed) הוגדרו עבור כל זוג שנבדק. תיבות החיפו הוגדרו כך שיכילו את הרספטור עבור עגינה גלובלית גישושית.

קבצי הרצפטור והליגנד הוכנו באמצעות כלי ההכנה לעגינה (docking-preparation tools). מולקולות מים נמחקו ומימנים פולריים התווספו למבני הרצפטור. ליגנדים בפורמט SDF הומרו ל-PDB, ולאחר מכן עברו דהידרציה והוספת מימנים לפני ייצוא ל-PDBQT. קבצי הרצפטור-ליגנד המוכנים הוקצו למודלי העגינה. קבצי PDBQT נטענו לתוך AutoDock Vina. הרצות של Vina בוצעו והציונים תועדו. ציונים הנמוכים מ-5- kcal/mol נחשבו כבעלי העדפה יחסית גבוהה יותר, וציונים הנמוכים מ-7- kcal/mol כאינטראקציות שנחזו כחזקות יותר10; אלו אינם ספים ניסיוניים. שלושת הקומפלקסים עם הציונים הנחזים הטובים ביותר נבחרו להדמיה.

לא צוינה דרישה לדריסת עומק החיפוש או מצב הפלט; לפיכך, נעשה שימוש בברירות המחדל של שורת הפקודה כפי שסופרו: רמת מיצוי 8 ולכל היותר 9 מצבים (modes). נעשה שימוש בזרעים אקראיים (random seeds) ספציפיים לכל זוג, ונבחר מצב 1 (הפוזה בעלת הניקוד הגבוה ביותר שהוחזרה) לצורך ויזואליזציה מייצגת. השיוך של קובץ הפלט ל-HSP90AA1 אושר מכיוון שכל ניקוד של מצב 1 תאם לערך ה-HSP90AA1 המתאים במטריצת ניקוד העגינה (docking-score matrix). לא בוצעו סימולציות של דינמיקה מולקולרית, ולכן הניקודים מהווים תחזיות חישוביות גישושיות בלבד.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

רכיבים פעילים ומטרות של מרשם Zhenwu בשילוב עם אבקת Wuling
נתוני רכיבים-מטרות נאספו עבור כל צמח. מספר המטרות המתאימות לכל צמח היה: Aconiti Lateralis Radix Praeparata, 178; Poria, 21; Atractylodis Macrocephalae Rhizoma, 18; Paeoniae Radix Alba, 86; Zingiberis Rhizoma Recens, 127; Alismatis Rhizoma, 96; Polyporus, 4; ו-Cinnamomi Ramulus, 45. לאחר סטנדרטיזציה של סימנים והסרת כפילויות, קבוצת המטרות המשולבת הקשורה למרשם הכילה 314 גנים מטרה ייחודיים. השיוך של dihydrocapsaicin לצמח מדווח כשיוך המבוסס על מא...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

אי-ספיקת לב כרונית (CHF) דורשת ניהול קליני ארוך טווח ולעיתים קרובות היא כרוכה במשטרי תרופות מורכבים. מחקרים של Wang JX ו-Zhang S11 ומחקרים אחרים מצביעים על כך שטיפול תרופתי קונבנציונלי משולב לטווח ארוך עשוי להפחית את ההיענות לטיפול. היענות נמוכה עלולה להגביר את הסיכון לאשפוז חוזר ולתוצאות רגשיות שליליות. התרופות הזמינות מתמקדות בעיקר בשליטה בתסמינים ובהאטה של רמודלינג החדרים. ההנחיות הלאומיות לניהול אי-ספיקת לב בסין משנת 202312 ממליצות להוסיף את המעורר של גואנילט ציקלאז מסי...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

המחברים מדווחים כי אין להם ניגודי עניינים הקשורים למחקר זה.

תודות

לא רלוונטי.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
AutoDock VinaCCSB-Scrippsv1.2.6נעשה שימוש בגרסת שורת הפקודה (Command-line); הגרסה הרשמית הנוכחית היא v1.2.7; הגדרות התצורה שנעשה בהן שימוש הן ברירת המחדל של ה-CLI עבור exhaustiveness 8 ו-num_modes 9. https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/releases
AutoDockToolsמכון סקריפס למחקר (The Scripps Research Institute)v1.5.7הכנת קולטן/ליגנד; הגרסה ששימשה בניתוח. https://autodock.scripps.edu/
Bioconductorפרויקט Bioconductorגרסת תאימות 3.16סביבה תואמת R 4.2; גרסה נוכחית 3.23. https://bioconductor.org/about/release-announcements/
Cytoscape Desktopקונסורציום Cytoscapev3.7.1גרסת הוויזואליזציה/ניתוח רשתים שבה נעשה שימוש; גרסה עדכנית v3.10.4. https://cytoscape.org/download.html
DisGeNETפתרונות בביו-אינפורמטיקה רפואיתגרסה 25.4שליפת גנים הקשורים לאי-ספיקת לב (CHF); חיפוש נערך ב-2026-02-10. https://disgenet.com/
DrugBankאנליטיקה אישית של בריאות OMxv6.0שליפת גנים הקשורים ל-CHF; חיפוש נערך ב-2026-02-12. https://go.drugbank.com/
GeneCardsמכון ויצמן למדעמאגר נתונים מקווןשליפת גנים הקשורים ל-CHF; חיפוש נערך ב-2026-02-10. https://www.genecards.org/
GEO / GSE5406NCBIGSE5406; GPL96סדרת מערכי מיקרו (microarray) של חדר שמאלי אנושי, מנורמלת בשיטת RMA. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE5406
hgu133a.dbBioconductorסביבת Bioconductor 3.16אנוטציה של גששים עבור Affymetrix Human Genome U133A; גרסת תיקון (patch) מדויקת לא נשמרה. https://bioconductor.org/packages/hgu133a.db/
limmaBioconductorסביבת Bioconductor 3.16ניתוח ביטוי דיפרנציאלי; גרסת תיקון (patch) מדויקת לא נשמרה. https://bioconductor.org/packages/limma/
MacBookתפוחמעבד M4תחנת עבודה חישובית מקומית; מפרט הזיכרון לא נשמר. https://www.apple.com/mac/
MetascapeMetascapeגרסה 3.5העשרה של GO/KEGG; חותם זמן מדויק של הגישה לא נשמר. https://metascape.org/
Microsoft ExcelMicrosoftיישום שולחניאוצרות נתונים/ייצוא; בניית האפליקציה לא נשמרה. https://www.microsoft.com/microsoft-365/excel
OMIMאוניברסיטת ג'ונס הופקינסמאגר נתונים מקווןשליפת גנים הקשורים ל-CHF; חיפוש נערך ב-2026-02-10. https://www.omim.org/
Open Babelפרויקט Open Babelהגרסה לא נשמרההמרה של מבנה במסגרת זרימת עבודה של עגינה (docking). https://openbabel.org/
PharmGKBPharmGKBמאגר נתונים מקווןשליפת גנים הקשורים ל-CHF; חיפוש בתאריך 2026-02-12. https://www.pharmgkb.org/
PubChemNCBIמאגר נתונים רשתיהשלמת SMILES ומבנה. https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
PyMOLשריבהöדינגרגרסה לא נשמרהעיבוד מקדים של חלבונים וויזואליזציה של פוזה. https://www.pymol.org/
RR Foundation4.2.0+משפחת הגרסאות תועדה לצורך ניתוח; הגרסה הנוכחית היא 4.6. https://www.r-project.org/
RCSB Protein Data BankRCSB PDBארכיון רשתמבני גבישי โปรטאין. https://www.rcsb.org/
RStudioהנח2026.04.0+526סביבת הפיתוח המשולבת (IDE) לניתוח נרשמה בהערת הגרסה. https://posit.co/download/rstudio-desktop/
נא לספק את הטקסט באנגלית שברצונך לתרגם.קונסורציום STRINGשירות רשתHomo sapiens; ביטחון >0.9; מטא-נתוני גרסה/סשן לא נשמרו. https://string-db.org/
SwissADMESIB Swiss Institute of Bioinformaticsשירות רשתסריקת ADME וכללי ליפינסקי (Lipinski-rule); גרסה מקומית אינה רלוונטית. https://www.swissadme.ch/
SwissTargetPredictionSIB המכון השווייצרי לביואינפורמטיקהעדכון מרכזי משנת 2019*Homo sapiens*; הסתברות >0.02; נחפש ב-2026-02-10. https://www.swisstargetprediction.ch/
TCMSPנורת'ווסט A&אוניברסיטת Fv2.3שליפת תרכובות; חיפוש נערך ב-2026-02-07. https://tcmsp-e.com/
TTDמאגר נתונים של מטרות טיפוליותמהדורה 2026שליפת גנים הקשורים ל-CHF; חיפוש נערך ב-2026-02-12. https://ttd.idrblab.cn/
UniProtKBUniProt Consortiumגרסה 2026_01סמלי גנים של Homo sapiens שעברו סטנדרטיזציה ובדיקה. https://www.uniprot.org/
VennyCNB-CSICגרסה 2.1.0ויזואליזציה של חיתוך קבוצות מטרה. https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

מקורות

  1. McDonagh TA, et al. 2021 ESC Guidelines for the diagnosis and treatment of acute and chronic heart failure. Eur Heart J. 2021;42(36):3599-3726.
  2. Yang X, et al. The evolving burden of heart failure in China: a 34-year subnational analysis of trends and causes from the Global Burden of Disease Study 2023. Mil Med Res. 2025;12(1):65.
  3. Tang KH. Study on Zhenwu Decoction combined with Wuling Powder in the treatment of heart failure with yang deficiency and water flooding syndrome. Chin Med Guide. 2024;22(14):153-155.
  4. National Pharmacopoeia Commission. Pharmacopoeia of the People's Republic of China. 2025 ed. China Medical Science Press; Beijing; 2025.
  5. Daina A, Michielin O, Zoete V. SwissADME: a free web tool to evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small molecules. Sci Rep. 2017;7:42717.
  6. Ru J, et al. TCMSP: a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines. J Cheminform. 2014;6:13.
  7. Daina A, Michielin O, Zoete V. SwissTargetPrediction: updated data and new features for efficient prediction of protein targets of small molecules. Nucleic Acids Res. 2019;47(W1):W357-W364.
  8. Zhou Y, et al. Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets. Nat Commun. 2019;10:1523.
  9. Hannenhalli S, et al. Transcriptional genomics associates FOX transcription factors with human heart failure. Circulation. 2006;114(12):1269-1276.
  10. Shahzadi Z, et al. Network pharmacology and molecular docking: combined computational approaches to explore the antihypertensive potential of Fabaceae species. Bioresour Bioprocess. 2024;11:53.
  11. Wang JX, Zhang S. Correlation between medication adherence, coping styles and depression in patients with chronic heart failure. J Int Psychiatry. 2026;53(1):225-228.
  12. National Center for Cardiovascular Diseases, Heart Failure Professional Committee of National Cardiovascular Experts Committee, Heart Failure Committee of Chinese Medical Doctor Association, et al. 2023 National guidelines for heart failure. Chin J Heart Fail Cardiomyopathies. 2023;7(4):215-311.
  13. Dong GJ, Wei Y. Expert consensus on TCM disease nomenclature of heart failure. Chin Arch Tradit Chin Med. 2025;43(7):253-258.
  14. Zhang ZJ. Treatise on Febrile Diseases. Qian CC, collator. People's Medical Publishing House; Beijing; 2005. p. 22-23.
  15. Zheng MH, Guo D. Research progress on active ingredients and mechanism of Zhenwu Decoction in the treatment of chronic heart failure. China J Tradit Chin Med Pharm. 2024;39(11):6007-6011.
  16. Chen L, Yu D, Ling S, Xu JW. Mechanism of tonifying-kidney Chinese herbal medicine in the treatment of chronic heart failure. Front Cardiovasc Med. 2022;9:988360.
  17. Wang Y, et al. A review of Chinese herbal medicine for the treatment of chronic heart failure. Curr Pharm Des. 2017;23(34):5115-5124.
  18. He Y, et al. Clinical evidence and potential mechanisms of traditional Chinese medicine for the treatment of chronic gastritis: an updated systematic review and meta-analysis. J Herb Med. 2023;42:100761.
  19. Wang H, et al. β-Sitosterol as a promising anticancer agent for chemoprevention and chemotherapy: mechanisms of action and future prospects. Adv Nutr. 2023;14(5):1085-1110.
  20. Dwivedi J, et al. Aspects of β-sitosterol's pharmacology, nutrition and analysis. Curr Pharm Biotechnol. 2025;26(14):2234-2256.
  21. Khan Z, et al. Multifunctional roles and pharmacological potential of β-sitosterol: emerging evidence toward clinical applications. Chem Biol Interact. 2022;365:110117.
  22. Jittiwat J, Suksamrarn A, Tocharus C, Tocharus J. Dihydrocapsaicin effectively mitigates cerebral ischemia-induced pathological changes in vivo, partly via antioxidant and anti-apoptotic pathways. Life Sci. 2021;283:119842.
  23. Lai Y, et al. Dihydrocapsaicin suppresses the STING-mediated accumulation of ROS and NLRP3 inflammasome and alleviates apoptosis after ischemia-reperfusion injury of perforator skin flap. Phytother Res. 2024;38(5):2539-2559.
  24. Chen Y, et al. Dihydrocapsaicin attenuates oxidative stress and apoptosis in acute myocardial infarction via promoting Raf-1/ASK1 complex formation. Phytomedicine. 2025;146:157126.
  25. Li YX, Liu SY. Kaempferol alleviates myocardial injury in rats with coronary heart disease via regulating the PI3K/AKT/mTOR pathway. Chin J Histochem Cytochem. 2025;34(5):439-445.
  26. Wu JP, Chen JJ, Yuan Q, et al. Effects and mechanisms of kaempferol on cardiomyocyte apoptosis induced by hypoxia/reoxygenation injury. Shaanxi Med J. 2024;53(1):3-7,18.
  27. Chen MJ, Li XD, Wang NN. Effects and mechanisms of kaempferol on cardiac function in rat models of chronic heart failure. Prog Anat Sci. 2023;29(1):18-20,24.
  28. Zhou WM, Lang SK, Ge X, et al. Benzoylaconine alleviates oxygen-glucose deprivation/reoxygenation-induced cardiomyocyte injury via the phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B pathway. Chin J Geriatr Heart Brain Vessel Dis. 2025;27(2):211-216.
  29. Brand CS, Lighthouse JK, Trembley MA. Protective transcriptional mechanisms in cardiomyocytes and cardiac fibroblasts. J Mol Cell Cardiol. 2019;132:1-12.
  30. Wang X, Chen ZQ, Li L, et al. Effects of Zhenwu Decoction on cardiomyocyte apoptosis and PI3K-AKT pathway in heart failure rats. Chin J Comp Med. 2022;32(7):27-33,57.
  31. Lou WZ, Huang SS, Chen BS. Mechanism analysis of Ginkgo biloba leaves against chronic heart failure. Zhejiang Clin Med J. 2026;28(1):32-37.
  32. Hanna A, Frangogiannis NG. Inflammatory cytokines and chemokines as therapeutic targets in heart failure. Cardiovasc Drugs Ther. 2020;34(6):849-863.
  33. Berger M, et al. IL-6 and hsCRP predict cardiovascular mortality in patients with heart failure with preserved ejection fraction. ESC Heart Fail. 2024;11(6):3607-3615.
  34. Zhang H, Dhalla NS. The role of pro-inflammatory cytokines in the pathogenesis of cardiovascular disease. Int J Mol Sci. 2024;25(2):1082.
  35. Wu PL, Wei M, Zhu W. Src signaling pathway and its role in the pathophysiology of heart failure. Int J Cardiovasc Dis. 2013;40(1):6-8,15.
  36. Li W, et al. Src tyrosine kinase promotes cardiac remodeling induced by chronic sympathetic activation. Biosci Rep. 2023;43(10):BSR20231097.
  37. Zhai Y, et al. Src-family protein tyrosine kinases: a promising target for treating cardiovascular diseases. Int J Med Sci. 2021;18(5):1216-1224.
  38. Qian C, Liu J, Liu H. Targeting estrogen receptor signaling for treating heart failure. Heart Fail Rev. 2024;29(1):125-131.
  39. Fukuma N, et al. Estrogen receptor-α non-nuclear signaling confers cardioprotection and is essential to cGMP-PDE5 inhibition efficacy. JACC Basic Transl Sci. 2020;5(3):282-295.
  40. Sun Y, et al. Signaling pathway of MAPK/ERK in cell proliferation, differentiation, migration, senescence and apoptosis. J Recept Signal Transduct Res. 2015;35(6):600-604.
  41. Zhang Z, et al. Targeting MAPK-ERK/JNK pathway: a potential intervention mechanism of myocardial fibrosis in heart failure. Biomed Pharmacother. 2024;173:116413.
  42. Deng S, et al. PI3K/AKT signaling tips the balance of cytoskeletal forces for cancer progression. Cancers (Basel). 2022;14(7):1652.
  43. Ghafouri-Fard S, et al. Interplay between PI3K/AKT pathway and heart disorders. Mol Biol Rep. 2022;49(10):9767-9781.
  44. Cardiovascular Branch of Chinese Medical Association, Cardiovascular Physicians Branch of Chinese Medical Doctor Association, Heart Failure Professional Committee of Chinese Medical Doctor Association, et al. 2024 Chinese guidelines for the diagnosis and treatment of heart failure. Chin J Cardiovasc Dis. 2024;52(3):235-275.
  45. Li TT, et al. Correlations of BNP, Hcy and blood lipid levels with cardiac function and prognosis in elderly patients with chronic heart failure. Chin J Evid Based Cardiovasc Med. 2021;13(9):1050-1053.
  46. Zhou L. Clinical study on TCM syndrome types, blood lipid levels and cardiac function in 150 patients with chronic heart failure. Guide China Med. 2024;22(12):77-79.
  47. Müller-Ehmsen J, Schwinger RH. TNF and congestive heart failure: therapeutic possibilities. Expert Opin Ther Targets. 2004;8(3):203-209.
  48. Arvunescu AM, et al. Inflammation in heart failure—future perspectives. J Clin Med. 2023;12(24):7738.
  49. Yu L, Feng Z. The role of Toll-like receptor signaling in the progression of heart failure. Mediators Inflamm. 2018;2018:9874109.
  50. Ye S, et al. Toll-like receptor 2 signaling deficiency in cardiac cells ameliorates Ang II-induced cardiac inflammation and remodeling. Transl Res. 2021;233:62-76.
  51. Vianello E, et al. The advanced glycation end-products (AGE)-receptor for AGE system (RAGE): an inflammatory pathway linking obesity and cardiovascular diseases. Int J Mol Sci. 2025;26(8):3707.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

גלה מאמרים נוספים

סריקת תרכובותמיפוי מטרותגנים בעלי ביטוי שונהנתיב PI3K-Akt
צרו קשר
המליצו לספרייה

פרטיות

תנאי שימוש

מדיניות

זכויות יוצרים © 2026 MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.