Guest Editors
Venkata Chirasani
The University of North Carolina at Chapel Hill
לד"ר Chirasani מומחיות במידול מולקולרי ובדינמיקה מולקולרית (MD) של חלבונים וקומפלקסים של חלבון-ליגנד. באמצעות גישות חישוביות, הוא חוקר את האטיולוגיה של מחלות אנושיות מורכבות, כגון סרטן ומחלות קרדיווסקולריות, ומנגנונים מולקולריים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים שונים. מטרת המחקר הנוכחית שלו במעבדתו של ד"ר Campbell היא לבחון את האבולוציה המרחבית והזמנית של ביו-מולקולות, כגון חלבוני RAS, וקומפלקסים של Actin-Vt ו-Actin-MVt.
Prasanna Revanasiddappa
Siddaganga Institute of Technology
ד"ר Prasanna D R הוא פרופסור חבר במחלקה לביוטכנולוגיה במכון Siddaganga לטכנולוגיה, Tumakuru, הודו. הוא בעל 12 שנות ניסיון בהוראה ושש שנות ניסיון מחקרי בסימולציות של דינמיקה מולקולרית, תכנון תרופות בסיוע מחשב, ניתוח נתוני עתק (big data) וגנומיקה. כיום, הוא עוסק במחקר בתחומי מחלות לב וכלי דם, G-quadruplexes, Metallo beta-lactamase ואנזים ה-SAICAR synthase. הוא מוביל מספר פרויקטים ממומנים ופרסם מאמרים בכתבי עת שעברו ביקורת עמיתים. כיום הוא מנהל את מעבדת הביופיזיקה החישובית, שבה הוא מנחה פרויקטים בנושאים "סינתזה של מעכבים מולקולריים קטנים עבור Cholesteryl Ester Transfer Protein, ייצוב Antiparallel G-Quadruplex בנוכחות יוני מתכת" ו"תובנות מבניות על אנזים ה-SAICAR Synthase וגילוי אסטרטגיה חדשה לעכבת Metallo-beta-lactamase". קבוצתו מתעניינת גם בהבנת התנהגות קפסיד של נגיפים תחת תנאים סביבתיים שונים.
Collection Overview
הפטיטיס B היא זיהום נגיפי כרוני הנגרם על ידי נגיף ההפטיטיס B (HBV). HBV מדביק יותר מ-300 מיליון אנשים ברחבי העולם והזיהום מוביל בהדרגה למוות כתוצאה משחמת וסרטן הכבד. למרות שקיימות מספר בדיקות וירולוגיות וסרולוגיות לאבחון ולטיפול בזיהום כרוני של הפטיטיטיס B, הטיפול יכול רק לדכא את השכפול של הנגיף. לפיכך, קיים צורך דחוף בפיתוח טיפולים מתקדמים למאבק בזיהום HBV על ידי בחירת מטרות שונות, כגון אנזימי הנגיף וקפסידים. בעוד ש טכניקות לפתרון מבנה שפכו אור על הבנתנו את המבנה והתפקוד של HBV ברמה המולקולרית, המגבלות המובנות של טכניקות ניסיוניות אלו לא הצליחו לפתור את החלקים הגמישים של החלקיקים הנגיפיים.
בהקשר זה, סימולציות דינמיקה מולקולרית ברזולוציה גסה (coarse-grained, CG) הפכו לכלי חשוב לחקר המבנה והדינמיקה של מערכות ביומולקולריות גדולות. הממצאים המרכזיים שעלו מסימולציות CG שבוצעו על נגיף HBV שלם במחקר זה ישמשו לבדיקת כיסים או חריצים חבויים על פני השטח של ה-HBV. הגישה החישובית החדשנית שלנו, המשלבת מחקרים ניסויים לתכנון ובחינה של מעכבים קטנים כנגד אתרים ניתנים לתרופות (druggable sites) על קפסיד ה-HBV , תאפשר לנו לחקור מחלקה חדשה של טיפולים נגד HBV.