Name: יום אחד זרימת עבודה עבור תוכנית זיהוי פתוגן חיידקי ובדיקות ההתנגדות Antimicrobial מתרבויות דם (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-07-09T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 30 s
Description: למד זיהוי מהיר של פתוגנים חיידקיים ובדיקת רגישות לאנטיביוטיקה מתרבויות דם בשיטת PCR. שיטה זו מאפשרת קבלת תוצאות ביום אחד ללא צורך בגידול מוקדם, ומשפרת את הטיפול בחולים עם זיהומי דם.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי עזם Profileringsfonds (PF245).

<ol><li>Wallet, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preliminary+clinical+study+using+a+multiplex+real-time+PCR+test+for+the+detection+of+bacterial+and+fungal+DNA+directly+in+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Microbiol.+Infect%22%5BJournal%5D)">Preliminary clinical study using a multiplex real-time PCR test for the detection of bacterial and fungal DNA directly in blood.</a> Clin. Microbiol. Infect. 16, 774(2010).</li>
<li>Beekmann, S. E., Diekema, D. J., Chapin, K. C., Doern, G. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+rapid+detection+of+bloodstream+infections+on+length+of+hospitalization+and+hospital+charges%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Effects of rapid detection of bloodstream infections on length of hospitalization and hospital charges.</a> J. Clin. Microbiol. 41, 3119(2003).</li>
<li>Raymaekers, M., Bakkus, M., Boone, E., de Rijke, B., Housni, H. E. l, Descheemaeker, P., De Schouwer, P., Franke, S., Hillen, F., Nollet, F., Soetens, O., Vankeerberghen, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Diagnostics+working+group.+Reflections+and+proposals+to+assure+quality+in+molecular+diagnostics%5BTitle%5D)+AND+%22Acta.+Clin.+Belg%22%5BJournal%5D)">Molecular Diagnostics working group. Reflections and proposals to assure quality in molecular diagnostics.</a> Acta. Clin. Belg. 66, 33(2011).</li>
<li>Peters, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+developments+in+the+diagnosis+of+bloodstream+infections%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet+Infect.+Dis%22%5BJournal%5D)">New developments in the diagnosis of bloodstream infections.</a> Lancet Infect. Dis. 4, 751(2004).</li>
<li>Hansen, W. L., Beuving, J., Bruggeman, C. A., Wolffs, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+probes+for+the+diagnosis+of+clinically+relevant+bacterial+infections+in+blood+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Molecular probes for the diagnosis of clinically relevant bacterial infections in blood cultures.</a> J. Clin. Microbiol. 48, 4432-4432 (2010).</li>
<li>Beuving, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+susceptibility+testing+of+grown+blood+cultures+by+combining+culture+and+real-time+polymerase+chain+reaction+is+rapid+and+effective%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Antibiotic susceptibility testing of grown blood cultures by combining culture and real-time polymerase chain reaction is rapid and effective.</a> PLoS ONE. 6, (2011).</li>
<li>Rolain, J. M., Mallet, M. N., Fournier, P. E., Raoult, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+PCR+for+universal+antibiotic+susceptibility+testing%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Antimicrob.+Chemother%22%5BJournal%5D)">Real-time PCR for universal antibiotic susceptibility testing.</a> J. Antimicrob. Chemother. 54, 538(2004).</li>
<li>Nadkarni, M. A., Martin, F. E., Jacques, N. A., Hunter, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+bacterial+load+by+real-time+PCR+using+a+broad-range+%28universal%29+probe+and+primers+set%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol%22%5BJournal%5D)">Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe and primers set.</a> Microbiol. 148, 257(2002).</li>
<li>Waites, K. B., Brookings, E. S., Moser, S. A., Zimmer, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+susceptibility+testing+with+positive+BacT%2FAlert+blood+cultures+by+using+MicroScan+overnight+and+rapid+panels%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Direct susceptibility testing with positive BacT/Alert blood cultures by using MicroScan overnight and rapid panels.</a> J. Clin. Microbiol. 36, 2052( ).</li>
<li>Vliegen, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+identification+of+bacteria+by+real-time+amplification+and+sequencing+of+the+16S+rRNA+gene%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Microbiol.+Meth%22%5BJournal%5D)">Rapid identification of bacteria by real-time amplification and sequencing of the 16S rRNA gene.</a> J. Microbiol. Meth. 66, 156(2006).</li>
<li>Hall, L., Doerr, K. A., Wohlfiel, S. L., Roberts, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+the+MicroSeq+system+for+identification+of+mycobacteria+by+16S+ribosomal+DNA+sequencing+and+its+integration+into+a+routine+clinical+mycobacteriology+laboratory%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Evaluation of the MicroSeq system for identification of mycobacteria by 16S ribosomal DNA sequencing and its integration into a routine clinical mycobacteriology laboratory.</a> J. Clin. Microbiol. 41, 1447(2003).</li>
</ol>

אין לנו מה למסור.

פרוטוקול המתואר כאן מאפשר זיהוי מהיר של פתוגנים ומספק פרופיל מיקרוביאלית תפקודית שעלולה להוביל הממשל מוקדם של אנטיביוטיקה הולמים ובכך לשפר את הפרוגנוזה של חולים עם זיהומים בדם. בהתאם לתנאי המבוקשים של הבדיקה, כלומר עלות נמוכה, תפוקה גבוהה, להפוך מינימלית, בערך באותה תקופה, תנאי הבדיקה ניתן להתאים. ההליך כולו יכול להתבצע תוך יום עבודה אחד. יתר על כן, שני חלקים של פרוטוקול יכול להתבצע בעת ובעונה אחת, אשר מפחיתה את זמן סיבוב סביב באופן משמעותי. כפי שהוצגו כאן, את לוח הזיהוי מבחר של חיידקים ביותר רלוונטיות קלינית בבית החולים שלנו. מאז העיקרון המרכזי הוא מיקוד באזור 16S גנטי, בדיקות ספציפיות מיקרואורגניזמים אחרים יכול להיות מעוצב נוסף assay. Assay מלאה נועדה במקור לצורך ניתוח מהיר של תרבויות דם, אבל יכול לשמש גם לעיבוד של oיס חומרים לדוגמה. זהו גם המקרה של אנטיביוטיקה, אשר שימשו לצורך בדיקות רגישות אנטיביוטיקה: אנטיביוטיקה יותר או אחר ניתן להוסיף, בהתבסס על דפוסי התנגדות וקווים מנחים מקומיים.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגי </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> נתרן כלוריד (NaCl) </td><td> מרק כימיקלים </td><td> 106404 </td><td> 0.9% במים </td></tr><tr><td> Vacutainer SST סרום Tube מפריד 5 מ&quot;ל </td><td> BD ניתוח מערכות </td><td> 367986 </td><td></td></tr><tr><td> מילר Hinton II מרק </td><td> BD אבחון Dystems </td><td> 212322 </td><td> 44 גר &#39;/ ל&#39; במים </td></tr><tr><td> סרכזת Rotixa 50 RS </td><td> אנדריאס Hettich GmbH &amp; Co KG </td><td> 4910 </td><td></td></tr><tr><td> סרכזת 5415 D </td><td> Eppendorf </td><td> הופסק </td><td></td></tr><tr><td> Primers </td> &lt;td&gt; Sigma-Aldrich </td><td> נה </td><td></td></tr><tr><td> בדיקות </td><td> Sigma-Aldrich/Applied Biosystems </td><td> נה </td><td></td></tr><tr><td> TaqManEnvironmental מאסטר מיקס 2.0 </td><td> יישומי Biosystems </td><td> 4396838 </td><td></td></tr><tr><td> iQ SYBRGreen Supermix </td><td> Bio-Rad Laboratories BV </td><td> 170-8880 </td><td></td></tr><tr><td> MicroAmp אופטי 96-ובכן פלייט תגובה </td><td> יישומי Biosystems </td><td> N8010560 </td><td></td></tr><tr><td> MicroAmp דבק אופטי הסרטים </td><td> יישומי Biosystems </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> קיו 96-ובכן ה-PCR צלחות </td><td> Bio-Rad Laboratories BV </td><td> 223-9441 </td><td></td></tr><tr><td> Microseal B דבק אטמים </td><td> ביו רד העבודהatories BV </td><td> MSB-1001 </td><td></td></tr><tr><td> בזמן אמת PCR מערכת איתור </td><td> יישומי Biosystems </td><td> ABI PRISM 7900HT </td><td></td></tr><tr><td> Real-Time PCR מערכת איתור </td><td> Bio-Rad Laboratories BV </td><td> MyiQ בודד צבע </td><td></td></tr></tbody></table>

יום אחד זרימת עבודה עבור תוכנית זיהוי פתוגן חיידקי ובדיקות ההתנגדות antimicrobial מתרבויות דם

One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures

זיהומים בדם קשורות עם שיעורי תמותה גבוהים עקב גילוי סביר של אלח דם, אלח דם חמור הלם ספטי 1. לכן, הממשל מהירה של טיפול אנטיביוטי הולם הוא בעל חשיבות ובראשונה לטיפול בזיהומים בדם. אלמנט קריטי בתהליך זה הוא העיתוי, תלויה במידה רבה את התוצאות של זיהוי חיידקים בדיקות רגישות לאנטיביוטיקה. שני פרמטרים אלה מתקבלים באופן שוטף על ידי בדיקה תרבות מבוססת, וזה זמן רב לוקח על 24-48 שעות בממוצע 2, 4. מטרת המחקר הייתה לפתח את ה-DNA על בסיס מבחני לזיהוי מהיר של זיהום בדם, כמו גם הרגישות מהירה בדיקה מיקרוביאלית. Assay הראשון הוא 16S eubacterial rDNA מבוסס בזמן אמת assay PCR השלמה עם המין או הסוג הספציפי בדיקות 5. באמצעות בדיקות אלה, חיידקים גראם שליליים, כולל Pseudomonas spp., Pseudomonas aeruginosaו Escherichia coli וכן חיידקים גראם חיוביים כולל Staphylococcus spp., סטפילוקוקוס אוראוס, אנטרוקוקוס spp., סטרפטוקוקוס spp., ו Streptococcus pneumoniae ניתן היה להבחין. שימוש assay multiprobe, זיהוי הראשונה של מיקרו אורגניזם סיבתי ניתנה לאחר 2 שעות. שנית, פיתחנו assay למחצה מולקולרית לבדיקת רגישות לאנטיביוטיקה של ש &#39; aureus, אנטרוקוקוס spp. ו (פקולטטיבי) aerobe גראם שליליים מוטות 6. Assay זו התבססה על מחקר שבו PCR נעשה שימוש כדי למדוד את התפתחותם של חיידקים 7. חיידקים שנקטפו ישירות תרבויות דם מודגרת במשך 6 שעות עם מבחר של אנטיביוטיקה, ובעקבות Sybr הירוק מבוסס בזמן אמת assay PCR קובע עיכוב הצמיחה. השילוב של שתי השיטות יכול לכוון את הבחירה של טיפול אנטיביוטי מתאים באותו יום (איור 1). לסיכום, ניתוח מולקולרי של הזדהות ושל רגישות לאנטיביוטיקה מציע אלטרנטיבה מהירה יותר לזיהוי הפתוגן יכול לשפר את האבחנה של זיהומים בדם.

העיצוב של התוכנית של יום אחד פשוט העבודה עבור אבחון פתוגן חיידקי מאפשרת זיהוי מהיר של זיהומים בדם. הכללת שמונה מטרות חיידקים רלוונטיות קלינית ופרופילים אנטיביוטיות ההתנגדות שלהם מציע תובנה המטפל הראשוני באותו יום, מה שעלול להוביל טיפול הולם יותר.

יום אחד זרימת עבודה עבור תוכנית זיהוי פתוגן חיידקי ובדיקות ההתנגדות Antimicrobial מתרבויות דם

זיהומי זרם הדם קשורים לשיעורי תמותה גבוהים בשל ההסתברות להופעת ספסיס (אלח דם), ספסיס חמור והלם ספטי1. ...

המטרה הכללית של פרוצדורה זו היא לזהות ולהעריך רגישות לאנטיביוטיקה של בידודים מתרביות דם בזמן קצר יותר מאשר בשיטות קונבנציונליות. הדבר מושג תחילה על ידי זיהוי הבידוד מתרבית הדם, באמצעות בדיקת MultiPro PCR חדשנית של DNA ריבוסומלי 16s.לאחר מכן, מדגריים את הבידוד עם פאנל של אנטיביוטיקה למשך שש שעות. השלב הבא הוא קביעת הצמיחה או עיכוב הצמיחה של הבידוד בנוכחות האנטיביוטיקה באמצעות בדיקת quantitative 16 s ribosomal D-N-A-P-C-R. בסופו של דבר, התוצאות מראות כי ניתן להשיג זיהוי ובדיקת רגישות לאנטיביוטיקה של בידוד מתרבית דם במהירות רבה יותר באמצעות שילוב זה של תרבית ו-PCR.היתרון המרכזי של טכניקה זו על פני שיטות קיימות, כגון אלו המשתמשות במערכות phoenix או IIC אוטומטיות, הוא שאין צורך במצב תרבית מוקדם, ותוצאות הזיהוי ובדיקות הרגישות לאנטיביוטיקה יכולות להיות זמינות באותו היום. את הפרוצדורה ידגימו Vandy Hanson ו-GID, סטודנטים לדוקטורט מהמעבדה שלנו. דללו 100 µL של תרבית דם חיובית לצמיחה מיקרוביאלית במבחנה המכילה 900 µL של 0.9% sodium chloride. לאחר מכן, סובבו את הדגימה בצנטריפוגה במהירות של 13,400 ×g למשך חמש דקות כדי לשקיע את החיידקים לאחר הסבוב.ריס, השהה את המשקע ב-100 µL של מים דה-מינרליים סטריליים. שמור את הדגימה בטמפרטורה של 4 °C עד לשימוש הבא. לאחר שכל הדגימות מוכנות, הכן את תערובות התגובה של real-time PCR להגברה של 16 s ribosomal DNA ספציפי מהחיידקים הרלוונטיים.השתמש במים דמינרליזים כדי להביא את הנפחים ל-20 µL לכל תגובה. חלק 20 µL של תערובת PCR לכל באער בלוח PCR בעל 96 באערים. לאחר מכן, הוסף 5 µL של דגימה לכל באער ואטום את לוח ה-PCR.בשלב הבא, הרץ את ה-PCR במערכת real-time PCR מדגם A BI Prism 7, 900 HT כדי לנתח את התוצאות. עם השלמת ה-PCR, השתמש תחילה בלשונית הגדרות הניתוח (analysis settings) כדי להתאים את ניתוח ה-CT ל-0.1. לאחר מכן, הגדר את טווחי קו הבסיס (baseline) כך שיתחילו במחזור 6 ויסתיימו במחזור 15. רשום את ערך ה-CT עבור כל דגימה.ניתן לקבוע בדרך כלל את ערך הסף להגדרת תוצאת PCR כחיובית כערך CT של 35. בדוגמה זו, מוצג פרופיל הזיהוי של תרבית דם נגועה ב-e coli בשני תערובות תגובה. נעשה שימוש בפריימרים אוניברסליים ל-16 s ribosomal DNA, אשר הניבו שתי עקומות הגברה בערכי CT של 25.2 ו-25.95.עקומת ההגברה השלישית נגזרת מהגשוש הספציפי ל-Coli. גשושים ספציפיים אחרים לא יצרו אותים שניתן לזהות. לאחר שזוהה הפתוגן, ניתן לבצע בדיקות לאנטיביוטיקה.התחילו בהעברה של חמישה מיליליטר של ציר מתרבית דם חיובית לתוך שפופרת עם מפריד סרום. סובבו את הדגימה בצנטריפוגה במהירות של 2000 times G למשך 10 דקות; לאחר הסבב, השליכו את התמיס העליון מהשפופרת. לאחר מכן, באמצעות מקלון צמר סטרילי, העבירו את החיידקים משכבת הג'ל של השפופרת לתוך 0.9% sodium chloride עד לקבלת תמיסה בעכירות של סטנדרט 0.5 McFarland.זהו ערך התואם לכ-1.5 times 10⁸ יחידות יוצרות מושבות למילילטר. לאחר מכן, דללו את התרחוף במוצג מולר-הינטון (Muller Hinton) בריכוז כפול, כדי להגיע לריכוז של כ-5 times 10⁵ יחידות יוצרות מושבות למילילטר.העבירו מנקב (Aliquot) של 50 µL לכל באער של התמיה לתוך פלטת מיקרוטיטר המכילה כבר 50 µL לכל באער של מבחר אנטיביוטיקה. הקפידו לכלול בקרים חיוביים לצמיחה עבור כל דגימה באמצעות באערים עם מים במקום אנטיביוטיקה. כסו את הפלטה בסיום הפעולה.לאחר מכן, דגרו את הפלטה בטמפרטורה של 37 °C למשך שש שעות כדי לאפשר צמיחה בקטריאלית. הקפידו לשמור מנה (aliquot) של התרחופה הבקטריאלית בטמפרטורה של 4 °C כביקורת לצמיחה שלילית. לאחר דגירה של שש שעות, העבירו את התוכן של כל באר ואת דגימת הביקורת השלילית לשפופרות סטריליות נפרדות.לאחר סבב צנטריפוגציה של חמש דקות ב-16,000 ×g, הסירו 80 µL מהנוזל העליון (supernatant) ותלו את המשקעים (pellets) ב-80 µL של מים דה-מינרליזים סטריליים. דללו את הדגימות ביחס של 1:10 במים לפני השימוש בהם ל-real-time PCR של 16s ribosomal DNA.הכינו את תערובת ה-PCR באמצעות IQ cyber green super mix ופריימרים ל-16 s ribosomal DNA, וחלקו 20 µL לכל באער בלוח PCR בעל 96 באערים. לאחר מכן, הוסיפו 5 µL מכל דגימה לבאערים ואטמו את הלוח.בשלב הבא, בצעו PCR כדי לנתח את התוצאות. ראשית, חשבו את ערך ה-CT של נקודת החיתוך (cutoff). באופן כללי, ה-CT של נקודת החיתוך שווה ל-CT של בקרת הצמיחה החיובית בתוספת 0.5 כפול ה-CT של בקרת הצמיחה השלילית פחות ה-CT של בקרת הצמיחה.עם זאת, עבור piperacillin עם tazobactam ו-CEF dazadi במקלות גראם-שליליים, וכן עבור amoxicillin, oxacillin ו-trimethoprim עם sulfamethoxazole ב-staphylococcus aureus או עבור amoxicillin ב-enterococcus SPP, יש להפחית את מקדם ההכפלה מ-0.5 ל-0.25. ניתן לקבוע את הרגישות או העמידות של הזנים בכל דגימה על ידי השוואת ה-CT של הדגימה ל-cutoff ct.ערך CT שמעל סף הגזירה מעיד על רגישות, בעוד שערך CT מתחת לסף הגזירה מעיד על עמידות. לפניכם דוגמה לגרף הגברה של רגישות לאנטיביוטיקה. זן ה-e coli שזוהה קודם לכן נבדק לרגישות למספר אנטיביוטיקות, כאשר כל אחת מהן מיוצגת על ידי עקומה נפרדת.דגימות עם ערך CT נמוך הן דגימות שבהן התרחשה צמיחה בנוכחות אנטיביוטיקה, מה שמעיד על עמידות לאנטיביוטיקה שנבדקה. לעומת זאת, ערך CT גבוה מייצג דגימה שבה לא התרחשה צמיחה, מה שמעיד על רגישות לאנטיביוטיקה שנבדקה. לאחר רכישת המיומנות, ניתן לבצע טכניקה זו תוך תשע שעות אם היא מבוצעת כראוי.

one-day-workflow-scheme-for-bacterial-pathogen-detection

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

פרוטוקול מהירה לצורך זיהוי ישיר של אנטרוקוקוס faecalis ומינים אחרים אנטרוקוקוס מתרבות דם חיובית באמצעות חומצות גרעין פפטיד ניאון assay הכלאה באתרו (FISH PNA).

נוהל 1.5 שעה עבור זיהוי אנטרוקוקוס מינים ישירות מתרבויות דם

biosensors phage ממוסס וחרוזים נוגדנים מסוגלים להבחין בין Methicillin עמיד (MRSA) וחיידקים סטפילוקוקוס רגישים. לפאגים היו משותקים על ידי שיטת אנגמיור-Blodgett על גבי משטח של חיישן microbalance גביש קוורץ ועבדו כבדיקות סטפילוקוקוס מגוון רחבות. חרוזים נוגדנים לזהות MRSA.

Biosensor לאיתור של חיידקי סטפילוקוקוס עמידים לאנטיביוטיקה

הכנת גלולה חיידקים מהירה מתרבית דם חיובית יכולה לשמש כמדגם עבור יישומים כגון זיהוי על ידי MALDI-TOF, צביעת גראם, בדיקת רגישות לאנטיביוטיקה ובדיקת PCR מבוססת. התוצאות ניתן להעביר במהירות לרופאים כדי לשפר את התוצאה של חולים הסובלים מזיהומים בדם.

הכנה של תרבות דם כדוריים לראפיד בקטריאלי זיהוי ואנטיביוטיקת רגישות בדיקה

פלואור שתייגת אנטיביוטיקה הם כלים רבי-עוצמה שניתן להשתמש בהם כדי ללמוד היבטים מרובים של עמידות מיקרוביאלית. מאמר זה מתאר את הכנת אנטיביוטיקה מתויג fluorescently היישום שלהם כדי ללמוד עמידות לאנטיביוטיקה בחיידקים. רגשים יכולים לשמש כדי לחקור מנגנונים של עמידות חיידקים (למשל, אפלוקס) על ידי ספקטרופוטומטר, זרימה cy try, ו מיקרוסקופ.

ויזואליזציה של עמידות בקטריאלי באמצעות הפלורסנט אנטיביוטי רגשים

פרוטוקול זה מציג בדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית מהירה (AST) תוך 2.5 שעות על ידי הדמיית פיזור ראמן מגורה בתא יחיד של חילוף החומרים של D2O. שיטה זו חלה על חיידקים בשתן או בסביבת דם שלמה, שהיא טרנספורמטיבית עבור AST פנוטיפי מהיר של תא יחיד במרפאה.

בדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית מהירה על ידי הדמיה מגורה של פיזור ראמאן של שילוב דאוטריום בחיידק יחיד

במאמר זה אנו מציגים פרוטוקול מפורט לבידוד וזיהוי של חיידקים עמידים לאנטיביוטיקה ממים ולאפיון המולקולרי של גני העמידות לאנטיביוטיקה שלהם (ARGs). השימוש בטכניקות מבוססות תרבית ולא מבוססות תרבית (ניתוח מטגנומי) מספק מידע מלא על מגוון החיידקים הכולל ועל המאגר הכולל של ARGs שונים הנמצאים במים מתוקים ממומבאי, הודו.

בידוד וזיהוי חיידקים עמידים לאנטיביוטיקה במים ואפיון מולקולרי של גני העמידות לאנטיביוטיקה שלהם

כאן אנו מציגים את העיקרון, המבנה וההוראה של המערכת החכמה לבדיקת רגישות מיקרוביאלית בתפוקה גבוהה/מערכת סינון פאגים. היישום שלה מודגם על ידי שימוש בסלמונלה שבודדה מעופות בשאנדונג, סין, כדוגמה. מדד Lar מחושב, ומשמעותו בהערכת עמידות מיקרוביאלית נידונה באופן מקיף.

יישום של מערכת חכמה לבדיקת רגישות מיקרוביאלית בתפוקה גבוהה / בדיקת פאגים ומדד Lar של עמידות מיקרוביאלית

EUCAST פיתחה פרוטוקול בדיקת רגישות מיקרוביאלית ישירה (AST) עבור תרביות דם אוטומטיות. עם זאת, ניתן לייתר את תלותו בזיהוי מיקרוביאלי מבוסס ספקטרומטריית מסות על ידי שימוש בפרוטוקול הכנת חיסון ישיר במערכת זיהוי מיקרוביאלית אוטומטית. גישה זו יכולה לספק דוחות AST תוך 24 שעות מאיסוף הדגימות.

זיהוי מיקרוביאלי ישיר באמצעות מערכת זיהוי מיקרוביאלית אוטומטית כדי להקל על שיטת EUCAST RAST ללא ספקטרומטריית מסות

פתוגנים חיידקיים שונים עלולים לגרום לזיהומים בדרכי הנשימה ולהוביל לבעיות בריאותיות חמורות אם לא מזהים אותם במדויק ומטפלים בהם מיד. זיהוי מהיר ומדויק של פתוגנים אלה באמצעות הגברה איזותרמית בתיווך לולאה מספק ניהול ובקרה יעילים של זיהומים בדרכי הנשימה בסביבות קליניות.

זיהוי מהיר של פתוגנים חיידקיים הגורמים לזיהומים בדרכי הנשימה התחתונות באמצעות הגברה איזותרמית בתיווך לולאה בתיווך שבב מיקרופלואידי

פרוטוקול זה מתאר שיטה מבוססת שבב מיקרופלואידי משולב למגבור איזותרמי באמצעות לולאה (LAMP), המאפשרת זיהוי בנקודת הטיפול של 15 פתוגנים הגורמים לזיהומים בדרכי הנשימה התחתונות אצל חולי טיפול נמרץ תוך שעה אחת.

זיהוי מהיר בנקודת הטיפול (Point-of-Care) של פתוגנים הגורמים לזיהומים בדרכי הנשימה התחתונות במטופלי טיפול נמרץ

למד זיהוי מהיר של פתוגנים חיידקיים ובדיקת רגישות לאנטיביוטיקה מתרבויות דם בשיטת PCR. שיטה זו מאפשרת קבלת תוצאות ביום אחד ללא צורך בגידול מוקדם, ומשפרת את הטיפול בחולים עם זיהומי דם.

יום אחד זרימת עבודה עבור תוכנית זיהוי פתוגן חיידקי ובדיקות ההתנגדות Antimicrobial מתרבויות דם

גלה סרטונים נוספים