Name: סינתזה מפוצלת וברכה ואפיון של הספרייה אמידה השלישון פפטיד (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: למדו לסנתז ספריות קומבינטוריות של אמידות פפטיד טרציאריות (PTA) באמצעות אסטרטגיות split-and-pool ו-sub-monomer. שיטה זו מאפשרת סקרינינג בקנה מידה רחב לגילוי ליגנדים חדשים לפיתוח תרופות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

המחברים מבקשים להודות לד&quot;ר Jumpei מורימוטו וד&quot;ר טוד דורן לסיוע רב ערך. עבודה זו נתמכה על ידי חוזה מNHLBI (NO1-HV-00,242).

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
<li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+%5Boligo%28N-substituted+glycines%29%5D+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
<li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo%28+N-aryl+glycines%29%3A+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
<li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li>
<li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li>
<li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li>
<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

החוקרים מצהירים כי אין להם אינטרסים כלכליים מתחרים.

אורגני חיבור פפטיד שיישונים (PTAs) הוא superfamily של oligomers peptidomimetic. חוץ מפפטידים למדו היטב, peptoids ופפטידים מפוגלים-N, חלק גדול מתרכובות בתוך משפחה זה נשאר understudied, majorly עקב חוסר השיטה סינתטית לגשת פפטידים N-alkylated כלליים. כאן אנו מתארים שיטה יעילה לסנתז PTAs עם אבני בניין כיראליות נגזרים מחומצות אמינו. בעבר, יש לנו דיווח להשתמש תוואי תת מונומר חדש לספריות סינתזה של מולקולות ועד ההורים 23. הראנו שPTAs הוא oligomers המובנה מאוד אשר מחזיק מרסן קונ...

Peptidomimetics הם תרכובות המחקות את המבנה של הפפטידים טבעיים. הם נועדו לשמר את הפעילות הביולוגית תוך התגברות על חלק מהבעיות הקשורות פפטידים טבעיים, כוללים חדירות תא ויציבות נגד proteolysis 1-3. בשל אופי oligomeric של תרכובות אלה, ניתן לגשת אל ספריות סינתטיות גדולות בקלות דרך מסלולים סינטטיים monomeric או תת monomeric 4-7. אחד השיעורים למדו רוב peptidomimetics הוא peptoids. Peptoids הוא oligomers של glycines N-alkylated שיכול להיות מסונתז בקלות באמצעות אסטרטגיה תת מונומר 8, 9. ligands חלבון שימושי רבים זוהה בהצלחה מהקרנת ספריות peptoid הסינתטי גדולות נגד מטרות חלבון 1, 10-14. יחד עם זאת, &quot;להיטים&quot; זיהו מספריות peptoid רק לעתים נדירות בארכיון זיקה גבוהה מאוד לעבר מטרות חלבון 1,10-14,22. ma אחדאימונים עם גור הבדל בין peptoids ופפטידים טבעיים הוא שרוב peptoids חוסר היכולת ליצור מבנה משני בשל חוסר מרכזי כיראליות ואילוצי קונפורמציה באופן כללי. על מנת לפתור בעיה זו, אסטרטגיות מרובות פותחו בעשור האחרון, תוך התמקדות במידה רבה בשינוי של רשתות בצד הכלולות באטומי חנקן השרשרת העיקריים 15-22. לאחרונה, פיתחנו מסלול סינטטי חדש להציג את הרשתות בצד חומצת אמינו טבעיות על גבי עמוד השדרה peptoid ליצור אורגני חיבור שלישוני פפטיד 23. אורגני חיבור פפטיד שיישונים (PTAs) הוא משפחת העל של peptidomimetics שכולל, אך אינם מוגבלים לפפטידים (R 2 = H), peptoids (R 1 = H) ופפטידים מפוגלים-N (R 1 ≠ H, R 2 = Me) . (ראה איור 1) המסלול הסינטטי מעסיק באופן טבעי חומצות אמינו כמקור של רשתות כירליות ולוואי על45; פחמן, ואמינים ראשוניים זמינים מסחרי כדי לספק N-החלפות. לכן, ניתן לחקור שטח כימי גדול יותר מזה של פפטידים פשוטים, peptoids או פפטידים מפוגלים-N. ספקטרום dichroism חוזר הראו כי מולקולות ועד ההורים הן מובנים מאוד בפתרון. אפיונו של אחד מהמתחמים ועד ההורים החלבון ניתן לראות בבירור כי האילוצים קונפורמציה של ועד ההורים נדרשים לכריכה. לאחרונה, יש לנו גם גילינו שחלק מהמולקולות ועד ההורים בעלי חדירות תא השתפרו מאשר עמיתי peptoid ופפטיד. אנו מאמינים כי הספריות ועד ההורים האלה יכולים להיות מקור טוב של ligands גבוה זיקה למטרות חלבון. במאמר זה, נדון בסינתזה של מדגם ספרייה עד הורים חד מתחם (OBOC) חד חרוז בפרטים יחד עם כמה תנאים משופרים לצימוד והמחשוף של תרכובות אלה.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 trimethylpyridine</td><td>ACROS</td><td>161950010</td><td>CAS:108-75-8</td></tr><tr><td>2-morpholinoethanamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS:2038-03-1&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>תמיסת מים 48% HBr</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS:10035-10-6</td></tr><tr><td>אצטאלדהיד</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>402788</td><td>CAS:75-07-0&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>אצטוניטריל</td><td>פישר</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS:75-05-8</td></tr><tr><td>טטרה-הידרופוראן נטול מים (THF)</td><td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS:109-99-9</td></tr><tr><td>בנזילמין</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>185701</td><td>CAS:100-46-9</td></tr><tr><td>ביס(טריכלורומתיל) קרבונט (BTC)</td><td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS:32315-10-9</td></tr><tr><td>חומצה ברומואצטית</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS:79-08-3</td></tr><tr><td>כלורניל</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>23290</td><td>CAS:118-75-2</td></tr><tr><td>Cyclohexanemethylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS:3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>איזוטופ קיימברידג'</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS:7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS:338-69-2</td></tr><tr><td>דיכלורומתאן (DCM)</td><td>פישר</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS:75-09-2</td></tr><tr><td>דימתילפורממיד (DMF)</td><td>פישר</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS:68-12-2</td></tr><tr><td>אתילן גליקול</td><td>אוקווד</td><td>44710</td><td>CAS:107-21-1</td></tr><tr><td>איזופנטילמין</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>W321907</td><td>CAS:107-85-7</td></tr><tr><td>KBr</td><td>ACROS</td><td>424070025</td><td>CAS:7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS:56-41-7</td></tr><tr><td>3-מתוקסיפרופילאמין</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>M25007</td><td>CAS:5332-73-0</td></tr><tr><td>2-מתוקסיאלאמין</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>143693</td><td>CAS:109-85-3</td></tr><tr><td>N-(3-אמינופרופיל)-2-פירולידינון</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>136565</td><td>CAS:7663-77-6&nbsp;</td></tr><tr><td>N,N'-Diisopropylcarbodiimide (DIC)</td><td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS:693-13-0</td></tr><tr><td>N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS:7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO2</td><td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS:7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD 40% תמיסה במים</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS:7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperidine</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS:110-89-4</td></tr><tr><td>פיפרונילאמין</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>P49503</td><td>CAS:2620-50-0</td></tr><tr><td>פרופילמין</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>240958</td><td>CAS:107-10-8</td></tr><tr><td>חומצה טריפלואורואצטית</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>299537</td><td>CAS:76-05-1</td></tr><tr><td>&אלפא;-ציאנו-4-חומצה הידרוקסיצינמית</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>39468</td><td>CAS:28166-41-8&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>&alpha;-Ketoglutarate</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS:328-50-7</td></tr><tr><td>שרף טנטאג'ל עם מקשר RINK</td><td>Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>אלנין טרנסאמינאז</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA: חממת גלוטמט-פירובט טרנסאמינאז (GPT)</td></tr> <tr><td></td><td>ניו ברונסוויק Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 מגה-הרץ</td><td></td></tr><tr><td>ספקטרומטר מסה MALDI</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Lyophilizer</td><td>SP Scientific</td><td>VirTis benchtop K</td><td></td></tr><tr><td>כור מזרק</td><td>INTAVIS</td><td>עמוד תגובה</td><td>3 מ"ל, 5 מ"ל, 10 מ"ל, 20 מ"ל</td></tr><tr><td>סעפת ואקום</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

סינתזה מפוצלת וברכה ואפיון של הספרייה אמידה השלישון פפטיד

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics הם מקורות של ligands החלבון גדולים. טבע oligomeric של תרכובות אלו מאפשר לנו לגשת לספריות סינתטיות גדולות בשלב מוצק באמצעות כימיה קומבינטורית. אחד השיעורים הכי למדו היטב של peptidomimetics הוא peptoids. Peptoids קל לסנתז והוכח להיות proteolysis עמיד ותא חדיר. במהלך העשור האחרון, זוהה רבים ligands חלבון שימושי באמצעות הקרנה של ספריות peptoid. עם זאת, רוב ligands זיהה מספריות peptoid לא להציג זיקה גבוהה, עם יוצאים מן הכלל נדיר. זה עשוי להיות בשל, בין שאר, לחוסר מרכזי כיראליות ואילוצי קונפורמציה במולקולות peptoid. לאחרונה, תאר את המסלול סינטטי חדש לגישה אורגנית חיבור פפטיד שיישונים (PTAs). PTAs הוא superfamily של peptidomimetics שכולל, אך אינם מוגבלים לפפטידים, peptoids ופפטידים מפוגלים-N. עם שרשרות צד שני α-פחמן ואטומי חנקן השרשרת ראשיים,קונפורמציה של מולקולות אלה מוגבלים מאוד על ידי מכשלה sterical ומתח 1,3 allylic. (איור 1) המחקר שלנו מצביע על כך שמולקולות ועד ההורים אלה מובנים מאוד בפתרון וניתן להשתמש בם כדי לזהות ligands חלבון. אנו מאמינים כי מולקולות אלה יכולות להיות מקור עתיד של ligands חלבון גבוה זיקה. כאן אנו מתארים שיטה סינתטית המשלבת את הכוח של שניהם מפוצלת וברכה ואסטרטגיות תת מונומר לסנתז מדגם ספרייה אחת חרוז אחד מתחם (OBOC) של PTAs.

כאן אנו מראים שלושה ספקטרום MALDI נציג מtrimer עד הורים עם מקשר. כפי שניתן לראות באיור 6 א, כשבקע תחת טמפרטורת חדר באמצעות 50% פתרון TFA / DCM, השפלה משמעותית הוא ציין. באיור 6 א, שיא 593 ו484 מתאימות למקשר וtrimer עד הורי בהתאמה, מראים כי כל המולקולה הייתה מסונתזת בהצלחה על חרוז אבל מושפלת במחשוף. כשבקע בתנאי טמפרטורה נמוכים כפי שתואר לעיל, הסכום של השפלה מושרה TFA הוא מאוד מדוכא כפי שמוצג באיור 6. המנגנון של מחשוף כזה תואר בספרו...

אורגני חיבור פפטיד שיישונים (PTAs) הוא superfamily של peptidomimetics שכולל, אך אינם מוגבלים לפפטידים, peptoids ופפטידים מפוגלים-N. כאן אנו מתארים שיטה סינתטית המשלבת את שניהם מפוצלת וברכה ואסטרטגיות תת מונומר לסנתז ספרייה חד מתחם אחד אגל PTAs.

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

המטרה הכוללת של הליך זה היא להדגים כיצד לסנתז ספריות קומבינטוריות המכילות יחידות peptide tertiary amid או PTA. הדבר מושג תחילה על ידי הכנת סב-מונומר PTA מחומצות אמינו טבעיות. השלב השני הוא סינתזה של אזור מקשר (linker) פפטידי על תומך מוצק.בשלב הבא, מסנתזים ספרייה קומבינטורית המכילה תתי-יחידות של PTA ופפטידים. השלב הסופי הוא אפיון הספרייה המסנתזת כדי להבטיח את איכות הסינתזה. בסופו של דבר, מסנתזים ספרייה קומבינטורית המכילה תתי-יחידות PTA עם הגבלה קונפורמציונלית, וניתן להשתמש בספרייה כזו לסריקה בסביבה של תפוקה גבוהה (high throughput screening) כדי לספק ליגנדים חלבוניים ולהוביל לגילוי תרופות חדשות.הכימיה המהווה את נושא מאמר זה פותחה בניסיון למצוא מולקולות שיהיו קשיחות הרבה יותר מכמה מהפפטידים וממרכיבים אחרים שעמם עבדנו בעבר. הרעיון הוא שאם נזהה ספריות של מולקולות קשיחות יותר, הן יקשרו למטרות חלבוניות בעקביות (affinities) גבוהות הרבה יותר, והסכנו שדבר זה חשוב מאוד בניסיון לפתח תרופות בעתיד, או אפילו מולקולות גשש (probe molecules) מעניינות. הדגמה חזותית של סינתזת ה-PTA suborder היא קריטית, מכיוון שהסינתזה קשה ללמידה והשליטה בטמפרטורה ובתזמון הן קריטיים להצלחת הסינתזה.ראשית, הוסף 8.9 גרם של dine ו-11.9 גרם של potassium bromide לבקבוק תחתית עגולה בעל שלושה צווארים בנפח 500 מיליליטר עם מקל ע

split-pool-synthesis-characterization-peptide-tertiary-amide

Research

JoVE Journal

Chemistry

כימיה

Peptoid פשוטה בכלל ידנית סינתזה שיטה מעורבים ציוד בסיסי ריאגנטים זמינים מסחרית הוא התווה, המאפשר peptoids להיות מסונתז בקלות ברוב המעבדות. סינתזה, טיהור ואפיון של 36mer peptoid amphiphilic מתואר, כמו גם הרכבה עצמית שלה לתוך הפערים הורה nanosheets.

מוצק שלב Submonomer סינתזה של פולימרים Peptoid שלהם ואת הרכבה עצמית לתוך מאוד מסודרים Nanosheets

סינתזה יעילה מוצק בשלב פפטיד של trimer BIS-peptide פונקציונליות ניצול "בטיחות לתפוס" הליך מחשוף שרף HMBA מתואר.

סינתזה שלב מוצק של פפטיד Bis פונקציונליות שימוש &quot;בטיחות תפוס&quot; מתודולוגיה

מוצג פרוטוקול לסינתזה של פפטואידים בעלי פונקציונליות קטיונית מעורבת באותו רצף (מונומרים מסוג ליזין וארגינין). מתוארת גם בדיקה עוקבת של תרכובות אלה נגד Leishmania mexicana, הטפילים הפרוטוזואיים הגורמים ללישמניאזיס עורית.

שיטה יעילה עבור הסינתזה של Peptoids עם מעורב ליזין מסוג / ארגינין-סוג מונומרים וערכה של אנטי-leishmanial פעילותם

מאמר זה מציג שיטה המערבים את סינתזה ואפיון של פילוח מונוציט פפטיד אמפיפיליות הקזאין, מבחני המתאימה כדי לבדוק את התאימות והיכולת של מיצלה כדי לאגד ומונוציטים.

סינתזה של פילוח מונוציט פפטיד אמפיפיליות הקזאין עבור הדמיה של טרשת עורקים

פרוטוקול המתואר לסינתזה ידנית של oligo-peptoids ואחריו רצף ניתוח באמצעות ספקטרומטר מסה.

סינתזה וניתוח ספקטרומטר מסה של Oligo-peptoids

אנו מציגים את פרוטוקול לבנייה של thioether/ויניל קשורה סולפיד פפטידים הסליל באמצעות צילום-induced תיול-ene/תיול-yne hydrothiolation.

בניית Thioether/ויניל גופרתי-קשורה Hydrothiolation תיול-ene/yne הנוצרות על-ידי פפטידים הסליל באמצעות צילום

הסינתזה של חומרים פעילי שטח פפטיד מבוססי פוליאמין (PPAs) הוא אתגר משמעותי בשל נוכחותם של nitrogens אמין מרובים, אשר דורשת שימוש מושכל של הגנה על קבוצות כדי להסוות את תגובתי פונקציות אלה. בנייר זה, אנו מתארים שיטה נתיישב עבור הכנת אלה סוג חדש של מולקולות וההספק עצמית.

פרוטוקול נתיישב לסינתזה של הרכבה עצמית מבוסס פוליאמין פפטיד חומרים פעילי שטח (PPAs), Biomaterials קשורים

פרוטוקול לסינתזה של 1, 2-dithiolane ששינה פפטיד ואפיון המבנים סופרא מולקולרית הנובע פפטיד הרכבה עצמית.

סינתזה ואפיון של 1, 2-Dithiolane ששינה פפטידים וההספק עצמית

ציסטאין עתירי פפטידים מקפלים לתוך מבנים תלת מימדיים נפרדות בהתאם שלהם קישוריות דיסולפידי. יישוב סינתזה של isomers דיסולפידי הפרט נדרש כאשר מאגר חמצון לא תוביל קישוריות דיסולפידי הרצוי. הפרוטוקול עוסק הסינתזה סלקטיבי של פפטידים 3 דיסולפידי-בונדד וניתוח מבניים שלהם באמצעות מחקרים NMR ו- MS/MS.

סינתזה וקביעת מבנה ממוצע-Conotoxin Isomers PIIIA עם Connectivities דיסולפידי שונים

פרוטוקול מוצג לסינתזה של תרופות מקודד מידע ועבור הרכבה עצמית מכוונת של הפטואידים האלה לתוך סולמות מולקולריים באמצעות אמינים ו-aldehydes כזוגות דינמיים בעלי הקשר הדינמי, לואיס חומצי נדיר-אדמה triflates מתכת כריאגנטים רב תפקידים.

סינתזה של מידע-מיסב פטואידים והרכבה עצמית בימוי דינמי

פרוטוקול זה מציג את הסינתזה של פפטידים מחזוריים באמצעות ביסלקילציה בין ציסטאין למתיונין ואת תגובת תיול-ין המופעלת על ידי מרכז פרופרגיל סולפוניום.

בניית פפטידים מחזוריים באמצעות מרכז סולפוניום על קשירה

למדו לסנתז ספריות קומבינטוריות של אמידות פפטיד טרציאריות (PTA) באמצעות אסטרטגיות split-and-pool ו-sub-monomer. שיטה זו מאפשרת סקרינינג בקנה מידה רחב לגילוי ליגנדים חדשים לפיתוח תרופות.

סינתזה מפוצלת וברכה ואפיון של הספרייה אמידה השלישון פפטיד

גלה סרטונים נוספים