Name: ניתוח של Enterocolitica Yersinia מפעיל טרנסלוקציה לתאי מארח שימוש בטא לקטמאז מפעיל Fusions (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-10-13T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 23 s
Description: למדו מדידת שחרור חלבוני אפקטור לתאי מארח ב-Yersinia enterocolitica באמצעות מערכת הפרשה מסוג III ומיקרוסקופיית לייזר סריקה. שיטת הבטא-לקטמאז מספקת כלי רגיש ומדויק לחקר מנגנוני מחלתיות חיידקיים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים לד"ר אנטוניו וירג'יליו פאילה על שסיפק את אלגוריתם כימות הרכישה של FRET ולארווין בון על אספקת המבנים pMK-bla ו-pMK-ova.

1. שיא פליטה וקביעת הצלב-שיחה (ראה גם איור 2) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> על מנת לקבוע את פסגות הפליטה וסכום של שיחה בין-בין התורם (V450 נגזר coumarin) וצבעים acceptor (העמסה), לבצע סריקות רפאים של תאים שכותרתו עם שני fluorophores הפרט ב 405 ננומטר עירור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לקבוע את רוחב פס של 10 ננומטר בשיא של כל צבע שישמש עבור ערוצי תורם acceptor (כאן 455-465 ננומטר ו525-535 ננומטר). העלילה העצמה המנורמלת על הגל ולחשב את האחוז הממוצע של הצטלבות של צבע התורם בערוץ acceptor ולהיפך (איור 2). </li></ol> 2. הכנה של י &#39; enterocolitica זנים לזיהום תרבית תאים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בזנים הבאים: WA-314 PMK-ביציות (WA-314 הפכו עם פלסמידים PMK-בלה 17 וPMK-ביציות 17, בהתאמה) וWA-314ΔYopE PMK-בלה (שר-המים314ΔYopE הפך עם פלסמיד PMK-בלה 17) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לפחות יומיים לפני י &#39;פס ההדבקה enterocolitica זני WA-314 PMK-ביציות, WA-314 PMK-בלה וWA-314ΔE PMK-בלה מקריו מניות על צלחות LB-אגר המכילות אנטיביוטיקה הנדרשת (kanamycin לWA-314 PMK-בלה וWA-314 PMK-ביציות ; Kanamycin וטטרציקלין לWA-314ΔE PMK-בלה) ולגדול O / N ב 27 מעלות צלזיוס. לאחר מכן לשמור את הצלחות לעד שבוע ב 4 ° C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יום אחד לפני ההדבקה לחסן 3 מיליליטר של LB-בינוני המכיל אנטיביוטיקה הנדרשת עם מושבה אחת של הזנים המתאימים ודגירת O / N ב 27 ° C שייקר ב 180 סל&quot;ד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ביום של זיהום לחסן 2 מיליליטר של O / תרבות N ל40 מיליליטר של LB-בינוני טרי ללא אנטיביוטיקה ודגירה של 90 דקות ב 37 מעלות צלזיוס שייקר ב 180 סל&quot;ד לגרום לביטוי של מערכת הפרשת הסוג השלישית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העבר את התרבויות לתוך צינור מתאים ולשמור על התרבויות על קרח או על 4 מעלות צלזיוסמעכשיו. צנטריפוגה התרבויות במשך 10 דקות בXG 5000 ו- 4 מעלות צלזיוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend גלולה חיידקים ב2-3 מיליליטר של קרח הקר PBS. לדלל את ההשעיה החיידקים בריכוז של 8 x 10 8 CFU / ml באמצעות ספקטרופוטומטר. לקבוע את הצפיפות האופטית המקבילה בנפרד. שמור השעיה זו על קרח עד הדבקת תאי הלה. </li></ol> 3. תאי ציפוי הלה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לפני זרע זיהום 1.5 x 10 4 תאי תאי הלה יום אחד בDMEM 200 μl סרום המכיל 10% חום מומת עגל עוברי (FCS) בבארות של צלחת גם 96 ולטפח ב5% CO 2 באינקובטור ב 37 מעלות צלזיוס. זרעי שלוש בארות עבור כל זן (שלוש פעמים דגירה שונות). </li></ol> 4. זיהום של תאי הלה וטעינה עם CCF4 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להדביק תאי הלה על ידי הוספת 3.5 μl של ההשעיה החיידקים לטווח הבינוני ולערבב בעדינות על ידי pipetting בינוני פעמיים. לאפשר לחיידקים למשקעים בלתאים במשרד פנים (מחצית מזיהום) של כ -100 חיידקים לכל תא. לקורס זמן להתחיל זיהומים ב-90 דקות, ודקות -60 דקות -30 ולדגור על 37 מעלות צלזיוס בחממה של 5% CO 2 עד 0 דקות כדי להשיג נקודת סיום משותפת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כאשר הדגירה תושלם, לשאוב בזהירות הבינוני מבלי להסיר תאי הלה ולהוסיף 50 μl של PBS המכיל 20 מיקרוגרם / מיליליטר chloramphenicol להפסיק ביטוי של effectors וprobenecid 2.5 מ&quot;מ להפחתת יצוא של CCF4. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בשלב זה להעביר את צלחת 96-היטב לבמת מיקרוסקופ ולהגדיר כתמים מתאימים לניתוח מאוחר יותר בכל טוב. לסיים שלב זה תוך 10 דקות (לפירוט ראה סעיף 5.1 רכישה). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בכל טוב, להוסיף 70 μl של פתרון CCF4 / טעינה בבוקר (פתרון 0.24 μl, פתרון B 1.2 μl, 18.56 μl C פתרון (פתרון, B, ו- C הניתן בערכה / טעינה בבוקר CCF4) ו -50 μl PBS (המכיל 20 מיקרוגרם / מיליליטר chloramphenicol ו -2.5 probenecid מ&quot;מ) באמצעות p רבipette דגירה במשך 5 דקות ב RT. מעתה והלאה עבודה ללא הפרעות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לשאוב את פתרון הטעינה ולהוסיף 100 של PBS μl המכיל 20 מיקרוגרם / מיליליטר chloramphenicol וprobenecid 2.5 מ&quot;מ באמצעות פיפטה רבת. לאחר מכן במהירות להעביר את צלחת 96 גם לבמת מיקרוסקופ ולהתחיל רכישה בתוך 10 דקות משאיפה של פתרון הטעינה. </li></ol> 5. סריקת הלייזר מיקרוסקופית וניתוח של נתונים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רכישת תמונה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדר את תנאי ההדמיה בדרך למקסם את סך ספירת הפוטון ולמזער phototoxicity, photobleaching והעירור צולב. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> במיקרוסקופ סריקת לייזר confocal מודרני, להשתמש אובייקטיבי מספרית גבוהה 20X טבילת צמצם, לפתוח את חריר הגלאי 2.5 יחידות אווריריות (כלומר חתך אופטי רחב,), לבחור רגישות גבוהה Gaasp גלאי עם ערוצי תורם acceptor בו זמנית פעילים, עומק 8 סיביות , ~ 750 גודל פיקסל ננומטר, מיצוע המסגרת של פי 3 וExcitדואר עם 10% מדיודת לייזר 405 ננומטר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להבטיח כימות נכון להגדיר את רווח הגלאי של שני הערוצים לאותו הערך ולהימנע מכל פיקסלים רוויים. שים לב: כאן, הרווחים נקבעו ל -150%. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ודא טבילה רציפה על ידי הפצה בינונית טבילה לתחתית הבארות, למשל עם מזרק 1 מיליליטר, ולהימנע מהשמנה של כל בועות אוויר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את האור המועבר ולמצוא שדה נציג של נוף בכל היטב. השתמש בשלב אוטומטי מכויל כראוי ולסמן את המיקום בתוכנה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר הסרת הצלחת לצביעה (ראה סעיף 4.3), הכנס שוב את הצלחת ולהוסיף משקל על עליון כדי למנוע סחף מוקדי. סקור את העמדות נשמרו עם מצב סריקת הלייזר ולהתאים את המיקוד ומיקום לרוחב כמו שצריך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדר את הזמן לשגות 2 דקות, את משך הזמן עד שעה 2 ולהתחיל רכישה. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כימות תמונה (דוגמאות תינתן לBitplane Softwהם כמו Imaris) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לייבא את בסיס הנתונים לתוכנה המאפשרת חישובים אריתמטיים של מטריצות פיקסל. לעשות זאת על ידי גרירה ושחרור של קובץ המקור המכיל את שני התורם וערוץ acceptor על סמל התוכנה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפחת את הרקע בשני הערוצים באמצעות אותו הקיזוז. כדי לעשות זאת, לחץ על תפריט ולאחר מכן לחץ על תמונה&gt; עיבוד&gt; Baseline חיסור. בחר כל ערוץ והזן את הערך הבסיסי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תקן את לדמם דרך ערוץ התורם (CH1) לערוץ acceptor (CH2) עם F נקבע מראש תיקון הגורם (ראה 1.1), יצירת ערוץ חדש: CH2 &#39;= CH2 - CH1 * F הערה: לדמם דרכו של acceptor לערוץ התורם לא הייתה לזיהוי על רמת הרעש. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על תפריט&gt; עיבוד תמונה&gt; ערוץ האריתמטיקה ולהיכנס ABS (ch2- (CH1 * 0.33)). לאחר מכן למחוק ערוץ 2 על ידי לחיצה על תפריט&gt; ערוך&gt; מחק ערוצים. ודא שלדמם דרך ערוץ acceptor תיקן נשאר כערוץ החדש 2. אופציונליים: שנה את צבע ערוץ מאפור לצבע המקורי על ידי לחיצה על תפריט&gt; מאפייני Edit&gt; תמונה. בחר ערוץ 4&gt; צבע&gt; צבע בסיס ממופה ולשנות אותו לדוגמה, ירוק. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יצירת ערוץ חדש עם הפעולה הבאה כדי לקבוע את מקדם סריג היחסי: CH3 CH2 = &quot;/ (CH1 CH2 + &#39;) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור לתפריט&gt; עיבוד תמונה&gt; ערוץ האריתמטיקה ולהיכנס CH2 ./ (CH1 CH2 +) </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להדמיה תקינה של ערוץ סריג בתמונה 8 סיביות, ליצור ערוץ רביעי: CH4 = 255 CH3 * <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור לתפריט&gt; עיבוד תמונה&gt; ערוץ האריתמטיקה ולהיכנס 255 CH3 *. שינוי צבע הערוץ על ידי לחיצה על תפריט&gt; מאפייני Edit&gt; תמונה. בחר 4&gt; קובץ ממופה ערוץ הצבע&gt; צבע שולחן&gt; Jet. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> החל מסנן חציון 3x3 לCH3 ערוצים וtha CH4לא יפחית את הרעש בתמונות. כדי לעשות זאת, לחץ על תפריט&gt; עיבוד תמונה&gt;&gt; סינון חציון החלקה. בחר בשני הערוצים ולהחיל גודל מסנן &quot;3x3x1&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לכימות של אותות סלולריים, לזהות את התאים בCH4 ידי הגדרה כראוי קיזוז ולסנן את המבנים לפי גודל שלא לכלול מבנים קטנים מדי. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר לעלות הצג ולחץ על הסמל &quot;הוסף משטחים חדשים&quot;. הגדר את הפרמטרים אלגוריתם זיהוי בחלון Surface. לעיבוד מהיר יותר, להפעיל את שתי תיבות סימון &quot;מגזר רק אזור של עניין&quot; ו- &quot;תמונה כל תהליך סוף סוף&quot;. הגדר את האזור של עניין על ידי עריכת ממדיו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר ערוץ 4 כערוץ המקור ולקבוע את הסף על ידי קביעת ערכי סף&gt; רקע חיסור (ניגודיות המקומית) ולהגדיר קוטר 10 מיקרומטר. הגדר את סף מינימום העצמה ידני ל0 ואת הסף המרבי להתעצם המרביטאי. סנן את המבנים על ידי אזור ולהגדיר את הערך המינימאלי לדוגמה, μm² 187. לסיים את זיהוי פני השטח. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחלץ את הערכים הממוצעים לעוצמת הקרינה תורם (CH1) ומקדם סריג יחסי (CH3) וסטיות התקן שלהם בישות הסלולרית. כדי לעשות זאת, ללכת למאפייני פני השטח. לשנות את המראה של המבנים על ידי בחירה&gt; משטח / איכות סגנון משטחים. בחר את כל המבנים על ידי לחיצה על כרטיסיית המסננים. לאחד את המבנים שזוהו על ידי הולך לתהליך בחירה&gt; לאחד. לייצא את הנתונים הסטטיסטיים משטח ל- MS Excel על-ידי לחיצה על הכרטיסייה בסטטיסטיקה&gt; סטטיסטיקה יצוא לקובץ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עלילה ערכים אלה לאורך זמן. זהה את מרווח 10 דקות של שיפוע המרבי של עליית הקרינה ערוץ תורם לכל מצב כפרמטר סביר לייצג את כמות מפעיל translocated. חשב את השיפוע כמטר = עוצמת הקרינה תורם Δ / שעת Δ (דקות). </li></ol></li&gt; </ol>

<ol><li>Galan, J. E., Lara-Tejero, M., Marlovits, T. C., Wagner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+Type+III+Secretion+Systems%3A+Specialized+Nanomachines+for+Protein+Delivery+into+Target+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial Type III Secretion Systems: Specialized Nanomachines for Protein Delivery into Target Cells.</a> Annu Rev Microbiol. 68, 415-438 (2014).</li>
<li>Aepfelbacher, M., Trasak, C., Ruckdeschel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effector+functions+of+pathogenic+Yersinia+species%5BTitle%5D)+AND+%22Thromb+Haemost%22%5BJournal%5D)">Effector functions of pathogenic Yersinia species.</a> Thromb Haemost. 98 (3), 521-529 (2007).</li>
<li>Heesemann, J., Sing, A., Trulzsch, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia%27s+stratagem%3A+targeting+innate+and+adaptive+immune+defense%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yersinia's stratagem: targeting innate and adaptive immune defense.</a> Curr Opin Microbiol. 9 (1), 55-61 (2006).</li>
<li>Viboud, G. I., Bliska, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+outer+proteins%3A+role+in+modulation+of+host+cell+signaling+responses+and+pathogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yersinia outer proteins: role in modulation of host cell signaling responses and pathogenesis.</a> Annu Rev Microbiol. 59, 69-89 (2005).</li>
<li>Dewoody, R. S., Merritt, P. M., Marketon, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+the+Yersinia+type+III+secretion+system%3A+traffic+control%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Infect+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Regulation of the Yersinia type III secretion system: traffic control.</a> Front Cell Infect Microbiol. 3, 10-3389 (2013).</li>
<li>Pettersson, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+virulence+factor+expression+by+pathogen+target+cell+contact%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Modulation of virulence factor expression by pathogen target cell contact.</a> Science. 273 (5279), 1231-1233 (1996).</li>
<li>Schweer, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cytotoxic+necrotizing+factor+of+Yersinia+pseudotuberculosis+%28CNFY%29+enhances+inflammation+and+Yop+delivery+during+infection+by+activation+of+Rho+GTPases%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">The cytotoxic necrotizing factor of Yersinia pseudotuberculosis (CNFY) enhances inflammation and Yop delivery during infection by activation of Rho GTPases.</a> PLoS Pathog. 9 (11), e1003746(2013).</li>
<li>Wolters, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytotoxic+necrotizing+factor-Y+boosts+Yersinia+effector+translocation+by+activating+Rac+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cytotoxic necrotizing factor-Y boosts Yersinia effector translocation by activating Rac protein.</a> J Biol Chem. 288 (32), 23543-23553 (2013).</li>
<li>Mejia, E., Bliska, J. B., Viboud, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+controls+type+III+effector+delivery+into+host+cells+by+modulating+Rho+activity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Yersinia controls type III effector delivery into host cells by modulating Rho activity.</a> PLoS Pathog. 4 (1), e3(2008).</li>
<li>Aili, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+Yersinia+Yop-effector+delivery+by+translocated+YopE%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Regulation of Yersinia Yop-effector delivery by translocated YopE.</a> Int J Med Microbiol. 298 (3-4), 183-192 (2008).</li>
<li>Gaus, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Destabilization+of+YopE+by+the+ubiquitin-proteasome+pathway+fine-tunes+Yop+delivery+into+host+cells+and+facilitates+systemic+spread+of+Yersinia+enterocolitica+in+host+lymphoid+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Destabilization of YopE by the ubiquitin-proteasome pathway fine-tunes Yop delivery into host cells and facilitates systemic spread of Yersinia enterocolitica in host lymphoid tissue.</a> Infect Immun. 79 (3), 1166-1175 (2011).</li>
<li>Nordfelth, R., Wolf-Watz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((YopB+of+Yersinia+enterocolitica+is+essential+for+YopE+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">YopB of Yersinia enterocolitica is essential for YopE translocation.</a> Infect Immun. 69 (5), 3516-3518 (2001).</li>
<li>Radics, J., Konigsmaier, L., Marlovits, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+a+pathogenic+type+3+secretion+system+in+action%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Structure of a pathogenic type 3 secretion system in action.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (1), 82-87 (2014).</li>
<li>Sory, M. P., Cornelis, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translocation+of+a+hybrid+YopE-adenylate+cyclase+from+Yersinia+enterocolitica+into+HeLa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Translocation of a hybrid YopE-adenylate cyclase from Yersinia enterocolitica into HeLa cells.</a> Mol Microbiol. 14 (3), 583-594 (1994).</li>
<li>Schlumberger, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+imaging+of+type+III+secretion%3A+Salmonella+SipA+injection+into+host+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Real-time imaging of type III secretion: Salmonella SipA injection into host cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (35), 12548-12553 (2005).</li>
<li>Charpentier, X., Oswald, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+the+secretion+and+translocation+domain+of+the+enteropathogenic+and+enterohemorrhagic+Escherichia+coli+effector+Cif%2C+using+TEM-1+beta-lactamase+as+a+new+fluorescence-based+reporter%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Identification of the secretion and translocation domain of the enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli effector Cif, using TEM-1 beta-lactamase as a new fluorescence-based reporter.</a> J Bacteriol. 186 (16), 5486-5495 (2004).</li>
<li>Koberle, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+enterocolitica+targets+cells+of+the+innate+and+adaptive+immune+system+by+injection+of+Yops+in+a+mouse+infection+model%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Yersinia enterocolitica targets cells of the innate and adaptive immune system by injection of Yops in a mouse infection model.</a> PLoS Pathog. 5 (8), e1000551(2009).</li>
<li>Geddes, K., Cruz, F., Heffron, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+cells+targeted+by+Salmonella+type+III+secretion+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Analysis of cells targeted by Salmonella type III secretion in vivo.</a> PLoS Pathog. 3 (12), e196(2007).</li>
<li>Marketon, M. M., DePaolo, R. W., DeBord, K. L., Jabri, B., Schneewind, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plague+bacteria+target+immune+cells+during+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Plague bacteria target immune cells during infection.</a> Science. 309 (5741), 1739-1741 (2005).</li>
<li>Mills, E., Baruch, K., Aviv, G., Nitzan, M., Rosenshine, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+of+the+type+III+secretion+system+activity+of+enteropathogenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Dynamics of the type III secretion system activity of enteropathogenic Escherichia coli.</a> MBio. 4 (4), (2013).</li>
<li>Mills, E., Baruch, K., Charpentier, X., Kobi, S., Rosenshine, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+analysis+of+effector+translocation+by+the+type+III+secretion+system+of+enteropathogenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">Real-time analysis of effector translocation by the type III secretion system of enteropathogenic Escherichia coli.</a> Cell Host Microbe. 3 (2), 104-113 (2008).</li>
<li>Heesemann, J., Laufs, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+a+mobilizable+Yersinia+enterocolitica+virulence+plasmid%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Construction of a mobilizable Yersinia enterocolitica virulence plasmid.</a> J Bacteriol. 155 (2), 761-767 (1983).</li>
<li>Zumbihl, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cytotoxin+YopT+of+Yersinia+enterocolitica+induces+modification+and+cellular+redistribution+of+the+small+GTP-binding+protein+RhoA%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">The cytotoxin YopT of Yersinia enterocolitica induces modification and cellular redistribution of the small GTP-binding protein RhoA.</a> J Biol Chem. 274 (41), 29289-29293 (1999).</li>
</ol>

המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים פיננסיים מתחרים.

אנחנו כאן מיושמים בהצלחה מבוססת assay כתב בטא לקטמאז TEM-1 לניתוח כמותי של טרנסלוקציה מפעיל על ידי י &#39; enterocolitica. וריאציות שונות של טכניקה רגישה, ספציפית ופשוטה יחסית זו תוארו בספרות. במחקר זה מיקרוסקופ סריקת לייזר נערך לגילוי רגיש והמדויק ביותר של אותות הקרינה. באופן ספציפי את התיקון להצטלבות בין צבעי תורם acceptor ורוחביים פס גילוי בנפרד להתאמה מאפשר דיוק מעולה של מדידה בהשוואה לגרסות אחרות של השיטה. התוצאות מראות בבירור כי השיטה היא מסוגלת כמותית ניתוח טרנסלוק...

III מערכות הפרשת סוג מכונות חלבון-יצוא מיוחד מנוצל על ידי genera של חיידקי גרם שלילי לספק ישירות חלבוני מפעיל מקודדים bacterially לתאי יעד האיקריוטים שונה. בעוד מכונות ההפרשה עצמו שמור ביותר, סטים מיוחדים של חלבוני מפעיל התפתחו בין מיני חיידקים השונים כדי לתפעל מסלולי איתות תאיים ולהקל אסטרטגיות אלימות חיידקים ספציפיות 1. במקרה של Yersinia, עד שבעה חלבוני מפעיל, (חלבונים חיצוניים Yersinia) Yops שנקרא, הם translocated במגע תא מארח ולפעול יחד כדי לחתור תחת תגובות תא חיסון כגון ייצור phagocytosis וציטוקינים, כלומר, כדי לאפשר הישרדות תאית של החיידקים 2-4. התהליך של טרנסלוקציה נשלט בחוזקה בשלבים שונים 5. הוא קבע כי הפעלה ראשונית של T3SS מופעלת על ידי המגע שלה ליעד לספירהLL 6. עם זאת, המנגנון המדויק של חניכה זו הוא עדיין לא הובהר. בYersinia רמה שנייה של מה שנקרא כוונון עדין של טרנסלוקציה מושגת על ידי למעלה או פעילות של חלבוני Rho GTP מחייב Rac1 הסלולריים או RhoA ויסות כלפי מטה. הפעלה של Rac1 למשל על ידי גורם necrotizing invasin או ציטוטוקסיות Y (CNF-Y) מובילה לטרנסלוקציה עלתה 7-9, ואילו הפער (GTPase הפעלת חלבון) פונקציה של YopE translocated מסדירה את הפעילות-Rac1 ובהתאם יורד טרנסלוקציה ידי סוג משוב שלילי של מנגנון 10,11. שיטות תקפות ומדויקות הן התנאי ההכרחי כדי לחקור כיצד טרנסלוקציה מוסדרת במהלך האינטראקציה תא המארח Yersinia. מערכות רבות ושונות המשמשות למטרה זו, כל אחד עם יתרונות וחסרונות מסוימים. גישות יש להסתמך על תמוגה של תאים נגועים אך לא חיידקים על ידי חומרי ניקוי שונים ואחריו ניתוח כתם מערבי. החסרון משותף דואר של שיטות אלה הוא שתמוגה חיידקי קטין אך בלתי נמנעת שעלולה מזהמת את lysate התא עם הקשורים חיידקי חלבוני מפעיל. עם זאת, טיפול בתאים עם K proteinase להשפיל חלבוני מפעיל תאיים והשימוש הבא של digitonin לתמוגה סלקטיבית של התאים האיקריוטים הוצעו כדי למזער בעיה זו 12. חשוב לציין, מבחני אלה תלויים באופן מכריע על נוגדנים נגד מפעיל באיכות גבוהה, שהם בעיקר לא זמינים באופן מסחרי. ניסיונות להשתמש שילובי translational של חלבוני מפעיל וחלבוני ניאון כמו GFP לעקוב אחר טרנסלוקציה לא היו מוצלחים ככל הנראה בשל המבנה הכדורי שיישונים של חלבוני הניאון וחוסר היכולת של מנגנון ההפרשה להתפתח לפני ההפרשה 13. עם זאת תחום, כמה תגי כתב שונים כמו cya (cyclase adenylate calmodulin תלוי) של רעלן שעלת Bordetella cyclolysin 14 או פלאשתג שימש בהצלחה לניתוח טרנסלוקציה. בassay לשעבר הפעילות האנזימטית של cya משמשת כדי להגביר את האות של חלבון ההיתוך תאיים, ואילו תג פלאש, תג מוטיב tetracysteine ​​קצר מאוד (4Cys), מאפשר לתיוג עם פלאש הצבע biarsenical מבלי להפריע לתהליך של הפרשה 15. הגישה מיושמת כאן דווחה לראשונה על ידי שרפנטייה et al., והוא מבוסס על ההמרה תאית של CCF4 צבע תהודת העברת אנרגיית פורסטר (סריג) על ידי שילובי translocated מפעיל TEM-1 בטא לקטמאז 16 (איור 1 א). CCF4 / AM הוא תרכובת תא-permeant בי נגזר coumarin (תורם) ומחצית העמסה (acceptor) צמודות על ידי ליבת צפלוספורין. עם הכניסה פסיבית לתוך התא אוקריוטים, לא פלורסנט אסטרי מתחם CCF4 / AM מעובד על ידי esterases הסלולרי לCCF4 הטעון וניאון ולכודים ובכךבתוך התא. עירור של מחצית coumarin ב 405 ננומטר תוצאות בסריג למחצית והעמסת, אשר פולטת אותות הקרינה ירוקים ב530 ננומטר. לאחר המחשוף של ליבת צפלוספורין ידי סריג בטא לקטמאז מופר ועירור של מחצית coumarin מוביל לפליטת הקרינה הכחולה at460 ננומטר. יישומים שונים של שיטה זו תוארו בספרות הדגשה צדדיות שלה. השיטה מאפשרת ניתוח של טרנסלוקציה במבחנה וגם בin vivo, למשל, את הטכניקה הייתה בשימוש במודל זיהום עכבר כדי לזהות את אוכלוסיות יקוציט ממוקדות עבור טרנסלוקציה in vivo 17-19. קריאת נתונים של אותות ניתן לבצע באמצעות קוראי צלחת, ניתוח FACS או מיקרוסקופ פלואורסצנטי. ראוי לציין, השיטה מספקת גם את האפשרות לעקוב אחר טרנסלוקציה בזמן אמת על ידי מיקרוסקופ לחיות התאים במהלך 20,21 תהליך ההדבקה. כאן מיקרוסקופ פלואורסצנטי סריקת הלייזר יושם לreadouלא של אותות הקרינה כפי שהוא מספק רגישות ודיוק הגבוהות ביותר. בפרט, את היכולת להתאים את חלון הפליטה עם דיוק ננומטר בשילוב עם גלאים גבוהים רגישים מקל מותאמת גילוי הקרינה ולמזער הצטלבות. בנוסף התקנת מיקרוסקופיה זה יכולה להיות מותאם לניטור של טרנסלוקציה בזמן אמת ובאופן פוטנציאלי מאפשרת לניתוח בו זמני של אינטראקציה מארח הפתוגן ברמה התאית. בשיעורי טרנסלוקציה מחקר זה של י &#39; זן enterocolitica פראי סוג ומוטצית מחיקת YopE מציגה פנוטיפ hypertranslocator 10,11 נותחו exemplarily.

<table><tbody><tr><td>LB-אגר</td><td>רוט</td><td>X969.2</td><td></td></tr><tr><td>LB-בינוני</td><td>רוט</td><td>X968.2</td><td></td></tr><tr><td>דולבקו' s פוספט חוצץ</td><td>מלח Sigma-Aldrich</td><td>D8662-500ML</td><td></td></tr><tr><td>צלחת 96 בארות (שחורה, תחתית שקופה)</td> <td>Greiner Bio One</td><td>655087</td><td></td></tr><tr><td>DMEM, גלוקוז גבוה, תוסף GlutaMAX, פירובט</td><td>Gibco/Life Technologies</td><td>31966-047</td><td></td></tr><tr><td>Probenecid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P8761-25G</td><td></td></tr><tr><td>ערכת טעינה של LiveBLAzer FRET-B/G עם CCF4-AM</td><td>Life Technologies</td><td>K1095</td><td></td></tr><tr><td>לקטין מ-Triticum vulgaris (חיטה) מצומד FITC</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L4895</td><td>משמש לקביעת שיא פליטה ודיבור צולב</td></tr><tr><td>V450 Rat Anti-Mouse CD8a</td><td>BD Bioscience</td><td>560469</td><td>משמש לפליטת שיא וקביעת הצלבה</td></tr><tr><td>שמן טבילה Immersol W&nbsp;</td><td>Zeiss</td><td>444969-0000-000</td><td>מקדם שבירה = 1.3339 @ 23 &deg; </td></tr><tr><td>C TCS SP5 II מיקרוסקופ סריקת לייזר קונפוקלי</td><td>Leica מיקרו-מערכות</td><td></td><td>2x גלאי GaAsP-Hybrid, ספקטרומטר 4 ערוצים, מפצל קרן אופטי acusto, שלב XY ממונע, חור מתכוונן, אובייקטיבי 20X HC PL APO CS IMM/CORR, 405&#160; לייזר דיודה NM 50&#160; mW</td></tr><tr><td>Imaris 7.6 תוכנה</td> תוספי <td>Bitplane</td><td></td><td>כללו ImarisXT ו-MeasurementPro</td></tr><tr><td>MatLab מהדר זמן ריצה</td><td></td> תוכנת <td></td> MathWorks <td></td></tr><tr><td>Prism 5</td><td>GraphPad</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

ניתוח של<em&gt; enterocolitica yersinia</em&gt; מפעיל טרנסלוקציה לתאי מארח שימוש בטא לקטמאז מפעיל fusions

Analysis of Yersinia enterocolitica Effector Translocation into Host Cells Using Beta-lactamase Effector Fusions

חיידקי גרם שלילי רבים, כולל spp Yersinia פתוגניים. להעסיק סוג שלישי מערכות הפרשה לtranslocate חלבוני מפעיל לתאי יעד האיקריוטים. בתוך התא המארח חלבוני מפעיל לתפעל פונקציות סלולריות לטובת החיידקים. כדי להבין את השליטה של ​​הפרשת III הסוג במהלך אינטראקציה תא מארח, רגישה ומבחנים מדויקים יותר למדידת טרנסלוקציה נדרשים. אנחנו כאן לתאר את היישום של assay המבוסס על השילוב של שבר חלבון מפעיל Yersinia enterocolitica (חלבון החיצוני Yersinia; YopE). עם TEM-1 בטא לקטמאז לניתוח כמותי של טרנסלוקציה assay מסתמך על מחשוף של תא permeant סריג צבע (CCF4 / AM) על ידי היתוך בטא לקטמאז translocated. לאחר המחשוף של ליבת צפלוספורין של CCF4 ידי בטא לקטמאז, סריג מcoumarin להעמסה מופרת והעירור של מחצית coumarin מוביל לפליטת הקרינה כחולה.יישומים שונים של שיטה זו תוארו בספרות הדגשה צדדיות שלה. השיטה מאפשרת ניתוח של טרנסלוקציה במבחנה וגם בin vivo, למשל, במודל של עכברים. זיהוי של אותות הקרינה יכול להתבצע באמצעות קוראי צלחת, ניתוח FACS או מיקרוסקופ פלואורסצנטי. בהתקנה המתוארת כאן, בטרנסלוקציה מבחנה של שילובי מפעיל לתאי הלה על ידי מוטציות Yersinia שונות מנוטר על ידי מיקרוסקופ סריקת לייזר. הקלטת המרה תאית של כתב סריג על ידי היתוך מפעיל בטא לקטמאז בזמן אמת מספקת תוצאות כמותיות חזקות. אנחנו כאן להראות נתונים למופת, מדגימים טרנסלוקציה המוגברת על ידי י &#39; המוטציה enterocolitica YopE בהשוואה לזן מהסוג בר.

כדי להדגים את היכולת של השיטה המתוארת לנתח טרנסלוקציה מפעיל לתאי יעד כמותית, שני זני Yersinia עם קינטיקה טרנסלוקציה שונה נחקרו: י &#39; זן enterocolitica סוג בר WA-314 (serogroup O8, מחסה פלסמיד הארסיות 22 pYVO8) וWA-314ΔYopE (WA-314 מחסה pYVO8ΔYopE 23) הנגזרים שלה. העבודה קודמת הראתה כי י &#39; מוטציות enterocolitica חסרות תערוכת YopE פונקציונלית טרנסלוקציה שיעור יופ גבוה באופן משמעותי 10. שני הזנים הפכ...

טרנסלוקציה של אפקטור לתאי מארח באמצעות מערכת הפרשה מסוג III היא אסטרטגיית אלימות נפוצה בקרב חיידקים גרם שליליים. יושם מבחן מבוסס היתוך אפקטור בטא-לקטמאז לניתוח כמותי של טרנסלוקציה. בתאים נגועים בירסיניה, ההמרה של מדווח FRET על ידי הבטא-לקטמאז מנוטרת באמצעות מיקרוסקופ סריקת לייזר.

ניתוח של<em&gt; Enterocolitica Yersinia</em&gt; מפעיל טרנסלוקציה לתאי מארח שימוש בטא לקטמאז מפעיל Fusions

Many gram-negative bacteria including pathogenic Yersinia spp. employ type III secretion systems to translocate effector proteins into eukaryotic target ...

המטרה הכוללת של הניסוי הבא היא למדוד טרנסלוקציה של חלבוני אפקטור לתאי מאכסן באמצעות מערכת הפרשה מסוג III של Yersinia. זאת מושגים על ידי דגירה של תאי HeLa עם מוטנטים של Yersinia המבטאים חלבוני אפקטור המהווים איחויים (fusions) עם TEM-1 beta-lactamase, כדי לאפשר טרנסלוקציה של איחויי האפקטור לתאי HeLa. כשלב שני, תאי HeLa המודבקים נטענים בתרכובת דווח FRET חודרת תאים, אשר מעובדת על ידי אסטראז תאי ל-CCF4 פלואורסצנטי טעון ובכך נלכדת בתוך התא.שסוע נוסף של CCF4 על ידי ה-beta-lactamase שהועבר לצד השני מוביל לפירוק של fre, אשר נרשם באמצעות מיקרוסקופיית סריקה בלייזר כדי לנתח את עוצמות הפלואורסצנציה של התורם והמקבל. התוצאות מראות כמויות שונות של איחוי effector TEM1 beta lactamase שהועבר, בהתבסס על קינטיקה שונה של עליית הפלואורסצנציה של התורם. אחד היתרונות המרכזיים של טכניקה זו על פני שיטות קיימות הוא שהעיבוד הבין-תאי של תרכובת CCF4 מספק כלי ספציפי ורגיש ביותר למדידת טרנסלוקציה.השיטה יכולה לסייע במתן תשובות לשאלות מפתח בתחום הפתוגנזה הבקטריאלית, כגון האופן שבו התעתוק (translocation) מכוונן באופן מדויק במהלך האינטראקציה בין חיידקים לתאי המאכסן. יום אחד לפני ההדבקה, זרעו בתוך שלושה מבחנות נפרדות המכילות 3 mL של מצע LB ואת האנטיביוטיקה הנדרשת, מושבה אחת מכל אחד מזני ה-Y. enterocolitica שהועברו (transformed) והוכנו כפי שמתואר בפרוטוקול הטקסט המצורף. כמו כן, הכינו צלחות המכילות תאי HeLa ביום שלפני ההדבקה על ידי זריעת 15,000 תאים ב-200 µL של מצע תרבית לתוך תשעה בארות של פלטת 96 בארות; דגרו את התאים באינקובטור עם 5% CO2 בטמפרטורה של 37 °C ביום ההדבקה.העבירו שני מיליליטר של תרבית הלילה אל 40 מיליליטר של מצע LB טרי ללא אנטיביוטיקה. דגרו את החיידקים במשך 90 דקות בטמפרטורה של 37 °C בשייקר במהירות של 180 RPMs. פעולה זו תגרום לביטוי של מערכת הפרשה מסוג III; לאחר 90 דקות, העבירו את התרביות למבחנה נקייה ושמרו אותן על קרח.מהשלב זה ואילך, סבב את התרביות בצנטריפוגה למשך 10 דקות ב-5,000 G ובטמפרטורה של ארבע מעלות צלזיוס כדי לשקע את החיידקים. לאחר מכן, השעה מחדש את המשקע בשני עד שלושה מיליליטרים של PBS קר מאוד, דלל את תרחיף החיידקים לריכוז של 800 מיליון יחידות יוצרות מושבה למיליליטר, והנח את התרביות על קרח.לאחר מכן, קבעו את הצפיפות האופטית המתאימה של כל תרבית. הוסיפו 3.5 µL של תרחיף החיידקים מכל זן לבארות שונות של פלטת 96 הבארות שהוכנה, וערבבו על ידי פיפוט עדין של המצע פעמיים; אפשרו לחיידקים לשקוע על התאים בריבוי זיהום (MOI) של כ-100 חיידקים לתא.בצעו סדרת מדידות לאורך זמן על ידי התחלת זיהומים במרווחים של 30 דקות, תוך שמירת התאים בתא עם 5%CO2 בטמפרטורה של 37 degrees Celsius. לאחר כל זיהום, 90 דקות לאחר הזיהום הראשון, שאבו בזהירות את המצע ללא הסרה של תאי ה-hela. לאחר מכן, הוסיפו 50 µL של PBS המכיל 20 µg/mL chloramphenicol ו-2.5 mM pronic.פעולה זו תעצור את ביטוי האפקטורים ותפחית את ייצוא ה-CCF four. כדי להכין את הדגימה למיקרוסקופיה, הבטיחו טבילה רציפה על ידי פריסת תוכה של תמיסות טבילה לתחתית הבארות, באמצעות מזרק של one milliliter. הימנעו מלכוד בועות אוויר בתוך תמיסות הטבילה.לאחר מכן, העבירו את פלטת 96 הבארות אל במה המיקרוסקופ ואתרו נקודות מתאימות לניתוח מאוחר יותר בכל בארה. השלימו שלב זה בתוך 10 דקות. לאחר מכן, הוסיפו 70 µL של תמיסת טעינה CF 4:00 AM לכל אחת.דגרו את הפלטה למשך חמש דקות בטמפרטורת החדר. לאחר מכן, שאבו את תמיסת הטעינה והוסיפו 100 µL של PBS המכיל 20 µg/mL chloramphenicol ו-2.5 mM pronic. לאחר מכן, התחילו במהירות במיקרוסקופיה.הצב עדשת שיקוע עם מפתח מספרי גבוה והגדלה של 20x במקומה, פתח את חור הפין (pinhole) של הגלאי ל-2.5 יחידות איירי (airy units) והעבר את פלטת 96 הבארות לבמה של המיקרוסקופ הקונפוקלי לסריקת לייזר. לאחר מכן, בחר גלאי גליום ארסניד פוספט (GaAsP) בעלי רגישות גבוהה עם ערוצי תורם ומקבל פעילים בו-זמנית. הגדר עומק ביטים של שמונה, ממוצע של שלושה פריימים (frame averaging), ועורר באמצעות 10% מלייזר דיודה של 405 ננומטר.כדי להבטיח כימות נכון, הגדירו את הגבּר (gain) של הגלאי בשני הערוצים לאותו ערך והימנעו מפיקסלים רווים. לאחר מכן, הפעילו את האור המועבר ובדקו שוב את שדות הראייה המייצגים בכל באר, כווןו והגדירו מחדש את המיקומים לפי הצורך באמצעות במה אוטומטית מכוילת. לבסוף, הגדירו את מרווחי הזמן (time lapse) לשתי דקות, את משך הזמן לשעתיים, והתחילו ברכישת התמונות.לאחר רכישת התמונות, ייבאו את מערך הנתונים לתוכנה המאפשרת חישובים אריתמטיים של מטריצות פיקסלים. החסירו את הרקע בשני הערוצים באמצעות אותה השהיה (offset) על ידי לחיצה תחילה על התפריט (menu), מעבר לעיבוד תמונה (image processing) ובחירה בהסרת קו בסיס (baseline subtraction). לאחר מכן, בחרו בכל ערוץ והזינו את ערך קו הבסיס.תקנו את חדירת האור (bleed through) של ערוץ התורם, ערוץ 1, אל ערוץ המקבל, ערוץ 2, באמצעות מקדם התיקון שנקבע מראש, וצרו לשם כך ערוץ חדש, ערוץ 2 פריים. לחצו על התפריט ולאחר מכן בחרו ב-image processing, ואחריו ב-channel Arithmetics, והזינו את הערך המוחלט של ערוץ 2 פחות 0.33 כפול ערוץ 1. לאחר מכן, מחקו את ערוץ 2 וודאו שערוץ המקבל המתוקן מחדירת האור נשאר כערוץ 2 החדש.לאחר מכן, צור ערוץ חדש באמצעות הפעולה המוצגת כאן כדי לקבוע את מקדם ה-fret היחסי. כעת, חזור לתפריט החשבון של הערוצים והזן ערוץ שתיים חלקי ערוץ אחת פלוס ערוץ שתיים, לצורך ויזואליזציה נכונה של ערוץ ה-fret. בתמונה של שמונה ביטים, צור ערוץ רביעי, ערוץ ארבע, ששווה ל-255 כפול ערוץ שלוש.שנו את צבע הערוץ על ידי מעבר לתפריט מאפייני התמונה (image properties), בחרו בערוץ ארבע, לאחר מכן ב-mapped color, ואז ב-color table file, ובחרו ב-jet. לאחר מכן, השלימו סינון חציוני (median filter) של 3x3 עבור ערוצים שלוש וארבע. פעולה זו תפחית את הרעש בתמונות על ידי כניסה לתפריט עיבוד התמונה (image processing) ובחירה ב-smoothing.לאחר סינון חציוני (median filter), בחר את שני הערוצים והחל מסנן בגודל של שלוש על שלוש על אחת לצורך כימות אותות תאיים. זהה את התאים בערוץ ארבע על ידי בחירה ב-surpass view ולחיצה על הסמל. הוסף משטחים חדשים.הגדירו את פרמטרי אלגוריתם הזיהוי בחלון השטח והפעילו את שתי תיבות הסימון. בצעו סגמנטציה רק לאזור העניין ועבדו את התמונה כולה. לבסוף, הגדירו את אזור העניין על ידי עריכת מימדיו.בחר בערוץ ארבע כערוץ המקור וקבע את הסף על ידי מעבר לתפריט סף (thresholding) ובחירה בהפחתת רקע (background subtraction). הגדר את הקוטר ל-10 micrometers, את סף העוצמה המינימלית ידנית לאפס ואת הסף המקסימלי לעוצמה מקסימלית. סנן את המבנים לפי שטח והגדר את הערך המינימלי ל-187 square micrometers.לאחר מכן, השלימו את זיהוי השטח. לבסוף, חלצו את ערכי הממוצע עבור עוצמת הפלואורסצנציה של התורם בערוץ אחד ואת מקדם ה-fret היחסי בערוץ שלוש, יחד עם סטיות התקן שלהם בישות התאית. כדי להדגים את יכולתה של שיטה זו לנתח כמותית את התעתוק של האפקטור לתאי מטרה, נבחנו שני זנים של yersinia בעלי קינטיקות תעתוק שונות, תוך שימוש הן בפלואורסצנציה של התורם והן במקדמי fret יחסיים.התאים המודבקים מסוג הבר (wild-type) מראים עלייה בעוצמת הפלואורסצנציה לאורך זמן. כצפוי, השיפוע המקסימלי של עוצמת הפלואורסצנציה נמצא במתאם חיובי עם משך ההדבקה, מה שמעיד על כך שניתן להבחין בין ריכוזים שונים של בטא-לקטאמז מתורגם בהתאם למחקרים קודמים. תאים שהודבקו עם מוטנט המחיקה של yersinia YOPE מראים עלייה מהירה יותר בעוצמת הפלואורסצנציה בהשוואה לזן הבר.מעניין לציין כי הארכת הזיהום ל-90 דקות לא האיצה עוד יותר את עליית הפלואורסצנציה של התורם בהשוואה ל-60 דקות של זיהום. בעת ביצוע פרוצדורה זו, חשוב לזכור כי העיבוד של תרכובת ה-CCR four מתחיל מיד לאחר הוספתה. לכן, חשוב להתחיל ברכישת הדמויות בזמן.

analysis-yersinia-enterocolitica-effector-translocation-into-host

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

דיווחנו לאחרונה גישה חדשנית להפקת בדיקות DNAzyme fluorogenic כי ניתן להחיל על הקמת פשוט, "תמהיל-and-לקרוא" assay ניאון לגילוי חיידקי. אלו בדיקות דנ"א מיוחד לזרז את המחשוף של מצע ה-DNA-RNA-chromophore שונה chimeric בנוכחות תערובת תאי גולמי (CEM) המיוצר על ידי חיידק מסוים, ובכך לתרגם את גילוי החיידק לדור אותות הקרינה. בדוח זה נתאר את הליכי הניסוי העיקריים שבהם בדיקה DNAzyme מסוים כונה "RFD-EC1" מועסק לצורך זיהוי של החיידק...

זיהוי של חיידקים באמצעות DNAzymes Fluorogenic

מאמר זה מדגים את השימוש בתיוג רדיו רודף דופק בשילוב עם קישור פוטו-צולב ספציפי לאתר כדי לנטר אינטראקציות בין חלבון מעניין לגורמים אחרים ב-E. coli. בניגוד לשיטות הצלבה כימיות מסורתיות, גישה זו מייצרת "תמונות" ברזולוציה גבוהה של מסלול הרכבה מסודר בתא חי.

ניטור העצרת של מופרש בקטריאלי ארסי פקטור שימוש Crosslinking אתר ספציפי

sp Enterobacter. YSU גדל במדיום מלחים מינימאליים של גלוקוז. Auxotrophs מופקים על ידי הפיכתה עם transposome שמכניס את עצמו באופן אקראי לגנום המארח. מוטציות נמצאות על ידי ציפוי העתק מבינוני מורכבת עד בינוני מינימאלי. גנים נקטעו מזוהים על ידי הצלת גן ורצף.

דור של Enterobacter Sp. YSU Auxotrophs שימוש transposon mutagenesis

אלקטרופורציה שימשה להחדרת חלבוני אפקטור אלימות חיידקים מטוהרים ישירות לתאים אוקריוטיים חיים. לוקליזציה של חלבונים נוטרה על ידי מיקרוסקופיה אימונופלואורסצנטית קונפוקלית. שיטה זו מאפשרת מחקרים על סחר, תפקוד ואינטראקציות חלבון-חלבון באמצעות חלבונים אקסוגניים פעילים, ומונעת את הצורך בביטוי הטרולוגי בתאים אוקריוטיים.

Electroporation של effectors בקטריאלי פונקציונלי לתאי יונקים

השיטה המתוארת כאן משמשת לגרימת מפל האיתות האפופטוטי בשלבים מוגדרים על מנת לנתח את הפעילות של חלבון אפקטור חיידקי אנטי-אפופטוטי. שיטה זו יכולה לשמש גם לביטוי השראה של חלבונים פרו-אפופטוטיים או רעילים, או לניתוח הפרעות עם מסלולי איתות אחרים.

יישום מערכת ביטוי עין מתנהלת לחקר הפרעות של גורמים בקטריאלי ארסיות עם איתות תאיים

חוקר את יחסי הגומלין בין חיידקים פתוגנים מארחיהם הוא אזור חשוב של מחקר ביולוגי. כאן אנו מתארים טכניקות צורך למדוד טרנסלוקציה מפעיל ידי burnetii Coxiella במהלך להשתקת גנים siRNA שימוש המצע כלאם.

החלת העברת אנרגית תהודת קרינה (סריג) לבחינת יעילות טרנסלוקציה מפעיל ידי<em&gt; Burnetii Coxiella</em&gt; במהלך siRNA השתקה

חלבונים מפעיל בקטריאלי חשובים לקביעת זיהומים מוצלחים. פרוטוקול זה מתאר את זיהוי ניסיוני של שותפים מחייבים חלבוניים של חלבון מפעיל חיידקים המארחים הצמח הטבעי שלה. זיהוי אינטראקציות מפעיל אלה באמצעות השנייה היברידי מסכי שמרים הפך לכלי חשוב נפרם אסטרטגיות פתוגניות מולקולריות.

Unravelling תפקידו של מפעיל בקטריאלי מ פתוגן צמחים ללא לעיבוד בעזרת שמרי מסך דו-היברידי

גישות מבוססות חלבון פלואורסצנטי לפקח effectors מופרש על ידי חיידקים לתוך התאים המארחים הם מאתגרים. זאת בשל בעיית אי התאימות בין חלבונים פלורסנט ומערכת ההפרשה סוג-III. כאן, מערכת ה-GFP פיצול ממוטב superfolder משמש עבור ויזואליזציה של effectors מופרש על ידי חיידקים לתוך התא הצמח הפונדקאי.

מערכת חלבון פלואורסצנטי ירוק לדמיין Effectors מועברת בין חיידקים במהלך זיהום

כאן אנו מציגים פרוטוקול עבור השימוש קיימות מגירות עמידות לאנטיביוטיקה מחיקה בונה כבסיס ליצירת מוטציות מחיקה זנים אחרים e. coli . מוטציות מחיקה כאלה יכולים להיות גייסה ונוסף מיקומה המקביל של זן נמען באמצעות התמרה חושית bacteriophage P1.

הפקת ג'ין מחיקות ב- Escherichia coli מאת P1 התמרה חושית עם קלטות עמידות לאנטיביוטיקה ניתן לניתוח

מאמר זה מספק פרוטוקול פשוט וברור לסימון אפקטורים המופרשים בסלמונלה באמצעות אתר הרחבת קוד גנטי (GCE) ספציפי ותמונה של לוקליזציה תת-תאית של חלבונים המופרשים בתאי HeLa באמצעות מיקרוסקופ שחזור אופטי סטוכסטי ישיר (dSTORM)...

הדמיה ברזולוציית על של חלבונים המופרשים על ידי חיידקים באמצעות הרחבת קוד גנטי

למדו מדידת שחרור חלבוני אפקטור לתאי מארח ב-Yersinia enterocolitica באמצעות מערכת הפרשה מסוג III ומיקרוסקופיית לייזר סריקה. שיטת הבטא-לקטמאז מספקת כלי רגיש ומדויק לחקר מנגנוני מחלתיות חיידקיים.

ניתוח של

גלה סרטונים נוספים