Name: ביולוגית מערכות ויסות חילוף חומרים על ידי איתות קולטן אסטרוגן לסרטן השד (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-03-17T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 36 s
Description: חקור ויסות מטבולי של קולטן אסטרוגן אלפא בסרטן שד באמצעות ניתוח אינטגרטיבי של תמונת גנים ומטבוליטים. שיטה זו מספקת תובנות לגבי מנגנוני תוקפנות תאית ומטרות תרפויטיות חדשות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי תרומות של המכון הלאומי המזון והחקלאות, משרד החקלאות של ארה&quot;ב, פרס ILLU-698-909 (ZME) ופייזר, Inc (ZME). תוך הם באחריות בלעדית של הכותבים ואינם מייצגים בהכרח את הדעות הרשמיות של משרד החקלאות האמריקאי.

<ol><li>Hamilton, K. J., Arao, Y., Korach, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estrogen+hormone+physiology%3A+reproductive+findings+from+estrogen+receptor+mutant+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Reprod+Biol%22%5BJournal%5D)">Estrogen hormone physiology: reproductive findings from estrogen receptor mutant mice.</a> Reprod Biol. 14 (1), 3-8 (2014).</li>
<li>Madak-Erdogan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+genomics+of+gene+and+metabolic+regulation+by+estrogen+receptors+alpha+and+beta%2C+and+their+coregulators%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Integrative genomics of gene and metabolic regulation by estrogen receptors alpha and beta, and their coregulators.</a> Mol Syst Biol. 9, 676(2013).</li>
<li>Gong, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+identifies+gene+networks+regulated+by+estrogen+receptor+alpha+%28ERalpha%29+and+ERbeta+that+control+distinct+effects+of+different+botanical+estrogens%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Recept+Signal%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis identifies gene networks regulated by estrogen receptor alpha (ERalpha) and ERbeta that control distinct effects of different botanical estrogens.</a> Nucl Recept Signal. 12, e001(2014).</li>
<li>Bergamaschi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+forkhead+transcription+factor+FOXM1+promotes+endocrine+resistance+and+invasiveness+in+estrogen+receptor-positive+breast+cancer+by+expansion+of+stem-like+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Breast+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">The forkhead transcription factor FOXM1 promotes endocrine resistance and invasiveness in estrogen receptor-positive breast cancer by expansion of stem-like cancer cells.</a> Breast Cancer Res. 16 (5), 436(2014).</li>
<li>Madak-Erdogan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+and+extranuclear+pathway+inputs+in+the+regulation+of+global+gene+expression+by+estrogen+receptors%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Endocrinol%22%5BJournal%5D)">Nuclear and extranuclear pathway inputs in the regulation of global gene expression by estrogen receptors.</a> Mol Endocrinol. 22 (9), 2116-2127 (2008).</li>
<li>Madak-Erdogan, Z., Lupien, M., Stossi, F., Brown, M., Katzenellenbogen, B. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+collaboration+of+estrogen+receptor+alpha+and+extracellular+signal-regulated+kinase+2+in+regulating+gene+and+proliferation+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Genomic collaboration of estrogen receptor alpha and extracellular signal-regulated kinase 2 in regulating gene and proliferation programs.</a> Mol Cell Biol. 31, 226-236 (2011).</li>
<li>Madak-Erdogan, Z., Ventrella, R., Petry, L., Katzenellenbogen, B. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+roles+for+ERK5+and+cofilin+as+critical+mediators+linking+ERalpha-driven+transcription%2C+actin+reorganization%2C+and+invasiveness+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Novel roles for ERK5 and cofilin as critical mediators linking ERalpha-driven transcription, actin reorganization, and invasiveness in breast cancer.</a> Mol Cancer Res. 12 (5), 714-727 (2014).</li>
<li>Wang, Z., Gerstein, M., Snyder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-Seq%3A+a+revolutionary+tool+for+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.</a> Nat Rev Genet. 10 (1), 57-63 (2009).</li>
<li>Invitrogen. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Quant-iT%E2%84%A2+PicoGreen+%C2%AE+dsDNA+Reagent+and+Kits%22">Quant-iT™ PicoGreen ® dsDNA Reagent and Kits</a>. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.nature.com/protocolexchange/system/uploads/3551/original/Quant-iT_Picogreen_dsDNA.pdf?1423512049">http://www.nature.com/protocolexchange/system/uploads/3551/original/Quant-iT_Picogreen_dsDNA.pdf?1423512049</a> (2008).</li>
<li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+gel+electrophoresis+for+the+separation+of+DNA+fragments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments.</a> J Vis Exp. (62), (2012).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Quant-iT%E2%84%A2+Assays+for+high-throughput+quantitation+of+DNA%2C+RNA%2C+and+oligos%22">Quant-iT™ Assays for high-throughput quantitation of DNA, RNA, and oligos</a>. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/F-065432%20quantit%20htp_FLR.pdf">https://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/F-065432%20quantit%20htp_FLR.pdf</a> (2006).</li>
<li>Kim, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TopHat2%3A+accurate+alignment+of+transcriptomes+in+the+presence+of+insertions%2C+deletions+and+gene+fusions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions.</a> Genome Biol. 14 (4), R36(2013).</li>
<li>Langdon, W. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Performance+of+genetic+programming+optimised+Bowtie2+on+genome+comparison+and+analytic+testing+%28GCAT%29+benchmarks%5BTitle%5D)+AND+%22BioData+Min%22%5BJournal%5D)">Performance of genetic programming optimised Bowtie2 on genome comparison and analytic testing (GCAT) benchmarks.</a> BioData Min. 8, (2015).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-based+analysis+of+ChIP-Seq%28MACS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Model-based analysis of ChIP-Seq(MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137(2008).</li>
<li>Gao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metscape%3A+a+Cytoscape+plug-in+for+visualizing+and+interpreting+metabolomic+data+in+the+context+of+human+metabolic+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Metscape: a Cytoscape plug-in for visualizing and interpreting metabolomic data in the context of human metabolic networks.</a> Bioinformatics. 26, 971-973 (2010).</li>
<li>Schroeder, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RIN%3A+an+RNA+integrity+number+for+assigning+integrity+values+to+RNA+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements.</a> BMC Mol Biol. 7 (3), (2006).</li>
<li>Mokry, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+double+fragmentation+ChIP-seq+provides+nucleotide+resolution+protein-DNA+binding+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Efficient double fragmentation ChIP-seq provides nucleotide resolution protein-DNA binding profiles.</a> PLoS One. 5 (11), e15092(2010).</li>
<li>Park, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIP-seq%3A+advantages+and+challenges+of+a+maturing+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.</a> Nat Rev Genet. 10, 669-680 (2009).</li>
<li>Landt, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIP-seq+guidelines+and+practices+of+the+ENCODE+and+modENCODE+consortia%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.</a> Genome Res. 22 (9), 1813-1831 (2012).</li>
<li>Hah, N., Kraus, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hormone-regulated+transcriptomes%3A+lessons+learned+from+estrogen+signaling+pathways+in+breast+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Endocrinol%22%5BJournal%5D)">Hormone-regulated transcriptomes: lessons learned from estrogen signaling pathways in breast cancer cells.</a> Mol Cell Endocrinol. 382, 652-664 (2014).</li>
</ol>

אוניברסיטת אילינוי קיבל מענק החוקר שהופעלו מתוך פייזר ZME ו YCZ קיבל תמיכה משכורת מענק זה.

במאמר זה תיארנו הדור וניתוח אינטגרטיבי של RNA-seq, שבב Seq ונתונים metabolomics מתאי MCF-7 כי מטופלים עם E2. פתחנו סדרה של פרוטוקולים האסטראטגי כדי לנצל את השיטות היעילות ביותר ואת מרכולתם רכה ידידותית למשתמש אשר מייצרות גילוי ביולוגי רלוונטי. למיטב ידיעתנו, ושלנו הוא המחקר הראשון לשלב נתוני -omics משלושה ניתוח שונה מסלולי מטבוליים חדשים זיהו כי ERα מוסדר ישירות בתאי סרטן השד. transcriptomics זה קריטי כדי ...

אסטרוגנים הם הרגולטורים החשובים של תהליכים פיזיולוגיים רבים בשתי נקבות וזכרים כולל רקמות הרבייה, רקמות מטבולית, המוח ועצמות 1. בנוסף השפעות מועילות ברקמות אלה, אסטרוגנים גם לנהוג סרטן עולה חלב ורקמות רבייה. אסטרוגנים בעיקר לעבוד דרך למיונים להשרות סוג תא השפעות ספציפיות. רצף עמוק של תמלילי מוסדר על ידי ERα באמצעות RNA-seq ו הגנום כולו ניתוח אתרי הקישור ERα DNA באמצעות שבב Seq הוכיח להיות שימושי כדי להבין כיצד ERα עובד ברקמות וסוגי סרטן שונים שעולים מהם. אנחנו ואחרים פרסמנו פרופילי ביטוי גנים הקשורים קולטנים שונים (ERα vs ERβ) 2,3, הליגנדים שונים 3-5 ו coregulators השונה 2,4,6,7. RNA-seq הוא השיטה העיקרית לבחון את transcriptome, מציע דיוק גבוה ויעילות לעומת ba microarrayניתוח ביטוי גנים SED 8. RNA המתקבל שורות תאים 2-4,7, רקמות או דגימות גידולים הם רצף, ממופה מכלולי גנומי זמינים וגנים מוסדרים באופן דיפרנציאלי מזוהים. הכרומטין immunoprecipitation (שבב) הוא מועסק לנתח את גורם שעתוק coregulator הכרומטין מחייב לאתרים מחייב רגולטוריות ידוע. שבב Seq (שבב ואחריו רצף קצב העברת נתונים גבוה) מספק זיהוי משוחדת של אתרי קישור העולמיים. Metabolomics היא גישה אחרת ביולוגיה מערכתית משמשת יותר ויותר, אשר מודדת באופן כמותי, בתגובת multiparametric הדינמית של מערכות חיות לגירויים שונים, כוללים כימיקלי הפרעות גנטיות. על ידי ביצוע פרופיל מטבולים עולמי, הודעה תפקודית ניתן המתקבל תאים, רקמות, ודם. בנוסף, מידע מניסויים transcriptome לא תמיד משקפים שינויים בפועל ברמת אנזימי שתורמים הביוכימיים. מְשׁוּלָבניתוח של נתוני transcriptome ו metabolome מאפשר לנו לזהות לתאם שינויים בביטוי גנים עם שינויים המטבוליט בפועל. רתימת מידע מכל מערכי נתונים בקנה מידה גדול אלה מספקים את הפרטים מכניסטית כדי להבין את התפקיד של גורמי שעתוק ויסות מערכות ביולוגיות מורכבות, במיוחד אלה הנוגעים להתפתחות אנושית ומחלות כמו סרטן וסוכרת. האופי המורכב של הגנום היונק מהווה אתגר לשלב באופן מלא לפרש את הנתונים שהתקבלו מניסויי transcriptome, cistrome ו metabolome. זיהוי אירועים מחייבים פונקציונליים שיובילו שינויים בביטוי של גני היעד חשוב כי אתרי קישור פונקציונליים פעם מזוהות; שהתפתח ניתוח, כולל ניתוח מוטיב שעתוק מחייבים (TF), יכול להתבצע עם דיוק גבוה. זה מוביל לזיהוי מפלים ומנגנוני TF משמעות ביולוגית. כמו כן comparis ישירהעל ניסויים RNA-seq ו-Seq שבב הם לא תמיד אפשרי מאחר שהנתונים כל ניסוי יש שונות קשקשים ורעשים ובמקרים מסוימים להיות מעורפלים ומטושטשים אותות משמעותיים על ידי רעש האוכלוסייה. אנחנו לא מודעים לכל מחקר המשלב את המידע על שלוש גישות עצמאיות אלא קשורות להבין את ויסות חילוף חומרים הישירה ידי ERα בסרטן השד. לכן, המטרה הכללית שלנו במאמר זה היא להתייחס אירועים מחייבים פרודוקטיבי ביטוי גנים ושינויים המטבוליט. על מנת להשיג מטרה זו, אנו משולבים נתוני RNA-seq, שבב Seq ו metabolomics ניסויים וזיהינו אלה אסטרוגן מושרה ERα מחייב אירועים שיגרמו לשינויי ביטוי גני מסלולים מטבוליים. בפעם הראשונה, אנו מספקים מערך שלם של פרוטוקולים (איור 1) להפקת שבב Seq, RNA-seq ו פרופיל metabolomics וביצוע ניתוח אינטגרטיבי של הנתונים לחשוף מעגלי גן רומן ויסות חילוף חומרים של שדשורות תאים סרטניים.

<table><tbody><tr><td>תערובת טריגליצרידים</td><td>Sigma</td><td>17810-1AMP-S</td><td></td></tr><tr><td>חומצה אולאית&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>O1257-10MG</td><td>אבקה מסיסה במים חומצה אולאית&nbsp;</td></tr><tr><td>TRIzol</td><td>Reagent Life טכנולוגיות&nbsp;</td><td>15596-026</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads חלבון A</td><td>טכנולוגיות חיים&nbsp;</td><td>10006D</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads חלבון G</td><td>טכנולוגיות חיים&nbsp;</td>ערכת טיהור PCR <td>מהירה 10007D</td><td></td></tr><tr><td>QIAGEN</td><td></td><td>28106</td><td>בידוד DNA של דגימת קלט&nbsp;</td></tr><tr><td>ערכת בידוד ChIP-DNA של ZYMO&nbsp;</td><td>Zymo מחקר&nbsp;</td><td>D5205</td><td>ChIP DNA נקי & רכז</td></tr><tr><td>Quant-iT&ordf; PicoGreen&uml; ערכת בדיקת dsDNA</td><td>Invitrogen&nbsp;</td><td>P7589</td><td>כימות DNA</td></tr><tr><td>ללא RNase סט</td><td>QIAGEN</td><td>79254</td><td>טיהור RNA</td></tr><tr><td>DEPC מים מטופלים&nbsp;</td><td>LIFE TECH</td><td>462224</td><td>Dnase/Rnase דגם חינם</td></tr><tr><td>120 סוניק Dismembrator</td><td>פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>FB120110</td><td>עם 1/8 בדיקה&nbsp;</td></tr><tr><td>&nbsp; מתחם סאונד פישר סיינטיפיק</td><td>פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>FB-432-A</td><td>להפחתת קול</td></tr><tr><td>&nbsp; שפופרות אפנדורף 5.0 מ"ל</td><td>אפנדורף&nbsp;</td><td>0030 119.401</td><td>200 צינורות (2 שקיות של 100 ea.)</td></tr><tr><td>תערובת פריימר אקראית&nbsp;</td><td>NEB</td><td>S1330S</td><td></td></tr><tr><td>DNTP MIX</td><td>NEB</td><td>N0447S</td><td></td></tr><tr><td>M-MuLV Reverse Transcriptase</td><td>NEB</td><td>M0253S</td><td></td></tr><tr><td>FastStart SYBR Green Master</td><td>ROCHE</td><td>4673484001</td><td></td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Fisher&nbsp;</td><td>BP160100</td><td>1.5% ג'ל אגרוז&nbsp;</td></tr><tr><td>קיוביט RNA HS ערכת בדיקה</td><td>טכנולוגיות חיים&nbsp;</td><td>Q32852</td><td>כימות RNA (100 בדיקות)&nbsp;</td></tr><tr><td>פורמלדהיד</td><td>Sigma</td><td>F8775</td><td></td></tr><tr><td>טבליות מעכב פרוטאז&nbsp;</td><td>רוש&nbsp;</td><td>4693116001</td><td>כל טבליה מספיקה למאגר ליזה של 10 מ"ל</td></tr><tr><td>טבליות קוקטייל מעכב פוספטאז PhosSTOP</td><td>Roche&nbsp;</td><td>4906845001</td><td>כל טבליה מספיקה למאגר ליזה של 10 מ"ל</td></tr><tr><td>ערכות בדיקת Qubit</td><td>טכנולוגיות חיים&nbsp;</td><td>Q32850</td><td>עבור 100 בדיקות</td></tr><tr><td>מונה תאים אוטומטי</td><td>צינור ORFLO</td><td>MXZ000</td><td></td></tr><tr><td>מסובב&nbsp;</td><td>VWR</td><td>10136-084</td><td></td></tr><tr><td>Victor X5 קורא צלחות מרובות&nbsp;</td><td>PerkinElmer</td><td>2030-0050</td><td></td></tr><tr><td>מיקרוצנטריפוגה 5417R</td><td>Eppendorf</td><td>22621807</td><td></td></tr><tr><td>מעמד מגנטי</td><td>דיאגנוד</td><td>B04000001&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>מערכת PCR מהירה בזמן אמת</td><td>מדע יישומי&nbsp;</td><td></td><td></td>4351405</tr></tbody></table>

ביולוגית מערכות ויסות חילוף חומרים על ידי איתות קולטן אסטרוגן לסרטן השד

Systems Biology of Metabolic Regulation by Estrogen Receptor Signaling in Breast Cancer

עם כניסתו של -omics גישות הבנתנו את המחלות הכרוניות כמו סרטן ותסמונת מטבולית השתפרה. עם זאת, כריית יעיל של המידע המערך הנתונים גדול בקנה המידה כי מתקבלים microarrays ביטוי גנים, ניסויי רצף עמוקים או פרופיל מטבולים חיונית לחשוף ולאחר מכן למקד בצורה יעילה הרגולטורים הקריטיים של פנוטיפים תא פגועים. קולטן אסטרוגן α (ERα) הוא אחד הגורמים מאסטר תמלול הסדרת תוכניות הגן שחשוב סרטן שד תגובת אסטרוגן. על מנת להבין את תפקידו של ERα איתות במטבוליזם סרטן השד השתמשנו נתונים transcriptomic, cistromic ו metabolomic מתאי MCF-7 שטופלו אסטרדיול. בדו&quot;ח זה תארנו דור של דגימות RNA-seq, שבב Seq וניסויי metabolomics ועל ניתוח חישובית אינטגרטיבית של הנתונים המתקבלים. גישה זו שימושית המגדירה שומה רומןמנגנוני cular ומעגלי רגולטוריות גן מוסדר על ידי גורם שעתוק מסוים אשר משפיע חילוף חומרים של תאים נורמלים או חולים.

transcriptomics כדי לנתח גנים לידי ביטוי באופן דיפרנציאלי על ידי טיפול E2, בחרנו לבצע ניסוי RNA-seq. בנוסף לאספקת מידע על רמות ה- mRNA, נתוני Seq RNA יכול לשמש גם כדי לעקוב אחר שינויים ללא קידוד RNA (RNAs ללא קידוד ארוך, מיקרו-רנ&quot;א) ואירועים שחבור חלופי. אנחנו לא מספקים מידע על ניתוח של RNAs ללא קידוד או לחילופין עיבד גנים, מאז היקף המחקר שלנו היא לזהות גנים המקודדים חלבונים שחשובים וויסות חילוף חומרים. עם זאת, RNA-seq הוא דרך מצוינת של...

שילוב נתונים מניסויי ריצוף גנומי וניסויים מטבולומיים הוא אתגר. במאמר זה אנו מדווחים, לראשונה, על ייצור, ניתוח ואינטגרציה של נתוני טרנסקריפטום, ציסטרום ומטבולום מתאי סרטן השד שטופלו באסטרדיול.

With the advent of the -omics approaches our understanding of the chronic diseases like cancer and metabolic syndrome has improved. However, effective ...

המטרה הכללית של ניסוי זה היא להבין את הוויסות המטבולי הישיר של ER Alpha בסרטן השד, באמצעות נתוני טרנסקריפטום, סיסטרום (systrome) ומטבולום רחבי-גנום. שיטה זו יכולה לסייע במתן מענה לשאלות מפתח בתחומי הביולוגיה של הקשרי גרעין (nucleoreceptor) וביולוגיה של הסרטן, כגון תפקידם של גורמי שעתוק מסוימים בוויסות המטבוליזם התורם לאגרסיביות התאית. היתרון המרכזי של טכניקה זו הוא שהיא מספקת תמונה גלובלית של הוויסות הגנטי והוויסות המטבולי הנובע ממנו וניואנסיו.את הפרוצדורה תדגים Yiru Chen, עמיתת פוסט-דוקטורט מהמעבדה שלי. לאחר גידול של תאי MCF7 לפי הפרוטוקול הכתוב, קצרו את התאים על ידי הוספת 1 milliliter של ריאגנט לבידוד RNA לכל באר, והדגרירו בטמפרטורת החדר למשך חמש דקות. השתמשו בפיפט כדי לאסוף את הליזט של התאים והעבירו אותו לאنبובים של 1.5 milliliter.כדי לבודד את ה-RNA, הוסף 200 µL של כלורופורם ל-1 mL של ליזט תאים, וערבב במכשיר וורטקס למשך 10 שניות. לאחר דגירה בטמפרטורת החדר למשך חמש דקות, סבב את הדגימות בצנטריפוגה ב-16,000 x g ובטמפרטורה של 4 °C למשך 15 דקות. לאחר הסבב, העבר בזהירות את השכבה המימית העליונה לפקום חדש.הוסיפו 500 µL של 100% isopropanol לשלב המימי, וערבבו על ידי הפיכה. לאחר מכן, דגרו בטמפרטורה של 20- °C למשך הלילה. למחרת בבוקר, סובבו את הדגימות בצנטריפוגה במהירות של 1600 x g ובטמפרטור

systems-biology-metabolic-regulation-estrogen-receptor-signaling

Research

JoVE Journal

Medicine

רפואה

סרטון זה מתאר טכניקה להכנת דגימות תאי סרטן השד לפרופיל מטבוליטים. תאי סרטן השד מטופלים באסטרדיול, הנקשר לקולטן האסטרוגן אלפא וגורם לשינוי בהרכב המטבוליטים.

הכנת דגימות למטבולומיקה: שיטה להכנת דגימות תאים לפרופיל מטבוליטים

סרטון זה מתאר בדיקת כתב מבוססת תאים כדי לקבוע את הפעילות האסטרוגנית של תרכובות שמקורן בצמח. תרכובת בעלת פעילות דמוית אסטרוגן מחקה את קשירתה לקולטני אסטרוגן ומניעה שעתוק גנים של אנזים מדווח במורד הזרם. אנזים הכתב מייצר ביולומינסנציה בתגובה, המציינת את הפעילות האסטרוגנית של התרכובת.

בדיקת פעילות קולטן-מדווח אסטרוגן לבדיקת פעילות פיטואסטרוגן אסטרוגנית

מולקולרי איתות דרך גם אסטרוגן ומייקרו RNA הם קריטיים בהתפתחות סרטן השד וצמיחה. אסטרוגן מפעיל את קולטני האסטרוגן, שהם גורמי שעתוק. גורמי שעתוק רבים יכולים לווסת את הביטוי של מיקרו RNA, והוא יכול להיות צדודית מיקרו RNA מוסדר אסטרוגן תוך שימוש בטכניקות שונות בקנה מידה גדולה.

פרופיל של מיקרו RNA המוסדר אסטרוגן בתאי סרטן השד

פיתחנו מודל vivo לשעבר רומן ללמוד פעולת הורמון בשד האנושי. היא מבוססת על microstructures הרקמה מבודדת מדגימות רקמת שד ניתוחיות המשמרות מבנה רקמה, אינטראקציות בין תאית, ואיתות אוטוקריני.

<em&gt; Ex vivo</em&gt; דגם לחקר הורמוני פעולה בשד האדם

קלינית, מחסור באסטרוגן בנשים בגיל המעבר עלול להחמיר את השכיחות של שיבוש השומנים טרשת עורקים. הקמנו במודל למחסור באסטרוגן vivo על-ידי כריתת אופוקטומיה דו צדדית באמצעות חתך כפול-רוחבי-לרוחב ב-apoE-/- עכברים. מודל העכבר ישים לסינון טיפולי אסטרוגן אקסוגני של בעיות לב וכלי דם לאחר גיל המעבר.

A In Vivo אסטרוגן מחסור בעכבר מודל עבור ההקרנה הטיפולים האסטרוגן אקסודוגני של בעיות לב וכלי דם אחרי גיל המעבר

יש לנו אופטימיזציה של קולטן אסטרוגן זמין מסחרית β הכתב assay עבור הקרנת מזונות פרימטים אנושיים ולא אנושיים לפעילות אסטרוגניים. אימתנו את ההסתעפות הזו בכך שהראינו שסויה ידועה של מזון אסטרוגניים רושמת גבוה, בעוד מזונות אחרים אינם מראים פעילות.

הקרנה לפיטואסטרוגנים באמצעות קולטן אסטרוגן מבוסס תאים β הכתב Assay

פרוטוקול זה מתאר את בנייתה של מערכת מיקרופיזיולוגית במבחנה לחקר סרטן השד באמצעות רקמת שד אנושית ראשונית עם חומרי מדף.

דוגמנות סרטן השד ברקמת השד האנושית באמצעות מערכת מיקרופיזיולוגית

הפרוטוקול הנוכחי מתאר אסטרטגיה מקיפה להערכת הפעולה הפרמקולוגית והמנגנון של סלידרוזיד בעיכוב התרבות ונדידת תאי MCF-7.

חקר הפעולה הפרמקולוגית והמנגנון המולקולרי של סלידרוסיד בעיכוב התרבות ונדידת תאי MCF-7

בפתוגנזה של גרורות בעצמות, אנגיוגנזה היא תהליך חיוני ולכן מהווה יעד עבור הדמיה וטיפול. כאן, אנו מציגים מודל עכברים של אתר ספציפי גרורות סרטן השד עצם לתאר אסטרטגיות אנגיוגנזה הלא פולשני...

רב מודלי הדמיה של אנגיוגנזה מודל עכברים עירום של גרורות סרטן השד עצם באמצעות דימות תהודה מגנטית, טומוגרפיה ממוחשבת נפחית ו אולטראסאונד

אנו מתארים שיטה לתגובת הדמיה לטיפול נגד...

חי הדמיה של תגובות סמים בmicroenvironment הגידול במודלים עכבריים של סרטן השד

חקור ויסות מטבולי של קולטן אסטרוגן אלפא בסרטן שד באמצעות ניתוח אינטגרטיבי של תמונת גנים ומטבוליטים. שיטה זו מספקת תובנות לגבי מנגנוני תוקפנות תאית ומטרות תרפויטיות חדשות.

ביולוגית מערכות ויסות חילוף חומרים על ידי איתות קולטן אסטרוגן לסרטן השד

גלה סרטונים נוספים