Name: נחישות כימות המינים בשנת תערובות שימוש ספקטרומטריית מסה MRM של פפטידים יישומית כדי אימות בשר (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-09-20T08:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 26 s
Description: חקור שיטת MRM ספקטרומטריית מסה לזיהוי וכימות מינים בתערובות בשר גולמי. השיטה מאפשרת גילוי מהיר של 1% בשר סוס בבקר לזיהוי הונאות מזון.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מכירים בתמיכה כספית מקרנות המענק האסטרטגי של המכון לחקר המזון BBSRC, פרויקט BBSRC BB/J004545/1.

<ol><li>O'Mahony, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Finding+horse+meat+in+beef+products-a+global+problem%5BTitle%5D)+AND+%22QJM-An+Int.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Finding horse meat in beef products-a global problem.</a> QJM-An Int. J. Med. 106, 595-597 (2013).</li>
<li>Sentandreu, M. A., Sentandreu, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authenticity+of+meat+products%3A+Tools+against+fraud%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Res.+Int%22%5BJournal%5D)">Authenticity of meat products: Tools against fraud.</a> Food Res. Int. 60, 19-29 (2014).</li>
<li>Watson, A. D., Gunning, Y., Rigby, N. M., Philo, M., Kemsley, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Meat+Authentication+via+Multiple+Reaction+Monitoring+Mass+Spectrometry+of+Myoglobin+Peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Meat Authentication via Multiple Reaction Monitoring Mass Spectrometry of Myoglobin Peptides.</a> Anal. Chem. 87, 10315-10322 (2015).</li>
<li>Food Standards Agency. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Report+of+the+investigation+by+the+Food+Standards+Agency+into+incidents+of+adulteration+of+comminuted+beef+products+with+horse+meat+and+DNA%22">Report of the investigation by the Food Standards Agency into incidents of adulteration of comminuted beef products with horse meat and DNA</a>. , (2013).</li>
<li>Taylor, A. J., Linforth, R., Weir, O., Hutton, T., Green, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potential+of+electrospray+mass-spectrometry+for+meat+pigment+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Meat+Science%22%5BJournal%5D)">Potential of electrospray mass-spectrometry for meat pigment identification.</a> Meat Science. 33, 75-83 (1993).</li>
<li>Ponce-Alquicira, E., Taylor, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+and+ESI-CID-MS%2FMS+analysis+of+myoglobins+from+different+meat+species%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Extraction and ESI-CID-MS/MS analysis of myoglobins from different meat species.</a> Food Chem. 69, 81-86 (2000).</li>
<li>Gallien, S., Duriez, E., Domon, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selected+reaction+monitoring+applied+to+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Selected reaction monitoring applied to proteomics.</a> J. Mass Spectrom. 46, 298-312 (2011).</li>
<li>Orduna, A. R., Husby, E., Yang, C. T., Ghosh, D., Beaudry, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+meat+authenticity+using+bioinformatics%2C+targeted+peptide+biomarkers+and+high-resolution+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Addit.+Contam.+Part+A-Chem%22%5BJournal%5D)">Assessment of meat authenticity using bioinformatics, targeted peptide biomarkers and high-resolution mass spectrometry.</a> Food Addit. Contam. Part A-Chem. 32, 1709-1717 (2015).</li>
<li>Claydon, A. J., Grundy, H. H., Charlton, A. J., Romero, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+peptides+for+horse+meat+speciation+in+highly+processed+foodstuffs%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Addit.+Contam.+Part+A-Chem%22%5BJournal%5D)">Identification of novel peptides for horse meat speciation in highly processed foodstuffs.</a> Food Addit. Contam. Part A-Chem. 32, 1718-1729 (2015).</li>
<li>von Bargen, C., Brockmeyer, J., Humpf, H. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Meat+Authentication%3A+A+New+HPLC-MS%2FMS+Based+Method+for+the+Fast+and+Sensitive+Detection+of+Horse+and+Pork+in+Highly+Processed+Food%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Agric.+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Meat Authentication: A New HPLC-MS/MS Based Method for the Fast and Sensitive Detection of Horse and Pork in Highly Processed Food.</a> J. Agric. Food Chem. 62, 9428-9435 (2014).</li>
<li>von Bargen, C., Dojahn, J., Waidelich, D., Humpf, H. U., Brockmeyer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+Sensitive+High-Performance+Liquid+Chromatography+Tandem+Mass+Spectrometry+Method+for+the+Detection+of+Horse+and+Pork+in+Halal+Beef%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Agric.+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">New Sensitive High-Performance Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry Method for the Detection of Horse and Pork in Halal Beef.</a> J. Agric. Food Chem. 61, 11986-11994 (2013).</li>
<li>Montowska, M., Alexander, M. R., Tucker, G. A., Barrett, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+processed+meat+products+by+peptidomic+analysis+using+rapid+ambient+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Authentication of processed meat products by peptidomic analysis using rapid ambient mass spectrometry.</a> Food Chem. 187, 297-304 (2015).</li>
<li>Montowska, M., Alexander, M. R., Tucker, G. A., Barrett, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+detection+of+Peptide+markers+for+authentication+purposes+in+raw+and+cooked+meat+using+ambient+liquid+extraction+surface+analysis+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Rapid detection of Peptide markers for authentication purposes in raw and cooked meat using ambient liquid extraction surface analysis mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 86, 10257-10265 (2014).</li>
<li>Sentandreu, M. A., Fraser, P. D., Halket, J., Patel, R., Bramley, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Proteomic-Based+Approach+for+Detection+of+Chicken+in+Meat+Mixes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">A Proteomic-Based Approach for Detection of Chicken in Meat Mixes.</a> J. Proteome Res. 9, 3374-3383 (2010).</li>
<li>Elliott, M. H., Smith, D. S., Parker, C. E., Borchers, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+trends+in+quantitative+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Current trends in quantitative proteomics.</a> J. Mass Spectrom. 44, 1637-1660 (2009).</li>
<li>MacLean, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Skyline%3A+an+open+source+document+editor+for+creating+and+analyzing+targeted+proteomics+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments.</a> Bioinformatics. 26, 966-968 (2010).</li>
<li>JoVE Science Education Database. Separating Protein with SDS-PAGE. Basic Methods in Cellular and Molecular Biology. , JoVE, Cambridge, MA. Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.jove.com/science-education/5058/separating-protein-with-sds-page">http://www.jove.com/science-education/5058/separating-protein-with-sds-page</a> (2016).</li>
<li>Keeton, J. T., Ellerbeck, S. M., Nunez de Gonzalez, M. T. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKeeton%2C+JT+%22Encyclopedia+of+Meat+Sciences%22">Encyclopedia of Meat Sciences</a>. Devine, C., Dikeman, M. 1, Academic Press. 235-243 (2014).</li>
<li>Montowska, M., Alexander, M. R., Tucker, G. A., Barrett, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+Detection+of+Peptide+Markers+for+Authentication+Purposes+in+Raw+and+Cooked+Meat+Using+Ambient+Liquid+Extraction+Surface+Analysis+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Rapid Detection of Peptide Markers for Authentication Purposes in Raw and Cooked Meat Using Ambient Liquid Extraction Surface Analysis Mass Spectrometry.</a> Anal. Chem. 86, 10257-10265 (2014).</li>
</ol>

למחברים אין מה לחשוף.

הבחירה של חלבון מטרה מתאים חשובה. חלבון מטרה טוב צריך להיות צורות המקבילה מינים של עניין, וריאצית רצף מינים תלויים מספיק, סגולי מינים, ולהתקיים בכמויות נגישות בתוך אורגניזמים. להערכת תערובות שעברו עיבוד (למשל, טיפול בחום), חלבון בעל רצף יחסית חסין בפני העיבוד כי רצוי. מיוגלובין הוא מועמד טוב בשר אדום, כולל בשר אדום מבושל, אבל הוא לא האפשרות היחידה. לאחר חלבון המטרה היא החליטה, החלק הקריטי ביותר של פרוטוקול הוא proteolysis חלבון. חלבון שונה מיוגלובין עשוי לדרוש פרוטוקול proteolysis חלופי. הפרוטוקול כמתואר כולל קטע המבוסס על חלבון מן מטוהרי התייחסות. זה שמטרתו לגלות חלון שמירת זמן ויונים מבשרים שבר מתאימים. מגזר זה מאוד עוזר אך לא הכרחי. <pclass = &quot;jove_content&quot;&gt; למרות זוגות פפטיד מקבילים משני מינים של עניין יכולים להיות רשום גם ללא ניסוי, זה לפעמים במקרה זה הבדל רצף יש השלכות דרמטיות על פרופיל העיכול. לדוגמא, זוג פפטיד VLGFHG (בקר) ו ELGFQG (סוס) לתת תוצאת quantitation האנומלי (מניפסט כמו שיפוע פחות מאחד איור 2). הסיבה לכך היא כי הפפטיד האחרון נובע מחשוף KE מורחק יחסית, גרימת אומדן חסר של רמת הסוס בתערובת. פפטידים מקבילים החל חומצות אמינו שונות ולכן נמנע הטוב ביותר. לעתים קרובות שהברים משני פפטידים מתאימים יש רצפי חומצות האמיניות זהים והם מחונכים, אבל זה לא תמיד מקרה צריך להיבדק במהלך פיתוח שיטות. זיהוי מינים הוא הרבה פחות רגישה לנושאים אלה מ quantitation יחסית. הפרוטוקול הודגם במשך ארבעה בשר אדוםים 3. מיני בשר נוספים ניתן לכלול, על פי האיכות של צורת שיא המעבר עלולה להידרדר אם פפטידים סמן רבים מדי שיתוף elute, ובכך מפחיתה ביעילות את הזמן להתעכב, ובסופו של דבר משפיל ערכות quantitation יחסית. מכשור משופר, כבר זמין, ישפר זו. סוגייה נלווית היא כי אין כל סוגי הבשר myoglobins שונים. לדוגמה, הסוס, החמור myoglobins זברה זהים ובכך מדבר השיטה בקפדנות הוא רק מסוגל לאתר סוס או חמור או זברה בשר בקר. במקרים מסוימים, למרות myoglobins אינו זהה, יכולים להיות כמה פפטידים מפתח. לדוגמא, כמה פפטידים סמנו כבש נגזרות מיוגלובין מופיעים גם עז. סיבוך מול זה, וכל שיטת quantitation אחרת מבוסס חלבון הוא שרמת החלבון יש להניח קבועה על פני כל המינים אם רמות החלבון או הפפטיד הם משווים טריוויאלית לרמות של בשרים בתערובת. עבור מיוגלובין ואת מ &#39;הארבע אדוםאוכל זה לא נכון אוניוורסלי. הרמות בכלל הם מינים תלויים, עם חזיר מציגים את הרמה הנמוכה ביותר מבין הארבע. בנוסף, רמת מיוגלובין משתנית עם חתך בשר וגיל חיה. אז למרות יחס בין אזורי שיא המעבר למפות באופן מהימן ליחסים של מיוגלובין, מיפוי יחס של בשרים בפועל הוא ציור אומדן על הנחות לגבי מקורות סבירים של הבשרים בתערובת. שהגישה המתוארת בעבודה זו שונה במספר דרכים מתרומות שפורסם אחרות. מסלול אופייני יותר הוא להשתמש בשיטות proteomic לזהות פפטידים סמנו מינים תלויים מפורד שונים, ובמקרה הסמנים עבור מינים שונים להחזיק שום קשר מסוים עם אחד 8-12,14,19 אחרת. לעומת זאת, בחרנו חלבונים המשותפים לכל המינים של עניין עד מינים תלויים רצף גרסות 3. מלבד היותו מרכזי באסטרטגיה quantitation היחסי שלנו, זה יש את היתרון כי המדגםיכולות להיות מותאמות אסטרטגיות הכנות. בנוסף, חלבונים מתאימים כזה עלולים להיות צפוי להתנהג באופן דומה, למשל, מיצוי או בעיבוד המסחרי של דגימות כגון בישול או שימורים. מיני זיהוי אז בדרך כלל ממשיך באמצעות זיהוי של פפטידים סמנו מפורד, ואילו תמורת זיהוי מיני גישת CPCP באמצעות זיהוי של פפטידים קשור קשר הדוק בעל בדרך כלל הבדלי רצף אחד או שניים. לבסוף, כדי לכמת את החלבונים להעריך את האחוז לפי משקל של מין אחד אחר שאולי כמקובל להמשיך דרך לכמת מוחלט של כל חלבון מבוסס בנפרד על סטנדרטים ידועים 7,14,15. עם זאת בשיטת CPCP אין צורך בשיטות כיול. במקום זאת, רמות יחסית נאמדות על ידי השוואת עוצמות אות של שני פפטידים מתאימים משני המינים, תוך עקיפת שלב המדידה המוחלטת לגמרי. מאחר והמטרה הסופית היא אחוז לפי משקל של אחד המינים anoיס, quantitation יחסית, אז CPCP הוא גם יותר ישירה ופשוטה יותר השוואה בין שתי מדידות quantitation מוחלטות. תכונות אלה לתרגם פעמים ניסיוניות קצרות, שצפויות להיות כשני hr תוך שימוש בפרוטוקולים מעודנים, מה שהופך את הטכניקה שימושית ככלי מעקב מהיר בתחום איתור הונאות מזון.

שערוריית בשר הסוסים האירופית משנת 2013, שבה נמצא בשר סוסים לא מוצהר במספר מוצרי בקר בסופרמרקט1, מדגישה את הצורך בשיטות בדיקה המסוגלות לזהות ולמדוד הונאות מזון בבשר. מספר טכנולוגיות נחקרו, במיוחד בדיקת אימונוסורבנט מקושרת לאנזים (ELISA) ושיטות מבוססות DNA2. מסלול חלופי, המבוסס על ספקטרומטריית מסה, מכוון לפפטידים ספציפיים למין אשר בתורם נובעים מחלבונים ספציפיים למין. כאן אנו מתארים גישה מבוססת פפטידים כזו המציעה הן זיהוי והן כימות יחסי של המינים הנואפים בתערובת בשר3. 
הפרוטוקול ממוסגר בהקשר של בשר אדום והרצון לקבוע נוכחות של אחד בשני ברמה של 1% לפי משקל, הרמה הנחשבת על ידי חלק מהאנשים כמייצגת זיוף מזון מזויף בניגוד לזיהום4. השיטה מסתמכת מלכתחילה על זיהוי חלבון שהוא 'זהה' באופן נומינלי בכל בשר היעד. מיוגלובין, החלבון האחראי לצבע האדום של הבשר, הוא מועמד טוב מכיוון שהוא שופע, עמיד יחסית לחום ומסיס במים, ושימש לקביעת מינים של בשר בעבר5,6. המיוגלובין של בשר בקר (Bos Taurus), חזיר (Sus scrofa), סוס (Equus caballus) וכבש (Ovis aries)3, למשל, זהים באופן נומינלי, כנדרש, אך הרצפים שלהם אינם זהים. קבוצות כאלה של חלבונים "דומים אך שונים", כמו ארבעת המיוגלובינים הללו, יכולות להיות מתוארות בנוחות כ"חלבונים תואמים". הבדלי הרצף בארבעת המיוגלובין הללו הם ספציפיים למין: לדוגמה, חלבוני המיוגלובין המלאים עבור בקר וסוס, P02192 ו-P68082 בהתאמה, כל אחד מהם מורכב מ-154 חומצות אמינו עם 18 הבדלי רצף בין השניים. בכפוף לפרוטאוליזה באמצעות טריפסין חלבונים אלה מייצרים שתי קבוצות של פפטידים, חלקם זהים, וחלקם מראים הבדל אחד או יותר בחומצות אמינו ספציפיות למין: חלבונים מתאימים מולידים אפוא פפטידים מתאימים. 
גישת CPCP, אם כן, מבקשת תחילה לזהות חלבונים משני מינים או יותר שבהם חלבונים אלה מציגים וריאנטים מוגבלים של רצף ספציפי למין. אלה חלבונים מתאימים. לאחר פרוטאוליזה, חלבונים תואמים מולידים פפטידים, שחלקם מציגים גם גרסאות רצף ספציפיות למין שעברו בירושה מחלבון האב. אלה הם פפטידים מתאימים. ניתן להשתמש בגישת CPCP כדי להשוות רמות של שני חלבונים תואמים בדגימת מינים מעורבים על ידי ניטור רמות הפפטידים המתאימים.
הטכנולוגיה הטבעית לזיהוי פפטידים ידועים היא ספקטרומטריית מסה לניטור תגובות מרובות, או MRM-MS7. פפטידים ספציפיים למינים מניבים יוני מבשר, אשר יחד עם יוני שברי ספקטרומטריית המסה שלהם, מפורטים בקלות מראש על ידי כלי תוכנה. רשימות אלה משמשות לאחר מכן כדי להורות לספקטרומטר המסה לרשום רק מבשר ספציפי בתוספת זוגות יונים של שבר, הנקראים מעברים. פפטיד מטרה מסוים מזוהה אפוא לא רק על ידי זמן השמירה שלו בכרומטוגרפיה שלפני ספקטרומטר המסה, אלא גם על ידי קבוצה של מעברים החולקים יון מבשר משותף. זהו אמצעי סלקטיבי ביותר לאיתור פפטידים ידועים העושה שימוש יעיל במשאב ספקטרומטר המסה.
מחברים אחרים השתמשו בספקטרומטריית מסה כדי לבדוק זיוף בשר באמצעות סמני פפטיד אך מחלבונים שונים8-14. עם זאת, באמצעות החלבונים המתאימים, סכימת פפטידים תואמים (CPCP) פירושה שניתן לייעל את תנאי הניסוי, ולסייע בזיהוי המינים בתערובת ממעברים ידועים ספציפיים למין. בנוסף, חלבונים ופפטידים מתאימים יתנהגו בדרך כלל באופן דומה בשלבי המיצוי, הפרוטאוליזה והזיהוי. מכיוון שאזורי שיא המעבר הם כמותיים וניתנים לשחזור, יחסים של אזורי שיא הנובעים מזוגות של פפטידים תואמים ממינים שונים מספקים הערכה ישירה של הכמויות היחסיות של שני בשרים בתערובת. לעומת זאת, מסלולי כימות מסורתיים יותר מנצלים כיולים המבוססים על חומרי ייחוס כדי לקבוע כימות מוחלט14,15.
למרות שהפרוטוקול מתואר בהקשר של מיוגלובין ובשר, חלבונים שאינם מיוגלובין יכולים לשמש לזיהוי וכימות יחסי באמצעות אסטרטגיית CPCP בתערובות בשר, אם כי פוטנציאלית עם שינויים בפרוטוקול. בנוסף, האסטרטגיה ישימה גם לתערובות בינאריות של מינים אחרים החולקים חלבון תואם אחד או יותר.
נקודת המוצא של הפרוטוקול היא מיוגלובין 'ייחוס' מטוהר, שעבור מינים מסוימים ניתן לרכוש אך עבור אחרים יש להכין אותו על ידי כרומטוגרפיה קונבנציונלית של אי הכללת גודל. הליך הכנת מיוגלובין הייחוס אינו כלול בפרוטוקול, אך מתואר במקום אחר3. כלי תוכנה16 משמשים לרישום פפטידים מועמדים ומעברים הנובעים ממיוגלובינים מעניינים. כל מיוגלובין ייחוס נתון לפרוטאוליזה והפפטידים המתקבלים מנותחים על ידי כרומטוגרפיה נוזלית, אלקטרוספריי, יינון, ספקטרומטריית מסה טנדם (LC-ESI-MS/MS) כדי לגלות אילו מהיונים והמעברים הקודמים המועמדים הם השימושיים ביותר, וכדי לקבוע את זמני שימור הפפטידים התואמים. התוצאה של שלב זה היא רשימה מתוקנת של פפטידי מטרה עם המעבר שלהם, המתאימים לקביעת מינים, ורשימה של זוגות CPCP, המתאימים לכימות יחסי. כדי לבדוק בשר אמיתי, מכינים מיצוי דגימות ואז עוברים פרוטאוליזה כדי לייצר פפטידים הן ממיוגלובין והן מחלבונים זרים אחרים. הפפטידים מבוססי המיוגלובין מנוטרים לאחר מכן על ידי LC-ESI-MS/MS על סמך המעברים המפורטים שלהם. המינים הקיימים בתערובת מזוהים על ידי שיאי המעבר הקשורים לפפטידים של סמן. הערכות של הכמויות היחסיות של שני בשרים בתערובת בינארית מחושבות באמצעות יחסים של אזורי שיא מעבר. קבוצה של תערובות בדיקה של זוגות בשרים תאפשר לבדוק ולכייל את היחס בין שטחי השיא עבור זוג מעברים נתון מול תערובות בפועל.

<table><tbody><tr><td>Uniprot database</td><td><a href="http://www.uniprot.org/">www.uniprot.org</a></td><td></td><td>מסד נתונים נגיש באופן חופשי של רצפי חלבונים</td></tr><tr><td>תוכנת סקייליין</td><td><a href="http://www.skyline.gs.washington.edu/">www.skyline.gs.washington.edu</a></td><td></td><td>תוכנה חינמית להורדה המאפשרת יצירת שיטות ממוקדות למחקרים פרוטאומיים, פפטיד ומקטעים תחזית&nbsp;</td></tr><tr><td>אמוניום ביקרבונט</td><td>סיגמא-אולדריץ' בע"מ, גילינגהם, בריטניה www.sigmaaldrich.com</td><td>O9830</td><td></td></tr><tr><td>מתנול, HPLC כיתה</td><td>פישר סיינטיפיק, לוגובורו, בריטניה www. fisher.co.uk</td><td>10674922</td><td></td></tr><tr><td>אצטוניטריל, HPLC כיתה</td><td>פישר סיינטיפיק, לוגובורו, בריטניה www. fisher.co.uk</td><td>10010010</td><td></td></tr><tr><td>אוריאה</td><td>סיגמא-אולדריץ' ושות' בע"מ, גילינגהם, בריטניה www.sigmaaldrich.com</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>טריפסין (מלבלב בקר שטופל ב- TPCK)</td> <td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, UK www.sigmaaldrich.com</td> חומצה פורמית <td>T1426</td><td></td></tr><tr><td></td><td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, UK www.sigmaaldrich.com</td><td>F0507</td><td></td></tr><tr><td>Coomassie Plus Protein Assay Reagent</td><td>Thermo Fisher Scientific www.thermofisher.com</td><td>1856210</td><td></td></tr><tr><td>חלבון סטנדרטי</td><td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, UK www.sigmaaldrich.com</td><td>P0914</td><td></td></tr><tr><td>Ultra Turrax homogeniser T25</td><td>Fisher Scientific, Loughoborough, UK www. fisher.co.uk</td><td>13190693</td><td></td></tr><tr>שייקר <td></td><td></td><td></td><td>מעבדה אדמונד ובוהלר KS10</td></tr><tr><td>Heraeus Fresco 17 צנטריפוגה</td><td>תרמו פישר www.thermoscientific.com</td><td>75002420</td><td></td></tr><tr><td>צנטריפוגת ואקום RC 1022</td><td>קורא</td> צלחות Jouan <td></td><td></td></tr><tr><td></td> Strata-X 33u מחסניות פולימריות הפוכות פאזה 60 מ"ג/3 מ"ל שפופרות פנומנקס, מאקלספילד, בריטניה <td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>8B-S100-UBJ</td><td></td></tr><tr><td>4000 QTrap ספקטרומטר מסה משולש מרובע</td><td>AB Sciex, וורינגטון, בריטניה www.sciex.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1200 מערכת LC ברזולוציה מהירה</td><td>Agilent, Stockport, UK</td><td></td><td></td></tr><tr><td>XB C18 עמוד נימי הפוכה (100 מ"מ x 2.1 מ"מ, 2.6 ומיקרו; m גודל חלקיקים)</td><td>Phenomenex, Macclesfield, UK www.phenomenex.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>אנליסט 1.6.2 תוכנה</td><td>AB Sciex, Warrington, UK www.sciex.com</td><td></td><td>איסוף וניתוח נתונים של QTrap, כולל אינטגרציה של אזור שיא</td></tr><tr><td>בקבוקוני</td><td></td><td></td><td></td> Autosampler</tr></tbody></table>

נחישות כימות המינים בשנת תערובות שימוש ספקטרומטריית מסה mrm של פפטידים יישומית כדי אימות בשר

Species Determination and Quantitation in Mixtures Using MRM Mass Spectrometry of Peptides Applied to Meat Authentication

אנו מתארים פרוטוקול פשוט לזיהוי וכימות של שני המרכיבים בתערובות בינאריות של מינים בעלי חלבון דומה אחד או יותר. במרכז השיטה נמצא זיהוי של 'חלבונים תואמים' במין המבוקש, במילים אחרות חלבונים שהם זהים באופן נומינלי אך בעלי הבדלי רצף ספציפיים למין. כאשר הם כפופים לפרוטאוליזה, חלבונים מתאימים יובילו לכמה פפטידים דומים גם הם אך עם גרסאות ספציפיות למין. אלה הם 'פפטידים מתאימים'. פפטידים ספציפיים למין יכולים לשמש כסמנים לקביעת מינים, בעוד שזוגות של פפטידים תואמים מאפשרים כימות יחסי של שני מינים בתערובת. הפפטידים מזוהים באמצעות ספקטרומטריית מסה של ניטור תגובה מרובה (MRM), טכניקה ספציפית ביותר המאפשרת קביעת מינים מבוססת פפטידים גם במערכות מורכבות. בנוסף, היחס בין אזורי שיא MRM הנובעים מפפטידים תואמים תומך בכימות יחסי. מכיוון שחלבונים ופפטידים מתאימים יתנהגו, בעיקר, באופן דומה הן בעיבוד והן במיצוי ניסיוני והכנת דגימה, הכימות היחסי צריך להישאר חזק יחסית. בנוסף, גישה זו אינה זקוקה לסטנדרטים ולכיולים הנדרשים בשיטות כימות מוחלטות. הפרוטוקול מתואר בהקשר של בשר אדום, שיש לו חלבונים תואמים נוחים בצורת המיוגלובין שלהם. יישום זה רלוונטי לאיתור הונאות מזון: השיטה יכולה לזהות משקל של 1% למשקל בשר סוס בבשר בקר. החלבון המתאים, כימות יחסי של פפטיד תואם (CPCP) באמצעות יחסי שטח שיא MRM נותן הערכות טובות של המשקל להרכב המשקל של תערובת סוס פלוס בקר.

<html> בניסוי MRM דינמי במצב יחיד בכל מעבר מתוכנת נרשם בנפרד (כמו ספירת גלאי לכל שניות, CPS) מעל חלון זמן השמירה שצוין. לכן, מכל הנתונים שנאספו בניסוי אחד, את עוצמת השיא עבור כל מעבר ניתן לחלץ בנפרד. ואז ניתן האות הסופית רק עבור חלון שמירה המועד שנקבע מעבר. מחוץ לחלון, האות היא אפס מעצם הגדרתו. האות עבור כל מעבר אחד, למשל, 752 → 1269 מסוס (פפטיד monoisotopic המוני 1,501.66 Daltons, מבשר יון m / z 751.84 Daltons, לחייב המדינה = 2, שבר יון y 13) בדרך כלל יש להתחרות רק עם רעש המדידה ולא מן הפסגות מעבר אחרות שעשויות אולי להיות ממינים אחרים. הפלט הוא אפוא מערכת של פסגות נקיות, אחת בכל מעבר, בכל פעם החזקת משותף המעברים אלה החולקים יון מבשר משותף. ss = &quot;jove_content&quot; FO: keep-together.within-page = &quot;1&quot;&gt; איור 1 מציג את הפלט עבור קבוצה של ארבעה מעברים 752 → (1269, 706, 248, 1366) עבור תערובת של 1% w / w סוס בשר. מאז ארבעת המעברים המוצגים המשויכים סוס, והם נעדרים בדגימות של בשר בקר, כבש או חזיר טהור, הפסגות האלה מסמלים את נוכחותו של סוס. בהתאם לקריטריונים איתנים, קבוצה של שתיים או יותר מעברים כל עולה על כמה אותות שצוינו רמת רעש קובעת זיהוי. נתון זה ולכן קובע את הנוכחות של סוס בתערובת של 1% w / w סוס בשר. לעתים, מעבר מבודד יחיד מזוהה. דבר זה מצביע על התאמת סיכוי היון מבשר ושבר יחיד, ואולי מתוך חלבון זר, עם אלה צפויים מהמערכת programed לתוך ספקטרומטר המסה. האופי הייחודי של הפסגה, התרחשותו לעבר זמן שמירה לא צפוי, הוא סיgnature של מעבר תאונתי ניתן להתעלם. השטח מתחת שיא כל מעבר ניתן לחשב בנפרד. בהתבסס על שבר מתאים, היחס של סוס לאזורי שיא מעבר בשר, למשל, 752 → 1269 (סוס) כדי 767 → 1299 (בקר), יהיה ביחס ליחס של בשרים בפועל בתערובת. איור 2 מראה העלילה של אחוז עד אזור השיא עבור שני מעברים אלו לעומת משקל אחוז למשקל של סוס בתערובת של סוס עם בשר בקר. אם אזורי שיא אחוז המעבר להתאים את משקל האחוז עבור משקל של בשר אז השיפוע הוא 1. השיפוע בחלקה זו הוא 1.03, המעיד על כך, למעברים אלה CPCP זוג, אזורי השיא המעבר לתת מדד אמין של כמויות היחסיות של שני בשרים בתערובת. אם בשר הסוס במדגם היה כפליים עשיר מיוגלובין כמו הבשר ואז, עם גורמים אחרים ללא שינוי, השיפוע<html> קו יהיה גדול מ. <img alt="איור 1" src="/files/ftp_upload/54420/54420fig1.jpg" /> איור 1. עוצמות המעבר MRM לעומת זמן השמירה על 1% w / w סוס בשר. המעברים הם 752 → (1269, 706, 248, 1366), המוצג כתום, שחור, כחול וירוק, בהתאמה. הפפטיד סמן הוא HPGDFGADAQGAMTK. ארבעת שברי המעבר יכול להיות מצוין y 13, y 7, y 2 ו- y 14, בהתאמה, כאשר y n מציין לספור בחומצות אמינו n מסוף בטרמינל C-peptide. האות לרעש נעה בין 23 ל 53 במהלך ארבעת המעברים. קו אדום נוסף מציין את המעבר 752 → 1269 עבור 0% סוס, 100% בשר בקר להשוואה. רק באזור שאינו אפס של זמן השמירה מוצג. נתון זה יש הבדל בין ווטסון et al. 3.es / ftp_upload / 54,420 / 54420fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו. <img alt="איור 2" src="/files/ftp_upload/54420/54420fig2.jpg" /> איור 2. מגרש של סוס בשר בקר, כמו אחוז משקל משקל, לעומת סוס בשר כמו אזור שיא מעבר אחוזים. העלילה משתמשת זוג בשר פפטידים (767) ואת הסוס (752) ואת יון שבר y 13 עבור שניהם. אם A מציין אזור השיא אז לתאם הוא 100 A H / (A H + A B). השיפוע של הקו בכושר הטוב ביותר (R 2 = 0.99) הוא 1.03. נתון זה יש הבדל בין ווטסון et al. 3. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54420/54420fig2large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.</a>

אנו מציגים פרוטוקול לזיהוי וכימות הרכיבים בתערובות של מינים בעלי חלבונים דומים. ספקטרומטריית מסה מזהה פפטידים לזיהוי, ונותנת כימות יחסי לפי יחסים של אזורי שיא. ככלי לזיהוי הונאה, השיטה יכולה לזהות 1% סוס בבשר בקר.

נחישות כימות המינים בשנת תערובות שימוש ספקטרומטריית מסה MRM של פפטידים יישומית כדי אימות בשר

We describe a simple protocol for identifying and quantifying the two components in binary mixtures of species possessing one or more similar proteins. ...

המטרה הכללית של שיטה זו היא להשתמש בספקטרומטרית מסה בשיטת ניטור תגובות מרובות (multiple reaction monitoring mass spectrometry) כדי לזהות ולכמת את המינים הנוכחים בתערובות בשר נא, לשימוש ככלי לזיהוי הונאות מזון. שיטה זו יכולה לסייע במתן תשובות לשאלות מפתח בתחום של יושרה של מזון, כגון אישור המינים הנוכחים במוצרים כגון נקניקיות או המבורגרים. הגישה שלנו מבוססת על ספקטרומטרית מסה של מרכיב החלבון.היתרון המרכזי של טכניקה זו הוא היכולת להשיג תוצאה מהירה וכמותית. הרעיון לשיטה זו עלה לראשונה כאשר הבחנו כי חלבונים המוכרים תחת אותו שם במינים שונים הם למעשה שונים מספיק כדי לאפשר זיהוי מינים, אך דומים מספיק כדי לאפשר כימות. בצעו דנטורציה תרמית של מיוגלבינים ייחוס מופקים על ידי חימום הדגימה בבלוק חימום בטמפרטורה של 95 °C למשך 30 דקות.קררו את הדגימה למשך כ-15 דקות עד שתגיע לטמפרטורת החדר. לאחר מכן, הוסיפו 30 milligrams של urea כדי לשפר את העיכול וערבבו. הוסיפו לדגימה תמיסת trypsin ביחס של 1 ל-30 של אנזים לסובסטרט לפי משקל.לאחר מכן, ערבבו באמצעות vortex עדין והניחו לדגימה לעבור פרוטאוליזה למשך לילה ב-37 degrees celsius. בשלב הבא, בצעו נטרול מלחים לדגימה לאחר הפרוטאוליזה על ידי דילול הדגימה ביחס של נפח אחד לשני (volume to volume) במים. הפעילו עמודת פאזה הפוכה פולימרית הממולאת ב-30 milligrams של חומר פאזה הפוכה על ידי הוספה של 1 milliliter של methanol.לאחר מכן, יש להשוות את העמודה לאיזון על ידי הוספה של 1 mL של חומצה פורמית בריכוז 1%. טען את הדגימה אל העמודה תחת השפעת כוח הכבידה. כעת שטוף עם 1 mL של מתנול בריכוז 5% המכיל 1% חומצה פורמית.שטוף את הפפטידים באמצעות מיליליטר אחד של תמיסת אצטוניטריל-מים אל תוך מבחנות מיקרו-צנטריפוגה בנפח שני מיליליטר הממולאות מראש בחמישה מיקרוליטר של DMSO. לאחר מכן, הסר את הממס תחת ואקום בטמפרטורה של 50 °C באמצעות מאייד צנטריפוגלי למשך 120 דקות. לאחר מכן, המיס מחדש את השארית ב-250 מיקרוליטר של תמיסת אצטוניטריל-מים.העבירו את התמיסה לבקבוק דגימה (vial) לנפח נמוך עבור מדגמן אוטומטי. אתרו את רצפי המיוגלובין של סוגי הבשר השונים במאגר הנתונים UniProt. הזינו את רצפי המיוגלובין לתיבת היעד בתוכנה לחיזוי פפטידים ומעברים.במידת הצורך, רחפו מעל פפטיד כדי להציג את רשימת הפgmentים שלו. לאחר הזנת ההעדפות כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב, לחצו על Export ובחרו ב-Transition List כדי ליצור גיליון אלקטרוני המכיל את מעברי ה-MRM והפרמטרים שנוצרו. הגדירו מערכת כרומטוגרפיה נוזלית בעלת ביצועים גבוהים (HPLC) עם גרדיאנט בינארי, דגימה אוטומטית (autosampler) ועמודת HPLC מסוג C18 core shell, המחוברת לספקטרומטר מסות משולש-קוואדרופול (triple quadrupole mass spectrometer) הפועל במצב electrospray חיובי עם גילוי MRM.בסעיף עריכת הפרמטרים של תוכנת איסוף הנתונים של כרומטוגרפיה נוזלית עם ספקטרומטריית מסות, בחר את סוג הסריקה כ-MRM ואת הקוטביות כחיובית. הזן את ערכי ה-Q1, Q3, הזמן, ה-ID, ה-DP וה-CE עבור המעברים שנוצרו בגיליון הנתונים ושמור את שיטת הרכישה. לאחר הגדרת פרמטרי השיטה כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב, עבור לתוכנת איסוף הנתונים, לחץ על Acquire ובחר ב-Equilibrate.בתיבה שתיפתח, בחרו את שיטת הרכישה הנדרשת כדי להתחיל את ייצוב המכשיר. לאחר מכן, הניחו את מבחנות הדגימות במעמד בתוך הדגימה האוטומטית (autosampler). לחצו על File ובחרו ב-New, ולאחר מכן ב-Acquisition Batch.בשדה שם הדגימה, הכניסו את זהות כל אחת מהדגימות המיועדות לניתוח. עיינו בפרוטוקול הכתוב לקבלת פרטים על אופן ויזואליזציה של הנתונים שנרכשו. השתמשו בבשר שהוקפא בעבר ולאחר מכן נטחן לאבקה.הכינו סדרה של תערובות בשר על ידי שקילת כמויות מתאימות של בשר אל תוך מבחנות צנטריפוגה פלסטיות בנפח 15 milliliter. הוסיפו ארבעה milliliter של בופר מיצוי לאבקת הבשר. לאחר ערבוב במכשיר vortex למשך 30 שניות, בצעו מיצוי במכשיר ניעור למעבדה בטמפרטורת החדר למשך שעתיים במהירות של 250 cycles per minute.העבירו שני מיליליטר של התמצית לשפופרת מיקרוצנטריפוגה של שני מיליליטר וסובבו בצנטריפוגה למשך חמש דקות בטמפרטורה של ארבע מעלות צלזיוס ו-17,000 G. העבירו מנות של 200 מיקרוליטר של על-הסמיך (supernatant) לשפופרות צנטריפוגה של שני מיליליטר. ייבשו את הדגימות באמצעות מאייד צנטריפוגלי לפני קביעת ריכוז החלבון של הדגימות כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב. לצורך ביצוע פרוטאוליזה של תערובות בשר, המיסו שוב את השארית המיובשת במיליליטר אחד של תמיסת ammonium bicarbonate בריכוז 25 מילימולרי.ערבב היטב באמצעות וורטקס ובצע פרוטאוליזה כפי שבוצע בעבר. לאחר מכן, הגדר והפעל את ה-LCMS באופן דומה תוך שימוש ב-scheduled MRM. הצג את הכרומטוגרמה המלאה בתוכנה לצפייה בנתונים.הצג את היונים שחולצו עבור כל סט מעברים (transition set) בתורו. ודא באופן חזותי שכל מקבץ מכיל את מספר הפיקים דמויי הפעמון הנדרש בזמן השהייה הצפוי. בכך תאשש את קיומו של הפפטיד שנבחר.לאחר מכן, לחצו לחיצה כפולה על Quantiation Wizard בסרגל הניווט. בחלון Select Samples, צרו סט כימות (quantitation set) על ידי בחירת קובץ נתונים בודד. לאחר מכן, בחרו דגימה אחת או יותר מתוך הדגימות הזמינות.בחר ב-Next כדי להציג את הגדרות הבחירה ותיבת השאילתה. השאר את הגדרות ברירת המחדג ובחר ב-Next כדי להציג את Select Method. מתיבת התפריט הנפתח Method, בחר את קובץ שיטת האינטגרציה, ולבסוף בחר ב-Finish.שמרו את טבלת התוצאות, ייצאו אותה כקובץ טקסט ופתחו אותה בגיליון אלקטרוני כדי לסקור את הנתונים כפי שמתואר בפרוטוקול הטקסט. איור זה מציג את מעברי ה-MRM העוצמתיים ביותר עבור סוס, שהתקבלו מתערובת של 1% משקל למשקל עם בקר. לעומת זאת, הקו האדום מציג את המעבר מבקר כאשר לא נוכח סוס.זהו תרשים של הכמות שנמדדה לעומת הכמות שהוכנה של סוס בבקר, המבוטאת כיחסים. התרשים מראה בבירור כיצד ניתן להשתמש בשיטה לביצוע מדידות כמותיות. לאחר רכישת מיומנות ובשימוש בעיבוד באצוות, התפוקה בשיטה זו יכולה להגיע עד ל-20 דגימות ל-24 שעות.בעת ביצוע פרוצדורה זו, חשוב לזכור לבחור חלבון מתאים לניתוח השליפה. מיוגלובין הוא מועמד טוב לבדיקה של מיני בשר אדום מכיוון שהוא נמצא בשפע, מסיס במים ויציב בחום. ניתן להרחיב פרוצדורה זו כדי לכלול מינים נוספים לזיהוי וכימות בו-זמנית.המספר המקסימלי מוגבל רק על ידי מהירות הסריקה של הספקטרומטריה של מסות. טכניקה זו סוללת את הדרך עבור חוקרים להשתמש בטביעת אצבע פפטידית בתחומים כגון הגנת צרכן ומותג.

species-determination-quantitation-mixtures-using-mrm-mass

Research

JoVE Journal

Biochemistry

ביוכימיה

תקנים איזוטופ יציב ו ללכוד על ידי Anti-פפטיד נוגדנים (SISCAPA) זוגות להעשרת הזיקה של פפטידים עם איזוטופ יציב דילול ספקטרומטריית מסה (MRM-MS) כדי לספק מדידה כמותית של פפטידים כתחליפי עבור חלבונים, בהתאמה. כאן אנו מתארים את פרוטוקול באמצעות חלקיקים מגנטיים בפורמט אוטומטיות חלקית.

כימות של חלבונים באמצעות העשרה Immunoaffinity פפטיד יחד עם ספקטרומטריית מסה

קבוצת ישר קדימה שיטות לבודד לקבוע את זהותו של החלבונים הנפוץ ביותר בא לידי ביטוי בשרירי השלד. אודות 800 נקודות הם להבחין על ג'ל דו מימדי של השריר 10 מ"ג; זה מאפשר להגדרה של ביטוי המגדר חלבון ספציפי. שיטות אלה ייתן תוצאות המקבילה רוב הרקמות.

שרירי השלד מין Dimorphism מ Proteomics

זרימות עבודת תיוג איזוטופים יציבות...

פרוטאז וחומצת קטליזאטור זרימות עבודת תיוג המעסיק<sup&gt; 18</supמים&gt; O-מועשר

פרוטוקול זה מתאר כיצד לבצע בדיקות כימות מוחלטות של חלבוני מטרה בתוך דגימות ביולוגיות מורכבות באמצעות ניטור תגובה נבחר. הוא שימש לכימות מדויק של חלבונים של מסלול האיתות הכימוטקסיס של מקרופאגים בעכבר. בחירת פפטיד יעד, פיתוח בדיקה ובדיקות איכותיות וכמותיות מתוארים בפירוט.

תגובה נבחרת ניטור ספקטרומטריית מסה לכימות חלבון מוחלט

שרשרת פולימראז משופר שיטת פולימורפיזם תגובת הגבלה שבר אורך עבור genotyping מיני נפוחיתיים ידי ספקטרומטריית נוזלי כרומטוגרפיה / מסה מתוארת. טור מונולית סיליקה הפוכה פאזיים מועסק להפרדת amplicons מתעכל. שיטה זו יכולה להבהיר את המוני monoisotopic של oligonucleotides, אשר הוא כלי שימושי לזיהוי רכב בסיס.

שרשרת פולימראז משופר אורך קטע התגובה הגבלת Genotyping פולימורפיזם של נפוחיתיים רעילים ידי נוזלי כרומטוגרפיה / ספקטרומטריית מסה

כאן, אנו מתארים assay כרומטוגרפי בשילוב עם ההפרדה ניידות יון של פפטיד מבשרי ואחריו ברזולוציה גבוהה (~ 30,000) MS-הזיהוי של פפטיד קטעים על כימות של פפטיד מחודדים הסטנדרטים של נוגדן חד שבטי תקציר.

וזמינותו HS-MRM עבור כימות של התא המארח חלבונים בחלבון ביופרמצבטיקה באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית יון ניידות QTOF ספקטרומטר מסה

פרוטוקול זה מתאר תהליך ניסוי לחקור באופן כמותי ומקיף על חילוף החומרים של מקורות מזון רבים. זרימת עבודה זו, המבוססת על שילוב של ניסויים מעקב איזוטרופי שגרת אנליטית, מאפשר את גורלו של חומרים מזינים נצרך המקור מטבולית של מולקולות synthetized על-ידי מיקרואורגניזמים נקבע.

זרימת עבודה המבוסס על השילוב של מעקב איזוטרופי ניסויים כדי לחקור את חילוף החומרים מיקרוביאלית של מקורות מזון רבים

הפרוטוקול המתואר מספק ניתוח פרוטאומי כמותי ממוטב של דגימות רקמה באמצעות שתי גישות: כמות מבוססת תווית וללא תווית. לגישות מבוססות תוויות יש יתרון של כמות מדויקת יותר של חלבונים, בעוד שגישה נטולת תוויות חסכונית יותר ומשמשת לניתוח מאות דגימות של קבוצה.

זרימת עבודה מקיפה של פרוטאומיקת רובה ציד מבוססת ספקטרומטריה של דגימות רקמה

פרוטוקול זה מכסה ניתוח מפורט של הרכב פפטידוגליקן באמצעות ספקטרומטריית מסה של כרומטוגרפיה נוזלית בשילוב עם מיצוי תכונות מתקדם ותוכנת ניתוח ביואינפורמטיקה.

ניתוח כמותי למחצה של פפטידוגליקן על ידי כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטריית מסה וביואינפורמטיקה

ארגינין חלבון (R)-מתילציה הוא שינוי פוסט-תרגומי נרחב המווסת מסלולים ביולוגיים מרובים. ספקטרומטריית מסות היא הטכנולוגיה הטובה ביותר ליצירת פרופיל עולמי של R-מתיל-פרוטאום, כאשר היא משולבת לגישות ביוכימיות להעשרת פפטידים מותאמים. תהליך העבודה המיועד לזיהוי בביטחון גבוה של מתילציה גלובלית של R בתאים אנושיים מתואר כאן.

גישה פרוטאומיקה מבוססת ספקטרומטריית מסות לניתוח R-מתילציה של חלבונים גלובליים ובביטחון גבוה

מאמר זה מתאר שיטת הכנה לדוגמה המבוססת על אי-פעולת חום כדי לשמר פפטידים אנדוגני הימנעות השפלה לאחר המוות, ואחריו כמות יחסית באמצעות תיוג איזוטופי בתוספת LC-MS.

הכנה לדוגמה וכמות יחסית באמצעות מתילציה מופחתת של אמינים למחקרי פפטידומית

חקור שיטת MRM ספקטרומטריית מסה לזיהוי וכימות מינים בתערובות בשר גולמי. השיטה מאפשרת גילוי מהיר של 1% בשר סוס בבקר לזיהוי הונאות מזון.

נחישות כימות המינים בשנת תערובות שימוש ספקטרומטריית מסה MRM של פפטידים יישומית כדי אימות בשר

גלה סרטונים נוספים