Name: בחינת פנוטיפים מארח ב Affinis Gambusia בעקבות טיפול אנטיביוטי (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-02-22T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 25 s
Description: חקור את השפעות הטיפול האנטיביוטי על בריאות המארח בדגי Gambusia affinis. שיטה זו מאפשרת הפרעה לא פולשנית למיקרוביום הרירי וחקר תופעות לוואי פיזיולוגיות ביונקים בעלי חוליות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

פרויקט זה מומן בחלקו על ידי פרס FAST (צוות סגל וסטודנטים) ל-TPP ו-JMC מ-EURECA (המרכז לשיפור חוויות מחקר לתואר ראשון ופעילויות יצירתיות) באוניברסיטת סם יוסטון סטייט.

<ol><li>Panda, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short-Term+Effect+of+Antibiotics+on+Human+Gut+Microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+ONE%22%5BJournal%5D)">Short-Term Effect of Antibiotics on Human Gut Microbiota.</a> PloS ONE. 9 (4), 95476(2014).</li>
<li>Perez-Cobas, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota+disturbance+during+antibiotic+therapy%3A+a+multi-omic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota disturbance during antibiotic therapy: a multi-omic approach.</a> Gut. 62 (11), 1591-1601 (2013).</li>
<li>Theriot, C. M., Young, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+and+metabolic+interactions+between+the+gastrointestinal+tract+and+Clostridium+difficile+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Gut+Microbes%22%5BJournal%5D)">Microbial and metabolic interactions between the gastrointestinal tract and Clostridium difficile infection.</a> Gut Microbes. 5 (1), 86-95 (2014).</li>
<li>Buffie, C. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Precision+microbiome+reconstitution+restores+bile+acid+mediated+resistance+to+Clostridium+difficile%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Precision microbiome reconstitution restores bile acid mediated resistance to Clostridium difficile.</a> Nature. 517, 205-208 (2015).</li>
<li>Sekirov, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic-Induced+Perturbations+of+the+Intestinal+Microbiota+Alter+Host+Susceptibility+to+Enteric+Infection%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Antibiotic-Induced Perturbations of the Intestinal Microbiota Alter Host Susceptibility to Enteric Infection.</a> Infect Immun. 76 (10), 4726-4736 (2008).</li>
<li>Looft, T., Allen, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collateral+effects+of+antibiotics+on+mammalian+gut+microbiomes%5BTitle%5D)+AND+%22Gut+Microbes%22%5BJournal%5D)">Collateral effects of antibiotics on mammalian gut microbiomes.</a> Gut Microbes. 3 (5), 463-467 (2012).</li>
<li>Magnadottir, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15950491">Innate immunity of fish.</a> Fish Shellfish Immunol. 20 (2), 137-151 (2006).</li>
<li>Gomez, D., Sunyer, J., Salinas, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mucosal+immune+system+of+fish%3A+the+evolution+of+tolerating+commensals+while+fighting+pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Fish+Shellfish+Immunol%22%5BJournal%5D)">The mucosal immune system of fish: the evolution of tolerating commensals while fighting pathogens.</a> Fish Shellfish Immunol. 35 (6), 1729-1739 (2013).</li>
<li>Nunes, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acute+Effects+of+Tetracycline+Exposure+in+the+Freshwater+Fish+Gambusia+holbrooki%3A+Antioxidant+Effects%2C+Neurotoxicity+and+Histological+Alterations%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Environ+Contam+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Acute Effects of Tetracycline Exposure in the Freshwater Fish Gambusia holbrooki: Antioxidant Effects, Neurotoxicity and Histological Alterations.</a> Arch Environ Contam Toxicol. 68 (2), 331-381 (2014).</li>
<li>Fryxell, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sex+ratio+variation+shapes+the+ecological+effects+of+a+globally+introduced+freshwater+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Sex ratio variation shapes the ecological effects of a globally introduced freshwater fish.</a> Proc Biol Sci. , 22(2015).</li>
<li>Nunes, B., Miranda, M. T., Correia, A. T. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27074930">Absence of effects of different types of detergents on the cholinesterase activity and histological markers of mosquitofish (Gambusia holbrooki) after a sub-lethal chronic exposure.</a> Environ Sci Pollu Res Int. , 1-8 (2016).</li>
<li>Leonard, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://file.scirp.org/pdf/AiM_2014051916164703.pdf">The Skin Microbiome of Gambusia affinis Is Defined and Selective.</a> Adv Microbiol. 4, 335-343 (2014).</li>
<li>Carlson, J. M., Hyde, E. R., Petrosino, J. F., Manage, A. B. W., Primm, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+host+effects+of+Gambusia+affinis+with+an+antibiotic-disrupted+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+C+Toxicol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">The host effects of Gambusia affinis with an antibiotic-disrupted microbiome.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 178, 163-168 (2015).</li>
<li>Karsi, A., Gulsoy, N., Corb, E., Dumpala, P. R., Lawrence, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+bioluminescence-based+mutant+screening+strategy+for+identification+of+bacterial+virulence+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">High-throughput bioluminescence-based mutant screening strategy for identification of bacterial virulence genes.</a> Appl Environ Microbiol. 75 (7), 2166-2175 (2009).</li>
<li>Hawke, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Edwardsiellosis+caused+by+Edwardsiella+ictaluri+in+Laboratory+Populations+of+Zebrafish+Danio+rerio%5BTitle%5D)+AND+%22J+Aquat+Anim+Health%22%5BJournal%5D)">Edwardsiellosis caused by Edwardsiella ictaluri in Laboratory Populations of Zebrafish Danio rerio.</a> J Aquat Anim Health. 25 (3), 171-183 (2013).</li>
<li>Petrie-Hanson, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Zebrafish+Danio+rerio+as+a+Model+for+Enteric+Septicemia+of+Catfish+%28ESC%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Aquat+Anim+Health%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Zebrafish Danio rerio as a Model for Enteric Septicemia of Catfish (ESC).</a> J Aquat Anim Health. 19 (3), 151-158 (2007).</li>
<li>Fultz, R. S., Primm, T. P. A Laboratory Module for Host-Pathogen Interactions: America's Next Top Model. J. Microbiol. Biol. Educ. 11, abstract 20-B (2010).</li>
<li>Uliano, E., Cataldi, M., Carella, F., Migliaccio, O., Iaccarino, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+acute+changes+in+salinity+and+temperature+on+routine+metabolism+and+nitrogen+excretion+in+gambusia+%28Gambusia+affinis%29+and+zebrafish+%28Danio+rerio%29%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+A%22%5BJournal%5D)">Effects of acute changes in salinity and temperature on routine metabolism and nitrogen excretion in gambusia (Gambusia affinis) and zebrafish (Danio rerio).</a> Comp Biochem Physiol A. 157, 283-290 (2010).</li>
<li>Shotts, E. B., Waltman, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+medium+for+the+selective+isolation+of+Edwardsiella+ictaluri%5BTitle%5D)+AND+%22J+Wildl+Dis%22%5BJournal%5D)">A medium for the selective isolation of Edwardsiella ictaluri.</a> J Wildl Dis. 26, 214-218 (1990).</li>
<li>Under animal toxicity studies, sodium chloride entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank. , National Library of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016).</li>
<li>Under animal toxicity studies, sodium nitrate entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank. , National Library of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016).</li>
<li>Under animal toxicity studies, sodium nitrite entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank. , National Library of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016).</li>
<li>Vilz, T. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+Assessment+of+Intestinal+Motility+and+Gut+Wall+Inflammation+in+Rodents%3A+Analyses+in+a+Standardized+Model+of+Intestinal+Manipulation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Functional Assessment of Intestinal Motility and Gut Wall Inflammation in Rodents: Analyses in a Standardized Model of Intestinal Manipulation.</a> J Vis Exp. (67), e4086(2012).</li>
<li>Katoh, H. International Harmonization of Laboratory Animals. National Research Council (US) International Committee of the Institute for Laboratory Animal Research. Microbial Status and Genetic Evaluation of Mice and Rats: Proceedings of the 1999 US/Japan Conference. , National Academies Press. (2000).</li>
</ol>

למחברים אין מה לחשוף.

אתגרים מסוימים דורשים תקופת מנוחה ב APW הנקי לאחר טיפול אנטיביוטי עבור התרופה להיות מדולדלת ברקמות דגים. אם תקופת המנוחה הוא דילג אז הנוכחות אנטיביוטי יכול לבלבל את התוצאות, במיוחד כאשר assay כרוכה בחשיפה חיידקים. על מנת לבחון את ההשפעות מתוך רכב Microbiome שינה ללא שינויים גדולים המספר הכולל של חיידקים על המארח, רכב Microbiome ראשונים ניסויי ניטור (פרופיל 16S או רצף הגנום כולו) וצפיפות אוכלוסייה (16S quantitation באמצעות qPCR) במהלך חשיפה לאנטיביוטיקה יהיה נדרש. בעוד 3 ד הוא אופט...

זה כבר נקבע כי אנטיביוטיקה יכולה לשבש את Microbiome האדם שמוביל dysbiosis, כלומר חוסר איזון קהילת חיידקים. שינוי ההלחנה של החיידקים לאחר טיפול אנטיביוטי הוכח להפחית את המגוון של הקהילה, להפחית אנשי מפתח, וכן לשנות את חילוף חומרי קהילה, במיוחד במעיים 1, 2. הפרעה אנטיביוטיה של Microbiome הבטן יכולה להפחית התנגדות קולוניזציה כדי Clostridium difficile 3, 4 ו סלמונלה 5. בנוסף, השיבוש של החיידקים נקשר להתפתחות רבות תסמונות ומחלות בבני אדם (למשל, אנטיביוטיקה הקשורים enterocolitis, מחלות מעי דלקתיות, מחלות מטבוליות, וכו.). אנטיביוטיקה גם מיושמת נרחבת בחקלאות כמו מקדמי צמיחה בייצור בעלי חיים ועופות 6. השימוש של כלים רבי עוצמה אלה אינו נטול תופעות בטחונות, אשר בא לידי ביטוי בעלייה מהירה של עמידות לאנטיביוטיקה, כמו גם את ההשפעות של Microbiome שיבשו יש עם המארח מאוכלס שלה. מחקרים רבים הראו כי שימוש באנטיביוטיקה רחב טווח יש ארוכת השלכות קיימא המבנה והתפקוד של החיידקים, אך תופעות הלוואי מן הפיסיולוגיה מארח להשפיע לאנטיביוטיקה שבשה Microbiome הם ספקולציות בלבד שטרם להיתמך. משחק הגומלין בין מארחת, חיידקים, ואנטיביוטיקה הוא רחוק מלהיות מובן בצורה תמציתית. לכן, מודל פשוט יותר צייתן יתרון שפיכת אור על מערכת יונקים המורכבת ביותר. משטחים ריריים בבני אדם, כולל הבטן, נמל הצפיפות והמגוון ביותר של חיידקים, וגם אינטראקציות חיידק המארח האינטימיות ביותר. Microbiome העור הרירי של ים הצעות דגיםיתרונות everal כמערכת מודל. כליל הגרמי (הדגים גרמיים) הוא אחת השושלות המוקדמות לסטות כמשמעותו החוליות שיש teleosts הוא המולד רכשה מערכת חיסונית כי יש שיתוף התפתח יחסים עם קהילות חיידקי commensal 7. מניות עור דגי מאפיינים רבים עם משטחים ריריים סוג 1 של יונקים, כגון תפקודים גופניים, רכיבים חסינים ועל ארגונו של תאים מייצרי ליחה 8. המיקום החיצוני של משטח עור דג הרירי מציע Microbiome קל לתפעל מדגם הניסיון. גמבוזיה מצויה המערבי, affinis Gambusia (ג affinis), הוא דג מודל, שבו נעשה שימוש בעבר ללימוד ההזדווגות ואת הרעלים 9, 10, 11. בהתחשב בגודל הקטן, שפע אוכלוסייה בטבע כמו מין פולש, מ &#39;<html> טיפול עלות inimal, והטבע הארדי, פתחנו ג affinis כמודל Microbiome רירי. יתר על כן, Gambusia לשתף הפיזיולוגיה של הלידה לחיות צעירים עם יונקים היולדת צאצאים חיים, שהוא נדיר ב מיני דגים. אנחנו השלמנו את המחקר המקיף ביותר בעת חיידקים נורמלים עור דג באמצעות 16S פרופיל עם Gambusia 12. עבודה נוספת הפגינו שלוש השפעות שליליות על למארח הבא שיבוש של החיידקים בעור הבטן באמצעות 13 אנטיביוטיקה רחבת טווח. חמישה אפקטים שונים נבחנו הדג לאחר חשיפה לאנטיביוטיקה. היתרון המארח ביותר שהוקם היטב של Microbiome הוא הרחקה תחרותית של פתוגנים. Ictaluri דגים הפתוגן Edwardsiella ידוע כגורם התפרצויות של הרעלת דם מעיים בחוות שפמנון מסחרי 14. גם א ictaluri הוכח קטלני להדביק דג זברהclass = &quot;Xref&quot;&gt; 15, 16 ו Gambusia 17. אתגר עם הפתוגן מעמודת המים יכול לשמש כאמצעי של דרה. לשם השוואה כדי רגישות פתוגן פרט, ההישרדות במהלך חשיפת צפיפות גבוהה של אורגניזמים מעורבים גם בוצעה. צואה ואדמה אורגני עשיר שימשו כמקורות-בדרך נתקל של קהילות מיקרוביאלי. תפקיד נוסף נוסד קהילת בטן חיידקי המבצעת הנו קציר עיבוד אנרגיה מזין, ובכך להשפיע על הספיגה תזונתית הכוללת עבור המארחת. כתוצאת מדידת ברוטו של תזונה, משקל גוף דגים הושווה לפני ואחרי חודש אחד של שהאכיל תזונה סטנדרטית. אנטיביוטי שטופל דגים כממוצעים ירד במשקל בעוד דגים מלאים בממוצע עלו במשקל במהלך החודש. המנגנון זה חוסר העלייה במשקל אינו ברור. אחת גורם תורם אפשרי הוא זמן המעבר של המזון במעי. מוטי GIשיטת lity הותאם מתוך דג הזברה (אדם עשיר, SUNY Brockport, תקשורת אישית) כדי לקבוע את זמן המעבר. זה טרם נקבע אם דגים שטופל באנטיביוטיקה יש זמן מעבר שינה. אתגר משותף חווה בסביבה הטבעית על ידי כל היצורים, במיוחד הדגים, הוא מתח האוסמוטי. Gambusia הוכחו לאמץ במהירות בחריפות הדגיש בריכוזים גבוהים של מליחות 18. באופן מפתיע, דגים עם Microbiome לאנטיביוטיקה שינתה הציג וריד הישרדות על מתח מלח גבוה. מנגנון פנוטיפ הרומן הזה נמצא תחת חקירה. עוד מתח משותף על בעלי חיים ימיים, במיוחד באקווריומים, הוא צורות רעילות של חנקן (אמוניה, ניטראט, ו ניטריט). הישרדות נגד חנקתי לא היה שונה משמעותית בין דגים אנטיביוטי שטופלו ושליטה. השיטות שהוצגו בכתב היד הזה יכול לשמש עם אורגניזמים Gambusia או מודל דגים דומים, כגון זברהדגים medaka, למדוד פנוטיפים בדגים הבאים מניפולציה ניסויית.

<table><tbody><tr><td>Rifampicin</td><td>Calbiochem</td><td>557303-1GM</td><td></td></tr><tr><td>נתרן חנקתי</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>S5506</td><td></td></tr><tr><td>פלואורסצאין עם תווית 70 kDa דקסטרן אניוני</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>D1823</td><td></td></tr><tr><td>טבליות מלח עם חוצץ פוספט (PBS)</td> טבליות <td>Calbiochem</td><td>6500-OP</td><td>מתמוססות במים לייצור PBS</td></tr></tbody></table>

בחינת פנוטיפים מארח ב<em&gt; affinis gambusia</em&gt; בעקבות טיפול אנטיביוטי

Examination of Host Phenotypes in Gambusia affinis Following Antibiotic Treatment

השכיחות של שימוש באנטיביוטיקה ברפואה פירושה שהבנת ההשלכות הנובעות מכך על המארח היא חיונית. אנטיביוטיקה לעיתים קרובות מפחיתה את מגוון קהילת המיקרוביום המארח ומשפיעה על הרכב הקהילה המיקרוביאלית. מחלות רבות כגון דלקת מעיים הקשורה לאנטיביוטיקה, מחלות מעי דלקתיות והפרעות מטבוליות נקשרו למיקרוביוטה משובשת. יחסי הגומלין המורכבים בין מארח, מיקרוביום ואנטיביוטיקה זקוקים למודל ניתן לחקר אינטראקציות מארח-מיקרוביום. דגי החולייתנים שלנו במים מתוקים משמשים כמודל שימושי לחקירת ההיבטים האוניברסליים של מבנה ותפקוד המיקרוביום הרירי, כמו גם ניתוח השפעות מארח תוצאתיות משינוי הקהילה המיקרוביאלית. השיטות כוללות אתגרי מארח כגון זיהום על ידי פתוגן דגים ידוע, חשיפה לחיידקי צואה או אדמה, לחץ אוסמוטי, רעילות חנקה, ניתוח גדילה ומדידת תנועתיות המעיים. טכניקות אלו מדגימות מערכת מודל גמישה ושימושית לקביעה מהירה של פנוטיפים מארחים.

דיאגרמה סכמטית הכוללת של המערכת הניסיונית בשימוש ללמוד תופעות מארח דגים מחשיפה אנטיביוטיה 13 מיוצגת באיור 1A וכוללת את הטכניקה לחילוץ העור (האיור 1B) ובמעיים (תרשים 1C) microbiomes מהדג. שלושה ימים נבחרה כתקופת אנטיביוטי החשיפה כי הנתונים הקודמים מגלה כי בעוד המספר הכולל העור culturable טיפות מוקדם בטיפול, זה חזר לטיפול מקדים רמות אחרי 3 ד. בינתיים, רכב הקהילה, כפי שנקבע על ...

מחקר זה כלל שיטות לחשוף תופעות על שורת דגי המודל הבאה שינוי בהרכב קהילות Microbiome עור בטן באמצעות אנטיביוטיקה.

בחינת פנוטיפים מארח ב<em&gt; Affinis Gambusia</em&gt; בעקבות טיפול אנטיביוטי

The commonality of antibiotic usage in medicine means that understanding the resulting consequences to the host is vital. Antibiotics often decrease host ...

המטרה הכללית של מערכת ניסויית זו היא לבחון את תופעות הלוואי השליליות לגוף המארח לאחר טיפול אנטיביוטי. לפיכך, שיטה זו יכולה לסייע במתן תשובות לשאלות מפתח בתחום המיקרוביום, כגון תופעות לוואי הקשורות לאנטיביוטיקה המשפיעות על בריאות המארח ומתווכות על ידי מיקרוביום מופרע. היתרונות המרכזיים של טכניקה זו הם שהמערכת פשוטה, זולה לבחינת פנוטיפים פיזיולוגיים של בעלי חולחולות, ומאפשרת הפרעה לא פולשנית של המיקרוביום הרירי.ההשלכות של טכניקה זו מאפיינות כיצד הפרעה במיקרוביום של בעל חיים עלולה להוביל לתופעות לוואי משמעותיות. ראשית, בצעו מריחה של זן זיהומי של Edwardsiella ictaluri שהושג בעבר והוקפא על גבי מצע אגר סלקטיבי ודיפרנציאלי ל-E.Ictaluri. דגרו את התרבית בטמפרטורה של 27 °C למשך יומיים.העבירו מושבה נקייה ומבודדת מהתרבית והחדירו אותה לבקריקה של 150 מיליליטר המכילה 40 מיליליטר של מצע תרביה עשיר (nutrient broth). הניחו את הבקריקה באינקובטור עם ניעור בטמפרטורה של 27 degrees Celsius ובמהירות של 150 RPM למשך יומיים. לאחר הדגירה, כדי לכוון את תרבית ה-E.Ictaluri לנפחי המינון הזיהומיים הרצויים, השתמשו ב-PBST כדי לדלל דגימה מהתרבית עד לערך OD 650 של 0.2.לאחר איסוף של Gambusia affinis וטיפול בדגים בריפמפיצין בעמוד המים למשך שלושה ימים, העבירו הן את קבוצת הדגים שטופלה באנטיביוטיקה והן את קבוצת הביקורת שלא טופלה לכוסות פלסטיק נפרדות המכילות 130 milliliters של מי בריכה מלאכותיים טריים, או APW, למשך כ-10 שעות לצורך פינוי התרופה מרקמות הדגים. לאחר מכן, הפרידו שוב את הדגים לכוסות פלסטיק נפרדות בנפח שמונה אונקיות המכילות 130 milliliters של APW נקי. הגדירו מנה קטלנית של תרבית E.Ictaluri לכל דג והדגירו את הדגים בטמפרטורה של 27 degrees Celsius למשך 24 שעות.לאחר רחליץ ה-E.Ictaluri, העבירו כל דג לכוס חדשה עם 130 milliliters של APW. ללא האכלת הדגים, רשמו את תמותת הדגים לאורך תקופה של שבוע. אספו את הצואה שנאספה לתוך שקית פלסטיק סטרילית לפני העברתה למבחנה קונית סטרילית של 15 milliliter, לאחר מכן השתמשו ב-PBST כדי ליצור ריכוז מלאי של הצואה בטווח של 500 עד 800 milligrams per milliliter, באמצעות פיפטה מפלסטיק של one milliliter או גדולה יותר שקצה היא גזור, הכינו 130 milliliters לכל כוס של 15 milligram per milliliter או 10 milligram per milliliter של צואה ב-APW.העבירו דגים שטופלו באנטיביוטיקה או דגים שלא טופלו לכוסות בודדות המכילות את התמיסה, ולאחר מכן דגרו את הדגים בטמפרטורה של 25 °C למשך יומיים, תוך כדי מעקב צמוד ותיעוד של התמותה במהלך זמן זה. כדי לטפל בדגים באמצעות קרקע, אספו בין קילוגרם אחד לעשרה של שכבת עליון אורגנית עשירה, מעומק של כ-7 עד 15 ס"מ, והעבירו אותה למכל פלסטיק נקי. הכינו כוסות פלסטיק בודדות המכילות 18.2 גרם של קרקע ו-130 מיליליטר של APW, תוך ערבוב היטב של הקרקע ביד, לאחר מכן העבירו את הדגים שטופלו באנטיביוטיקה או את הדגים שלא טופלו לכוסות והשאירו אותם בטמפרטורה של 25 °C למשך שלושה ימים תוך תיעוד כל תמותה.לאחר תקופת מנוחה של 10 שעות ב-APW בעקבות טיפול אנטיביוטי, העבירו את הדגים לכוסות אישיות המכילות 17.5 milligram per milliliter של sodium chloride ו-APW, ועקבו אחר הדגים במשך 36 שעות כדי לבדוק תמותה. לביצוע אתגר רעילות לניטראט, לאחר תקופת מנוחה של 10 שעות כבעבר, הפרידו את הדגים לכוסות אישיות המכילות 10 או 17.5 milligram per milliliter של sodium nitrate ו-130 milliliters של APW. עקבו אחר הדגים במהלך יום אחד לבדיקת תמותה במינון הגבוה של sodium nitrate, ובמשך ארבעה ימים עבור הדגים במינון הנמוך. לאחר השלמת חשיפה של שלושה ימים לאנטיביוטיקה או לקבוצת ביקורת בקבוצות, עבור דגים בודדים, מלאו כוסות קלקר בנפח שמונה ounce ב-150 milliliters של APW, ולאחר שקילת הכוסות המלאות, העבירו את הדגים לכוסות, ולאחר מכן רשמו את משקל הגוף הכולל לצורך הערכה ראשונית.האילו את הדגים מדי יום בשני גרגירי מזון לכל דג, ועקבו אחר הצריכה על ידי תיעוד חזותי של הגרגירים שלא נאכלו. בסוף כל שבוע, לאורך ארבעה שבועות, קבעו את משקל הדגים על ידי שקילה ראשונית של כוס עם APW טרי ותיעוד המשקל, לאחר מכן העבירו את הדג לרשת דגיסה והעבירו אותו לכוס חדשה, לפני ששקלו את הכוס שוב. עבור קבוצות דגים, שפכו 150 milliliters של APW לכוס ואפסו את המאזנאות.שמרו על הדגים יחד בשתי הקבוצות בעת העברתם למכלים חדשים של APW, ולאחר מכן רשמו את המשקל הכולל של הקבוצה. חזרו על השקילה בסוף כל שבוע לאורך חודש. כדי לנתח את זמן מעבר המזון במעי, הוסיפו 360 µL של מים דיוניים סטריליים ו-52 mg של ג'לטין לשפופרת סטרילית של 1.7 mL, והניחו אותה על בלוק חימום של 60 °C עד שהג'לטין נמס ונמס באופן מלא.בעזרת מכתש ועלי, גרס את פתיתי מזון דגי הזהב לאבקה דקה, והוסף למבחנה 40 milligrams מהאבקה יחד עם 20 µL של שמן דגים. לאחר הערבוב, הוסף 1.6 milligrams של FitC dextran. טפטף טיפות של 20 µL מהנוזל החם על פאראפילם (parafilm) על משטח העבודה במעבדה, והנח להן להתקרר ולהתמצק במהירות.הניחו את הפרה-פילם (parafilm) על מחצית של צלח פטרי והצמידו אותו למים סטריליים בתוך מכל פלסטיק אטום. אחסנו את הטיפות שהתגבשו במקרר למשך עד ארבעה ימים, לפני שיהיו קשות מדי עבור הדגים לאכילה. רגע לפני ההאכלה, השתמשו בלהב תער כדי לחתוך את הטיפות לרבעים.הסגילו את הדגים בכוסות קלקר אישיות למשך יומיים ללא האכלה, הניחו רבעים ארבעה של המזון לתוך כוס הדג, ועקבו אחר הדגים במשך 30 דקות כדי לבחון כמה חתיכות מזון כל אחד מהם אוכל. כדי להתחיל בניטור, העבירו דגים בודדים לכוסות המכילות 80 milliliters של APW, ובכל שעתיים דגימה של 1 milliliter. אחסנו את הדגימה בתוך מבחנה מסומנת של 1.7 milliliter בטמפרטורה של ארבעה מעלות Celsius.עם סיום הבדיקה, העבירו דגימה שלמה של one milliliter למבחנה (cuvette), והשתמשו בספקטרופוטומטר פלואורסצנציה כדי לתעד פלואורסצנציה באורך גל עירור של 495 nanometers ובאורך גל פליטה של 520 nanometers עבור כל הדגימות בו-זמנית. כפי שמוצג כאן, דגים עם מיקרוביום ששוּנה באמצעות אנטיביוטיקה היו רגישים יותר לזיהום ב-E.Ictaluri מאשר דגי ביקורת. ההבדל בזמן הממוצע עד המוות בין הדגים המטופלים לדגי הביקורת לא היה מובהק.סביר להניח שהדבר נובע מגודל הקבוצה הקטן. גרף זה ממחיש כי דגים שנחשפו לריפמפיצין היו רגישים יותר למעקה אוסמוטי מאשר דגי ביקורת; בבדיקה זו, רמות מליחות מעל 18 milligrams per milliliter הובילו למוות מהיר של הדגים. כפי שמוצג בטבלה זו, כאשר נחשפו לרעלן חנקת בעמוד המים, חשיפה מוקדמת לטיפול באנטיביוטיקה לא השפיעה על ההישרדות.בריכוז של 10 milligrams per milliliter, נצפתה תמותה של 50% הן בקבוצה שטופלה באנטיביוטיקה והן בקבוצת הביקורת לאחר 90 שעות. בניסוי זה, תוך שימוש בדגי ביקורת באקווריום, הוכנסו לדגים שני קטעים של מזון המסומן ב-FitC dextran, או קטע אחד, כדי לבחון את זמן מעבר המזון על ידי מדידת פלואורסצנציה במים הסובבים לאורך זמן. לאחר הליך זה, ניתן לבצע שיטות נוספות, כגון מדידת מאגרי השומן הכוללים בגוף וכבישון ייצור ריריות העור, כדי להבין את המנגנונים ולצמצם גורמים מתבלבלים שעשויים לתרום להשפעות שליליות על המארח.

examination-host-phenotypes-gambusia-affinis-following-antibiotic

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

מקור: ברנוט, א., ואח', פענוח והדמיה של פתוגנזה ודימות של מיקובקטריום אבססיסוס בעוברי דגי זברה. J. Vis. Exp. (2015).הסרטון הזה מדגים פרוטוקול לבידוד וכימות של Mycobacterium abscessus מעובר דג זברה נגוע. ההליך כולל המתת חסד של עוברים, ניתוק רקמות והומוגניזציה לשחרור החיידקים, ולאחר מכן צנטריפוגה והשעיה מחדש בבופר סורפקטנטים. לבסוף, ההשעיה החיידקית מדוללת באופן סדרתי, מצופה על אגר עם תוספת אנטיביוטיקה, ומודגרת כדי לאפשר יצירת מושבות וכמות.

בידוד וגידול חיידקים מעוברי דגי זברה להערכת עומס זיהום

מקור: לה, ט. א. נ., ואחרים, מדידת השפעות חיידקים וכימיקלים על חדירות המעיים של Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים בדיקה מבוססת פלואורסצנציה לכמת חדירות המעי ב-C. elegans שנחשפו ל-Pseudomonas aeruginosa. בהשוואה לביקורת שקיבלו Escherichia coli, תולעים שטופלו בפתוגן מראות דליפת פלואורופור מוגברת לחלל הגוף, מה שמעיד על נזק למחסום האפיתליאלי.

הערכת חדירות המעי ב-C. elegans לאחר חשיפה לחיידקים

ביצה בתולעת assay (EIW) הוא שיטה יעילה לכמת-הטלת התנהגות. שינויים בנחת ביצה יכולים להיות תגובה התנהגותית של האורגניזם...

מדידת ההשפעות של חיידקים על<em&gt; ג Elegans</em&gt; התנהגות באמצעות Assay שימור ביצה

עוברי דג זברה שקופים אופטית נמצאים בשימוש נרחב כדי לחקור ולדמיין בזמן אמת את האינטראקציות בין מיקרואורגניזמים פתוגניים לתאי החיסון המולדים. מיקרו-הזרקה של Mycobacterium abscessus, בשילוב עם הדמיה פלואורסצנטית, משמשת לבחינת מאפיינים פתוגניים חיוניים כגון היווצרות חבל בעוברי דג זברה.

פענוח ופתוגנזה הדמיה והשתרגות<em&gt; Abscessus Mycobacterium</em&gt; בעוברי דג הזברה

פרוטוקול זה מתאר את השימוש sump מטליות וניתוח בוצה של דג זברה מערכות, מה שמוביל גילוי מוגברת בהשוואה לשימוש הבלעדי של זקיפים לזהות פתוגנים כגון Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp.  Pseudocapillaria tomentosa. מערכת לפקח tomentosa פ ביצים בהסגר גם מוצע.

הקרנת איכות הסביבה של Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp. Pseudocapillaria tomentosa במערכות דג זברה

בשל הדמיון הבולט של מחזור החיים ביולוגיה של טפילים מלריה מכרסמים לטפילים מלריה אדם, מודלים מלריה מכרסם הפכו חיוניים למחקר מלריה. בזאת, אנו מתוקננת כמה מן הטכניקות החשובות ביותר בשימוש בניתוח פנוטיפ של פראי סוג ומלריה מכרסם הטרנסגניים.

ניתוח פנוטימית של מלריה מכרסם טפיל מינית ושלבי דם מיניים ושלבי יתוש

כאן, אנו מציגים את תולעים נימיות Caenorhabditis elegans כמודל מארח רב-תכליתי ללמוד אינטראקציה מיקרוביאלי.

נמטודות. Caenorhabditis Elegans - מודל רב תכליתי In Vivo ללמוד אינטראקציות מארח-חיידק

דג זברה (רזבורה rerio) הופכים נפוץ חוליות במודל חיה מושבת חיידקים, פתוגנזה. פרוטוקול זה המתאר את השימוש protozoan סנדלית caudatum כרכב שמקורם במזון זיהום בדג זברה הזחלים. Caudatum פ ברצון ולהרזיה חיידקים, לקבל נלקח על ידי דג זברה זחל דרך ההתנהגות טרף ושהם הטבעיים.

באמצעות את Protozoan סנדלית caudatum כמו רכב עבור זיהומים שמקורם במזון הזחלים דג זברה

פרוטוקול זה מתאר מודל זיהום אספרגילוס בזחלים זברה. נבגי אספרגילוס הם microinjected לתוך hindbrain של זחלים, טיפול כימי משמש כדי לגרום לדיכוי המערכת החיסונית. התקדמות הזיהום מנוטרת באמצעות מערך הדמיה יומי כדי לפקח על צמיחה פטרייתית ותגובות חיסוניות, כמו גם ספירה של נבגים חיים על ידי ציפוי יחידה יוצר מושבה.

זיהום זחלי זברה עם נבגי אספרגילוס לניתוח אינטראקציות מארח-פתוגן

מאמר זה מציג פרוטוקול כדי לחקור את ההשפעה של חיידקים בודדים מעיים יתוש, כולל בידוד וזיהוי של חיידקים midgut יתושים, דלדול אנטיביוטיקה של חיידקים מעיים יתוש, ולהחזן מחדש מין אחד חיידקים ספציפיים.

תסכולת הזנה דרך הפה חיידקית עם יתושים שטופלו באנטיביוטיקה

כיום חסרים מודלים in vivo המתאימים לבדיקת תרופות נגד זיהומים חיידקיים כרוניים. כאן, אנו מתארים פרוטוקול לזיהום פצע על ידי מבודד קליני של Pseudomonas aeruginosa כדי ליצור זיהום מתמשך בזחלי דג הזברה.

מידול זיהום מתמשך של Pseudomonas aeruginosa בזחלי דג זברה פצועים

חקור את השפעות הטיפול האנטיביוטי על בריאות המארח בדגי Gambusia affinis. שיטה זו מאפשרת הפרעה לא פולשנית למיקרוביום הרירי וחקר תופעות לוואי פיזיולוגיות ביונקים בעלי חוליות.

בחינת פנוטיפים מארח ב

גלה סרטונים נוספים