Name: הקמת מאגר ביולוגי המבוסס על מרפאה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-05-29T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: למדו כיצד להקים מאגר ביולוגי מבוסס מרפאה לטיפול בדגימות גידולי עור. פרוטוקול זה מאפשר לאסוף רקמות מניתוחי מוהס ללא הפרעה לשגרת העבודה הקלינית, ותומך במחקר עתידי של ביומרקרים בדרמטולוגיה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי כספים מן המערב התיכון אוניברסיטת מכללת למדעי הבריאות מחקר מענק סיוע, הוענק EEH, ו Midwestern אוניברסיטת מחקר של מחקר תוכניות ממומן גרנט פנימי, הוענק KJL. תמיכה נוספת סופקה על ידי מעבדות קשורות ודרמטולוגיה. אנו מודים שרה Potekhen, ג&#39;יימי בארטו, סטפני פאוקס, קודי Jording, Stacie Schimke, הת &#39;ר Kissel, עלי Zaidi על סיוע טכני שלהם.

כל הניסויים על דגימות רקמות אדם אושרו על ידי IRB המערבי (WIRB Protocol # 20142461). הקריטריון היחיד עבור אוסף של רקמות עבור נהלים אלה היא אבחנה מוכחת ביופסיה של SCC. לא נכללו קריטריונים לאי-הכללה בפרוטוקול ה- IRB המקורי, אך לא נעשה שימוש בדגימות מחולים עם מחלה מוכרת בדם ידועה. הסכמה מדעת התקבלה לפני איסוף רקמות עוריות, דם ורק. Midwestern מוסדיים סקירה מועצת אישרה את עבודת האימות עם דגימות biorepository קליני באוניברסיטת Midwestern (AZ # 807). 1. עור רקמתי גידול רקמות הערה: זה אמור להתבצע על ידי היסטולוג Mohs. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עיבוד של קרצינומה של תאים קשקשיים טריים (SCC) רקמה עבור RNA ו תרבות אקספלנט <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר הרקמה כבר נכרת על ידי המנתח Mohs, הקציר של 10 מ&quot;ג 50 (≥ 10 מ&quot;מ 3 </sup&gt;) מדגם רקמות ממרכז הצד apical של הרקמה במהלך הרפיה (המהווה את התהליך של מניפולציה של הרקמה כדי לאפשר לו לשכב על השקופית) לפני עיבוד נוסף. הערה: זה אפשרי רק אם הגידול גדול מספיק כדי לאפשר מדגם בגודל 10-50 מ&quot;ג (≥ 10 מ&quot;מ 2 ) כדי להסיר לפני ההערכה היסטולוגית, המהווה חלק הליך מוס. אם הגידול אינו גדול מספיק כדי לאפשר מינימום של 2 מ&quot;מ 3 כדי להסיר, לא להמשיך עם עיבוד עבור RNA (לדלג על שלב 5). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מעבירים את הרקמה קיימא לצינור שכותרתו 1.5 מ&quot;ל המכיל בינוני תרבות (1: 1 תערובת של DMEM: F של 12, 25 HEPES מ&quot;מ, 100 IU / מ&quot;ל ​​של פניצילין, ו 100 מיקרוגרם / מ&quot;ל ​​סטרפטומיצין) באמצעות פינצטה ולוודא כי רקמה שקועה לחלוטין במדיום. חנות זו צינור ב 4 ° C לפני עיבוד נוסף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש רקמות לבידוד רנ&quot;א ניתוח ביטוי (ראה שלב 5) ו / או הממסדEnt של תרבות explant (ראה שלב 6) בתוך 24 שעות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את שאר המדגם הגידול כי הוסר מן החולה (שלב 1.1.1) על מחזיק רקמות cryostat (או &quot;צ &#39;אק&quot;). הטמע את הרקמה בטמפרטורת חיתוך אופטימלית (OCT) המתחם, הקפאת הרקמה בתוך המחזיק, כדי לאפשר השלמת היסטולוגיה Mohs להכנת הכפפות היסטולוגית נוספת לניתוח ניסיוני. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנת שקופיות היסטולוגית <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חתך קטעי רקמה 7 מיקרומטר עבה באמצעות cryostat וליצור שתי (או יותר) שקופיות עבור כל מדגם הגידול. ודא כי כל שקופית מכילה עד שלושה קטעים של הגידול המלא. הערה: אחד משני שקופיות יהיה מוכתם באמצעות H &amp; E על ידי ההיסטולוג Mohs, ואת שקופיות נוספות (ים) עשוי להיות מעובד עם IF, IHC, או ניתוח דגים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את השקופיות אצטון עבור 1-2 s כדי לתקן את הרקמה. הגדר שקפים אלה בצד לייבוש. אל H &amp; Eכתם או coverslip את השקופית לשמש בעתיד immunofluorescence (IF), אימונוהיסטוכימיה (IHC), או פלואורסצנציה באתרו הכלאה (FISH) ניתוח, בהתאם פרוטוקול הניסוי. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עיבוד רקמות שלאחר המוות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר עיבוד Mohs הושלמה (צעדים 1.1-1.2), לעבוד בחדר cryostat ו לחטט את המדגם מן המדיום cryo-embedding ומקום הרקמה לתוך צינור קריוגני שכותרתו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את הבקבוקון שכותרתו חנקן נוזלי לפני הרקמה יש מופשר. אם דגימות ישמשו לחלבון ו / או ניתוח DNA, הם עשויים להיות מועברים חנקן נוזלי או מקפיא -80 מעלות צלזיוס בתוך כמה דקות כדי להיות מאוחסן ביטוי חלבון עתידי וניתוח המוטציה DNA (ראה שלבים 4-5) . הערה: אם רנ&quot;א שלם הוא הרצוי מדגם שלאחר Mohs, זה חיוני כדי לשמור על המדגם קפוא במהלך ההסרה מן המדידה cryo-embedding. אם הטיפול הקיצוני אינו מופעלבשלב זה, המדגם שלאחר Mohs צריך להיות שמור עבור חלבון ו / או ניתוח DNA. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עיבוד של ANT טרי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בזמן סגירת Mohs, לקבל ANT מן המנתח Mohs. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר כמות שווה או גדולה יותר של ANT כפי שנקטף מדגם SCC (ראה לעיל) מן הצד apical של הרקמה הרגילה ולהעביר אותו צינור 1.5 מ&quot;ל המכיל בינוני תרבות (תערובת 1: 1 של DMEM: F- 12 בתוספת HEPES מ&quot;מ 25, 100 IU / מ&quot;ל ​​של פניצילין, ו -100 מיקרוגרם / מ&quot;ל ​​סטרפטומיצין) באמצעות פינצטה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לגמרי לטבול את הרקמה במדיום התרבות אותו חנות ב 4 מעלות צלזיוס עד עיבוד הבא (ראה שלבים 4-6). </li></ol></li></ol> 2. דם, רוק, ו Buccal עיבוד ספוגית <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השג כ 10 מ&quot;ל של דם צינורות EDTA איסוף באמצעות וניפנקטורה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מעבירים את הדם מן צינורות איסוף צינור סטרילית 15 או 50 צנטריפוגות מ&quot;ל. הסר כ 200 μL לתוך צינור 1.5 מ&quot;ל cryogenic, הימנעות בועות; חנות זו מדגם דם שלם ב -80 מעלות צלזיוס, כדי לשמש genotyping בעתיד התאמת רקמות, במידת הצורך. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין את הדם הנותר ב 1000 xg במשך 30 דקות ופעל נהלים סטנדרטיים כדי לאסוף את חלק הפלסמה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Aliquot פלזמה לתוך 1 מ&quot;ל במרווחים של 1.5 מ&quot;ל צינורות cryogenic ולאחסן ב -80 מעלות צלזיוס לשימוש במהלך ניתוח ביופסיה נוזלי בעתיד. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש במקלון סטרילי כדי לקבל מדגם ספוגית buccal ולאחסן את ספוגית בצינור סטרילי בטמפרטורת החדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> במידת הצורך, לקבל מדגם רוק לאחסן בצינור סטרילי בטמפרטורת החדר. הערה: דגימות אלה עשויים לשמש גנוטיפינג בעתיד התאמת רקמות, במידת הצורך. </li></ol> 3. רישום של דוגמאות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העברת מידע מתוך רשימת הדגימות של המטופל למסד הנתונים biorepository. כלול מידע המטופל diagNosis מן התרשים המטופל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הדפס תוויות עם ברקוד עבור כל מדגם להקליט כל במסד הנתונים כדי לקשר כל מדגם שנאסף עם נתוני המטופל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלט את ההפצה של דגימות דה מזוהה במאגר biorepository לפני העברת דגימות למעבדה המחקר. </li></ol> 4. בידוד חלבון המערבי ניתוח כתם <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים כל דגימה רקמה (SCC ו / או ANT) לתוך בקבוקון המכיל 500 μL של חיץ תמוגה התא המכיל מעכבי פרוטאז לכל 100 מ&quot;ג של רקמות lyse הרקמה. הערה: השתמשנו assay radioimmunoprecipitation (RIPA) חיץ, המורכב 50 מ&quot;מ טריס pH 8.0, 150 מ&quot;מ NaCl, 0.5% נתרן deoxycholate, 1.0% NP-40, ו 0.1% SDS. מאגרים תמוגה תאים אחרים ניתן להשתמש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Homogenize הרקמות באמצעות homogenizer רקמות במשך 5 דקות במרווחים 20-S ב 4 מעלות צלזיוס. ספין דגימות ב XG 21,000 ו 4 ° C במשך 20 דקות ולאסוף את החלבון המכיל supernatant לתוך tu טרייםלִהיוֹת. Re- לסובב את supernatant באמצעות אותם תנאים לאסוף את supernatant הסופי לתוך צינור חדש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Electrophorese 30-50 מיקרוגרם של חלבון מכל מדגם באמצעות ג&#39;ל 4-20% SDS-polyacrylamide מדרון. הכתם ג&#39;ל עם Coomassie כחול לדמיין להקות חלבון, אם תרצה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם ניתוח כתם המערבי של חלבונים לידי ביטוי נחוץ, להעביר את החלבונים מן הג&#39;ל כדי polyluylidene difluoride (PVDF) קרום בעקבות פרוטוקולים סטנדרטיים. לאחר ההעברה, Ponceau הכתם קרום PVDF לדמיין להקות חלבון, אם תרצה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחסום את הממברנה PVDF בדיקה כדי לזהות חלבונים עניין בעקבות פרוטוקולים סטנדרטיים. השתמש נוגדנים ראשוניים ספציפיים החלבון (ים) של עניין, יחד עם נוגדנים משניים המקביל ספציפי עבור הנוגדנים העיקריים, בריכוז המומלץ על ידי היצרן לניתוח כתם המערבי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחשוף את הממברנה בדיקה באמצעות מצע chemiluminescent ואת התמונה הממברנה באמצעות imagiמערכת. </li></ol> 5. בידוד RNA ו כמותי פולימראז התגובה שרשרת (qPCR) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מיד מקום דגימות רקמות טריות (SCC ו / או ANT) לתוך צינור 1.5 מ&quot;ל המכיל פתרון ייצוב רנ&quot;א במקום דגימות רקמות מוח לאחר צינור 1.5 מ&quot;ל המכיל פתרון מעבר רקמות קפוא, בעקבות המלצות היצרן. ודא כי הרקמה שקועה לחלוטין. חנות דגימות אלה ב -80 מעלות צלזיוס עד לשימוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את דגימות רנ&quot;א מ -80 מעלות צלזיוס והפשרה על הקרח. מעבירים את הרקמה לצינור 1.5 מ&quot;ל חדש המכיל 1 מ&quot;ל של חיץ RNA החילוץ (פנול / guiidine thiocyanate) לכל 50-100 מ&quot;ג של רקמות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Lyse הרקמות באמצעות homogenizer רקמות. לבצע שישה מחזורים של homogenization, ואחריו תקופה של קירור מדגם; כל מחזור מורכב של 20 ים של homogenization ב 4 ° C ו 40 של תקופת הקירור. לאחר homogenization, דגירה המדגם במשך 5 דקות בטמפרטורת החדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 0.2מ&quot;ל של כלורופורם לכל 1 מ&quot;ל של חיץ רנ&quot;א החילוץ ולנער את הצינור במרץ על ידי יד במשך 15 s. דגירה של 2-3 דקות בטמפרטורת החדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין דגימות ב XG 12,000 ו 4 מעלות צלזיוס למשך 15 דקות. הסר את השלב מימית של המדגם ומניחים אותו צינור חדש 1.5 מ&quot;ל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 0.5 מ&quot;ל של איזופרונול 100% לכל 1 מ&quot;ל של חיץ החילוץ RNA בשימוש בשלב 5.2 לשלב מימית דגירה במשך 10 דקות בטמפרטורת החדר. הערה: אם התשואות RNA צפויים להיות נמוכים ( כלומר, נפח רקמות החל הוא פחות מ 10 מ&quot;ג), דגימות עשוי להיות זירז לילה ב -80 ° C. בנוסף, 5 מיקרוגרם של גליקוגן ללא RNase חינם μL 500 למאגר החילוץ RNA ניתן להוסיף במהלך השלב משקעים איזופרונול כדי לשפר את התשואות RNA. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין המדגם ב XG 12,000 ב 4 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות. הסר את supernatant ולשטוף את גלולה עם 1 מ&quot;ל של 75% אתנול. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> וורטקס המדגם בקצרה ולאחר מכן לסובב אותו ב 7,500 XG ו 4 °C במשך 5 דקות. מחק את לשטוף ויבש את האוויר גלולה במשך 5-10 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend גלולה RNA ב 20 μL של מים ללא RNase. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם תרצה, לטהר כל מדגם RNA באמצעות ערכת ניקוי RNA בעקבות המלצות היצרן. הערה: RNA קטנים יאבדו מהמדגם אם שלב זה מבוצע. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Electrophorese מדגם 1 מיקרוגרם באמצעות 1.2% פורמלדהיד-MOPS agarose ג&#39;ל לנתח את האיכות של רנ&quot;א. הערה: כחלופה, לנתח דגימות באמצעות bioanalyzer להשיג מספר RIN 13 . </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפוך - לתמלל את RNA כדי cDNA באמצעות פרוטוקול שעתוק לאחור עבור ניתוח qPCR של mRNAs היעד (או miRNAs) של עניין. </li></ol> 6. תרבויות Explant רקמות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לעקר את הרקמה הנטילה לפני התרבות על ידי טבילה את הרקמה לתוך אתנול 70%. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את הרקמה על שקופית או צלחת ומוסיפים בינוני תרבות מספיק (1: 1 תערובת של DMEM: Ham &amp; #של F-12 בתוספת 10% FBS, 25 מ&quot;מ HEPES, 100 IU / מ&quot;ל ​​של פניצילין, ו -100 מיקרוגרם / מ&quot;ל ​​סטרפטומיצין) כדי לכסות את הרקמה (כדי למנוע את הרקמה מ ייבוש). בזהירות לחתוך את הרקמה לשברים (&lt;1 מ&quot;מ 3 ) באמצעות להב סכין מנתחים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מעבירים את שברי רקמות 35 מ&quot;מ צלחת רקמה תרבות ומוסיפים כ 20 μL של בסרום שור עוברית (FBS) על גבי כל קטע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השאירו את המנה פתוחה ברדס תרבות 20-30 דקות, או עד כמעט יבש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 1 מ&quot;ל של המדיום תרבות (1: 1 תערובת של DMEM: F-12 של Ham בתוספת 10% FBS, 25 HEPES מ&quot;מ, 100 IU / מ&quot;ל ​​של פניצילין, ו 100 סטרפטומיצין מיקרוגרם / מ&quot;ל) לכל מנה ו דגירה על 37 מעלות C ב 5% CO 2 . תת-תרבות או תת-שכפול התרבויות במידת הצורך. </li></ol>

<ol><li>Baker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biorepositories%3A+Building+better+biobanks%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Biorepositories: Building better biobanks.</a> Nature. 486, 141-146 (2012).</li>
<li>Ambrosone, C. B., Nesline, M. K., Davis, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishing+a+cancer+center+data+bank+and+biorepository+for+multidisciplinary+research%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Establishing a cancer center data bank and biorepository for multidisciplinary research.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 15, 1575-1577 (2006).</li>
<li>Baird, P. M., Gunter, E. W., Vaught, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26974264">Building a biobank.</a> Biopreserv Biobank. 14, 87-88 (2016).</li>
<li>National Cancer Institute. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://biospecimens.cancer.gov/practices">http://biospecimens.cancer.gov/practices</a> (2016).</li>
<li>Caixeiro, N. J., Lai, K., Lee, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+assessment+and+preservation+of+RNA+from+biobank+tissue+specimens%3A+a+systematic+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">Quality assessment and preservation of RNA from biobank tissue specimens: a systematic review.</a> J Clin Pathol. 69, 260-265 (2016).</li>
<li>Campbell, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+the+ISBER+best+practices+for+repositories%3A+Collection%2C+storage%2C+retrieval+and+distribution+of+biological+materials+for+research%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreserv+Biobank%22%5BJournal%5D)">Development of the ISBER best practices for repositories: Collection, storage, retrieval and distribution of biological materials for research.</a> Biopreserv Biobank. 10, 232-233 (2012).</li>
<li>Neumeister, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tools+to+assess+tissue+quality%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Biochem%22%5BJournal%5D)">Tools to assess tissue quality.</a> Clin Biochem. 47, 280-287 (2014).</li>
<li>Vaught, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+NCI+perspective+on+creating+sustainable+biospecimen+resources%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst+Monogr%22%5BJournal%5D)">An NCI perspective on creating sustainable biospecimen resources.</a> J Natl Cancer Inst Monogr. 2011, 1-7 (2011).</li>
<li>Fu, T., Aasi, S. Z., Hollmig, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Management+of+high-risk+squamous+cell+carcinoma+of+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Treat+Options+Oncol%22%5BJournal%5D)">Management of high-risk squamous cell carcinoma of the skin.</a> Curr Treat Options Oncol. 17, (2016).</li>
<li>Rasmussen, C., Thomas-Virnig, C., Allen-Hoffmann, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Classical+human+epidermal+keratinocyte+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Classical human epidermal keratinocyte cell culture.</a> Methods Mol Biol. 945, 161-175 (2013).</li>
<li>Purdie, K. J., Pourreyron, C., South, A. P. Cancer cell culture: Methods and protocols. , Humana Press. 151-159 (2011).</li>
<li>Berglund, S. R., Schwietert, C. W., Jones, A. A., Stern, R. L., Lehman, J., Goldberg, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+methodology+for+sequential+extraction+of+RNA+and+protein+from+small+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Optimized methodology for sequential extraction of RNA and protein from small human skin biopsies.</a> J Invest Dermatol. 127, 349-353 (2007).</li>
<li>Schroeder, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RIN%3A+an+RNA+integrity+number+for+assigning+integrity+values+to+RNA+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements.</a> BMC Mol Biol. 7, 1-14 (2006).</li>
<li>Cooper, H. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+glycosylation+of+MUC1+in+epidermolysis+bullosa-associated+and+sporadic+cutaneous+squamous+cell+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Expression and glycosylation of MUC1 in epidermolysis bullosa-associated and sporadic cutaneous squamous cell carcinomas.</a> Br J Dermatol. 151, 540-545 (2004).</li>
<li>Riihila, P. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complement+factor+H%3A+a+biomarker+for+progression+of+cutaneous+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Complement factor H: a biomarker for progression of cutaneous squamous cell carcinoma.</a> J Invest Dermatol. 134, 498-506 (2014).</li>
<li>Ha Lan, T. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+the+p40+isoform+of+p63+has+high+specificity+for+cutaneous+sarcomatoid+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">Expression of the p40 isoform of p63 has high specificity for cutaneous sarcomatoid squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 831-838 (2014).</li>
<li>Alomari, A. K., Glusac, E. J., McNiff, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((p40+is+a+more+specific+marker+than+p63+for+cutaneous+poorly+differentiated+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">p40 is a more specific marker than p63 for cutaneous poorly differentiated squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 839-845 (2014).</li>
<li>Qiao, B., Johnson, N. W., Gao, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial-mesenchymal+transition+in+oral+squamous+cell+carcinoma+triggered+by+transforming+growth+factor-beta1+is+Snail+family-dependent+and+correlates+with+matrix+metalloproteinase-2+and+-9+expressions%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma triggered by transforming growth factor-beta1 is Snail family-dependent and correlates with matrix metalloproteinase-2 and -9 expressions.</a> Int J Oncol. 37, 663-668 (2010).</li>
<li>Vaught, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developments+in+biospecimen+research%5BTitle%5D)+AND+%22Br+Med+Bull%22%5BJournal%5D)">Developments in biospecimen research.</a> Br Med Bull. 114, 29-38 (2015).</li>
</ol>

למחברים אין מה לחשוף.

לדעת המחבר, פרוטוקול זה הוא הראשון מסוגו המתמקד הרכש הקליני של דגימות רקמה עורית הן בגישה מהירה וחסכונית. מטופלים העוברים ניתוח מיקרוסקופיים במוס מתוכננים בדרך כלל במהלך גושי זמן ספציפיים, והאוסף מוגבל לתקופות אלה. אוסף הדגימה כרוך במאמץ של עוזר רפואי המעורב בטיפול בחולה, ההיסטוסטוס של המוס המעבד את דגימות הגידול, וחבר צוות המעבדה המיועד לטפל בדגימת כניסה ועיבוד דם. עם תיאום קפדני בין שלושת חברי צוות האיסוף ( <em...

מחקר סרטן וביו-מרקר מסתמך על אספקה ​​של דגימות רקמות איכותיות, והאספקה ​​המוגבלת הפריעה למחקר 1 , 2 . מחקרים רבים דרמטולוגים מוגבלים על ידי אספקה ​​לקויה, איכות משתנה, ועלויות הקשורות לשימוש ברקמת האדם. העלות של הקמת ביובנק גדול ומוקדש נאמדה בכשני מיליון דולר 3 , ועלויות אלה מציבות את השימוש ברקמות אדם מחוץ להישג ידם של חוקרים רבים. יתר על כן, תהליך ייצור ואחסון של דגימות המחקר מהווה את הסיכון להשפיע על פעולות קליניות עיכוב הטיפול בחולה אם לא בוצע בזהירות. Biorepository עלות תועלת, המרפאה מבוסס הוקם כי מתמקדת דגימות סרטן העור בעקבות שיטות מומלצות המומלץ אימות מדגם 4 , 5 , 6 . <p&gt; פרוטוקול זה פותח במרפאת דרמטולוגיה שמבצעת נפח גדול של ניתוחים מיקרוסקופיים של מוה להסרת קרצינומה של תאי קשקש (SCC), קרצינומה של תאי בסיס (BCC) וסרטן עור מלנומה. ניתן לגייס תורמים מתנדבים מאוכלוסיית חולים זו. חשוב להקים את biorepository באתר של אוסף כדי ללכוד במהירות רקמות ודם מחולים מוסכם ללא עיכוב הטיפול. איסוף דגימות מאותה מרפאה ממזער וריאציות בטכניקות איסוף וממזער וריאציות באיכות דגימות, אשר יכול להיות בעייתי עבור יישומים במורד 7 , 8 . המטרה של טכניקת הניתוח microsraphic Mohs היא להבטיח כי כל רקמת הסרטן מוסר תוך שמירה על רקמה בריאה ככל האפשר. ההליך כולל הסרת פרוגרסיבי של שכבות דקות של רקמת הגידול. כל שכבה עוקבת הוא שלוכדי לבדוק בצורה לוגית (לאחר cryosectioning רקמת הגידול וביצוע מכתים H &amp; E) על ידי רופא עור כדי לקבוע אם כל רקמת הסרטן הוסר. כריתה ובדיקה של שכבות של רקמות לאחר מכן מבוצע בזמן שהחולה נשאר במשרד. טכניקה זו נחשבת האפשרות הטיפול הטוב ביותר עבור SCC 9 . בשלב זה, הפצע סגור, כדי לשפר את הריפוי ואת המראה הקוסמטי, רקמה רגילה הסמוך (ANT) הוא נכרת לעתים קרובות. לפיכך, הליך כירורגי זה כדי להסיר גידול מתאים באופן אידיאלי עבור איסוף רקמות מאופיינות היסטולוגית עבור מחקרים עתידיים. ההליך רכש להשגת רקמת הגידול, רקמה רגילה, רוק, דגימות דם ו תוכנן להיות בעל השפעה מינימלית על צוות העובדים הרגילים ( איור 1 ). עוזרים רפואיים לבצע את הדם שואבת בעת הכנת החולה עבור ההליך. לאחר השלמת הליך מוס, M<html> Ohs histotechnologist מכין שקופיות היסטולוגית נוספת של הדגימה ומעביר את הרקמה למחסן biorepository. עלויות הקשורות בהקמת biorepository כוללים רכישת מקפיאים cryopreservation, יצירת מרחב מעבדה קליני צנוע, ופיתוח של תוכנית מעקב מלאי. <img alt="איור 1" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig1.jpg" /> איור 1: רצף איסוף מדגם וצוות אחראי. לאחר ביצוע הצ&#39;ק-אין של המטופל והשלמת הסכמת החולה, עוזר הרפואי אוספת מטלית חזה ומבצע משיכת דם. רופא העור ועוזר רפואי אז לבלו את הגידול ולסגור את הפצע, שבמהלכם זמן SCC ו דגימות ANT נאספים, בהתאמה. טכנאי מעבדה ייעודי מעבד את הדם ואת החלקים SCC ו- ANT דגימות לתרבות רקמות, שימור, וכניסה לתוך biorepository.&quot;לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של דמות זו.&quot; Target = &quot;_ blank&quot;&gt; לחץ כאן כדי לראות גרסה גדולה יותר של דמות זו. מגוון הדגימות שנאספו מאפשר מגוון של גישות ניסיוניות ( איור 2 ). הדגימות שנאספו מהחולה הן ספוגי buccal (רוק יכול גם להיות שנאסף במידת הצורך), דם שלם, ורקמות ננטשים. את bubal swabs ו מדגם של כל הדם נשמרים, ללא עיבוד, עבור genotyping ו התאמת רקמות. כל הדם מופרד לתאי דם לבנים (WBC) ושברי פלזמה לניתוחים עתידיים. לאחר עיבוד Mohs, הגידול הקפוא ממוקם ישירות לתוך חנקן נוזלי הועבר מקפיא -80 מעלות צלזיוס. טריים, רקמת גידול קיימא דגימות ANT הם מתורבתים באמצעות שינויים של טכניקות קודמות 10 , 11 ולאחר מכן cryopreserved. במהלך האוסף, מספר כל סוג מדגם נרשם בגיליון אלקטרוני לפני הכניסה<html> את תוכנית מעקב מלאי כדי להקל על עיבוד מדויק ( טבלה 1 ). <img alt="איור 2" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig2.jpg" /> איור 2: מתאר של המרפאה מבוסס biorepository אוסף המדגם ועיבוד. מטלית buccal ו דגימת דם נאספים מן המטופל ומאוחסנים עבור genotyping במורד הזרם ואת התאמת רקמות. דם שלם מעובד עוד יותר לבדיקת תאי דם לבנים (WBC) וניתוח CTC, וכן לאיסוף פלזמה ולניתוח ביופסיה נוזלית. רקמות שנחקרו במהלך ההליך Mohs מעובד היסטולוגית למטרות אבחון, ולאחר מכן את שקופיות היסטולוגית ניתן להשתמש באופן ניסיוני עבור ניתוחים immunohistochemical נוסף. בתנאי מדגם הרקמה שנחקרו הוא גדול מספיק, חלק רקמות טריות מוסר וחתך לבידוד חלבון RNA, וכן להקמת שורות תאים תרבותיים.55583 / 55583fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של דמות זו. <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> תאריך איסוף: </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td> מטופל 1 </td><td> מטופל 2 </td><td> מטופל 3 </td><td> מטופל 4 </td><td> מטופל 5 </td></tr><tr><td> תאריך לידה ותאריך לידה </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> צבע עיניים </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> סוג דוגמה </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> מיקום לדוגמה </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> רוֹק </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Wחור דם </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> פְּלַסמָה </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> גידול בר קיימא </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> רקמות רגיל בר קיימא </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> גידול חנקן נוזלי </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> רקמות רגילות חנקן נוזלי </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> שקופיות </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table> טבלה 1: רשימת פעולות לביצוע כדי לרשום אוספי מדגם. הנתונים שנחקרו ונרשמו עם כל דגימה שנאספו כוללים ראשי תיבות של המטופל, תאריך הלידה וצבע העין (עבור הקלדת עור), כמו גם את locatiעל הסרת הדגימה. מספר דגימות הרוק, כמויות איסוף הדם, ומספר הדגימות של הרקמה המשומרת והמשומרת, נרשמות גם כהפניות להקצאות לשימושים מאוחרים יותר. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55583/Table1.xlsx">לחץ כאן להורדת הקובץ.</a> כדי לאמת את נהלי איסוף המדגם, כל סוג מדגם נבדק ביישומים במורד הזרם. באמצעות שינויים של טכניקות קודמות 12 , הגידול ANT שימשו בהצלחה בבידוד חלבון ו- RNA והוא יכול לשמש לבידוד דנ&quot;א. אקספלנסים קיימא הוקמה מתוך קטעי רקמה הוערכו על ידי מיקרוסקופ, בעוד שקופיות היסטולוגית מאוחסנים שימשו אימונוהיסטוכימיה ו immunofluorescence. על ידי ביצוע הפרוטוקול המתואר כאן, ניתן להרחיב את המודל הזה למרפאות דרמטולוגיה אחרות, סוגי גידול אחרים (כגון מלנומה), וכן התמחויות כירורגיות אחרות כדי לספק דגימות רקמות האדם למחקר רב פנים לתוך סרטן האדם. שינויים קלים של פרוטוקול זה צפויים להיות נחוצים עבור שיטות אחרות, אבל, באופן עקרוני, פרוטוקול זה הוא ישים לכל תרגול כירורגי כי באופן שגרתי משליך דגימות החולה שנאספו במהלך הטיפול בחולה.

<table><tbody><tr><td>BD Vacutainer צינורות איסוף דם מפלסטיק עם K3EDTA</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-685-2B</td><td></td></tr><tr><td>אלקטרונים מיקרוסקופיה Sciences להבי קצה כפול</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-949-411</td><td></td></tr><tr><td>מלקחיים לשימוש כללי ThermoFisher</td><td>Scientific</td><td>16-100-110</td><td></td></tr><tr><td>צינורות מיקרוצנטריפוגה</td> <td>פרימיוםThermoFisher Scientific</td><td>05-408-138</td><td></td></tr><tr><td>Lonza Walkersville KGM Keratinocyte Medium</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NC9791321</td><td></td></tr><tr><td>אלקטרונים מיקרוסקופיה מדעית רקמות TEK OCT תרכובת</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-363-579</td><td></td></tr><tr><td>Leica CM1950 Cryostat</td><td>Leica Biosystems</td><td>14047743909</td><td></td></tr><tr><td>שקופיות מיקרוסקופ חלבי</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-550-343</td><td></td></tr><tr><td>שנדון Rapid-Chrome H& ערכת צביעת קטע קפוא E</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>99-900-01</td><td></td></tr><tr><td>Nalgene צינורות קריוגניים לאחסון לטווח ארוך</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>03-337-7X</td><td></td></tr><tr><td>Falcon 15 מ"ל צינורות צנטריפוגה חרוטיים</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td></td></tr><tr><td>Boca Scientific BuccalT-Swab&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NC9679349</td><td></td></tr><tr><td>טכנולוגיית איתות תאים 10x RIPA Buffer</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-195-822</td><td></td></tr><tr><td>קוקטייל מעכב פרוטאז ופוספטאז עצור</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>PI78443</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 5424R מיקרוצנטריפוגה</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-401-203</td><td></td></tr><tr><td>Pellet Morter הומוגנייזר</td> <td>אלחוטיThermoFisher Scientific</td><td>12-141-3</td><td></td></tr><tr><td>RNAse Free Pellet Pestle</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>121-141-364</td><td></td></tr><tr><td>Forma SteriCycle CO2 Incubator</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>13-998-089</td><td></td></tr><tr><td>HyClone Fetal Bovine Serum</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>SH30071.02</td><td></td></tr><tr><td>Gibco Advanced DMEM/F-12</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-634-028</td><td></td></tr><tr><td>Gibco פניצילין-סטרפטומיצין</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15140148</td><td></td></tr><tr><td>Gibco 1 M Hepes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15-630-130</td><td></td></tr><tr><td>Nunc Cell Culture 35 מ"מ עם Vent</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>1256591</td><td></td></tr><tr><td>Anti-CFH נוגדן חד שבטי שיבוט OX-24</td><td>Abnova</td><td>MAB12583</td><td></td></tr><tr><td>Anti-p40 (p63 דלתא) נוגדן</td><td>Abnova</td><td>ABX-144A</td><td></td></tr><tr><td>אנטי MUC-1 נוגדן</td><td>Santa Cruz Biotech</td><td>sc-7313</td><td></td></tr><tr><td>נגד חילזון + שבלול (phospho S246)</td><td>Abcam</td><td>Ab63568</td><td></td></tr><tr><td>עז נגד ארנב IgG, Alexa Fluor 488</td><td>Invitrogen</td><td>A-11034</td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 568 בדיקות מולקולריות של פאלודין</td><td>&nbsp;</td><td>A12380</td><td></td></tr><tr><td>ProLong Gold Antifade Mountant עם</td><td>בדיקות מולקולריות DAPI&nbsp;</td><td>P36941</td><td></td></tr><tr><td>Zeiss Axio Imager Z1 מיקרוסקופ עם מצלמת Axiocam</td><td>Zeiss</td><td>4300009901</td><td></td></tr><tr><td>Olympus IX51 ניגודיות פאזה עם מצלמת DP72</td><td>Olympus</td><td>IX511F3</td><td></td></tr></tbody></table>

הקמת מאגר ביולוגי המבוסס על מרפאה

Establishment of a Clinic-based Biorepository

שכיחות סרטן העור ( למשל, קרצינומה של תאי קשקש , קרצינומה של תאי בסיס ומלנומה) גדלה בשנים האחרונות. צפוי כי תהיה דרישה מקבילה דגימות גידול סרטני למחקרים ביו-רפואיים. עם זאת, זמינות הרקמות מוגבלת בשל עלות הקמת מאגר ביולוגי וחוסר פרוטוקולים זמינים לקבלת דגימות קליניות שאינן מפריעות לפעולות קליניות. פרוטוקול הוקם כדי לאסוף ולעבד גידול עורית ודם הקשורים דגימות רוק שיש לו השפעה מינימלית על הליכים קליניים שגרתיים בתאריך של ניתוח Mohs. דגימות הגידול נאספות ומעובדות מחולים העוברים את השכבה הראשונה של ניתוח מוהס עבור ביופסיה מוכחת ממאירות עורית על ידי ההיסטולוג Mohs. רקמות נורמליות צמודות נאספות בזמן סגירת כירורגי. דגימות נוספות שניתן לאסוף הן כדוריות דם מלאות ובוקאליות. על ידי ניצול דגימות רקמות כי הם מושלכים בדרך כלל, biorepository נוצר המציע מספר יתרונות מרכזיים על ידי היותו מבוסס במרפאה לעומת הגדרת המעבדה. אלה כוללים מגוון רחב של דוגמאות שנאספו; גישה לרשומות המטופל, כולל דיווחי פתולוגיה; ו, עבור התורם טיפוסי, גישה דגימות נוספות במהלך הביקורים מעקב.

הגידול ו ANT שימשו בהצלחה בבידוד חלבון נבדק על ידי סופג המערבי. כפי שניתן לראות בתרשים 3 , ניתן לזהות דגימות של חולים שנאספו ואוחסנו במיקרו-מאגר מבוסס-המרפאה שלנו (Muc1 14 , FHL-1 15 ו- p40 16 , 17 ). <img alt="איור 3" src="/fi...

גידולים עוריים נמחקים לעתים קרובות לאחר ניתוח microsraphic Mohs. פרוטוקול מתואר כאן המאפשר לצוות התמיכה הקלינית לעבד ולאחסן באופן יעיל גידול סרטני ( כגון קרצינומה של תאי קשקש , קרצינומה של תאי בסיס ומלנומה) עבור יישומים במעבדה במורד הזרם מבלי להפריע לפעולות קליניות.

The incidence of skin cancer (e.g., squamous cell carcinoma, basal cell carcinoma, and melanoma) has been increasing over the past several years. It is ...

המטרה הכללית של פרוטוקול זה היא לאפשר לצוות התמיכה הקליני במרפאת דרמטולוגיה לעבד ולאחסן ביעילות דגימות של גידולי עור ליישומים מעבדתיים עתידיים, מבלי להפריע לפעילות הקלינית השוטפת. פרוטוקול זה תוכנן כדי לאפשר לעוזרים רפואיים ולהיסטוטכנאים של Mohs לאסוף ולאחסן דגימות של גידולי עור עבור פרויקטים עתידיים של מחקר ביו-רפואי, כחלק מפעילותם הקלינית היומיומית. היתרון המרכזי של פרוטוקול זה הוא שרקמות שהוסרו ובדרך כלל נשלחות להשמדה, נאספות במקום זאת ונשמרות למחקר, תוך שימוש בהליכים בעלי השפעה מינימלית על הפעילות הקלינית השוטפת.מגוון הדגימות שנאספו מאפשר לבצע קורלציות בין סממנים ביולוגיים (biomarkers) של חלבונים ו-RNA בדגימות הרקמה והפלסמה לבין נתוני תוצאות הטיפול במטופלים. באופן עקרוני, פרוטוקול זה, לאחר התאמה קלה,ויתיכן ליישום בכל פרקטיקה כירורגית המשליכה באופן שגרתי דגימות מטופלים שנאספו במהלך הטיפול. את הפרוטוקול ידגימו סטפני פוקס (Stefani Fawks), טכנאית היסטולוגיה בשיטת מוהס (Mohs), וד"ר מיצ'ל מנוויי (Dr. Mitchell Manway), עמית מחקר בפרקטיקה שלנו.כדי להתחיל, השתמש ברקמה שהתקבלה ממנתח המוהס (Mohs), ובעזרת סקלפל, גזור דגימה של 10 עד 50 milligram מהמרכז של הצד האפיקלי של הרקמה. בעזרת פינצטה, העבר את הרקמה החיה למבחנה מסומנת בנפח 1.5 milliliter, הממולאת מראש במדיום תרבית. ודא שהרקמה טבולה לחלוטין במדיום.הניחו את הדגימה במקרר ואחסנו אותה בטמפרטורה של 4 °C, למשך תקופה שאינה עולה על 24 שעות לפני המשך העיבוד. כשהדגימה מהגידול גדולה מספיק, ובתנאי שהסרה זו לא תפריע לעיבוד השגרתי לפי שיטת Mohs, גבעו פרגמנט רקמה של לפחות 10 mm³ מהצד האפקלי (הקודקודי) של הרקמה שהוצאה. לאחר מכן, הניחו את שארית דגימת הגידול שלא עובדה על מחזיק רקמה של קריוסטט.טמנו את הרקמה בתרכובת OCT (optimal cutting temperature compound), והקפיאו אותה בתוך התושבת להכנת סריסות היסטולוגיות. באמצעות קריוסטט, חתכו את הרקמה לשכבות בעובי של שבעה מיקרון, והניחו עד שלוש שכבות על גבי סלייד. לאחר החיתוך, קבעו את הרקמה על ידי טבילת הסליידים באצטון למשך אחת עד שתי שניות.לאחר מכן, יש להניח לסליידים להתייבש באוויר. בעוד הדגימה שנותרה נמצאת בתא הקריוסטט, יש להפריד את הרקמה מתווך ההטמעה לקריוסטט ולהעבירה למבחנה קריוגנית מסומנת. העבירו מיד את המבחנה המסומנת לחנקן נוזלי.את העברת הרקמה למבחנת קריו לאחר עיבוד לפי שיטת מוהס (Mohs) יש לבצע בתא הקריוסטט בטמפרטורה של 20- מעלות צלזיוס. אם השלב יבוצע כהלכה והרקמה תישמר קפואה, הוא יאפשר מיצוי מוצלח של RNA מדגימות רקמה לאחר עיבוד מוהס. לאחר מכן, השג רקמה נורמלית סמוכה ממנתח המוהס.הוצא דגימה מהצד האפיקלי של הרקמה הנורמלית הסמוכה. לאחר מכן, בעזרת פינצטה, העבר את הדגימה שהוצאה למבחנה מסומנת בנפח 1.5 מיליליטר המלאה במצע תרבית. טבול את הרקמה באותו מצע תרבית.הניחו את הדגימה בשקית דגימה מתאימה, ואחסנו בטמפרטורה של ארבע מעלות צלזיוס, עד לעיבוד הבא. אספו כ-10 מיליליטר של דם ורידי למבחנות איסוף מצופות EDTA. שלבו את דגימות הדם במבחנה לצנטריפוגה סטרילית בנפח 15 מיליליטר.לאחר מכן, העבירו כ-1 mL מדגימת הדם לשפופרת קריוגנית של 1.5 mL, תוך הימנעות מהיווצרות בועות. אחסנו דגימת דם שלמה זו בטמפרטורה של 80°C- עד לבדיקת הגנוטיפיקה והתאמת הרקמות העוקבות. לאחר מכן, סבבו את שארית דגימת הדם בצנטריפוגה ב-1000 ×g למשך 30 דקות כדי להפיק פלזמה מהדם.לאחר הצנטריפוגה, אספו וחלקו את הפלזמה למכסאות של 1 ml בתוך מבחנות קריוגניות של 1.5 ml. אחסנו את הדגימות בטמפרטורה של 80°C- לשימוש בניתוחי biopsia נוזלית עתידיים. הזינו למסד הנתונים של מאגר הביולוגי (biorepository) את הנתונים מרשימת הבדיקה של דגימות המטופלים, יחד עם פרטי המטופל והאבחנה, כפי שהם מופיעים בתיק הרפואי של המטופל.לבסוף, רשמו את מיקום הדגימות המזוהות באנונימיות במסד הנתונים של מאגר הביולוגי, והעבירו את הדגימות למעבדת המחקר. מיד לאחר מכן, העבירו את דגימות הרקמה לשפופרות של 1.5 מיליליטר, הממולאות מראש בתמיסות מיצוי מתאימות, תוך הבטחה שהרקמה טבולה לחלוטין. אחסנו את הדגימות בטמפרטורה של מינוס 80 מעלות צלזיוס עד לשלב העיבוד הבא.מוצגות כאן תמונות של Western blots מייצגים של סמנים מוכרים לסרטן תאי קשקש (squamous cell carcinoma), mucin one, FHL-one ו-p40, שהתקבלו מרקמה נורמלית סמוכה וממדגם גידול. איכות ה-RNA שבודד מדגימות Mohs נבחנה תחילה באמצעות אלקטרופורזה של ג'ל, ולאחריה ניתוח של תקינות ה-RNA. ערכי מספר תקינות ה-RNA (RNA integrity number) שהתקבלו עבור הדגימות הנורמליות ודגימות הגידול מעידים על כך שהתקבל RNA איכותי ושלם.פרופילי ציטומטריה של הפסים שורטטו כיחידות פלואורסצנציה מול מספר הנוקלאוטידים עבור דגימות RNA מייצגות מרקמות גידול ומרקמות נורמליות של מטופלים. נטלה של רקמה מקרצינומה של תאי קשקשת (squamous cell carcinoma) דומיימה באמצעות מיקרוסקופיית ניגוד מופע (phase contrast microscopy) והוצגה כתרבית מעורבת של קרטינוציטים ופיברובלסטים, שניתן להעביר אותה לתת-תרביית או להשתמש בה לפיתוח קווי תאים בעתיד. לבסוף, בחתכים של רקמה מקרצינומה של תאי קשקשת, הוצגה צביעה חיובית לסמן של מעבר אפיתל mysqli-מזנכימלי (epithelial to mesenchymal transition).לאחר השליטה בפרוטוקול זה, זרימת העבודה הסטנדרטית של צוות המרפאה תקוצר לפחות מ-30 דקות, במידה והוא מבוצע כראוי. מרבית השלבים מבוצעים על ידי הצוות הקליני הקיים לאחר סיום הטיפול במטופל. בעת ביצוע פרוטוקול זה, חשוב לשמור על רישום מדויק, המקשר בין הדגימות להיסטוריה הרפואית ולאבחנה של המטופל.מאחר שמידע זה נחוץ לעיתים קרובות ליישומים המשכיים, טכניקה זו תסייע לסלול את הדרך עבור חוקרים בתחום הדרמטולוגיה לפיתוח ביופסיות נוזליות וסמנים ביולוגיים בקרצינומות של תאי קשקש ובמלנומה. לאחר צפייה בסרטון זה, תהיה לכם הבנה טובה לגבי האופן שבו ניתן להקים מאגר ביולוגי מבוסס-מרפאה לדגימות של סרטן העור, המופקות כחלק מהפרקטיקה היומיומית.

establishment-of-a-clinic-based-biorepository

Research

JoVE Journal

Medicine

רפואה

אנו מתארים שיטה להקמת אנטרואידים אנושיים מקריפטות מעי דק וקולונואידים מקריפטות המעי הגס שנאספו הן מרקמות כירורגיות והן מביופסיות. במאמר מתודולוגי זה, אנו מציגים את אופני התרבות החיוניים לצמיחה ותחזוקה מוצלחת של אנטרואידים וקולונואידים אנושיים.

הקמתו של ארגון Human אפיתל Enteroids וColonoids מרקמות שלמות וביופסיה

שיטה זו כוללת ניצול של נתוני אבחון קליני עבור חולי סרטן הערמונית על מנת להנחות את הליכי הדגימה, כאשר רקמת biobanking בעקבות כריתת רדיקלים קיצוניים. זה מתגבר על בעיות עם שיטות שפורסמו בעבר סביב יעילות וזמינות של רקמות טריות עבור מגוון רחב יותר של יישומי במטה.

שימוש של תהודה מגנטית הדמיה נתונים ביופסיה כדי להנחות הליכי דגימה עבור סרטן הערמונית ביאובאנקינג

בעבודה הבאה, אנו מתארים את הצעדים הרצופים הדרושים להקמת ביובנק גדול של סרטן המעי הגס והלבלב.

יצירה ותחזוקה של ביובנק חי - איך אנחנו עושים את זה

ביובנקים הם משאבים חיוניים למחקר ביו-רפואי והיחידה לרפואה תרגומית ודיגיטלית במכון האירופי לאונקולוגיה היא מודל בתחום זה. כאן אנו מספקים תיאור מפורט של נהלי ההפעלה הסטנדרטיים של ביו-בנקים לניהול סוגים שונים של דגימות ביולוגיות אנושיות.

ביובנק לרפואה תרגומית: נהלי הפעלה סטנדרטיים לניהול דגימות אופטימלי

פרוטוקול זה מתאר שיטה להקל על איסוף דגימות מדגימות כריתת ערמונית רדיקלית. המטרה היא למפות, לאפיין ולנתח במיקרו-מאקרו דגימות רקמה מהדגימות על סמך קריטריונים אנטומופתולוגיים לפני אחסונן בביובנק.

שיפור האמינות הביו-בנקאית של גידול הערמונית באמצעות טכניקת דגימה משופרת ואפיון היסטולוגי

פרוטוקול זה מציג פלטפורמה משולבת של מאגר ביולוגי לאיסוף, ביאור וביו-בנקאות סטנדרטיים של הומור מימי אנושי באיכות גבוהה וביופסיות נוזליות בזגוגית עבור אנליזות מולקולריות במורד הזרם, כולל פרוטאומיקה, מטבולומיקה וגליקומיקה.

ביובנק של ביופסיות נוזליות מימיות וזגוגיות אנושיות לאנליזות מולקולריות

פרוטוקול זה מציע מסגרת שיטתית להקמת אורגנואידים של סרטן השחלות משלבי מחלה שונים ונותן מענה לאתגרים של שונות ספציפית למטופלת כדי להגדיל את התשואה ולאפשר התרחבות חזקה לטווח ארוך ליישומים הבאים. הוא כולל שלבים מפורטים לעיבוד רקמות, זריעה, התאמת דרישות מדיה וצביעה אימונופלואורסצנטית.

אסטרטגיה לביו-בנקאות של אורגנואידים של סרטן השחלות: טיפול בהטרוגניות הבין-אשפוזית על פני תת-סוגים היסטולוגיים ושלבי מחלה

מאמר זה מציג פרוטוקול מפורט לאיסוף דגימות סרטן השד, שנועד לייעל את התועלת שלהן עבור בנקאות ביולוגית, רפואה מותאמת אישית ויישומי מחקר אחרים. זרימת העבודה לאיסוף דגימות, כולל ביופסיה של השד והליכי כריתת שד, מתוארת בפירוט, תוך התמקדות במזעור נזק לרקמות ומקסום איכות הדגימה.

אופטימיזציה של ביופסיית שד והליכי איסוף דגימות כריתת שד עבור ביו-בנקאות, רפואה מותאמת אישית ויישומי מחקר

הטכניקה המבוססת לחסן xenografts orthotopic פולשנית העיקרית לסרטן שלפוחית ​​השתן דורשת laparotomy והתגייסות של שלפוחית ​​השתן. הליך זה גורם תחלואה משמעותית בעכברים, הוא מאתגר מבחינה טכנית ודורש זמן רב. לפיכך, אנו פיתחנו דיוק גבוה, בגישה מלעורית ניצול הנחיית אולטרסאונד.

פולשנית הקמת Murine Orthotopic שלפוחית ​​השתן xenografts

היכולת למדל דלקות בדרכי השתן (UTI) היא חיונית על מנת להיות מסוגל להבין פתוגנזה חיידקית ולהוליד פיתוח של טיפולים חדשים. מטרת עבודה זו היא להדגים מודלים עכבריים של UTI ניסיוני ודלקת בדרכי השתן הקשורה לצנתר המסכמים ומנבאים ממצאים שנראו בבני אדם.

ההקמה ואפיון של UTI וCAUTI במודל עכבר

למדו כיצד להקים מאגר ביולוגי מבוסס מרפאה לטיפול בדגימות גידולי עור. פרוטוקול זה מאפשר לאסוף רקמות מניתוחי מוהס ללא הפרעה לשגרת העבודה הקלינית, ותומך במחקר עתידי של ביומרקרים בדרמטולוגיה.

הקמת מאגר ביולוגי המבוסס על מרפאה

גלה סרטונים נוספים