Name: טכניקות מעבדה המשמשות לשמירה על ביו-טיפוסים של ויבריו כולרה בידוד קליני ואיכותי (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-05-30T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 58 s
Description: למד טכניקות שמירה ואפיון ביוכימי של Vibrio cholerae לזיהוי ביוטיפים קליניים וסביבתיים. שיטות אלו מספקות גישה מערכתית חלופית לניסויים יקרים ומאפשרות הבחנה אמינה בין בידודים שונים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

מחקר נתמך על ידי ניו המפשייר- INBRE באמצעות פרס פיתוח מוסדי (IDeA), P20GM103506, מהמכון הלאומי למדעי הרפואה הכללית של NIH.

<ol><li>Shimada, T., et al. <a target="_blank" href="http://link.springer.com/article/10.1007/BF01571061">Extended serotyping scheme for Vibrio cholerae.</a> Curr. Microbiol. 28 (3), 175-178 (1994).</li>
<li>Yamai, S., Tadayuki, O., Toshio, S., Yasuji, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distribution+of+serogroups+of+Vibrio+cholerae+non-O1+non-O139+with+specific+reference+to+their+ability+to+produce+cholera+toxin%2C+and+addition+of+novel+serogroups%5BTitle%5D)+AND+%22Jpn.+J.+Infect.+Dis%22%5BJournal%5D)">Distribution of serogroups of Vibrio cholerae non-O1 non-O139 with specific reference to their ability to produce cholera toxin, and addition of novel serogroups.</a> Jpn. J. Infect. Dis. 71 (10), 1037-1045 (1997).</li>
<li>Karaolis, D. K., Lan, R., Reeves, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sixth+and+seventh+cholera+pandemics+are+due+to+independent+clones+separately+derived+from+environmental%2C+nontoxigenic%2C+non-O1+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">The sixth and seventh cholera pandemics are due to independent clones separately derived from environmental, nontoxigenic, non-O1 Vibrio cholerae.</a> J. Bacteriol. 177 (11), 3191-3198 (1995).</li>
<li>Albert, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large+epidemic+of+cholera-like+disease+in+Bangladesh+caused+by+Vibrio+cholerae+O139+synonym+Bengal%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Large epidemic of cholera-like disease in Bangladesh caused by Vibrio cholerae O139 synonym Bengal.</a> Lancet. 342 (8868), 387(1993).</li>
<li>Barua, D. History of Cholera. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBarua%2C+D+%22Cholera%22">Cholera</a>. Barua, D., Greenough III, W. B. , Plenum Publishing Corporation. 1-36 (1992).</li>
<li>Morales, R., Delgado, G., Cravioto, A. Population Genetics of Vibrio cholerae. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMorales%2C+R+%22Vibrio+cholerae-Genomics+and+Molecular+Biology%22">Vibrio cholerae-Genomics and Molecular Biology</a>. Faruque, S. M., Nair, G. B. , Caister Academic Press. 29-47 (2008).</li>
<li>Samadi, A. R., Chowdhury, M. K., Huq, M. K., Khan, M. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seasonality+of+classical+and+El+Tor+cholera+in+Dhaka%2C+Bangladesh%3A+17-year+trends%5BTitle%5D)+AND+%22Trans.+R.+Soc.+Trop.+Med.+Hyg%22%5BJournal%5D)">Seasonality of classical and El Tor cholera in Dhaka, Bangladesh: 17-year trends.</a> Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 77 (6), 853-856 (1983).</li>
<li>Son, M. S., Megli, C. J., Kovacikova, G., Qadri, F., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+Vibrio+cholerae+O1+El+Tor+biotype+variant+clinical+isolates+from+Bangladesh+and+Haiti%2C+including+a+molecular+genetic+analysis+of+virulence+genes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Characterization of Vibrio cholerae O1 El Tor biotype variant clinical isolates from Bangladesh and Haiti, including a molecular genetic analysis of virulence genes.</a> J. Clin. Microbiol. 49 (11), 3739-3749 (2011).</li>
<li>Ghosh-Banerjee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cholera+toxin+production+by+the+El+Tor+variant+of+Vibrio+cholerae+O1+compared+to+prototype+El+Tor+and+classical+biotypes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Cholera toxin production by the El Tor variant of Vibrio cholerae O1 compared to prototype El Tor and classical biotypes.</a> J. Clin. Microbiol. 48 (11), 4283-4286 (2010).</li>
<li>Ansaruzzaman, M., et al. The Mozambique cholera vaccine demonstration project coordination group. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cholera+in+Mozambique%2C+variant+of+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Emerg.+Infect.+Dis%22%5BJournal%5D)">Cholera in Mozambique, variant of Vibrio cholerae.</a> Emerg. Infect. Dis. 10 (11), 2057-2059 (2004).</li>
<li>Ansaruzzaman, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+diversity+of+El+Tor+strains+of+Vibrio+cholerae+O1+with+hybrid+traits+isolated+from+Bangladesh+and+Mozambique%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Med.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genetic diversity of El Tor strains of Vibrio cholerae O1 with hybrid traits isolated from Bangladesh and Mozambique.</a> Int. J. Med. Microbiol. 297 (6), 443-449 (2007).</li>
<li>Lan, R., Reeves, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pandemic+spread+of+cholera%3A+genetic+diversity+and+relationships+within+the+seventh+pandemic+clone+of+Vibrio+cholerae+determined+by+amplified+fragment+length+polymorphism%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Pandemic spread of cholera: genetic diversity and relationships within the seventh pandemic clone of Vibrio cholerae determined by amplified fragment length polymorphism.</a> J. Clin. Microbiol. 40 (1), 172-181 (2002).</li>
<li>Nair, G. B., Faruque, S. M., Bhuiyan, N. A., Kamruzzaman, M., Siddique, A. K., Sack, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+variants+of+Vibrio+cholerae+O1+biotype+El+Tor+with+attributes+of+the+classical+biotype+from+hospitalized+patients+with+acute+diarrhea+in+Bangladesh%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">New variants of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor with attributes of the classical biotype from hospitalized patients with acute diarrhea in Bangladesh.</a> J. Clin. Microbiol. 40 (9), 3296-3299 (2002).</li>
<li>Nair, G. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+Vibrio+cholerae+O1+strains+similar+to+pre-seventh+pandemic+El+Tor+strains+during+an+outbreak+of+gastrointestinal+disease+in+an+island+resort+in+Fiji%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation of Vibrio cholerae O1 strains similar to pre-seventh pandemic El Tor strains during an outbreak of gastrointestinal disease in an island resort in Fiji.</a> J. Med. Microbiol. 55 (11), 1559-1562 (2006).</li>
<li>Nair, G. B., Mukhopadhyay, A. K., Safa, A., Takeda, Y. Emerging hybrid variants of Vibrio cholerae O1. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aNair%2C+GB+%22Vibrio+cholerae%E2%80%94Genomics+and+Molecular+Biology%22">Vibrio cholerae—Genomics and Molecular Biology</a>. Faruque, S. M., Nair, G. B. , Horizon Scientific Press. 179-190 (2008).</li>
<li>Safa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+characteristics+of+Matlab+variants+of+Vibrio+cholerae+O1+that+are+hybrids+between+classical+and+El+Tor+biotypes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genetic characteristics of Matlab variants of Vibrio cholerae O1 that are hybrids between classical and El Tor biotypes.</a> J. Med. Microbiol. 55 (11), 1563-1569 (2006).</li>
<li>Nusrin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+CTX+phages+among+toxigenic+Vibrio+cholerae+O1+and+O139+strains+isolated+between+1994+and+2002+in+an+area+where+cholera+is+endemic%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Diverse CTX phages among toxigenic Vibrio cholerae O1 and O139 strains isolated between 1994 and 2002 in an area where cholera is endemic.</a> J. Clin. Microbiol. 42 (12), 5854-5856 (2004).</li>
<li>Carignan, B. M., Brumfield, K. D., Son, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single+nucleotide+polymorphisms+in+regulator-encoding+genes+have+an+additive+effect+on+virulence+gene+expression+in+a+Vibrio+cholerae+clinical+isolate%5BTitle%5D)+AND+%22mSphere%22%5BJournal%5D)">Single nucleotide polymorphisms in regulator-encoding genes have an additive effect on virulence gene expression in a Vibrio cholerae clinical isolate.</a> mSphere. 1 (5), e00253(2016).</li>
<li>Iwanaga, M., Yamamoto, K., Higa, N., Ichinose, Y., Nakasone, N., Tanabe, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Culture+conditions+for+stimulating+cholera+toxin+production+by+Vibrio+cholerae+O1+El+Tor%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Culture conditions for stimulating cholera toxin production by Vibrio cholerae O1 El Tor.</a> Microbiol. Immunol. 30 (11), 1075-1083 (1986).</li>
<li>DiRita, V. J., Claude, P., Georg, J., Mekalanos, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulatory+cascade+controls+virulence+in+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">Regulatory cascade controls virulence in Vibrio cholerae.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88 (12), 5403-5407 (1991).</li>
<li>Kovacikova, G., Lin, W., Skorupski, K. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15978075">Duel regulation of genes involved in acetoin biosynthesis and motility/biofilm formation by the virulence activator AphA and the acetate-responsive Lys-R type regulator AlsR in Vibrio cholerae.</a> Mol. Microbiol. 57 (2), 420-433 (2005).</li>
<li>Vogel, H. J., Bonner, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acetylornithinase+of+Escherechia+coli%3A+partial+purification+and+some+properties%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Acetylornithinase of Escherechia coli: partial purification and some properties.</a> J. Biol. Chem. 218 (1), 97-106 (1956).</li>
<li>Son, M. S., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+screens+and+biochemical+assays+to+characterize+Vibrio+cholerae+O1+biotypes%3A+classical+and+El+Tor%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genetic screens and biochemical assays to characterize Vibrio cholerae O1 biotypes: classical and El Tor.</a> Curr. Protoc. Microbiol. , 6A.2.1-6A.2.17 (2011).</li>
<li>Kovacikova, G., Skorupski, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+virulence+gene+expression+in+Vibrio+cholerae+by+quorum+sensing%3A+HapR+functions+at+the+aphA+promoter%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Regulation of virulence gene expression in Vibrio cholerae by quorum sensing: HapR functions at the aphA promoter.</a> Mol. Microbiol. 46 (4), 1135-1147 (2002).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+prevalence+of+functional+quorum-sensing+systems+in+recently+emerged+Vibrio+cholerae+toxigenic+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol.+Rep%22%5BJournal%5D)">The prevalence of functional quorum-sensing systems in recently emerged Vibrio cholerae toxigenic strains.</a> Environ. Microbiol. Rep. 3 (2), 218-222 (2011).</li>
<li>Sanders, E. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617405">Aseptic laboratory techniques.</a> J. Vis. Exp. (63), e3064(2012).</li>
<li>Martinez, R. M., Megli, C. J., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+and+laboratory+maintenance+of+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Growth and laboratory maintenance of Vibrio cholerae.</a> Curr. Protoc. , 6A.1.1-6A.1.6 (2010).</li>
</ol>

למחברים אין מה לחשוף.

של מעל 200 מזוהה V. Cholerae serogroups, רק O1 ו O139 יש פוטנציאל מגיפה. ניתן לחלק את הסרוגרופ O1 לשני ביו-טיפוסים: קלאסית ואל טור. עם זאת, זנים היברידיים, הנקראים אל ור גורפים 13 , 17 , התברר כי בעלי רקע ביוטיפ אל Tor, ומאפיינים קלאסיים הנמל 8 , 9 , 10 , 11 , <sup class="xref...

כולרה היא מחלה של המעי הדק הרחוק שנגרם על ידי הצריכה של מזון מזוהם או מים המכילים את החיידק הגראמי שלילי חיידקים Vibrio cholerae. תסמינים של כולרה כוללים הקאות ושילשול מימי בלתי נשלט, מה שמוביל להתייבשות קשה, אשר אם לא מטופלים כראוי, יביא למוות. אשר Cholerae יכול להיות מחולק ליותר מ 200 serogroups מבוסס על המבנה של משטח התא lipopolysaccharide O- אנטיגן. עם זאת, רק 2 serogroups, O1 ו O139, הראו מגיפה או פוטנציאל מגיפה 1 , 2 . יתר על כן, serogroup O139 היה מבודד בעיקר בדרום מזרח אסיה 3 , 4 , בעוד serogroup O1 מופץ ברחבי העולם. יתר על כן, ניתן לחלק את הסרוגרופוס O1 לשני ביו-טיפוסים עיקריים: קלאסית ואל טור. הביוטיפ הקלאסי היה אחראי על מגיפת הכולרה הראשונהS בין 1817 ו 1923. המגיפה השביעית המתמשכת היא תוצאה של ביוטיפ אל טור, אשר גלשו באופן גלובלי את הביוטיפ הקלאסי בסביבה 5 , 6 , 7 . לאחרונה נוצרו זנים המכילים מאפיינים ייחודיים של ביו-טיפוסים קלאסיים ואל-טוריים 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 , 16 , 17 ומאז נקראו אל וריאנטים של אל טור 13 , 17 . כמה גרסאות של אל-טור הראו יכולות ארסיות גבוהות עם התקדמות מחלה מהירה וחמורה יותר ממה שנצפתה קודם לכן, והדגישהצורך בגישה מקיפה יותר לזיהוי סוכן ומניעת מחלות וטיפול 8 , 9 , 18 . בעוד הזיהוי של ביו-טיב אינו מכתיב מיד טיפול, התקדמות נוספת בפיתוח החיסונים ובסוכני הטיפול העתידיים עשויה להפיק תועלת מהבחנה ביו-טייתית. הסדרה הראשונה של הפרוטוקולים המפורטים כאן תאפשר לחוקרים לשמור כראוי V. Cholerae זנים במעבדה הגדרה. עקביות וניתוח שלאחר מכן דורש הכנת מלאי וצמיחה של מבודדים, אשר אינו תלוי ביו-טיב. עם זאת, כדי לגרום באופן אופטימלי ביטוי גנים ארסיות, ביוטיפ עצמאית טכניקות culturing ספציפיים נדרשים 19 . בנוסף, הכנה לבדיקות גנטיות וביוכימיות שונות מתוארים בכתב יד זה. כולרה רעלן (CT) ואת רעלן שיתוף reגלוטן gulated (TCP) הם שני הגורמים העיקריים ארסיות נשלט על ידי הרגולטור הראשי ToxT בשני biotypes של V. Cholerae O1 serogroup 20 . CT הוא רעלן דו-חמצני המורכב מחמש CtxB תת יחידות המקיפות יחידה אחת של CtxA, ואחראית על אובדן אלקטרוליטים מהיר הקשור לכולרה. TCP הוא סוג IV פילוס מקודדים על ידי tcp operon ( tcpABqCRDSTEF ), והוא מעורב בהתקשרות ו קולוניזציה של המעי הדק הרחוק. TcpA הוא הגן הראשון של אופרון tcp אשר מקודד את יחידות יחידת הפרט Pilin חיוני לבנייה של הפילוס 8 . רצף הגן עבור ctxA נשמר לחלוטין בין ביוטיקים קלאסיים אל Tor, בעוד ctxB ו tcpA נבדלים על פני שני biotypes אבל נשמרים בתוך כל ביוטיפ 8 . CtxB נשמר לחלוטין בין biotypes למעט שתי posi בסיסTions (115 ו 203). ב biotype אל Tor, thymine מתגורר בנקודות הבסיס 115 ו 203, בעוד הביוטיפ הקלאסי מכיל ציטוזין בבסיסים אלה. Tcpa נשמר לחלוטין בתוך כל ביוטיפ, אך נבדלים בסיסים מרובים בין biotypes. הבדלים גנטיים אלה משמשים כסימני זיהוי ביו-טיים ראשוניים, ולאחר סידור תגובת תגובת שרשרת הפולימרז (PCR), כולל אלה, ניתן לבודד רצפים מבודדים עם O395 או WT El N1696 הקלאסית מסוג Wild-type כדי לקבוע את הרקע הביוטיפי של CT ו- TCP, בהתאמה, ב V. cholerae נתון לבודד. פרוטוקולים רבים פותחו על מנת לאפיין את ההבחנות הפנוטיפיות בין הביוטיקים הקלאסיים לאל טור , 21 , 22 , 23 . Polymyxin B הוא אנטיביוטיקה פפטיד כי compromises את יושרה של קרום התא החיצוני ב- Gram שלילי bacTeria, ואת התנגדות polyixxin B יכול להיות דמיינו דרך assay התנגדות polymyxin B 21 . ציטרט הוא המצע העיקרי של מחזור של Kreb, ואת היכולת metabolize ציטרט כמקור פחמן יחיד ניתן לקבוע באמצעות assay מטבוליזם ציטראט 22 . HapR מקודד הרגולטור העולמי ו הרגולטור חישה המניין קוורום ב V. cholerae, HapR, אשר נקשר לאזורים שונים האמרגן מסדיר ביטוי הגן האופרה 24 . כמה זנים פתוגניים של V. cholerae יש באופן טבעי מוטציה משמרת מסגרת בגן hapR שגרם זה צפיפות תלויה תקנה של ביטוי גנים ארסיות לאיבוד 24 , 25 . מדידת פעילות פרוטאז HAPR-regulated באמצעות מדיה אגר חלב מאפשר החוקר כדי לזהות אם לבודד מסוים מכיל HAPR תפקודית 23 . הבדיקות המוליזה של המעי הגס על יכולתו של מתח להפריש אנזימים hemolytic כי lyse תאי דם אדומים; את מידת המוליזה יכול להיות דמיינו על צלחות אגר דם 23 . תנועתיות קשורה לעיתים קרובות עם ארסיות V. cholerae וניתן לנתח באמצעות לוחות אגר התנועה 23 . מבחני ה- Voges-Proskauer בודקים את יכולתו של זן להסיס את הגלוקוז כמקור פחמן יחיד ומייצרים את התוצר האסייתי 21 . עם הופעת גרסאות אל Tor, קשה לחזות את התוצאות של assay פנוטיפי נתון ללא בדיקות genotypic נרחב, ולפני deducing את הרקע של ביוטייפ של V. Cholerae מבודד, מומלץ לבצע את הרכבה זו של מבחני 23 ולהשוות את התוצאות זנים התייחסות כמו בטבלה 2 . כאן, יש לנו סדרה מתקדמת של פרוטוקולים, באופן קולקטיבי ניצול foreeeהבחינו genotypic ו מבחני פנוטיפי לגישה מקיפה יותר לאפיון V. ביוטכנולוגי כולרה . יתר על כן, יש לנו תיאר את ההבחנה גנוטיפי פנוטיפי של V ידוע. Cholerae אל Tor וריאנטים (MQ1795 ו BAA-2163), בהשוואה זנים התייחסות ביוטיפ נפוץ (WT קלאסי O395, WT אל Tor C6706, ו ​​WT אל Tor N16961, טבלה 1 ). הופעתה של גרסאות אל Tor הציגה אתגרים האמינות של המועסקים בעבר פרוטוקול יחיד אפיון ביו-טיוב אפיון; עם זאת, זה מספר רב של מערכת זיהוי assay יאפשר אפיון אמין יותר של קליני וסביבתי V. כולסטרס מבודד.

<table><tbody><tr><td>סולם DNA 1 kb</td><td>ניו אינגלנד Biolabs</td><td>N3232S</td><td>https://www.neb.com/products/n3232-1-kb-dna-ladder</td></tr><tr><td>60% גליצרול</td><td>קלביוכימיה</td><td>356352</td><td>http://www.emdmillipore.com/US/en/product/Glycerol%2C-Molecular-Biology-Grade---CAS-56-81-5---Calbiochem,EMD_BIO-356352</td></tr><tr><td>אגר</td><td>בקטו, דיקינסון ושות'.</td><td>214030</td><td></td></tr><tr><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=214030&parentCategory=&parentCategoryName=&categoryId=&categoryName=&searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D214030%26typeOfSearch%3DproductSearch אגר עם עירוי מוח-לב</td><td>בקטו, דיקינסון ושות'.</td><td>237500</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=237500&parentCategory=&parentCategoryName=&categoryId=&categoryName=&searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D237500%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>אגרוז</td><td>פקלאב</td><td>732-2789</td><td>https://de.vwr.com/store/catalog/product.jsp?catalog_number=732-2789&_DARGS=/store/cms/de.vwr.com/de_DE/header_2016111711383215.jsp_AF&_dynSessConf=1766917479792147141&targetURL=/store/catalog/product.jsp%3Fcatalog_number%3D732-2789&lastLanguage=en&/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&_D%3AcurrentLanguage=+&currentLanguage=en&_D%3AlastLanguage=+&_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+</td></tr><tr><td>נטול מים K2HPO4</td><td>Fisher Scientific</td><td>P288-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-phosphate-dibasic-anhydrous-crystalline-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/p288500?searchHijack=true&searchTerm=P288500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>צלחות אגר דם</td><td>Remel</td><td>R01200</td><td>יש לאחסן בטמפרטורה של 4 מעלות; C;&nbsp; http://www.remel.com/Catalog/Item.aspx?name=Blood+Agar</td></tr><tr><td>חומצה בורית</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>A73-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/boric-acid-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-6/a73500?searchHijack=true&searchTerm=A73500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>ברומתימול בלו</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>B388-10</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/bromothymol-blue-certified-acs-fisher-chemical/b38810?searchHijack=true&searchTerm=B38810&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>חומצה ציטרית ומידות; H2O</td><td>Fisher Scientific</td><td>S72836-3</td><td>ערכת</td></tr><tr><td>תמיסת דאוקסינוקלאוטיד (dNTP)</td> https://www.fishersci.com/shop/products/citric-acid-monohydrate-4/s728363#?keyword=s728363 חנות <td>New England Biolabs</td><td>N0446S</td><td>ב-20 מעלות; C;&nbsp; https://www.neb.com/products/n0446-deoxynucleotide-solutionset</td></tr><tr><td>דיסודיום EDTA</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>S311-500</td><td></td></tr><tr><td>https://www.fishersci.com/shop/products/ethylenediaminetetraacetic-acid-disodium-salt-dihydrate-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-7/s311500?searchHijack=true&searchTerm=S311500&searchType=RAPID DNA נקי & ריכוז ומסחר; -25 ערכת</td><td>Zymo Research</td><td>D4007</td><td>http://www.zymoresearch.com/dna/dna-clean-up/zymoclean-gel-dna-recovery-kit</td></tr><tr><td>GelGreen כתם חומצת גרעין</td><td>ביוטיום</td><td>41005</td><td>https://biotium.com/product/gelgreentm-nucleic-acid-gel-stain-10,000x-in-water/</td></tr> <tr><td>Genesys 10SUV-VIS ספקטרופוטומטר</td><td>Thermo Scientific</td><td>840-208100</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/840-208100?ICID=search-840-208100</td></tr><tr><td>Gentra Puregene שמרים/חיידקים. ערכת</td><td>Qiagen</td><td>158567</td><td>https://www.qiagen.com/us/shop/sample-technologies/dna/dna-preparation/gentra-puregene-yeastbact-kit/#orderinginformation</td></tr><tr><td>HCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>A144-212</td><td>מאכל; &nbsp; https://www.fishersci.com/shop/products/hydrochloric-acid-certified-acs-plus-fisher-chemical-10/a144212?searchHijack=true&searchTerm=A144212&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>KCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>P217-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-chloride-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-4/p217500?searchHijack=true&searchTerm=P217500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>KH2PO4</td><td>Fisher Scientific</td><td>P285-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-phosphate-monobasic-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-5/p285500?searchHijack=true&searchTerm=P285500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>KOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>P250-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-hydroxide-pellets-certified-acs-fisher-chemical-5/p250500?searchHijack=true&searchTerm=P250500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Le Loop</td><td>Decon Labs Inc.</td><td>MP190-25</td><td>http://deconlabs.com/products/leloop/</td></tr> <tr><td>Le Stab</td><td>Decon Labs Inc.</td><td>MP186-5</td><td>http://deconlabs.com/products/lestab/</td></tr> <tr><td>MgSO4&middot; 7H2O</td><td>Fisher Scientific</td><td>M63-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/magnesium-sulfate-heptahydrate-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-3/m63500?searchHijack=true&searchTerm=M63500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Mini-Sub Cell GT מערכת אלקטרופורזה אופקית</td><td>Bio Rad Labs</td><td>1704406</td><td>http://www.bio-rad.com/en-us/product/mini-sub-cell-gt-cell?WT.srch=1&WT.mc_id=aw-cbb-NA-sub_cell_systems_brand_gold&WT.knsh_id=7eb1981f-a011-42a3-aece-1236ff453373</td></tr><tr><td>MR-VP מרק</td><td>דיפקו</td><td>216300</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=216300&parentCategory=&parentCategoryName=&categoryId=&categoryName=&searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3Dmr-vp%2Bmedium%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>Na2HPO4</td><td>Fisher Scientific</td><td>S374-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-phosphate-dibasic-anhydrous-granular-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/s374500?searchHijack=true&searchTerm=S374500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>S271-10</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-chloride-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-6/s27110?searchHijack=true&searchTerm=S27110&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>NaHCO3</td><td>Fisher Scientific</td><td>S233-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-bicarbonate-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/s233500?searchHijack=true&searchTerm=S233500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>NaNH4HPO4&middot; 4H2O</td><td>Fisher Scientific</td><td>S218-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-ammonium-phosphate-tetrahydrate-crystalline-certified-fisher-chemical/s218500?searchHijack=true&searchTerm=S218500&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>ספקטרופטומטר NanoDrop Lite</td><td>תרמו סיינטיפיק</td><td>מדעי ND-LITE-PR</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/ND-LITE-PR?ICID=search-ND-LITE-PR</td></tr><tr><td>חלב יבש ללא שומן</td><td>Nestle Carnation</td><td>N/A</td> N<td>/A</td></tr><tr><td>Peptone</td><td>Becto, Dickinson and Co.</td><td>211677</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=211677&parentCategory=&parentCategoryName=&categoryId=&categoryName=&searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D211677%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>צלחות פטרי (100 מ"מ על 15 מ"מ)</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>FB0875712</td><td></td></tr><tr><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-petri-dishes-clear-lid-12/fb0875712#?keyword=FB0875712 צלחות פטרי (150 מ"מ x 15 מ"מ)</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>FB0875714</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-petri-dishes-clear-lid-12/fb0875714?searchHijack=true&searchTerm=FB0875714&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>מלח פולימיקסין B סולפט</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>P1004-10MU</td><td>יש לאחסן בטמפרטורה של 2-4 מעלות; C; http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/p1004?lang=en&region=US</td></tr><tr><td>Taq DNA פולימראז</td><td>חנות New England Biolabs</td><td>M0273S</td><td>ב-20 מעלות; C; https://www.neb.com/products/m0273-taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer</td></tr><tr><td>Taq מאגר תגובה</td> חנות <td>New England Biolabs</td><td>M0273S</td><td>ב-20 מעלות; C;&nbsp; https://www.neb.com/products/m0273-taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer</td></tr><tr><td>Thermal Cycler Bio-Rad C1000 Touch&trade; &nbsp;</td><td>מעבדות ביו ראד 1840148</td><td></td><td>http://www.bio-rad.com/evportal/evolutionPortal.portal?_nfpb=true&_pageLabel=search_page&sfMode=search&sfStartNumber=1&clearQR=true&js=1&searchString=1840148&database=productskus+productcategories+productdetails+abdProductDetails+msds+literatures+inserts+faqs+downloads+webpages+assays+genes+pathways+plates+promotions&tabName=DIVISIONNAME</td></tr><tr><td>Triphenyltetrazolium chloride</td><td>Alfa Aesar</td><td>A10870</td><td>https://www.alfa.com/en/catalog/A10870/</td></tr> <tr><td>Tris Base</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP152-1</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/tris-base-white-crystals-crystalline-powder-molecular-biology-fisher-bioreagents-7/bp1521?searchHijack=true&searchTerm=BP1521&searchType=RAPID</td></tr><tr><td>טריפטון</td><td>בקטו, דיקינסון ו ושות'.</td><td>211705</td><td></td></tr><tr><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=211705&parentCategory=&parentCategoryName=&categoryId=&categoryName=&searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D211705%26typeOfSearch%3DproductSearch תמצית שמרים</td><td>בקטו, דיקינסון ושות'</td><td>212750</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=212750&parentCategory=&parentCategoryName=&categoryId=&categoryName=&searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D212750%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>&-napthol</td><td>MP ביומדיקל</td><td>204189</td><td>http://www.mpbio.com/product.php?pid=05204189</td></tr></tbody></table>

טכניקות מעבדה המשמשות לשמירה על ביו-טיפוסים של<em&gt; ויבריו כולרה</em&gt; בידוד קליני ואיכותי

Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates

החיידק הגרימי שלילי של גראם הוא Vibrio cholerae הוא הסוכן האטיולוגי של כולרה זיהומית זיהומית. בשל השכיחות והחומרה הגלובלית של המחלה, V. Cholerae נחקרה בהרחבה הן בהגדרות סביבתיות והן במעבדה, המחייבת תחזוקה נאותה וטכניקות טיפוח. קלאסי ואל טור הם שני ביו-טיפוסים עיקריים המרכיבים את ה- V. Cholerae O1 serogroup, שכל אחד מהם מציג מאפיינים גנוטיפיים ופנוטיפיים ייחודיים המספקים מנגנונים אמינים לאפיון ביוטיפ, ודורשים ארסיות מובהקות הגורמות לתרבות. ללא קשר לביוטיפ של זן סיבתי עבור כל זיהום או פרוץ מסוים, הטיפול הסטנדרטי עבור המחלה כולל טיפול rehydration בתוספת משטר של אנטיביוטיקה. עם זאת, סיווג ביוטיפ עשוי להיות נחוץ ללימודי מעבדה ועלולות להיות השפעות רחבות יותר בתחום הביו-רפואי.בתחילת שנות האלפיים, זוהו הבדידות הקליניות, אשר הציגו תכונות גנוטיפיות ופנוטיפיות הן מהביוטיקים הקלאסיים והן מהאל-טור. ההיברידיות שזוהו לאחרונה, המכונה אל וריאציות של אל-טור, גרמו לקליניקה ולסביבה לזהות בידוד ביו-טיפוסי כדי להיות מורכבות יותר מאשר בפרוטוקולי זיהוי מסורתיים בודדים. בנוסף לתיאור V. Cholerae תחזוקה כללית ו culturing טכניקות, כתב היד הזה מתאר סדרה של גנים ספציפיים ( ctxB ו tcpA ) מסכי PCR מבוססי PCR ו מבחנים פנוטיפי (התנגדות polyyxin B, מטבוליזם ציטראט, פעילות proteolytic, פעילות hemolytic, תנועה, ומטבוליזם גלוקוז באמצעות Voges- Assay Proskauer) השתמשו באופן קולקטיבי לאפיין ו / או להבדיל בין ביוטוסים קלאסיים לאל טור. יחד, מבחני אלה מספקים גישה שיטתית יעילה לשמש חלופה, או בנוסף, יקר, ניסויים עתירי עבודה ב characterizaשל V. Cholerae קליני (וסביבתי) מבודד.

עבור תחזוקה נאותה ושימוש בכל זן חיידקי, מומלץ לדעת את זמן הכפלה של זן (ים) של עניין. הנה, את שיעורי הצמיחה המשתנים של V נפוץ. זנים cholerae הודגמו דרך עקומת הצמיחה, ואת זמני הכפלה משוער חושבו באמצעות רגרסיה ליניארית. WT El Tor N16961 ו El Tor וריאנט MQ1795 הוכיחו פעמים הכפלת קצר (~ 1 שעה ו ~ 1 שעות, בהתאמה) מאשר WT קלאסי O395 (~ 2 שעות) ( איור 1 , טבלה 2 ). <p class="jove_content" fo:keep-...

כתב יד זה מתאר ראוי Vibrio cholerae טכניקות תחזוקה בנוסף סדרה של מבחני ביוכימי, מנוצל קולקטיבית עבור הבחנה מהירה ואמינה בין קליני וסביבתי V. ביו-טיפוסים של כולרה במעבדה.

The aquatic Gram-negative bacterium Vibrio cholerae is the etiological agent of the infectious gastrointestinal disease cholera. Due to the global ...

המטרה הכללית של טכניקה זו היא לספק אוסף של פרוטוקולים פשוטים לביצוע, שיכולים לסייע לכל חוקר לאפיין בידוד קליני או סביבתי נתון של Vibrio cholerae. שיטה זו יכולה לסייע במתן מענה לשאלות מפתח בתחום הבקטריולוגיה, כגון המאפיינים הגנוטיפיים והפנוטיפיים הספציפיים של כל בידוד של Vibrio cholerae, ובמיוחד אלו בעלי רלוונטיות קלינית. היתרון המרכזי של טכניקה זו הוא שהיא מאפשרת לכל חוקר להשתמש באוסף בדיקות זה כדי לאפיין ולהבחין באופן מהימן בין בידודים קליניים או סביבתיים של Vibrio cholerae.יחד, בדיקות אלו מספקות גישה שיטתית שניתן להשתמש בה כחלופה או כתוספת לניסויים יקרים ועתירי עבודה ולאפיון של בידודים קליניים וסביבתיים של Vibrio cholerae. למרות ששיטה זו יכולה לספק תובנות לגבי אפיון של ביוטיפים של Vibrio cholerae, ניתן להחיל אותה גם כדי לאפיין את היכולות הביוכימיות והמטבוליות של חיידקים אנטריים אחרים. באופן כללי, אנשים שאינם מכירים את השיטה יתקשו בניהול הזמן, מכיוון שזמני האינקובציה הדרושים להבטחת תוצאות אופטימליות שונים בין הבדיקות הביוכימיות.הדגמות חזותיות של פרוטוקולי ה-spotting (הנחת נקודות) וה-stabbing (דקירה) הן קריטיות, שכן התזות עלולות להוביל לעיתים קרובות לזיהום צולב, ונדרש מרחק מקסימלי כדי למנוע התמזגות בין תרביות. התחילו את הפרוטוקול על ידי שקיעת 1.8 mL של תרבית נוזלית שגדלה בן לילה למ

laboratory-techniques-used-to-maintain-differentiate-biotypes-vibrio

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

כאשר עובדים עם התקשורת ריאגנטים המשמשים מיקרואורגניזמים תרבות, הטכניקה aseptic חייב להיות מתורגל כדי להבטיח זיהום ממוזער. מגוון שיטות ציפוי משמשים באופן שגרתי כדי לבודד, להפיץ, או חיידקים למנות ו הפאג, אשר כולם לשלב נהלים השומרים על עקרות של חומרים ניסיוניים.

טכניקות מעבדה אספטיים: שיטות ציפוי

שיטה מהירה כדי לשנות את הגנום...

TransFLP - שיטה גנטית לשינוי<em&gt; Vibrio cholerae</em&gt; בהתבסס על שינוי הטבעי וFLP-רקומבינציה

מקור: Yeung, M., et al. פיתוח מדיום אגר כרומוגני רגיש וספציפי יותר לזיהוי Vibrio parahaemolyticus ומיני ויבריו אחרים. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים שיטה מבוססת תרבות לזיהוי מיני ויבריו , ומדגיש אגר כרומוגני כחלופה מדויקת יותר לאגר תיוסולפט-ציטראט-מרה הנפוץ או אגר TCBS. אגר כרומוגני מספק בידול מעולה של זני ויבריו על ידי זיהוי פעילויות אנזימטיות ספציפיות למין.

מדיום כרומוגני חדש לזיהוי מהיר של מיני ויבריו

מקור: ברומפילד, ק. ד. ואחרים, טכניקות מעבדה המשמשות לשימור והבחנה של ביוטיפים של ויבריו כולרה מבודדים קליניים וסביבתיים. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את צמיחת תרביות החיידקים בתווך נוזלי. ניעור מקדם אוורור ומפיץ את החומרים המזינים באופן שווה, תומך בצמיחה מעריכית ויוצר תלייה אחידה ופעילה מטבולית, המתאימה ליישומים במורד הזרם.

יצירת תרביות חיידקיות טהורות במדיום נוזלי

מקור: ברומפילד, ק. ד. ואחרים. טכניקות מעבדה המשמשות לשימור והבחנה בין ביוטיפים של ויבריו כולרה לבידוד קליני וסביבתי. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים מבחן אגר רך המשתמש בכלוריד טריפנילטטרזוליום להערכת והשוואת תנועתיות זני ויבריו כולרה על ידי המחשת פעילות מטבולית דרך יצירת אזור אדום סביב תאים נודדים באופן פעיל.

מבחן תנועתיות להשוואת זני ויבריו כולרה באמצעות טריפנילטרזוליום כלוריד

מקור: ברומפילד, ק. ד. ואחרים, טכניקות מעבדה המשמשות לשימור והבחנה בין ביוטיפים של ויבריו כולרה לבידוד קליני וסביבתי. J. Vis. Exp. (2017).הסרטון הזה מדגים את מבחן ווגס-פרוסקאואר (VP) להבחנה בין שלושה ביוטיפים של ויבריו כולרה: קלאסי, אל טור מסוג פראי, וגרסה של אל טור. כל תרבית מחוננת לתוך מדיום המכיל גלוקוז, מודגרת ומטופלת ב-α-נפתול ואשלגן הידרוקסיד כדי לזהות נוכחות אצטואין. צבע ורוד-אדום, המצביע על תגובת VP חיובית, נצפה רק בביוטיפ El Tor מסוג פראי, מה שמבדיל אותו מהסוגים הקלאסיים והווריאנטים.

מבחן ווגס-פרוסקאואר להבדלת ביוטיפים של ויבריו כולרה

מקור: נג, ד. ואחרים. כימות קולוניזציה ושלשול של ויבריו כולרה במודל דגי זברה בוגרים. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים פרוטוקול לכימות העומס החיידקי במעיים בדגי זברה בוגרים שנדבקו בזן עמיד לאנטיביוטיקה של Vibrio cholerae. לאחר המתת חסד ונתיחה, מערכת העיכול מבודדת, מתאחדת עם חרוזי זכוכית, ומעובדת לשחרור החיידקים. ההומוגנט המתקבל מצופה על מדיום סלקטיבי, ומושבות בצבע כחול המבטאות β-גלקטוזידאז נספרות כדי להעריך את נטל החיידקים.

כימות עומס חיידקים במעי בדגי זברה הנגועים ב-Vibrio cholerae

Electroporation הוא שיטה הנפוצה מועסק להחדרת DNA לחיידקים בתהליך המכונה טרנספורמציה. פרוטוקולים מסורתיים להכנת תאי electrocompetent הם זמן רב ועבודה אינטנסיבית. מאמר זה מתאר חלופי, מהיר, ושיטה יעילה להכנת תאי electrocompetent מועסקים כיום על ידי כמה מעבדות.

ראפיד פרוטוקול להכנת Electrocompetent<em&gt; חיידקי Escherichia</em&gt; ו<em&gt; Vibrio cholerae</em

איתור ובידוד של מיני ויבריו רלוונטיים מבחינה קלינית דורשים אמצעי תרבית סלקטיביים ודיפרנציאליים. מחקר זה העריך את יכולתו של מדיום כרומוגני חדש לזהות ולזהות V. parahaemolyticus ומינים קשורים אחרים. נמצא כי למדיום החדש יש רגישות וסגוליות טובות יותר מהמדיום הקונבנציונלי.

פיתוח בינוני אגר chromogenic רגיש וספציפי יותר לצורך זיהוי של<em&gt; Parahaemolyticus Vibrio</em&gt; ו אחר<em&gt; Vibrio</em&gt; מינים

פרוטוקול זה מאפשר לקורא לנתח מלח מרה-induced ביופילמים בתוך פתוגנים המעית באמצעות גישה רב פנים כדי ללכוד באופי הדינמי של biofilms חיידקי על-ידי הערכת הדבקות, היווצרות מטריצה חוץ-תאית חומר הפולימרים, פיזור.

מלח מרה-induced ביופילמים בתוך המעית פתוגנים: טכניקות וכימות

למד טכניקות שמירה ואפיון ביוכימי של Vibrio cholerae לזיהוי ביוטיפים קליניים וסביבתיים. שיטות אלו מספקות גישה מערכתית חלופית לניסויים יקרים ומאפשרות הבחנה אמינה בין בידודים שונים.

טכניקות מעבדה המשמשות לשמירה על ביו-טיפוסים של

גלה סרטונים נוספים