Name: מעקב בזמן אמת של הפרדת ה- DNA הפרדה על ידי הטלפון החכם (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-06-01T15:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 58 s
Description: למד את שיטת SNAP gel electrophoresis להפרדת DNA בזמן אמת באמצעות סמארטפון. שיטה זו מפחיתה צריכת כימיקלים ומקצרת זמני ניסוי בניתוח ביוכימי וביולוגי.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים בהכרת תודה לתמיכה של הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (מס &#39;21205078) וקרן המחקר לתכנית הדוקטורט להשכלה גבוהה של סין (No.20123120110002). עבודה זו נתמכה חלקית על ידי התוכנית הלאומית למחקר ופיתוח של סין (2016YFB1102303), התוכנית הלאומית למחקר בסיסי של סין (973Program, 2015CB352001), והקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (61378060).

1. עיצוב בסיסי של שבב SGE <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בכל פלסטיק שקוף, כגון polymethylmethacrylate (PMMA) או פוליקרבונט. הערה: שבב SGE מודגם בתרשים 1B . שבב SGE מורכב חורים גלילי עבור חיץ TBE, ערוצי הפרדת DNA, ושני נתיבים מוטבע לאורך החורים של האלקטרודה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מייצרים מערכים של ערוצי SGE בלוק PMMA באמצעות לייזר מכונת חריטה. הערה: הפרמטרים הגיאומטריים של השבב תלויים בגודלו של הדנ&quot;א שיופרדו. לדוגמה, הפרמטרים אופטימלי ערוץ עבור שבב SGE הם 2.5 מ&quot;מ x 4.0 מ&quot;מ x 90 מ&quot;מ (רוחב x עומק x אורך) אם קטע ה- DNA הוא קטן מ 1000 bp. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בהתבסס על עיצוב SGE, לפברק מסרקים כדי ליצור את הבארות שבב לטעינת דגימת DNA. </li></ol> 2. הכנת ג&#39;ל Agarose <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן 0.5 × TBE על ידי ערבוב 10 × TBE (1 × TBE =89 מ&quot;מ טריס, 89 מ&quot;מ חומצת בור, ו 2 מ&quot;מ EDTA; PH 8.4) ומים מזוקקים ביחס 1:19. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן ג&#39;ל agarose 1.0% עבור ההפרדה של סולמות DNA 100-BP. הערה: ריכוז agarose במאגר TBE 0.5x תלוי בגדלים של שברי ה- DNA להיות מופרדים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מקום 0.1 גרם של agarose לתוך בקבוק להוסיף 10 מ&quot;ל של חיץ TBE 0.5x. הערה: נפח הפתרון מוכן צריך להיות פחות מ 1/3 קיבולת של הבקבוק. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חותם את הבקבוק עם סרט משמר ולאחר מכן לחמם את תערובת agarose / חיץ במיקרוגל (בינוני, 1.0 דקות). לפני לשים את הבקבוק לתוך המיקרוגל, לעשות כמה חורים בסרט המשמר במקרה של פיצוץ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים 2.7 מ&quot;ל של תמיסת agarose מומס לתוך 4 ערוצים של שבב SGE. מניחים את המסרק לתוך פתרון agarose כדי ליצור את הבארות. הערה: הפתרון agarose נמס יהיה להתקרר למצב ג&#39;ל בטמפרטורת החדר 3 דקות מאוחר יותר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את המסרק מ gEls להוסיף 0.9 מ&quot;ל של חיץ TBE 0.5x כדי לכסות את הג&#39;ל. </li></ol> 3. הפעלת אלקטרופורזה ב SGE שבב <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את מקור האור LED ו במקום 425 ל 505 ננומטר bandpass מסנן מעל מקור האור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מערבבים 14.4 μL של סולם DNA 100 BP ו 1.6 μL של SYBR גרין באמצעות וורטקסר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> טען 4 μL של תערובת לתוך כל טוב של ג&#39;ל agarose שבב SGE ( איור 2 ). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שים את האלקטרודה לתוך שני נתיבים של שבב SGE. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים 550 עד 700 ננומטר bandpass מסנן מעל שבב SGE. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את מקור המתח. הגדר את המתח החשמלי ל - 180 וולט (20 V / cm). הפעל את הטלפון החכם כדי להקליט את תהליך הפרדת דנ&quot;א קטע ( איור 3 ). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כאשר אלקטרופורזה הוא סיים 10 דקות מאוחר יותר, לכבות את מקור החשמל ואת האור LED. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נקה את שבב SGE. </li></ol>

<ol><li>Carle, G. F., Olson, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+of+chromosomal+DNA+molecules+from+yeast+by+orthogonal-field-alternation+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic.+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">Separation of chromosomal DNA molecules from yeast by orthogonal-field-alternation gel electrophoresis.</a> Nucleic. Acids. Res. 12 (14), 5647-5664 (1984).</li>
<li>McDonell, M. W., Simon, M. N., Studier, F. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+restriction+fragments+of+T7+DNA+and+determination+of+molecular+weights+by+electrophoresis+in+neutral+and+alkaline+gels%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Analysis of restriction fragments of T7 DNA and determination of molecular weights by electrophoresis in neutral and alkaline gels.</a> J. Mol. Biol. 110 (1), 119-146 (1977).</li>
<li>Fangman, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+of+very+large+DNA+molecules+by+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic.+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">Separation of very large DNA molecules by gel electrophoresis.</a> Nucleic. Acids. Res. 5 (3), 653-665 (1978).</li>
<li>Blum, H., Beier, H., Gross, H. J. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elps.1150080203/abstract">Improved silver staining of plant proteins, RNA and DNA in polyacrylamide gels.</a> Electrophoresis. 8 (2), 93-99 (1987).</li>
<li>Gödde, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoresis+of+DNA+in+human+genetic+diagnostics-state-of-the-art%2C+alternatives+and+future+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Electrophoresis of DNA in human genetic diagnostics-state-of-the-art, alternatives and future prospects.</a> Electrophoresis. 27 (5-6), 939-946 (2006).</li>
<li>Studier, F. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+bacteriophage+T7+early+RNAs+and+proteins+on+slab+gels%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Analysis of bacteriophage T7 early RNAs and proteins on slab gels.</a> J. Mol. Biol. 79 (2), 237-248 (1973).</li>
<li>Sugden, B., De Troy, B., Roberts, R. J., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+slab-gel+electrophoresis+equipment%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Agarose slab-gel electrophoresis equipment.</a> Anal. Biochem. 68 (1), 36-46 (1975).</li>
<li>Rabilloud, T., Chevallet, M., Luche, S., Lelong, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+gel+electrophoresis+in+proteomics%3A+Past%2C+present+and+future%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional gel electrophoresis in proteomics: Past, present and future.</a> J. Proteomics. 73 (11), 2064-2077 (2010).</li>
<li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+gel+electrophoresis+for+the+separation+of+DNA+fragments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments.</a> J. Vis. Exp. (62), e3923(2012).</li>
<li>Gasser, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-strand+conformation+polymorphism+%28SSCP%29+for+the+analysis+of+genetic+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Single-strand conformation polymorphism (SSCP) for the analysis of genetic variation.</a> Nat. Protoc. 1 (6), 3121-3128 (2006).</li>
<li>Matselyukh, B. P., Yarmoluk, S. M., Matselyukh, A. B., Kovalska, V. B., Kocheshev, I. O., Kryvorotenko, D. V., Lukashov, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+of+cyanine+dyes+with+nucleic+acids%3A+XXXI.+Using+of+polymethine+cyanine+dyes+for+the+visualization+of+DNA+in+agarose+gels%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biochem.+Biophys.+Methods%22%5BJournal%5D)">Interaction of cyanine dyes with nucleic acids: XXXI. Using of polymethine cyanine dyes for the visualization of DNA in agarose gels.</a> J. Biochem. Biophys. Methods. 57 (1), 35-43 (2003).</li>
<li>Lunn, G., Sansone, E. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ethidium+bromide%3A+destruction+and+decontamination+of+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Ethidium bromide: destruction and decontamination of solutions.</a> Anal. Biochem. 162 (2), 453-458 (1987).</li>
<li>Li, Z., Liu, C., Zhang, D., Luo, S., Yamaguchi, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capillary+electrophoresis+of+RNA+in+hydroxyethylcellulose+polymer+with+various+molecular+weights%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chormatogr.+B%22%5BJournal%5D)">Capillary electrophoresis of RNA in hydroxyethylcellulose polymer with various molecular weights.</a> J. Chormatogr. B. 1011, 114-120 (2016).</li>
<li>Li, Z., Liu, C., Ma, S., Zhang, D., Yamaguchi, Y. <a target="_blank" href="http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2016/AY/C5AY02705E#!divAbstract">Analysis of the inhibition of nucleic acid dyes on polymerase chain reaction by capillary electrophoresis.</a> Anal. Methods-UK. 8 (11), 2330-2334 (2016).</li>
<li>Liu, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+a+fluorescence-coupled+capillary+electrophoresis+based+method+to+probe+interactions+between+QDs+and+colorectal+cancer+targeting+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Developing a fluorescence-coupled capillary electrophoresis based method to probe interactions between QDs and colorectal cancer targeting peptides.</a> Electrophoresis. 37 (15-16), 2170-2174 (2016).</li>
<li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+capillary+electrophoresis+method+to+explore+the+self-assembly+of+a+novel+polypeptide+ligand+with+quantum+dots%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">A capillary electrophoresis method to explore the self-assembly of a novel polypeptide ligand with quantum dots.</a> Electrophoresis. 37 (15-16), 2156-2162 (2016).</li>
<li>Miao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0013468616300342">Nuclease assisted target recycling and spherical nucleic acids gold nanoparticles recruitment for ultrasensitive detection of microRNA.</a> Electrochim. Acta. 190, 396-401 (2016).</li>
<li>Heller, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+of+DNA+separation+with+capillary+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Principles of DNA separation with capillary electrophoresis.</a> Electrophoresis. 22 (4), 629-643 (2001).</li>
</ol>

שום ניגוד אינטרסים לא הוכרז.

Agarose ג&#39;ל אלקטרופורזה מועסק נרחב עבור הפרדת DNA, RNA, וחלבון. עבודה זו מציעה שיטה חדשה להחליף את פרוטוקול אלקטרופורזה ג&#39;ל המסורתית. תוצאות מדגימות כי 50, 100, ו 1000 bp סולמות DNA ניתן להפריד היטב כזה מכשיר קטן התאספו. היתרון הגדול של שיטה זו הוא כי לא רק זה יכול להפריד בין חומצות גרעין עם צריכת כימי קטן, אבל זה יכול גם להקליט את תהליך ההפרדה. למרות שברי דנ&quot;א נראה רחב באיור 2 , התוצאות ניתן לשפר על ידי אופטימיזציה של הפרמטרים של שבב SGE...

<html> סלע ג&#39;ל אלקטרופורזה (SGE) היא השיטה היעילה ביותר עבור הפרדת קטע DNA 1 , 2 , 3 , 4 , 5 ולכן הוא נחשב כלי רב תכליתי ב ביוכימי וביולוגי מנתח 6 , 7 , 8 . עם זאת, ניסויים רבים מצביעים כי SGE מוגבל על ידי ארבע הבעיות הבאות: (1) ההפרדות לוקח שעות רבות, ואפילו ימים; (2) הצריכה הכימית גבוהה מאוד; (3) זה דורש מנגנון מסובך ( למשל, תא אלקטרופורזה 2D, ספק כוח אלקטרופורזה, מערכת ג &#39;ל הדמיה); (4) מערכת הדמיה ג&#39;ל יכול רק לראות את שברי ה- DNA מופרדים כאשר הניסוי הוא סיים. יתר על כן, ethidium bromide (EtBr), אשר נפוץ ב SGE 9 ,התחת = &quot;xref&quot;&gt; 10, הוא mutagenic ו סרטן 11 , 12 . לכן, כפפות תמיד צריך להיות משוחק כאשר מסירת ג&#39;לים המכילים EtBr. נימי אלקטרופורזה (CE) יש יתרונות רבים 13 , 14 , 15 , 16 , 17 לעומת SGE, כגון פעולה אוטומטית, זמן ההפרדה קצר, וצריכה נמוכה יותר. עם זאת, מכשיר CE הוא די יקר. לכן, כדי להתגבר על המגבלות הללו, פותחה מערכת ( איור 1 ) להפרדת הדנ&quot;א. מערכת כזו יכולה לא רק לצמצם באופן משמעותי את הצריכה הכימית ולשמור על זמן הניסוי SGE (&lt;8 דקות), אבל זה יכול גם לבצע מעקב בזמן אמת של תהליך ההפרדה DNA ב agarose ג&#39;ל על ידי הטלפון החכם. על ידי ביצוע ההליכים המתוארים בפרוטוקול זה, סטודנטים shouיהיה מסוגל לעצב לפברק את שבב SGE, להכין את הג&#39;ל agarose שבב, להקים מערכת פשוטה SGE עם הטלפון החכם, ולתעד את תהליך הגירה דנ&quot;א של agarose ג&#39;ל.

<table><tbody><tr><td>10 פעמים; TBE</td><td>בייג'ינג Solarbio מדע & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>T1051</td><td></td></tr><tr><td>סולם DNA 50 bp</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>3421A</td><td></td></tr><tr><td>100 bp סולם DNA</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>3422A</td><td></td></tr><tr><td>סולם DNA 1 kbp</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>3426A</td><td></td></tr><tr><td>SYBR GREEN</td><td>Takara Bio Inc.</td><td>5760A</td><td></td></tr><tr><td>אגרוז</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>V900510</td><td></td></tr></tbody></table>

מעקב בזמן אמת של הפרדת ה- dna הפרדה על ידי הטלפון החכם

Real-time Tracking of DNA Fragment Separation by Smartphone

ג&#39;ל אלקטרופורזה (SGE) היא השיטה הנפוצה ביותר להפרדת שברי דנ&quot;א; ולכן היא מיושמת באופן נרחב על תחום הביולוגיה ואחרים. עם זאת, פרוטוקול SGE המסורתי הוא די מייגע, ואת הניסוי לוקח זמן רב. יתר על כן, צריכת כימי בניסויים SGE הוא גבוה מאוד. עבודה זו מציעה שיטה פשוטה ההפרדה של שברי דנ&quot;א מבוסס על שבב SGE. השבב נעשה על ידי מכונת חריטה. שני סדינים מפלסטיק משמשים את אור גירוי ואת פליטה של ​​האות האופטי. אות הקרינה של להקות ה- DNA נאסף על ידי הטלפון החכם. כדי לאמת את השיטה, מופרדים 50, 100, ו- 1,000 bp DNA סולמות. התוצאות מראות כי סולם DNA קטן מ -5,000 BP ניתן לפתור תוך 12 דקות ועם רזולוציה גבוהה בעת שימוש בשיטה זו, המציין כי היא תחליף אידיאלי לשיטה המסורתית SGE.

<html> איור 4 , איור 5 , ואת איור 6 מייצגים תוצאה אופיינית לאחר ג&#39;ל אלקטרופורזה של 50, 100, ו 1000 bp DNA סולמות. לאחר הניסוי, שברי הדנ&quot;א היו מופרדים היטב. יתר על כן, דגימות אותו הופרדו 4 ערוצים של שבב SGE, מראה כי שברי DNA של אותו גודל לנוע באותו מרחק בכל ניסוי. ביצועי ההפרדה של סולם הדנ&quot;א ניתנים להערכה על ידי ...

ג &#39;ל מסורתי ג&#39; ל אלקטרופורזה (SGE) ניסויים דורשים מנגנון מסובך וצריכה כימית גבוהה. עבודה זו מציגה פרוטוקול המתאר שיטה זולה להפריד שברי DNA בתוך פרק זמן קצר.

מעקב בזמן אמת של הפרדת ה- DNA הפרדה על ידי הטלפון החכם

Slab gel electrophoresis (SGE) is the most common method for the separation of DNA fragments; thus, it is broadly applied to the field of biology and ...

הקטע מציג מערכת חדשה לאלקטרופורזה בג'ל SNAP. מערכת זו יכולה לא רק להפחית משמעותית את זמן הניסוי של צריכת הכימיקלים, אלא גם לאפשר מעקב בזמן אמת אחר הפרדה בג'ל אגרוז באמצעות סמארטפון. שלוש התמונות הללו מייצגות תוצאה טיפית לאחר אלקטרופורזה בג'ל של 50, 100 ו-1,000 base pairs בסולם (ladder).כל מקטע DNA הופרד היטב. אלקטרופורזה בג'ל SNAP היא הדרך החדשנית ביותר להפרדת מקטעי DNA, ולפיכך היא נחשבת לכלי למידה מרכזי בניתוחים ביוכימיים וביולוגיים. הפעם אראה לכם שיטה חדשה לביצוע ניסוי אלקטרופורזה בג'ל SNAP.בסדר, נתחיל. ראשית, נשקול 0.1 גרם של agarose gel ונניח אותו בתוך בקבוק, ולאחר מכן נוסיף לבקבוק TPE buffer. נפח התמיסה המוכנה לא יעלה על שליש מנפח הבקבוק.אטמו את הבקבוק בעזרת רדיד אלומיניום, ולאחר מכן חממו את תערובת באפר agarose באמצעות מיקרוגל. לפני הכנסת הבקבוק למיקרוגל, צרו מספר חורים ברדיד האלומיניום כדי למנוע פיצוץ. מזגו את תמיסות ה-agarose החמה אל תוך התעלות שבשפופרת האלקטרופורזה של SNAP gel.הניחו את המסרק בתוך התמיסה. התמיסה המורכבת תתקרר ותהפוך למצב של ג'ל בטמפרטורת החדר לאחר מספר דקות. הוציאו את המסרק כדי ליצור בארות והוסיפו להן TBE Buffer.בנינו מערכת פשוטה להפרדת מקטעי DNA עם מעקב בזמן אמת, כדי לצפות במצב התנועה של מקטעי DNA באמצעות סמארטפון. ראשית, ערבבו את סולם ה-DNA עם SYBR Green One באמצעות צנטריפוגה. טענו את התערובת לתוך הבאר בג'ל האגרוז.שנית, הדליקו את מקור אור ה-LED והניחו מסנן חסמה-סביב (band-pass filter) מעל ה-LED, ולאחר מכן הכניסו את האלקטרודה לשני הנתיבים של השבב. לאחר מכן, הניחו מסנן חסמה-סביב נוסף מעליו. המתינו לחיבור למקור הכוח.כוון את ההספק החשמלי ל-180 watt. הפעל את הסמארטפון כדי להקליט את תהליך ההפרדה של מקטעי ה-DNA. לדוגמה, אנו משתמשים בסמארטפון כדי לעקוב אחר ההפרדה של DNA ladder של 50 base pairs.אלקטרופורזה של ג'ל SNAP היא הדרך היעילה ביותר להפרדת מקטעי DNA. עם זאת, ניסויים שנזנחו מעידים כי אלקטרופורזה של ג'ל SNAP הוגבלה על ידי האורך המלא בשל מספר בעיות. ראשית: תהליכי ההפרדה אורכים שעות רבות ואף ימים.שנית: התפיסה הכימית היא גבוהה מאוד. שלישית: הדבר דורש ציוד רב. רביעית: מערכת הדמיית הג'ל יכולה לצפות במקטעי ה-DNA המופרדים רק כאשר הניסוי מסתיים.יתרה מכך, אירידיום וברום, הנפוצים בשימוש באלקטרופורזה של ג'ל SNAP, הם מוטגנים ומסרטנים. לאחר הניסוי, כל מקטע DNA הופרד היטב. בנוסף, הפרדנו את אותן הדגימות בארבעת הערוצים של שבב אלקטרופורזת ג'ל SNAP, והתוצאה הייתה שמקטעי DNA בעלי גודל זהה נעו את אותו המרחק בכל ניסוי.מהתמונה עולה כי מקטעי ה-DNA הופרדו היטב, למרות שבתמונה B נראים מקטעי DNA מעוררי ספק בצבע לבן. ניתן לשפר זאת על ידי אופטימיזציה של פרמטרי השבב ושל ריכוז ג'ל האגרוז. לאחר צפייה בסרטון זה, עליכם לעיין בהודעה החדשה שלנו בנוגע ל-SNAP gel electrophoresis. גם מקטעי ה-DNA שהתקבלו נראים לבנים.ניתן לשפר זאת על ידי אופטימיזציה של פרמטרים של שבב האלקטרופורזה בגל SNAP ושל ריכוז ג'ל האגרוז. נקודה חשובה היא שיש לנקוט זהירות רבה במהלך ההזנה, כיוון שהיא דורשת מתח גבוה ועלולה להפוך למסוכנת.

real-time-tracking-of-dna-fragment-separation-by-smartphone

Research

JoVE Journal

Biochemistry

ביוכימיה

בסרטון זה, אנו מנתחים את התפלגות הגודל של מקטעי DNA או cfDNA ללא תאים באמצעות אלקטרופורזה נימית אוטומטית. טכניקה זו מסייעת לקבל תובנות לגבי הפרופיל של מקטעי DNA המשתחררים על ידי תאים סרטניים במהלך אפופטוזיס.

ניתוח התפלגות גודל מקטע אוטומטי מבוסס אלקטרופורזה נימית של CFDNA: שיטה מבוססת שבב DNA לחקר התפלגות גודל של מקטעי DNA שבודדו מנוזלים ביולוגיים

סרטון זה מתאר את טכניקת האלקטרופורזה הקפילרית המיקרופלואידית להפרדת אמפליקונים PCR בהתבסס על גודלם. טכניקה זו מסייעת בגודל השבר באמצעות צבעים פלואורסצנטיים וסמני גודל מולקולריים סטנדרטיים.

אלקטרופורזה נימית מיקרופלואידית לגודל מקטעים של מוצרי PCR: טכניקת הפרדה אלקטרופורטית מבוססת שבב להפרדת מקטעי DNA על בסיס גודל

כאן אנו מתארים אסטרטגית ההסרה מותאמת ויעילה לאיסוף ביו-חלקיקים הנמצאים ב'לגעת DNA 'דגימות, יחד עם פרוטוקול הגברה משופרת מעורב תמוגה מיקרו נפח 5 μl צעד אחד / הגברה STR, כדי לאפשר ההתאוששות של בד בבד חוזר קצרים (STR) פרופילים של התורם ביו-חלקיקים (ים).

ניתוח גנטי משופר של Bioparticles האדם יחיד ששוחזרו על ידי פשוטה מיקרומניפולציה מהראיות משפטית &quot;Touch DNA&quot;

פרוטוקול זה מדגים תפוקה גבוהה, עמיד ופשוט מולקולה בודדת מתיחה-זרימה assay עבור לומדת מימדי דיפוזיה (1 ד) של מולקולות לאורך הדנ א.

מולקולה בודדת פשוטה, חסון וגבוה התפוקה זרימה מתיחה Assay יישום לימוד התחבורה של מולקולות לאורך הדנ א

במאמר זה, פרוטוקול מפורט לכימות אורך הטלומרים באמצעות ניתוח מסוף שונה מגבלה ניתוח נדון המספק מדידה ישירה ויעילה ישירה של אורך הטלומרים. טכניקה זו יכולה להיות מיושמת על מגוון רחב של מקורות התא של DNA עבור כימות אורך הטלומרים.

שינוי מסוף הגבלת שבירת ניתוח לכימות אורך הטלומרים באמצעות הכלאה ב-ג&#39;ל

אנו מתארים שיטה לשילוב cytometry זרימה ורצף תפוקה גבוהה כדי לזהות אזורים שכפול מאוחר של הגנום.

G2-seq: תפוקה גבוהה המבוססת על רצף טכניקה לזיהוי מאוחר לבצע שיכפול אזורים בגנום

קרינה פלואורסצנטית תהודה אנרגיה המבוסס על העברת בזמן אמת התבוננות במערכות ה-dna לנטישה של exchange התגובה מתווכת על-ידי Rad51 פותחו. באמצעות פרוטוקולים המובאת כאן, אנחנו מסוגלים לזהות את היווצרות התגובה intermediates, המרה שלהם לתוך מוצרים, במהלך ניתוח גם את קינטיקה אנזימטי של התגובה.

תצפית בזמן אמת של התגובה Exchange גדיל DNA מתווכת על-ידי Rad51

כאן אנו מתארים פרוטוקול פשוט כדי ליצור פרופילי טביעת אצבע DNA על ידי הגברת VNTR לוקוס D1S80 מ- DNA תא אפיתל.

יישום של טביעת אצבע DNA באמצעות לוקוס D1S80 בשיעורי מעבדה

מאמר זה מספק פרוטוקול לכימות חלבונים באמצעות בדיקת ברדפורד וטלפון חכם כמכשיר אנליטי. ניתן לכמת את רמות החלבון בדגימות באמצעות נתוני צבע שחולצו מתמונה של צלחת מיקרו שצולמה באמצעות טלפון חכם.

RGBradford: כימות חלבונים עם מצלמת סמארטפון

פרוטוקול זה מדגים ביצוע בדיקת מולקולה בודדת להדמיה חיה של שחרור DNA על ידי מנחת מסוקים CMG. הוא מתאר (1) הכנת מצע דנ"א, (2) טיהור פלואורסצנטי המסומן כמנחת מסוקים Drosophila melanogaster CMG, (3) הכנת תא זרימה מיקרופלואידי למיקרוסקופ פלואורסצנטי של השתקפות פנימית כוללת (TIRF), ו-(4) בדיקת שחרור DNA של מולקולה יחידה.

הדמיה בזמן אמת של מולקולה בודדת של שחרור DNA על ידי מנחת מסוקים CMG

צורות אמינות ומדויקות של ניתוח DNA שניתן לפרוס בשטח הן קריטיות לתעשיות רבות. מאמר זה מציע שתי שיטות לניתוח מיקרוביאלי סביבתי בשטח: 1) בידוד DNA מיקרוביאלי מדגימות סביבתיות באמצעות ערכת שדה חילוץ ביולוגית, ו-2) ניתוח DNA באמצעות יחידת qPCR בשטח.

ניתוח DNA מיקרוביאלי בשטח באמצעות ערכת שדה חילוץ ביולוגית ויחידת qPCR שדה

למד את שיטת SNAP gel electrophoresis להפרדת DNA בזמן אמת באמצעות סמארטפון. שיטה זו מפחיתה צריכת כימיקלים ומקצרת זמני ניסוי בניתוח ביוכימי וביולוגי.

מעקב בזמן אמת של הפרדת ה- DNA הפרדה על ידי הטלפון החכם

גלה סרטונים נוספים