סרום ו פלזמה עותק מספר זיהוי באמצעות PCR בזמן אמת
15 בדצמבר 2017
כתב יד זה מתאר את עותק מספר וריאציה ניתוח שבוצעה ב- DNA סרום או פלסמה, באמצעות גישה PCR בזמן אמת. שיטה זו מתאימה נבואתו של עמידות לתרופות בחולי סרטן הערמונית עמיד סירוס, אבל זה יכול להיות אינפורמטיבי גם למחלות אחרות.
המטרה הכוללת של שיטה זו היא לזהות את השונות במספר עותקי הגן בדגימות סרום או פלזמה. שיטה זו יכולה לעזור לענות על שאלות מפתח בתחום סרטן הערמונית המתקדם כגון זיהוי סמנים שימושיים לחיזוי או ניטור הפחתת הנבגים. היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא שהיא קלה ומהירה לביצוע. ההשלכות של טכניקה זו משתרעות על טיפול בסרטן ערמונית מתקדם מכיוון ששונות במספר העותקים של הגן של קולטן אנדרוגן היא אירוע שכיח. בדרך כלל, אנשים חדשים בשיטה זו יתקשו מכיוון שהריכוז והאיכות של DNA נטול תאים לרוב נמוכים מהצפוי. לאיסוף סרום, יש לעבוד מדגימות של חמישה מיליליטר של דם מלא וסרום ללא נוגדי קרישה שנשמרו על ארבע מעלות צלזיוס.התחל בצנטריפוגה של הדגימות למשך 15 דקות ב-1,000 גרם.הסופרנטנט הוא הסרום. העבירו אותו לצינורות של שני מיליליטר והשליכו את הגלולה. אלא אם כן הסרום מעובד מיד, הקפיאו את הדגימות ב-80
צפו בתמליל המלא וקבלו גישה לאלפי סרטונים מדעיים
סקירה כללית
כתב יד זה מתאר את ניתוח שינויי מספר העותקים (copy number variation) שבוצע ב-DNA מסרום או פלזמה באמצעות גישת real-time PCR. שיטה זו מתאימה לניבוי עמידות לתרופות אצל חולי סרטן前prostate העמידים לסירוס ועשויה להספק מידע עבור מחלות אחרות.
מרכיבי מפתח של המחקר
תחום מדעי
- אונקולוגיה
- גנומיקה
- מחקר קליני
רקע
- וריאציה במספר העותקים (CNV) עשויה להשפיע על התקדמות המחלה.
- PCR בזמן אמת (Real-time PCR) היא שיטה רגישה לזיהוי CNVs.
- סרטן ערמונית עמיד לסירוס מציב אתגרים ייחודיים בטיפול.
- הבנת מנגנוני העמידות לתרופות היא קריטית לניהול הטיפול בחולה.
מטרת המחקר
- לניתוח CNV ב-DNA מסרום או פלזמה.
- להערכת הפוטנציאל של שיטה זו בחיזוי עמידות לתרופות.
- לבחינת התשמישיות שלה למחלות אחרות.
שיטות שנעשה בהן שימוש
- Real-time PCR לניתוח CNV.
- איסוף דגימות מסרום או פלזמה.
- ניתוח סטטיסטי של נתוני CNV.
- השוואה לתוצאות קליניות בחולים עם סרטן ערמונית.
תוצאות עיקריות
- זיהוי של CNVs ספציפיים הקשורים לעמידות לתרופות.
- מתאם בין דפוסי CNV לבין תוצאות טיפול במטופלים.
- הדגמת הרגישות והסגוליות של השיטה.
- השלכות פוטנציאליות על אסטרטגיות טיפול בסרטן הערמונית.
מסקנות
- שיטת ה-real-time PCR יעילה לניתוח CNV.
- הממצאים עשויים לשפר את ההבנה של עמידות לתרופות בסרטן.
- נדרש מחקר נוסף כדי לתקף את הממצאים במחלות אחרות.
שאלות נפוצות
רלוונטיות תעשייתית למנהלים
זיהוי עלייה במספר העותקים של קולטן האנדרוגן ב-DNA חופשי מהתאים בסירקולציה מאפשר ניטור לא פולשני של מנגנוני עמידות טיפולית בסרטן ערמונית גרורתי העמיד לסירוס. גישה זו תומכת בזיהוי מוקדם של כישלון טיפולי ומסייעת בקבלת החלטות קליניות באמצעות דגימה זעירה פולשנית. השיטה מספקת תהליך עבודה מהיר וניתן להרחבה להערכת ביומארקרים ביישומים של ביופסיה נוזלית.
יישומים אסטרטגיים במחקר ופיתוח ביו-פרמצבטיים
גילוי מוקדם ותיקוף מטרה
- ערך מדעי: מאפשר חקירה של הגברה של גן ה-AR כמניע של עמידות טיפולית במודלים של סרטן הערמונית.
- ערך תפעולי: משתמש ב-cfDNA מסרום/פלזמה כדי להימנע מדגימת רקמה פולשנית במחקרים אורך.
סריקה ופיתוח בדיקה
- ערך מדעי: מספק מדידות כמותיות של מספר העותקים (CN) באמצעות duplex real-time PCR עם הגנים המקוריים RNaseP ו-AGO1 כגנים ייחוס.
- ערך תפעולי: קלט סטנדרטי של 60 ng DNA לכל בדיקה מבטיח הדירות בין סטים של דגימות.
מחקר תרגומי ופרה-קליני
- ערך מדעי: עלייה ב-CN של AR ב-cfDNA נמצאת במתאם עם התקדמות ב-mCRPC, דבר התומך במאמצים להסמכת סממנים ביולוגיים.
- ערך תפעולי: איסוף דגימות לא פולשני מאפשר ניטור תכוף בקוהורטות פרה-קליניות וקליניות.
שילוב תהליכי עבודה וצינור עיבוד
השיטה משתלבת ברצף גילוי הביומארקרים, תומכת בתיקוף מטרות באמצעות ביופסיה נוזלית ומאפשרת סריקה במורד הזרם של מנגנוני עמידות במודלים של סרטן הערמומיות.
- ביולוגיה של גילוי: בוחן את ההשערה שעלייה ב-CN של AR ב-cfDNA מנבאת עמידות לטיפול בסרטן פרוסטה מתקדם.
- סריקה: מייצר נתוני CN כמותיים המתאימים לסטנדרטיזציה של הבדיקה ולהערכת השפעת תרכובות.
- אנליטיקה: מספק יחסי CNV ביחס לגנים ייחוס לצורך השוואה סטטיסטית בין תנאים שונים.
- מחקר תרגומי: מקשר בין סממנים ביולוגיים ב-cfDNA לתוצאות קליניות בסרטן פרוסטה העמיד לסירוס.
- שימוש חוזר ארגוני: זרימת העבודה ניתנת להתאמה למטרות גנים אחרות ולמצבי מחלה מעבר לסרטן הפרוסטה.
השפעה תפעולית וארגונית
- ערך מדעי: הפחתת סיכונים מכניסטית של הגברת AR כסמן ביולוגי לעמידות בסרטן הערמונית.
- ערך תפעולי: פרוטוקול מהיר עם כמות דגימה נמוכה המשתמש בציוד סטנדרטי ל-real-time PCR.
- ערך אסטרטגי: מאפשר קבלת החלטות של go/no-go בהתבסס על ניטור עמידות לא פולשני.
- השפעה על הפורטפוליו: תומך בתיעדוף מותאם סיכונים של טיפולים המכוונים לשינויים במסלול ה-AR.
שיקולי יישום
- דורש מומחיות במיצוי וכמות cfDNA מדגימות בעלות תפוקה נמוכה.
- תלוי במכשור PCR בזמן אמת עם יכולת ריבוי (multiplexing).
- נדרשת סטנדרטיזציה בין מעבדות לבחירת גנים של ייחוס וניתוח נתונים.
- מוגבל על ידי כמות ואיכות ה-cfDNA, מה שמחייב אופטימיזציה של חומרי הקלט.
- מומלץ לבצע תיקוף בשיטות אורתוגונליות, כגון digital PCR, לאישור עלייה ב-CN.
שאלות נפוצות בנושאי ביו-פארמה
Chapters in this video
0:05
Title
0:55
Collection of Serum or Plasma
2:20
Isolating Cell-free (cfDNA) from Serum or Plasma
5:15
Real-time PCR and Analysis of cfDNA
7:36
Results: Detection of Androgen Receptor (AR) Copy Number Variations in cfDNA of Metastatic Castration-resistant Prostate Cancer (CRPC) Patients
8:25
Conclusion
