Name: סינתזה וניתוח ספקטרומטר מסה של Oligo-peptoids (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-02-21T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 44 s
Description: למד לסנתז ידנית oligo-peptoids ולנתח את רצף המונומרים באמצעות ספקטרומטריית מסה. שיטה זו מסייעת למתחילים בתחום הפפטואידים להבין תהליכי סינתזה ואפיון מבני במעבדה אנליטית סטנדרטית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

המחברים רוצה להודות מר מייקל קונלי, ד ר רונלד צוקרמן (יציקה מולקולרית, המעבדה הלאומית לורנס ברקלי) על טכניקה תמיכה סינתזה peptoid. אנו להכיר התמיכה של הקרן הלאומית למדע (צ'ה-1301505). ספקטרומטר מסה כל הניסויים נערכו במתקן ספקטרומטר מסה של הכימיה באוניברסיטה של האוקיינוס השקט.

<ol><li>Sun, J., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoid+Polymers%3A+A+Highly+Designable+Bioinspired+Material%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material.</a> ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).</li>
<li>Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-function+relationships+in+peptoids%3A+Recent+advances+toward+deciphering+the+structural+requirements+for+biological+function%5BTitle%5D)+AND+%22Org.+Biomol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function.</a> Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).</li>
<li>Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoid-Peptide+Hybrids+as+Potent+Novel+Melanocortin+Receptor%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Chem%22%5BJournal%5D)">Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor.</a> J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).</li>
<li>Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Potent+Transactivation+Domain+Mimic+with+Activity+in+Living+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells.</a> J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).</li>
<li>Patch, J. A., Barron, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Helical+Peptoid+Mimics+of+Magainin-2+Amide%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide.</a> J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).</li>
<li>Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifouling+Glycocalyx-Mimetic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids.</a> J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).</li>
<li>Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibody-Mimetic+Peptoid+Nanosheets+for+Molecular+Recognition%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition.</a> ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).</li>
<li>Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antimicrobial%2C+Hemolytic%2C+and+Cytotoxic+Activities+of+%CE%B2-Peptoid-Peptide+Hybrid+Oligomers%3A+Improved+Properties+Compared+to+Natural+AMPs%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of β-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs.</a> ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).</li>
<li>Lutz, J. -F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. <a target="_blank" href="http://science.sciencemag.org/content/341/6146/1238149.full">Sequence-Controlled Polymers.</a> Science. 341 (6146), Washington, DC. 628(2013).</li>
<li>Altuntas, E., Schubert, U. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((%22Polymeromics%22%3A+Mass+spectrometry+based+strategies+in+polymer+science+toward+complete+sequencing+approaches%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chim.+Acta%22%5BJournal%5D)">"Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review.</a> Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).</li>
<li>Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavable+Hydrophilic+Linker+for+One-Bead-One-Compound+Sequencing+of+Oligomer+Libraries+by+Tandem+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comb.+Chem%22%5BJournal%5D)">Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry.</a> J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).</li>
<li>Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-Throughput+Sequencing+of+Peptoids+and+Peptide-Peptoid+Hybrids+by+Partial+Edman+Degradation+and+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comb.+Chem%22%5BJournal%5D)">High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry.</a> J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).</li>
<li>Sarma, B. K., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Submonomer+Synthesis+of+A+Hybrid+Peptoid-Azapeptoid+Library%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Comb+Sci%22%5BJournal%5D)">Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library.</a> ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).</li>
<li>Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. <a target="_blank" href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ma200542p">Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis.</a> Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja00052a076">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).</li>
<li>Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. <a target="_blank" href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ed100202f">Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory.</a> J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).</li>
<li>Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid-phase+submonomer+synthesis+of+peptoid+Polymers+and+their+self-assembly+into+highly-ordered+nanosheets%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Visualized+Exp%22%5BJournal%5D)">Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets.</a> J. Visualized Exp. (57), e3373(2011).</li>
<li>Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Efficient+Method+for+the+Synthesis+of+Peptoids+with+Mixed+Lysine-type%2FArginine-type+Monomers+and+Evaluation+of+Their+Anti-leishmanial+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity.</a> J Vis Exp. (117), (2016).</li>
<li>Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1387380611003071">Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition.</a> Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).</li>
<li>Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electron+Capture+Dissociation+Studies+of+the+Fragmentation+Patterns+of+Doubly+Protonated+and+Mixed+Protonated-Sodiated+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).</li>
<li>Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fragmentation+Patterns+and+Mechanisms+of+Singly+and+Doubly+Protonated+Peptoids+Studied+by+Collision+Induced+Dissociation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).</li>
</ol>

המחברים אין לחשוף.

Peptoid nonamer, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, יש להיות מסונתז באמצעות פרוטוקול שהוצג. מנגנון סינתזה כרוך כלי דמוי מזרק פוליפרופילן מוצק-שלב התגובה מטרף מכני. כלי התגובה הם זמינים מסחרית בעלות נמוכה. מכני מטרף הוא מנגנון משותף במעבדות הכימיה. עם השימוש של כלי דמוי מזרק התגובה, פתרונות יכולים להיות נשאב, דחפתי את הכלי על ידי הזזת באופן ידני על הבוכנה. טכניקה זו מאפשרת מונומר תגובות ביקוע בנוסף שרף להופיע אצל מיכל התגובה בודד אחד, מבטלת את השלב של העברת המוצר ביניים שרף מאוגד לתוך כלי אחר למחשוף. טכניקה זו ג...

Peptoids הם סוג של פולימרים שבשליטת רצף עם מבני עמוד השדרה מחקה את המבנה של פפטידים. Peptoids יכול להיות מסונתז מן אמינים מגוונים, המאפשרת peptoids שהפגינו מאפיינים מאוד tunable1,2. Peptoids שימשו כמודלים מולקולרי לצורך מחקר biophysical, נחשב סוכני טיפולית, תוכנן ליגנדים חלבונים3,4,5,6. Peptoids פותחו במגוון רחב של חומרים פעילים ביולוגית, כגון חומרים מימטי-נוגדן anti-עכירות, סוכני מיקרוביאלית האנזימים מעכבי7,8,9. עם אופי מאוד מסודרת, tunable, peptoids גם חשב כסוג של אחסון מידע מולקולרית10. הגילוי של יישומים מגוונים אלה דורש פיתוח שיטות אנליטיות יעיל כדי לאפיין את הרצף והמבנה של peptoids. טכניקות מבוססות ספקטרומטר מסה tandem הראו הבטחה כי השיטה של בחירה עבור ניתוח המאפיינים רצף של פולימרים שבשליטת רצף, כולל12,11,peptoids13, 14,15. עם זאת, מחקרים שיטתיים מתאם הדפוסים יון peptoid הפיצול הנובע מסה ספקטרומטר מחקרים, המידע המבני של peptoids מוגבלים מאוד.
Peptoids יכול להיות בקלות מסונתז באמצעות שיטה מעבדתי. השיטה מפותח כרוך איטראציה של שני שלבים מונומר תוספת מחזור16,17. במחזור כל תוספת, אמין מאוגד-שרף הוא acetylated על ידי haloacetic חומצה (בדרך כלל bromoacetic, BMA), זה מלווה תגובת הדחק עם אמין ראשי. למרות פרוטוקולים אוטומטיים סינתזה הוחלו באופן שגרתי של סינתזה peptoid, peptoids יכול להיות מסונתז באופן ידני עם תשואות מצוינות כימיה סטנדרטי מעבדה16,18,19, 20.
המעבדה שלנו אימצו את השיטה של סינתזה peptoid ידנית, פשוטה את המנגנון בשימוש השיטות הקיימות. בעבר למדנו את דפוסי פיצול של סדרת peptoids באמצעות MS/MS טכניקות21,22,23. התוצאות שלנו מראים כי peptoids לייצר fragmentations האופייני כאשר הם נחשפים התנגשות-induced דיסוציאציה (CID)21,23 או לכידת אלקטרון דיסוציאציה (ECD)22 ניסויים. במאמר זה נדגים כיצד oligo-peptoids יכול להיות מסונתז במעבדה לכימיה סטנדרטי, כיצד לבצע את הניסויים CID באמצעות ספקטרומטר מסה טריפל-פאול וכיצד לנתח את הנתונים ספקטרלי. Peptoid כדי להיות מסונתז והוא מאופיין הוא nonamer עם acetylation N-מסוף, amidation C-מסוף, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2. המבנה של peptoid מוצג באיור1.

<table><tbody><tr><td>ספקטרומטר מסה משולש ESI, Varian 320L</td><td>Agilent Technologies Inc.</td><td></td><td>ספקטרומטר המסה נרכש מחברת Varian, Inc.</td></tr><tr><td>תחנת העבודה Varian MS, גרסה 6.9.2, תוכנה לרכישת נתונים וסקירת נתונים</td><td>Varian Inc.</td><td></td><td>התוכנה היא חלק מחבילת Varian 320L</td></tr><tr><td>שייקר ברל סיינטיפיק עם פעולה לשורש כף היד, דגם 75 DD</td><td>פישר סיינטיפיקל אינטרנשיונל בע"מ.</td><td>14-400-126</td><td></td></tr><tr><td>צנטריפוגה הרמל, דגם Z 206 A</td><td>הרמל לבורטכניק GmbH</td><td></td><td></td></tr><tr><td>כלי תגובה בפאזה מוצקה, 10 מ"ל</td><td>טורביק</td><td>SF-1000</td><td></td></tr><tr><td>קבלי לחץ לכלי תגובה</td><td>טורביק</td><td>PC-SF</td><td></td></tr><tr><td>מסנני מזרקים, גודל נקבוביות 0.2 ו-mu; m</td><td>פישר סיינטיפיק בע"מ.</td><td>03-391-3B</td><td></td></tr><tr><td>מסנני מזרק, גודל נקבוביות 0.45 & mu; m</td><td>פישר סיינטיפיק בע"מ.</td><td>03-391-3A</td><td></td></tr><tr><td>גרירות צנטריפוגות פוליפרופילן, 50 מ"ל</td><td>VWR אינטרנשיונל, LLC.</td><td>490001-626</td><td></td></tr><tr><td>צנטריפוגות פוליפרופילן, 15 מ"ל</td><td>VWR אינטרנשיונל, LLC.</td><td>490001-620</td><td></td></tr><tr><td>ChemBioDraw, אולטרה, גרסה 12.0</td><td>חברת קיימברידג'סופט</td><td></td><td>קיימברידג'סופט היא כיום חלק מ-PerkinElmer Inc.</td></tr><tr><td>קלקר, 12 אונקיות</td><td>סופרמרקט קומון</td><td></td><td></td></tr><tr><td>שרף רינק אמיד</td><td>Chem-Impex International, Inc.</td><td>10619</td><td></td></tr><tr><td>פיפרידין</td><td>Chem-Impex International, Inc.</td><td>02351</td><td>טוקסי מאוד</td></tr><tr><td>N, N'-דיאיזופרופילקרבודימיד</td><td>Chem-Impex International, Inc.</td><td>00110</td><td>טוקסי מאוד</td></tr><tr><td>חומצה ברואואצטית</td><td>Chem-Impex International, Inc.</td><td>26843</td><td>טוקסי מאוד</td></tr><tr><td>2-פנילאתילאמין</td><td>VWR אינטרנשיונל, LLC.</td><td>EM8.07334.0250</td><td></td></tr><tr><td>2-מתיאוקסיאתילמין</td><td>Sigma-Aldrich Co. LLC.</td><td>241067</td><td></td></tr><tr><td>N-בוק-אתילנדיאמין</td><td>VWR אינטרנשיונל, LLC.</td><td>AAAL19947-06</td><td></td></tr><tr><td>אנידריד אצטי</td><td>Sigma-Aldrich Co. LLC.</td><td>252845</td><td></td></tr><tr><td>N, N-דימתילפורמאמיד</td><td>VWR אינטרנשיונל, LLC.</td><td>BDH1117-4LG</td><td>זיקוק נוסף לפני השימוש</td></tr><tr><td>N, N-דיאיזופרופילתילאמין</td><td>Chem-Impex International, Inc.</td><td>00141</td><td></td></tr><tr><td>טריאיזופרופילסילן</td><td>Chem-Impex International, Inc.</td><td>01966</td><td></td></tr><tr><td>חומצה טריפלואורואצטית</td><td>Chem-Impex International, Inc.</td><td>00289</td><td>טוקסי מאוד</td></tr><tr><td>מערכת טיהור מים אקדמית מיליפור MILLI-Q</td><td>תאגיד מיליפור</td><td>ZMQP60001</td><td>לייצור מים בדרגת HPLC</td></tr><tr><td>מים בדרגת HPLC</td><td></td><td></td><td>מיוצר ממיליפור MILLI-Q&reg; מערכת טיהור מים אקדמית</td></tr><tr><td>מתנול</td><td>Pharmco-Aaper</td><td>339USP/NF</td><td>דרגת HPLC</td></tr><tr><td>אצטוניטריל</td><td>פישר סיינטיפיקל אינטרנשיונל, בע"מ.</td><td>A998-4</td><td>דרגת HPLC</td></tr><tr><td>אתר דיאתיל</td><td>VWR אינטרנשיונל, LLC.</td><td>BDH1121-19L</td><td>זיקוק נוסף לפני השימוש</td></tr><tr><td>דיכלורומתאן</td><td>VWR אינטרנשיונל, LLC.</td><td>BDH1113-19L</td><td>זיקוק נוסף לפני השימוש</td></tr><tr><td>גז חנקן</td><td>אספקת חמצן פרזנו/בארנס</td><td>NIT 50-C-F</td><td>טוהר אולטרה-גבוה, 99.9995%</td></tr><tr><td>גז ארגון</td><td>אספקת חמצן פרזנו/בארנס</td><td>ARG 50-C-F</td><td>טוהר אולטרה-גבוה, 99.9995%</td></tr></tbody></table>

סינתזה וניתוח ספקטרומטר מסה של oligo-peptoids

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Peptoids הם שבשליטת רצף מחקה-פפטיד oligomers המורכב מיחידות N alkylated גליצין. בין יישומים פוטנציאליים רבים, peptoids חשב כסוג של אחסון מידע מולקולרית. ניתוח ספקטרומטר מסה נחשב לשיטת הבחירה עבור רצף peptoids. Peptoids יכול להיות מסונתז באמצעות הכימיה מעבדתי באמצעות מעגל התגובה החוזרת בשני שלבים. כאן אנו מציגים שיטה לסנתז באופן ידני oligo-peptoids, כדי לנתח את רצף peptoids באמצעות טכניקות ספקטרומטר מסה (MS/MS) טנדם. Peptoid לדוגמה הוא nonamer המורכבת לסירוגין N-(2-methyloxyethyl) גליצין (Nme) ו N-(2-phenylethyl) גליצין (Npe), וכן של N-(2-aminoethyl) גליצין (נאה)-קצה אמיני. הנוסחה רצף של peptoid אצמנ Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, Ac קבוצת אצטיל. הסינתזה מתרחש כלי זמין מסחרית מוצק-שלב התגובה. השרף אמיד רינק משמש את התמיכה מוצק להניב את peptoid עם קבוצת אמיד-קצה קרבוקסילי. Peptoid ובמוצר נענשים רצף ניתוח באמצעות ספקטרומטר מסה טריפל-פאול מצמידים אל מקור יינון ספקטרומטריית electrospray. המדידה MS/MS מייצרת קשת של יונים שבר הנובע הדיסוציאציה של peptoid טעון. היונים פרגמנט מסודרים בהתבסס על הערכים של היחס בנפח גדול לתשלום (מ/z). הערכים מ/z של היונים פרגמנט מושווים כנגד ההמונים הנומינלי של יונים פרגמנט תיאורטית החזוי, על פי התכנית של פיצול peptoid. הניתוח יוצר תבנית פיצול של peptoid טעון. תבנית פיצול הוא מתואם רצף מונומר של peptoid נייטרלית. בהקשר זה, ניתוח MS קורא את המידע רצף של peptoids.

מבנה peptoid 9-מר עם acetylation N-מסוף, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, מוצג באיור1. Peptoid היה מסונתז באופן ידני מגרגרי התגובה פוליפרופילן fritted דרך הגישה מעבדתי. שרף אמיד רינק (0.047 mmol, 84 מ ג עם טעינת 0.56 mmol/g) משמש את התמיכה מוצק להניב את peptoid עם amidated קצה קרבוקסילי. שרשרת peptoid זה נבנה על ידי מספר מחזורים של מונומר בנוסף. כל מחזור תוספת מונומר כרוך תגובות שני שלבים, bromoacetylation ותזוזה. Bromoacetylation מושגת על-ידי הוס...

פרוטוקול המתואר לסינתזה ידנית של oligo-peptoids ואחריו רצף ניתוח באמצעות ספקטרומטר מסה.

סינתזה וניתוח ספקטרומטר מסה של Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

המטרה הכוללת של הליך זה היא להדגים כיצד לסנתז ידנית אוליגו-פפטואידים וכיצד לנתח את רצף המונומר שלהם באמצעות טכניקות ספקטרומטריית מסה. השיטה יכולה לעזור למתחילים לענות על שאלות מפתח בתחום הפפטואידים, כמו כיצד ליצור פפטואידים וכיצד לאפיין את רצף המונומר שלהם. היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא שניתן לסנתז ולנתח פפטואידים עם שאריות מונומר מיוחדות במעבדה האנליטית הסטנדרטית לכימיה.למרות ששיטה זו מתמקדת באוליגו-פפטואידים, ניתן ליישם אותה גם במערכות אחרות כגון פפטידים ואוליגו-נוקלאוטידים. בדרך כלל אנשים חדשים בטכניקה זו יתקשו כי השגת תנאי ספקטרומטריית מסה אופטימליים היא קשה ללא הדגמה ויזואלית. הרעיון הראשון לשיטה זו עלה לנו כשרצינו לאפיין את התכונות המבניות של פפטואידים באמצעות שיטות ספקטרומטריית מסה טנדם.ראשית, שקלו 84 מיליגרם של שרף רינק אמיד והוסיפו אותם לכלי תגובה פוליפרופילן מוצק בנפח 10 מיליטר. לאחר מכן הכניס בוכנה לכלי. לאחר מכן, מוסיפים שני מיליליטר TMF לכלי התגובה ומכסים את הכלי במכסה לחץ.ערבב את הכלי על שייקר בטמפרטורת החדר בזווית תנועה של כ-12 מעלות ו-385 תנודות לדקה למשך 30 דקות. לאחר הסרת המכסה, רוקן את התמיסה למיכל פסולת על ידי דחיפת הבוכנה של כלי התגובה. הוסיפו שני מיליליטרים של 20% פיפרידין ב-DMF לכלי וסגרו את הכלי.לאחר ערבוב הכלי במשך שתי דקות, רוקן את התמיסה למיכל הפסולת. חז

synthesis-and-mass-spectrometry-analysis-of-oligo-peptoids

Research

JoVE Journal

Chemistry

כימיה

הדרך המהירה מתואר להשיג תובנות מבנה סוכרים מטריקס תאיים. השיטה מנצלת את הייחודיות של glycosylhydrolases ואת הרגישות של ספקטרומטריית מסה המאפשר כמויות זעירות של חומרים כדי להיות מנותח. טכניקה זו ניתנת להתאמה כדי לשמש ישירות על הרקמה עצמה.

אוליגו פרופיל המוניים (OLIMP) של סוכרים תאית

תקנים איזוטופ יציב ו ללכוד על ידי Anti-פפטיד נוגדנים (SISCAPA) זוגות להעשרת הזיקה של פפטידים עם איזוטופ יציב דילול ספקטרומטריית מסה (MRM-MS) כדי לספק מדידה כמותית של פפטידים כתחליפי עבור חלבונים, בהתאמה. כאן אנו מתארים את פרוטוקול באמצעות חלקיקים מגנטיים בפורמט אוטומטיות חלקית.

כימות של חלבונים באמצעות העשרה Immunoaffinity פפטיד יחד עם ספקטרומטריית מסה

Peptoid פשוטה בכלל ידנית סינתזה שיטה מעורבים ציוד בסיסי ריאגנטים זמינים מסחרית הוא התווה, המאפשר peptoids להיות מסונתז בקלות ברוב המעבדות. סינתזה, טיהור ואפיון של 36mer peptoid amphiphilic מתואר, כמו גם הרכבה עצמית שלה לתוך הפערים הורה nanosheets.

מוצק שלב Submonomer סינתזה של פולימרים Peptoid שלהם ואת הרכבה עצמית לתוך מאוד מסודרים Nanosheets

אורגני חיבור פפטיד שיישונים (PTAs) הוא superfamily של peptidomimetics שכולל, אך אינם מוגבלים לפפטידים, peptoids ופפטידים מפוגלים-N. כאן אנו מתארים שיטה סינתטית המשלבת את שניהם מפוצלת וברכה ואסטרטגיות תת מונומר לסנתז ספרייה חד מתחם אחד אגל PTAs.

סינתזה מפוצלת וברכה ואפיון של הספרייה אמידה השלישון פפטיד

כאן, אנו מציגים פרוטוקולים מפורטים לספקטרומטריית מסה של חילופי מימן/דאוטריום במצב מוצק (ssHDX-MS) וספקטרומטריית מסה של תיוג פוטוליטי במצב מוצק (ssPL-MS) עבור חלבונים באבקות מוצקות. השיטות מספקות מידע ברזולוציה גבוהה על קונפורמציה של חלבונים ואינטראקציות במצב מוצק אמורפי, שעשוי להיות שימושי בתכנון ניסוח.

Mass spectrometric גישות לחקר מבנה חלבון ואינטראקציות באבקות Lyophilized

פרוטוקול זה מתאר את הטכניקות הספציפיות המשמשות לאפיון מבני של רצפי גליקוזיל מפחיתים (RE) ואזור פנימי של הטרוקסילנים על ידי תיוג ה-RE עם 2 אמינובנזמיד לפני הידרוליזה אנזימטית (אנדוקסילאנאז) ולאחר מכן ניתוח של האוליגוסכרידים המתקבלים באמצעות ספקטרומטריית מסה (MS) ותהודה מגנטית גרעינית (NMR).

רצף של הצמח קיר Heteroxylans שימוש enzymic, כימית (מתילציה) הפיזיקליים (ספקטרומטריית מסה, תהודה מגנטית גרעינית) טכניקות

מאמר זה מספק הליך מפורט על סינתזה שלב מוצק, טיהור, אפיון של dodecamers של רנ"א שונה ב C2'- O -position. UV- מול וניתוח מעגלי דיכרואי פוטומטרי משמשים לכמת ולאפיין היבטים מבניים, כלומר , גדילים בודדים או פעמיים גדילים.

Protocol עבור שלב מוצק סינתזה של אוליגומרים של רנ&quot;א המכיל 2 &#39;<em&gt; הו</em&gt; שינוי ואפיון של תיאופנילמתיל באמצעות דיכרואיזם מעגלי

פרוטוקול מוצג לסינתזה של תרופות מקודד מידע ועבור הרכבה עצמית מכוונת של הפטואידים האלה לתוך סולמות מולקולריים באמצעות אמינים ו-aldehydes כזוגות דינמיים בעלי הקשר הדינמי, לואיס חומצי נדיר-אדמה triflates מתכת כריאגנטים רב תפקידים.

סינתזה של מידע-מיסב פטואידים והרכבה עצמית בימוי דינמי

פרוטוקול זה מכסה ניתוח מפורט של הרכב פפטידוגליקן באמצעות ספקטרומטריית מסה של כרומטוגרפיה נוזלית בשילוב עם מיצוי תכונות מתקדם ותוכנת ניתוח ביואינפורמטיקה.

ניתוח כמותי למחצה של פפטידוגליקן על ידי כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטריית מסה וביואינפורמטיקה

פרוטוקול זה מתאר עיבוד תמונה מבוסס iSCAT וגישת מעקב אחר חלקיקים בודדים, המאפשרת חקירה סימולטנית של המסה המולקולרית וההתנהגות המפוזרת של מקרומולקולות המקיימות אינטראקציה עם ממברנות שומנים. הוראות שלב אחר שלב להכנת דגימה, המרה המונית לניגודיות, רכישת סרטים ועיבוד לאחר עיבוד מסופקות לצד הוראות למניעת מלכודות פוטנציאליות.

מעקב אחר חלקיקים רגישים למסה לאפיון דינמיקת מקרומולקולות הקשורות לממברנה

אוליגונוקלאוטיד 5′-טריפוספטים הם מרכיבים הנמצאים בכל מקום במסלולים ביולוגיים חיוניים וראו שימוש הולך וגובר ביישומי ביוטכנולוגיה. כאן אנו מתארים טכניקות לסינתזה וטיהור שגרתיים של אוליגונוקלאוטיד 5′-טריפוספטים, החל מאוליגונוקלאוטידים שהוכנו על ידי טכניקות סינתזה אוטומטיות סטנדרטיות.

טריפוספורילציה כימית של אוליגונוקלאוטידים

למד לסנתז ידנית oligo-peptoids ולנתח את רצף המונומרים באמצעות ספקטרומטריית מסה. שיטה זו מסייעת למתחילים בתחום הפפטואידים להבין תהליכי סינתזה ואפיון מבני במעבדה אנליטית סטנדרטית.

סינתזה וניתוח ספקטרומטר מסה של Oligo-peptoids

גלה סרטונים נוספים