Name: DNA חזקים בידוד ובנייה ספריית רצף תפוקה גבוהה עבור דגימות עשבייה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-03-08T14:30:00.000+00:00
Duration: 13 min 3 s
Description: למד בידוד DNA וספריית רצף תפוקה גבוהה מדגימות עשבייה. שיטה זו מאפשרת שימוש בדגימות היסטוריות נדירות ללא הרס ניכר, ומגבירה את התועלת במחקרים פילוגנומיים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים טיילור AuBuchon-אלדר, ירדן Teisher, קריסטינה Zudock לעזרה בארגון דגימה עשבייה דגימות, ואת הגן הבוטני מיזורי לגישה עשבייה דגימות לדיגום הרסני. עבודה זו הייתה תמיכה על ידי מענק של הקרן הלאומית למדע (דב-1457748).

<ol><li>Savolainen, V., Cuénoud, P., Spichiger, R., Martinez, M. D. P., Crèvecoeur, M., Manen, J. F. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/BF00984634">The use of herbarium specimens in DNA phylogenetics: Evaluation and improvement.</a> Plant Syst Evo. 197 (1-4), 87-98 (1995).</li>
<li>Zedane, L., Hong-Wa, C., Murienne, J., Jeziorski, C., Baldwin, B. G., Besnard, G. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bij.12509/abstract">Museomics illuminate the history of an extinct, paleoendemic plant lineage (Hesperelaea, Oleaceae) known from an 1875 collection from Guadalupe Island, Mexico.</a> Bio J Linn Soc. 117 (1), 44-57 (2016).</li>
<li>Teisher, J. K., McKain, M. R., Schaal, B. A., Kellogg, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Polyphyly+of+Arundinoideae+%28Poaceae%29+and+Evolution+of+the+Twisted+Geniculate+Lemma+Awn%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Bot%22%5BJournal%5D)">Polyphyly of Arundinoideae (Poaceae) and Evolution of the Twisted Geniculate Lemma Awn.</a> Ann Bot. , (2017).</li>
<li>Cozzolino, S., Cafasso, D., Pellegrino, G., Musacchio, A., Widmer, A. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s10592-006-9209-7">Genetic variation in time and space: the use of herbarium specimens to reconstruct patterns of genetic variation in the endangered orchid Anacamptis palustris.</a> Conserv Gen. 8 (3), 629-639 (2007).</li>
<li>Wandeler, P., Hoeck, P. E. A., Keller, L. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Back+to+the+future%3A+museum+specimens+in+population+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22Tre+Eco+%26+Evo%22%5BJournal%5D)">Back to the future: museum specimens in population genetics.</a> Tre Eco & Evo. 22 (12), 634-642 (2007).</li>
<li>Rivers, M. C., Taylor, L., Brummitt, N. A., Meagher, T. R., Roberts, D. L., Lughadha, E. N. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006320711002679">How many herbarium specimens are needed to detect threatened species?</a> Bio Conserv. 144 (10), 2541-2547 (2011).</li>
<li>Saltonstall, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryptic+invasion+by+a+non-native+genotype+of+the+common+reed%2C+Phragmites+australis%2C+into+North+America%5BTitle%5D)+AND+%22PNAS+USA%22%5BJournal%5D)">Cryptic invasion by a non-native genotype of the common reed, Phragmites australis, into North America.</a> PNAS USA. 99 (4), 2445-2449 (2002).</li>
<li>Besnard, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+museums+to+genomics%3A+old+herbarium+specimens+shed+light+on+a+C3+to+C4+transition%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">From museums to genomics: old herbarium specimens shed light on a C3 to C4 transition.</a> J Exp Bot. 65 (22), 6711-6721 (2014).</li>
<li>Särkinen, T., Staats, M., Richardson, J. E., Cowan, R. S., Bakker, F. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+to+open+the+treasure+chest%3F+Optimising+DNA+extraction+from+herbarium+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">How to open the treasure chest? Optimising DNA extraction from herbarium specimens.</a> PLoS ONE. 7 (8), e43808(2012).</li>
<li>Harris, S. A. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/BF00937835">DNA analysis of tropical plant species: An assessment of different drying methods.</a> Plant Syst Evo. 188 (1-2), 57-64 (1994).</li>
<li>Staats, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+damage+in+plant+herbarium+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">DNA damage in plant herbarium tissue.</a> PLoS ONE. 6 (12), e28448(2011).</li>
<li>Bakker, F. T., et al. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bij.12642/abstract">Herbarium genomics: plastome sequence assembly from a range of herbarium specimens using an Iterative Organelle Genome Assembly pipeline.</a> Bio J of the Linn Soc. 117 (1), 33-43 (2016).</li>
<li>Camacho, F. J., Gernandt, D. S., Liston, A., Stone, J. K., Klein, A. S. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1365-294X.1997.00266.x/full">Endophytic fungal DNA, the source of contamination in spruce needle DNA.</a> Mol Eco. 6 (10), 983-987 (1997).</li>
<li>Hofreiter, M., Jaenicke, V., Serre, D., Von Haeseler, A., Pääbo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+sequences+from+multiple+amplifications+reveal+artifacts+induced+by+cytosine+deamination+in+ancient+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">DNA sequences from multiple amplifications reveal artifacts induced by cytosine deamination in ancient DNA.</a> Nucl Acids Res. 29 (23), 4793-4799 (2001).</li>
<li>Staats, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+treasure+troves%3A+Complete+genome+sequencing+of+herbarium+and+insect+museum+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Genomic treasure troves: Complete genome sequencing of herbarium and insect museum specimens.</a> PLoS ONE. 8 (7), e69189(2013).</li>
<li>Bakker, F. T. <a target="_blank" href="http://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/00837792.2017.1313383">Herbarium genomics: skimming and plastomics from archival specimens.</a> Webbia. 72 (1), 35-45 (2017).</li>
<li>Doyle, J. J., Doyle, J. L. <a target="_blank" href="http://www.citeulike.org/user/echinotrix/article/678648">A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue.</a> Phytochem Bul. 19, 11-15 (1987).</li>
<li>Allen, G. C., Flores-Vergara, M. A., Krasynanski, S., Kumar, S., Thompson, W. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17406474">A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissue using cetryltrimethylammonium bromide.</a> Nat Prot. 1, 2320-2325 (2006).</li>
<li>Twyford, A. D., Ness, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strategies+for+complete+plastid+genome+seqeuncing%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Eco+Resour%22%5BJournal%5D)">Strategies for complete plastid genome seqeuncing.</a> Mol Eco Resour. , (2016).</li>
<li>Aird, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+and+minimizing+PCR+amplification+bias+in+Illumina+sequencing+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Bio%22%5BJournal%5D)">Analyzing and minimizing PCR amplification bias in Illumina sequencing libraries.</a> Genome Bio. 12 (2), R18(2011).</li>
<li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trimmomatic%3A+A+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinf%22%5BJournal%5D)">Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinf. 30, 2114-2120 (2014).</li>
<li>Grigoriev, I. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MycoCosm+portal%3A+gearing+up+for+1000+fungal+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MycoCosm portal: gearing up for 1000 fungal genomes.</a> Nucl Acids Res. 42 (1), D699-D704 (2014).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Meth. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>McKain, M. R. Herbarium Genomics. , Github Repository 
 <a target="_blank" href="https://github.com/mrmckain/">https://github.com/mrmckain/</a> (2017).</li>
<li>McKain, M. R., Wilson, M. A. Fast-Plast: Rapid de novo assembly and finishing for whole chloroplast genomes. , Github Repository 
 <a target="_blank" href="https://github.com/mrmckain/">https://github.com/mrmckain/</a> (2017).</li>
<li>McKain, M. R., McNeal, J. R., Kellar, P. R., Eguiarte, L. E., Pires, J. C., Leebens-Mack, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Timing+of+rapid+diversification+and+convergent+origins+of+active+pollination+within+Agavoideae+%28Asparagaceae%29%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Bot%22%5BJournal%5D)">Timing of rapid diversification and convergent origins of active pollination within Agavoideae (Asparagaceae).</a> Am J Bot. 103 (10), 1717-1729 (2016).</li>
<li>McKain, M. R., Hartsock, R. H., Wohl, M. M., Kellogg, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Verdant%3A+automated+annotation%2C+alignment%2C+and+phylogenetic+analysis+of+whole+chloroplast+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinf%22%5BJournal%5D)">Verdant: automated annotation, alignment, and phylogenetic analysis of whole chloroplast genomes.</a> Bioinf. , (2016).</li>
<li>Staton, S. E., Burke, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposome%3A+A+toolkit+for+annotation+of+transposable+element+families+from+unassembled+sequence+reads%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinf%22%5BJournal%5D)">Transposome: A toolkit for annotation of transposable element families from unassembled sequence reads.</a> Bioinf. 31 (11), 1827-1829 (2015).</li>
<li>Bao, W., Kojima, K. K., Kohany, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Repbase+Update%2C+a+database+of+repetitive+elements+in+eukaryotic+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22Mobile+DNA%22%5BJournal%5D)">Repbase Update, a database of repetitive elements in eukaryotic genomes.</a> Mobile DNA. 6 (1), 11(2015).</li>
<li>McKain, M. R. Transposons. , Github Repository 
 <a target="_blank" href="https://github.com/mrmckain/">https://github.com/mrmckain/</a> (2017).</li>
<li>Weiß, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Temporal+patterns+of+damage+and+decay+kinetics+of+DNA+retrieved+from+plant+herbarium+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22Royal+Soc+Open+Sci%22%5BJournal%5D)">Temporal patterns of damage and decay kinetics of DNA retrieved from plant herbarium specimens.</a> Royal Soc Open Sci. 3 (6), 160239(2016).</li>
<li>Sawyer, S., Krause, J., Guschanski, K., Savolainen, V., Pääbo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Temporal+patterns+of+nucleotide+misincorporations+and+DNA+fragmentation+in+ancient+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Temporal patterns of nucleotide misincorporations and DNA fragmentation in ancient DNA.</a> PLoS ONE. 7 (3), e34131(2012).</li>
<li>Head, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Library+construction+for+next-generation+sequencing%3A+overviews+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">Library construction for next-generation sequencing: overviews and challenges.</a> BioTechniques. 56 (2), 61-64 (2014).</li>
<li>Grover, C. E., Salmon, A., Wendel, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+sequence+capture+as+a+powerful+tool+for+evolutionary+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Bot%22%5BJournal%5D)">Targeted sequence capture as a powerful tool for evolutionary analysis.</a> Am J Bot. 99, 312-319 (2012).</li>
</ol>

המחברים מצהירים שיש להם אין אינטרסים מתחרים.

פרוטוקול המובאת כאן היא שיטה מקיפה וחזק עבור ספריית הכנה של צמחים מיובשים דגימות DNA בידוד וסדר. העקביות של השיטה, מינימלי צורך לשנות אותו מבוסס על יצירת איכות הדגימה זה מדרגי לפרויקטים גדולים מבוססי עשבייה רצף. ההכללה של שלב reamplification אופציונלי עבור ספריות תשואה נמוכה מאפשר הכללת באיכות נמוכה, כמות נמוכה, נדיר, או חשיבות היסטורית דגימות שאחרת לא היה מתאים רצף.
חשיבות התשואה DNA הראשונית DNA נגזר עשבייה לעיתים קרובות יורד כתוצאה הדגימה הראשונית לשימור<sup class="xref"...

עשבייה אוספים הם מקור ערך פוטנציאלי של מינים ושל גיוון גנומית ללימודי כולל פילוגנטיקה1,2,3, גנטיקה של אוכלוסיות4,5, שימור ביולוגיה6, מין פולש ביולוגיה7ותכונה האבולוציה8. היכולת לקבל מגוון רחב של מינים, אוכלוסיות, מיקומים גיאוגרפיים ונקודות זמן מדגיש את "אוצר"9 זה עשבייה. מבחינה היסטורית, מהות נגזר עשבייה DNA מפורק יש הפריע פרויקטים מבוססי ה-PCR, לעיתים קרובות להשכיב חוקרים באמצעות סמנים בלבד נמצאו ב העתק גבוהה, כגון אזורים של הגנום כלורופלסט או מרווח משועתקים פנימי (ITS) של ribosomal ה-RNA. האיכות של דגימות DNA להשתנות בהרחבה על השיטות לשימור9,10, עם הפסקות גדילי כפול, פיצול מהאש המשמשים בתהליך ייבוש הצורות הנפוצות ביותר של נזק, יצירת בסיס מה שנקרא 90% DNA שכלוא יש לתאר מחקרים מבוססי ה-PCR11. מלבד הפיצול, לסוגיה השנייה הכי נפוצה עשבייה גנומיקה היא זיהום, כגון זה נגזר פטריות endophytic13 או פטריות רכשה לאחר המוות לאחר אוסף אך לפני הרכבה עשבייה12, למרות זאת בעיה זו יכולה להיות bioinformatically פתור נתן את מסד הנתונים נכון פטרייתיים (ראו להלן). בעיה השלישי, פחות נפוץ, הוא שינוי רצף עד ציטוזין (C/G→T/א) דיאמינציה14, למרות מוערך יהיה נמוך (~ 0.03%) עשבייה דגימות11. עם כניסתו של תפוקה גבוהה רצף (HTS), סוגיית הפיצול ניתן להתגבר עם רצף עומק12,15, המאפשר רכישת נתונים ברמת גנומית של דגימות רבות עם איכות נמוכה של קריאות קצר ה-DNA, ואפילו לפעמים המתיר רצף הגנום כולו15.
עשבייה דגימות נעשה שימוש בתדירות גבוהה יותר, הם מרכיב גדול של פרויקטים פילוגנטי16. אתגר הנוכחי של משתמש עשבייה דגימות HTS היא בעקביות קבלת מספיק DNA נטושים כפול, תנאי הכרחי עבור רצפי פרוטוקולים, ממינים רבים מבעוד, ללא צורך לייעל שיטות עבור הפרט דגימות. בנייר זה, הוכח עבור הפקת דנ א והכנת ספריית דגימות עשבייה פרוטוקול זה מנצל שיטות קיימות ומשנה אותם כדי לאפשר תוצאות מהר ו לטבלה הניתנת לשכפול. שיטה זו מאפשרת להשלים עיבוד הדגימה לספריה של דגימות 24 h 13, עם הזמן על הידיים של 8 שעות, או ח 16, עם הזמן על הידיים 9 h, כאשר השלב reamplification אופציונלית נדרשת. עיבוד סימולטני של דגימות נוספות הוא בר השגה, אבל הגורם המגביל הוא יכולת צנטריפוגה, מיומנות טכנית. הפרוטוקול נועד דרוש רק טיפוסי ציוד מעבדה (thermocycler צנטריפוגה, דוכני מגנטי) במקום ציוד מיוחד, כגון מפוחים או sonicator, עבור הטיית ה-DNA.
איכות ה-DNA, פרגמנט גודל וכמות המגבילים את הגורמים לשימוש של עשבייה דגימות בניסויים רצף תפוקה גבוהה. שיטות נוספות לבודד דנ א עשבייה ויצירת רצף תפוקה גבוהה ספריות הראו את התועלת של שימוש רק 10 ng של הדנ א16; אולם הם דורשים השפעול קביעת המספר האופטימלי של PCR מחזורי הנדרש להכנה הספרייה. זה הופך מעשית כאשר להתמודד עם כמויות קטנות מאוד של קיימא כפול תקועים דנ א (dsDNA), כמו הדגימות עשבייה לייצר רק מספיק דנ א הכנה בספריה מסוימת. השיטה המוצגת כאן משתמש מספר בודד של מחזורים ללא קשר לאיכות הדגימה, כך אין דנ א הוא איבד ספריית אופטימיזציה שלבים. במקום זאת, צעד reamplification מופעל כאשר ספריות אינן עונות על הכמויות המינימליות לצורך עריכה ברצף. דוגמאות עשבייה רבים נדירים ושולט קצת חומר מקשה להצדיק את הדגימה הרסני במקרים רבים. כדי לשנות זאת, פרוטוקול הציג מאפשר dsDNA קלט מידות פחות מ 1.25 ng לתוך תהליך הכנה ספריה, הרחבת הטווח של דגימות קיימא עבור תפוקה גבוהה רצף וצמצום הצורך דגימה ההרסני של דגימות.
להלן כללי התנהגות יש כבר אופטימיזציה עבור עשבי, נוסה על מאות מינים שונים מדגימות עשבייה, אף אנו צופים כי ניתן להחיל את הפרוטוקול להרבה קבוצות אחרות של הצמח. הוא כולל שלב אופציונלי שחזור יכול לשמש כדי לחסוך באיכות נמוכה ו/או דגימות נדירות. בהתבסס על דגימות עשבייה מעל מאתיים נבדק, פרוטוקול זה פועל על דגימות עם קלט רקמות נמוכה ואיכות, המאפשר השימור של דגימות נדירות באמצעות דגימה הרסני מינימלי. הנה היא מופיעה בפרוטוקול זה יכול לספק ספריות באיכות גבוהה יכול להיות רציף לפרויקטים מבוססי phylogenomics.

<table><tbody><tr><td>Veriti Thermal Cycler</td><td>Applied Biosystems</td><td>4452300</td><td>96 באר&nbsp;</td></tr><tr><td>מערכת הדמיית ג'ל</td><td>Azure Biosystems</td><td>c300</td><td></td></tr><tr><td>Microfuge 20 סדרה</td><td>בקמן קולטר</td><td>B30137</td><td></td></tr><tr>אמבט<td>יבש דיגיטלי</td><td>מדד</td><td>BSH1001</td><td></td></tr><tr><td>מערכת אלקטרופורזה</td><td>EasyCast</td><td>B2</td><td></td></tr><tr><td>PURELAB flex 2 (מים טהורים במיוחד)</td> <td>ELGA&nbsp;</td><td>89204-092</td><td></td></tr><tr><td>צינור LoBind DNA&nbsp;</td><td>אפנדורף</td><td>30108078</td><td>2 מ"ל</td></tr><tr><td>מיני צנטריפוגה</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>12-006-901</td><td></td></tr><tr><td>וורטקס-ג'יני 2</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>12-812</td><td></td></tr><tr><td>מרגמה</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>S02591</td><td>חרסינה</td></tr><tr><td>עלי</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>S02595</td><td></td></tr><tr><td>צינורות צנטריפוגה</td> חרסינה <td>פישר סיינטיפיק</td><td>21-403-161</td><td></td></tr><tr><td>מיקרוגל</td><td>קנמור</td><td>405.7309231</td><td></td></tr><tr><td>צינורות בדיקת קיוביט</td><td>Invitrogen</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>0.2 מ"ל צינור רצועה וכובע עבור PCR</td><td>VWR</td><td>20170-004</td><td></td></tr><tr><td>Qubit 2.0 פלואורומטר</td><td>Invitrogen</td><td>Q32866</td><td></td></tr><tr><td>איזון</td><td>מטלר טולדו</td><td>PM2000</td><td></td></tr><tr><td>חנקן נוזלי אחסון</td> <td>לטווח קצרמעמד</td> טבעת מגנטית Nalgene <td>F9401</td><td></td></tr>&<tr><td>nbsp;</td><td>תרמו-פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>AM10050</td><td>96 באר&nbsp;</td></tr><tr><td>אמבט מים</td><td>VWR</td><td>89032-210</td><td></td></tr><tr><td>בוחשים פלטה חמה</td><td>VWR</td><td>97042-754</td><td></td></tr><tr><td>חנקן</td><td>נוזלי איירגז</td><td>UN1977</td><td></td></tr><tr><td>1 X TE</td><td>Buffer Ambion</td><td>AM9849</td><td>pH 8.0</td></tr><tr><td>CTAB</td><td>AMRESCO</td><td>0833-500G</td><td></td></tr><tr><td>2-MERCAPTOETHANOL</td><td>AMRESCO</td><td>0482-200ML</td><td></td></tr><tr><td>ריבונוקלאז A</td><td>AMRESCO</td><td>E866-5ML</td><td>תמיסה של 10 מ"ג/מ"ל</td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP</td><td>בקמן קולטר</td><td>A63882</td><td></td></tr><tr><td>נתרן כלורי</td><td>ביו WORLD</td><td>705744</td><td></td></tr><tr><td>איזופרופיל אלכוהול</td><td>ביו WORLD</td><td>40970004-1</td><td></td></tr><tr><td>מים ללא נוקלאז</td><td>ביו WORLD</td><td>42300012-2</td><td></td></tr><tr><td>איזואמיל אלכוהול</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>A393-500</td><td></td></tr><tr><td>נתרן אצטט טריהידרט</td><td>פישר מדעי</td><td>s608-500</td><td></td></tr><tr><td>LE אגרוז</td><td>GeneMate</td><td>E-3120-500</td><td></td></tr><tr><td>100bp פלוס DNA סולם</td><td>זהב ביוטכנולוגיה</td><td>D003-500</td><td></td></tr><tr><td>EDTA, מלח דיסודיום</td><td>IBI מדעי</td><td>IB70182</td><td></td></tr><tr><td>קיוביט dsDNA HS ערכת בדיקה</td><td>Life Technologies</td><td>Q32854</td><td></td></tr><tr><td>TRIS</td><td>MP Biomedicals</td><td>103133</td><td></td></tr><tr><td>צבע טענת ג'ל טהור במיוחד סגול (6 X)</td><td>New England BioLabs</td><td>B7024S</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td><td>New England BioLabs</td><td>M0348L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II ערכת הכנה לספריית DNA עבור Illumina&nbsp;</td><td>ניו אינגלנד BioLabs</td><td>E7645L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext Multiplex Oligos עבור Illumina</td><td>New England BioLabs</td><td>E7600S</td><td>סט פריימרים אינדקס כפול 1</td></tr><tr><td>NEBNext Q5 התחלה חמה HiFi PCR Master Mix</td><td>ניו אינגלנד BioLabs</td><td>M0543L</td><td></td></tr><tr><td>Mag-Bind RXNPure Plus</td><td>Omega bio-tek</td><td>M1386-02</td><td></td></tr><tr><td>GelRed 10000 X</td><td>Pheonix Research</td><td>41003-1</td><td></td></tr><tr><td>תמיסת פנול</td><td>SIGMA Life Science</td><td>P4557-400 מ"ל</td><td></td></tr><tr><td>PVP40</td><td>SIGMA-Aldrich</td><td>PVP40-50G</td><td></td></tr><tr><td>כלורופורם</td><td>VWR</td><td>EM8.22265.2500</td><td></td></tr><tr><td>אתנול</td><td>Koptec</td><td>V1016</td><td>200 הוכחה</td></tr><tr><td>חול סיליקה</td><td>VWR</td><td>14808-60-7</td><td></td></tr><tr><td>פריימרים להגברה מחדש</td><td>טכנולוגיות DNA משולבות</td><td>ראה טקסט</td><td></td></tr><tr><td>Sequencher v.5.0.1</td><td>GeneCodes</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

dna חזקים בידוד ובנייה ספריית רצף תפוקה גבוהה עבור דגימות עשבייה

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

Herbaria הם מקור יקר ערך של חומר צמחי יכול לשמש במגוון מחקרים ביולוגיים. השימוש של דגימות עשבייה מזוהה עם מספר אתגרים כולל איכות שימור הדגימה, DNA מפורק דגימה ההרסני של דגימות נדירות. על מנת להשתמש ביעילות רבה יותר חומר עשבייה בפרוייקטים גדולים רצף, דרושה שיטה מהימן ומדרגי הכנה בידוד וספריית הדי. מאמר זה מדגים פרוטוקול חזקות, ההתחלה-to-end לבנייה DNA בידוד, תפוקה גבוהה ספריה של דגימות עשבייה שאינה דורשת שינוי לקבלת דוגמאות בודדות. פרוטוקול זה המותאם במיוחד עבור איכות נמוכה מיובשים צמח חומר לוקח יתרון השיטות הקיימות על-ידי מיטוב רקמות שחיקה, שינוי בחירת גודל הספרייה, היכרות עם שלב reamplification אופציונלי עבור ספריות תשואה נמוכה. Reamplification של ספריות DNA תשואה נמוכה יכול להציל את דגימות נגזר דגימות עשבייה ללא תחליף, ערך פוטנציאלי, שלילת הצורך לדיגום הרסניים נוספים וללא היכרות עם רצף ניכרת הטיה על השכל יישומים פילוגנטי. הפרוטוקול נבדק על מאות מינים דשא, אך צפוי להיות להתאמה לשימוש אחר שושלות הצמח לאחר אימות. פרוטוקול זה יכול להיות מוגבל על ידי ה-DNA ביותר, שבו קטעים שלא קיימים בטווח הרצוי, ועל ידי מטבוליטים משניים נוכח חומר צמח המעכבות נקי בידוד ה-DNA. בסך הכל, פרוטוקול זה מציג שיטה מקיפה ומהירה המאפשרת בידוד ה-DNA והכנת ספריית דגימות 24 ב פחות מ 13 h, עם רק 8 שעות של זמן על הידיים פעילה עם שינויים מינימליים.

בידוד ה-DNA ועם תשואה ספריית הסופי במחקר זה, הדגימו את היעילות של הפרוטוקול עבור הבידוד של דנ א עשבייה ושחזור של ספריות רצף באיכות גבוהה באמצעות כחמישים דוגמאות שונות עם הבכור משנת 1920 הצעיר ביותר מ-2012 (טבלה 2). עבור כל דגימה, כ 10 מ ג של רקמת העלה שימש עבור בידוד של דנ א. רקמת העלה ירוק יותר היה המועדף אם היא זמינה, אין רקמות עם זיהום פטרייתי ברור נבחר. ומשום מוצלח יכול להתבצע באמצעות רקמות צהוב או חום, למרות התשואה אמור להיות צפוי להיות נמוך יותר....

מאמר זה מדגים פרוטוקול מפורט DNA בידוד ובניה ספריית תפוקה גבוהה רצף מחומר עשבייה כולל חילוץ של ה-DNA בצורה יוצאת דופן באיכות ירודה.

DNA חזקים בידוד ובנייה ספריית רצף תפוקה גבוהה עבור דגימות עשבייה

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...

המטרה הכוללת של פרוטוקול זה היא להגדיל את כמות ה-DNA הדו-גדילי המבודד וספריות ריצוף בתפוקה גבוהה לאחר מכן מדגימות עשבים, ולמקסם את התועלת שלהן במחקרים פילוגנומיים. שיטה זו פותחת את הפוטנציאל של דגימות עשבייה שאחרת לא היו שימושיות לפרויקטים של ריצוף כרצפים גנומיים בגלל השפלה נרחבת של הדגימה. היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא שהיא חזקה מספיק כדי שניתן יהיה להשתמש בדגימות עשבייה נדירות ומשמעותיות מבחינה היסטורית ללא צורך בדגימה הרסנית נרחבת.טכניקה זו מרחיבה את עומק דגימת הטקסונים בפרויקטים מרווחים שיטתיים. רכישת מינים היא צעד מגביל, אך עם פרוטוקול זה, ניתן להשתמש בקלות באוספים היסטוריים במחקרים אלה. הוסף חנקן נוזלי ו -30 עד 50 מיליגרם של חול מעוקר כדי לטחון סנטימטר מרובע אחד של רקמת עשבייה שנבחרה מראש לאבקה דקה בטיט ועלי מקוררים מראש.טחינה נאותה חיונית לבידוד DNA מוצלח. ויש להקפיד שהדגימה תהיה מרוסקת לחלוטין. לאחר מכן, הוסיפו את האבקה הקפואה לשני צינורות של שני מיליליטר, וממלאים לא יותר ממחצית מנפח הצינור.לאחר מכן הוסף 600 מיקרוליטר של תמיסת CTAB חמה לכל צינור. מערבבים היטב את האבקה על ידי היפוך ומערבולת. לאחר מכן דגרו את הדגימות באמבט מים שנשמר על 65 מעלות צלזיוס למשך שעה עד שעה וחצי.בינתיים, מערבולת כל 15 דקות. לאחר מכן צנטריפוגה את הדגימות ב -10, 000 גרם למשך חמש דקות בטמפרטורת החדר. לאחר הצנטריפוגה, העבירו כ-500 מיקרוליטר של הסופרנטנט לסט חדש ורענן של צינורות מסומנים.לסופרנטנט, הוסף ארבעה מיקרוליטר של 10 מיליגרם למיליליטר של RNase A לכל מנגינה. לאחר מכן מערבבים את תכולת הצינור על ידי היפוך או פיפטינג. דגרו את הדגימות בבלוק חום או באמבט מים שנשמר על 37 מעלות צלזיוס למשך 15 דקות.לאחר שהצינורות השיגו את טמפרטורת החדר, הוסיפו לדגימות כ-500 מיקרוליטר של תערובת פנול, כלורופורם, איזואמיל אלכוהול. לאחר מכן מערבבים את תכולת הצינורות על ידי היפוך או פיפטינג חוזר. לאחר מכן צנטריפוגה את הדגימות בחום של 12, 000 גרם למשך 15 דקות בטמפרטורת החדר.העבירו את השכבה המימית העליונה, שהיא כ -400 מיקרוליטר, לסט טרי של צינורות מסומנים. לשכבה המימית בכל צינור, הוסיפו כ -400 מיקרוליטר של 24: 1 כלורופורם, תערובת אלכוהול איזואמיל. מערבבים היטב את הדגימה על ידי פיפטינג חוזר או היפוך.לאחר מכן צנטריפוגה את הצינורות ב -12, 000 גרם למשך חמש דקות והעבירו כ -300 מיקרוליטר של שכבה מימית עליונה לצינורות מקוררים מראש ומסומנים. לאחר מכן, הוסף 300 מיקרוליטר של איזופרופנול מקורר מראש ו -12 מיקרוליטר של 2.5 נתרן אצטט מולארי. לאחר מכן דגרו את הצינורות בטמפרטורה שלילית של 20 מעלות צלזיוס למשך 30 עד 60 דקות.לאחר הדגירה מוציאים את הדגימות מהמקפיא. לאחר מכן, צנטריפוגה את הדגימות ב -12, 000 גרם למשך 15 דקות בטמפרטורת החדר. לאחר הצנטריפוגה יש לשטוף את הגלולה בכ-300 עד 500 מיקרוליטר של אתנול 70%.שוב, צנטריפוגה את הצינורות ב 12, 000 גרם למשך 10 דקות. ואז מבלי להפריע לגלולה, הסר בזהירות את הסופרנטנט. לאחר מכן, יבשו את הכדורים באוויר והמיסו את ה-DNA ב-50 מיקרוליטר של מאגר 1X Tris-EDTA.הוסף אחד עד 16 מיקרוליטר של DNA מבודד ושני מיקרוליטר של מאגר תגובת פיצול בצינור תגובת שרשרת פולימראז של 0.2 מיליליטר. התאם את הנפח הסופי ל -18 מיקרוליטר עם מים נטולי נוקלאז. לאחר מכן, הוסף שני מיקרוליטרים של אנזים פיצול DNA דו-גדילי ומערבל את התערובת לזמן קצר למשך שניות עץ.לאחר מכן דגרו את הדגימות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס למשך 8.5 דקות במחזור התרמי. לאחר הדגירה, הוסף חמישה מיקרוליטרים של 0.5 EDTA מולארי לצינורות. הוסף 25 מיקרוליטר מים נטולי נוקלאז כדי להתאים את הנפח הכולל של ה-DNA הגזוז ל-50 מיקרוליטר.לאחר מכן הוסיפו 45 מיקרוליטר של חרוזי SPRI שנשמרו בטמפרטורת החדר ל-50 מיקרוליטר של DNA גזוז וערבבו את השניים היטב על ידי פיפטינג למעלה ולמטה. השאירו את הדגימה המכילה את הצינורות למשך חמש דקות. לאחר מכן העבירו את הצינורות על צלחת מגנטית והמתינו חמש דקות נוספות.גרש בזהירות את הסופרנטנט. לאחר מכן, הוסף 200 מיקרוליטר של אתנול טרי 80% לצינורות במעמד המגנטי והמתן עוד 30 שניות בטמפרטורת החדר. לאחר 30 שניות, הסר בזהירות את הסופרנטנט.השאר את מכסה הצינור פתוח לייבוש החרוזים באוויר למשך חמש דקות על המעמד המגנטי. לאחר מכן הסר את הצינורות ממעמד המגנט והוציא את ה-DNA מהחרוזים ב-55 מיקרוליטר של מאגר 0.1X Tris-EDTA. מערבבים היטב את ה-DNA על ידי פיפטינג חוזר ונשנה.לאחר מכן דגרו את הדגימה בטמפרטורת החדר למשך חמש דקות. שוב, הנח את הצינור על המעמד המגנטי והמתן עד שהתמיסה תתבהר תוך כשתי דקות. הסר 52 מיקרוליטר של הסופרנטנט ולאחר מכן בצע ניתוח כימות DNA כמתואר בפרוטוקול הטקסט.ל-50 מיקרוליטר של DNA נקי וגזוז, הוסף שלושה מיקרוליטרים של אנדונוקלאז, אנזימי זנב פוספט ושבעה מיקרוליטרים של מאגר תגובה. מערבבים היטב את ה-DNA ושאר המרכיבים על ידי פיפטינג למעלה ולמטה. ואז סובב את הצינורות כדי להסיר את הבועות.לאחר הסיבוב, העבירו את הדגימות לתרמו-סייקלר והגדירו את התוכנית. יש לדלל את המתאם פי 25 עד 50 כדי להשיג ריכוז עבודה של 0.6 עד 0.3 מיקרומולר. לריצוף קריאה קצרה בתפוקה גבוהה, הוסף 30 מיקרוליטר של תערובת מאסטר קשירה, מיקרוליטר אחד של משפר קשירה ו-2.5 מיקרוליטר של מתאם לצינורות.מערבבים היטב את תכולת הצינורות על ידי פיפטינג למעלה ולמטה. שוב, סובב את הצינורות כדי להסיר בועות. לאחר מכן דגרו את הצינור בטמפרטורה של 20 מעלות צלזיוס למשך 15 דקות.הוסף שלושה מיקרוליטרים של תערובת מסחרית של אורציל-DNA גליקוזילאז ו-DNA גליקוזילאז אנדונוקלאז VIII לצינורות. התאם את הנפח הכולל ל-96.5 מיקרוליטר. מערבבים היטב את הרכיבים ודוגרים בחום של 37 מעלות צלזיוס למשך 15 דקות במחזור התרמי.בצינור, הכינו את תערובת תגובת שרשרת הפולימראז על ידי הוספת כל הריאגנטים ל-DNA נקי וקשור במתאם. ואז מערבבים היטב את התגובה על ידי מערבולת. לאחר סיום המערבולת, הכניסו את הדגימות לתרמו-סייקלר והתחילו את הגדרת ההגברה התרמו-ציקלרית.הוסף לדגימה כ -25 מיקרוליטר של חרוזים מגנטיים הנשמרים בטמפרטורת החדר וערבב על ידי פיפטינג חוזר. דגרו את הדגימה למשך חמש דקות. לאחר מכן העבירו את הצינורות על מעמד מגנטי והמתינו חמש דקות נוספות.לאחר חמש דקות, הוציאו את הסופרנטנט לסט חדש של שפופרות עם תווית. לאחר מכן, לסופרנטנט, הוסיפו שישה מיקרוליטרים של חרוזי SPRI שנשמרו בטמפרטורת החדר וערבבו היטב. לאחר דגירה של הדגימות במשך חמש דקות, העבירו את הצינורות על הצלחת המגנטית והמתינו חמש דקות נוספות.הסר והשליך את הסופרנטנט. לאחר מכן הוסף 200 מיקרוליטר של אתנול טרי של 80% לצינורות שעל המעמד המגנטי. לאחר מכן, דגרו את הצינורות בטמפרטורת החדר למשך 30 שניות.לאחר 30 שניות, הסר בזהירות את הסופרנטנט וייבש את החרוזים באוויר למשך חמש דקות כשמכסה הצינור פתוח בעודו על המעמד המגנטי. כעת הסר את הצינורות מהמגנט. הוציא את ה-DNA המטרה מהחרוזים ל-33 מיקרוליטר של מאגר 0.1X Tris-EDTA ובכפוף לערבוב יסודי.לאחר ערבוב נכון, יש לדגור בטמפרטורת החדר למשך חמש דקות. לאחר מכן העבירו את הצינורות למעמד המגנטי והמתינו כשתי דקות עד שהתמיסה תתבהר. פיפטה 30 מיקרוליטר של צינורות הסופרנטנט לשני מיליליטר לאחסון.כדי להראות את הבידוד של DNA עשבוני, הופעל ג'ל אגרוז עם DNA דו-גדילי שבודד מדגימות עשבייה שונות. באמצעות 10 מיליגרם של רקמת עלים, כמעט 3.56 עד 2, 610 ננוגרם של DNA דו-גדילי בודד הועמסו על ג'ל האגרוז. הג'ל מראה DNA עשבוני פגום בצורת מריחה בכל הנתיבים.לאחר מכן, על מנת להראות התאוששות של ספריית ריצוף איכותית מ-DNA שבודד מ-10 דגימות עשבים, הופעל ג'ל אגרוז. לפני הטעינה על ג'ל האגרוז, כ-1.26 עד 464 ננוגרם של ה-DNA של העשבייה המבודדת עברו גזירה אנזימטית וניקוי בנפח חרוז של 90%. ג'ל האגרוז מראה התאוששות של ספריית ריצוף איכותית מה-DNA של 10 דגימות עשבים.ספריות ריצוף סופיות מציגות פס ראשי בין 300 ל-500 זוגות בסיסים. לאחר מכן כדי להראות את רצף רובה הציד של DNA שמקורו בעשבים, התקבלה תרשים מעגלי של גנום כלורופלסט TK 686. הרצף מציג את האורך הכולל של ה-DNA, אזור חזרה הפוך ונוכחות של אזורים גדולים וקטנים של עותק בודד.לאחר שליטה, ניתן לבצע טכניקה זו על 24 דגימות בפחות מ-13 שעות עם כשמונה שעות בלבד של זמן מעשי פעיל. לאחר הליך זה, ניתן לבצע שיטות אחרות, כגון לכידת רצף, על הספריות המתקבלות כדי ליצור נתונים גרעיניים למחקרים פילוגנטיים.

robust-dna-isolation-high-throughput-sequencing-library-construction

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

שיטת Hi-C מאפשר זיהוי משוחדת, גנום רחב של אינטראקציות הכרומטין (1). Hi-C זוגות קשירת סמיכות וסדר מקבילי מאסיבי. הנתונים וכתוצאה מכך ניתן ללמוד אדריכלות גנומית בקני מידה מרובות: התוצאות הראשוניות זיהו תכונות כגון בשטחים כרומוזום, הפרדה של הכרומטין פתוח, סגור, מבנה הכרומטין בקנה מידה megabase.

Hi-C: שיטה לחקר ארכיטקטורה תלת ממדי של הגנום.

כתב יד זה מתאר גישה אוטומטית לבחירת גודל ג'ל לטיהור מקטעי DNA לריצוף הדור הבא. טכנולוגיית הריינג'ר מספקת אוטומציה מלאה של כל תהליך העמסת ג'ל אגרוז, ניתוח אלקטרופורטי ושחזור של שברי DNA ממוקדים המאפשרים ספריות ריצוף מהדור הבא בתפוקה גבוהה ובאיכות גבוהה.

בחירת גודל האוטומטי ג&#39;ל כדי לשפר את האיכות של ספריות רצף הדור הבא הוכן מדגימות סביבתיות מים

אנחנו מתארים שיטה יעילה, איתנה, וחסכונית לחילוץ חומצות גרעין מן מטליות לאפיון של קהילות חיידקי באמצעות רצף amplicon הגן 16S rRNA. השיטה מאפשרת גישה עיבוד משותף סוגי מדגם מרובים ויכול להכיל מספר תהליכים טיפוליים במורד הזרם.

הפקת חומצות גרעין יעיל 16S rRNA ג&#39;ין רצף עבור בקטריאלי קהילת אפיון

ההשוואה ואופטימיזציה של שתי שיטות העשרה DNA DNA organellar צמח מוצגים: צנטריפוגה ההפרש הדיפרנציאלי ואת החלוקה של gDNA הכולל מבוסס על מצב מתילציה. אנו מעריכים את כמות הדנ"א וכתוצאה מכך, מדגימים ביצועים ברצף של הדור הבא, וקוראים את הפוטנציאל לשימוש ברצף המולקולה החד-פעמית.

מיטוב וניתוח השוואתי של הצמח DNA Organnelar העשרה שיטות מתאים עבור הדור הבא רצף

ג'ל-seq מאפשר חוקרים להכין בו זמנית ספריות עבור שניהם הדנ א - ו RNA-seq זניח עלות נוספת החל מ- 100-1000 תאים באמצעות מכשיר הידרוג פשוטה. המאמר מציג גישה מפורטת על הזיוף של המכשיר, כמו גם את הפרוטוקול הביולוגי כדי ליצור ספריות לזווג.

ג'ל-seq: שיטת הכנת ספריה סימולטני רצף DNA ו- RNA באמצעות מטריצות הידרוג

זיהום במהלך רצף גנומית של אורגניזמים מיקרוסקופיים עדיין בעיה גדולה. כאן, אנו מראים שיטה רצף הגנום של דובוני מים מן להצטננות עם עמוד 50 קטנה כמו של ה-DNA גנומי ללא הגברה הגנום כולו כדי למזער את הסיכון של זיהום.

הגנום קלט ultralow רצף ספריית הכנה מ להצטננות Tardigrade

רצפי זמן-קריאה מאוד להקל על ההרכבה של הגנום מורכבים ואפיון של וריאציה מבנית. אנו מתארים שיטה כדי ליצור רצפים ארוכים במיוחד על ידי רצף nanopore מבוססי פלטפורמות. הגישה מאמצת הוצאה DNA ממוטבת ואחריו ההכנות ספריית ששונה כדי להפיק מאות קריאות kilobase עם כיסוי מתון של תאים אנושיים.

רצף קריאה ארוכים במיוחד עבור ניתוח הדנ א הגנומי לגמרי

פרוטוקול זה מפרט גישה מקיפה עבור כתות, רצף, ואת הרכב הגנום ההיברידי דה נובו של חיידקי השתן. הוא מספק הליך לשחזור ליצירת רצפי גנום מעגליים שלמים שימושיים בחקר יסודות גנטיים כרומוזומליים ואקסטרכרומוזומליים התורמים לקולוניזציה של שתן, פתוגנזה והפצת התנגדות מיקרוביאלית.

הרכבה הגנום ההיברידית דה נובו לייצור גנומים שלמים של חיידקי השתן באמצעות טכנולוגיות רצף קצרות וארוכות

ההיתכנות והיעילות של שיטות scRNA-seq בעלות תפוקה גבוהה מבשרות על עידן חד-תאי בחקר צמחים. מוצג כאן הליך חזק ומלא לבידוד סוגי תאי שורש ספציפיים של Arabidopsis thaliana ובנייה וניתוח של ספריית שעתוק לאחר מכן.

בידוד וניתוח שעתוק של סוגי תאי צמח

המאמר הנוכחי נועד לספק פרוטוקולים מפורטים ונאותים לבידוד פטריות אנדופיטיות הקשורות לצמחים, שימור ארוך טווח של מבודדים, אפיון מורפולוגי ומיצוי DNA כולל לצורך זיהוי מולקולרי וניתוחים מטאגנומיים לאחר מכן.

בידוד, אפיון ומיצוי DNA כולל לזיהוי פטריות אנדופיטיות בצמחים מיקוהטרוטרופיים

הפרוטוקול הנוכחי מתאר את השימוש בטכנולוגיית ברקוד DNA לאימות חומרים רפואיים מבוססי צמחים, ואת צמח המרפא Angelica sinensis (אוליב). דילס זוהה כדוגמה.

יישום ברקוד DNA לזיהוי צמחי מרפא

למד בידוד DNA וספריית רצף תפוקה גבוהה מדגימות עשבייה. שיטה זו מאפשרת שימוש בדגימות היסטוריות נדירות ללא הרס ניכר, ומגבירה את התועלת במחקרים פילוגנומיים.

DNA חזקים בידוד ובנייה ספריית רצף תפוקה גבוהה עבור דגימות עשבייה

גלה סרטונים נוספים