Name: גין המועמד בדיקות במחקרים קליניים עוקבה ועם Genotyping מרובבת ספקטרומטר מסה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-06-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 5 min 53 s
Description: למד שיטת גנוטיפינג מרובבת לזיהוי סמנים גנטיים הקשורים למחלות אנושיות מורכבות. השיטה חסכונית ויעילה לחקר קהילות קליניות ואבחון מולקולרי.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

המחברים לא תודות לך

<ol><li>Aronson, S. J., Rehm, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Building+the+foundation+for+genomics+in+precision+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Building the foundation for genomics in precision medicine.</a> Nature. 526 (7573), 336-342 (2015).</li>
<li>Ball, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Designing+a+GWAS%3A+power%2C+sample+size%2C+and+data+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Genome-Wide+Association+Studies+and+Genomic+Prediction%22%5BJournal%5D)">Designing a GWAS: power, sample size, and data structure.</a> Genome-Wide Association Studies and Genomic Prediction. , 37-98 (2013).</li>
<li>Kwon, J. M., Goate, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+candidate+gene+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol+research+and+health%22%5BJournal%5D)">The candidate gene approach.</a> Alcohol research and health. 24 (3), 164-168 (2000).</li>
<li>Oeth, P., Mistro, G. D., Marnellos, G., Shi, T., van den Boom, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Qualitative+and+quantitative+genotyping+using+single+base+primer+extension+coupled+with+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization+time-of-flight+mass+spectrometry+%28MassARRAY%29%5BTitle%5D)+AND+%22Single+Nucleotide+Polymorphisms%3A+Methods+and+Protocols%22%5BJournal%5D)">Qualitative and quantitative genotyping using single base primer extension coupled with matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MassARRAY).</a> Single Nucleotide Polymorphisms: Methods and Protocols. , 307-343 (2009).</li>
<li>Pusch, W., Kostrzewa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+MALDI-TOF+mass+spectrometry+in+screening+and+diagnostic+research%5BTitle%5D)+AND+%22Current+pharmaceutical+design%22%5BJournal%5D)">Application of MALDI-TOF mass spectrometry in screening and diagnostic research.</a> Current pharmaceutical design. 11 (20), 2577-2591 (2005).</li>
<li>Su, K. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pretreatment+epidermal+growth+factor+receptor+%28EGFR%29+T790M+mutation+predicts+shorter+EGFR+tyrosine+kinase+inhibitor+response+duration+in+patients+with+non-small-cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+clinical+oncology%22%5BJournal%5D)">Pretreatment epidermal growth factor receptor (EGFR) T790M mutation predicts shorter EGFR tyrosine kinase inhibitor response duration in patients with non-small-cell lung cancer.</a> Journal of clinical oncology. 30 (4), 433-440 (2012).</li>
<li>Singhal, N., Kumar, M., Kanaujia, P. K., Virdi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry%3A+an+emerging+technology+for+microbial+identification+and+diagnosis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+microbiology%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry: an emerging technology for microbial identification and diagnosis.</a> Frontiers in microbiology. 6, 791(2015).</li>
<li>Cricca, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+genotyping+of+high-risk+Human+Papillomavirus+by+MALDI-TOF+Mass+Spectrometry-based+method%5BTitle%5D)+AND+%22New+Microbiologica%22%5BJournal%5D)">High-throughput genotyping of high-risk Human Papillomavirus by MALDI-TOF Mass Spectrometry-based method.</a> New Microbiologica. 38 (2), 211-223 (2015).</li>
<li>Ashley, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+Variation+at+the+Th2+Immune+Gene+IL13+is+Associated+with+IgE-mediated+Paediatric+Food+Allergy%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+%26+Experimental+Allergy%22%5BJournal%5D)">Genetic Variation at the Th2 Immune Gene IL13 is Associated with IgE-mediated Paediatric Food Allergy.</a> Clinical & Experimental Allergy. 47 (8), 1032-1037 (2017).</li>
<li>Bousman, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+NRG1+and+DAOA+genetic+variation+on+transition+to+psychosis+in+individuals+at+ultra-high+risk+for+psychosis%5BTitle%5D)+AND+%22Translational+psychiatry%22%5BJournal%5D)">Effects of NRG1 and DAOA genetic variation on transition to psychosis in individuals at ultra-high risk for psychosis.</a> Translational psychiatry. 3 (4), e251(2013).</li>
<li>Moffatt, M. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large-scale%2C+consortium-based+genomewide+association+study+of+asthma%5BTitle%5D)+AND+%22New+England+Journal+of+Medicine%22%5BJournal%5D)">A large-scale, consortium-based genomewide association study of asthma.</a> New England Journal of Medicine. 363 (13), 1211-1221 (2010).</li>
<li>Granada, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+association+study+of+plasma+total+IgE+concentrations+in+the+Framingham+Heart+Study%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Allergy+and+Clinical+Immunology%22%5BJournal%5D)">A genome-wide association study of plasma total IgE concentrations in the Framingham Heart Study.</a> Journal of Allergy and Clinical Immunology. 129 (3), 840-845 (2012).</li>
<li>Oeth, P., et al. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/290120569_iPLEX_Assay_Increased_Plexing_Efficiency_and_Flexibility_for_MassARRAY_System_Through_Single_Base_Primer_Extension_with_Mass-Modified_Terminators">iPLEX assay: Increased plexing efficiency and flexibility for MassARRAY system through single base primer extension with mass-modified terminators.</a> Sequenom application note. 27, (2005).</li>
<li>Ellis, J. A., Ong, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+MassARRAY+System+for+Targeted+SNP+Genotyping%5BTitle%5D)+AND+%22Genotyping%3A+Methods+and+Protocols%22%5BJournal%5D)">The MassARRAY System for Targeted SNP Genotyping.</a> Genotyping: Methods and Protocols. , 77-94 (2017).</li>
<li>Johnson, A. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNAP%3A+A+web-based+tool+for+identification+and+annotation+of+proxy+SNPs+using+HapMap%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">SNAP: A web-based tool for identification and annotation of proxy SNPs using HapMap.</a> Bioinformatics. 24 (24), 2938-2939 (2008).</li>
</ol>

המחברים אין לחשוף.

. הנה, נדגים את השיטה של genotyping מרובבת באמצעות ספקטרומטר מסה. התוצאות נציג נוצרו באמצעות PCR לזווג עם MALDI-TOF ספקטרומטר מסה4 בכימיה assay המופיעים בטבלה של חומרים13. עם פלטפורמה זו, יצרנו סך של 11,295 אחרים על אנשים 1,255 בגין 9 SNPs בתוך 40 h במעבדה.
אנו ממחישים את התועלת של הטכניקה עונה השערות גנטית על-ידי יצירת וניתוח נתונים הסנ פ עבור הגן המועמד IL13 במדגם גילוי קלינית phenotyped מזון, עם שכפול עצמאי. פלטפורמת ...

מחלות אנושיות מורכבות, וריאציות גנטיות לתרום רגישות למחלות, לכימות גרסאות אלה עשויה להיות שימושית עבור פתוגנזה הבנה, זיהוי קבוצות מטופלים בסיכון גבוה, המגיבים לטיפול. אכן, ההבטחה של דיוק רפואה הוא תלוי ניצול מידע גנטי כדי לזהות קבוצות המטופל1. לרוע המזל, בתוך החלל ביולוגיה מחלה מורכבת, שבו המחלה פנוטיפים הם ביסודה על ידי ניכר הטרוגניות גנטית, penetrance נמוך, אקספרסיביות משתנה, עוקבה גודל דרישות עבור גישות הגנום כולו לזהות את הרומן המועמדים הם לעתים קרובות מדי גדול2. לחלופין, בגישה ג'ין המועמד יישוב מתחיל השערה אפריורי על גנים ספציפיים/מסלולים המחלה אטיולוגיה3. כלי ניתוח מסלול משמשות כדי לחקור הפתופיזיולוגיה של לוקוסים היעד מזוהה, יצירת מסלולים רבים המועמד כדי להבטיח את הזמנתכם. נדגים כאן בגישה genotyping מרובבת ומאפשר החקירה של עשרות למאות SNPs עם אחד assay, מתאים מחקרי עוקבה האנושי4. גישה זו היא גבוהה יחסית דרך-put, המתיר מאות אלפי דגימות די אן איי להיות genotyped ללימודי הרומן גילוי, חקירה של מסלולים ספציפיים. השיטות המתוארות כאן שימושיים עבור מזהה סיכון אללים ואגודות שלהם עם תכונות קליני באופן מהיר וזול יחסית. פלטפורמה זו היה מועיל מאוד סינון ואבחון למטרות5,6, ועוד לאחרונה, זיהום מיקרוביאלי7 ו וירוס הפפילומה האנושי8.
פרוטוקול זה מתחיל עם מבחר של קבוצת גנים לחקירה, כלומר., אזורי היעד, נקבע בדרך כלל דרך חיפוש ספרות, או אפריורי השערות על מעורבות תהליך המחלה; . או אולי מסומנת לצורך שכפול כמו אגודות מחקר הגנום כולו האגודה (GWA) גילוי המוביל. מקבוצת ג'ין, החוקר יבחר רשימה מעודן של תג SNPs. כלומר, תאחיזה לא שוויונית (LD), או קורלציה, בין גרסאות באזור משמש לזיהוי נציג 'תג הסנ פ' עבור חבורה של SNPs ב LD גבוהה, המכונה haplotype. תעודת הזהות גבוהה של האזור אומר כי SNPs לעיתים קרובות יורשים ביחד כך genotyping הסנ פ אחת מספיקה לייצג את הווריאציה-SNPs כל ב- haplotype. לחלופין, אם עוקב אחרי רשימה סופית של SNPs מאזורים רבים, למשל., שכפול למחקר GWA, תהליך זה עשוי להיות מיותרים. עבור מרובבת genotyping, וזמינותו ואז להיות מתוכננים סביב היעדים הללו כך תחל ההגברה של שונות המוני לאלה של תחל סיומת, מוצרים כדי לייצר interpretable המוני ספקטרה. פרמטרים אלה מיושמות בקלות על ידי כלי עיצוב genotyping מרובבת וזמינותו. תחל ואחורה של עיצוב זה ישמש כדי למקד את סמני עניין ומגבירים את רצף המכיל את הסנ פ. תחל סיומת לצרף proximal ישירות SNPs ומצורפת בסיס יחיד, מסה-לאחרונה, 'שליחות קטלנית' משלים הסנ פ. הבסיס המחסל מונע נוסף הרחבה של ה-DNA. המסה-השינוי של הבסיס מאפשר שברי שונות על ידי בסיס יחיד שהוא זוהה על ידי ספקטרומטר מסה. הצלחת המכיל את הכימיה genotyping ואז חלה על שבב למדידה על פלטפורמה ספקטרומטר מסה. לאחר החלת המתאים פקדים איכות השיחות raw genotyping שזוהה על-ידי המערכת, הנתונים יכול להיות ייצוא ולא המשמש לניתוח סטטיסטי כדי לבדוק את הקשר עם מחלת פנוטיפים.

<table><tbody><tr><td>דנ"א גנומי&nbsp;</td><td>-</td><td>-</td><td>1 ו-mu; L בריכוז של 5-10 ng/&mu; L</td></tr><tr><td>פריימרים: הגברה קדימה ואחורה והארכה</td><td>IDT</td> <td>-</td> <td>ראה כתב יד סעיף 1.2.1 על עיצוב פריימרים</td></tr><tr><td>מים דה-יונים&nbsp;</td><td>למשל מים Milli-Q&nbsp;</td><td>-</td><td>נטול יונים עם 18.2 M&Omega;. ערכת ריאגנטים להתנגדות ס"מ</td></tr>. <tr><td>ערכת ריאגנטים לכימיה זהב iPLEX&nbsp;</td><td>Agena Bioscience</td><td>#10148-2</td><td>כולל את כל הריאגנטים לתגובות ב-2.2.1, 2.3.1 ו-2.4.2, לוחות PCR של שבב ושרף</td></tr><tr><td>(384-well)</td><td>Abgene</td><td>#ABGAB-1384</td><td>עבור לוחות מערכת MassARRAY של Abgene הם</td></tr><tr><td>צנטריפוגות תואמות של Micropipettes</td> צנטריפוגה <td></td><td></td><td>אחת ו-8 ערוצים</td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td></td><td></td><td>תואם ללוחות 384 בארות</td></tr><tr><td>Thermocycler</td><td></td><td></td><td>תואם לתוכניות PCR כמפורט ב-2.2.4, 2.3.2 ו-2.4.3</td></tr><tr><td>צלחת שרף גומה&nbsp;</td><td>Agena Bioscience</td><td></td><td>6 מ"ג, מסובב צלחת 384 בארות</td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MassARRAY Analyzer 4 System</td><td>Agena Biosciences</td><td></td><td>MALDI-TOF (ספיגה/יינון לייזר בעזרת מטריצה &ndash; זמן טיסה) ספקטרומטר מסה.</td></tr><tr><td>RS1000 Nanodispenser</td><td>Agena Biosciences</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Assay Assay Suite Agena</td><td>Biosciences</td><td></td><td>כלי המשמש לתכנון מבחני הגנוטיפ המולטיפלקס</td></tr><tr><td>Hot Start Taq</td><td></td><td></td><td>DNA פולימראז אנזים&nbsp;</td></tr><tr><td>שרף&nbsp;</td><td>Agena Biosciences</td><td></td><td>מסופק עם ערכת iPLEX</td></tr></tbody></table>

ג'ין המועמד בדיקות במחקרים קליניים עוקבה ועם genotyping מרובבת ספקטרומטר מסה

Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry

מחלות מורכבות הן לעיתים קרובות ביסודה על ידי מספר גרסאות גנטי נפוץ שתורמים הרגישות למחלה. כאן, אנו מתארים גישה פולימורפיזם (הסנ פ) נוקלאוטיד יחיד של תג חסכונית באמצעות assay מרובבת genotyping של ספקטרומטר מסה, לחקור את הגן שיוכי מסלול קליני גדודים. אנחנו חוקרים את לוקוס המועמד אלרגיה למזון Interleukin13 (IL13) כדוגמה. שיטה זו הגדלת ביעילות את הכיסוי על-ידי ניצול משותף תאחיזה לא שוויונית (LD) בתוך אזור. SNPs LD הנבחר ואז נועדו לתוך מרובבת assay, המאפשרים עד 40 SNPs שונים להיות מנותח בו זמנית, לחיזוק משתלמת. תגובת שרשרת פולימראזית (PCR) משמש כדי להגביר את לוקוסים היעד, ואחריהם סיומת נוקלאוטיד יחיד, ואת amplicons ואז נמדדים באמצעות לייזר בסיוע מטריקס desorption/יינון-שעה של ספקטרומטר מסה flight(MALDI-TOF). הפלט גולמי ניתוח עם גנוטיפ מתקשר התוכנה, באמצעות חתך-offs, והגדרות בקרת איכות מחמירים, סבירות גבוהה אחרים ובאים פלט עבור ניתוח נתונים.

עם הפרוטוקול המתואר לעיל, אנו genotyped לתייג SNPs ברחבי הגן המערכת החיסונית Th2 IL13 במדגם של מזון אלרגיה מקרים ופקדים9. אנחנו מוחלים ניתוח רגרסיה לוגיסטית, יותאם ממוצא ואת covariates פוטנציאליים אחרים לבדוק אם גרסאות גנטיים בתוך האזור של עניין גדל הסיכון לאלרגיה למזון. טבלה 10 9 מראה rs1295686 variant אחד מזוהה עם אלרגיה למזון מוכחת אתגר וידאנו. עמותה זו במדגם שכפול באמצעות אותו מרובב genotyping הגישה. מטא אנליזה ...

זיהוי של וריאציות גנטיות לתרום מחלות אנושיות מורכבות מאפשר לנו לזהות מנגנונים חדשניים. . הנה, נדגים הגישה מולטיפלקס genotyping של המועמד גנים או מסלול מפענוח ממקסם את הכיסוי במחיר נמוך, הוא נוטה מחקרי עוקבה מבוסס.

ג'ין המועמד בדיקות במחקרים קליניים עוקבה ועם Genotyping מרובבת ספקטרומטר מסה

Complex diseases are often underpinned by multiple common genetic variants that contribute to disease susceptibility. Here, we describe a cost-effective ...

שיטה זו יכולה לעזור לענות על שאלות מפתח בתחומי האבחון הקליני והגנטיקה, כגון זיהוי סמנים גנטיים הקשורים לתוצאות מחלה, כולל נגיף הפפילומה האנושי. היתרון העיקרי בטכניקה זו הוא שמדובר בשיטת אבחון חסכונית, ממוקדת וחסכונית בזמן. כדי להתחיל בהליך זה, הרכיבו מחדש כל פריימרים מסודרים עם מים בדרגה מולקולרית.משוך את הפריימרים קדימה ואחורה עבור כל מבחן מרובה לתערובת פריימר מלאי, כך שהוא מכיל כל פריימר בריכוז של אפס נקודה חמש מילימולר. לאחר מכן, הכינו תערובת מאסטר ל-PCR כמתואר בפרוטוקול הטקסט. הוסף ארבעה מיקרוליטרים של תערובת זו לכל באר של צלחת PCR של 384 בארות, יחד עם מיקרוליטר אחד של DNA גנומי בריכוז שבין חמישה ל-10 ננוגרם למיקרוליטר.מכסים את הצלחת במכסה צלחת, וצנטריפוגה למשך 200 פעמים G למשך דקה בטמפרטורת החדר. לאחר מכן הפעל את ה-PCR כמתואר בפרוטוקול הטקסט. טען מיקרוליטר אחד של מוצר PCR עם שלושה מיקרוליטר של מאגר טעינה על ג'ל אגרוז 2%.הפעל ב-100 וולט למשך 45 דקות כדי להבטיח שהגברת ה-DNA הצליחה. לאחר מכן, הכן תערובת מאסטר של SAP כמתואר בפרוטוקול הטקסט. הוסף שני מיקרוליטר מתערובת המאסטר הטרייה של SAP לכל באר של צלחת ה-PCR שהופעלה בעבר.צנטריפוגה בקצרה ב -1, 000 פעמים G למשך דקה אחת. ואז החזר את הצלחת למחזור התרמי. הפעל את התרמוסייקלר בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס למשך 40 דקות.ואז ב-85 מעלות צלזיוס למשך חמש דקות כדי לנטרל את האנזים. לאחר חישוב גורם הדילול עבור כל פריימר, שלב את הנפחים שנקבעו של כל אחד מהם כדי ליצור מאגר פריימר. הוסף מים לפי הצורך כדי לדלל את הבריכה הזו.הרכיבו את תערובת ההרחבה הראשית עבור בדיקת ה-plex הגבוהה או בדיקת ה-plex הנמוך, כמתואר בפרוטוקול הטקסט. הוסף שני מיקרוליטר מתערובת מאסטר ההרחבה לכל באר של הצלחת, והביא את הנפח הכולל בכל באר לתשעה מיקרוליטר. צנטריפוגה בקצרה ב -1, 000 פעמים G למשך דקה אחת, ואז החזר את הצלחת למחזור התרמו.לאחר מכן, הוסף 16 מיקרוליטר מים נטולי יונים לכל באר, מה שמביא את הנפח הכולל עד 25 מיקרוליטר לבאר. מרחו שישה מיליגרם שרף באופן שווה על פני צלחת שרף גומה שלמה. הניחו לשרף להתייבש במשך 20 דקות בטמפרטורת החדר.לאחר מכן, מרחו את השרף על לוחית התגובה. בעזרת מערבל מתלה, סובב את הצלחת במהירות איטית למשך חמש דקות בטמפרטורת החדר. לאחר מכן, צנטריפוגה את הצלחת ב-3, 200 פעמים G למשך חמש דקות כדי להימנע ממריחת השרף על שבב ספקטרום המסה.העלה את פריסת הדגימה של הלוח לממשק התוכנה של המערכת. באמצעות מערכת חלוקה, החל את תערובת האנליטים הגנוטיפיים מהצלחת על שבב הגנוטיפ. טען את השבב למערכת MALDI-TOF כדי ליצור את ספקטרום המסה מתערובת האנליטים, ופרש אותו באמצעות ממשק התוכנה של הפלטפורמה.במחקר זה, גנוטיפ מולטיפלקס מתבצע באמצעות ספקטרומטריית מסה. נתוני SNP מייצגים נוצרים ומנותחים עבור הגן המועמד IL13 בפנוטיפ קליני גילוי לאלרגיה למזון. גרסה אחת, rs1295686, קשורה לאלרגיה מוכחת למזון.קשר זה מאושר בקבוצת שכפול באמצעות גישת הגנוטיפ המולטיפלקס המודגמת בפרוטוקול זה. מטא-אנליזה של התוצאות משתי הקבוצות מספקת ראיות חזקות לקשר בין IL13 ל-FA. בעת ניסיון הליך זה, חשוב לא לזהם דגימות או ריאגנטים. חשוב גם להכין תערובת מאסטר נוספת של 10% עבור כל PCR על מנת לקחת בחשבון כל שגיאת פיפטינג.בעקבות הליך זה, ניתן לבצע שיטות אחרות כמו PCR בזמן אמת על מנת לענות על שאלות נוספות כגון האם ביטוי גנים מתאם עם הסמנים הגנטיים הקשורים למחלה שזוהו. לאחר פיתוחה, טכניקה זו סללה את הדרך לחוקרים בתחומי האבחון הקליני והגנטיקה לחקור קשרי מחלות בקבוצות חולים. אל תשכח שכאשר עובדים עם ריאגנטים גנוטיפיים ומערכת MALDI-TOF עלולים להיות מסוכנים, ותמיד יש לנקוט באמצעי זהירות כגון לבישת כפפות וחלוק מעבדה בעת ביצוע הליך זה.

candidate-gene-testing-clinical-cohort-studies-with-multiplexed

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

עמותות גנטית לעתים קרובות להישאר בלתי מוסבר ברמה התפקודית. שיטה זו נועדה להעריך את ההשפעה של פנוטיפ הקשורים סמנים גנטיים על ידי ניתוח ביטוי גנים בתאים הטרוזיגוטיים SNPs עיבד. הטכנולוגיה מאפשרת מדידה מדויקת של MALDI-TOF ספקטרומטריית מסה לכמת ספציפי אלל פריימר המוצרים הרחבה.

אלל ספציפי Gene Expression Assay כדי לבדוק את בסיס פונקציונלי של אגודות גנטי

פרוטוקול מתואר המשתמש במבחני Infinium של Illumina לבצע גנוטיפ בקנה מידה גדולה. מבחני אלה יכולים אמין גנוטיפ מיליונים SNPs על פני מאות דגימות DNA בודדות בשלושה ימים. נוצר פעם אחת, יכולים לשמש גנוטיפים הבאים כדי לבדוק לעמותות עם מגוון רחב של מחלות או פנוטיפים שונים.

Infinium Assay עבור יישומי Genotyping SNP בקנה מידה גדולה

אנו מתארים את ההכנה של ספריות ה-DNA המינימרקטים ולכידת אקסון הבא המבוסס על הכלאה לזיהוי של מוטציות סרטן קשור מפתח בדגימות גידול קליניים על ידי רצף "הדור הבא" מקביל מסיבי. רצף אקסון ממוקד מציע יתרונות של תפוקה גבוהה, עלות נמוכה, וכן כיסוי רצף עמוק, ובכך מניב רגישות גבוהה לאיתור מוטציות בתדירות נמוכה.

זיהוי שינויים גנטיים סומטי בדגימות גידול על ידי לכידת אקסון וריצוף מקביל מסיבי

מתוארת מערכת משולבת לריצוף ממוקד של הדור הבא של דגימות אונקולוגיות. מערכת חוצת פלטפורמות זו מותאמת לביופסיות גידול באיכות נמוכה ובכמות נמוכה, מתאימה לתשומות DNA נמוכות, כוללת בקרות מרובות וריאנטים מאופיינות היטב, וכוללת מתקשר וריאנט חדש המבוסס על אמצעי בקרת איכות כמותיים טרום-אנליטיים.

אינטגרציה של Wet ותהליכי ספסל יבשים מבצעת אופטימיזציה ממוקד רצף הדור הבא של איכות נמוכה וביופסיות גידול נמוכה כמות

אנו מציגים תוכנית אסטרטגית ופרוטוקול לזיהוי וריאנטים גנטיים לא מקודדים המשפיעים על קשירת ה-DNA של גורם השעתוק (TF). פרוטוקול ניסיוני מפורט מסופק לבדיקת משמרת ניידות אלקטרופורטית (EMSA) וניתוח משקעים של זיקה ל-DNA (DAPA) של קשירת TF DNA תלויה בגנוטיפ.

הקרנה עבור וריאנטים גנטיים ללא קידוד תפקודיים באמצעות ניידות Electrophoretic Shift Assay (Emsa) ו Assay משקע זיקת DNA (DAPA)

ניתוח אות לרעש ברמת חומצת אמינו קובע מהי השכיחות של וריאציה גנטית במיקום נתון חומצת אמינו מנורמל על רקע וריאציה גנטית של אוכלוסיה נתונה. דבר זה מאפשר זיהוי של variant "נקודות חמות" בתוך רצף חלבונים (אות) המתנשא מעל התדירות של שמתגלה נדירה באוכלוסיה (רעש).

קביעת הסבירות של Variant פתוגניות באמצעות חומצת אמינו ברמת ניתוח אות לרעש של וריאציה גנטית

כאן, אנו מציגים פרוטוקול כדי לזהות מוטציות סומניות הגידול במחזור ה-DNA הנוכחי נוזלים ביולוגיים החולה (ביולואידים). שלנו droplet דיגיטלי פולימראז תגובת שרשרת (dPCR) שיטה מבוססת מאפשר כימות של מוטציה allelic תדירות הגידול (MAF), הקלה מינימלית פולשנית משלים אבחון וניטור זמני של תגובת הגידול.

איתור וניטור של DNA הקשורים במחזור הגידול ב ביולואידים חולה

מאמר זה מפרט את השימוש ברשת מעוגנת מערכת התגובה המבוססת על תגובת שרשרת של הספרייה ואחריו ברצף הדור הבא כדי להעריך את fusions גן אונגניים בדגימות הגידול הקליני מוצק. מתוארים שלבי הספסל הרטוב וניתוח הנתונים.

היתוך גנים אונגניים באמצעות שרשרת מעוגנת התגובה השרשרת מעוגן ואחריו רצף הדור הבא

הפרוטוקול מציג את ההליכים הכוללים במעבדה הנדרשים בבדיקות גנטיות טרום השרשה לאנופלואידיה על פלטפורמת ריצוף מבוססת מוליכים למחצה מהדור הבא. כאן אנו מציגים את השלבים המפורטים של הגברה גנומית שלמה, בחירת מקטעי DNA, בניית ספרייה, הכנת תבניות וזרימת עבודה של ריצוף עם תוצאות מייצגות.

בדיקות גנטיות טרום השרשה לאנופלואידיה על פלטפורמת ריצוף מבוססת מוליכים למחצה מהדור הבא

פיתחנו גישה אונקוגנומית השוואתית חוצת מינים המשתמשת בניתוחים גנומיים ובמסכים גנומיים פונקציונליים כדי לזהות ולהשוות מטרות טיפוליות בגידולים הנובעים ממודלים של עכברים מהונדסים גנטית וסוג הגידול האנושי המתאים.

פרופיילינג גנטי וסינון נשירה בקנה מידה גנומי לזיהוי מטרות טיפוליות במודלים עכבריים של גידול ממאיר במעטפת עצב היקפית

למד שיטת גנוטיפינג מרובבת לזיהוי סמנים גנטיים הקשורים למחלות אנושיות מורכבות. השיטה חסכונית ויעילה לחקר קהילות קליניות ואבחון מולקולרי.

ג'ין המועמד בדיקות במחקרים קליניים עוקבה ועם Genotyping מרובבת ספקטרומטר מסה

גלה סרטונים נוספים