Name: השוואה ברזולוציה גבוהה של תדרים קוניוגציה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-01-10T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 18 s
Description: למדו שיטה לזיהוי תדרי קוניוגציה בחיידקים ברזולוציה גבוהה באמצעות mating על מסנן ודילול סדרתי. פרוטוקול זה מאפשר למדענים למדוד יעילות העברת פלסמידים ולהבין מנגנוני העברת גנים בין חיידקים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים ד ר ק' Kamachi של לאומי המכון של המחלות הזיהומיות (יפן) על מתן pBP136 פרופ ' ד ר Nojiri ה באוניברסיטת טוקיו (יפן) מתן pCAR1. אנחנו גם מודה ד ר פרופסור Molin Sølen של האוניברסיטה הטכנית של דנמרק על מתן pJBA28. עבודה זו נתמכה על ידי JSPS KAKENHI (גרנט מספרי 15H 05618, 15KK0278) ל MS (https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15H05618/, https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15KK0278/).

1. הכנת תורם עם חלבון פלואורסצנטי ירוק (GFP)- ואת Kanamycin ההתנגדות מתויג ג'ין פלסמידים
<ol><li>ההיכרות של סמן גנים pBP136 פלסמיד המטרה הערה: המטרה של פרוטוקול זה היא לייצר pBP136::gfp. זני חיידקים של פלסמידים השתמשו במחקר זה מפורטים בטבלה 1.<ol>
<li>לגדל תרביות של Escherichia coli DH10B מחסה pBP13617 ב 5 מ ל מרק לוריא סטרילי (LB) ו- e. coli S17-1λפיר18 מחסה pJBA2819 [המכיל kanamycin (ק מ)-gfp ג'ין, ההתנגדות mut3 * ג'ין עם יזם, שליחות קטלנית מיני-Tn5] ב- 5 מ ל LB סטרילי המכיל 50 μg/mL ק ב 37 מעלות צלזיוס למשך הלילה (O/N, 16-24 h) ברעידות-200 סיבובים לדקה (סל ד).</li>
		<li>קציר, שטיפה<ol>
<li>קציר 1 מ"ל של כל תרבות, מקום זה לתוך microtube 2 מ"ל, צנטריפוגה (10,000 × g, בטמפרטורת החדר, 2 דקות). לאחר מכן, למחוק את תגובת שיקוע, resuspend בגדר תא ב- 2 מ ל תמיסת סטרילית פוספט buffered (PBS).</li>
			<li>צנטריפוגה שוב (10,000 × g, בטמפרטורת החדר, 2 דקות), resuspend ב 500 μL ל- PBS סטרילי.</li>
		</ol>
</li>
		<li>לסנן ההזדווגות<ol>
<li>הכינו צלחות סטרילי ליברות (עם אגר 1.6%), מקום סטרילי μm 0.22 נקבובית גודל ממברנה מסנן על זה. ΜL 500 מיקס של e. coli S17-1λפיר pJBA28 מחסה עם e. coli DH10B מחסה pBP136, במקום התערובת מסנן על הצלחת ליברות. דגירה הלוח O/N-30 ° C. להסיר את המסנן מהצלחת ליברות, למקם אותו לתוך צינור פלסטיק סטרילית 50 מ ל, וכן להוסיף 1 מ"ל של PBS סטרילי. הערה: pJBA28 יכולים לשכפל בנוכחות של חלבון Π, מקודדת על ידי הגן פיר 18, ולא ניתן להעביר מ- S17-1λפיר DH10B. pBP136 נושאת סמן גנטי17 , ניתן להעביר מ- DH10B S17-1λפיר. לכן, לא יכולנו להבחין S17-1λפיר מחסה pBP136 ו pJBA28 DH10B pBP136 מחסה, מיני-Tn5 (משורבב לתוך כרומוזום או pBP136) בשלב זה. . אז, אנחנו משמש תערובות של אותם תורמים בצעדים העוקבים (1.1.4.–1.1.5.).</li>
		</ol>
</li>
		<li>לגדול תרבות O/N של תערובת ההזדווגות לעיל ב- LB סטרילי המכיל 50 μg/mL ק ב 37 מעלות צלזיוס ברעידות ב 200 סל ד ו. תרבות של Pseudomonas putida KT2440 [ק מ רגיש (ק מs), ריפאמפיצין רגיש (ריףs), רגיש גנטמיצין (Gms), עמידים טטרציקלין (Tcr)] בינוני המכיל μg/מ"ל Tc ב 30 מעלות צלזיוס ברעידות-200 סל ד.</li>
		<li>לאחר הקטיף, שטיפת התאים כמו שלב 1.1.2, להשתמש בהם (ההזדווגות תערובת ו KT2440) עבור מסנן ההזדווגות (O/N, 30 מעלות צלזיוס) כמו שלב 1.1.3.</li>
		<li>הכנת לוחות LB סטרילי המכילה 50 μg/mL ק ו μg/מ"ל Tc (LB + ק + Tc לוחות).</li>
		<li>לדלל את התערובת resuspended ממברנה מסנן עם PBS סטרילי (1–10 105-מקפלים), ואז התפשטות כל דילול על גבי LB + ק + Tc צלחות, דגירה הלוחות ב 30 מעלות צלזיוס במשך 2-3 d.</li>
		<li>בחר מושבות של הלוחות, לגדול תרבות O/N ב- LB סטרילי המכיל ק מ, Tc, כמו גם P. resinovorans CA10dm4RG (רי ףr ו- Gmr)6 LB סטרילי המכיל ריף (25 μg/mL) ו- Gm (30 μg/mL)-30 ° C ו 200 סל ד. הערה: כפי שתואר בהערה הקודמת, המושבות על ק ג + ק + Tc צלחות (מתוך 1.1.7.) pBP136 מחסה KT2440 נושאים של מיני-Tn5 ו- KT2440 עם מיני-Tn5, כי pJBA28 יכול יועברו ישירות מ- S17-1λפיר מחסה pBP136 ו- pJBA28 כדי KT2440. זו הסיבה הזדווגות נוספת עם CA10RG resinovorans פ נדרש כדי להשיג את היעד pBP136 עם מיני-Tn5 בשלבים הבאים.</li>
		<li>לאחר הקטיף, שטיפת התאים כמו שלב 1.1.2, להשתמש בהם עבור מסנן ההזדווגות (O/N, 30 מעלות צלזיוס) כמו שלב 1.1.3.</li>
		<li>הכנת לוחות LB סטרילי המכיל ריף, ג'נרל מוטורס ו ק (LB + ריף + ק + Gm לוחות).</li>
		<li>Resuspend את התערובת מסנן, אז למהול אותו1–10 105-מקפלים, להפיץ את זה על גבי LB + ריף + ק + Gm צלחות, דגירה הצלחות במשך 2-3 d ב- 30 ° C.</li>
		<li>לבחור את המושבות, לבדוק אם הם הנמל pBP136 על ידי ה-PCR באמצעות תחל ספציפי עבור פלסמיד.</li>
	</ol></li>
	<li>ההיכרות של גנים סמן סלקטיבי pCAR1 פלסמיד המטרה הערה: המטרה של פרוטוקול זה היא לייצר pCAR1::gfp
	<ol>
<li>גדלים של תרבות O/N putida פ KT2440 מחסה pCAR1 (ק מs, Gms, ריףs, Tcr)20 -200 סל ד ו- 30 ° C ו- e. coli S17-1λפיר18 מחסה pJBA28 ב 5 מ ל LB סטרילי המכיל 50 μg/mL ק מ- 200 סל ד ו- 37 מעלות צלזיוס.</li>
		<li>לאחר הקטיף, שטיפת התאים כמו שלב 1.1.2, להשתמש בהם עבור מסנן ההזדווגות (O/N, 30 מעלות צלזיוס) כמו שלב 1.1.3.</li>
		<li>להסיר את המסנן מהצלחת ליברות, למקם אותו לתוך צינור פלסטיק סטרילית 50 מ ל, וכן להוסיף 1 מ"ל של PBS סטרילי.</li>
		<li>לדלל את התערובת resuspended עם PBS סטרילי (1–10 105-מקפלים), ולהפיץ את התערובת מדולל על LB סלקטיבי סטרילי + Tc + ק צלחות. הערה: pCAR1 לא לשכפל ב e. coli; לפיכך, KT2440 putida פ pCAR1 מחסה עם מיני-Tn5 יכול להיות מסומנת LB + Tc + ק צלחות.</li>
		<li>לבחור מושבה מהצלחת, ולגדול תרבות O/N ב- LB סטרילי המכיל ק ו Tc ותרבות של P. resinovorans CA10dm4RG ב LB סטרילי המכילה ריף ו Gm (200 סל ד, 30 מעלות צלזיוס).</li>
		<li>לאחר הקטיף ושטיפת כמו שלב 1.1.2, השתמש התאים עבור מסנן ההזדווגות (O/N, 30 מעלות צלזיוס) כמו שלב 1.1.3.</li>
		<li>Resuspend את התערובת מסנן למהול אותו, מורחים על גבי LB + ריף + ק + Gm צלחות, ואז דגירה הצלחות במשך 2-3 d ב- 30 ° C.</li>
		<li>לבחור את המושבות, לבדוק אם הם הנמל pCAR1 על ידי ה-PCR עם צבעי יסוד מסוים פלסמיד.</li>
	</ol></li>
	<li>לאשר את transferability של פלסמידים מתויג ולהכין התורמים על השלבים הבאים הערה: המטרה של פרוטוקול זה היא לאשר את transferability של פלסמידים נבנה לעיל התורמים להתכונן לשלבים הבאים.<ol>
<li>גדלים של תרבות O/N resinovorans פ CA10dm4RG מחסה pBP136::gfp או pCAR1::gfp ב- LB סטרילי המכיל ק ותרבות של putida פ SMDBS [ק מsGms, רי ףr, Tcr, לצי q, באילו PA1/O4/O3-gfpmut3* אינו מתבטא בגלל ג'יןq שלה כרומוזומלית לצי]21 ב- 3 מ ל LB המכיל Tc (200 סל ד, 30 מעלות צלזיוס).</li>
		<li>לאחר הקטיף, שטיפת התאים כמו שלב 1.1.2, להשתמש בהם עבור מסנן ההזדווגות (O/N, 30 מעלות צלזיוס) כמו שלב 1.1.3.</li>
		<li>מקם את המסנן לתוך צינור פלסטיק 50 מל סטרילי, ולאחר resuspend עם 1 מ"ל של PBS סטרילי. לדלל את התערובת resuspended עם PBS סטרילי (1–10 105-מקפלים), מורחים את התערובת מדולל על LB סלקטיבי סטרילי + Tc + ק צלחות.</li>
		<li>לבחור את המושבות, לבדוק אם הם הנמל כל אחד פלסמידים מאת PCR עם תחל ספציפיים. הערה: אישור של העמדה ההכנסה של מיני-Tn5 על ידי רצף ישיר לאחר החילוץ פלסמיד הוא אופציונלי לאשר ההוספה לא משפיע על הפונקציה העברה של פלסמידים.</li>
	</ol></li>
</ol>2. חישוב תדר ההטיה בשיטת MPN
<ol><li>להכין סטרילי ליברות + ק מ ו ק ג + Gm צלחות.</li>
	<li>לגדול תרבות O/N של putida פ SMDBS מחסה pBP136::gfp או pCAR1::gfp ב- 3 מ ל LB סטרילי המכיל ק ותרבות של putida פ KT2440RGD (Gmr, רי ףr) ב- 3 מ ל LB המכיל Gm (140 סל ד, 30 מעלות צלזיוס).</li>
	<li>לאחר הקטיף, שטיפת התאים כמו שלב 1.1.2, להשתמש בהם עבור מסנן ההזדווגות ב 30 מעלות צלזיוס למשך 45 דקות כמו שלב 1.1.3.</li>
	<li>באופן סדרתי שתדללו התורם לעיל ואת המטופל תרבות (101 –107) ולהפיץ אותה לתוך LB + ק (תורם) או LB + Gm (הנמען) פלטות (כל אחד דולר) כדי לספור את המושבה יוצרי יחידות (CFU). דגירה הלוחות ב 30 ° C עבור 2 d.</li>
	<li>Resuspend את התערובת למסנן של LB סטרילי המכיל ק מ ו- Gm, ו לדלל באופן סדרתי (21 עד24–10 27.2) באמצעות צלחת תרבות 96-ובכן תא (ב ארבע פעמים).</li>
	<li>תקופת דגירה את הצלחת 96-ובכן של הזמן המתאים (2 יח ב 30 מעלות צלזיוס).</li>
	<li>לספור את CFU של התורם, הנמען על הלוחות (שלב 2.4.), לספור את מספר בארות אשר צומחים transconjugants.</li>
	<li>לחשב את MPN סטיית שלה באמצעות התוכנית החישוב MPN שפותחה על ידי ג'רביס ואח. 22, הזמינה בכתובת http://www.wiwiss.fu-berlin.de/fachbereich/vwl/iso/ehemalige/professoren/wilrich/MPN_ver5.xls.<ol>
<li>הזן את השם של הניסוי (אקס, 'בדיקה'), התאריך של הניסוי (אקס, 2018/4/9), המספר של מבחן סדרות, מקס. לא. של דילולים (הזן '24') בגיליון שורה #7 של 'תוכנית' של Excel הקובץ ('MPN_ver5.xls').</li>
		<li>הזן ' 2-1 (= 0.5) ל 2עשרים וארבע (= 5.96 × 10-8)' בעמודה 'דילול פקטור d', '0.01' בעמודה 'נפח מ"ל או g w', ואת ' 4' ב ' מס של צינורות n' את הטבלאות המיוצר אוטומטית של 'קלט נתונים'.</li>
		<li>הזן את המספר של בארות בו transconjugants לגדול ב כל דילול מדגם (0 – 4).</li>
		<li>לחצו על הכפתור 'לחשב תוצאות' נכון העליון ולאחר מכן להשיג את התוצאות (ב MPN/μL) ליכולתם ביטחון 95% (תחתון ועליון).</li>
	</ol>
</li>
	<li>לחשב את התדירות ההטיה של פלסמידים על-ידי חלוקת מספר transconjugants (MPN/mL) לפי המספרים של התורם ותאים הנמען (CFU/mL).</li>
</ol>3. הכנה שערוך של ההסתברות של התורם ביוזמת ההטיה
<ol><li>לגדול תרבות O/N של putida פ SMDBS מחסה pBP136::gfp או pCAR1::gfp ב- 3 מ ל LB סטרילי המכיל ק ותרבות של putida פ KT2440RGD (Gmr, רי ףr) ב- 3 מ ל LB סטרילי המכיל Gm באמצעות 300 מ ל מבחנות (140 סל ד, 30 מעלות צלזיוס) כ precultures.</li>
	<li>להעביר 200 μL של preculture 200 מ ל LB סטרילי טריים המכילים ק או Gm ב 500 מ"ל מבחנות, דגירה ב 30 מעלות צלזיוס ברעידות-140 סל ד.</li>
	<li>למדוד את עכירות-600 nm (OD600) של התרבות באמצעות UV-VIS ספקטרופוטומטרים ספוט התרבות, מעורבבת עם ליברות (1–10 108-מקפלים דילולים), על גבי צלחת LB המכיל ק מ או Gm. Incubate אלה LB צלחות ב 30 מעלות צלזיוס במשך 1-2 יח , ולקבוע את CFU.</li>
	<li>מגרש ערכי600 OD לבין CFU עם הזמן הצמיחה כדי ליצור עקומות גדילה של התורם, הנמען.</li>
	<li>לגדול תרבויות של המתח התורם וחתן יומן באמצע שלב, בהתבסס על עקומת הגדילה.</li>
	<li>לאחר הקטיף, שטיפת התאים, להכין 101–103 CFU של התורם ב 10 μL של LB ו-5–10 107 CFU של הנמען ב 100 μL של ליברות.</li>
	<li>מיקס 10 μL 100 μL של התרבויות נמענים בשעה צפיפויות שונות ב 96-ובכן צלחות (בטריפליכאט) בין התורם. לדוגמה, מיקס 101 CFU התורם ו-105 CFU של הנמען ולהוסיף אותו כל אחד בארות 96 ומיקס 101 CFU התורם ו-106 CFU של הנמען בצלחת 96-ובכן אחרת, וכן הלאה.</li>
	<li>דגירה התערובת ב 30 מעלות צלזיוס במשך 45 דקות, ולאחר מכן להוסיף ריכוזים גבוהים של אנטיביוטיקה (μg/mL 100 ק מ ו- 60 μg/mL Gm) כל טוב כדי לעכב עוד ההטיה.</li>
	<li>דגירה את הצלחת ב 30 ° C עבור 2 d.</li>
	<li>לספור את מספר בארות אשר גדלים transconjugants.</li>
	<li>בחר את צפיפות הנמען המתאים עבור הערכה של ההסתברות של התורם ביוזמת ההטיה בהתבסס על הנתונים לעיל (transconjugants צריך למצוא לפחות 1 טוב של צלחת 96-ובכן). הערה: Transconjugants יגדל בבארות כל כאשר הצפיפויות של תאי התורם וחתן גבוהים ומתרחשת ההטיה אחד או יותר רע. לעומת זאת, transconjugants לא יימצא בבארות כלשהו כאשר צפיפות התאים נמוך מדי. בסעיף הבא, תורם יחיד תא ממוין לבאר. לכן, צפיפות הנמען צריך להיות מקסימום.</li>
</ol>4. הערכה של ההסתברות של התורם ביוזמת ההטיה
<ol><li>להכין 200 מ של תרבות יומן באמצע שלב של התורם putida פ SMDBS מחסה pBP136::gfp או pCAR1::gfp וזו של המטופל putida פ KT2440RGD, כמתואר ב- 3.6-3.7.</li>
	<li>מקום 106 CFU של הנמען ב 100 μL של ליברות כל היטב של צלחת 96-ובכן.</li>
	<li>להגדיר את המערכת FACS (לזרום cytometry ותא סדרן עם זרוע רובוטית, 488 ננומטר לייזר ארגון של דיזה זרבובית 70 μm). הגדר קדימה פיזור (FSC), עם סף 1% כמו ההדק רכישה. לכוון את H ורווח רווח של FSC ופיזור צד (האס) במרב הרגישות, אשר באפשרותך לא לכלול אותות חיובי כוזב, באמצעות PBS כפקד שלילי. הגדר את השער מיון המבוסס על FSC ואת האס טיפה 0.5 מצב מיון עבור מיון מקסימלי טוהר.</li>
	<li>מיון תא תורם יחיד על-ידי FACS בצלחת ליברות (384 כתמים שונים), דגירה את הצלחת ב 30 ° C 2 d, ואז לספור כמה מושבות מופיעים על הצלחת את התאים הממוין. הערה: ההליך זה לצורך אימות של השער קבע. אם קיימות מושבות 384 בצלחת, פירוש הדבר כי 100% של תאים ממוינים יכול ליצור מושבות. תוקפו הממוצע של המיון הוא תמיד 90 עד 95 אחוז.</li>
	<li>מיון תא תורם יחיד על-ידי FACS לתוך כל טוב של צלחת 96-ובכן עם המטופל (4.2).</li>
	<li>דגירה את הצלחת למשך 45 דקות ב 30 מעלות צלזיוס, ולאחר מכן להוסיף ריכוזים גבוהים של אנטיביוטיקה (μg/mL 100 ק מ ו- 60 μg/mL Gm) כל טוב כדי למנוע ההטיה.</li>
	<li>דגירה את הצלחת ב 30 ° C עבור 2 d.</li>
	<li>לספור את מספר בארות שבו transconjugants גדל ככל שנקבע על-ידי בדיקה ויזואלית בעין בלתי מזוינת.</li>
	<li>לחשב את ההסתברות ההטיה התורם המופעלים על-ידי חלוקת מספר בארות עם transconjugants על ידי המספר הכולל של בארות שבהם מוינה התורם.</li>
</ol>

<ol><li>Cabezon, E., Ripoll-Rozada, J., Pena, A., de la Cruz, F., Arechaga, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+an+integrated+model+of+bacterial+conjugation%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Towards an integrated model of bacterial conjugation.</a> FEMS Microbiology Reviews. 39 (1), 81-95 (2015).</li>
<li>Johnson, C. M., Grossman, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+and+conjugative+elements+%28ICEs%29%3A+what+they+do+and+how+they+work%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Genetics%22%5BJournal%5D)">Integrative and conjugative elements (ICEs): what they do and how they work.</a> Annual Review of Genetics. 49, 577-601 (2015).</li>
<li>Garcillán-Barcia, M. P., Alvarado, A., de la Cruz, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+bacterial+plasmids+based+on+mobility+and+plasmid+population+biology%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Identification of bacterial plasmids based on mobility and plasmid population biology.</a> FEMS Microbiology Reviews. 35 (5), 936-956 (2011).</li>
<li>Smillie, C., Garcillán-Barcia, M. P., Francia, M. V., Rocha, E. P., de la Cruz, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobility+of+plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology+and+Molecular+Biology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Mobility of plasmids.</a> Microbiology and Molecular Biology Reviews. 74 (3), 434-452 (2010).</li>
<li>Garcillán-Barcia, M. P., Francia, M. V., de la Cruz, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+conjugative+relaxases+and+its+application+in+plasmid+classification%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Reviews%22%5BJournal%5D)">The diversity of conjugative relaxases and its application in plasmid classification.</a> FEMS Microbiology Reviews. 33 (3), 657-687 (2009).</li>
<li>Shintani, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recipient+range+of+IncP-7+conjugative+plasmid+pCAR2+from+Pseudomonas+putida+HS01+is+broader+than+from+other+Pseudomonas+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+Letters%22%5BJournal%5D)">Recipient range of IncP-7 conjugative plasmid pCAR2 from Pseudomonas putida HS01 is broader than from other Pseudomonas strains.</a> Biotechnology Letters. 27 (23-24), 1847-1853 (2005).</li>
<li>Yanagida, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparisons+of+the+transferability+of+plasmids+pCAR1%2C+pB10%2C+R388%2C+and+NAH7+among+Pseudomonas+putida+at+different+cell+densities%5BTitle%5D)+AND+%22Bioscience%2C+Biotechnology%2C+and+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Comparisons of the transferability of plasmids pCAR1, pB10, R388, and NAH7 among Pseudomonas putida at different cell densities.</a> Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 80 (5), 1020-1023 (2016).</li>
<li>Schuurmans, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+growth+rate+and+selection+pressure+on+rates+of+transfer+of+an+antibiotic+resistance+plasmid+between+E.+coli+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Plasmid%22%5BJournal%5D)">Effect of growth rate and selection pressure on rates of transfer of an antibiotic resistance plasmid between E. coli strains.</a> Plasmid. 72, 1-8 (2014).</li>
<li>Bradley, D. E., Taylor, D. E., Cohen, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specification+of+surface+mating+systems+among+conjugative+drug+resistance+plasmids+in+Escherichia+coli+K-12%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Specification of surface mating systems among conjugative drug resistance plasmids in Escherichia coli K-12.</a> Journal of Bacteriology. 143 (3), 1466-1470 (1980).</li>
<li>Nakazawa, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Different+transferability+of+incompatibility+%28Inc%29+P-7+plasmid+pCAR1+and+IncP-1+plasmid+pBP136+in+stirring+liquid+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Different transferability of incompatibility (Inc) P-7 plasmid pCAR1 and IncP-1 plasmid pBP136 in stirring liquid conditions.</a> PLoS One. 12 (10), e0186248(2017).</li>
<li>Verma, T., Ramteke, P. W., Garg, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+ecological+factors+on+conjugal+transfer+of+chromium-resistant+plasmid+in+Escherichia+coli+isolated+from+tannery+effluent%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+and+Applied+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Effect of ecological factors on conjugal transfer of chromium-resistant plasmid in Escherichia coli isolated from tannery effluent.</a> Biotechnology and Applied Biochemistry. 102 (1-6), 5-20 (2002).</li>
<li>Sakuda, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Divalent+cations+increase+the+conjugation+efficiency+of+the+incompatibility+P-7+group+plasmid+pCAR1+among+different+Pseudomonas+hosts%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Divalent cations increase the conjugation efficiency of the incompatibility P-7 group plasmid pCAR1 among different Pseudomonas hosts.</a> Microbiology. 164 (1), 20-27 (2018).</li>
<li>Corliss, T. L., Cohen, P. S., Cabelli, V. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((R-plasmid+transfer+to+and+from+Escherichia+coli+strains+Isolated+from+human+fecal+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">R-plasmid transfer to and from Escherichia coli strains Isolated from human fecal samples.</a> Applied and Environmental Microbiology. 41 (4), 959-966 (1981).</li>
<li>Zhong, X., Krol, J. E., Top, E. M., Krone, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accounting+for+mating+pair+formation+in+plasmid+population+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Theoretical+Biology%22%5BJournal%5D)">Accounting for mating pair formation in plasmid population dynamics.</a> Journal of Theoretical Biology. 262 (4), 711-719 (2010).</li>
<li>Gilmour, M. W., Lawley, T. D., Taylor, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cytology+of+bacterial+conjugation%5BTitle%5D)+AND+%22EcoSal+Plus%22%5BJournal%5D)">The cytology of bacterial conjugation.</a> EcoSal Plus. 2004, (2004).</li>
<li>Minoia, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stochasticity+and+bistability+in+horizontal+transfer+control+of+a+genomic+island+in+Pseudomonas%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Stochasticity and bistability in horizontal transfer control of a genomic island in Pseudomonas.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (52), 20792-20797 (2008).</li>
<li>Kamachi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plasmid+pBP136+from+Bordetella+pertussis+represents+an+ancestral+form+of+IncP-1beta+plasmids+without+accessory+mobile+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Plasmid pBP136 from Bordetella pertussis represents an ancestral form of IncP-1beta plasmids without accessory mobile elements.</a> Microbiology. 152 (12), 3477-3484 (2006).</li>
<li>Simon, R., Priefer, U., Pühler, A. <a target="_blank" href="https://www.nature.com/articles/nbt1183-784">A broad host range mobilization system for in vivo genetic engineering: transposon mutagenesis in gram negative bacteria.</a> Nature Biotechnology. 1 (9), 784-791 (1983).</li>
<li>Andersen, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+unstable+variants+of+green+fluorescent+protein+for+studies+of+transient+gene+expression+in+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">New unstable variants of green fluorescent protein for studies of transient gene expression in bacteria.</a> Applied and Environmental Microbiology. 64 (6), 2240-2246 (1998).</li>
<li>Shintani, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+replication%2C+maintenance%2C+and+transfer+features+of+the+IncP-7+plasmid+pCAR1%2C+which+carries+genes+involved+in+carbazole+and+dioxin+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Characterization of the replication, maintenance, and transfer features of the IncP-7 plasmid pCAR1, which carries genes involved in carbazole and dioxin degradation.</a> Applied and Environmental Microbiology. 72 (5), 3206-3216 (2006).</li>
<li>Shintani, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analyses+revealed+transfer+ranges+of+IncP-1%2C+IncP-7%2C+and+IncP-9+plasmids+in+a+soil+bacterial+community%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Single-cell analyses revealed transfer ranges of IncP-1, IncP-7, and IncP-9 plasmids in a soil bacterial community.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (1), 138-145 (2014).</li>
<li>Jarvis, B., Wilrich, C., Wilrich, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconsideration+of+the+derivation+of+most+probable+numbers%2C+their+standard+deviations%2C+confidence+bounds+and+rarity+values%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Reconsideration of the derivation of most probable numbers, their standard deviations, confidence bounds and rarity values.</a> Journal of Applied Microbiology. 109 (5), 1660-1667 (2010).</li>
<li>Haagensen, J. A., Hansen, S. K., Johansen, T., Molin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+detection+of+horizontal+transfer+of+mobile+genetic+elements%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Ecology%22%5BJournal%5D)">In situ detection of horizontal transfer of mobile genetic elements.</a> FEMS Microbiology Ecology. 42 (2), 261-268 (2002).</li>
<li>Herrero, M., de Lorenzo, V., Timmis, K. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposon+vectors+containing+non-antibiotic+resistance+selection+markers+for+cloning+and+stable+chromosomal+insertion+of+foreign+genes+in+gram-negative+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Transposon vectors containing non-antibiotic resistance selection markers for cloning and stable chromosomal insertion of foreign genes in gram-negative bacteria.</a> Journal of Bacteriology. 172 (11), 6557-6567 (1990).</li>
<li>Bagdasarian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specific-purpose+plasmid+cloning+vectors.+II.+Broad+host+range%2C+high+copy+number%2C+RSF1010-derived+vectors%2C+and+a+host-vector+system+for+gene+cloning+in+Pseudomonas%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">Specific-purpose plasmid cloning vectors. II. Broad host range, high copy number, RSF1010-derived vectors, and a host-vector system for gene cloning in Pseudomonas.</a> Gene. 16 (1-3), 237-247 (1981).</li>
<li>Maeda, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+nucleotide+sequence+of+carbazole%2Fdioxin-degrading+plasmid+pCAR1+in+Pseudomonas+resinovorans+strain+CA10+indicates+its+mosaicity+and+the+presence+of+large+catabolic+transposon+Tn4676%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Complete nucleotide sequence of carbazole/dioxin-degrading plasmid pCAR1 in Pseudomonas resinovorans strain CA10 indicates its mosaicity and the presence of large catabolic transposon Tn4676.</a> Journal of Molecular Biology. 326 (1), 21-33 (2003).</li>
<li>Takahashi, Y., Shintani, M., Yamane, H., Nojiri, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+complete+nucleotide+sequence+of+pCAR2%3A+pCAR2+and+pCAR1+were+structurally+identical+IncP-7+carbazole+degradative+plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22Bioscience%2C+Biotechnology%2C+and+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">The complete nucleotide sequence of pCAR2: pCAR2 and pCAR1 were structurally identical IncP-7 carbazole degradative plasmids.</a> Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 73 (3), 744-746 (2009).</li>
</ol>

המחברים אין לחשוף.

כאן, אנו מציגים פרוטוקול ברזולוציה גבוהה לגילוי הבדלים ההטיה תדירות בתנאים שונים, באמצעות שיטה MPN כדי להעריך את מספר transconjugants. צעד חשוב בפרוטוקול זה דילול התערובת של התורם ואת המטופל לאחר ההזדווגות עד אין transconjugants לגדול. צעד נוסף הוא הוספת ריכוזים גבוהים של אנטיביוטיקה המדיום הנוזלי סלקטיבית כדי למנוע ההטיה. הליכים אלה יכול להפחית את הרקע הנגרמת על ידי ההטיה נוספת במדיום סלקטיבי. בהצלחה לנו היתה לזהות הבדלים, גם לאחר ההזדווגות משך זמן קצר בין התורמים לבין הנמען. תדירות conjugative מחושב על ידי פרוטוקול זה ...

קוניוגציה של מרכיבים גנטיים ניידים, פלסמידים conjugative אלמנטים אינטגרטיבית של conjugative (גלידות) חשוב התפשטות אופקית של מידע גנטי. זה יכול לקדם את ההתפתחות המהירה חיידקי והתאמה ושידור של התנגדות multidrug גנים1,2. תדירות ההטיה עשויה להיות מושפעת חלבונים המקודדים על רכיבי conjugative גיוס של DNA (מאפיה), זוג ההזדווגות היווצרות (MPF), כולל סקס pili, הממויינות לפי המאפיה של MPF type3,4, 5. זה יכול להיות מושפעת גם את התורם וחתן זוג6 ו לתנאי גדילה תאים7,8,9,10,11,12 ( שיעור הצמיחה, צפיפות תא, משטח מוצק או נוזלי בינוני, טמפרטורה, זמינות חומרי הזנה, הנוכחות של קטיונים). כדי להבין כיצד היסודות conjugative להפיץ בין חיידקים, זה הכרחי להשוות תדר ההטיה בפירוט.
תדירות ההטיה בין התורמים לבין הנמען זוגות לאחר ההזדווגות בדרך כלל מוערך על ידי שיטות קונבנציונליות כדלקמן. (א) ראשית, המספרים של המושבות התורם וחתן ייספרו; (ii) ואז נספרים המושבות הנמען, אשר קיבל את הרכיבים conjugative (= transconjugants); (iii), לבסוף, התדר ההטיה הוא מחושב על ידי חלוקת המושבה הקמת יחידות (CFU) transconjugants על ידי אלה של התורם ו/או נמען13. כאשר משתמשים בשיטה זו, הרקע זאת, עקב אירועים נוספים ההטיה עלול להתרחש גם על לוחות סלקטיבי והשיג transconjugants כאשר צפיפות התאים היא גבוהה10גבוה. לכן קשה לזהות הבדלים קטנים תדירות (להלן הבדל 10-fold). אנחנו לאחרונה הציג שיטה (MPN) מספר הסביר ביותר באמצעות מדיום נוזלי המכיל ריכוז גבוה יותר של אנטיביוטיקה. בשיטה זו צמצמה את הרקע על ידי עיכוב נוסף ההטיה במדיום סלקטיבי; לפיכך, תדירות ההטיה יכול להיות מוערך עם רזולוציה גבוהה יותר.
ההטיה יכול להיות מחולק לשלושה שלבים: (1) החזקה של הנמען התורם זוג (2) חניכה של העברת conjugative, ו- (3) דיסוציאציה של זוג14. במהלך השלבים (1) ו- (3), יש מגע פיזי בין התורם ובין תאים הנמען; לפיכך, צפיפות התאים, תנאים סביבתיים יכולים להשפיע על השלבים הבאים, למרות התכונות של pili המין חשובים גם. שלב (2) סביר להניח מוסדר על ידי הביטוי של מספר גנים המעורבים ב נטיה בתגובה לשינויים חיצוניים, אשר יכולה להיות מושפעת תכונות שונות של פלסמיד, התורם, הנמען. למרות החזקה פיזית או ניתוק של זוגות התורם-נמען יכול להיות מבחינה מתמטית מדומה באמצעות הערכה מהירה של תאים כמו חלקיקים, התדירות של שלב (2) יש השפעול למדוד. היו כמה דוחות על תצפיות ישירות על איך לעיתים קרובות תורמים יכולים ליזום ההטיה [שלב (2)] באמצעות קרינה פלואורסצנטית מיקרוסקופ15,16; עם זאת, שיטות אלה אינן תפוקה גבוהה כי מספר גדול של תאים חייב להיות במעקב. לכן, פיתחנו שיטה חדשה כדי להעריך את ההסתברות להתרחשות של שלב (2) על-ידי שימוש תא פלורסצנטיות מופעל מיון (FACS). השיטה שלנו ניתן ליישם כל פלסמיד, ללא זיהוי של גנים חיוניים עבור ההטיה.

<table><tbody><tr><td>MoFlo XDP</td><td>Beckman-Coulter</td><td>ML99030</td><td>FACS</td></tr><tr><td>IsoFlow</td><td>Beckman-Coulter</td><td>8599600</td><td>תמיסת נדן</td></tr><tr><td>פלואורוספירות (10 &mu; מ)</td> <td>בקמן-קולטר</td><td>6605359</td><td>חרוזים להקמת</td></tr><tr><td>חממת</td> FACS <td>Yamato Scientific Co. Ltd</td><td>211197-IC802</td><td></td></tr><tr><td>ספקטרופוטומטר UV-VIS UV-1800</td><td>SIMADZU Corporation</td><td>UV-1800</td><td></td></tr><tr><td>96 בארות</td><td>צלחות NIPPON Genetics Co, Ltd</td><td>TR5003</td><td></td></tr><tr><td>צלחת פטרי מסוג מיקרופלטה</td><td>AXEL</td><td>1-9668-01</td><td>לאימות מיון</td></tr><tr><td>מסנן ממברנה</td><td>ADVANTEC</td><td>C045A025A</td><td>להזדווגות מסנן</td></tr><tr><td>פיפטות</td><td>Nichiryo Co. Ltd</td><td>00-NPX2-20, 00-NPX2-200, 00-NPX2-1000</td><td>0.5-10 &mu; L, 20-200 &mu; L, 100-1000 &mu; L</td></tr><tr><td>פיפטות רב ערוציות</td><td>Nichiryo CO. בע"מ</td><td>00-NPM-8VP, 00-NPM-8LP</td><td>0.5-10 &mu; L, 20-200 &mu; L</td></tr><tr><td>טריפטון</td><td>BD תמצית</td> שמרים <td>211705</td><td></td></tr><tr><td></td><td>דיפקו BD Difco</td><td>212750</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma</td><td>S-5886</td><td></td></tr><tr><td>אגר</td><td>נקראי טסק</td><td>01162-15</td><td></td></tr><tr><td>ריפמפיצין</td><td>וואקו</td><td>185-01003</td><td></td></tr><tr><td>גנטמיצין</td><td>וואקו</td><td>077-02974</td><td></td></tr><tr><td>קנמיצין</td><td>וואקו</td><td>115-00342</td><td></td></tr><tr><td>צלחת פטרי</td><td>AXEL</td><td>3-1491-51</td><td>JPND90-15</td></tr><tr><td>מיקרו-צינורות</td><td>Fukaekasei</td><td>131-815C</td><td></td></tr><tr><td>500 מ"ל בקבוק ספינר חד פעמי</td><td>קורנינג</td><td>CLS3578</td><td></td></tr></tbody></table>

השוואה ברזולוציה גבוהה של תדרים קוניוגציה

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

קוניוגציה היא צעד חשוב בהעברת אופקי גנים עמידות לאנטיביוטיקה דרך אלמנט דנ א conjugative. חומר השוואתי של תדר ההטיה בתנאים שונים נדרשים להבין איך הרכיב conjugative מתפשט בטבע. עם זאת, שיטות קונבנציונליות להשוואת ההטיה תדירות אינם מתאימים עבור חומר השוואתי בגלל הרקע גבוה נגרם על-ידי ההתרחשות של אירועים נוספים ההטיה בצלחת סלקטיבי. בהצלחה הורדנו את הרקע על ידי החדרת שיטת (MPN) מספר הסביר ביותר, ריכוז גבוה יותר של אנטיביוטיקה כדי למנוע ההטיה במדיום נוזלי סלקטיבי. בנוסף, פיתחנו פרוטוקול עבור הערכת ההסתברות של איך לעיתים קרובות ההטיה אתחול של תאי התורם על-ידי מיון תאי התורם יחיד לתוך בריכות הנמען על ידי תא לפעיל על-ידי קרינה פלואורסצנטית מיון (FACS). בעזרת פלסמידים 2, pBP136, pCAR1, ההבדלים ההטיה תדירות בתאים Pseudomonas putida יכול להתגלות במדיום נוזלי בקצב מלהיב שונה. התדרים של חניכה ההטיה היו גבוהים עבור pBP136 מאשר עבור pCAR1. באמצעות תוצאות אלו, שנוכל להבין את תכונות ההטיה באלה פלסמידים 2.

השוואה של תדירות ההטיה בשיטת MPN
בדוח הקודם שלנו, השווינו את התדרים ההטיה של pBP136::ה-gfp , pCAR1::gfp החולוני מדולל ליברות (1/3 ליברות) נוזלי בינוני עם תעריפים שונים מלהיב לאחר 45 min ההזדווגות באמצעות 125 מ ל טווה מבחנות10. השווינו את התדרים ההטיה של pBP136::ה-gfp , pCAR1::gfp עם 106 CFU/mL של זנים התורם וחתן בתנאים שונים מלהיב (0-600 סל ד). תדירות ההטיה בשני...

תוך שאיפה להבין את אופני הפעולה של חיידקי conjugative DNA אלמנטים שונים בתנאים שונים, אנו מתארים את פרוטוקול זיהוי הבדלים תדר ההטיה, עם רזולוציה גבוהה, כדי להעריך באיזו מידת יעילות החיידק התורם יוזם ההטיה.

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

שיטה זו יכולה לעזור לענות על שאלות מפתח בתחום המיקרוביולוגיה על התדירות שבה ניתן להפיץ דנ"א פלסמיד בין חיידקים שונים. היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא כי על ידי הפחתת הרקע, אנו יכולים לזהות הבדלים קטנים בתדירות ההתייחדות עם רזולוציה גבוהה. הדגמת ההליך תהיה Kosuke Yanagiya, סטודנט לתואר שני מהמעבדה שלי.כדי לחשב את תדירות ההזדווגות לפי המספר הסביר ביותר, סנן להזדווג מיליליטר אחד מתרבות תורמים לילה עם מיליליטר אחד מתרבות נמען לילה במשך 45 דקות ב 30 מעלות צלזיוס, כפי שהודגם רק. בעוד התרבות השיתוף היא דגירה, באופן סדרתי לדלל את התרבויות התורם והמקבל המקורי עבור ציפוי ב- triplicate על מרק לוריא התורם, או LB, בתוספת kanamycin, או נמען LB בתוספת צלחות ג'נטמיצין לתרבות של יומיים ב 30 מעלות צלזיוס. בסוף הדגירה, תן שימוש חוזר בתרבות על המסנן ב- LB סטרילי המכיל קנאמיצין וג'נטמיצין לדילול סדרתי בצלחת תרבות תאים 96 באר quadruplicate.לאחר יומיים ב 30 מעלות צלזיוס, לספור באופן ידני את יחידות יוצרי המושבה, או CFUs, על הלוחות אגר התורם והמקבל ואת מספר בארות שבו transconjugants לגדול על ידי מיקרוסקופ אור. כדי לחשב את המספר הסביר ביותר ואת החריגה שלו, פתח את תוכנית חישוב MPN. הזן את השם והתאריך של הניסוי, את מספר סדרות הבדיקה ואת המספר המרבי של דילולים בשורה השביעית של גליון התכנתים של קובץ הגיליון האלקטרוני.בטבלאות נתוני הקלט המיוצרות באופן אוטומטי, הזן את הנוסחה בעמודה D של גורם הדילול, 0.01 באמצעי האחסון במיליליטר או בעמודת GW וארבע בעמודה N של מספר הצינורות. הזן את מספר הבארים שבהם transconjugants גדל בכל דילול מדגם ולחץ לחשב תוצאות כדי להשיג את התוצאות כמספר הסביר ביותר למיליליטר, ואת העליון והתחתון 95%ביטחון גבולות. לאחר מכן חלקו את מספר הטרנסקונוגנטים במספר התורמים ומושבת הנמענים ויוצרים יחידות למיליליטר כדי לחשב את תדירות ההטיה של הפלסמידים.בניסוי מייצג זה, תדירות ההטיה של שתי הפלזמידים גדלה בשיעורי ערבוב גבוהים יותר עם הבדל מרבי בתדירות ההטיה שנצפתה בין אפס ל -400 סל"ד לתרבויות שהוצגו לפלסמיד pBP136:gfp, ובין אפס ל -200 סל"ד לתרבויות שהוצגו לפלסמיד pCAR1:gfp. כדי לקבוע את הצפיפות של תאי הנמען הנדרשים להשוואת ההסתברות להטיה, בדיקות הזדווגות בוצעו עם צפיפות תורמים ונמען שונה. בניסוי מייצג זה, pBP136:gfp transconjugants זוהו ב 100% של בארות המכילות פעם אחת 10 ל- CFU השלישי של התורם ו 1 פעמים 10 כדי החמישית עד אחת 10 כדי CFU השביעי של הנמען, ואלה עם פעם אחת 10 ל CFU השני של התורם ו 1 פעמים 10 כדי השישי עד 10 כדי CFU השביעי של הנמען המציין שצפיפות התאים הייתה גבוהה מדי.,הזדווגות עם 10 CFU של תורם ו 10 כדי השישי או 10 כדי CFU החמישי של הנמען, עם זאת, הביא לירידה במספר בארות חיוביות transconjugant. לפיכך, 10 עד CFU החמישי של הנמען היה צפוי להידרש להזדווגות עם תא תורם יחיד. ההזדווגות עם pCAR1:gfp בצפיפות שונה של זנים תורמים ונמענים הדגימה ממצאים דומים, אם כי בסך הכל אחוזי בארות חיוביות transconjugant היו נמוכים בהרבה מאלה של pBP136:gfp.בהנחה שתאי התורם והמקבל יכולים לצרף זה לזה באופן דומה, ההסתברות ליזום התייחדות עבור התורם pCAR1 הייתה נמוכה יותר מאשר עבור התורם pBP136. בהתבסס על תוצאות אלה, ההערכה היא כי 10 עד CFU השביעי של הנמען נדרש עבור תא תורם יחיד ממוין על ידי FACS. לאחר ספירת המספרים של בארות חיוביות transconjugant, אחוז בארות חיוביות transconjugant עבור pBP136:gfp נקבע להיות גדול יותר מזה עבור pCAR1:gfp, המדגים הבדל של יותר מ 36 גרם בהסתברות של ההטיה יזמית התורם בין שתי פלסמידים אלה.בעת ניסיון ההליך, חשוב לזכור תמיד לדלל את תערובות חיידקים בזהירות.

high-resolution-comparison-of-bacterial-conjugation-frequencies

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

שיטה מהירה ויעילה לשלב דנ"א זר של עניין תוך מוכנות זנים נוטלים, המכונות משטח נחיתה זנים, מתואר. השיטה מאפשרת לאתר ספציפי לשילוב של הקלטת ה-DNA לתוך לוקוס משטח מהונדסים הנחיתה של זן מסוים, דרך הצמידה וביטוי integrase ΦC31.

אתר ספציפי הנדסה כרומוזום בקטריאלי: ΦC31 מתווכת integrase קלטת Exchange (IMCE)

מקור: Erdogan, F., et al., מבחני הזדווגות מצומדים לניתוח ספציפי לרצף של חלבוני העברה המעורבים בצימוד חיידקים. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את ההליך להעברת פלסמיד F מתאי E. coli מתורם לנמען באמצעות פלסמיד הצלה ובחירת טרנסקונג'וגנטים באמצעות עמידות כפולה לאנטיביוטיקה. התהליך כולל ערבוב תרביות חיידקים, דגירה ללא טלטול, שיבוש זוגות הזדווגות וציפוי על מדיה סלקטיבית כדי לאשר העברת פלסמיד מוצלחת.

העברת פלסמיד F ובחירת אנטיביוטיקה כפולה ב- E. coli

מקור: צ'טריט, ד. ואחרים. יישום הדמיית תאים חיים וטומוגרפיית קריואלקטרונים לפתרון תכונות מרחב-זמן של מערכת ההפרשה Legionella pneumophila dot/ICM. J. Vis. Exp. (2020).הווידאו הזה מדגים את ההכנה וההדמיה של חיידקים פתוגניים מסומנים בפלואורסצנטית. כריות אגרוז מוכנות וממוקמות תחילה בתוך מסגרת דבק. תלייה של חיידקים מהונדסים גנטית המבטאים חלבון פלואורסצנטי מוחל על הפד כדי לייצב את התאים. המסגרת נאטמת באמצעות כיסוי ונצפית תחת מיקרוסקופ כדי ללכוד תמונות פלואורסצנציה של חיידקים.

הכנת דגימה והדמיה של חיידקים מסומנים פלואורסצנטית

כאן, אנו מציגים פרוטוקול לנוקאאוט של גן מעניין המעורב בצימוד פלסמיד ולאחר מכן מנתחים את השפעת היעדרו באמצעות מבחני הזדווגות. תפקוד הגן נחקר עוד יותר לאזור ספציפי ברצף שלו באמצעות מחיקה או מוטציות נקודתיות.

מבחני מזווג Conjugative עבור ניתוח רצף ספציפי של חלבוני העברה מעורבים קוניוגציה

אנו מתארים כאן שלושה פרוטוקולים שונים לחקירה במבחנה של נטייה, תמרה, וטרנספורמציה טבעי Staphylococcus aureus.

מתודולוגיה לחקר ההעברה האופקית ג&#39;ין<em&gt; Staphylococcus aureus</em

המובאת כאן היא שיטה פשוטה ליצירת ספריית ההכנסה transposon בצפיפות גבוהה ב- Escherichia coli או שיגלה flexneri באמצעות קוניוגציה. פרוטוקול זה מאפשר היצירה של אוסף של מאות אלפי מוטציות ייחודיות של חיידקים על ידי החדרת גנומית אקראי transposon.

יצירה של צפוף Transposon ההכנסה הספרייה באמצעות קוניוגציה Enterobacterial זנים כגון Escherichia Coli או שיגלה flexneri

כאן, אנו מציגים פרוטוקול המתאר כיצד אני) להרכיב וקטור שכפול עצמי באמצעות ערכת השכפול שיבוט מודולרי ציאנוגייט, ii) להציג את הווקטור לתוך מארח cyanobacterial על ידי הקונקטורים, ו iii) לאפיין את הזנים של הציטוחיידקים הטרנסגניים באמצעות קורא צלחת או לזרום cy, לנסות.

השינוי הגנטי של הקיאובקטריה באמצעות הקוניוגציה באמצעות ערכת השכפול המודולרי של ציאנוגייט

עבודה זו מציגה שיטת מיקרוסקופיה המאפשרת הדמיה חיה של תא יחיד של Escherichia coli לניתוח וכימות של ההתנהגות הסטוקסטית של מעגלי גנים סינתטיים.

מדידה רציפה של רעש ביולוגי ב Escherichia קולי באמצעות מיקרוסקופיה לשגות זמן

כתב יד זה מתאר שיטה לשימוש במיקרוסקופיה פלואורסצנטית חד-תאית כדי לדמיין ולתמת תחרות חיידקים בקוקולטורה.

כימות של תחרות בין-בקטריאלית באמצעות הדמיית פלואורסצנטיות חד-תאית

הצמידות מתווכת העברת גנים אופקית על ידי גיוס DNA פלסמיד על פני שני תאים שונים, מה שמקל על התפשטות גנים מועילים. עבודה זו מתארת שיטה נפוצה לזיהוי יעיל של העברת פלסמיד מצומד, המבוססת על שימוש בסמנים דיפרנציאליים בפלסמיד המצומד, התורם והמקבל כדי לזהות טרנסקוניוגציה.

איתור העברת גנים אופקית בתיווך פלסמידים מצומדים טבעיים באי-קולי

למדו שיטה לזיהוי תדרי קוניוגציה בחיידקים ברזולוציה גבוהה באמצעות mating על מסנן ודילול סדרתי. פרוטוקול זה מאפשר למדענים למדוד יעילות העברת פלסמידים ולהבין מנגנוני העברת גנים בין חיידקים.

השוואה ברזולוציה גבוהה של תדרים קוניוגציה

גלה סרטונים נוספים