פילוח אוטומטיות של החומר האפור קורטיקלית מתמונות MRI T1 משוקלל

פרוטוקול זה מתאר את התהליך של החלת שבעה כלים פילוח אוטומטיות שונות מבנית סריקות MRI T1 משוקלל על החומר האפור באזורים יכול לשמש עבור כימות של נפח החומר האפור.

שיטה זו יכולה לענות על שאלות מפתח בתחומי הדימום העצבי והנוירולוגיה. כגון, אם יש הבדלים קבוצתיים בנפח קליפת המוח עבור אוכלוסיות לא קליניות לעומת קליניות. היתרון העיקרי בטכניקה זו הוא שהיא מאפשרת לחוקרים להשתמש בכלי הטוב ביותר עבור הנתונים שלהם.

כדי להתחיל, פתח תחילה את תוכנת ה- SPM על-ידי פתיחת חלון פקודה של MATLAB והקלדת SPM בשורת הפקודה. לאחר מכן, כדי לבצע פילוח מאוחד, בחר PET VBM כדי לפתוח את ארגז הכלים המבני MRI. כעת, פתח את עורך האצווה כדי לבצע פילוח בסריקות מרובות בו-זמנית.

בחר SPM, מרחבי ומקטע ולאחר מכן נתונים, בחר קבצים ובחר את הסריקות המשוקללות T1 כקלט. לאחר מכן, לחץ על קבצי פלט, חומר אפור, וודא כי החלל המקורי נבחר, וחזור על כך עבור חומר לבן. אם פילוח CSF אינו נדרש, השאר הגדרה זו ללא.

אם הסריקות כבר תוקנו, שנה אפשרות זו ל'אל תשמור מתוקן'. לאחר מכן השתמש לנקות את כל המחיצות ולבדוק את כל שלוש האפשרויות לפני הפעלת הניתוח המלא. כעת, השאר את ההגדרות האחרות מוגדרות כברירות מחדל ולחץ על הדגל הירוק כדי להפעיל את הפילוח.

חלון MATLAB יגיד סיום כאשר פילוח הוא סיים. לבסוף, בצע בקרת איכות חזותית בקובץ NIfTI החומר האפור שנוצר. כדי לבצע את האפשרות מקטע חדש ב- SPM 8, בחר תחילה PET VBM לפני פתיחת עורך האצווה.

לאחר מכן בחרו SPM, כלים, פלח שוק חדש ובחרו בקובצי התמונה T1 בתבנית NIfTI לשימוש. הגדר את האפשרות סוג רקמה מקורית למרחב מקורי וכבה מחלקות רקמה אינן נדרשות. גם לכבות רקמה מעוותת, ולאחר מכן לחץ על הדגל הירוק כדי להפעיל את הפילוח ולבצע בקרת איכות חזותית כאשר הושלמה.

כדי לבצע פילוח ב- SPM 12 שוב הקש PET VBM ופתח את עורך האצווה. לאחר מכן בחר SPM, מקטע מרחבי ואמצעי אחסון של נתונים. לאחר מכן בחרו 'סוג רקמת חלל מקורית' וכבו מחלקות רקמה שאינן ננקצו.

הגדר רקמה מעוותת ל'ללא' ולחץ על הדגל הירוק. לאחר השלמת הפילוח, הקפד שוב לבצע בקרת איכות חזותית כמפורט בסעיף הבא של פרוטוקול זה. בקרת איכות חזותית יכולה להתבצע באמצעות FSLeyes.

התחל בפתיחת חלון מסוף ולאחר מכן פתח את FSLeyes על-ידי הקלדת FSLeyes במסוף. לאחר מכן בחרו 'קובץ', 'הוסף מקובץ' ובחרו את ה- T1 המקורי ואת האזורים המפולחים כדי להציגם. לאחר פתיחת FSLeyes, השתמשו בלחצן הדו-מצבי אטימות כדי לאפשר תצוגה חזותית של תמונת T1 שמתחת.

שנה גם את הצבע של שכבת-על של פילוח לפי הצורך באמצעות הכרטיסיה הנפתחת של הצבע בחלונית העליונה. עכשיו, לגלול דרך כל פרוסה במוח ולבדוק כל אחד לאזורים של מתחת או גירוי יתר באזור נבדק. בקרת איכות חזותית היא שלב חיוני עבור הליך זה.

על-ידי השוואת האזורים המפולחים לסריקת T1 המקורית, באפשרותך להבטיח שהאזורים שלך יהיה באיכות גבוהה, והמסקנות שלך מדויקות ביולוגית. כדי לבצע בקרת איכות חזותית של נתוני FreeSurfer באמצעות Freeview, פתח חלון מסוף ושנה את הספריה לתיקיית הנושא המכילה את פלט FreeSurfer המעובד. לאחר מכן הקלד את הפקודה שנראתה על המסך כאן כדי להציג את אזור החומר האפור הנפחי מכוסה ב- T1. שוב, לגלול דרך כל פרוסה במוח ולבדוק אזורים של מתחת או overestimation עבור אזור המוח נבדק.

כאן, אנו רואים דוגמה של פילוח כושל המוצג בסריקת T1. יש לתכנת מחדש פילוח זה ולא לכלול אותו בניתוח אם לא ניתן לשפרו. איור זה מציג דוגמאות לביצועים של כלים שונים באונה הרקתית בסריקת T1.

דוגמאות של תיאור אזורי טוב נראים כאן, בעוד דוגמאות של תיאור אזורי לקוי, מראה שפיכה באונות הרקתיות שמאלה ויימין, מוצגים כאן. איור זה מציג דוגמאות לביצועים של כלים שונים על האונה העורפית בסריקת T1. כאן אנו רואים את סריקת T1 עם דוגמה של תיאור אזורי טוב, בעוד הנה דוגמה של תיאור אזורי גרוע, מראה לשפוך לתוך דורה המדיאלית.

כאן אנו רואים דוגמה של אזור חומר אפור שנשפך לתוך דורה, מודגש על ידי האזור הכחול. איור זה מציג דוגמה של אזור חומר אפור שלא כלל אזורים בקליפת המוח מפילוח, המוצגים בצורה הטובה ביותר בתצוגה האקסיאלית. בעת ניסיון לבצע הליך זה, חשוב לזכור לבדוק כלים שונים בנתונים שלך ולבצע בקרת איכות חזותית בסריקות התהליך.

לאחר התפתחותה, טכניקה זו סללה את הדרך לחוקרי הדמיה מוחית לחקור שינויים בנפח המוח לאורך זמן ללא צורך בבדיקות פולשניות.