Name: בידוד של חוט השדרה למבוגרים גרעינים עבור רצפי RNA חד-גרעין בנפט מקבילים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-10-12T14:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 38 s
Description: למדו פרוטוקול לבידוד גרעינים מחוט השדרה של עכברים לצורך רצף RNA חד-גרעיני. השיטה מאפשרת ניתוח פרופילי ביטוי גנים ברקמות קפואות וקשות לפירוק במערכת העצבים המרכזית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על-ידי התוכנית מגזר של NINDS (1 זיא NS003153 02), NIDCD (1 זיא DC000059 18). אנו מודים ל' Li Dobrott מודיע על תמיכתם הטכניים דיונים מועילים ו ס Kathe לסקירה של כתב היד.

כל בעלי החיים העבודה בוצעה לפי פרוטוקול שאושרו על ידי המכון הלאומי של הפרעות נוירולוגיות, שבץ טיפול בעלי חיים ועל שימוש הוועדה. מאוזן דגימות של זכר ונקבה ICR/CD-1 פראי-סוג עכברים, בין 8 ו- 12 שבועות הישן, שימשו עבור כל הניסויים. עכברים צריך להיות מטופל על פי הנחיות אכפת לי חיה המוסדית והוועדה לשימוש מקומי.
1. הכנת חומרים, מאגרי
<ol><li>להכין מאגרי כל היום השימוש ולהירגע מראש על קרח (ראה טבלה 1).<ol>
<li>אם באמצעות פירוק מכני דטרגנט, להכין מאגר פירוק דטרגנט (μL > 500 לכל דגימה), מאגר סוכרוז נמוך (> 6 מ"ל לכל דגימה), מאגר צפיפות סוכרוז (> מ"ל לכל דגימה), הפתרון resuspension (> 1 מ"ל).</li>
		<li>אם באמצעות פירוק מכני היפוטוניק, להכין את פירוק היפוטוניק מאגר (> 5 מ"ל לכל דגימה), מצגת בינוני (> 5 מ"ל לכל דגימה), מאגר סוכרוז נמוך (> 3 מ"ל לכל דגימה), מאגר צפיפות סוכרוז (> מ"ל לכל דגימה), ואת הפתרון resuspension (> 1 מ"ל).</li>
		<li>להוסיף 25 μL של dithiothreitol (DTT) 25 mL המאגר סוכרוז נמוך וμl 25 נוספת של DTT 25 מ של המאגר הדרגתי של צפיפות סוכרוז רק לפני שמתחילים את הפרוטוקול.</li>
	</ol>
</li>
	<li>לכסות את המשטח ויבתר ברדיד אלומיניום כדי למזער את הזיהום של המדגם בסיבי מגבות נייר או ספסל, מגנים יכולים להיסתם ערוצי microfluidic המשמש עבור לכידת יחיד גרעינים.</li>
	<li>תרסיס ויבתר כלים ומרחב ספסל עם פתרון טיהור RNase. בנוסף, תרסיס הפנימי של צינור מהמגן דאונס (אם משתמש דטרגנט-מכניים תא פירוק), אלון רכס צינור עם פתרון טיהור RNase. לשטוף את הצינור דאונס ו- Oak Ridge עם הנדסה גנטית, RNase ללא מים.</li>
	<li>מקררים מראש כל אוסף צינורות (50 מ ל חרוט, אלון רכס), צינורות מהמגן דאונס על קרח.</li>
	<li>אש פולנית סדרה של פיפטות פסטר (אם משתמשים היפוטוניק-מכניים תא פירוק).</li>
</ol>2. הכנה של חוט השדרה
<ol><li>אם השימוש ברקמה טרייה, המתת חסד העכבר באמצעות אינהלציה2 CO. לאחר המתת חסד, לרסס את המעיל של העכבר עם 70% אתנול כדי למזער את הזיהום שיער במדגם.</li>
	<li>לערוף את העכבר עם חדה ונטולת RNase מספריים כירורגיים. בשלב הבא, להרים בעדינות את הבטן עור עם מלקחיים, בחתך לאורכו של הגוף כדי לחשוף את האיברים הפנימיים.</li>
	<li>המעיים העכבר על ידי משיכת האברים הפנימיים מחלל הגוף באמצעות מלקחיים. אל תשתמש/י מגבות נייר כדי לנקות את האזור או להוציא איברים כמו זה עשוי להציג מזהמים. בעזרת מספריים, חותכים את עמוד השדרה בין החוליות בעמוד השדרה L2 ו- L3. הערה: עם בפועל, שלב זה יכולה להיות מושגת תוך פחות מ- 30 שניות.<ol>
<li>כדי להוציא חוט השדרה, להתאים 3 מ"ל המזרק המכיל PBS קר כקרח עם מחט ¼ אינץ 25 גרם. מניחים את קצה המחט לתוך הסוף בעמודה השדרה סאקרל. השתמש בשתי אצבעות כדי לצבוט החוליות כדי ליצור חותם צר סביב קצה המחט, לחץ למטה על הבוכנה כדי להוציא חוט השדרה rostrally. מקום חוט השדרה בצלוחית עם PBS קר כקרח.</li>
		<li>בשלב זה, הקפאת הרקמה לאחסן ב-80 מעלות צלזיוס או לשימוש מיד חומר ניקוי מכני (שלב 3) או היפוטוניק-מכניים (שלב 4) פירוק.</li>
	</ol>
</li>
	<li>אם השימוש ברקמה קפוא, לשמור על הרקמה על קרח יבש, להמשיך דטרגנט-מכניים (שלב 3) או היפוטוניק-מכניים (שלב 4) פירוק.</li>
</ol>3. חומרי ניקוי מכני תא פירוק
<ol><li>למקם את חוט השדרה המותני מהמגן דאונס טרום מקורר ולהוסיף 500 מ"ל טרום מקורר מאגר פירוק דטרגנט. הערה: חוט השדרה המותני העכבר הוא 325.5 mg ± 63.9 mg שגיאת התקן של הממוצע (SEM, N = 4). 50 מ"ג – 1.5 גרם רקמה ניתן להשתמש בהצלחה.</li>
	<li>דאונס עם 5 קווים של שהעקב (כבעלי "חופשי"), ואז 5-10 קווים של שהעקב B ('חזק' במכתש ועלי). להימנע הרמת את מהמגן הפתרון פירוק בין קווים ולהימנע היכרות עם בועות.</li>
	<li>מניחים מסננת 40 מ מ צינור חרוטי טרום מקורר 50 מ ל, prewet עם 1 מ"ל סוכרוז נמוכה המאגר.</li>
	<li>להוסיף 1 מ"ל סוכרוז נמוכה המאגר מהמגן דאונס המכיל גרעינים גולמי במאגר של פירוק ומערבבים בעדינות על ידי pipetting 2 – 3 פעמים.</li>
	<li>לעבור את ההכנות גרעינים גסה מעל מסננת 40 מ מ לתוך הצינור חרוט טרום מקורר 50 מ.</li>
	<li>מאגר סוכרוז נמוך נוספים 1 מ"ל להעביר את מסננת 40 מ מ, להביא את עוצמת הקול הסופי 3 מ"ל של המאגר סוכרוז נמוך ו- 500 מ"ל של המאגר פירוק.</li>
	<li>חזור על שלבים 3.1-3.6 אם שילוב של מיתרי מרובים, איגוד בצינור חרוט אותו.</li>
	<li>Centrifuge הדגימה ב 3200 g x 10 דקות ב 4 º C. לאחר צנטריפוגה תושלם, decant את תגובת שיקוע. המשך לשלב 5.</li>
</ol>4. היפוטוניק-מכניים תא פירוק
<ol><li>מקום חוט השדרה המותני 5 מ של המאגר פירוק היפוטוניק בקערה תרביות רקמה. השתמש הצד הקהה של מעיין מספריים קטיעות חוט השדרה, ולאחר מכן להשתמש במספריים האביב ולחתוך את החוט לחתיכות 3 – 4 מ מ, אך לא ברר. הערה: 50 מ ג g – 1.5 של רקמות ניתן להשתמש בהצלחה.</li>
	<li>דגירה על הקרח למשך 15 דקות, מתערבל 2 – 3 פעמים.</li>
	<li>הוסף 5 מ של מצגת בינוני כדי לדלל את המאגר פירוק היפוטוניק.</li>
	<li>Triturate הרקמה 10 פעמים עם פיפטה סרולוגית של 5 מ"ל, או עד כל החלקים של הרקמה לזוז בצורה חלקה דרך הפתח של פיפטה.</li>
	<li>Triturate עם סדרה של שלושה מלוטשים אש פסטר פיפטות עם קטרים בהדרגה צר יותר (~ 900-600 מ מ).<ol>
<li>עבור כל פיפטה, triturate 5 - 15 פעמים, לאפשר רקמות כדי ליישב, להסיר 1 – 2 מ"ל של תגובת שיקוע המכיל גרעינים הפומבית, לעבור מעל מסננת 40 מ מ לתוך צינור חרוטי טרום מקורר 50 מ ל.</li>
		<li>לאחר trituration עם פיפטה פסטר בגודל הקטן ביותר, ודא כי homogenate זורם בצורה חלקה דרך הקצה פיפטה. לעבור את הפתרון הנותרים מעל מסננת 40 מ מ לתוך הצינור חרוט 50 מ. הערה: המספר הכולל של triturations ניתן לכוונן לפי הצורך. קרומי המוח של חוט השדרה העכבר יישאר, אבל חשוב triturate כל החתיכות גלוי של חוט השדרה. לעבור את homogenate הנותרים מעל מסננת 40 מ'. להימנע מהחדרה בועות במהלך trituration.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Centrifuge המדגם המסוננות ב 1000 g x 10 דקות ב 4 º C. לאחר צנטריפוגה תושלם, decant ולמחוק את תגובת שיקוע. המשך לשלב 5.</li>
</ol>5. המגון ומילוי הדרגתי צפיפות סוכרוז
<ol><li>לאחר שלב 3 או 4, resuspend בגדר שימוש 3 מ"ל של סוכרוז נמוכה המאגר. מערבולת בעדינות כדי להסיר את צניפה מהקיר כדי להקל את resuspension. תן את הדגימה לשבת על קרח למשך 2 דקות, להעביר את המתלים שפופרת אוק רידג.</li>
	<li>באמצעות את מהמגן-setting 1, homogenize הגרעינים במאגר סוכרוז נמוך עבור s 15-30, שמירה על המדגם על קרח. הערה: שימוש 15 s אם משתמש אחד השדרה המותני או 30 s אם משתמש איחדו דוגמאות או של חוט השדרה כולו.</li>
	<li>באמצעות פיפטה סרולוגית, שכבה מ"ל של צפיפות מאגר סוכרוז מתחת homogenate מאגר סוכרוז נמוך, מטפל לא ליצירת בועה זה משבש את השכבות צפיפות.</li>
	<li>Centrifuge הצינורות-3,200 g x עבור 20 דקות ב 4 º C.</li>
	<li>לאחר צנטריפוגה תושלם, מיד decant את תגובת שיקוע בתנועה יתנגש. הערה: נפח שיורית (פחות מ- 400 מ"ל) של סוכרוז מאגר יכול להיות מושלך במידת הצורך לייצר על עוצמה נמוכה יותר, לניקוי סופי מדגם, אך נפח שיורית זה מכילים גרעינים, יכול להישמר כדי למקסם את התשואה גרעינים.</li>
	<li>באמצעות 100 מ ל- 1 מ של פתרון resuspension, resuspend גרעינים שנותרו על הקיר. הימנע מיאלין 'זועף' הנשאר הכנה המבוסס על חומרי ניקוי.</li>
	<li>לסנן את הגרעינים דרך מסננת גודל הנקבוביות 30 – 35 מ מ ולאסוף בשפופרת מראש צוננת.</li>
	<li>לקבוע הגרעינים תשואות באמצעות hemocytometer לספור גרעינים תחת מטרה X 10. הערה: ניתן להוסיף Trypan blue להמחיש גרעינים, אשר אמור להופיע כחול. הערה את כמות פסולת הסלולר.</li>
	<li>המשך לשלב 6 או 7.</li>
</ol>6. בנפט מקבילי snRNA-רצף: פלטפורמה אקדמי7
<ol><li>לבצע רצף מקביל בנפט snRNA (למשל, ירידה-Seq) השיטה כאמור תיאר7 עם השינויים הבאים:4<ol>
<li>להתאים את הגרעינים כדי ריכוז סופי של גרעינים 225 לכל mL.</li>
		<li>להכין חרוזים לבר-קוד-ריכוז של 250 חרוזים לכל mL.</li>
		<li>הכנת המאגר פירוק עם sarkosyl כ- 0.7%.</li>
		<li>להתאים את שיעור זרימת 35 מ לכל מין חרוזים, 35 מ לכל מין עבור גרעינים של 200 מ לכל מין שמן.</li>
	</ol>
</li>
</ol>7. בנפט מקבילי snRNA-רצף: פלטפורמת מסחר26
<ol><li>לבצע במקביל בנפט snRNA-רצף באמצעות פלטפורמת מסחר (למשל, פתרון ביטוי של גנים תא של כרום יחידה) מוצרים על פי הוראות היצרן26 עם השינוי הבא:<ol>
<li>בעקבות הפוכה-שעתוק, להוסיף מחזור נוסף של ה-PCR מספר מחזורי עבור הגברה cDNA בהתבסס על התאוששות תא יישוב כדי לפצות על cDNA ירד מן הגרעינים לעומת תאים מחושבים.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol><li>Hrvatin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+of+experience-dependent+transcriptomic+states+in+the+mouse+visual+cortex%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis of experience-dependent transcriptomic states in the mouse visual cortex.</a> Nature Neuroscience. 21 (1), 120-129 (2018).</li>
<li>Hu, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+Cell-Type+Composition+and+Activity-Dependent+Transcriptional+State+in+Mammalian+Brains+by+Massively+Parallel+Single-Nucleus+RNA-Seq%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq.</a> Molecular Cell. 68 (5), 1006-1015 (2017).</li>
<li>Wu, Y. E., Pan, L., Zuo, Y., Li, X., Hong, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detecting+Activated+Cell+Populations+Using+Single-Cell+RNA-Seq%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Detecting Activated Cell Populations Using Single-Cell RNA-Seq.</a> Neuron. 96 (2), 313-329 (2017).</li>
<li>Sathyamurthy, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Massively+Parallel+Single+Nucleus+Transcriptional+Profiling+Defines+Spinal+Cord+Neurons+and+Their+Activity+during+Behavior%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Massively Parallel Single Nucleus Transcriptional Profiling Defines Spinal Cord Neurons and Their Activity during Behavior.</a> Cell Reports. 22 (8), 2216-2225 (2018).</li>
<li>Tang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mRNA-Seq+whole-transcriptome+analysis+of+a+single+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">mRNA-Seq whole-transcriptome analysis of a single cell.</a> Nature Methods. 6 (5), 377-382 (2009).</li>
<li>Campbell, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+census+of+arcuate+hypothalamus+and+median+eminence+cell+types%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">A molecular census of arcuate hypothalamus and median eminence cell types.</a> Nature Neuroscience. 20 (3), 484-496 (2017).</li>
<li>Macosko, E. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+Parallel+Genome-wide+Expression+Profiling+of+Individual+Cells+Using+Nanoliter+Droplets%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets.</a> Cell. 161 (5), 1202-1214 (2015).</li>
<li>Chen, R., Wu, X., Jiang, L., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Cell+RNA-Seq+Reveals+Hypothalamic+Cell+Diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Single-Cell RNA-Seq Reveals Hypothalamic Cell Diversity.</a> Cell Reports. 18 (13), 3227-3241 (2017).</li>
<li>Jaitin, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Massively+parallel+single-cell+RNA-seq+for+marker-free+decomposition+of+tissues+into+cell+types%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Massively parallel single-cell RNA-seq for marker-free decomposition of tissues into cell types.</a> Science. 343 (6172), 776-779 (2014).</li>
<li>Li, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Somatosensory+neuron+types+identified+by+high-coverage+single-cell+RNA-sequencing+and+functional+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Research%22%5BJournal%5D)">Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity.</a> Cell Research. 26 (8), 967(2016).</li>
<li>Shin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Cell+RNA-Seq+with+Waterfall+Reveals+Molecular+Cascades+underlying+Adult+Neurogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Single-Cell RNA-Seq with Waterfall Reveals Molecular Cascades underlying Adult Neurogenesis.</a> Cell Stem Cell. 17 (3), 360-372 (2015).</li>
<li>Tasic, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adult+mouse+cortical+cell+taxonomy+revealed+by+single+cell+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics.</a> Nature Neuroscience. 19 (2), 335-346 (2016).</li>
<li>Usoskin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unbiased+classification+of+sensory+neuron+types+by+large-scale+single-cell+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Unbiased classification of sensory neuron types by large-scale single-cell RNA sequencing.</a> Nature Neuroscience. 18 (1), 145-153 (2015).</li>
<li>Villani, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+new+types+of+human+blood+dendritic+cells%2C+monocytes%2C+and+progenitors%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors.</a> Science. 356 (6335), (2017).</li>
<li>Zeisel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brain+structure.+Cell+types+in+the+mouse+cortex+and+hippocampus+revealed+by+single-cell+RNA-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq.</a> Science. 347 (6226), 1138-1142 (2015).</li>
<li>Lacar, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+RNA-seq+of+single+neurons+reveals+molecular+signatures+of+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Nuclear RNA-seq of single neurons reveals molecular signatures of activation.</a> Nature Communications. 7, 11022(2016).</li>
<li>Lake, B. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuronal+subtypes+and+diversity+revealed+by+single-nucleus+RNA+sequencing+of+the+human+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Neuronal subtypes and diversity revealed by single-nucleus RNA sequencing of the human brain.</a> Science. 352 (6293), 1586-1590 (2016).</li>
<li>Grindberg, R. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.pnas.org/content/110/49/19802.short">RNA-sequencing from single nuclei.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (49), 19802-19807 (2013).</li>
<li>Krishnaswami, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+single+nuclei+for+RNA-seq+to+capture+the+transcriptome+of+postmortem+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Using single nuclei for RNA-seq to capture the transcriptome of postmortem neurons.</a> Nature Protocols. 11 (3), 499-524 (2016).</li>
<li>Matevossian, A., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuronal+nuclei+isolation+from+human+postmortem+brain+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Neuronal nuclei isolation from human postmortem brain tissue.</a> Journal of Visualized Experiments. (20), (2008).</li>
<li>Bergmann, O., Jovinge, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+cardiomyocyte+nuclei+from+post-mortem+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Isolation of cardiomyocyte nuclei from post-mortem tissue.</a> Journal of Visualized Experiments. (65), (2012).</li>
<li>Nohara, K., Chen, Z., Yoo, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Filtration-based+Method+of+Preparing+High-quality+Nuclei+from+Cross-linked+Skeletal+Muscle+for+Chromatin+Immunoprecipitation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">A Filtration-based Method of Preparing High-quality Nuclei from Cross-linked Skeletal Muscle for Chromatin Immunoprecipitation.</a> Journal of Visualized Experiments. (125), (2017).</li>
<li>Halder, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation+changes+in+plasticity+genes+accompany+the+formation+and+maintenance+of+memory%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">DNA methylation changes in plasticity genes accompany the formation and maintenance of memory.</a> Nature Neuroscience. 19 (1), 102-110 (2016).</li>
<li>Habib, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Massively+parallel+single-nucleus+RNA-seq+with+DroNc-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq.</a> Nature Methods. 14 (10), 955-958 (2017).</li>
<li>10X Genomics. Sample Preparation Demonstrated Protocols: Isolation of Nuclei for Single Cell RNA Sequencing. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/sample-prep/doc/demonstrated-protocol-isolation-of-nuclei-for-single-cell-rna-sequencing">https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/sample-prep/doc/demonstrated-protocol-isolation-of-nuclei-for-single-cell-rna-sequencing</a> (2018).</li>
<li>10X Genomics. <a target="_blank" href="https://www.salk.edu/wp-content/uploads/2017/11/10XUserGuide.pdf">Single Cell 3' Reagent Kits v2 User Guide</a>. , (2018).</li>
<li>Fu, Y., Rusznak, Z., Herculano-Houzel, S., Watson, C., Paxinos, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+composition+characterizing+postnatal+development+and+maturation+of+the+mouse+brain+and+spinal+cord%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Structure+and+Function%22%5BJournal%5D)">Cellular composition characterizing postnatal development and maturation of the mouse brain and spinal cord.</a> Brain Structure and Function. 218 (5), 1337-1354 (2013).</li>
<li>Lake, B. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparative+strategy+for+single-nucleus+and+single-cell+transcriptomes+confirms+accuracy+in+predicted+cell-type+expression+from+nuclear+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">A comparative strategy for single-nucleus and single-cell transcriptomes confirms accuracy in predicted cell-type expression from nuclear RNA.</a> Scientific Reports. 7 (1), 6031(2017).</li>
<li>Bakken, T. E. <a target="_blank" href="https://www.biorxiv.org/content/early/2017/12/25/239749">Equivalent high-resolution identification of neuronal cell types with single-nucleus and single-cell RNA-sequencing.</a> bioRxiv. , (2018).</li>
<li>Habib, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Div-Seq%3A+Single-nucleus+RNA-Seq+reveals+dynamics+of+rare+adult+newborn+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons.</a> Science. 353 (6302), 925-928 (2016).</li>
</ol>

. יש לנו שאין ניגודי אינטרסים לחשוף...

המטרה הסופית של פרוטוקול זה נועד לבודד גרעין המכיל באיכות גבוהה RNA לניתוח תעתיק במורד הזרם. התאמנו snRNA-Seq שיטות על מנת פרופיל כל סוגי תאים בחוט השדרה. בתחילה, מצאנו כי תא אופייני דיסוציאציה שיטות היו יעילים עבור תא בודד RNA רצף, כמו חוט השדרה נוירונים פגיעים במיוחד מוות של תאים. יתר על כן, תא דיסוציאציה שיטות לגרום ביטוי של גנים שונים פעילות, מתח-תגובה מאת עד כמה hundred-fold. 3 , 4 , 16 לאור החסרונות הקשורים עם ההכנות תא בו...

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/video/58413/isolation-adult-spinal-cord-nuclei-for-massively-parallel-single">Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing</a>. The Protocol section was updated.
Step 3.1 was updated from:
Place the lumbar spinal cord in a pre-chilled Dounce homogenizer and add 500 mL pre-chilled detergent lysis buffer.
to:
Place the lumbar spinal cord in a pre-chilled Dounce homogenizer and add 500 &#956;L pre-chilled detergent lysis buffer.
Step 3.6 was updated from:
Pass an additional 1 mL low sucrose buffer over the 40 mm strainer, bringing the final volume to 3 mL of the low sucrose buffer and 500 mL of the lysis buffer.
to:
Pass an additional 1 mL low sucrose buffer over the 40 mm strainer, bringing the final volume to 3 mL of the low sucrose buffer and 500 &#956;L of the lysis buffer.
Step 5.5 was updated from:
Once the centrifugation is complete, immediately decant the supernatant in a flicking motion. 
NOTE: A residual volume (less than 400 mL) of sucrose buffer can be discarded if desired to produce a lower volume and cleaner final sample, but this residual volume does contain nuclei and can be preserved to maximize nuclei yield
to:
Once the centrifugation is complete, immediately decant the supernatant in a flicking motion. 
NOTE: A residual volume (less than 400 &#956;L) of sucrose buffer can be discarded if desired to produce a lower volume and cleaner final sample, but this residual volume does contain nuclei and can be preserved to maximize nuclei yield
Step 5.6 was updated from:
Using 100 mL - 1 mL of resuspension solution, resuspend the nuclei remaining on the wall. Avoid the myelin &#8216;frown&#8217; that remains with the detergent-based preparation.
to:
Using 100 &#956;L - 1 mL of resuspension solution, resuspend the nuclei remaining on the wall. Avoid the myelin &#8216;frown&#8217; that remains with the detergent-based preparation.
Steps 6.1.1 - 6.1.4 were&#160;updated from:
<ol>
	<li>Adjust nuclei to a final concentration of 225 nuclei per mL.</li>
	<li>Prepare barcoded beads at a concentration of 250 beads per mL.</li>
	<li>Prepare the lysis buffer with 0.7% sarkosyl.</li>
	<li>Adjust the flow rates to 35 mL per min for beads, 35 mL per min for nuclei, and 200 mL per min for oil.</li>
</ol>
to:
<ol>
	<li>Adjust nuclei to a final concentration of 225 nuclei per &#956;L.</li>
	<li>Prepare barcoded beads at a concentration of 250 beads per &#956;L.</li>
	<li>Prepare the lysis buffer with 0.7% sarkosyl.</li>
	<li>Adjust the flow rates to 35 &#956;L per min for beads, 35 &#956;L per min for nuclei, and 200 &#956;L per min for oil.</li>
</ol>

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/video/58413/isolation-adult-spinal-cord-nuclei-for-massively-parallel-single">Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing</a>. The Protocol section was updated.

Erratum: Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing

מערכת העצבים מורכבת heterogenous קבוצות של תאים המציגים מערך מגוון של מאפיינים מורפולוגיים, ביוכימי, אלקטרופיזיולוגיות. בעוד רצף ה-RNA בצובר כבר שימושי לקביעת רקמות שינויים בביטוי הגנים בתנאים שונים, זה מונע זיהוי שינויים תעתיק ברמת תא בודד. התפתחויות אחרונות בניתוח גנים ברמת השעתוק בתא יחיד אפשרו את הסיווג של תאים heterogenous לקבוצות פונקציונליות בהתאם שלהם רפרטואר מולקולרית, אפילו ניתן למנף כדי לזהות קבוצות של נוירונים שהיו פעילים לאחרונה. 1 , 2 , 3 , 4 בעשר השנים האחרונות, הפיתוח של RNA לתא בודד רצף (scRNA-Seq) אפשרה המחקר של ביטוי גנים בתאים בודדים, ומספק תצוגה לתוך התא-סוג גיוון. 5
הופעתה של גישות מדרגי כגון scRNA-Seq בנפט מקבילים, סיפקה פלטפורמות לרקמות הטרוגנית רצף, כולל אזורים רבים של מערכת העצבים המרכזית. 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 . עם זאת, תא בודד דיסוציאציה שיטות יכול להוביל מות תאים, כמו גם ניסיוני שינויים בביטוי הגנים. 16 עבודה יש להתאים לתא בודד שיטות עריכה ברצף כדי לאפשר שימור פרופילים תעתיק אנדוגני. 1 , 3 , 4 , 17 , 18 , 19 אסטרטגיות אלו היו מתאים במיוחד עבור זיהוי מיידי ביטוי גנים (הרגל) מוקדם בעקבות גירוי חושי או התנהגות. 3 , 4 בעתיד, אסטרטגיה זו יכולה לשמש גם ללמוד שינויים דינמיים ברקמות מצבי מחלה או בתגובה ללחץ. השיטות האלה, רצף יחיד הגרעין RNA (snRNA-Seq) היא גישה מבטיח שלא מצריכה בתדר מתח התא דיסוציאציה, ניתן להשתמש קשה לנתק רקמה (כגון חוט השדרה), כמו גם קפוא רקמות. 4 , 17 , 18 , 19 Adapted של שיטות קודמות של בידוד גרעינים,20,21,22,23,25 snRNA-Seq... בדרך כלל מנצל רקמות מהיר הפרעה ותא פירוק תחת בתנאי קור, צנטריפוגה, הפרדת הגרעינים מפני פסולת הסלולר. 4 הגרעינים ניתן לבודד עבור רצף הדור הבא במורד הזרם על פלטפורמות מרובות של כימוס droplet microfluidic. 4 , 7 , 24 , 25 בשיטה זו מאפשר תמונה של הפעילות תעתיק של אלפי תאים בכל רגע בזמן.
ישנן מספר אסטרטגיות עבור שחרור גרעינים מתאי לפני בידוד ורצף, כל אחת עם יתרונות וחסרונות משלהם. כאן, אנו מתארים ולהשוות בין שני פרוטוקולים כדי לאפשר בידוד של גרעינים של חוט השדרה למבוגרים עבור הזרם בנפט מקבילים snRNA-Seq: פירוק מכני דטרגנט והמסה היפוטוניק-מכניים. פירוק מכני דטרגנט מספק רקמות מלאה הפרעה תשואה הסופי גבוה יותר של גרעין האטום. היפוטוניק מכני-פירוק כולל תואר לשליטה של שיבוש רקמות, מתן הזדמנות עבור בחירת איזון בין כמות טוהר התשואה הגרעינית הסופית. גישות אלה לספק תשואה RNA דומות, שזוהו מספר גנים לכל גרעין, תא-סוג פרופיל, יכול גם לשמש גם בהצלחה snRNA-תת סעיף.

<table><tbody><tr><td>סוכרוז</td><td>Invitrogen</td><td>15503-022</td><td></td></tr><tr><td>1 M HEPES (pH = 8.0)</td><td>Gibco</td><td>15630-080</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2</td><td>Sigma Aldrich</td><td>C1016-100G</td><td></td></tr><tr><td>MgAc</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M5661-50G</td><td></td></tr><tr><td>0.5 M EDTA (pH = 8.0)</td><td>Corning</td><td>MT-46034CI</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>10197777001</td><td>הוסף DTT רגע לפני השימוש</td></tr><tr><td>Triton-X</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>מים ללא נוקלאז</td><td>Crystalgen</td><td>221-238-10</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl (pH = 7.4)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T2194</td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>59222C</td><td></td></tr><tr><td>1 M MgCl2</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M1028</td><td></td></tr><tr><td>Nonidet P40</td><td>Sigma Aldrich</td><td>74385</td><td></td></tr><tr><td>Hibernate-A</td><td>Gibco</td><td>A12475-01</td><td></td></tr><tr><td>Glutamax (100x)</td><td>Gibco</td><td>35050-061</td><td></td></tr><tr><td>B27 (50x)</td><td>Gibco</td><td>17504-044</td><td></td></tr><tr><td>1x</td><td>PBS Crystalgen</td><td>221-133-10</td><td></td></tr><tr><td>0.04% BSA</td><td>New England Biolabs</td><td>B9000S</td><td></td></tr><tr><td>0.2 U/ &mu; L מעכב RNAse</td><td>Lucigen</td><td>30281-1</td><td></td></tr><tr><td>צינור צנטריפוגה אוק רידג'</td><td>תרמו סיינטיפיק</td><td>3118-0050</td><td></td></tr><tr><td>חד פעמי כותנה סתומה בורוסיליקט-זכוכית פסטר פישר</td><td>סיינטיפיק</td><td>13-678-8B</td><td></td></tr><tr><td>רקמת זכוכית Dounce (2 מ"ל)</td> <td>Kimble</td><td>885303-002</td><td></td></tr><tr><td>עלי חיסול גדול מזכוכית</td><td>Kimble</td><td>885301-0002</td><td></td></tr><tr><td>עלי חיסול קטן מזכוכית</td><td>Kimble</td><td>885302-002</td><td></td></tr><tr><td>T 10 Basic Ultra Turrax הומוגנייזר</td><td>IKA</td><td>כלי</td> פיזור 3737001 <td></td></tr><tr><td>(S 10 N &ndash; 5G)</td> <td>IKA</td><td>3304000</td><td></td></tr><tr><td>כתם כחול טריפן (0.4%)</td> <td>Thermo Fisher Scientific</td><td>T10282</td><td></td></tr><tr><td>40 &mu; מסננת תאים m</td><td>Falcon</td><td>352340</td><td></td></tr><tr><td>MACS SmartStrainers, 30 &mu; m</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-098-458</td><td></td></tr><tr><td>צינורות חרוטיים</td><td>דנוויל סיינטיפיק</td><td>1000799</td><td></td></tr><tr><td>Sorvall Legend XTR צנטריפוגה</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>75004505</td><td></td></tr><tr><td>Fiberlite F15-6 x 100y רוטור בזווית קבועה</td><td>תרמו פישר 75003698</td><td></td><td></td>מדעי</tr><tr><td>פיפטות סטרולוגיות: 5 מ"ל, 10 מ"ל</td><td>דנוויל סיינטיפיק</td><td>P7127</td><td></td></tr><tr><td>Hemocytometer</td><td>Daigger Scientific</td><td>EF16034F</td><td></td></tr><tr><td>Chemgenes ברקוד חרוזים</td><td>Chemgenes</td><td>Macosko-2011-10</td><td></td></tr><tr><td>RNaseZap RNase Depollution Solution</td><td>Invitrogen</td><td>AM9780</td><td></td></tr><tr><td>Falcon Test Tube Tube עם מכסה מסננת תאים (35 &mu; מ)</td> <td>קורנינג</td><td>352235</td><td></td></tr><tr><td>MoFlo אסטריוס סדרן תאים</td><td>בקמן קולטר</td><td>B25982</td><td></td></tr><tr><td>כרום i7 ערכת מולטיפלקס, 96 rxns</td><td>10X גנומיקה</td><td>120262</td><td></td></tr><tr><td>כרום תא יחיד 3' ערכת חרוזי ספרייה וג'ל v2, ערכת שבב 4 rxns</td><td>10X גנומיקה</td><td>120267</td><td></td></tr><tr><td>כרום תא יחיד A, צלחת תרבית רקמות גנומיקה 16 rxns</td><td>10X גנומיקה</td><td></td><td></td></tr><tr><td>(60 מ"מ x 15 מ"מ)</td><td>353002</td><td></td> <td>קורנינג</td></tr></tbody></table>

בידוד של חוט השדרה למבוגרים גרעינים עבור רצפי rna חד-גרעין בנפט מקבילים

Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing

חיטוט ביטוי גנים של תא בודד מאפשר זיהוי סוג התא, התא המדינה. רצפי RNA בתא יחיד התפתחה כלי רב עוצמה עבור הלומדים פרופילים תעתיק של תאים, בעיקר ברקמות הטרוגנית כגון מערכת העצבים המרכזית. עם זאת, שיטות דיסוציאציה הדרושים עבור רצף תא בודד יכול להוביל שינויים ניסיוני במוות תא וביטוי גנים. יתר על כן, שיטות אלה מוגבלים בדרך כלל רקמת טריים, ובכך יגביל מחקרים על ארכיון וחומר ביו-bank. רצף יחיד הגרעין RNA (snRNA-Seq) הוא חלופה ללימודים תעתיק, נתון מדויק זה מזהה סוגי תאים, מאפשר המחקר של רקמות קפוא או קשה לנתק, ומפחית דיסוציאציה-induced תמלול. כאן, אנו מציגים את פרוטוקול תפוקה גבוהה עבור בידוד מהיר של גרעינים על הזרם snRNA-תת סעיף. שיטה זו מאפשרת בידוד של גרעינים מדגימות חוט השדרה טרי או קפוא, יכול להיות משולב עם שתי פלטפורמות כימוס droplet בנפט מקבילים.

כאן, נוכל לבצע בידוד של גרעינים חוט השדרה המותני מבוגר העכבר עבור רצפי RNA בנפט מקבילים במורד הזרם. הפרוטוקול מעורבים שלושה מרכיבים מרכזיים: רקמת הפרעה וסלולר פירוק המגון, סוכרוז צפיפות צנטריפוגה (איור 1). תוך שניות, הניב פירוק מכני דטרגנט הכנה גרעינים גולמי עם מספר גדול של גרעינים, כמו גם פסולת הסלולר ואת הרקמה (איור 2 אטבלה 2). לאחר כרבע שעה, פירוק מכני היפוטוניק הניבו הכנה גרעינים גס שהיה פחות פסולת, אבל גם פח...

כאן, אנו מציגים פרוטוקול לבודד במהירות את הגרעינים באיכות גבוהה מן הרקמה טרי או קפוא עבור רצפי RNA בנפט מקבילים במורד הזרם. אנו כוללים רקמת חומרי ניקוי-מכניים, היפוטוניק-מכניים הפרעה ותא פירוק אפשרויות, אשר שניהם יכול לשמש עבור בידוד של גרעין האטום.

בידוד של חוט השדרה למבוגרים גרעינים עבור רצפי RNA חד-גרעין בנפט מקבילים

Probing an individual cell&#39;s gene expression enables the identification of cell type and cell state. Single-cell RNA sequencing has emerged as a ...

רצף RNA חד-תאי הוא כלי רב עוצמה לחקר פרופילי שעתוק של תאים, במיוחד ברקמה הטרוגנית, כגון מערכת העצבים המרכזית. פרוטוקול זה מספק שיטה לבודד גרעינים עבור רצף RNA בגרעין יחיד. באמצעות גרעינים במקום תאים, שיטה זו יכולה להיות מיושמת על רקמות קשות לניתוק, כמו גם רקמה קפואה.יתר על כן, שיטה זו יכולה להיות מיושמת על לימוד שינויים ספציפיים לסוג התא בתאים בעקבות מחלה או פציעה. התחל הליך זה עם המתת חסד של העכבר, כמתואר בפרוטוקול הטקסט. לאחר מכן, לבצע חתך לאורך הגוף כדי לחשוף את האיברים הפנימיים.להוציא את העכבר על ידי משיכת האיברים הפנימיים מן חלל הגוף באמצעות מדפים. אין להשתמש במגבות נייר כדי לנקות את האזור או כדי להסיר איברים, שכן הדבר עלול לגרום למדבקים. בעזרת מספריים, חותכים את עמוד החוליות בין חוליות עמוד השדרה L2 ו-L3.כדי להוציא את חוט השדרה, להתאים מזרק שלושה מיליליטר המכיל PBS קר כקרח עם מחט 25 מד 1/4 אינץ '. מניחים את קצה המחט לתוך הקצה המקראלי של עמוד החוליות. השתמש בשתי אצבעות כדי לצבוט את החוליות כדי ליצור חותם הדוק סביב קצה המחט, ולחץ על הבוכנה כדי להוציא את חוט השדרה rostrally.מניחים את חוט השדרה בצלחת פטרי עם PBS קר כקרח. אם רק החלק המותני של החוט נדרש, לקצץ את החלקים sacral ובית החזה של חוט השדרה. בשלב זה, להקפיא את הרקמה ולאחסן במינוס 80 מעלות צלזיוס, או להשתמש מיד עבור תזה תא מכני דטרגנט כמתואר כאן, או תזה מכנית היפוטונית כמתואר בפרוטוקול הטקסט.כדי לקבוע תמוגה תאית מכנית דטרגנט, מניחים את חוט השדרה המותני ב homogenizer Dounce מקורר מראש ולהוסיף 500 microliters של חיץ תמוגה דטרגנט מקורר מראש. Dounce עם חמש משיכות של העלי רופף, A, ולאחר מכן חמש עד 10 משיכות של העלי הדוק, B. הימנע להרים את homogenizer מחוץ ת פתרון תמוגה בין משיכות, ולהימנע החדרת בועות. עכשיו, מניחים מסננת 40 מיקרון מעל צינור חרוט 50 מיליליטר מקורר מראש ורטוב מראש עם מיליליטר אחד של חיץ סוכרוז נמוך.מוסיפים מיליליטר אחד של מאגר סוכרוז נמוך להומוגניזר Dounce המכיל את הגרעינים הגולמיים במאגר התמוגה, ומערבבים בעדינות על ידי צינורות פעמיים עד שלוש פעמים. מעבירים את הכנת הגרעינים הגולמיים מעל מסננת ה-40 מיקרון, לצינור חרוט 50 מיליליטר מקורר מראש. להעביר מאגר סוכרוז נמוך מיליליטר נוסף מעל מסננת 40 מיקרון, להביא את הנפח הסופי לשלושה מיליליטר של חיץ סוכרוז נמוך ו 500 microliters של מאגר תיזה.חזור על שלבים אלה אם שילוב מיתרים מרובים, קירור באותו צינור חרוט. לאחר מכן, צנטריפוגה המדגם ב 3200 פעמים G במשך 10 דקות בארבע מעלות צלזיוס. ברגע שהצנטריפוגה תושלם, תנקה את העל-טבעי.אנחנו להשעות את הצבעים באמצעות שלושה מיליליטר של חיץ סוכרוז נמוך. בעדינות מערבולת כדי להסיר את גלולה מהקיר כדי להקל על ההתכוונות. לאחר שנתנו לדגימה לשבת על קרח במשך שתי דקות, מעבירים את ההשעיה לצינור אוק רידג'.באמצעות homogenizer בהגדרה אחת, הומוגניזציה הגרעינים במאגר סוכרוז נמוך במשך 15 עד 30 שניות, שמירה על המדגם על קרח. לאחר מכן, השתמש פיפטה סרולוגית לשכבה 12.5 מיליליטר של חיץ סוכרוז צפיפות, מתחת הומוגנטי מאגר סוכרוז נמוך, דואג לא ליצור בועה שמשבשת את שכבות הצפיפות. צנטריפוגה הצינורות ב 3200 פעמים G, במשך 20 דקות בארבע מעלות צלזיוס.לאחר שהצנטריפוגה הושלמה, מיד תנקה את העל-טבעי בתנועה מהבהבת. בעת ניסיון הליך זה, חשוב לזכור להסיר באופן מיידי את צינור אוק רידג' מהצנטריפוגה, ולפענח במהירות את העל-טבעי. באמצעות 100 מיקרוליטרים למיליליטר אחד של פתרון ההתפלה מחדש, אנו משהים את הגרעינים שנותרו על הקיר.הימנעו מהזעף שנותר עם ההכנה המבוססת על חומר ניקוי. כישלון לעשות צעדים אלה במהירות יכול לגרום להכנת גרעינים עם פסולת הסלולר עודף, או מיאלין, אשר יכול לעכב במורד הזרם רצף RNA גרעין יחיד. מסננים את הגרעינים דרך מסננת בגודל נקבוביות של 30 עד 35 מיקרון ואוסף בצינור מקורר מראש.לקבוע את תפוקת הגרעינים, באמצעות hemocytometer לספור גרעינים תחת מטרה 10 x, לפני שתמשיך רצף RNA גרעין יחיד, כמתואר בפרוטוקול הטקסט. שדה בהיר ותמונות epifluorescent של גרעינים, מבודד באמצעות פרוטוקול תמיסת מכני דטרגנט, מוצגים ב 10 x. גרעינים אלה מבודדים באופן לא משוחד, ומאפשרים חקר פרופילי ביטוי גנים אנדוגניים ברמה של תא בודד.מוצג כאן, הוא העלילה tSNE נציג של רצף RNA גרעין יחיד, מתוך חוט השדרה המותני העכבר, באמצעות פלטפורמת אנקפסולציה טיפה מקבילה מאסיבית. גרעינים מבודדים מרקמה טרייה או קפואה יכולים לשמש לתהווים בפלטפורמות מסחריות ואקדמיות. טכניקה זו מאפשרת לחוקרים לחקור פרופילי שעתוק ברמת התא הבודד, תוך שימוש ברקמות קשות לניתוק, כגון חוט השדרה, או אפילו רקמה קפואה, כגון חומר ביו-בנקאי.בעת ניסיון הליך זה, חשוב להפחית את משך הזמן בין המתת חסד תותבת הסלולר. יתר על כן, חשוב למזער בועות שהוכנסו לפתרונות מתזה סלולרית להתחדשות, ולקנות גרעיני חיות מחמד בזהירות. לאחר הליך זה, ניתן להשתמש בגרעין עבור יישומים חלופיים, כגון מיון facs, כדי לבודד סוגי תאים ספציפיים.

isolation-adult-spinal-cord-nuclei-for-massively-parallel-single

Research

JoVE Journal

Neuroscience

מדעי המוח

אנו מספקים פרוטוקול עבור בידוד של מיקרוגלייה מאזורים בגזור שונים של המוח העכבר באמצע המחצית, ואחריו הכנה חצי אוטומטי הספריה לרצף העמוק של RNA תא בודד של טרנססקריפט באורך מלא. שיטה זו תסייע להבהיר טרוגניות תפקודית של מיקרוגלייה בריאות ומחלות.

בידוד של אזור-מיקרוגליה ספציפי מתוך חצי הכדור השני של המוח העכבר עבור רצפי RNA של תא יחיד בודד

פרסום זה מתאר פרוטוקול לבידוד של גרעינים מאדיפוציטים בוגרים, טיהור על-ידי מיון המופעל באמצעות קרינה פלואורסצנטית ורמת תא בודדת מופעלת.

בידוד של שאדיפוז של גרעיני הרקמה עבור יישומים גנומית של תא יחיד

בידוד גרעיני בודד מסתמך על חדירות הדיסוציאציה וחומרי הניקוי המבוססים על קרום התא, צעדים הזקוקים לאופטימיזציה ונוטים להציג חפצים טכניים. אנו מדגימים כביסה ופרוטוקול ללא אנזים לבידוד מהיר של גרעינים שלמים ישירות מרקמות שלמות, מניב גרעינים מתאים לגרעין בודד RNA-seq (snRNA-Seq) או ATAC-seq.

גרעיני בידוד מרקמות שלמות באמצעות ניקוי ושיטה נטולת אנזימים

הטרוגניות תוך-גידולית היא תכונה אינהרנטית של גידולים, כולל גליומות. פיתחנו פרוטוקול פשוט ויעיל המשתמש בשילוב של חוצצים וצנטריפוגה הדרגתית כדי לבודד גרעינים בודדים מרקמות גליומה קפואות טריות למחקרי רצף גרעין יחיד ו- ATAC.

בידוד גרעינים מגידולים טריים במוח קפוא ל-RNA-seq חד-גרעיני ו-ATAC-seq

כאן אנו מציגים פרוטוקול לבידוד גרעינים איכותיים מכליות עכבר קפואות המשפרים את ייצוג סוגי תאי הכליה המדולריים ומונעים את ביטוי הגנים מדיסוציאציה אנזימטית של רקמות.

בידוד גרעינים מכליה של עכבר בוגר לריצוף RNA של גרעין יחיד

פרוטוקול זה מתאר את ההכנה המפורטת של דגימות בעלות קלט נמוך לריצוף גרעין יחיד, כולל כריתה של צוואר הרחם העליון של העכבר וגרעיני סטלאט, דיסוציאציה של תאים, שימור בהקפאה, בידוד גרעין וברקוד האשטאגים.

בידוד גרעין בעל קלט נמוך וריבוב עם נוגדנים ברקודים של גרעינים סימפתטיים של עכברים לריצוף RNA של גרעין יחיד

כאן אנו מציגים פרוטוקול לבידוד גרעינים מרקמות כבד מוקפאות בהבזק, בארכיון עבור RNA-seq, ATAC-seq ומולטיומיקה של מפרקים (RNA-seq ו-ATAC-seq).

בידוד גרעינים מרקמת כבד קפואה עבור מולטיומיה חד-תאית

כאן אנו מציגים פרוטוקול המתאר הכנת גרעיני תאים. לאחר מיקרודיסקציה ודיסוציאציה אנזימטית של רקמת הלב לתאים בודדים, תאי האב הוקפאו, ולאחר מכן בידוד של תאים טהורים בני קיימא, ששימשו לריצוף RNA של גרעין יחיד ובדיקת גרעין יחיד לכרומטין נגיש לטרנספוזאז עם ניתוחי ריצוף בתפוקה גבוהה.

בידוד גרעינים מתאי אב לבביים של עכברים עבור אפיגנום ופרופיל ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד

המחקר מתאר פרוטוקול פשוט, מהיר ואוטומטי חלקית לבידוד גרעינים איכותיים מרקמות יונקים קפואים לצורך ריצוף RNA של גרעינים בודדים במורד הזרם.

פרוטוקול פשוט, מהיר ואוטומטי חלקית לבידוד גרעינים בודדים מרקמות יונקים קפואים לצורך ריצוף גרעין יחיד

הפרוטוקול מספק גישה אמינה ואופטימלית לבידוד גרעינים מדגימות גידולים מוצקים לצורך ריצוף מולטיומי באמצעות פלטפורמת 10x Genomics, כולל המלצות לתנאי דיסוציאציה של רקמות, שימור בהקפאה של תרחיפים חד-תאיים והערכה של גרעינים מבודדים.

בידוד גרעינים אופטימלי מדגימות גידול מוצק טרי וקפוא לריצוף מולטיומי

הביולוגיה של רקמת השומן הבין-שרירית (IMAT) לא נחקרה במידה רבה בשל הנגישות המוגבלת של רקמת האדם. כאן, אנו מציגים פרוטוקול מפורט לבידוד גרעינים והכנת ספרייה של IMAT אנושי קפוא לריצוף RNA של גרעינים בודדים כדי לזהות את ההרכב התאי של מחסן שומן ייחודי זה.

בידוד גרעינים מרקמת שומן בין-שרירית אנושית וריצוף RNA חד-גרעיני במורד הזרם

למדו פרוטוקול לבידוד גרעינים מחוט השדרה של עכברים לצורך רצף RNA חד-גרעיני. השיטה מאפשרת ניתוח פרופילי ביטוי גנים ברקמות קפואות וקשות לפירוק במערכת העצבים המרכזית.

בידוד של חוט השדרה למבוגרים גרעינים עבור רצפי RNA חד-גרעין בנפט מקבילים

גלה סרטונים נוספים