באמצעות מקור פתוח MALDI תוף-MS IDBac הניתוח של חלבון מיקרוביאלית ונתונים מיוחדים מטבוליט

IDBac זוגות נתוני מפרט מסה מחלבון ואזורי מטבוליט מיוחדים של מבודדים חיידקיים לא ידועים כדי להפלות במהירות בין מבודדים המבוססים הן על זהותם והן על תפקודם הסביבתי הפוטנציאלי. תוכנת המקור המשרדית שלנו מרחיבה את התועלת של אסטרטגיות זיהוי מיקרוביאליות מבוססות MALDI TOF קיימות. הרחבה זו כוללת ניתוח של חילוף חומרים מיוחד כדרך נוספת להבדיל בין מושבות עם פנוטיפים דומים.

אתגר מרכזי באפיון מיקרואורגניזמים לא ידועים הוא להבחין בין מבודדים קרובים. IDBac מספק לחוקרים דרך קלה ומהירה לאפיין מבודדים באמצעות פרופיל חלבון ומולקולות קטנות. IDBac מספק השוואה חזותית של ייצור מטבוליט מיוחד בתוך מדגם חיידקי והוא יכול לספק תובנה לתוך מגוון רחב של נושאי מחקר ממחקרים אקולוגיים לגילוי עופרת סמים.

ישנן דרכים רבות שבהן ניתן לשמור נתוני MALDI בין ובין מכשירים. אם אתה מתקשה לגרום לקבצים לעבוד עם IDBac, שלח בעיה ל- GitHub של IDBac. באמצעות קיסם סטרילי, להעביר חלק קטן של מושבה חיידקית למקום המתאים על צלחת MALDI נקי.

פזרו את מושבת החיידקים באופן שווה על פני הנקודה כך שהנקודה תופיע שטוחה ככל האפשר. שכבת-על מיקרוליטר אחד של 70% חומצה פורמטית ברמת ספקטרומטריית מסה על נקודות הבקרה של הדגימה והמטריצה ומאפשרת לחומצה להתייבש במכסה המנוע של האדים הכימיים. לאחר מכן, הוסף מיקרוליטר אחד של פתרון מטריצת MALDI שהוכן בעבר לנקודות בקרת המדיה לדוגמה ולמטריצה ולאפשר אוויר יבש לחלוטין.

לאחר הגדרת ספקטרומטר המסה MALDI TOF, לרכוש את הספקטרום. שמור את ספקטרום החלבון בתיקיה אחת ואת ספקטרום המטבוליט המיוחד בתיקיה נפרדת שנייה. כדי להתחיל בהליך זה, הורד את תוכנת IDBac.

לחץ פעמיים על הלחצן install_idbac כדי ליזום את תוכנית ההתקנה. לאחר מכן לחץ פעמיים על קיצור הדרך לשולחן העבודה IDBac כדי להפעיל את IDBac שייפתח בכרטיסיה מבוא כברירת מחדל. לחץ על הכרטיסיה התחל עם נתונים גולמיים ובחר מתוך תפריט הניסוי יצירת IDBac סוג הנתונים שישמש עם IDBac.

בעת הגדרת ההמרה והעיבוד של קבצי נתונים, הזן שם תיאורי עבור הניסוי שבו התבקש ולחץ על תיקיית נתונים גולמיים ובחר את התיקיה המתאימה. לאחר מכן לחץ על נתוני תהליך. לאחר המרת הקבצים ועיבודם באמצעות IDBac, נווט אל העבודה עם דף הניסויים הקודמים ובחר ניסוי לעבוד איתו.

הוסף מידע אודות דוגמאות באמצעות התפריט לחץ כאן כדי לשנות את הניסוי שנבחר. הזן מידע לתוך הגיליון האלקטרוני עם תפוקה אוטומטית והקש שמור. כאשר מוכן להתחיל את הניתוח, ודא שהניסוי לעבוד איתו נבחר.

לאחר מכן בחרו ניתוח נתוני חלבון. בדף ניתוח נתוני החלבון, בחר את שיא הגדרות השיא והערך את ספקטרום החלבון של דגימות באמצעות חלקות המראה המוצגות. התאם את אחוז השכפולים שבהם יש להציג שיא כדי שהוא ייכלל לניתוח.

באמצעות חלקות המראה כהדרכה חזותית, התאם את האות לניתוק רעשים השומר על הפסגות המקוריות ביותר והרעש הנמוך ביותר המעיד על כך שיותר שכפולים בערך נוכחות גבוה יותר של אחוז שיא יאפשרו בחירה של אות נמוך יותר לניתוק רעשים. לאחר מכן, ציין את המסה התחתונה והעליונה לטעינה של חתכים המכתיבים את טווח ערכי המסה בתוך כל ספקטרום שישמש לניתוח נוסף על-ידי IDBac. בתוך דף ניתוח נתוני החלבון, בחר את הכרטיסייה Dendrogram כדי לאפשר קיבוץ דגימות לדנדרוגרמה בהתאם למידות המרחק שנבחרו על-ידי המשתמש ואלגוריתמי הקיבוץ באשכולות.

לחץ על בחר דוגמאות בתפריט ובצע את ההוראות כדי לבחור דוגמאות שייכללו בניתוח. רק דגימות המכילות ספקטרום חלבונים יוצגו בתוך תיבת הדגימות הזמינה. השתמש בערכי ברירת המחדל עבור אלגוריתמי המרחק והקיבוץ באשכולות ובחר את התעצמויות כקלט.

כדי להציג ערכי אתחול בדנדרוגרמה, הזן מספר בין שתיים ל- 1,000 תחת אתחול. כדי להתחיל בהתאמה אישית של הנדרוגרמה, פתחו את תפריט התאם את הדנדרוגרם. לצביעת הקווים של הנדרוגרמה, בחרו לחצו לשינוי קווים ובחרו באפשרויות הרצויות.

כדי להתוות מידע מהגיליון האלקטרוני לצד ה- dendrogram, בחר בלחצן לשלב מידע אודות דוגמאות. פעולה זו תפתח חלונית שבה קטגוריה תאכלס את עצמה בהתבסס על הערכים שהוזנו. להוספת דגימות מניסוי אחר, בחרו בלחצן התפריט להוסיף דגימות מניסוי אחר ועקבו אחר ההוראות בחלונית החדשה שנפתחה.

המשך לדף ניתוח הנתונים של מולקולות קטנות כדי לאפשר תצוגה חזותית של נתונים על-ידי ניתוח רכיבים עקרוניים ורשתות שיוך מטבוליות שמשתמשות ברשתות דו-מפלגתיות כדי להציג את המתאם של מסת מולקולה קטנה כדי לטעון ערכים עם דגימות. לחץ וגרור על הדנדרוגרמה כדי לסמן דוגמאות נבחרות של עניין שיש לנתח. אם לא הודגשו דגימות או שלא נוצרה דנדרוגרמת חלבונים, תופיע רשת שיוך מטבוליטים של תת-קבוצה אקראית או של כל הדגימות בהתאמה.

כדי להחסיר מדיית מטריצה ריקה ברשת שיוך המטבוליטים, פתח את התפריט בחר דוגמה לחסר ובחר את הדוגמה המתאימה לשימוש כריק. פתח את התפריט הצג/הסתר הגדרות MAN כדי לבחור את הערכים הרצויים עבור אחוז מנוכחות שיא ולשכפל, אות לרעש וחיתוך מסה עליון ותחתון. השתמש בחלקות מראה של מולקולה קטנה כדי להנחות את הבחירה של הגדרות אלה.

לקבלת תוצאות דיווח, העתק את הטקסט בתוך ההצעות לדיווח על פיסקת ניתוח MAN כדי לספק את ההגדרות המוגדרות על-ידי המשתמש המשמשות ליצירת רשת שיוך מטבולית שנוצרה. שישה זנים של מיקרומונוספורה chokoriensis ושני כתמים של Bacillus subtilis נותחו באמצעות נתונים בתוכנת IDBac. בעקבות הוראות התחלה עם כרטיסיית נתונים גולמיים, האפשרות לחץ כאן כדי להמיר קבצי Bruker נבחרה IDBac סיפק הוראות עבור כל ערכת נתונים.

לשלבי שיא ההמרה האוטומטיים והעיבוד מראש, נוצר ניסוי IDBac משולב על ידי העברת דגימות Bacillus ומיקרומונוספורה משני הניסויים לניסוי יחיד. הניתוח שנוצר כלל השוואת ספקטרום חלבון באמצעות חלקות מראה שהיה שימושי להערכת איכות ספקטרום והתאמת הגדרות שיא שיא. צילום מסך של תוצאות אשכולות החלבון עם הגדרות ברירת המחדל שנבחרו מוצג כאן.

הדנדרוגרם נצבע על ידי התאמת הסף על העלילה. ראוי לציין כי ההפרדה הברורה בין סוגים עם M.chokoriensis ו B.subtilis מבודד קיבוץ בנפרד. על ידי לחיצה וגרירה על פני דנדרוגרמת החלבון, ניתן היה ליצור במהירות רשתות שיוך מטבוליות כדי להשוות רק את זני B.subtilis, רק את זני M.chokoriensis, ואת כל הזנים בו זמנית.

הפונקציה העיקרית של רשתות אלה היא לספק לחוקרים סקירה רחבה של מידת החפיפה מטבוליט מיוחד בין חיידקים. בעת עבודה עם נתונים חדשים, השתמש בהתוויות המראה של IDBac כדי להבטיח שהנתונים שלך הגיוניים והספקטרום באיכות גבוהה. הערך באופן קריטי את העיצוב והתוצאות הניסיוניים שלך בכל שלב.

IDBac מאפשר לחוקרים לבנות ספריות קטנות ומגוונות של מיקרואורגניזמים להמשך חקירה. פעולה זו מפחיתה מאוד את העלויות הקשורות לספריות מיקרוביות גדולות ומיותרות באופן מסורתי. מכיוון IDBac מאפשר לך לדמיין חפיפה מטבוליט מיוחדים בתוך קבוצות פילוגנטיות דומות מאוד, זה יכול לשמש כדי ליצור שאלות מחקר השערות המקשרות שני שדות מנותקים בדרך כלל.

חומצה פורמית היא קאוסטית ויש לטפל בה ברדס אדים כימיים. מבודדים סביבתיים מסוימים עלולים להוות סכנות בריאותיות פוטנציאליות ויש להתייחס לכל הזנים כאל רמה ביו-בטיחותית 2.