ביצוע כריית נתונים ניתוח אינטגרטיבי של ביואריקר בסרטן השד באמצעות מספר מסדי נתונים נגישים בפומבי

כאן, אנו מציגים פרוטוקול לחקור את הסמן הביולוגי ואת מנבא ההישרדות של סרטן השד על בסיס ניתוח של מגוון רחב של מאגרי מידע נגישים לציבור. שיטה זו יכולה לשפר את האמינות והייצוג של המסקנות, ובכך להציג פרספקטיבה אינפורמטיבית על גן של עניין. היתרון של שיטה זו הוא שהיא מאפשרת הדמיה מהירה ופרשנות של תפקידו הפוטנציאלי של גן בסרטן השד.

יתר על כן, כל התוצאות שהושגו באמצעות הליך זה ניתן לבדוק באופן מיידי חוזר על ידי פשוט שאילתה על אתרי האינטרנט המתאימים. בחרנו סרטן השד במחקר כדי לבדוק את ההיתכנות של שיטה זו. בגלל סרטן השד היא מחלה הטרוגנית האבחנה, טיפול ופרוגנוזה של תת סוגים מולקולריים שונים של סרטן השד עשוי להשתנות.

לכן חשוב במיוחד למצוא כלי מקוון יעיל או מסד נתונים עם מידע כדי לשקף את תת סוגים שונים של סרטן השד. כדי להתחיל הליך זה עבור אל ממשק האינטרנט ONCOMINE. הקלד ID1 בתיבת החיפוש כדי לקבל את רמות הביטוי היחסיות של מזהה גנים1 בסוגים שונים של ממאירות.

בתפריט מסננים ראשיים בחר סוג ניתוח ולאחר מכן בחר סרטן לעומת ניתוח רגיל. בתפריט תצוגות אחרות בחר תצוגת סיכום גנים.

הגדר את סף ערך P ב- 0.01. הגדר את סף שינוי הקיפול ל- 2. הגדר את סף דירוג הגנים כ"הכל".

הגדר את סוג הנתונים כ'הכל'. הורד את המספרים. ראשית, עבור אל ממשק האינטרנט של כורה ביטוי הגן של BC.

בתפריט הניתוח, בחר מתאם ולאחר מכן לחץ על הלחצן ממצה. הקלד ID1 בתיבת החיפוש ולחץ על לחצן שלח ועל לחצן הפעל ניתוח. לניתוח תת-קבוצה בכורה ביטוי גנים של BC, עבור אל ממשק כורה ביטוי הגן של BC.

בתפריט הניתוח, בחר ביטוי ולחץ על הלחצן המקיף. הקלד ID1 בתיבת החיפוש ולחץ על לחצן השליחה ועל לחצן התחל ניתוח. לחץ על המצב nodal ו Scarff בלום ריצ'רדסון תמונות ממוזערות מצב כיתה כדי להציג תמונות מלאות.

בתמונות Scarff Bloom Richardson, לחץ על הכפתור שלהלן כדי לדמיין את ערכי ה- P של הדמויות. לאחר מכן, הורד את המספרים. לניתוח תת-קבוצה באמצעות תוצאה מבוססת ביטוי גנים לסרטן השד באינטרנט, עבור אל ממשק האינטרנט של GOBO.

הקלד ID1 עבור סמל הגן של עניין והעלה את ערכת הגנים. הגדר את טווח החיפוש להגדרת מזהי גנים/בדיקה לסמל גנים. הגדר הכל בבחירת הגידול ובחר מצב צומת וציון מרובד בפרמטרים multivariate.

הפריטים האחרים נשארים כברירת מחדל. עכשיו, להגיש את החקירה ולהוריד את הנתונים. לניתוח הישרדות בכורה ביטוי גנים BC, עבור אל ממשק האינטרנט של כורה ביטוי הגן BC.

בתפריט הניתוח, בחר פרוגנוסטי ולאחר מכן לחץ על הלחצן המקיף. הקלד ID1 בתיבת החיפוש ולחץ על לחצן שלח ולאחר מכן על לחצן התחל ניתוח. בניתוח הפרוגנוסטי הממצה, בחר Nm, ERm, MR בקריטריוני האוכלוסיה והאירועים ולחץ על לחצן שלח כדי לקבל מידע נוסף.

לאחר מכן לחצו על התמונות הממוזערות של עקומת קפלן-מאייר כדי לייצא את הגרפים המלאים. לניתוח הישרדות באטלס החלבון האנושי, גנו לממשק האינטרנט של אטלס החלבון האנושי. הקלד ID1 בתיבת החיפוש ולחץ על לחצן החיפוש.

לאחר מכן, בחר את תת האטלס של הפתולוגיה. לחץ על התווית לסרטן השד ודף מפורט יופיע מראה עלילה אינטראקטיבית פיזור הישרדות וניתוח הישרדות. הורד את המספרים האלה.

לניתוח הישרדות בהישרדות קפלן-מאייר תווין, עבור אל ממשק האינטרנט קפלן-מאייר תווין. באזור שבב הגן mRNA, לחץ על התחל תווין KM לסרטן השד. הקלד ID1 לתוך סרגל החיפוש ובחר את הפריט הירוק בתפריט המועמד.

לאחר מכן, בחר RFS כסוג ההישרדות וה השאר את הפריטים האחרים בהגדרות ברירת המחדל שלהם. לחץ על צייר עלילת קפלן-מאייר והורד את הדמויות. במחקר זה, תוצאה מייצגת של כריית נתונים וניתוח אינטגרטיבי של סמן ביולוגי לסרטן השד מבוצעת באמצעות ID1, אחד מבני המשפחה מחייב DNA של המעכב.

ההבדלים של ביטוי ID1 mRNA בין גידול ורקמות נורמליות מנותחים לראשונה באמצעות מסד הנתונים ONCOMINE, אשר מכיל סך של 445 ניתוחים ייחודיים. ישנם רק 5 מחקרים החושפים רמת ביטוי mRNA של ID1 כי הוא גבוה באופן משמעותי ברקמות נורמליות מאשר ברקמות סרטן השד, אשר מציין כי יש dysregulation ביטוי של ID1 בסרטן השד. כורה ביטוי הגן BC משמש לאחר מכן כדי לזהות את המתאם בין ביטוי mRNA של ID1 לבין הפרמטרים הקליניאופתולוגיים של חולי סרטן השד.

רמות mRNA של ID1 נראים להיות מוגברת באופן משמעותי בחולים בסרטן השד ללא גרורות בלוטות הלימפה בהשוואה לאלה עם גרורות בלוטות הלימפה. הניתוח ב GOBO מדגים כי רמות mRNA מוגברת של ID1 לתאם את כיתה הגידול נמוך יותר. תוצאות אלה מרמזות כי ביטוי מוגבר של ID1 קשור פוטנציאל גרורתי נמוך יותר ציון פתולוגי נמוך יותר בסרטן השד.

הניתוח מתוך מסד הנתונים כורה ביטוי גנים BC עולה כי רמות גבוהות יותר של mRNA של ID1 מתואם להישרדות רחוקה יותר ללא גרורות בחולים בסרטן השד. הניתוח של אטלס חלבון אנושי גם עולה כי רמות חלבון גבוהות של ID1 קשורה עם תוצאות הישרדות טובות יותר אצל חולי סרטן השד. ניתוח ההישרדות של מתכנן קפלן-מאייר עולה בקנה אחד עם ממצאים אלה, ומראה כי רמות גבוהות יותר של ביטוי ID1 מנבא הישרדות טובה יותר ללא הישנות אצל חולי סרטן השד.

יותר ויותר מאגרי מידע מקוונים יהיו זמינים או נגישים לחוקרים. הפרוטוקול עשוי לספק שיטה יעילה לחוקרים לזהות גנים פוטנציאליים של מטרה ומסלול איתות משויך.