Name: רצפי מוליכים למחצה עבור השרשה בדיקה גנטית עבור אנאפלואידיה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-08-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 s
Description: למדו שיטת ריצוף מוליכים למחצה לבדיקה גנטית לאנאפלואידיה בחיות שמיים. השיטה מציעה זמן תגובה קצר של 2-4 שעות, עלות נמוכה ויכולת גבוהה לסינון עוברים לפני השרשה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

מחקר זה נתמך על ידי הקרן למחקר כללי (Ref No. 14162417) מהונג קונג, הקרן הלאומית למדע הטבע של סין (Ref No. 81860272), תוכנית המחקר העיקרית של המדע המחוזי הקרן טכנולוגיה של גואנגשי (שופט לא. AB16380219), ומענק הקרן הפוסט-דוקטורט של סין (Ref No. 2018M630993) מסין.

<ol><li>Balaban, B., Urman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+oocyte+morphology+on+embryo+development+and+implantation%5BTitle%5D)+AND+%22Reproductive+BioMedicine+Online%22%5BJournal%5D)">Effect of oocyte morphology on embryo development and implantation.</a> Reproductive BioMedicine Online. 12 (5), 608-615 (2006).</li>
<li>Capalbo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correlation+between+standard+blastocyst+morphology%2C+euploidy+and+implantation%3A+An+observational+study+in+two+centers+involving+956+screened+blastocysts%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Correlation between standard blastocyst morphology, euploidy and implantation: An observational study in two centers involving 956 screened blastocysts.</a> Human Reproduction. 29 (6), 1173-1181 (2014).</li>
<li>Magli, M. C., Gianaroli, L., Ferraretti, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosomal+abnormalities+in+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Endocrinology%22%5BJournal%5D)">Chromosomal abnormalities in embryos.</a> Molecular and Cellular Endocrinology. 183, 29-34 (2001).</li>
<li>Trussler, J. L., Pickering, S. J., Ogilvie, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigation+of+chromosomal+imbalance+in+human+embryos+using+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Reproductive+BioMedicine+Online%22%5BJournal%5D)">Investigation of chromosomal imbalance in human embryos using comparative genomic hybridization.</a> Reproductive BioMedicine Online. 8 (6), 701-711 (2004).</li>
<li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytogenetic+analysis+of+human+blastocysts+with+the+use+of+FISH%2C+CGH+and+aCGH%3A+Scientific+data+and+technical+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Cytogenetic analysis of human blastocysts with the use of FISH, CGH and aCGH: Scientific data and technical evaluation.</a> Human Reproduction. 26 (2), 480-490 (2011).</li>
<li>Calhaz-Jorge, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assisted+reproductive+technology+in+Europe%2C+2013%3A+Results+generated+from+European+registers+by+ESHRE%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Assisted reproductive technology in Europe, 2013: Results generated from European registers by ESHRE.</a> Human Reproduction. 32 (10), 1957-1973 (2017).</li>
<li>Dyer, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((International+committee+for+monitoring+assisted+reproductive+technologies+world+report%3A+Assisted+reproductive+technology+2008%2C+2009+and+2010%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">International committee for monitoring assisted reproductive technologies world report: Assisted reproductive technology 2008, 2009 and 2010.</a> Human Reproduction. 31 (7), 1588-1609 (2008).</li>
<li>Dahdouh, E. M., Balayla, J., García-Velasco, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+chromosome+screening+improves+embryo+selection%3A+A+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Comprehensive chromosome screening improves embryo selection: A meta-analysis.</a> Fertility and Sterility. 104 (6), 1503-1512 (2015).</li>
<li>Chen, M., Wei, S., Hu, J., Quan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+Comprehensive+Chromosome+Screening+Technology+Improve+IVF%2FICSI+Outcomes%3F+A+Meta-Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Can Comprehensive Chromosome Screening Technology Improve IVF/ICSI Outcomes? A Meta-Analysis.</a> PloS One. 10 (10), e0140779(2015).</li>
<li>Northrop, L. E., Treff, N. R., Levy, B., Scott, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+microarray-based+24+chromosome+aneuploidy+screening+demonstrates+that+cleavage-stage+FISH+poorly+predicts+aneuploidy+in+embryos+that+develop+to+morphologically+normal+blastocysts%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">SNP microarray-based 24 chromosome aneuploidy screening demonstrates that cleavage-stage FISH poorly predicts aneuploidy in embryos that develop to morphologically normal blastocysts.</a> Molecular Human Reproduction. 16 (8), 590-600 (2010).</li>
<li>Barbash-Hazan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preimplantation+aneuploid+embryos+undergo+self-correction+in+correlation+with+their+developmental+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Preimplantation aneuploid embryos undergo self-correction in correlation with their developmental potential.</a> Fertility and Sterility. 92 (3), 890-896 (2009).</li>
<li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+cytogenetic+analysis+of+the+human+blastocyst+stage%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Comprehensive cytogenetic analysis of the human blastocyst stage.</a> Fertility and Sterility. 90 (11), S36(2008).</li>
<li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+validation+of+a+next-generation+sequencing-based+protocol+for+24-chromosome+aneuploidy+screening+of+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Development and validation of a next-generation sequencing-based protocol for 24-chromosome aneuploidy screening of embryos.</a> Fertility and Sterility. 101 (5), 1375-1382 (2014).</li>
<li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+next-generation+sequencing+technology+for+comprehensive+aneuploidy+screening+of+blastocysts+in+clinical+preimplantation+genetic+screening+cycles%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Application of next-generation sequencing technology for comprehensive aneuploidy screening of blastocysts in clinical preimplantation genetic screening cycles.</a> Human Reproduction. 29 (12), 2802-2813 (2014).</li>
<li>Wells, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+utilisation+of+a+rapid+low-pass+whole+genome+sequencing+technique+for+the+diagnosis+of+aneuploidy+in+human+embryos+prior+to+implantation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Medical+Genetics%22%5BJournal%5D)">Clinical utilisation of a rapid low-pass whole genome sequencing technique for the diagnosis of aneuploidy in human embryos prior to implantation.</a> Journal of Medical Genetics. 51 (8), 553-562 (2014).</li>
<li>Quail, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+tale+of+three+next+generation+sequencingplatforms%3A+comparison+of+Ion+Torrent%2C+PacificBiosciences+and+Illumina+MiSeq+sequencers%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">A tale of three next generation sequencingplatforms: comparison of Ion Torrent, PacificBiosciences and Illumina MiSeq sequencers.</a> BMC Genomics. 13 (1), 1-13 (2012).</li>
<li>Goodwin, S., McPherson, J. D., McCombie, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coming+of+age%3A+ten+years+of+next-generation+sequencing+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies.</a> Nature Reviews Genetics. 17 (6), 333-351 (2016).</li>
<li>Bono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+a+semiconductor+next-generation+sequencing-based+protocol+for+preimplantation+genetic+diagnosis+of+reciprocal+translocations%5BTitle%5D)+AND+%22Prenatal+Diagnosis%22%5BJournal%5D)">Validation of a semiconductor next-generation sequencing-based protocol for preimplantation genetic diagnosis of reciprocal translocations.</a> Prenatal Diagnosis. 35 (10), 938-944 (2015).</li>
<li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ESHRE+PGD+Consortium%2FEmbryology+Special+Interest+Groupbest+practice+guidelines+for+polar+body+and+embryo+biopsy+for+preimplantation+genetic+diagnosis%2Fscreening+%28PGD%2FPGS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">ESHRE PGD Consortium/Embryology Special Interest Groupbest practice guidelines for polar body and embryo biopsy for preimplantation genetic diagnosis/screening (PGD/PGS).</a> Human Reproduction. 26 (1), 41-46 (2011).</li>
<li>Liu, W. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+performance+of+MALBAC+and+MDA+methods+in+the+identification+of+concurrent+mutations+and+aneuploidy+screening+to+diagnose+beta-thalassaemia+disorders+at+the+single-+and+multiple-cell+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Laboratory+Analysis%22%5BJournal%5D)">The performance of MALBAC and MDA methods in the identification of concurrent mutations and aneuploidy screening to diagnose beta-thalassaemia disorders at the single- and multiple-cell levels.</a> Journal of Clinical Laboratory Analysis. 32 (2), 1-8 (2018).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+comparison+of+the+performance+of+four+whole+genome+amplification+kits+on+ion+proton+platform+in+copy+number+variation+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Bioscience+Reports%22%5BJournal%5D)">The comparison of the performance of four whole genome amplification kits on ion proton platform in copy number variation detection.</a> Bioscience Reports. 37 (4), BSR20170252(2017).</li>
<li>Munné, S., Grifo, J., Wells, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mosaicism%3A+%E2%80%9Csurvival+of+the+fittest%E2%80%9D+versus+%E2%80%9Cno+embryo+left+behind%E2%80%9D%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Mosaicism: “survival of the fittest” versus “no embryo left behind”.</a> Fertility and Sterility. 105 (5), 1146-1149 (2016).</li>
<li>Del Carmen Nogales, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Type+of+chromosome+abnormality+affects+embryo+morphology+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Type of chromosome abnormality affects embryo morphology dynamics.</a> Fertility and Sterility. 107 (1), 229-235 (2017).</li>
<li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ESHRE+PGD+consortium+best+practice+guidelines+for+amplification-based+PGD%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">ESHRE PGD consortium best practice guidelines for amplification-based PGD.</a> Human Reproduction. 26 (1), 33-40 (2011).</li>
<li>Deleye, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shallow+whole+genome+sequencing+is+well+suited+for+the+detection+of+chromosomal+aberrations+in+human+blastocysts%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Shallow whole genome sequencing is well suited for the detection of chromosomal aberrations in human blastocysts.</a> Fertility and Sterility. 104 (5), 1276-1285 (2015).</li>
<li>Bielanska, M., Tan, S. L., Ao, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosomal+mosaicism+throughout+human+preimplantation+development+in+vitro%3A+incidence%2C+type%2C+and+relevance+to+embryo+outcome%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Chromosomal mosaicism throughout human preimplantation development in vitro: incidence, type, and relevance to embryo outcome.</a> Human Reproduction. 17 (2), Oxford, England. 413-419 (2002).</li>
<li>Treff, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+targeted+next-generation+sequencing-based+preimplantation+genetic+diagnosis+of+monogenic+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Fertility+and+Sterility%22%5BJournal%5D)">Evaluation of targeted next-generation sequencing-based preimplantation genetic diagnosis of monogenic disease.</a> Fertility and Sterility. 99 (5), 1377-1384 (2013).</li>
</ol>

. למחברים אין מה לגלות

שונה מchemistries ברצף אחר, הרצף המתואר כאן משתמש מוליך למחצה לאיתור נוקלאוטידים. השבב עצמו הוא מכשיר אלקטרוני המזהה יוני מימן על ידי התאגדות בסיס מונחה פולימראז17, אשר מאפשר 2-4 הזמן רצף של תוכנית פרוטון. חוץ מזה, השבב הוא שבב המיקרוגל המאפשר לוקליזציה של מולקולה היעד אחד, אשר שונה הכימיה ברצף הזרימה של תא על ידי ספקי ברצף אחרים. פרוטוקול זה הוא פרוטוקול שהשתנה הממוטב ליישום PGT-A. האופטימיזציה כוללת פיצול של דנ א מוגבר על ידי השיטה אנזימטית במקום sonication כדי להפחית את הסיכוי של זיהום, כמו גם ...

בחירת עוברים קיימא באיכות טובה עם מספרי עותק רגיל של כרומוזום (אאופואיד) להעברת בסיוע רבייה עוזר לשפר את תוצאות ההריון. באופן מסורתי, מערכת הדירוג מורפולוגית היטב משמשת רבות להערכת העובר בשל זמינותו הקלה והטבע הלא פולשני. עם זאת, זה הוכח כי הערכה מורפולוגית יכול רק לספק מידע מוגבל על איכות העובר1 ו השרשה פוטנציאל2. סיבה בסיסית אחת היא חוסר יכולתה להעריך את ההרכב הרומוזומאלי של העוברים.
כרומוזומלית כרומוזום (מספר עותק לא תקין של כרומוזומים) הוא אחד הגורמים העיקריים המובילים למעצר לפיתוח עובריים, כישלון השרשה או אובדן ההריון. התרחשות התוכנית הייתה מתועדת היטב בעוברים אנושיים, הנהלת חשבונות ב-60% ל-70% בעוברי-בשלב3,4 ו-50%-60% ב-blastocysts5. זה, במידה מסוימת, תרם לצוואר הבקבוק בשיפור שיעור ההריון של הפריה חוץ גופית (IVF) הטיפול, אשר החזיק בסביבות 35%-40%6,7. לכן, בחירת עוברי אאופואיד עבור העברה הוא האמין להועיל לשיפור תוצאות ההריון. לשם כך, השרשה מראש בדיקות גנטיות עבור אנאפלואידיה (pgt-A) פותחה עוד יותר כדי לחקור את הכדאיות העובר באמצעות גישות גנטיות. ישנם מספר גדל והולך של מבחנים אקראיים מבוקרים ומחקרים קוהורטים התומכים תפקיד מכריע של PGT-A. זה הוכח כי היישום של PGT-A מקטין את שיעור ההפלה ומגביר את שיעור ההריון הקליני שיעור8, שוטף שיעור ההריון ואת שיעור הלידה בחיים9.
מבחינה היסטורית, שיטות שונות הוחלו PGT-A, כגון זריחה באתרו היברידיזציה (דג), הכלאה גנומית השוואתי (CGH), מערך-CGH, ו בודד פולימורפיזם מיקרופיזם (SNP)-microarray. מחקרים קודמים הראו כי PGT-A עבור מחשוף-שלב העוברים על ידי דגים תשואות תוצאות כי הם עקביים בצורה גרועה עם אלה המתקבלים על ידי הקרנת כרומוזומלית מקיפה (סמ ק) של blastocysts המקביל באמצעות 59273array-CGH או . Microarray5927310 ניתן לייחס אי-התאמות אלה לפסיפס כרומוזום, לפריטים טכניים של דגים, או לתיקון עצמי מתחלקים בשגיאות הפרדה כרומוזומלית במהלך פיתוח11. זה הוכר באופן נרחב כי באמצעות בלסטוציסט trophectoderm עור (TE) ביופסיות עבור pgt מבוסס מערך-A כגון array-cgh או snp-microarray יעיל לזיהוי חוסר איזון כרומוזום בעוברים10,12. לאחרונה, רצף בודד של הדור הבא (ngs) מספק גישה בתפוקה גבוהה וחסכונית עבור ניתוח גנטי הראו ישימות קליני ב pgt-a13,14,15, מה שעושה את זה מ מבטיח חלופה לשיטות הזמינות כעת.
כאן, אנו מציגים מהיר, חסון, ובעלות נמוכה רצף מוליכים למחצה מבוססי-ngs שיטה להקרנה של אנאפלואידיה בעוברים אנושיים. השלב הראשון של זרימת העבודה הוא הגברה שלמה של הגנום (WGA) של הדגימה של העובר ביופסיה, שימוש בערכה של תא יחיד WGA, ואחריו בנייה של הספרייה ברצף, וברצף הבא של מערכת רצף המוליכים למחצה.
באמצעות גילוי ה-H+ יונים שפורסמו מכל התאגדות טריפוספט deאוקסיריוונאוסייד במהלך סינתזה הגדיל DNA, המערכת מעבירה את האותות הכימיים (pH שינוי) שנתפסו על ידי אלמנטים מוליכים למחצה להפנות נתונים דיגיטליים , אשר מפורשים עוד לתוך מידע רצף ה-DNA. ביטול הדרישה לזיהוי אופטי יקר ותגובות רצף מורכבות, זה כימיה פשוטה ברצף מפחית את העלות הכימית הכולל מקצר את רצף הזמן ריצה לתוך 2 עד 4 שעות16. חשוב מכך, בהתבסס על מפרטי הביצועים של היצרן, פלטפורמת רצף המוליכים למחצה יכולה ליצור עד 15 GB נתונים ברצף (תלוי באיכות הספריה) לפי הפעלה, שהיא גבוהה באופן משמעותי מכמה מהסקוונים האחרים בהפקת רק סביב 3-4 GB נתונים (עם 2 x 75 bp לקרוא אורך)17. ביישומים קליניים של PGT-A, פלטפורמה זו יכולה להשיג 24 דגימות לכל שבב לייצר עד 80,000,000 קורא17 לפחות 1,000,000 קריאות ייחודיות של כל מדגם. עומק הקריאה יכול להבטיח כי כל מדגם יש לפחות 0.05 x כיסוי הגנום כולו. היתרונות הנ ל של פלטפורמה זו להפוך אותו שיטת הקרנה אידיאלית וכך, להקל על היישומים הרחבים שלה ב-PGT-A18.

<table><tbody><tr><td>צינורות PCR, 0.2 מ"ל</td><td>Axygen</td><td>PCR-02D-C</td><td></td></tr><tr><td>UltraPure 0.5M EDTA, pH 8.0</td><td>ThermoFisher</td><td>15575020</td><td></td></tr><tr><td>PBS, pH 7.4, Ca2+ ו-Mg2+ ללא</td><td>ThermoFisher</td><td>10010023</td><td></td></tr><tr><td>1.0 M NaOH (1.0N) תמיסת</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>S2567</td><td>לתמיסת התכה. </td></tr><tr><td>צינורות Eppendorf LoBind בדרגה מולקולרית, 1.5 מ"ל</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-698-791</td><td></td></tr><tr><td>ערכת ספריית שברים</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>ELGA PURELAB Flex 3 מערכת טיהור מים או שווה ערך ל-18 M&Omega; מערכת מים</td> ערכת <td></td> ספריית שברים <td>ThermoFisher</td> 4474524 <td></td></tr><tr><td>Ion Plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA מאגר הגברה</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>אנזים הגברה PicoPLEX WGA</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-03.</td></tr><tr>לוחית <td></td><td></td><td>הגברה של יון OneTouch</td><td>בערכה: אספקה של Ion OneTouch 2 (חלק מס' A26367). רכיב ערכה מורחבת בגיליון 5</td></tr><tr><td>Ion PI חישול מאגר</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MyOne חרוזים פתרון</td><td></td><td></td><td></td>לכידת</tr><tr><td>Agilent 2100 מכשיר ביואנלייזר</td><td>Agilent</td><td>G2939AA</td><td></td></tr><tr><td>Ion OneTouch Breaking Solution (כובע שחור)</td><td></td><td></td><td>בערכה: Ion PI היי? Q OT2 Solutions 200 (חלק מס' A26429). רכיב ערכה מורחבת בגיליון 5</td></tr><tr><td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1</td><td>ThermoFisher</td><td>65001</td><td></td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA מאגר מיצוי תאים</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-00.</td></tr><tr><td>אנזים מיצוי תאים PicoPLEX WGA</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>ערכת שבב יון PI v3</td><td>ThermoFisher</td><td>A26771</td><td></td></tr><tr><td>Ion שבב מיניפוגה, 230 V</td><td>ThermoFisher</td><td>4479673</td><td></td></tr><tr><td>יון PI dATP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>יון PI dCTP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>יון PI dGTP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>יון פלוס ערכת ספריית שברים</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>ערכת ספריית שברים של יון פלוס</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>ThermoQ&ndash; טמפרטורת אמבטיה יבשה</td><td>TAMAR</td><td>HB-T2-A</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td><td>ניו אינגלנד Biolabs</td><td>M0348L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td><td>ניו אינגלנד Biolabs</td><td>M0348L</td><td></td></tr><tr><td>יון PI dTTP</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion OneTouch 2 מכשיר</td><td>ThermoFisher</td><td>INS1005527</td><td>ThermoFisher מספר קטלוגי: 4474778.</td></tr><tr><td>ערכת ספריית שברים Ion Plus</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>Ion One Touch ES</td><td>ThermoFisher</td><td>8441-22</td><td>ThermoFisher מספר קטלוגי: 4469495. רכיב ערכה מורחבת בגיליון 5</td></tr><tr><td>אתנול</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>51976</td><td>ניתן להחליף אותו באתנול מוחלט בדרגה מולקולרית של כל מותג.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA מיצוי מאגר דילול אנזים</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-01.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA מיצוי מאגר דילול אנזים</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-02.</td></tr><tr><td>קיוביט 3.0 פלואורומטר</td><td>ThermoFisher</td><td>Q33216</td><td>דגם זה הוחלף על ידי קיוביט 4 פלואורומטר, מספר קטלוגי: Q33226.</td></tr><tr><td>ערכת בדיקת Qubit ds DNA HS</td><td>ThermoFisher</td><td>M2002-02</td><td></td></tr><tr><td>צינורות בדיקת קיוביט</td><td>ThermoFisher</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI תמיסת קצף</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>אינדקס לברקוד של ספריות</td><td>BaseCare</td><td></td><td>זהו אינדקס שהוכן בבית. משתמשים יכולים לקנות מוצר מסחרי מ- ThermoFisher Ion Xpress ערכות מתאמי ברקוד (Cat. מס' 4474517)</td></tr> <tr><td>יון PI טעינת מאגר</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>מוצק (TM) ערכת חיץ-1X נמוך TE מאגר</td><td>ThermoFisher</td><td>4389764</td><td></td></tr><tr><td>Agencour AMPure XP ערכת</td><td>בקמן קולטר</td><td>A63880</td><td></td></tr><tr><td>DynaMag-2 מגנט (מתלה מגנטי)</td> <td>ThermoFisher</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>יון PI מאסטר מיקס PCR מאגר</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sorvall Legend Micro 17 Microcentrifuge</td><td>Micro 17</td><td>75002430</td><td></td></tr><tr><td>Ion Plus ערכת ספריית שברים</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>מים ללא נוקלאז</td><td>ThermoFisher</td><td>AM9922</td><td>ניתן להחליף את זה במותג אחר.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA מים ללא Nuclease</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-03.</td></tr><tr>בקבוק <td></td><td></td><td>שמן יון OneTouch</td><td>יון PI היי? Q OT2 Solutions 200 (חלק מס' A26429). רכיב ערכה מורחבת בגיליון 5</td></tr><tr><td>ערכת ספריית שברים ThermoFisher 4471252</td><td></td><td></td><td>רכיב ערכה מורחבת בגיליון 3</td></tr><tr><td>תקן</td><td></td><td></td> DNA דו-גדילי <td>זהו תקן DNA שהוכן בבית לכיול של קיוביט לפני כימות הספרייה.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA מאגר הגברה מוקדמת</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>PicoPLEX WGA אנזים הגברה מוקדמת</td><td>Rubicon Genomics</td><td>R30050</td><td>ניתן להחליף זאת במערכת הגברת DNA SurePlex, מספר קטלוגי: PR-40-415101-03.</td></tr><tr><td>ספרייה Amplification Primer Mix</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td>רכיב ערכה מורחבת בגיליון 3</td></tr><tr><td>Ion OneTouch Response Filter</td><td></td><td></td> רכיב <td>ערכה מורחבת בגיליון 5 נתב</td></tr><tr><td></td><td></td><td>שחזור</td><td>רכיב ערכה מורחבת בגיליון 5</td></tr><tr><td>צינורות שחזור</td><td>רכיב ערכה מורחבת</td><td></td><td></td> בגיליון 5</tr><tr><td>פתרון</td><td></td><td></td> <td>השעיה מחדש של ספק שירותי האינטרנט</td></tr><tr><td>Ion Proton</td><td>ThermoFisher</td><td>DA8600</td><td>דגם זה מיובא על ידי Da An Gene Co., LTD. מאוניברסיטת Sun Yat-Sen מ-ThermoFisher והוסמך על ידי מינהל המזון והתרופות הסיני ליישום קליני. המספר הקטלוגי ב-ThermoFisher הוא 4476610.</td></tr><tr><td>יון פי: היי? Q רצף פולימראז</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>יון PI רצף פריימר</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>שרת לרצף</td><td>Lenovo</td><td>T260</td><td></td></tr><tr><td>יון PI חלקיקי</td><td></td><td></td><td></td>כדור</tr><tr><td>פלטינה PCR SuperMix נאמנות גבוהה</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td></td></tr><tr><td>Nalgene 25 מ"מ מסנני מזרק</td><td>ThermoFisher</td><td>724-2045</td><td>גודל נקבוביות: 0.45&mu;m. במיוחד עבור נוזלים מימיים.</td></tr><tr><td>יון פי: היי? פתרון Q W2</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion PI 1X W3 פתרון</td><td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td></td></tr><tr><td>Ion OneTouch Wash Solution C1</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>The Ion PGM היי? Q View ערכת רצף</td><td>ThermoFisher</td><td>A30044</td><td>רכיב ערכה מורחבת בגיליון 2</td></tr><tr><td>Ion Plus Fragment ערכת ספריית שברים</td><td>ThermoFisher</td><td>4471252</td><td>רכיב ערכה מורחבת בגיליון 3</td></tr><tr><td>Ion PI Hi-Q Sequencing Kit 200 (ריצת ריצוף אחת לכל אתחול)</td> <td>ThermoFisher</td><td>A26772</td><td>רכיב ערכה מורחבת בגיליון 4</td></tr><tr><td>Ion PI היי? ערכת Q OT2 200</td><td></td><td>רכיב ערכה מורחבת ThermoFisher</td> <td>A26434</td> בגיליון 5</tr></tbody></table>

רצפי מוליכים למחצה עבור השרשה בדיקה גנטית עבור אנאפלואידיה

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

התפתחות כרומוזומלית, אחת הסיבות העיקריות המובילות למעצר הפיתוח העובריים, כשל השרשה, או אובדן הריון, הייתה מתועדת היטב בעוברים אנושיים. השרשה הגנטית בדיקות עבור אנאפלואידיה (pgt-A) הוא מבחן גנטי המשפר באופן משמעותי את תוצאות הרבייה על ידי זיהוי חריגות כרומוזומלית של עוברים. רצף הדור הבא (NGS) מספק גישה בתפוקה גבוהה וחסכונית עבור ניתוח גנטי הראו ישימות קלינית ב-PGT-A. כאן, אנו מציגים שיטה מהירה רצף מוליכים למחצה מבוססי-ngs המבוסס על הקרנת ההקרנה של אנאפלואידיה בעוברים. השלב הראשון של זרימת העבודה הוא הגברה שלמה של הגנום (WGA) של הדגימה של העובר ביופסיה, ואחריו בנייה של הספרייה ברצף, וברצף הבא של מערכת רצף המוליכים למחצה. בדרך כלל, עבור יישום PGT-A, 24 דגימות יכול להיות טעון ברצף על כל שבב מייצר 60-80 מיליון קריאות באורך לקרוא ממוצע של 150 זוגות בסיס. השיטה מספקת פרוטוקול מעודן לביצוע הגברה והעשרה של הספריה ברצף, מה שהופך את ה-PGT-A לגילוי, תפוקה גבוהה, חסכוני וחוסך זמן. זמן ריצה של ברצף זה מוליך למחצה הוא רק 2-4 שעות, קיצור זמן הטיפול מקבלת דגימות להנפיק דוחות לתוך 5 ימים. כל היתרונות הללו להפוך את הבקשה הזו לשיטה אידיאלית כדי לזהות aneuploidies כרומוזוממות מעוברים ובכך, להקל על יישום רחב שלה PGT-A.

בהתבסס על פרוטוקול שהשתנה זה, פלטפורמת רצף המוליכים למחצה הייתה בפעם הראשונה, שהוחלה על PGT-A. בדקנו על ביופסיות משני המחשוף בשלב מחשוף ועוברי ציסטה בשלב. הוא הציע כי התאים ביופסיה לעבור WGA בהקדם האפשרי כדי למנוע כל השפלה של דנ א. מחקר קודם בהשוואה לביצועים של שיטות WGA שונות וציין כי השיטה שתיארנו כאן היתה האחידות הטובה ביותר בגודל התאים של 100 KB20. בהתחשב בביצועים של אחידות שינוי זיווגים והחציוני המוחלט (MAPD)21, זו שיטת WGA נבחר pgt-A ב...

כאן, אנו מציגים שיטה לקביעת רצף מוליכים למחצה עבור בדיקה גנטית מראש עבור השרשה (PGT-A) עם היתרונות של זמן טיפול קצר, עלות נמוכה, ותפוקה גבוהה.

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

הפרוטוקול שאנו מציגים כאן הוא מוליך למחצה מהיר ונמוך, המבוסס על רצף שיטות לסינון של אנופלוידיה בעוברים. הפרוטוקול המעודן לביצוע הגברה של תבניות וסידור ספריית רצף הופכים את זיהוי PGTA לתפוקה גבוהה, חסכונית וחסכונית בזמן. זמן הריצה של רצף מוליכים למחצה זה הוא רק שעתיים עד ארבע שעות.קיצור זמן התפנית מקבלת דגימות להנפקת דוחות לחמישה ימים. שיטה זו מספקת ריצוף גנום להקרנת אנופלוידיה, וריאציית מספר העתקה וקריאה לפולימורפיזם נוקלאוטידים יחיד. בשל כימיית רצף שונה, הספריה שהוכנה על-ידי פרוטוקול זה אינה ניתנת לרצף ישירות במערכות רצף אחרות.אבל אותו רצף, אבל הכנת ספרייה שונה, הוא מסוגל לעשות הקרנה לא פולשנית טרום לידתית. הדגמת ההליך תהיה שיאנגצ'ון גואו, טכנאי מהמעבדה שלנו. כדי להתחיל ברצף, מערבולת כל ספרייה מדוללת לזמן קצר להסתובב ארבע פעמים על מיני צנטריפוגה במשך שלוש שניות בכל פעם.לאחר מכן, קחו חמישה מיקרוליטרים של כל ספרייה, כדי להתאגרף לתוך הצינור נטול הגרעין, נקודה אחת חמישה מיליליטר. Vortex הספרייה המעורבת לזמן קצר להסתובב על מיני צנטריפוגה במשך שלוש שניות. הוסף 150 מיקרוליטרים של פתרון השבירה, לשני צינורות התאוששות חדשים.התקן את צינורות השחזור החדשים, את נתב השחזור ואת לוחית ההגברה. מערבבים על ידי היפוך בקבוק השמן שלוש פעמים. ודא כי הן את הנפט ואת פתרון ההתאוששות הם לפחות שני שליש מלא.Vortex מאגר PCR לערבב הראשי במשך 30 שניות לזמן קצר להסתובב על מיני צנטריפוגה במשך שלוש שניות. מערבולת חלקיקי הכדור ואת הספרייה המעורבת במשך דקה אחת לזמן קצר להסתובב על מיני צנטריפוגה במשך שלוש שניות. לאחר מכן, הכינו תערובת של 2400 רצועות מיקרוליטר, על ידי הוספת 172 מיקרוליטרים של מים נטולי גרעין, שמונה מיקרוליטרים של הספרייה המעורבת, 120 מיקרוליטרים של תערובת האנזימים ו-100 מיקרוליטרים של חלקיקי הכדור, לצינור המכיל 2000 מיקרוליטרים של מאגר ה-PCR הראשי.הגדר פיפטה ל- 800 מיקרוליטרים וטען את תערובת הקשירה למסנן התגובה דרך יציאת הדגימה. הפוך את בקבוק השמן שלוש פעמים ולהשתמש פיפטה P1000 להוסיף 200 microliters של שמן התגובה למסנן התגובה. בחר את התוכנית פרוטון ולאחר מכן בחר את הלחצן בסיוע, כדי להבטיח שההתקן הוקם כראוי, על-ידי ביצוע ההוראות בצג.לאחר מכן לחץ על הבא כדי להפעיל את התוכנית. לטעון 100 microliters של מדגם המוצר PCR אמולסיה, 130 microliters של חרוזים שטופים, 300 microliters של פתרון לשטוף ES, ו 300 microliters של פתרון להמיס לתוך רצועת צינור שמונה. מניחים את רצועת שמונה הצינור על מערכת ההעשרה.התקן טיפ פיפטה ונקודת אפס חדשה צינור שני מיליליטר ולהתחיל את התוכנית. צנטריפוגה נקודת האפס צינור שני מיליליטר ב 15, 500 פעמים G במשך חמש דקות. השליכו את העל-טבעי, ושמור עשרה מיקרוליטרים של מוצר ההעשרה.מוסיפים 200 מיקרוליטרים של מים נטולי גרעין לצינור ומערבבים על ידי מערבולת. צנטריפוגה נקודת האפס צינור שני מיליליטר שוב. השליכו את העל-טבעי ושמור 10 מיקרוליטרים של מוצר ההעשרה.מוסיפים 90 מיקרוליטרים של מים נטולי גרעין לצינור ומערבבים על ידי מערבולת. כדי להכין את התבנית, מערבולת את השליטה החיובית ולסובב בקצרה. הוסיפו חמישה מיקרוליטרים של הבקרה החיובית ל-100 מיקרוליטרים של מוצר ההעשרה.וורטקס וצנטריפוגה ב 15, 500 פעמים G במשך חמש דקות. השלך את העל-טבעי ושמור 10 מיקרוליטרים של התבנית. לאחר מכן, הוסף 20 מיקרוליטרים של פריימר רצף, ו 15 microliters של מאגר החישול לצינור התבנית.מערבולת הצינור לזמן קצר להסתובב על מיני צנטריפוגה במשך שלוש שניות. דגירה הצינור במחזור תרמי עם מכסה מחומם. לאחר מכן הוסיפו 10 מיקרוליטרים של מאגר הטעינה לצינור.מערבבים על ידי צינור למעלה ולמטה. מערבבים את 55 microliters של מדגם על ידי צינור למעלה ולמטה לטעון את המדגם לטעינת היטב של השבב. שמור את קצה פיפטה בשימוש ואת נקודת האפס צינור PCR שני מיליליטר.הנח את השבב על שבב מיני צנטריפוגה כאשר מדגם כלשהו להזין את השבב. בדוק את המיקום וצנטריפוגה השבב במשך 10 דקות. הכינו חיץ חישול של 50% על ידי הוספת 500 מיקרוליטרים של חיץ חישול ו-500 מיקרוליטרים של מים נטולי גרעין לצינור אחד של חמישה מיליליטר.הכן את פתרון הסמקה, על ידי הוספת 500 מיקרוליטרים של חיץ חישול ו 500 microliters של 100%2-propanol לתוך צינור נקודה אחת חמישה מיליליטר. לאחר מכן, הכינו את תערובת הקצף, על ידי הוספת 49 מיקרוליטרים של חיץ החישול של 50% ומיקרוליטר אחד של פתרון הקצף לשני צינורות חדשים של נקודה אחת חמישה מיליליטר. אוויר פיפטה לתוך אחת תערובות קצף, ולהעמיס 120 microliters של הבועות לתוך היטב טעינה.מעבירים היטב את הנוזל המוגזם מהיציאה לתוך באר הטעינה, ומעבירים את השבב למשך 30 שניות על השבב מיני צנטריפוגה. חזור על התהליך לתערובת הקצף השנייה. הוסיפו 55 מיקרוליטרים של חיץ החישול של 50% לצינור השמור בנקודת האפס שני מיליליטר.השתמש בקצה פיפטה שמור כדי pipette למעלה ולמטה. טען את כל 55 המיקרוליטרים של מאגר החישול לקרן הטעינה. צנטריפוגה השבב במשך 30 שניות על שבב המיועד מיני צנטריפוגה.לטעון 100 microliters של פתרון שטיפה לתוך השבב טעינת היטב להשליך את הנוזל מגורש מן היציאה היטב. חזור על שלב טעינה זה פעם אחת. טען 100 מיקרוליטרים של מאגר החישול של 50%, לתוך באר טעינת השבבים.חזור על שלב טעינה זה במשך שלוש פעמים בסך הכל. הוסיפו 60 מיקרוליטרים של חיץ החישול של 50% ושישה מיקרוליטרים של אנזים רצף לצינור חדש של נקודה אחת חמישה מיליליטר. מערבבים על ידי צינור למעלה ולמטה.לאט פיפטה 65 microliters של פתרון מעורב זה לתוך השבב טעינה היטב, הימנעות בועות. יש להרחיק את השבב מהאור ולהדרגר בטמפרטורת החדר למשך חמש דקות. לבסוף, לאחר הדגירה, מיד לטעון את השבב על הרצף ולחץ על התחל את ריצוף לרוץ על המסך כדי להתחיל רצף.ניתוח סטטיסטי רטרוספקטיבי על 186 שלב מחשוף ו 1135 עוברי שלב blastocyst הביא מעל 95% WGA שיעורי הצלחה בשני סוגי הדגימות. שיעורי כשל בקרת איכות רצף היו 3.4% בקבוצת שלב המחשוף ורק 1.9% בקבוצת השלבים blastocyst. לצד aneuploidy, ניתן להשתמש בנתונים רצף לניתוח אחר.לדוגמה, העתק וריאציות מספר בגודל של פחות מחמישה מגה-בסיס, או ניתוח דנ"א מיכונדריאלי, בהתאם לעומק ואיכות רצף. עם השיפור במספר העותקים, החוקרים יכולים להמשיך לחקור את עתיד הפסיפס הכרומוזומלי בעוברים אנושיים בשלב מוקדם.

semiconductor-sequencing-for-preimplantation-genetic-testing-for

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

מאמר זה מתאר את הבחירה של בדיקות מתאים FISH מתא בודד, טכניקות הפצת עבור גרעינים blastomere, וב הכלאה באתרו ניקוד האות, להחיל אבחון גנטי טרום השרשה (PGD) בסביבה קלינית.

FISH לאבחון גנטי טרום השרשה

Mutagenesis bisulfite הוא תקן הזהב לניתוח מתילציה בדנ"א. פרוטוקול שונה שלנו מאפשרת ניתוח מתילציה דנ"א ברמת מתחיל מתא בודד ותוכנן במיוחד עבור ביציות נפרדות. זה יכול לשמש גם המחשוף בשלב עוברי.

ביצית אחת bisulfite mutagenesis

Periventricular קשרי הטרוטופיה (PNH) היא הצורה הנפוצה ביותר של מום ההתפתחות בקליפת המוח (MCD) בבגרות אבל את הבסיס הגנטי שלה אינו ידוע במקרים ספורדיים ביותר. לאחרונה פיתחנו אסטרטגיה לזיהוי גנים מועמדים חדשניים עבור MCDs וכדי לאשר ישירות שלהם תפקיד סיבתי בתוך vivo.

אסטרטגיה רומן המשלב מערך-CGH, רצף שלם-exome and בתוך הרחם אלקטרופורציה בחולדות לזיהוי גנים סיבתי של מומים המוח

הדור הבא רצפי (הגדרות) הוא כלי רב עוצמה עבור אפיון גנומית זה מוגבל על ידי שיעור שגיאה גבוהה של פלטפורמת (~0.5–2.0%). אנו מתארים את השיטות שלנו של רצף שגיאות המאפשרים לנו במחלקותיכם שיעור שגיאה המיתרים, לזהות מוטציות ב- variant אלל שברים כמו שנדיר למצוא 0.0001.

אירוע נדיר איתור שגיאות DNA ו RNA רצף

המטרה של פרוטוקול זה היא גנוטיפ של כלנית המים ne, שושנת הימים במהלך המאבק מבלי להקריב את העובר.

הגנוזות של כלנית ימית במהלך ההתפתחות המוקדמת

המחקר הנוכחי מדווח על פרוטוקול לבדיקת כרומוזומים של עוברים אנושיים המשתמש במדיום תרבית משומש, המונע ביופסיה של עוברים ומאפשר זיהוי כרומוזום פלואידי באמצעות NGS. המאמר הנוכחי מציג את ההליך המפורט, כולל הכנת מדיום תרבית, הגברה של גנום שלם (WGA), הכנת ספריית ריצוף הדור הבא (NGS) וניתוח נתונים.

בדיקת כרומוזומים של עוברים אנושיים טרום השרשה באמצעות מדיום תרבית משומש: איסוף דגימות וניתוח פלואידיות כרומוזומליות

הפרוטוקול מציג את ההליכים הכוללים במעבדה הנדרשים בבדיקות גנטיות טרום השרשה לאנופלואידיה על פלטפורמת ריצוף מבוססת מוליכים למחצה מהדור הבא. כאן אנו מציגים את השלבים המפורטים של הגברה גנומית שלמה, בחירת מקטעי DNA, בניית ספרייה, הכנת תבניות וזרימת עבודה של ריצוף עם תוצאות מייצגות.

בדיקות גנטיות טרום השרשה לאנופלואידיה על פלטפורמת ריצוף מבוססת מוליכים למחצה מהדור הבא

פרוטוקול זה מציע הליכי מעבדה הוליסטיים הנדרשים לאיתור פולימורפיזמים של נוקלאוטידים בודדים בדגימות סרטן קיבה המבוססים על פלטפורמת ריצוף מוליכים למחצה של יונים. רצפי היעד, מתאמי קשירה, הגברה וטיהור ספרייה וקריטריונים לבקרת איכות מתוארים גם הם בפירוט.

זיהוי פולימורפיזם של נוקלאוטיד יחיד רב-גני בסרטן קיבה המבוסס על פלטפורמת ריצוף מוליכים למחצה של יון

כאן אנו מציגים פרוטוקול לחקור מתילציה DNA בגנום רחב במחקרים לסקירת חולים קליניים בקנה מידה גדול באמצעות רצף לכידת DNA מתיל-Binding (MBDCap-seq או MBD-seq) טכנולוגיה בצנרת ניתוח ביואינפורמטיקה שלאחר מכן.

רצף ללכוד מתיל-DNA מחייב עבור רקמות חולות

אנו מדווחים כאן על שיטות למניפולציה גנטית מולקולרית של זן Yarrowia lipolytica Po1g לשיפור יעילות מחיקת הגנים. לזני Y. lipolytica המהונדסים המתקבלים יש יישומים פוטנציאליים בייצור דלק ביולוגי וביוכימי.

הנדסה גנטית של שמרים לא קונבנציונליים עבור Biofuel מתחדשת והפקה ביוכימיים

למדו שיטת ריצוף מוליכים למחצה לבדיקה גנטית לאנאפלואידיה בחיות שמיים. השיטה מציעה זמן תגובה קצר של 2-4 שעות, עלות נמוכה ויכולת גבוהה לסינון עוברים לפני השרשה.

רצפי מוליכים למחצה עבור השרשה בדיקה גנטית עבור אנאפלואידיה

גלה סרטונים נוספים