Name: וירוטסט, נקודת שימוש לאיתור וירוסים בדגימות מים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-05-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 32 s
Description: למד את שיטת VirWaTest לזיהוי נגיפי מעיים בדגימות מים באמצעות ריכוז חלבוני וחילוץ חומצות נוקליאיות. שיטה זו מציעה פתרון נייד וחסכוני לניטור איכות מים בהקשרים הומניטריים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

וירוטסט היה פרויקט מחקר במימון תוכנית HIF (קרנות חדשנות הומניטארית) של ELHRA (שיפור הלמידה & מחקר לסיוע הומניטארי). המחברים מכירים בצוותי השטיפה שיתפו פעולה באדיבות במחקר זה. הניתוח של דגימות באקוודור המומן על ידי אוקספם אקוודור והבימוי הטוב ביותר באוניברסיטה דה לאס אמריקאס (AMB). BRT. 17.01). S. Bofill-Mas הוא בחור סרה-צייד באוניברסיטת ברצלונה.

<ol><li>The Sphere Project. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22The+Sphere+Project%3A+Humanitarian+Charter+and+Minimum+Standards+in+Humanitarian+Response%22">The Sphere Project: Humanitarian Charter and Minimum Standards in Humanitarian Response</a>. , Practical Action Publishing. Rugby, UK. https://www.spherestandards.org/wp-content/uploads/2018/06/Sphere_Handbook_2011_English.pdf (2011).</li>
<li>Bartram, J., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBartram%2C+J+%22Water+Safety+Plan+Manual%3AStep-by-step+risk+management+for+drinking-water+suppliers%22">Water Safety Plan Manual:Step-by-step risk management for drinking-water suppliers</a>. , WHO Press. Geneva, Switzerland. http://apps.who.int/iris/handle/10665/75141 (2009).</li>
<li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Guidelines+for+Drinking-water+Quality%22">Guidelines for Drinking-water Quality</a>. , WHO Press. Geneva, Switzerland. http://whqlibdoc.who.int/publications/2011/9789241548151_eng.pdf?ua=1 (2011).</li>
<li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%2225+Years+Progress+on+Sanitation+and+Drinking+Water%22">25 Years Progress on Sanitation and Drinking Water</a>. , WHO Press. Geneva, Switzerland. http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/177752/1/9789241509145_eng.pdf?ua=1 (2015).</li>
<li>Girones, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+detection+of+pathogens+in+water+-+The+pros+and+cons+of+molecular+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Water+Research%22%5BJournal%5D)">Molecular detection of pathogens in water - The pros and cons of molecular techniques.</a> Water Research. 44 (15), 4325-4339 (2010).</li>
<li>Rodriguez-Manzano, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Standard+and+new+fecal+indicators+and+pathogens+in+sewage+treatment+plants%2C+microbiological+parameters+for+improving+the+control+of+reclaimed+water%5BTitle%5D)+AND+%22Water+Science+and+Technology%22%5BJournal%5D)">Standard and new fecal indicators and pathogens in sewage treatment plants, microbiological parameters for improving the control of reclaimed water.</a> Water Science and Technology. 66 (12), 2517-2523 (2012).</li>
<li>Puig, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+adenoviruses+and+enteroviruses+in+polluted+waters+by+nested+PCR+amplification%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Detection of adenoviruses and enteroviruses in polluted waters by nested PCR amplification.</a> Applied and Environmental Microbiology. 60 (8), 2963-2970 (1994).</li>
<li>Carter, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enterically+infecting+viruses%3A+Pathogenicity%2C+transmission+and+significance+for+food+and+waterborne+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Enterically infecting viruses: Pathogenicity, transmission and significance for food and waterborne infection.</a> Journal of Applied Microbiology. 98 (6), 1354-1380 (2005).</li>
<li>Bofill-Mas, S., Pina, S., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Documenting+the+epidemiologic+patterns+of+polyomaviruses+in+human+populations+by+studying+their+presence+in+urban+sewage%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Documenting the epidemiologic patterns of polyomaviruses in human populations by studying their presence in urban sewage.</a> Applied and Environmental Microbiology. 66 (1), 238-245 (2000).</li>
<li>Bofill-Mas, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Applied and Environmental Microbiology. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li>
<li>Rames, E., Roiko, A., Stratton, H., Macdonald, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Technical+aspects+of+using+human+adenovirus+as+a+viral+water+quality+indicator%5BTitle%5D)+AND+%22Water+Research%22%5BJournal%5D)">Technical aspects of using human adenovirus as a viral water quality indicator.</a> Water Research. 96, 308-326 (2016).</li>
<li>Calgua, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virological+Methods%22%5BJournal%5D)">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> Journal of Virological Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li>
<li>Bofill-Mas, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cost-effective+method+for+microbial+source+tracking+using+specific+human+and+animal+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses.</a> Journal of Visualized Experiments. 58, 5-9 (2011).</li>
<li>International Organization for Standardization. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22ISO+10705-1%3A1995%3A+Water+quality+-+Detection+and+enumeration+of+bacteriophages+-+Part+1%3A+Enumeration+of+F-specific+RNA+bacteriophages%22">ISO 10705-1:1995: Water quality - Detection and enumeration of bacteriophages - Part 1: Enumeration of F-specific RNA bacteriophages</a>. , https://www.iso.org/standard/18794.html (1995).</li>
<li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel%2C+Mytilus+edulis%3A+the+first+Scandinavian+report%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Applied and Environmental Microbiology. 68 (9), 4523-4533 (2002).</li>
<li>Pecson, B. M., Martin, L. V., Kohn, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+PCR+for+determining+the+infectivity+of+bacteriophage+MS2+upon+inactivation+by+heat%2C+UV-B+radiation%2C+and+singlet+oxygen%3A+Advantages+and+limitations+of+an+enzymatic+treatment+to+reduce+false-positive+results%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Quantitative PCR for determining the infectivity of bacteriophage MS2 upon inactivation by heat, UV-B radiation, and singlet oxygen: Advantages and limitations of an enzymatic treatment to reduce false-positive results.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75 (17), 5544-5554 (2009).</li>
<li>Calgua, B., Barardi, C. R. M., Bofill-Mas, S., Rodriguez-Manzano, J., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+quantitation+of+infectious+human+adenoviruses+and+JC+polyomaviruses+in+water+by+immunofluorescence+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virological+Methods%22%5BJournal%5D)">Detection and quantitation of infectious human adenoviruses and JC polyomaviruses in water by immunofluorescence assay.</a> Journal of Virological Methods. 171 (1), 1-7 (2011).</li>
<li>Bofill-Mas, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cost-effective+method+for+microbial+source+tracking+using+specific+human+and+animal+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses.</a> Journal of Visualized Experiments. (58), e2820(2011).</li>
<li>Gonzales-Gustavson, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+efficiency+and+uncertainty+of+skimmed+milk+flocculation+for+the+simultaneous+concentration+and+quantification+of+water-borne+viruses%2C+bacteria+and+protozoa%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Microbiological+Methods%22%5BJournal%5D)">Characterization of the efficiency and uncertainty of skimmed milk flocculation for the simultaneous concentration and quantification of water-borne viruses, bacteria and protozoa.</a> Journal of Microbiological Methods. 134, 46-53 (2017).</li>
</ol>

. למחברים אין מה לגלות

השיטה VirWaTest מאפשרת ריכוז של וירוסים וחומצות גרעין החילוץ מדגימות מים בנקודת השימוש על ידי משתמשים לא מנוסים. זהו פרוטוקול זול, מהיר ופשוט. הריכוז מבוסס על העיקרון של החיסון האורגני באמצעות חלב, שדרכו מצבם של ה-pH הנמוכים והמוליכות הגבוהה הופכים את חלבוני החלב הניגנב לתוך הרמה הנמוכה ביותר של וירוסים ספוח. כאשר המשקע משקע, קל לאסוף אותם, מה שמאפשר להתרכז 10 L של מים, ואילו הקשר המסורתי מסורתי לא יכול להתמודד עם כמויות גדולות של מים.
השיטה שונתה להיות מעשית בנקודת הדגימה מבלי להשתמש בציוד חש...

במהלך השלבים הראשונים של החירום ההומניטרי, גישה לאספקת מים נקיים, תברואה והיגיינה הם קריטיים להישרדות של אלה המושפעים. לכן, הניטור איכות המים הוא בעדיפות כדי למנוע התפרצויות המועברות במים. זה ידוע כי מים מזוהמים הוא לעתים קרובות מקור המחלות, אבל לעתים קרובות קשה לקבוע את המקורות של התפרצויות ויראלי כגון וירוס הפטיטיס (הכבד), אפילו עם זמינות של שיטות מעבדה קונבנציונאלי. השליטה על איכות המים מבוססת על כימות השקר1,2,3,4. עם זאת, הוא תועד בהרחבה כי אין מתאם בין העדר פרפור ונוכחות של פתוגנים מים ויראלי כגון רוטוירוס (רוב), norovirus (NoV), או מת5,6. לכן, שימוש בקריטריון איכות המים המבוססת על פרפור עלול לגרום להערכת הסיכונים הקשורים לנוכחות של פתוגנים ויראלי מים. מעקב אחר וירוסי מחוון, כגון אדנוירוסים אנושיים (hadv), או פתוגנים ספציפיים יהיה מועיל להגדיר את החשיפה לפתוגנים נגיפי וזיהוי המקור הפוטנציאלי של זיהום אנושי7,8, 9,10 ובאימות היעילות. של אמצעי התברואה11
עד עכשיו, גילוי של וירוסים בתרחישים אלה הסתמך על צוות מיומן ולוגיסטיקה מורכבת. VirWaTest (virwatest.org) מיועדת לפיתוח של שיטה פשוטה, במחיר נוח ונייד לריכוז ואיתור בעקבות וירוסים מדגימות המים בנקודת השימוש.
הריכוז וירוס מבוסס על העיקרון של לוקליזציה אורגנית של 10 L דגימות מים, אשר וירוסים משוחזרים בכרכים קטנים יותר12,13. Flocs נאספים והוסיף מאגר כי lyses וירוסים ומונע את חומצות גרעין מן השפלה כאשר הם מאוחסנים בטמפרטורת החדר עבור לא יותר מ 2 שבועות.
שיטת החילוץ חומצת גרעין מבוססת על השימוש חלקיקים מגנטיים שאליהם חומצות גרעין לקבל adsorbed. הם יכולים להיות מועברים ממאגר כביסה אחד למשנהו ולבסוף לתוך מאגר להתחמק על ידי שימוש בצנרת מגנטית אשר החלקיקים לצרף. נגיפי חומצות גרעין ויראלי שהושגו ניתן לשלוח למעבדת התייחסות שבה ניתן לבצע איתור באמצעות שיטות מולקולריות המבוססות על ה-PCR. עבור כל הפקת חומצת גרעין, שתי כמויות שונות נבדקו כדי לשלול עיכוב אנזימטי מקורו על ידי המדגם. לחילופין, עם זמינות מינימלית לציוד, ניתן להפעיל בדיקות PCR בנקודת השימוש. התהליך כולו נועד להתבצע באופן עצמאי מספק כוח (איור 1).
שיטת ה-PCR הכמותית לזיהוי האדב, המופרשת על-ידי בני אדם ונמצאה בדגימות שפכים בריכוזים גבוהים, הותאמה להפעלה בנקודת השימוש. HAdV משמשות כאינדיקטורים ויראליים אנושיים. ה-PCR לקוונפיקציה של MS2 בקטביאג כבר הותאם מאז MS2 משמש ב-VirWaTest כבקרת תהליך. ניתן להתאים אישית את השיטה לאיתור כל וירוס מעניין.
לאחר פיתוח, השיטה VirWaTest הוחלה על ידי המשתמשים בשתי הגדרות שונות ברפובליקת מרכז אפריקה (RCA) ואקוודור, מתן משוב על יישום הפרוטוקול במצבים אמיתיים.
לידיעתך, זהו הנוהל הראשון המאפשר ריכוז ואיתור של וירוסים בנקודת השימוש, ללא תלות בכל ספק כוח, ציוד גדול, ותנאי הקפאה/קירור. מומלץ לאסוף שתי משכפל של כל דגימת מים כדי להשיג תוצאות חזקות.

<table><tbody><tr><td>5x HOT FIREPol Probe qPCR Mix Plus (ROX)</td><td>Solis BioDyne</td><td>08-14-00001</td><td>כולל 5x HOT FIREPol Probe qPCR Mix Plus של Solis Biodyne (תערובת qPCR), 50 תגובות</td></tr><tr><td>8 רצועות מיקרו-צינורות עם כובעים</td><td>dD Biolab</td><td>840637</td><td>פרופיל נמוך, קירות דקים, מותאמים לסוללות PCR כמותיות ואיכותיות</td></tr><tr><td>ומתאמי מתח לבוחש מגנטי</td><td>GenIUL</td><td>900011674</td><td>כולל מתח לרכב 12V מתאם</td></tr><tr><td>תמיכת דלי</td><td>GenIUL</td><td>900011648</td> דלי <td>תמיכת אלומיניום</td></tr><tr><td>, 10 ליטר</td><td>Cater4You</td><td>10LTR</td><td>פוליפרופילן, עמיד בפני חבלה,</td></tr><tr><td>צינור צנטריפוגה בצבע שקוף, 50 מ"ל</td><td>LabBox</td><td>CTSP-E50-050</td><td>פוליפרופילן, סטרילי, בוגר, עם חצאית</td></tr><tr><td>חומצת לימון 1-הידרט, 500 גרם</td><td>PanReac AppliChem</td><td>1410181211</td><td>טהור, דרגת פארמה, 1 קילוגרם</td></tr><tr><td>בקבוק PET שקוף</td><td>LabBox</td><td>FPET-500-088</td><td>צבע שקוף, PET, פקק אינו כלול</td></tr><tr><td>חלב רזה Difco, 500 גרם</td><td>Becton Dickinson</td><td>232100</td><td>מגן</td></tr><tr><td>DNA/RNA מיובש, 250 מ"ל</td><td>Zymo Research</td><td>R1100-250</td><td>מדיום שימור DNA/RNA, 250 מ"ל</td></tr><tr><td>בקר פיפטה Easy9 LabBox</td><td></td><td>EAS9-001-001</td><td>0.3 &mu; מסנן m, פיפטות מ-0.1 עד 100 מ"ל, מחזיק פיפטה סיליקון הניתן לחיטוי</td></tr><tr><td>צינור אפנדורף, 0.5 מ"ל</td><td>אפנדורף</td><td>0030121023</td><td>פוליפרופילן,</td></tr><tr><td>צינור אפנדורף נעילה בטוחה, 2 מ"ל</td><td>אפנדורף</td><td></td><td>0030120094 פוליפרופילן,</td></tr><tr><td>צינור אפנדורף נעילה בטוחה, 5 מ"ל</td><td>dD Biolab</td><td>999542</td><td>פוליפרופילן, סטרילי,</td></tr><tr><td>אתנול מדורג 96% V/V, 1 ליטר</td><td>Panreac AppliChem</td><td>361085-1611</td> עבור פינצטה מעבדה <td>UV, IR&nbsp; ו-HPLC</td></tr><tr><td></td><td>LabBox</td><td>FORS-007-002</td><td>קצה דק, מעוקל, L= 120 מ"מ</td></tr><tr><td>מערבל מגנטי</td><td>GenIUL</td><td>900017000</td> סמן <td>מופעל על ידי סוללה</td></tr><tr><td></td><td>dD Biolab</td><td>929203</td><td>שחור, קצה עדין במיוחד, עמיד במים, ייבוש מהיר, לפלסטיק וכלי זכוכית</td></tr><tr><td>מיקרו רוטה-מתלה למיקרו-צינורות</td><td>dD Biolab</td><td>37782</td><td>4 מודולים, אורך x רוחב x גובה = 208 x 100 x 100 מ"מ</td></tr><tr><td>Mini8 PCR בזמן אמת Cycler</td><td>Coyote Biosciences, סין</td><td>Mini-8</td><td>נייד, עובד עם ספקי כוח 12V או סוללות חיצוניות, שני ערוצים, קיבולת ל-8 צינורות</td></tr><tr><td>NucliSens Lysis Buffer</td><td>Biomerieux</td><td></td><td>200292 ריאגנטים לעד 48 בידודים, אחסן בטמפרטורת הסביבה</td></tr><tr><td>פיפטה סרולוגית עם קצה פתוח, 10 מ"ל</td><td>Deltalab</td><td>900136N</td><td>סטרילי, עטוף בנפרד (נייר / פלסטיק)</td></tr> <tr><td>מכסה בורג PE PP28</td><td>LabBox</td><td>TP28-004-020</td><td>לבקבוקי PET</td></tr><tr><td>רצועת מחוון pH</td><td>LabBox</td><td>WSPH-001-001</td><td>טווח pH 2.8 עד pH 4.4, 50 רצועות לחבילה</td></tr><tr><td>מבחנה מפלסטיק</td><td>Quimikals</td><td>300913</td><td>כולל מכסה</td></tr><tr><td>פוליאתילן פסטר פיפטה</td><td>LabBox</td><td>PIPP-003-500</td><td>בוגר, 7 מ"ל נפח כולל, </td></tr><tr><td>בקבוק בורג פוליפרופילן לא סטרילי עם מכסה בורג,</td> מכסה בורג <td>Deltalab</td><td>409726</td> 150 מ"ל, <td>סטרילי, מדורג עד 100 מ"ל</td></tr><tr><td>בקבוק בורג פוליפרופילן עם מכסה בורג, 60 מ"ל</td><td>Deltalab</td><td>409526G</td><td>מכסה בורג, סטרילי, מדורג עד 50 מ"ל</td></tr><tr><td>אבקת אבקת חומר ניקוי</td> <td>-</td><td></td> <td>סבון אבקה רגיל לשטיפת בגדים</td></tr><tr><td>כבלי חשמל למערבל מגנטי</td><td>GenIUL</td><td></td><td>900011692 חיבור בין סוללות לבוחשים מגנטיים</td></tr><tr><td>QuickPick כלי מגנטי</td><td>BioNobile</td><td>24001</td><td>כלי כף יד לחלקיקים מגנטיים</td></tr><tr><td>טיפים לאיסוף מהיר בקופסה</td><td>BioNobile</td><td>24296</td><td>RNase, חיטוי, 96 יחידות</td></tr><tr><td>QuickPick XL gDNA חלקיקים מגנטיים</td><td>BioNobile</td><td></td><td>SN51100 3.2 מ"ל</td></tr><tr><td>מלחי ים</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>S9883-500G</td><td>תערובת מלח מלאכותית הדומה מאוד להרכב המלחים המומסים של מי האוקיינוס</td></tr><tr><td>צינורות סיליקון</td><td>LabBox</td><td>SILT-006-005</td><td>גליל של 5 מטרים, פנימי&nbsp; &oslash; x חיצוני&nbsp; &oslash;= 6 x 10 מ"מ</td></tr><tr><td>כדורי נתרן הידרוקסיד, 98.5 - 100.5%</td> <td>כדורי 28244295 כימיקלים VWR</td><td></td><td>, 1 ק"ג</td></tr><tr><td>פלטפורמה סיבובית סולארית</td><td>SOL-EXPERT Group</td><td>70020</td><td>צלחת אקרילית, 10 סל"ד, תומכת בעד 300 גרם</td></tr><tr><td>SOLIScript ערכת בדיקה חד-שלבית</td><td>Solis BioDyne</td><td>08-57-00250</td><td>כוללת את 5x One-Step Probe Mix של Solis Biodyne (qPCR Mix) ו-40x One-Step SOLIScript Mix (אנזים טרנסקריפטאז הפוך), 250 תגובות</td></tr><tr><td>SPEEDTOOLS ערכת מיצוי וירוס RNA</td><td>BioTools</td><td>21.141-4197</td><td>כולל מאגר BAW של BioTools (מאגר כביסה 1), מאגר BAV3 (מאגר כביסה 2 ו-3) ומאגר BRE (מאגר</td></tr> סילוק).<tr><td>SpinBar מגנט ערבוב אוקטהדרלי</td><td>dD Biolab</td><td>045926</td><td>טבעת ציר, L x&nbsp; &oslash; = 38 x 8 מ"מ,</td></tr><tr><td>פיפטה סרולוגית עם קצה סרט כחול, 10 מ"ל</td><td>Deltalab</td><td>PN10E1</td><td>סטרילי, עטוף בנפרד (נייר/פלסטיק)</td></tr> <tr><td>פיפטה סרולוגית עם קצה סרט, 50 מ"ל</td><td>Deltalab</td><td>900043</td><td>סטרילי, עטוף בנפרד (נייר/פלסטיק)</td></tr> <tr><td>Termi-DNA-Tor - מסיר</td> <td>חומצות גרעיןBioTools</td><td>22001-4291</td><td>מסיר חומצות גרעין, חיידקים, פטריות ומיקופלזמה מחומר ומשטחים, 450 מ"ל</td></tr><tr><td>מגיב לביולוגיה מולקולרית של מים, 1L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W4502-1L</td><td>ללא נוקלאז ופרוטאז, 0.1 &mu; m שקית</td></tr><tr><td>Whirl-Pak מסוננת, 540 מ"ל</td><td>Deltalab</td><td>200361</td><td>תיק רגיל תחתון יציב</td></tr><tr><td></td><td>LabBox</td><td>BZIP-080-100</td><td>פוליאתילן, L x W = 120 x 80 מ"מ</td></tr></tbody></table>

וירוטסט, נקודת שימוש לאיתור וירוסים בדגימות מים

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

וירוסים מופרשים על ידי בני אדם ובעלי חיים עלולים לזהם מקורות מים ולהוות סיכון לבריאות האדם כאשר מים זה משמש לשתייה, השקיה במזון, כביסה, וכו '. מחוון חיידקים בצואה קלאסית לא תמיד לבדוק את הנוכחות של פתוגנים ויראלי כך גילוי פתוגנים נגיפי אינדיקטורים נגיפי הוא רלוונטי כדי לאמץ מדדים של הקלה בסיכון, במיוחד בתרחישים הומניטאריים ובתחומים שבו התפרצויות ויראליות המועברות במים תכופים.
כיום, מספר בדיקות מסחריות המאפשרות כימות של חיידקים אינדיקטור צואה (פרפור) זמינים לבדיקה בנקודת השימוש. עם זאת, בדיקות מסחריות כאלה אינן זמינות לאיתור וירוסים. איתור וירוסים בדגימות מים סביבתיים דורש ריכוז של כמה ליטרים לתוך כרכים קטנים יותר. יתר על כן, לאחר מרוכז, זיהוי של וירוסים מסתמך על שיטות כגון הפקת חומצת גרעין וזיהוי מולקולרי (למשל, תגובת שרשרת פולימראז [PCR] מבוסס assays) של genomes ויראלי.
השיטה המתוארת כאן מאפשרת ריכוז של וירוסים מ 10 דגימות מים L, כמו גם את החילוץ של חומצות גרעין נגיפי בנקודת השימוש, עם ציוד פשוט ונייד. זה מאפשר בדיקות של דגימות מים בנקודת השימוש עבור מספר וירוסים והוא שימושי בתרחישים הומניטאריים, כמו גם בכל הקשר שבו מעבדה מצויד אינה זמינה. לחילופין, השיטה מאפשרת התמקדות בווירוסים המצויים בדגימות מים והובלת הריכוז למעבדה בטמפרטורת החדר לצורך ניתוח נוסף.

פיתוח שיטות
הליך זה פותח במעבדה של וירוסים מזהמים של מים ומזון עם שיתוף הפעולה של המלון. הוא כולל שלושה צעדים שונים. הראשון, ריכוז החלקיקים הנגיפי, הוא עיבוד של שיטת החלב המגנב שתוארה קודם לכן12,17,18. השיטה המקורית שונתה כדי להיות בלתי תלויה באספקת חשמל, פשוטה יותר וללא שלבים צנטריפוגה.
<p class="jove_content" fo:k...

כאן אנו מציגים את VirWaTest, המהווה שיטה פשוטה, במחיר סביר ונייד לריכוז ואיתור של וירוסים מדגימות המים בנקודת השימוש.

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food ...

וירוסים אנטיים נמצאים בעיקר במאגרים ימיים שונים, כולל מי תהום, מים שקטים, נחלים, נהרות ומים r. הם קשורים עם סיכונים בריאותיים אחראים לזיהומים בבני אדם. וירוסים אנטריים גורמים בדרך כלל לגסטרואנטריטיס ומועברים בעיקר דרך המסלול הצואה-אוראלי.מחלות אחרות המועברות במים גורמות לצהבת חריפה על ידי נגיף הפטיטיס A ווירוסי הפטיטיס E, עם תמותה קשורה משמעותית במיוחד לגבי הפטיטיס E אצל נשים בהריון. פרוטוקולים בפועל לניטור איכות המים המוצעים להקשרים הומניטריים תוכננו כדי לשמור על חיידקים כגון E.Coli כאינדיקטור לזיהום צואה. אבל זה כבר ידוע כי אין מתאם עם מיקרואורגניזמים אחרים כגון וירוסים כי הם עמידים יותר לתהליכי הפעלה רבים.עד כה, זיהוי וירוסים במסגרות משבר הומניטרי בוצע על ידי התאמת הפרוטוקולים הקיימים לתנאי הקשרים אלה, ומשלוח דגימות למעבדות ייחוס לגילוי מולקולרי של וירוסים. יש צורך בשיטות לגילוי פתוגנים ויראליים ואינדיקטורים ויראליים בנקודת המבט כדי להפחית את הסיכונים לבריאות הציבור, למנוע התפרצויות ולהגדיל את היעילות של התערבויות הומניטריות. אנו מציעים שיטה לגילוי וירוסים בדגימות מים באורך 10 ליטר המחולקת לשלושה שלבים: ריכוז ויראלי, מיצוי חומצת גרעין וזיהוי ויראלי.כל השלבים הללו הותאמו משיטות הנמצאות כיום בשימוש במעבדה שלנו, ו ניתן לבצעם בנקודת המבט באמצעות רייגנטים וציוד ניידים, המייצרים את הת

virwatest-point-use-method-for-detection-viruses-water

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

שיעור התחלופה של וירוסים במערכות ימיים מים מתוקים ניתן לאמוד על ידי ירידה וטכניקה הישנותם. הנתונים לאפשר לחוקרים להסיק ששיעורי התמותה וירוס בתיווך של חיידקים במערכות מים.

הערכת הפקה חליפין וירוס במערכות Aquatic

המחקר מתאר שיטה חסכונית לזיהוי מקור הזיהום צואה / שתן או זיהום חנקות במים באמצעות כימות qPCR עבור הספציפי של נגיפי DNA, adenoviruses אדם / חזירי / שור ו polyomaviruses, כפי שהוצע כלים MST.

חסכונית שיטת מעקב אחר מקור מיקרוביאלית באמצעות וירוסים אדם ובעלי חיים ספציפיים

פרוטוקול זה מתאר את השימוש זרימת משיק חלול סיבים מערכת ultrafiltration מדגם ריכוז דיסוציאציה חום כמו צעדים חלופיים עבור זיהוי של...

שינוי שיטת EPA 1623 שמשתמש תזרים משיק הולו סיבים Ultrafiltration ומחממים צעדים ניתוק לזהות waterborne<em&gt; Cryptosporidium</em&gt; ו<em&gt; Giardia spp.</em

Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

Quantifying Infectious Viruses in Water Samples Using an In Vitro Total Culturable Virus Assay

פותחה גישה לזיהוי תנאי ריכוז נגיפי אופטימליים עבור דגימות מים בנפח קטן באמצעות קוצים של אדנו-וירוס אנושי. הטכניקות המתוארות כאן משמשות לזיהוי פרמטרי ריכוז עבור מטרות נגיפיות אחרות, ומיושמות על ניסויים בריכוז נגיפי בקנה מידה גדול.

נוהל נפח קטן לריכוז נגיפי ממים

שיטת EPA 1615 משתמשת במסנן אלקטרו-פוזיטיבי כדי לרכז אנטרו-וירוסים ונורו-וירוסים במי הסביבה ובמי השתייה. כתב יד זה מתאר את הליך איסוף הדגימות לניתוחי שיטה 1615.

EPA שיטת המדידה של 1615. Enterovirus ומופע norovirus במים על ידי תרבות וRT-qPCR. I. איסוף דגימות וירוסים

כאן אנו מציגים נוהל למדידת סך כל הנגיפים הניתנים לתרבית באמצעות קו תאי הכליה של הקוף הירוק של באפלו. הנוהל מספק כלי סטנדרטי למדידת הופעת נגיפים זיהומיים במי הסביבה ובמי השתייה.

מדידת שיטת EPA 1615. של enterovirus ואת מופע norovirus במים על ידי תרבות RT-qPCR. II. Assay וירוס culturable סה&quot;כ

כאן אנו מציגים הליך לכימות אנטרו-וירוס ונורו-וירוס במי סביבה ושתייה באמצעות PCR כמותי של שעתוק הפוך. התאוששות הנגיף הממוצעת ממי תהום עם הליך סטנדרטי זה משיטת EPA 1615 הייתה 20% עבור נגיף הפוליו ו-30% עבור נורו-וירוס עכברים.

EPA שיטת המדידה של 1615. Enterovirus ומופע norovirus במים על ידי תרבות וRT-qPCR. חלק שלישי. איתור וירוסים על ידי RT-qPCR

אנו מתארים כאן את ההתקדמות האחרונה בבידוד ויראלי לאפיון גנוטיפים חדשים של Faustovirus, שושלת חדשה הקשורה לאספרווירוס של נגיפי ענק. ניתן ליישם פרוטוקול זה על בידוד תפוקה גבוהה של וירוסים, במיוחד נגיפי ענק המדביקים אמבה.

אסטרטגית ראפיד עבור הבידוד של ניו Faustoviruses ממדגמים סביבת שימוש<em&gt; Vermiformis Vermamoeba</em

אניון להחליף שיטה מבוססת-שרף, הותאם לנוזל הוכח bioaerosol מבוסס-impingement דגימה של וירוסים. כאשר יחד עם זיהוי מולקולרי במורד הזרם, השיטה מאפשרת גילוי נתיישב ורגיש של וירוסים bioaerosols.

זיהוי של וירוסים Bioaerosols באמצעות אניון Exchange שרף

ריכוז הנגיף מדגימות מים ושפכים סביבתיים הוא משימה מאתגרת, המתבצעת בעיקר לזיהוי וכימות נגיפים. בעוד מספר שיטות ריכוז וירוסים פותחו ונבדקו, אנו מדגימים כאן את היעילות של ultrafiltration ו flocculation חלב דל שומן עבור וירוסים RNA עם סוגי דגימה שונים.

ריכוז חלקיקי הנגיף מדגימות מים ושפכים סביבתיים באמצעות חלב דל שומן ואולטרה-סינון

למד את שיטת VirWaTest לזיהוי נגיפי מעיים בדגימות מים באמצעות ריכוז חלבוני וחילוץ חומצות נוקליאיות. שיטה זו מציעה פתרון נייד וחסכוני לניטור איכות מים בהקשרים הומניטריים.

וירוטסט, נקודת שימוש לאיתור וירוסים בדגימות מים

גלה סרטונים נוספים