ניתוחים פרוטאומיקס מבוססי ספקטרומטר מסה משימוש במסד הנתונים OpenProt לחשוף את הרומן חלבונים מתורגם ממסגרות קאנונית קריאה פתוחה

OpenProt הוא מסד הנתונים הראשון המאפשר ביאור פוליסיסטרי של גנומים איקריוטיים, מזהה את פוטנציאל הקידוד של פרוטו-גנים ומאפשר גילוי של חלבונים שלא ניתן היה לזהותם בעבר. עיצבנו פרוטוקול זה כך שהוא נגיש לכל המשתמשים ללא צורך במיומנויות ביואינפורמטיות נרחבות זה בעצם מציב תגליות פרוטומיות בהישג ידו של אף אחד. כדי להבין ולהתמודד עם האתגרים של היום ברפואה, עלינו להבין גם את הנוף הפרוטומי ואת כל השחקנים ואת הדינמיקה שלהם.

OpenProt מספק אפשרות זו. אמנם כאן, OpenProt משמש לניתוח של ניסויים patonomic, זה יכול לשמש גם עם מערכות אחרות כפי שהוא פשוט מספק הגדרה ברורה יותר של הפרוטום. התחל על ידי פתיחת אתר האינטרנט OpenProt ושימוש בקישור מתפריט הדף העליון כדי לפתוח את דף ההורדות.

לחץ על מינים של עניין המבוסס על הנתונים הניסיוניים של הניתוחים וסוג החלבון הרצוי. לחץ על AllProts, Isoforms ו- RefProds כדי ליצור קבצים המכילים את כל סוגי החלבון הידועים והרומנים הקיימים במסד הנתונים OpenProt ואם הם זמינים, לחץ על הביאור שממנו מצוירים רצפי החלבון. לחץ על רמת הראיות התומכות הדרושות לשיקול החלבון על פי מטרת המחקר.

לאחר מכן לחץ על, כל צפוי ליצור קבצים המכילים את כל תחזיות OpenProt ולחץ על תבנית הקובץ הרצויה להורדה. עבור anayses פרוטומי, בחר את קובץ החלבון FASTA. קובץ ה- readme יכיל את כל המידע הדרוש בתבנית הקובץ.

לטיפול במסד נתונים, היכנס למופע מתאים של כלי פרוטומיקה וצור היסטוריה חדשה. כדי לייבא את מסד הנתונים OpenProt שהורדת, לחץ על העלה. כדי להזין את זרימת העבודה המטפלת במסד הנתונים, עבור לדף זרימת העבודה, לחץ שוב על העלה ולחץ על הפעל את זרימת העבודה.

לאחר מכן בחר את מסד הנתונים OpenProt המיובא כקלט ושנה את שם קובץ Fasta שהושג למשהו בעל משמעות. מסד הנתונים מוכן לשימוש לניתוחי פרוטומיקה. להכנת קובץ ספקטרומטריית מסה, פתח את כלי המרת MS הזמין בחופשיות מחבילת אשף הפרוטו והעלה את קובץ הנתונים לניתוח.

בחר את הספריה עבור הפלט והגדר את תבנית הקובץ הרצויה ל- MZML ולאחר מכן השתמש באלגוריתם מבוסס wavelet ברמות ספקטרומטריית מסה אחת ושתיים כדי לבחור מסנן איסוף שיא ולהתחיל את ההמרה. לכמת חלבונים, צרו היסטוריה חדשה וגרור ושחררו את מסד הנתונים שנוצר בעבר בהיסטוריה החדשה. לחץ על העלה כדי לייבא את קובץ הנתונים mzML שהשתנה.

פתח את דף זרימת העבודה, לחץ שוב על העלה כדי לייבא את זרימת העבודה הרצויה ובחר הפעל את זרימת העבודה כדי לסקור את הפרמטרים השונים. בחר את קובץ הנתונים המיובא של MZML והקלט את מסד הנתונים שנוצר קודם לכן כקובץ Fasta של מסד הנתונים. מאחר שזרימת העבודה משתמשת ב- X!

מנוע חיפוש טנדם, לחץ על העלה כדי לייבא את X! קובץ תצורה של ברירת מחדל של טנדם. כדי להסביר את הגידול המשמעותי בגודל בעת שימוש בכל הנתונים של OpenProt, השתמש בקצב גילוי כוזב מחמיר.

לבקרת איכות, הפעל את כלי פרטי הקובץ בפלט מסנן המזהה כדי לספק מדדים נפוצים של ביצועים, כגון מספר ההתאמות של ספקטרום הפפטיד או מספר הפפטידים וחלבונים שזוהו. עבור כריית מסד נתונים OpenProt, חזור לאתר האינטרנט של OpenProt ופתח את דף החיפוש. לחץ על המינים המעניינים שעבורם זוהה החלבון והזן את מספר קסם החלבון בתיבת שאילתת החלבון.

לחץ על נחשול וטבלה המכילה מידע בסיסי עבור החלבון שאל יופיע. לאחר מכן, לחץ על הקישור לפרטים. הדף החדש שנפתח יכיל דפדפן גנום שבמרכזו החלבון שאל, כמו גם מידע אחר.

כדי להשיג רצפי חלבון או DNA, לחץ על קישורי החלבון או ה- DNA מטבליות המידע, בהתאמה לאחר מכן לחץ על הכרטיסיות כדי לעיין במידע המפורט על גילוי פרופילי ספקטרומטריית המסה, ושימור ותחומי חלבון מזוהים. באנטיזה מייצגת זו, רוב החלבונים שזוהו בנייר המקורי זוהו גם באמצעות OpenProt 2_pep או מסד הנתונים של OpenProt_all, המראים כי מסדי נתונים של OpenProt מסוגלים לייצר זיהוי וכמות חלבונים דומים לאלה של ההליכים הנוכחיים המבוססים על מסדי הנתונים של InterPro KB. 11 חלבונים נתמכים היטב שעדיין אינם מבוארים כעת במסדי נתונים זוהו בכל ערכות הנתונים עם פפטידים בטוחים באמצעות מסד הנתונים OpenProt 2_pep הנתונים.

29 חלבונים חדשניים התגלו בכל ערכות הנתונים עם פפטידים בטוחים באמצעות OpenProt_all הנתונים. שיעור הגילוי הכוזב המחמיר המומלץ לא השפיע על זיהוי החלבון הבטוח ביותר, אם כי הוא הפחית את המספר הכולל של חלבונים מזוהים. חלבון חדשני אחד התגלה כאינטראקטיבי של חלבון Raf-1.

חלבונים אלה לא זוהו בעבר על ידי ספקטרומטריית מסה או פרופיל ריבוזום והפגינו ספקטרום באיכות טובה. זכור להבטיח את הפרמטרים שנבחרו מתאימים לעיצוב הניסיוני תמיד לאמת את איכות הראיות הספורטיביות בעת דיווח על תגליות חלבון חדשניות. פרוטוקול זה ניתן להתאמה לכל ניסויי הפרוטומיקה מלמעלה למטה, במיוחד כאשר נעשה בהם שימוש עם פרוטומיקה תפקודית.

זה יאפשר הרבה סינון והבנה עמוקה של אינטראקציות חלבון ומסלולים הסלולר. OpenProt מדגיש את הערכת חסר משמעותית של הנוף הפרוטומי מועבר על ידי סימון גנומי הנוכחי ומדגיש את האופי הפוליסיסטרי של גנים איקריוטיים. זוהי שדרה חדשה לגמרי למחקר.

היופי בפרוטוקול זה הוא שהוא אינו דורש מיומנויות ביואינפורמטיות נרחבות, ומכיוון שהוא משתמש בשרתים מרוחקים, ניתן להפעילו בכל מחשב.