Name: צינור ביואינפורמטיקה לנתח באופן מדויק ויעיל את המייקרואורפה בצמחים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-01-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 34 s
Description: למד את צינור miRDeep-P2 לניתוח מיקרו-RNA בצמחים ביעילות ובדיוק גבוה. השיטה מצמצמת תוצאות חיוביות שגויות ומקצרת זמני עיבוד לגנומים גדולים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכת על ידי בייג האקדמיה לחקלאות יערנות מדעי (KJCX201917, KJCX20180425, ו KJCX20180204) ל-XY ולאומי המדע הטבעי הקרן של סין (31621001) ל-LL.

1. התקנה ובדיקה
<ol><li>הורד את יחסי התלות הדרושים: Bowtie222 ו-RNAfold23. מומלץ לעשות חבילות שעברו קומפילציה.<ol>
<li>הורד Bowtie2, כלי מיפוי קריאה, מהאתר הביתי שלה (<a href="http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml" target="_blank">http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml</a>).</li>
		<li>הורד RNAfold, כלי של חבילת וינה המשמש לחיזוי המבנה המשני של RNA, מ <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/" target="_blank">http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/</a>.</li>
		<li>לפני התקנת miRDP2, ודא ששני יחסי התלות האלה מותקנים כראוי והתאם אישית את קובץ סביבת הbash (לדוגמה,. ba,) כדי להגדיר נתיב נכון עבור שתי יחסי תלות אלה. הערה: כלי מיפוי אחרים כגון Bowtie24 מתאימים גם לmiRDP2; או Bowtie או Bowtie2 ניתן להשתמש לאחר גירסה 1.1.3.</li>
	</ol></li>
	<li>כדי להוריד את חבילת miRDP2, עבור אל <a href="https://sourceforge.net/projects/mirdp2/files/latest_version/" target="_blank">https://sourceforge.net/projects/mirdp2/files/latest_version/</a> ולהביא את הקבצים אוסך.</li>
	<li>לפני התקנת miRDP2, ודא Perl בנתיב. כדי להתקין את miRDP2, חלץ את כל התוכן של קובץ ה-אוסך שהורדת לתיקייה אחת (שורות פקודה כמו ב-1.4.2) ולאחר מכן הגדר את נתיב התיקיה לתוך הנתיב. הערה: צומת מחשב או מיחשוב עם לפחות 8 GB זיכרון RAM ו 100 GB מומלץ להפעיל miRDP2.</li>
	<li>בדוק את צינור MiRDP2.<ol>
<li>כדי לבדוק אם miRDP2 הותקן כראוי, השתמש בנתוני הבדיקה ובפלט הצפוי שנמצא ב- <a href="https://sourceforge.net/projects/mirdp2/files/TestData/" target="_blank">https://sourceforge.net/projects/mirdp2/files/TestData/</a>. נתוני הבדיקה מכילים קובץ ברצף GSM מעוצב אחד וקובץ הגנום האחד.</li>
		<li>העבר את כל הקבצים שהורדו לספריית העבודה הנוכחית: mv miRDP2-v*. tar. Gz מידע. tar. gz ncRNA_rfam, tar. gz < user_selected_folder > < user_selected_folder cd >
</li>
		<li>חלץ את קבצי ה-אוסך הדחוסים: טאר – xvzf miRDP2-v*. tar. gz tar -xvzf testdata. tar. gz טאר – xvzf ncRNA_rfam. טאר. gz
</li>
		<li>בניית אינדקס הגנום Arabidopsis: bowtie2-build -f/testdata/TAIR10_genome. פא./מTAIR10_genome
</li>
		<li>בנה את אינדקס ההפניות ncRNA: bowtie2-בנה -אפ/ncRNA_rfam פא/1.1.3/script/index/rfam_index
</li>
		<li>הפעל את צינור miRDP2: bash ./1.1.3/mirdp2-v1.1.3_pipeline. bash – g./testdata/TAIR10_genome. פא-i./testdata/tair 10_genome – f./Testdata/gsm2094927.fa – o. הערה: פקודות לינוקס המשמשות הן בגופנים מודגשים ונטויים, עם אפשרויות שורת פקודה בכתב נטוי. * מציין את הגירסה של miRDP2 (הגירסה הנוכחית היא 1.1.3). הפקודה bowtie2-build אמורה להימשך כ -10 דקות, וצינור miRDP2 צריך להסתיים תוך מספר דקות</li>
	</ol></li>
	<li>בדוק פלטי בדיקה.<ol>
<li>שים לב שתיקיה בשם ' GSM2094927-15-0-10 ' נוצרת באופן אוטומטי ב- < user_selected_folder >, המכילה את כל קבצי הביניים והתוצאות.</li>
		<li>בדוק שקובץ הפלט המופרד בטאבים GSM2094927-15-0-10_filter_P_prediction, הפלט הסופי של miRNAs החזוי, מכיל עמודות המציינות מזהה כרומוזום, כיוון סטרנד, נציג קורא מזהה, מזהה קודמן, מיקום Mirnas בוגרת, מקודמן מיקום, רצף מבוגר, ורצף מקודמן. שים לב לקובץ המיטה הנוסף שנגזר מקובץ זה כדי להקל על הניתוח.</li>
		<li>בדוק את הקובץ "progress_log", המספק מידע אודות שלבים מוגמרים והקבצים "script_log" ו-"script_err", המכילים פלט ואזהרות של תוכניות. הערה: כרגע, יש לנו נבדק miRDP2 על שתי פלטפורמות לינוקס, כולל CentOS שחרור 6.5 על שרת אשכול, ו Cygwin 2.6.0 ב-PC Windows מערכת, ו miRDP2 צריך לעבוד על מערכות דומות שתומכות Perl.</li>
	</ol></li>
</ol>2. זיהוי מירנס הרומן
<ol><li>לפני הפעלת הצינור, ודא שהקלט מעובד מראש בתבנית נאותה. הערה: הגירסה החדשה 1.1.3 של miRDP2 יכול לקבל קבצים בפורמט FASTQ המקורי כקלט, למרות תהליך קריאות העיצוב מבוצע כמו בגירסאות קודמות.<ol>
<li>ראשית, להסיר את המתאמים מתוך 5 ' ו-3 ' מסתיים ברצף מעמיק קריאות (אם קיים).</li>
		<li>שנית, לנתח את מבנה הרצף העמוק קורא בפורמט FASTA.</li>
		<li>שלישית, הסר יתירות כגון קריאה עם רצף זהה מיוצגים באמצעות ערך FASTA יחיד וייחודי.</li>
		<li>לבסוף, ודא שכל מזהי FASTA הם ייחודיים. כל מזהה רצף חייב להסתיים ב-' _x ' ובמספר שלם, המציין את מספר ההעתקה של הרצף המדויק שאוחזר בערכות הנתונים ברצף העמוק. דרך אחת להבטיח מזהה FASTA ייחודי היא לכלול מספר פועל במזהה. לעיון, עיין בקובץ GSM2094927. fa בנתוני הבדיקה (<a href="https://sourceforge.net/projects/mirdp2/files/TestData/" target="_blank">https://sourceforge.net/projects/mirdp2/files/TestData/</a>).</li>
		<li>עיין בפרטים הבאים לקבלת דוגמאות של קריאות מעוצבות בצורה נכונה: > read0_x29909 הובלה מרבית > read1_x36974 הגנה מפני הקובץ > read2_x32635 מיכאל שלמה</li>
	</ol>
</li>
	<li>בניית מדדי התייחסות.<ol>
<li>עבור התייחסות הגנום, כדי לחסוך בזמן, להוריד קבצי אינדקס Bowtie2 מהאתר iGenomes (<a href="https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html" target="_blank">https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html</a>) אם רצפי הגנום של מינים של עניין היו באינדקס. אחרת, המשתמשים משתמשים באינדקס לרצפים ושומרים את קובץ האינדקס למשך זמן מה עד שהפרוייקט מסתיים מאחר שייתכן שיהיה צורך ליצור אינדקס מחדש של רצף הגנום. פרטים על אופן האינדקס התייחסות הגנום נכללים במדריך bowtie2 (<a href="http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml" target="_blank">http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml</a>).</li>
		<li>אינדקס נוסף שאינו של miRNA ncRNA צריך גם כדי לסנן רצפים רועשים מקטעי RNA אחרים שאינם קידוד. הקובץ הוא אוסף של רצפי ncRNA הראשי מ Rfam, כולל rRNA, tRNA, snRNA, ו שנחנה. כדי לבנות אינדקס זה, נא עיין בחלק 1.4, כלומר יש להציב את האינדקס בצורה נכונה, דהיינו < miRDP2_version >/script/מrfam_index.</li>
	</ol>
</li>
	<li>. הפעל את miRDP2<ol>
<li>כדי להשתמש ב-miRDP2 לזיהוי מירנאס חדשים מתוך נתונים ברצף עמוק, הפעל את ה-script של bash בחבילה כדי להפעיל את צינור הניתוח (דוגמה ניתן למצוא בשלב 1.4): < path_to_miRDP2_folder >/miRDP2-v. * _pipeline. bash – g < genome_file >-אני < path_to_index/index_prefix >-f < seq_file >-או < output_folder כאשר * מציין את הגירסה של סקריפט bash הצינור. קיימים שלושה פרמטרים הניתנים לשינוי: 1) מספר המיקומים השונים שניתן היה למפות ל-, 2) את מספר האי-התאמה של הפעלת bowtie2 ו-3) את הסף של סל ד (קריאות למיליון). שינוי אלה באמצעות האפשרויות – L,-M ו-R, בהתאמה. הסבר מפורט הוא בסעיף 3.1.</li>
	</ol>
</li>
	<li>בדוק את miRDP2 תפוקות.<ol>
<li>שים לב שתיקיית הפלט נוצרת באופן אוטומטי תחת < output_folder >, ונקראת ' < seq_file_name >-15-0-10 '; שלושת המספרים האחרונים מציינים את הערכים (ברירת המחדל במקרה זה) עבור פרמטרים 1, 2 ו-3, בהתאמה. הקובץ < seq_file_name > _filter_P_prediction מכיל מידע של miRNAs האחרונה החזוי מספק את קריטריוני הביאור שעודכנו לאחרונה של צמח Mirnas. פרטים על תבנית קובץ הפלט מתוארים בחלק 1.4.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. שינויים וזהירות באמצעות miRDP2
<ol><li>פרמטרים שניתן לשנות<ol>
<li>השתמש באפשרות '-L ' כדי להגדיר את המגבלה של מספר המיקומים שניתן למפות לקריאה (פרמטר 1). ייתכן שמיפוי הקריאה לאתרים רבים מדי משויך לרצפים חוזרים, וסביר להניח שהוא מוכן ל-miRNAs. הגדרת ברירת המחדל היא 15. עבור מינים ספציפיים, אם יש משפחות miRNA עם חברים רבים, הפרמטר הראשון עשוי להיות מוגבר באופן ידני כדי להסתגל לנוף הגנום.</li>
		<li>השתמש באפשרות '-M ' כדי להגדיר את האי-התאמות המותר עבור עניבת הקשת (פרמטר 2). הגדרת ברירת המחדל היא 0.</li>
		<li>השתמש באפשרות '-R ' כדי להגדיר את הסף לקריאה העשויה להיות מתאימה ל-miRNAs בוגרת (פרמטר 3). כדי להקטין את צריכת הזמן ואת התוצאות החיוביות, המסנן קורא באמצעות RPM. רק קריאות שחורגות מסף סל ד מסוים עשויות לייצג רצפים בוגרים של miRNAs ולא רעשי רקע, והוא יישמר לצורך ניתוח נוסף. הגדרת ברירת המחדל היא 10 סל ד.</li>
		<li>שים לב ששינוי פרמטרים אלה עלול להשפיע על צריכת הביצועים והזמן. באופן כללי, גידול של פרמטר 1 ו-2 וירידה בפרמטר 3 יפיק תוצאה מחמירה פחות וזמן רב יותר ולהיפך.</li>
	</ol>
</li>
	<li>יתירות ומירנה *<ol>
<li>שים לב כי miRNAs פלט מ miRDP2 עשוי להיות שונה miRNAs הידוע. מצאנו כי זה בעיקר בשל אחת משתי סיבות: טרוגניות של miRNAs בוגרת או השפע היחסי של Mirnas ו Mirnas *. מצאנו כי זה לא משפיע על מבחר האורך האופטימלי של טרום סמנים ואת הפרופיל של הגנים הידועים miRNA.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol><li>Ghildiyal, M., Zamore, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+silencing+RNAs%3A+an+expanding+universe%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Small silencing RNAs: an expanding universe.</a> Nature Reviews Genetics. 10 (2), 94-108 (2009).</li>
<li>Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNAs%3A+target+recognition+and+regulatory+functions%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">MicroRNAs: target recognition and regulatory functions.</a> Cell. 136 (2), 215-233 (2009).</li>
<li>Moran, Y., Agron, M., Praher, D., Technau, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+evolutionary+origin+of+plant+and+animal+microRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Ecology+Evolution%22%5BJournal%5D)">The evolutionary origin of plant and animal microRNAs.</a> Nature Ecology Evolution. 1 (3), 27(2017).</li>
<li>Xie, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+Arabidopsis+MIRNA+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiology%22%5BJournal%5D)">Expression of Arabidopsis MIRNA genes.</a> Plant Physiology. 138 (4), 2145-2154 (2005).</li>
<li>Zhao, X., Zhang, H., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+analysis+of+the+proximal+promoters+of+microRNA+genes+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics%22%5BJournal%5D)">Identification and analysis of the proximal promoters of microRNA genes in Arabidopsis.</a> Genomics. 101 (3), 187-194 (2013).</li>
<li>Bologna, N. G., Mateos, J. L., Bresso, E. G., Palatnik, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+loop-to-base+processing+mechanism+underlies+the+biogenesis+of+plant+microRNAs+miR319+and+miR159%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+JOURNAL%22%5BJournal%5D)">A loop-to-base processing mechanism underlies the biogenesis of plant microRNAs miR319 and miR159.</a> EMBO JOURNAL. 28 (23), 3646-3656 (2009).</li>
<li>Rogers, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biogenesis%2C+turnover%2C+and+mode+of+action+of+plant+microRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Biogenesis, turnover, and mode of action of plant microRNAs.</a> Plant Cell. 25 (7), 2383-2399 (2013).</li>
<li>Voinnet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Origin%2C+biogenesis%2C+and+activity+of+plant+microRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Origin, biogenesis, and activity of plant microRNAs.</a> Cell. 136 (4), 669-687 (2009).</li>
<li>Iwakawa, H. O., Tomari, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Functions+of+MicroRNAs%3A+mRNA+Decay+and+Translational+Repression%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">The Functions of MicroRNAs: mRNA Decay and Translational Repression.</a> Trends in Cell Biology. 25 (11), 651-665 (2015).</li>
<li>Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+C.+elegans+heterochronic+gene+lin-4+encodes+small+RNAs+with+antisense+complementarity+to+lin-14%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14.</a> Cell. 75 (5), 843-854 (1993).</li>
<li>Wightman, B., Ha, I., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Posttranscriptional+regulation+of+the+heterochronic+gene+lin-14+by+lin-4+mediates+temporal+pattern+formation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans.</a> Cell. 75 (5), 855-862 (1993).</li>
<li>Friedlander, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovering+microRNAs+from+deep+sequencing+data+using+miRDeep%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep.</a> Nature Biotechnology. 26 (4), 407-415 (2008).</li>
<li>Yang, X., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miRDeep-P%3A+a+computational+tool+for+analyzing+the+microRNA+transcriptome+in+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">miRDeep-P: a computational tool for analyzing the microRNA transcriptome in plants.</a> Bioinformatics. 27 (18), 2614-2615 (2011).</li>
<li>Meyers, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Criteria+for+annotation+of+plant+MicroRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Criteria for annotation of plant MicroRNAs.</a> Plant Cell. 20 (12), 3186-3190 (2008).</li>
<li>Yang, X., Zhang, H., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+analysis+of+gene-level+microRNA+expression+in+Arabidopsis+using+deep+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics%22%5BJournal%5D)">Global analysis of gene-level microRNA expression in Arabidopsis using deep sequencing data.</a> Genomics. 98 (1), 40-46 (2011).</li>
<li>Kuang, Z., Wang, Y., Li, L., Yang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miRDeep-P2%3A+accurate+and+fast+analysis+of+the+microRNA+transcriptome+in+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">miRDeep-P2: accurate and fast analysis of the microRNA transcriptome in plants.</a> Bioinformatics. , (2018).</li>
<li>Kozomara, A., Birgaoanu, M., Griffiths-Jones, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miRBase%3A+from+microRNA+sequences+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">miRBase: from microRNA sequences to function.</a> Nucleic Acids Research. 47 (1), 155-162 (2019).</li>
<li>Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miRBase%3A+tools+for+microRNA+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">miRBase: tools for microRNA genomics.</a> Nucleic Acids Research. 36, Database issue 154-158 (2008).</li>
<li>Axtell, M. J., Meyers, B. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revisiting+Criteria+for+Plant+MicroRNA+Annotation+in+the+Era+of+Big+Data%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Revisiting Criteria for Plant MicroRNA Annotation in the Era of Big Data.</a> Plant Cell. 30 (2), 272-284 (2018).</li>
<li>Taylor, R. S., Tarver, J. E., Hiscock, S. J., Donoghue, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+history+of+plant+microRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">Evolutionary history of plant microRNAs.</a> Trends in Plant Science. 19 (3), 175-182 (2014).</li>
<li>Kozomara, A., Griffiths-Jones, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miRBase%3A+annotating+high+confidence+microRNAs+using+deep+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">miRBase: annotating high confidence microRNAs using deep sequencing data.</a> Nucleic Acids Research. 42, Database issue 68-73 (2014).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nature Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Lorenz, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ViennaRNA+Package+2.0%5BTitle%5D)+AND+%22Algorithms+for+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">ViennaRNA Package 2.0.</a> Algorithms for Molecular Biology. 6, 26(2011).</li>
<li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome Biology. 10 (3), 25(2009).</li>
<li>An, J., Lai, J., Sajjanhar, A., Lehman, M. L., Nelson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miRPlant%3A+an+integrated+tool+for+identification+of+plant+miRNA+from+RNA+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">miRPlant: an integrated tool for identification of plant miRNA from RNA sequencing data.</a> BMC Bioinformatics. 15, 275(2014).</li>
<li>Lei, J., Sun, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miR-PREFeR%3A+an+accurate%2C+fast+and+easy-to-use+plant+miRNA+prediction+tool+using+small+RNA-Seq+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">miR-PREFeR: an accurate, fast and easy-to-use plant miRNA prediction tool using small RNA-Seq data.</a> Bioinformatics. 30 (19), 2837-2839 (2014).</li>
<li>Evers, M., Huttner, M., Dueck, A., Meister, G., Engelmann, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((miRA%3A+adaptable+novel+miRNA+identification+in+plants+using+small+RNA+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">miRA: adaptable novel miRNA identification in plants using small RNA sequencing data.</a> BMC Bioinformatics. 16, 370(2015).</li>
<li>Mathelier, A., Carbone, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIReNA%3A+finding+microRNAs+with+high+accuracy+and+no+learning+at+genome+scale+and+from+deep+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MIReNA: finding microRNAs with high accuracy and no learning at genome scale and from deep sequencing data.</a> Bioinformatics. 26 (18), 2226-2234 (2010).</li>
<li>Zhu, Q. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+diverse+set+of+microRNAs+and+microRNA-like+small+RNAs+in+developing+rice+grains%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">A diverse set of microRNAs and microRNA-like small RNAs in developing rice grains.</a> Genome Research. 18 (9), 1456-1465 (2008).</li>
<li>Fahlgren, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA+gene+evolution+in+Arabidopsis+lyrata+and+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">MicroRNA gene evolution in Arabidopsis lyrata and Arabidopsis thaliana.</a> Plant Cell. 22 (4), 1074-1089 (2010).</li>
<li>Fromm, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Uniform+System+for+the+Annotation+of+Vertebrate+microRNA+Genes+and+the+Evolution+of+the+Human+microRNAome%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Genetics%22%5BJournal%5D)">A Uniform System for the Annotation of Vertebrate microRNA Genes and the Evolution of the Human microRNAome.</a> Annual Review of Genetics. 49, 213-242 (2015).</li>
<li>Blevins, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Pol+IV+and+RDR2-dependent+precursors+of+24+nt+siRNAs+guiding+de+novo+DNA+methylation+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Identification of Pol IV and RDR2-dependent precursors of 24 nt siRNAs guiding de novo DNA methylation in Arabidopsis.</a> Elife. 4, 09591(2015).</li>
<li>Zhai, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+One+Precursor+One+siRNA+Model+for+Pol+IV-Dependent+siRNA+Biogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A One Precursor One siRNA Model for Pol IV-Dependent siRNA Biogenesis.</a> Cell. 163 (2), 445-455 (2015).</li>
<li>Werner, S., Wollmann, H., Schneeberger, K., Weigel, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+determinants+for+accurate+processing+of+miR172a+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Structure determinants for accurate processing of miR172a in Arabidopsis thaliana.</a> Current Biology. 20 (1), 42-48 (2010).</li>
<li>Mateos, J. L., Bologna, N. G., Chorostecki, U., Palatnik, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+microRNA+processing+determinants+by+random+mutagenesis+of+Arabidopsis+MIR172a+precursor%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Identification of microRNA processing determinants by random mutagenesis of Arabidopsis MIR172a precursor.</a> Current Biology. 20 (1), 49-54 (2010).</li>
<li>Vitsios, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mirnovo%3A+genome-free+prediction+of+microRNAs+from+small+RNA+sequencing+data+and+single-cells+using+decision+forests%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Mirnovo: genome-free prediction of microRNAs from small RNA sequencing data and single-cells using decision forests.</a> Nucleic Acids Research. 45 (21), 177(2017).</li>
</ol>

. למחברים אין מה לגלות

עם הופעתו של ngs, מספר גדול של מירנה מקום זוהו מתוך כמות גוברת של רצף נתונים של srna במינים שונים29,30. במסד הנתונים הקהילתי מרוכז miRBase21, הפריטים mirbase הופקד גדל כמעט 100 פעמים בעשור האחרון. עם זאת, בהשוואה mirnas בעלי חיים, צמח mirnas יש תכונות ייחודיות רבות העושות את הזיהוי/ביאור מסובך יותר13,14.
ראשית, הסמנים של miRNAs הצמח הם משתנה יותר באורך ו...

אחת התגליות המרגשות ביותר בשני העשורים האחרונים בביולוגיה היא התפקיד המוחלק של מינים sRNA בוויסות פונקציות מגוונות של הגנום1. במיוחד, mirnas מהווה מחלקה חשובה של 20-ל 24-nt srnas ב eukaryotes, ובעיקר לתפקד ברמה post-transcript כמו הרגולטורים גנים בולטים במהלך שלבי פיתוח מחזור חיים, כמו גם בתגובות גירוי וסטרס2,3. ב צמחים, mirnas נובעים התעתיקים העיקריים בשם פרי-mirnas, אשר משותילים בדרך כלל על-ידי RNA פולימראז II כיחידות תמלול בודדות4,5. מעובד על ידי מכונות סלולר שימור אבולוציונית (drosha rnase III ב בעלי חיים, dicer כמו צמחים), פרי-mirnas הם מרוטרים לתוך מיידית precursors מוקדם, pre-mirnas, אשר מכילים רצפים להרכיב גזע פנים מולקולרי מבנים6,7. Pre-mirnas מעובדים מכן לתוך intermediates כפול תקוע, כלומר דופלקסים mirnas, המורכב סטרנד פונקציונלי, בוגרת mirnas, ואת שותף פחות פונקציונלי, mirnas *2,8. לאחר שנטען לתוך מתחם ההשתקה המושרה RNA (risc), mirnas בוגרת יכול לזהות מטרות mrna שלהם מבוסס על משלימה רצף, וכתוצאה מכך פונקציה תקינה שלילית2,8. mirnas יכול לערער את התעתיקים היעד שלהם או למנוע תרגום יעד, אבל הדרך הקודמת נשלטת בצמחים8,9.
מאז התגלית של מירנה הראשונה באתר המלון 10,11, מחקרים רבים כבר מחויבת לזיהוי mirna וניתוח פונקציונלי שלה, במיוחד לאחר הזמינות של שיטת ngs. היישום רחב של שיטת NGS קידם במידה רבה את הניצול של כלים חישוביים שתוכננו ללכוד את התכונה הייחודית של miRNAs, כגון מבנה לולאה גזע של טרום סמנים הצטברות שלהם מועדפים של רצף קורא על Mirnas בוגרת Mirnas *. כתוצאה מכך, החוקרים השיגו הצלחה יוצאת דופן בזיהוי miRNAs במינים שונים. בהתבסס על מודל הסתברות שתוארה בעבר12, פיתחנו Mirdeep-P13, שהיה כלי החישוב הראשון לגילוי mirdeep הצמח מתוך נתונים ngs. mirdeep-P הייתה מיועדת במיוחד לכבוש את האתגרים של פענוח צמח mirdeep שמציעות יותר משתנה באורך מקודparalogous גדול משפחות13,14,15. לאחר השקתו, תוכנית זו כבר הורידה אלפי פעמים והשתמשו כדי להוסיף ביאורים miRNA הטרנססקריפט ביותר מ 40 מינים צמח16. מונעת על ידי כלים מבוססי NGS כמו miRDeep-P, יש כבר עלייה דרמטית במספר של Mirdeep רשום במאגר Mirdeep הציבור Mirdeep17, שם מעל 38,000 מוצרים mirdeep מתארחים כעת (שחרור 22.1) בהשוואה רק ~ 500 פריטים mirdeep (שחרור 2.0) ב 200818.
עם זאת, שני אתגרים חדשים עלו מן הצמח miRNA ביאור. ראשון, היחס הגבוה של שווא-חיוביים השפיעו בכבדות על איכות של צמח mirna ביאורים16,19 מהסיבות הבאות: 1) מבול של rnas קצר הפרעה (sirnas) מ-ngs srna ספריות היו מסומן בטעות כמו mirna בשל חוסר קריטריונים מחמירים mirna ביאור; 2) עבור מינים ללא מידע מירנה פריורי, שווא-תוצאות החזוי בהתבסס על נתוני NGS קשה לחסל. באמצעות miRBase כדוגמה, טיילור ואח '20 נמצא שליש של הצמח מירנה ערכים במאגר הציבורי21 (שחרור 21) לא היה משכנע הראיות התומכות אפילו שלושה-ארבעה של משפחות צמח mirbase היו בספק. שנית, זה הופך להיות תהליך רב למדי זמן לחיזוי mirnas צמח עם גנום גדול ומורכב16. כדי להתגבר על האתגרים הללו, התעדכנו miRDeep-P על-ידי הוספת אסטרטגיית סינון חדשה, משיכת יתר של אלגוריתם הניקוד ושילוב קריטריונים חדשים עבור צמח Mirdeep ביאור, ושוחרר גירסה חדשה miRDP2. בנוסף, בדקנו miRDP2 באמצעות NGS sRNA נתונים עם הגדלת בהדרגה הגנום גדלים: Arabidopsis, אורז, עגבניה, תירס וחיטה. לעומת אחרים חמישה כלים בשימוש נרחב הגירסה הישנה שלה, miRDP2 נותחו אלה נתונים sRNA וניתח miRNA ההמרה מהר יותר עם דיוק ורגישות משופרת.
תוכן חבילת miRDP2 חבילת miRDP2 מורכב משש סקריפטים מתועדים Perl כי יש להפעיל ברציפות על ידי סקריפט bash מוכן. מתוך ששת התסריטים, שלושה (convert_bowtie_to_blast. pl, filter_alignments. plו- excise_candidate. pl) עוברים בירושה מ-mirdeep-P. הסקריפטים האחרים משתנים מהגירסה המקורית. פונקציות של ששת הסקריפטים מתוארות בהמשך:
preprocess_reads. pl מסננת קורא, כולל קריאות שארוך מדי או קצר מדי (&lt; 19 nt או &gt; 25 nt), וקורא בקורלציה עם רצפי Rfam ncRNA, כמו גם קורא עם RPM (קורא לכל מיליון) פחות מ 5. קובץ ה-script מאחזר קריאות בקורלציה לרצפים מבוגרים ידועים של miRNA. קובצי הקלט הם קריאות מקוריות בתבנית FASTA/FASTQ ו-bowtie2 פלט של קריאות מיפוי לרצפי miRNA ו-ncRNA.
הנוסחה לחישוב סל ד היא כדלקמן:
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/59864/59864equ01.jpg">
convert_bowtie_to_blast. pl משנה את תבנית עניבת הקשת לתוך תבנית מנותח הפיצוץ. תבנית שנותחה הפיצוץ היא תבנית מותאמת אישית מופרדת טבלאית הנגזרת מתבנית תקן של NCBI.
filter_alignments. pl מסננת את המערכים של ברצף מעמיק קורא הגנום. הוא מסנן מערכים חלקיים, כמו גם קריאות מיושרות מרובות (סף תדירות שצוין על-ידי המשתמש). הקלט הבסיסי הוא קובץ בתבנית שנותחה הפיצוץ.
excise_candidate. pl גוזר רצפי מספרים פוטנציאליים מרצף התייחסות באמצעות היישור מקריא כהנחיות. הקלט הבסיסי הוא קובץ בתבנית שנותחה הפיצוץ וקובץ FASTA. הפלט הוא כל רצפי מקודמן פוטנציאליים בפורמט FASTA.
mod-miRDP.pl זקוק לשני קבצי קלט, קובץ חתימה מבנה קובץ, אשר שונה מן האלגוריתם mirdeep-P הליבה על ידי שינוי מערכת הניקוד עם פרמטרים מסוימים הצמח. קבצי הקלט הם קובץ מבנה המבנה הקודמי וקורא קובץ חתימת הפצה.
mod-rm_redundant_meet_plant. pl זקוק לשלושה קבצי קלט: chromosome_length, סמנים מוקדמים וoriginal_prediction שנוצרו על-ידי mod-miRDP.pl. הוא מייצר שני קבצי פלט, קובץ חזוי שאינם יתירים קובץ החזוי מסוננים על ידי החדש העדכון קריטריונים miRNA הצמח. פרטים על תבנית קובץ הפלט מתוארים בסעיף 1.4.

<table><tbody><tr>נדרש <td>צומת מחשב/מחשוב</td><td>N/A</td><td>N/A Perl</td><td>; מומלץ לפחות 8 GB RAM ו-100 GB אחסון</td></tr></tbody></table>

צינור ביואינפורמטיקה לנתח באופן מדויק ויעיל את המייקרואורפה בצמחים

A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants

MicroRNAs (miRNAs) הם 20-עד 24-נוקלאוטיד (nt) RNAs קטנים (sRNAs) הקיימים באופן מקיף בצמחים ובעלי חיים המשחק תפקידים חזקים בוויסות ביטוי הגנים ברמה שלאחר ההמרה. רצפי הספריות sRNA לפי רצף הדור הבא (NGS) שיטות המועסקים באופן נרחב כדי לזהות ולנתח miRNA הטרנססקריפט בעשור האחרון, והתוצאה היא עלייה מהירה של גילוי miRNA. עם זאת, שני אתגרים עיקריים נובעים הביאור miRNA הצמח בשל הגדלת עומק של ספריות sRNA רצף, כמו גם את הגודל והמורכבות של הצמח genomes. ראשון, סוגים רבים אחרים של sRNAs, בפרט, RNAs מתערב קצר (siRNAs) מספריות Srnas, הם מסומן בטעות כמו miRNAs על ידי כלים חישוביים רבים. שנית, זה הופך להיות תהליך רב למדי זמן לניתוח miRNA הטרנססקריפט במינים צמחיים עם genomes גדולים ומורכבים. כדי להתגבר על האתגרים הללו, שודרגו לאחרונה miRDeep-P (כלי פופולרי עבור הפעלת ניתוח Mirdeep) כדי miRDeep-P2 (miRDP2 בקיצור) על-ידי שימוש באסטרטגיית סינון חדשה, בגרירת האלגוריתם הבקיע ושילוב הצמח החדש שעודכן Mirdeep קריטריוני ביאור. בדקנו miRDP2 נגד אוכלוסיות sRNA בחמישה צמחים מייצגים עם הגדלת מורכבות גנומית, כולל Arabidopsis, אורז, עגבניה, תירס וחיטה. התוצאות מעידות על כך שmiRDP2 עיבד משימות אלה ביעילות גבוהה מאוד. בנוסף, miRDP2 ביצעו כלים אחרים חיזוי לגבי רגישות ודיוק. יחד, התוצאות שלנו להפגין miRDP2 ככלי מהיר ומדויק עבור ניתוח הצמח miRNA transcript, ולכן כלי שימושי לסייע לקהילה ביאורים טובים יותר Mirna בצמחים.

צינור הביאור mirna, miRDP2, תיאר בזאת מוחל על 10 הציבור srna-seq ספריות מ 5 מינים צמח עם אורך הגנום גדל בהדרגה, כולל arabidopsis thaliana, oryza סאטיבה (אורז), solanum lycopersicum (עגבניה), zea מייז (תירס) ו triticum חיטת (באיור 1א באופן כללי, לכל מין, 2 ספריות sRNA מייצגות מרקמות שונות (מכווצות לקריאות ייחודיות, פרטים בסעיף הפרוטוקול) ורצפי הגנום הכלולים בהם מעובדים כשני כניסות (טבלה 1). חמש כלים חיזוי חישובית ש...

קו ביואינפורמטיקה, כלומר miRDeep-P2 (miRDP2 בקיצור), עם קריטריונים מעודכנים של הצמח Mirdeep ואלגוריתם מקוצר, יכול לנתח באופן מדויק וביעילות מיקרוסקריפט בצמחים, במיוחד עבור מינים עם genomes מורכבים וגדולים.

MicroRNAs (miRNAs) are 20- to 24-nucleotide (nt) endogenous small RNAs (sRNAs) extensively existing in plants and animals that play potent roles in ...

miRDeep2 ניתן להשתמש כדי לזהות במדויק microRNAs צמח כי הם רגולטורים שעתוק חשוב בפיתוח הצמח והם חיוניים לתגובה לאתגרים סביבתיים. miRDeep2 דורש זמן ריצה קצר משמעותית ומציג ביצועים מצוינים הן ברגישות והן בדיוק במיוחד לחיזוי microRNA בצמחים עם גנום גדול. תוצאות חיוביות שגויות ותנאי עיבוד ארוכים הם אתגרים ביאור microRNA הצמח.על-ידי הוספת אסטרטגיית פילוח חדשה, שיפוץ אלגוריתם הניקוד ושילוב קריטריונים מחמירים, miRDeep2 יכול להתגבר על בעיות אלה. ביאור microRNA בביטחון גבוה הוא היסוד לגילוי התפקיד של microRNA בוויסות פונקציה מגוונת של הגנום. הדרכה שלב אחר שלב יכולה להועיל לראשונה למבארי microRNA.עבור חוקרים מנוסים, השיטה שימושית להבנת היתרונות והיתרונות של שימוש ב- miRDeep2 על פני כלים אחרים. כדי להתקין את חבילת miRDeep2, נווט אל דף האינטרנט miRDeep2 והבא את קבצי tarball. לאחר מכן חלץ את כל תוכן הקובץ שהורד לתיקיה אחת והגדר את נתיב התיקיה לנתיב.כדי לבדוק את צינור miRDeep2, הורד את נתוני הבדיקה ואת הפלט הצפוי המכיל קובץ רצף GSM מעוצב אחד וקובץ גנום אחד של Arabidopsis thaliana והזז את כל הקבצים שהורדו לספריית העבודה הנוכחית. לאחר חילוץ קבצי tarball דחוסים, לבנות את מדד התייחסות הגנום Arabidopsis ואת מדד התייחסות RNA noncoding. תיקיה תיווצר באופן אוטומטי user_selected_folder המכילה את כל קבצי הביניים והתוצאות.לאחר מכן ניתן להפעיל את צינור miRDeep2 באמצעות נתוני הבדיקה. כדי לבדוק את פלטי הבדיקה, הצג את קובץ הפלט המופרד באמצעות טאבים. הפלט הסופי של microRNAs החזוי יכיל עמודות המציינות את מזהה הכרומוזום, כיוון הגדיל, נציג קורא מזהה, מזהה מבשר, מיקום miRNA בוגר, מיקום מבשר, רצף בוגר ורצף מבשר.לאחר מכן progress_log הקובץ המספק מידע אודות השלבים המוגמרים script_log script_err המכילים פלטים ואזהרות של תוכניות. לפני הפעלת הצבר, כדי להבטיח שקריאות הקלט ייעוצב מראש בתבנית המתאימה, הסר מתאמים מחמשת ושלושת הקצוות הראשונים של קריאות הרצף העמוקות וודא שכל מזהי FAST A הם ייחודיים. כל מזהה רצף חייב להסתיים במקף תחתון x ובמספר שלם המציין את מספר העותק של הרצף המדויק שאוחזר בערכות הנתונים של הרצף העמוק.כדי להבטיח מזהה FAST A ייחודי, כלול מספר מצטבר ב- ID.To לבנות אינדקס ייחוס, אם רצפי הגנום של המינים של עניין כבר אינדקס, להוריד Bowtie 2 קבצי אינדקס מאתר האינטרנט של iGenomes. לאחר מכן, לבנות אינדקס RNA שאינו microRNA noncoding המכיל את הרצפים העיקריים שאינם קידוד מ RNA fam כולל RNA ריבוזומלי, העברת RNA, RNA גרעיני קטן RNA גרעיני קטן כדי לסנן רצפים רועשים של שברי RNA אחרים שאינם קידוד. כדי להשתמש ב- miRDeep2 כדי לזהות microRNAs חדשים מנתוני רצף עמוק, הפעל את קובץ ה- Script של bash בחבילה כדי להפעיל את צינור הניתוח.ניתן למפות את מספר המיקומים השונים לקריאה, את מספר אי-התאמה להפעלת Bowtie 2 ואת סף הקריאות למיליון לפי הצורך. כדי לבדוק את פלטי miRDeep2, הצג את הנתונים בדף שנוצר באופן output_folder. בניתוח מייצג זה, צינור הביאור microRNA miRDeep2 הוחל על 10 ספריות רצף sRNA ציבוריות מחמישה מיני צמחים עם גודל גנום גדל בהדרגה כפי שצוין.עבור כל מין, שתי ספריות RNA קטנות מייצגות מרקמות שונות ורצפי הגנום של האינדקס שלהם מעובדים כשתי תשומות. בשיטות קודמות, עיבוד הגנום יכול לקחת מעל 100 שעות או לפעמים לעצור באמצע הניתוח בשל אורך הגנום. miRDeep2, לעומת זאת, לסיים תהליכי חיזוי אלה בתקופה קצרה משמעותית מ דקות לשעות.עבור שני RNAs ערבידופסיס רצף בשימוש במבחן זה, miRDeep2 ביצע טוב יותר הן רגישות ודיוק בהשוואה לכלים אחרים. נא ודא שאינדקס הקלט עבור התוכנית נכון. לדוגמה, השתמש Bowtie רק עם אינדקס Bowtie ולהשתמש באפשרות אינדקס גדול עבור גנומים גדולים.ניתן לחזות את מטרות המיקרו-רנ"א המתקבל באמצעות נתוני רצף שיכולים לספק תובנות לגבי פונקציית microRNA. כמו miRDeep2 ניתן להשתמש כדי לזהות במדויק וברגישות את רוב microRNA במין צמחי מסוים, התפקיד של פונקציית microRNA ככלל ניתן ללמוד.

a-bioinformatics-pipeline-to-accurately-efficiently-analyze-microrna

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

בסרטון זה אנו מדגימים את הכתם הצפוני, טכניקת הכלאה לזיהוי וכימות מיקרו-רנ"א (miRNAs) מסך הרנ"א המופק מרקמת הצמח.

כתם צפוני לזיהוי וכימות מיקרו-רנ"א ספציפי בתמצית RNA כוללת של רקמת צמח

ניתוחי RNA-Seq הופכים חשובים יותר ויותר לזיהוי היסודות המולקולריים של תכונות הסתגלות באורגניזמים שאינם מודלים. כאן, מתואר פרוטוקול לזיהוי גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי בין יתושי Aedes albopictus שאינם דיאפאוזה, מגידול יתושים, ועד לריצוף RNA וניתוחים ביואינפורמטיים של נתוני RNA-Seq.

ניסיוני וביואינפורמטיקה פרוטוקול לניתוח RNA-seq של Photoperiodic דיאפאוזה באסיה טייגר נגד יתושים, אדס המפוספס

מיקרו-רנ"א במחזור צמחו לאחרונה כסמנים ביולוגיים מבטיחים וחדשניים לסוגי הסרטן שונים ולמחלות אחרות. המטרה של מאמר זה היא לדון בשלוש פלטפורמות שונות המבוסס על בדיקה בזמן אמת PCR ושיטות שאינן זמינים לכמת ולקבוע את השפע של מיקרו-רנ"א במחזור.

בזמן אמת המבוסס על הבדיקה PCR גישות למדידת כמותית של מיקרו-רנ&quot;א

פרוטוקול זה מתאר שיטה קלה לחילוץ ופיצול תעתיקים מרקמות צמחים על בסיס מספר הריבוזומים הקשורים. הוא מאפשר הערכה גלובלית של פעילות התרגום וקביעת סטטוס התרגום של mRNAs ספציפיים.

שיטה קלה הצמח Polysome Profiling

דו ח זה מתאר שיטה מהירה ואמינה עבור אימות מטרות mRNA miRNAs הסלולר. משתמשת בשיטה biotinylated סינתטי מבוססת מגבר קדם חומצת גרעין נעול miRNA מחקה ללכידת המטרה mRNA. לאחר מכן, מצופים streptavidin beads מגנטי מועסקים הנפתח המטרה mRNA על כימות על ידי תגובת שרשרת של פולימראז qPCR.

הנועד מבוסס-ביוטין הנפתח Validate mRNA miRNAs מטרות של הסלולר

כאן אנו מתארים שיטה להערכת ביטוי ריאות miRNAs זה הם חזו להסדיר גנים דלקתיים שימוש בעכברים נחשפים האוזון או סינון אוויר בשלבים שונים של ייחום.

ריאות microRNA פרופיל לרוחב ייחום בעכברים החשופים אוזון

כאן, אנו מתארים אסטרטגיה צעד אחר צעד עבור בידוד RNAs קטנים, העשרת עבור microRNAs, והכנת דגימות עבור רצף תפוקה גבוהה. לאחר מכן נתאר כיצד לעבד רצף וליישר אותם ל-microRNAs, באמצעות כלי קוד פתוח.

צינור מלא לבידוד ולרצף של מיקרו-משתמשים וניתוחם באמצעות כלי קוד פתוח

אנו מציגים פרוטוקול מפורט עבור וירוס תפוחי אדמה X (PVX)מבוסס microRNA השתקת מערכת (VbMS) כדי לאפיין פונקציונלית microRNAs אנדוגני (miRNAs) בתפוח אדמה. מולקולות חיקוי מטרה (TM) של miRNA של עניין משולבות בווקטור PVX ומתבטאות באופן חולף בתפוח אדמה כדי להשתיק את משפחת ה- miRNA או miRNA היעד.

וירוס תפוחי אדמה X מבוסס השתקת מיקרונה (VbMS) בתפוח אדמה.

שיטה זו ממחישה את השימוש בטכניקת הכלאה הצפוני כדי לזהות miRNAs מתוך תמצית RNA מוחלטת.

ה-RNA ניתוח כתמי לזיהוי וכימות של מיקרורונאס הצמח

כאן אנו מציגים צינור miRNA חדש ואוטומטי לחלוטין, mirMachine ש-1) יכול לזהות miRNAs ידועים וחדשניים בצורה מדויקת יותר ו-2) הוא אוטומטי לחלוטין וזמין באופן חופשי. משתמשים יכולים כעת לבצע סקריפט הגשה קצר כדי להפעיל את צינור mirMachine האוטומטי לחלוטין.

mirMachine: חנות אחת לביאור miRNA צמחי

למד את צינור miRDeep-P2 לניתוח מיקרו-RNA בצמחים ביעילות ובדיוק גבוה. השיטה מצמצמת תוצאות חיוביות שגויות ומקצרת זמני עיבוד לגנומים גדולים.

צינור ביואינפורמטיקה לנתח באופן מדויק ויעיל את המייקרואורפה בצמחים

גלה סרטונים נוספים