בשיטת מידול סיליקו לרעלים מימיים לחישוביות חישובית של משבנים אנדוקרינים: גישה מבוססת תוכנה באמצעות ארגז הכלים QSAR

הפרוטוקול שלנו משתמש בתוכנה נגישה ופתוחה מאוד כדי לאפשר חישוב מהיר של תופעות לוואי לטווח קצר של כימיקלים משבשים אנדוקריניים. ארגז כלים זה של ה-OECD QSAR שימושי לחיזוי הרעילות של חומרים כימיים ומספק שיטה יעילה להערכת אקוטוקסיות חריפה של משבשים אנדוקריניים באופן ידידותי למשתמש. עם הפעלת ארגז הכלים של QSAR, המשתמש מתחיל בשלב ארגז הכלים של הקלט כברירת מחדל וארגז הכלים יוצר באופן אוטומטי קובץ עבודה בשם מסמך 1.

לאחר לחיצה על מספר שירות מופשט כימי, הזן את מספר השירות המופשט הכימי של חומר היעד בשדה הטקסט הזמין ולחץ על חיפוש. באמצעות כפתור מבנה, החומר יכול גם להיות חיפש על ידי קוד מערכת כניסה קו קלט מולקולרי פשוט. כדי לבצע את ההתראה בתוך silico עבור חומרי יעד מרובים, לכתוב רשימת חומרים פשוטה בעורך טקסט שבו כל מספר שירות מופשט כימי מופיע בשורה אחת ולשמור את קובץ הטקסט עם שם מתאים.

לאחר מכן, לחץ על נתונים ואשר שמסדי נתונים המפורטים תחת מידע אקוטוקסיולוגי נבדקים. לחץ על קלט, בחר שאילתה ולחץ על כן בחלון הדו-שיח כדי לקבל את ההגדרות שנבחרו. תחת הכרטיסיה שירות מופשט כימי, בחר טען רשימה כדי להעלות את רשימת החומרים שנשמרה כקובץ טקסט.

לחצו על 'הוסף' בתחתית התפריט הנפתח ולחצו על 'בצע'. ארגז הכלים של QSAR יציג הודעה המציינת את מספר החומרים שאוחזרו עבור החיפוש. לפרופיל, לחצו על כפתור השלב 'ארגז כלים לפרופיל' ונווטו ל'שיטות יצירת פרופיל' בחלונית אפשרויות הבמה.

לחץ על בטל בחירה באפשרות הכל בחלון שיטות יצירת פרופיל ואשר שכל הפרופילים המפורטים תחת מוגדרים מראש ופרפיילרים הקשורים לרעילות מימית תחת נקודת קצה ספציפית נבדקים, ולאחר מכן לחץ על החל, לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על פרמטרים כדי להפעיל מודלים משולבים של 2D ו- 3D QSAR לפי הרצוי. עבור איסוף נתונים, לחץ על לחצן שלב ארגז כלים של נתונים ולחץ על אסוף בסרגל הכלים פעולות. בחר את כל נקודות הקצה כדי לאסוף את כל הנתונים הניסיוניים או בחר בחר לאסוף את הנתונים הניסיוניים הספציפיים לנקודת הקצה.

לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על נקודת הקצה המעניינים וארגן את עץ נקודות הקצה באופן המועדף באמצעות התנאים וחצים הזמינים לפני שתלחץ על אישור. לאחר מכן לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על נקודת הקצה המעניינים ובחר יצא מטריצת נתונים כדי לייצא את הנתונים שנאספו לגיליון אלקטרוני. יופיע אשף ייצוא מטריצה, המאפשר הוספה של נקודות קצה אחרות לרשימת הייצוא.

סיים את הבחירה ולחץ על יצא כדי לשמור את הקובץ. למילוי פערי נתונים, לחצו על כפתור השלב 'ארגז כלים למילוי פערי נתונים' ולחצו על 'אוטומטי'. בחר מידע אקוטוקסיולוגי ודגים, ריכוז קטלני ב 50% ב 96 שעות ולחץ על אוקיי.

חלון בקר זרימת העבודה יופיע. אם אתם מפעילים מצב אצווה, ציינו את טווח החומרים שעליו יש לבצע את זרימת העבודה. אם החיזוי בוצע בהצלחה, לחץ על לחצן שלב ארגז כלים של דוח, לחץ שמאלה על ערך החיזוי המתקבל, לחץ על חיזוי והתאם אישית את התוכן והמראה של הדוח באשף הפריטים המוקפצים.

לאחר לחיצה על הבא, לחץ על צור דוח ושמור את דוחות החיזוי והקטגוריה כקבצי PDF ואת מטריצת הנתונים כקובץ גיליון אלקטרוני. בניתוח כמותי זה של הרעילות החריפה החזויה של משבשים אנדוקריניים נבחרים, כאשר נקודות הנתונים החזויות התווה לעומת נקודות הנתונים הניסיוניות כמו סולם יומן נמצא מתאם חיובי בין שני הפרמטרים עבור כל הדגים שנותחו, כמו גם עבור המין הייצוגי שלנו. כדי לאפשר הערכת בטיחות של האמינות הגבוהה ביותר, בוצע ניתוח חישובי נוסף על ידי התוויית הגבול התחתון החזוי של מרווח הביטחון של 95% של הריכוז הקטלני בשיעור של 50% לעומת הערכים הנגזרים באופן ניסיוני.

בהערכה זו עם סף בטיחות גבוה, 92% מכלל התרכובות המשבשות האנדוקריניות שנבדקו הוכחו כי הן נופלות לטווח ההגנה בהשוואה לערכים הנגזרים באופן ניסיוני. כאן הרמות הממוצעות של הריכוז הקטלני החזוי ב 50% ערכים עבור קלסרים קולטן אסטרוגן היו גבוהים יותר מאלה של שאינם קלסרים. לעומת זאת, עבור הריכוז הקטלני הניסיוני ב-50% ערכים, שלוש רמות של הקלסרים הלא חלשים היו גבוהות יותר מאלה של קלסרים חזקים יותר של קולטני אסטרוגן.

הליך זה יכול להיות מיושם רק על חומרים כימיים עם מזהה ייחודי, אשר במקרה זה הוא קוד SMILES. יש עוד זרימת עבודה אוטומטית אחת משולבת בארגז הכלים QSAR של ה-OECD שניתן ליישם באופן דומה והיא לרגישות העור.