מידול מבנה רבעוני באמצעות ספקטרומטריית מסה מצטלבת כימית: הרחבת דוחות TX-MS Jupyter

שיטה זו משתמשת בכוחה של מחברת Jupyter כדי לספק דוחות אינפורמטיביים ומושכים חזותית תוך מתן אפשרות למשתמשים להרחיב ולהתאים אישית את הדוח באופן ניתן לשחזור וניתן למעקב. טכניקה גמישה זו מאפשרת ללכוד את כל שינויי המשתמש בפירוט מספיק כדי להיות משוכפלים במסגרת זמן מאוחרת יותר או על ידי משתמש אחר. למרות ששיטה זו ישימה בדרך כלל בכל תחום מחקר, היא מיועדת בעיקר למדעי החיים של Mucor, תחום מחקר שיכול לייצר נתונים מורכבים.

לפני תחילת הניתוח, פתחו את אתר ספקטרומטריית המסה המקשרת הממוקדת. בעת הניווט לאתר, יופיע מסך קבלת פנים המספק תיאור ברמה גבוהה של שירות האינטרנט TX MS.web. תחת לשונית ערכת הלימוד ניתן לראות תיאור מפורט של השירותים הניתנים, כולל מידע על אופן השימוש בשירות וכיצד לנתח את התוצאות.

תחת כרטיסיית ההורדה, ניתן להוריד תוכנה ומשאבים. כל התוכנות זמינות תחת רישיון קוד פתוח. תחת הכרטיסיה רשיון, הרשיון של BSD בן 3 סעיפים הופך את התוכנה לשמישה באופן כללי ככל האפשר.

הכרטיסיה איש קשר מספקת פרטי קשר לשליחת שאלות או הערות. כדי לשלוח הודעת דואר אלקטרוני המבקשת אישורי משתמש, חזור לכרטיסיה צ'יטה ולחץ על ההיפר-קישור של כתובת הדואר האלקטרוני בתחתית הדף. הזן את המידע הרלוונטי בשורת הנושא בגוף הודעת הדואר האלקטרוני.

תשובה תישלח במהירות האפשרית. לאחר קבלת דוא"ל אישור עם אישורי המשתמש, היכנס והעלה את נתוני ספקטרומטריית המסה לאתר. לחץ על שלח זרימת עבודה והזן כותרת ותיאור.

לאחר מכן לחץ על הצג זרימת עבודה ובחר את זרימת העבודה של הצ'יטה. לאחר ביצוע האשף, השתמש במציג המקוון כדי לבדוק את מחברת Jupyter. כדי להתקין את JupyterHub להתקין את Docker כפי שהונחה ולהוריד את מיכל JupyterHub Docker עם הרחבת Jupyter OpenBIS.

לאחר הפעלת Docker להפעיל P8171:8000 malmstroem / jove:המכולה האחרונה. נווט אל כתובת האינטרנט שצוינה והיכנס באמצעות המשתמש והסיסמה. כדי להוריד את הדוח, לחץ על חדש ב- Python 3 כדי לפתוח כרטיסיה חדשה עם מחברת ללא שם.

לחץ על קביעת תצורה של חיבורי openBIS בתפריט הכלים Jupyter והזן TX MS עבור השם, כתובת האינטרנט TX MS עבור כתובת ה- URL, אורח עבור המשתמש ו- G-U-E-S-T-P-A-S-S-W-D עבור הסיסמה. בחר את החיבור החדש ולחץ על בחר חיבור כדי לחפש את הדוח. לאחר מכן לחץ, הורד בתא והפעל הכל כדי להחזיר את הדוח.

כדי להרחיב את הדוח, לחץ על תא והוסף להלן כדי להוסיף תא חדש בתחתית. לאחר מכן לחץ על קוד והקש Shift והזן כדי לבצע את התא. כדי להעלות את הדוח, לחץ על לחצן ההעלאה כדי ליצור ערכת נתונים חדשה.

מבנה מייצג של M1 ואלבומין עם קישורים מוצלבים עליונים הממופים על המבנה מוצגים כאן. כל הקישורים הצולבים הושגו על ידי ספקטרומטריית מסה מקושרת ממוקדת לאחר ניתוח נתוני MS1 ברזולוציה גבוהה תלויים ונתוני רכישה עצמאיים ועצמאיים והמודלים החישוביים סופקו על ידי פרוטוקול RosettaDock. חשוב לזכור כי אינטראקציות חלבון חלבון הם מגוונים מבחינת היציבות שלהם.

לכן, התוצאות שלך עשויות להשתנות. המתודולוגיה הנוכחית מוגבלת לאינטראקציות בינאריות ולכן לא ניתן ליישם אותה על מבנים רבעוניים מורכבים יותר של חלבונים. עם זאת, מידול זוגות בודדים יכול לספק בסיס טוב לבניית מבנים מורכבים יותר.

פרטים על ממשק האיגוד יכולים להיות שימושיים במובנים רבים, למשל, כדי להציע מוטציות שיכולות לייצב או לערער את אינטראקציות החלבון. אז, זה יכול להיות מועיל כדי להבין את התפקיד של אינטראקציות חלבון-חלבון טוב יותר.