Name: ביטוי, טיהור, וליפוזום קשירה של שמרים מסוג SNX-BAR הטרודיורס (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-12-06T12:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 28 s
Description: חקור שיטות לביטוי, טיהור וקשירת ליפוזומים של חלבוני SNX-BAR הטרודימריים משמרים. שיטות אלו מאפשרות לקבוע תכונות ביופיזיקליות ולהבין ספציפיות ליפידים בחלבוני מודל קרום.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

המחקר שדווח בפרסום זה נתמך על ידי המכון הלאומי למדעי הרפואה הכללית של המכון הלאומי לבריאות תחת מספר הפרס GM060221 ובחלקו על ידי המוסד הלאומי למדעי הרפואה הכללית של המוסדות הלאומיים של בריאות תחת מספר הפרס T32GM007223. מ. פ. הייתה נתמכת בחלקו על ידי תוכנית המענקים למחקר של הפקולטה UNC-שארלוט.

1. שמרים הזנים הבנייה
<ol><li>התחל עם TVY614 (pep4Δ:: LEU2 Prb1Δ:: Hisg prc1Δ:: HIS3)11 כמתח האב. זן זה הוא לקוי של הפרוטאוסיס החלבונים, אשר תורמים הרוב של השפלה חלבון לאחר הליזה התאים, ולכן מאפשר טיהור נקי ויעיל יותר.</li>
	<li>עיצוב התחל12 ולשלב טיהור האהדה הדו (ברז) תג ב-C הטרמינוס של ATG20 (snx-BAR orf 1) באמצעות שילוב מחדש של הומוולוגי. השתמש בתגובת שרשרת פולימראז (PCR) כדי לאשר שילובים (איור 2).</li>
	<li>בצע את הכתם המערבי של התא ליפוסט נגד תג הקש כדי לאשר אינטגרציה נכונה13. הערה: אנו ממליצים על הקציר 3 OD (1 OD ≈ 1 x 107 תאים) של תאים עבור sds-העמוד ואימות כתמי מערבי. שים לב ששילוב של תג ה-טאפ אמור להתרחש לפני החלפת היזמים האנדודוגני עם היזם GAL1 כדי לאפשר אימות תגים קל יותר באמצעות אבן חשופה מערבית.</li>
	<li>החלף אנדודוגני Snx4 (SNX-BAR ORF1) ו-Atg20 (SNX-BAR ORF 2) היזמים עם היזם GAL1 לא מתויג באמצעות שילוב סדרתי של הומוולוגי ושלבי המרה של כל ORF יחיד14.</li>
	<li>השתמש באגפים מחוץ לאתרי האינטגרציה ל-PCR המאשר שילובים מוצלחים (איור 2). הדבר יגרום לפנוטיפ מסוג null של ברים ממוקדים בהעדר גלקטוז במדיום הגדילה.</li>
</ol>2. שמרים אינדוקציה ו SNX-בר Dimer טיהור
הערה: תאים שמרים ניתן להפיץ על YPD סטנדרטי (תמצית שמרים, peptone, ו 2% גלוקוז) לוחות אגר כאשר השינויים הם כרומוסומלית משולבים.
<ol><li>איחסן מעטה גדול של תאים לתוך 50 mL של התקן YP (תמצית שמרים ו peptone) בינונית עם 2% רפפיז ו 0.1% גלוקוז כמקור פחמן בבקבוקון לפחות 4x נפח של התרבות ולצמוח לילה ב 30 מעלות צלזיוס שייקר כדי לאפשר aeration תקין. לצפות כי הצמיחה במדיום זה יהיה איטי יותר לעומת YPD סטנדרטי.</li>
	<li>למחרת בבוקר, השתמש 50 mL טרום התרבות לתוך 1 L של מדיום YP סטנדרטי עם 2% רפפיז ו 0.1% גלוקוז ולצמוח עבור 4-5 h ב 30 ° c שייקר. הערה: הנפח של התרבות הקדם המשמש לאיחסן 1 התרבות יכול להיות מותאם בהתאם OD600 של התרבות הקדם. OD600 של התרבות 1 L לאחר החיסון צריך להיות סביב 0.2 כדי לאפשר לפחות שני טווח במהלך הצמיחה 4-5 h.<ol>
<li>השתמש בבקבוקון פרנבאך מבולבל לצמיחה כדי לאפשר האנטנה הנכונה, הבקבוקון של 2.8 L מספיקה. האנטנה פחות עלולה לגרום לצמיחה איטית יותר ואת הגלולה הקטנה התאים על הקציר.</li>
	</ol></li>
	<li>בדוק OD600 כדי לוודא שהתרבות היא בשלב היומן (0.5-1) לאחר 4-5 h של הצמיחה. בהתאם לצמיחה של המתח, לבצע התאמות לזמן הצמיחה כדי לאפשר לפחות שני טווח. מוסיפים ל 2% גלקטוז וגדלים לילה ב -30 ° צ' שייקר. הערה: ה-OD600 לאחר שצמיחת הלילה עשויה להשתנות, אך התרבות צריכה להיות רוויה. שימו לב שאין צורך להסיר תאים מ-0.1% גלוקוז לפני הוספת 2% גלקטוז לפרוטוקול גדילה זה. אנו ממליצים לקצור 3 OD של תאים בלתי המושרה והמושרה בשלב זה עבור SDS-עמוד ואבן חשופה מערבית לאימות (איור 3A, B, ליין 1-2).</li>
	<li>הקציר תאים על ידי צנטריפוגה ב 4500 x g עבור 15 דקות. ניתן להשתמש כאן ברוטור דלי מתנדנד התואם לתרבות הנפח 1 L.</li>
	<li>העבר את הגלולה שמרים לתוך צינורית חרוט 50 mL; שלב צנטריפוגה שני עשוי להתבצע לפי הצורך. הגלולה תא בדרך כלל יהיה סביב 10-15 mL בנפח כפי שנמדד על ידי הסימונים הסיום ניתן להשתמש מיד או מאוחסן ב-80 ° c.<ol>
<li>להשהות את הגלולה ב 15 מאגר טיהור mL (50 mM Tris pH 7.4, 300 mM הנאל, 1.5 mM MgCl2, 1 מ"מ Dithioitol (dtt), קוקטייל פרוטאז מעכבי) כדי להפוך את הנפח הסופי סביב 30 מ ל.</li>
	</ol></li>
	<li>לצנן את ההומוגניף 4 ° צ' לפני השימוש ושיווי משקל עם מאגר טיהור. Lyse תאים באמצעות מייצב תא מכני או הומוגניצר. לטעון מדגם לתוך ההומוגניצר ו lyse ב 20000-25000 psi עבור 2-3 סיבובים; שימו לב כי כאשר התאים הופכים הפוך, לחץ הקלט יותר נדרש כדי לשמור 20000-25000 psi. לאסוף את התא ליפוסט בשפופרת חרוט 50 mL על קרח. הערה: אם יש צורך בדגימות נוספות, ההומוגניקה צריכה להתנקות ביסודיות ולהיות מעורפלת לפני טעינת המדגם הבא. . השאר את כל התאים מתים על קרח</li>
	<li>ברור מיד את התא לאחר מכן ב 35,000 x g עבור 1 h ב 4 ° c. העבר בזהירות את הסופרנט. לתוך צינור חדש שים לב כי ליפידים מתוך הפירוק התא יהיה לצוף לראש במהלך צנטריפוגה ולא ישפיע על טיהור. הערה: אנו ממליצים לחסוך 0.5-1% של הליפוסט ואת הגלולה עבור הדגימות של SDS-PAGE. בדרך כלל, לא נצפו הבדלים עיקריים וכתמי מערביות נוספים ניתן לבצע כדי לאשר מסיסות החלבון ברז (איור 4, נתיבים 1 ו-2, בהתאמה).</li>
	<li>משקל 300 μL של חרוזים מספרד של IgG עם מאגר טיהור. להוסיף את התא הנקי ליפוסט ואת הדגירה עבור 2 h, מסתובבת 4 ° c.</li>
	<li>לאסוף חרוזים בטור כרומטוגרפיה 10 mL ולאפשר ליפוסט מאוגד לזרום דרך.</li>
	<li>לשטוף חרוזים באמצעות 10 מ ל של מאגר לשטוף (50 mM Tris pH 7.4, 300 mM הנאקל, 1.5 mM MgCl2, 1 מ"מ dtt), הוספת 1 mL בכל פעם ומאפשר לו לזרום באופן מלא. הערה: אנו ממליצים לחסוך 2% מחרוזי ה-IgG המאוגדים עבור מדגם SDS-PAGE. בדרך כלל אנו צופים בארבע להקות גדולות; שני חלבונים SNX-BAR ו-IgG כבדים וקלים שרשראות (איור 4, ליין 3). אנו ממליצים על שמירת כמויות שוות ערך של ' הללויה ' ו ' IgG חרוזים לאחר TEV ' כדי להשוות עבור יעילות מחשוף TEV.</li>
	<li>לאסוף חרוזים ולהעביר אותם צינור מיקרוצנטריפוגה. הוסף ל 500 μL של נפח כולל עם מאגר כביסה טרי ו-2 μL של 10 מ"ג ליטר/מ ל TEV פרוטאז ו-דגירה לילה, מסתובבת 4 ° c.</li>
	<li>למחרת בבוקר, להסיר את supernatant לחלוטין באמצעות המחט 27 G ולהעריך טוהר החלבון על ידי מערכת של 10% פוליאקרילאמיד SDS-עמוד (איור 4, ליין 4). הערה: אנחנו בדרך כלל להשיג 500 μL של 0.5-1 מ"ג/mL של 95% הטרודימר טהור (איור 4, ליין 4). טיהור נוסף באמצעות שרף קלמודולין יכול להיעשות גם, אולם אנו בדרך כלל רואים ירידה משמעותית בתשואה וממליצים לעצור כאן אם הטוהר הוא > 90%. TEV אינה מפריעה ליפופי כמה מחייב, למרות TEV ניתן להסיר בנוסף באמצעות Ni-נ. ת. ע. חרוזים15.</li>
	<li>כדי להתרכז, להעביר את המדגם למסנן צנטריפוגלי 0.5 mL עם 10 הפסקת KDa ו צנטריפוגה על פי הוראות היצרן כדי 50 μL או פחות. לכמת את החלבונים מרוכז באמצעות שיטת ברדפורד חלבון. החנות ב -4 ° c ושימוש בתוך שבוע אחד.</li>
</ol>3. ליפומין הכנה
<ol><li>לרכוש שומנים זמינים מסחרית: זרחן (PS), PI3P, ergosterol, ו זרחן (PC). במידת הצורך, השהה מחדש בממס המומלץ כדי להפוך את המלאי לשומנים. הערה: שומנים הם מושעה מחדש בתערובת מתנול/כלורופורם לכל המלצות של היצרן. ודא מניות השומנים הם ברורים ומחוממים לטמפרטורת החדר לפני השימוש. שומנים מחדש ניתן לאחסן תחת גז ארגון אטום באמצעות סרט שעווה (או שווה ערך) ב-20 ° c עבור 6-12 חודשים או עד אובדן הפעילות הוא נצפתה.</li>
	<li>לחשב את אמצעי האחסון הנדרש של כל מלאי השומנים כדי ליצור תערובת עם הרכב השומנים הרצוי (ראה טבלה 1). להניח בסך הכל 1 שומה של שומנים בתערובת השומנים.</li>
	<li>בצעו את הצעד הזה. בתוך מכסה כימי ניקוי זכוכית מזרקים על ידי ציור נפח מזרק מלא של כלורופורם ולהשליך אותו במיכל פסולת. . אני חוזר עוד פעמיים בעת העברת כלורופורם, השתמש רק מזרקים זכוכית או פיפטות. כאשר מושכים את כלורופורם, משוך את הפקק לאט כדי למנוע היכרות עם בועות הגז במזרק.</li>
	<li>שימוש מזרקים זכוכית כדי להעביר ליפידים מלאי כפי שמחושב לתוך צינור זכוכית נקייה התרבות לעשות תערובת שומנים סופית של 1% PI3P, 20% ergosterol, 30% PS, PC (שולחן 1). בהתאם ממיסים כל השומנים הוא מושהה מחדש, התערובת עלולה להפוך מעונן עם תוספת של כל השומנים. הערה: כדי לשנות ריכוזים של PS (0-30%), התאם את אמצעי האחסון בהתאם ופיצוי באמצעות מחשב משתנה (טבלה 1).</li>
	<li>יבש בקפידה את תערובת השומנים באמצעות גז חנקן בבימויו של תערובת השומנים בתנועה מעגלית לשומנים יבשים אחיד. השתמש בזרימת הגז הנמוך כדי לשמור על השומנים בתחתית צינור הזכוכית במהלך הייבוש. עטוף את צינור הזכוכית עם נייר כסף, להשאיר את הפתח נחשף, ועוד מייבשים בואקום עבור 1 h.</li>
	<li>הוסף 400 μL של מאגר האיגוד (50 mM Tris pH 7.4, 300 mM הנאקל, 1 מ"מ MgCl2) כדי להפוך את השומנים לחלוטין לעשות ליפוף הסופי ריכוז של 2.5 mM. הערה: ניתן לכוונן ליפובי ריכוז סופי על-ידי הוספת מאגר מחייב פחות או יותר. לדוגמה, 200 μL מאגר כריכה ניתן להוסיף כדי לייצר ליפוכמה ריכוז של 5 מ"מ אם יש צורך (ראה להלן).<ol>
<li>השעיית שומנים מחדש על ידי טלטול על מהירות בינונית על מערבולת בטמפרטורת החדר עבור 30 דקות. המאגר צריך להיראות מעונן כמו שומנים הם מושעה מחדש.</li>
	</ol></li>
	<li>העבר ליפוזומים מחדש. לצינור מיקרוצנטריפוגה מנקודה זו והלאה, טיפים לצינורות פלסטיק עשוי לשמש כשומנים הם כבר לא מושעה מחדש ב כלורופורם. לשים לב כי הפתרון ליפומין צריך להיראות מעורפל.</li>
	<li>הקפאת הפשרת ליפוזומים שבעה עד שמונה פעמים על ידי מיזוג הצינורית מיקרוצנטריפוגה תחילה בחנקן נוזלי, ואז באמבט מים 37 ° c. התערובת ליפוכמה צריך להופיע קפוא לחלוטין מוצק על ידי עין לפני הפשרה.</li>
	<li>בצע שלבים הכרוכים בכלורופורם בתוך מכסה כימי. נקיון 2 1 מזרקים זכוכית על ידי ציור והשמטת כמויות מזרק מלא של כלורופורם, שלוש פעמים כל אחד, כדי להסיר את כל שומנים שיורית. באמצעות שרטוט של שתי כמות מזרקים באמצעות הצפת מאגר מחייב על-ידי הגדרת שני אמצעי אחסון של מזרק, השווה בין מזרק לבין שני מזרקים.</li>
	<li>הכנס את המיני-מכבש בהתאם להמלצות היצרן. שבטלאט 1 200 ממברנה ננומטר ושתי פיסות מסננים תומכות (ראה טבלת חומרים) על-ידי מיזוג כל אחד במאגר הכריכה.</li>
	<li>כריך את הקרום בין המסנן תומך ומקום מיני מכבש. כדי להקטין את הנפח המת ב התאספו מיני מכבש ולוודא ההרכבה היא הדוקה, לעבור נפח של מאגר מחייב בדומה לנפח של ליפופה תערובת דרך מיני הבלטת ממד באמצעות מזרקים זכוכית 1 mL.</li>
	<li>השתמש באחד מזרקים מזכוכית 1 mL ולצייר את ליפוכמה תערובת. היפוך שפופרת מיקרוצנטריפוגה לאסוף את האחרון של ליפוכמה תערובת בפקק צינור לציור למעלה לתוך מזרק זכוכית.</li>
	<li>ליפוזומים הבלטה על ידי עובר דרך הממברנה 200 ננומטר 19-21 פעמים. לאסוף ליפוזומים הבלטת שפופרת מיקרוצנטריפוגה חדשה. הערה: ליפוזומים עם הבלטה צריך להיראות פחות מעונן מאשר ליפוזומים לפני ההבלטה. יש להשתמש בליפוזומים באותו היום ולאחסנו בקרח. החול האחרון צריך להציב ליפוזומים במזרק המנוגד לאחד שהוא התחיל בו.</li>
</ol>4. SNX-בר ליפוזום קשירה
<ol><li>מראש חלבון מטוהרים ב 100,000 x g ב ultracentrifuge עבור 20 דקות ב 4 ° צ' לפני ניהול ליפוכמה ניסויים הכריכה ומשקעי. הסר את הסופרנטנט והעבר אותו לשפופרת מיקרוצנטריפוגה חדשה; לא להפריע הגלולה אם יש אחד.</li>
	<li>כדי לבצע ליפואת הקשירה מחייב ומוסר, דגירה 4 μM מטוהרים Snx4-Atg20 ו 2.5 מ"מ ליפוזומים בנפח התגובה הכולל של 20 μL, שינוי נפח של ליפוזומים הוסיף. הערה: באותו ניסוי, יש להשתמש באותו כמות של ליפוזומים.</li>
	<li>מודקון את התגובה ב 30 ° c עבור 30 דקות. הערה: אנו מציעים למקסם את כמות ליפוזומים 2.5 mM הוסיף לכל תגובה באמצעות לא פחות מ 10 μL ליפוזומים כדי לאפשר הדמיה במהלך משקעי. אם 10 μL של 2.5 מילימטר ליפוזומים משמש בתגובה 20 μL, הריכוז הסופי של ליפוזומים יהיה 1.25 mM. אם חלבונים מטוהרים הם לדלל ונפח יותר נדרש עבור ארבעה μM חלבון, השומנים עשויים להיות מושעה מחדש ב 200 μL במהלך צעד מחדש להכפיל את הריכוז של ליפוזומים (ראה שלב 3.6); עם זאת, זה ידרוש לדעת את ריכוז החלבון לפני הפיכת ליפוזומים.</li>
	<li>
. המחשה וליפוציה של מכמת
	<ol>
<li>הליך ליפובי מספר תגובות קשירה באופן מיידי לניתוח מיקרוסקופ אלקטרוני. דגימות ספוט על רשת הנחושת מצופה פחמן רשתות שליליות כתם באמצעות 1% uranyl אצטט (איור 5ב)16.</li>
		<li>ניתוח דגימות על מיקרוסקופ אלקטרוני שידור (200 kV).</li>
		<li>השתמש בתוכנת ניתוח תמונה כדי למדוד ולכמת כדורית. למדידה מדויקת של כדורית בודדת, קחו שלוש מדידות בקוטר לאורך כדורית וממוצע (איור 5ב'). הערה: ניתוח דו-כיוון של סטיה שימש לקביעת משמעות סטטיסטית (איור 5E). אצטט uranyl הוא גם רדיואקטיבי וגם רעיל. אישור בטיחות מעבדה נכונה נדרש כדי לבצע שלב זה.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
ליפוכמה מחייב ומשקעי שאיפה
	<ol>
<li>להעביר את התגובה (20 μL, משלב 4.3) לצינור צנטריפוגה פוליקרבונט ולהשתמש רוטור תואם ספין ב 100,000 x g ב ultracentrifuge עבור 20 דקות ב 4 ° c. הסר בזהירות את הסופרנטאנט. והעבר לצינור המיקרו-צנטריפוגה החדש . שים לב שהגלולה צריכה להישאר ללא פגע</li>
		<li>השהה מחדש את הגלולה ב-SDS-PAGE 40 μL של מאגר דגימה והעברה לשפופרת מיקרוצנטריפוגה חדשה. הוסף 20 μL של מאגר דגימה לסופרנטאנט. טעינת כמויות שוות ערך של גלולה ו supernatant ב 10% פוליאקרילאמיד SDS-דף ג'ל ולבצע כתמים Coomassie כדי להמחיש SNX-ברים הקשורים ליפוזומים (איור 5א).</li>
		<li>כדי לכמת את כמות הקומפלקס SNX-BAR בשבר הגלולה, מכמת עוצמות הלהקה באמצעות densi, לכמת את הפרופורציה של החלבונים SNX-BAR בשבר הגלולה. הערה: ניתוח דו-כיוון של סטיה שימש לקביעת משמעות סטטיסטית (איור 5ג).</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol><li>Teasdale, R. D., Collins, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insights+into+the+PX+%28phox-homology%29+domain+and+SNX+%28sorting+nexin%29+protein+families%3A+structures%2C+functions+and+roles+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22The+Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">Insights into the PX (phox-homology) domain and SNX (sorting nexin) protein families: structures, functions and roles in disease.</a> The Biochemical Journal. 441 (1), 39-59 (2012).</li>
<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Retromer+Complex+and+Sorting+Nexins+in+Neurodegenerative+Diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Aging+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">The Retromer Complex and Sorting Nexins in Neurodegenerative Diseases.</a> Frontiers in Aging Neuroscience. 10, 79(2018).</li>
<li>Burd, C., Cullen, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Retromer%3A+a+master+conductor+of+endosome+sorting%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbor+perspectives+in+Biology%22%5BJournal%5D)">Retromer: a master conductor of endosome sorting.</a> Cold Spring Harbor perspectives in Biology. 6 (2), (2014).</li>
<li>Chi, R. J., Harrison, M. S., Burd, C. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biogenesis+of+endosome-derived+transport+carriers%5BTitle%5D)+AND+%22Cellular+and+Molecular+Life+Sciences%22%5BJournal%5D)">Biogenesis of endosome-derived transport carriers.</a> Cellular and Molecular Life Sciences. 72 (18), 3441-3455 (2015).</li>
<li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Endosomal+receptor+trafficking%3A+Retromer+and+beyond%5BTitle%5D)+AND+%22Traffic+%28Copenhagen%2C+Denmark%29%22%5BJournal%5D)">Endosomal receptor trafficking: Retromer and beyond.</a> Traffic (Copenhagen, Denmark). 19 (8), 578-590 (2018).</li>
<li>Ma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lipid+trafficking+by+yeast+Snx4+family+SNX-BAR+proteins+promotes+autophagy+and+vacuole+membrane+fusion%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+of+the+Cell%22%5BJournal%5D)">Lipid trafficking by yeast Snx4 family SNX-BAR proteins promotes autophagy and vacuole membrane fusion.</a> Molecular Biology of the Cell. , (2018).</li>
<li>van Weering, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+basis+for+SNX-BAR-mediated+assembly+of+distinct+endosomal+sorting+tubules%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">Molecular basis for SNX-BAR-mediated assembly of distinct endosomal sorting tubules.</a> The EMBO Journal. 31 (23), 4466-4480 (2012).</li>
<li>Chi, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fission+of+SNX-BAR-coated+endosomal+retrograde+transport+carriers+is+promoted+by+the+dynamin-related+protein+Vps1%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Fission of SNX-BAR-coated endosomal retrograde transport carriers is promoted by the dynamin-related protein Vps1.</a> The Journal of Cell Biology. 204 (5), 793-806 (2014).</li>
<li>Purushothaman, L. K., Arlt, H., Kuhlee, A., Raunser, S., Ungermann, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Retromer-driven+membrane+tubulation+separates+endosomal+recycling+from+Rab7%2FYpt7-dependent+fusion%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+of+the+Cell%22%5BJournal%5D)">Retromer-driven membrane tubulation separates endosomal recycling from Rab7/Ypt7-dependent fusion.</a> Molecular Biology of the Cell. 28 (6), 783-791 (2017).</li>
<li>Purushothaman, L. K., Ungermann, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cargo+induces+retromer-mediated+membrane+remodeling+on+membranes%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+of+the+Cell%22%5BJournal%5D)">Cargo induces retromer-mediated membrane remodeling on membranes.</a> Molecular Biology of the Cell. 29 (22), 2709-2719 (2018).</li>
<li>Wurmser, A. E., Emr, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphoinositide+signaling+and+turnover%3A+PtdIns%283%29P%2C+a+regulator+of+membrane+traffic%2C+is+transported+to+the+vacuole+and+degraded+by+a+process+that+requires+lumenal+vacuolar+hydrolase+activities%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+journal%22%5BJournal%5D)">Phosphoinositide signaling and turnover: PtdIns(3)P, a regulator of membrane traffic, is transported to the vacuole and degraded by a process that requires lumenal vacuolar hydrolase activities.</a> The EMBO journal. 17 (17), 4930-4942 (1998).</li>
<li>Puig, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+tandem+affinity+purification+%28TAP%29+method%3A+a+general+procedure+of+protein+complex+purification%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification.</a> Methods. 24 (3), 218-229 (2001).</li>
<li>Kushnirov, V. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+and+reliable+protein+extraction+from+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Yeast%22%5BJournal%5D)">Rapid and reliable protein extraction from yeast.</a> Yeast. 16 (9), 857-860 (2000).</li>
<li>Longtine, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Additional+modules+for+versatile+and+economical+PCR-based+gene+deletion+and+modification+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Yeast%22%5BJournal%5D)">Additional modules for versatile and economical PCR-based gene deletion and modification in Saccharomyces cerevisiae.</a> Yeast. 14 (10), 953-961 (1998).</li>
<li>Tropea, J. E., Cherry, S., Waugh, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+purification+of+soluble+His%286%29-tagged+TEV+protease%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Expression and purification of soluble His(6)-tagged TEV protease.</a> Methods in Molecular Biology. 498, 297-307 (2009).</li>
<li>Zhang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphology+and+structure+of+lipoproteins+revealed+by+an+optimized+negative-staining+protocol+of+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Lipid+Research%22%5BJournal%5D)">Morphology and structure of lipoproteins revealed by an optimized negative-staining protocol of electron microscopy.</a> Journal of Lipid Research. 52 (1), 175-184 (2011).</li>
<li>Yong, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+purification+of+the+SNX1%2FSNX6+complex%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Expression+and+Purification%22%5BJournal%5D)">Expression and purification of the SNX1/SNX6 complex.</a> Protein Expression and Purification. 151, 93-98 (2018).</li>
</ol>

. למחברים אין מה לגלות

כאן, אנו מדגימים זרימת עבודה ממוטבת כדי לטהר את SNX-בר דימרס ב שמרים ושני שאומר להעריך את המאפיינים הביופיסיים שלהם על ליפוזומים סינתטיים. היתרון העיקרי על הביטוי האופייני חלבון רקומביננטי ב es, coli או מערכות אחרות היא היכולת לבטא באופן שווה את החלבונים SNX-BAR במארח יליד, ובכך הימנעות רעילות ובעיות מסיסות שנמצאו בטיהור snx-ברים במערכות אחרות. זה גם בולט כי המערכת שלנו לא דורשת שיבוט מולקולרי או מחסה של וקטורים ביטויים מרובים17. כפול שלנו SNX-בר שמרים זנים מונעים על ידי היזמים גלקטוז מהו...

ממברנה מאוגד אורגלים כגון קרום הפלזמה, הרשתית האנדופלזמית, מנגנון golgi, ליזוזום (שמרים בלואים), ו אנדוטיפ מהווים את מערכת endomembrane של התא איקריוטית. לרוב המארגנים יש את היכולת לתקשר ולהחליף חומר עם מנשאים אחרים באמצעות נושאות הובלה של שלפוחית לפוחית. כיצד התא מתאם את האריזה והיווצרות של נושאות הובלה שלפוחית לפוחית בתוך מערכת endomembrane אינו מובן היטב. עם זאת, החלבונים והשומנים המהווים חלק ניכר מהמערכת הendomembrane, ידועים כנובעים מהפנמה ושלפוחיות מקרום הפלזמה (PM). האנדוכמה היא הקבלה העיקרית לשלפוחיות אלה והיא מורכבת ממספר סטים של מערכות מחוברות. הפונקציה העיקרית של אנדוכמה היא להקל על רכישת מזינים, לווסת חלבון ומחזור השומנים, להגן מפני זיהום הפתוגן, ולשמש מקור החידוש העיקרי של שומנים עבור קרום הפלזמה. כמו אנדוכמה מקבל את רוב המטען של חלבונים ושומנים מקרום הפלזמה, הוא משמש תא מיון על ידי בידוד מטענים לתוך נושאות הובלה אנדוזומלית צינורי (etcs). חלבונים שאינם מחולק ל-ETCs נותרו להיות מושפל באמצעות מערכת האנדו-ליסוזומל. דיסרגולציה של מיון מטענים לתוך etcs יכול להוביל לאובדן ספיגת מזינים, מחזור החלבון או הומאוסטזיס ליפיד, וכתוצאה מכך רבים מטבולית, התפתחותית, הפרעות נוירולוגיות1,2. עם זאת, למרות התפקיד המרכזי etcs ב אנדוכמה, המנגנון הבסיסי של איך אנדוכמה יכול באופן סלקטיבי לתאם את האריזה של המון מטענים הטרוגנית לתוך נושאות צינורי אינו ידוע.
המשפחה nexin מיון (snx) הוא מחלקה שימור אבולוציונית של חלבונים שנמצאו להיות קריטי עבור תגובות הובלה שלפוחית רבים בתא3,4,5. מיון nexins מגויסים הממברנה אנדוזום וסיוע בלכידת מטענים באמצעות מאפיין phox הומולוגיה האופיינית (PX), אשר מאגד זרחן-monophosphate (2), השומנים מועשר בקרום אנדוזום. יונקים לקודד 33 SNX חלבונים, אשר ניתן לחלק עוד לתוך משפחות משנה מרובות, על פי נוכחותם של תחומים אחרים1. בעיקר, SNX-BAR משפחה היא המשפחה המשנה הגדולה ביותר המורכבת של שתים עשרה בבני אדם, בעוד שמרים להאביק, סכביסים cerevisiae ס, משפחת התת מופחת רק שבעה snx-בארים. החלבונים SNX-BAR יש גם תחום PX וגם Bin-אמפיפילוסין-מ א (בר) התחום המפעיל מאגרים שומנים לאגד ממברנות עקמומיות חיובית. אפוא, משפחת SNX-BAR יש זיקה טבעית עבור אנדוזום והוא יכול לתווך ועוד היווצרות דרך שיפוץ הממברנה שלהם יכולות. ב מבחנה, תכונות שיפוץ של SNX-ברים יכול להיגרם על ידי תוספת של מטוהרים SNX-בארים ליפוזומים סינתטיים והיווצרות בעקבות צרה, tubules מצופה יכול להיות מדמיין על ידי אלקטרון מיקרוסקופ. באמצעות שיטות אלה, החוקרים קבעו כי גם ריכוז oligomerization וכוח מכווץ להיראות להשתנות בין משפחת SNX-BAR רומז שהם יכולים לסייע הן היווצרות המספריים של ETCs.
ה-SNX-פסי יכול להיות מסווג עוד יותר על ידי מאפייני dimerization בלעדית שלהם. בעלי מבחנה מתורבת ומחקרים מבניים הוכיחו כי החלבונים SNX-BAR יכול רק ליצור הומודימרים ספציפיים או הטרודיומרס. לכן, בעיקרון, כל פוטנציאל SNX-בר dimer-oligomer יכול לספק מעיל כדורית עבור מסלול מטען ספציפי הסחר ובדומה, oligomeriטיזציה מוגבלת של אחרים SNX-BAR protomers, יכול גם להגדיר שבילים ייצוא ברורים. עם זאת, בשל המספר הגדול של SNX-ברים וגיוון בתוך משפחת SNX, מיון אחד nexin-השערת מטען אחד הוא מאוד סביר. במקום זאת מאמץ מתואם באמצעות ריבוי של גורמים כגון SNX-ברים, מטענים, ספציפיות לשומנים ויחסי תלות אחרים סביר יותר. כמו כן, מחקרים שנעשו לאחרונה של משפחת שמרים SNX4 חשף ראיות לפרטים נוספים ליפיד, מעבר ל-Dins (3) P, כדי להיות הפוטנציאל של ספקיות התחבורה6. במחקר זה, snx-BAR הומודימר Mvp1-Mvp1 היה מטוהר מן החיידקים הטרודימרים הילידים Snx4-Atg20 ו Vps5-Vps17 ביטאו ומטוהרים בתשואה גבוהה של שמרים, בעוד Snx4-Atg20 נמצא להיות מרוצה באופן מיותר מחייב פוספוליייסרין (PS) וטופסמבנים כמו צינור צר ליפוכמה מ בעוד אחרים בשדה חשפו תכונות חשובות של snx-ברים באמצעות recombinantly מטוהרים snx-בר הומודימרס מן החיידקים, רעילות הקשורים בהבעת snx-bar הטרודימרס במערכות דומות הפריע האפיון המקורי שלהם7,8,9,10. לכן, ללא מערכת אמינה כדי להשיג recombinantly טהורה ביטא הטרודימרים הילידים, החוקרים חייבים לוותר על שורות אלה של חקירה. באיור 1, אנו מציגים זרימת עבודה ארבעה חלקים ל 1) לבנות זן שמרים להביע את הביטוי snx-BAR הטרודימרים עבור טיהור האהדה הדו, 2) מהיר ומטהר מקורי snx-BAR הטרודימרס, 3) להכין ליפוזומים unilamellar סינתטיים, ו 4) להגדיר ליפוכמה בעיות או מדידים, מתן כלי חיוני עבור חוקרים לחקור את הקטלוג הגדל של מיון nexins נמצא בטבע.

<table><tbody><tr><td>0.2 &mu; m PC ממברנות</td><td>Avanti</td><td>610006</td><td></td></tr><tr><td>10 מ"ל Poly-Prep כרומטוגרפיה עמודה (Bio-Rad)</td> <td>Bio-Rad</td><td>731-1550</td><td></td></tr><tr><td>27 G מחט</td><td>BD Biosciences</td><td>301629</td><td></td></tr><tr><td>Amicon מסנן אולטרה צנטריפוגלי עם חיתוך 10K</td><td>Amicon</td><td>UFC501024</td><td></td></tr><tr><td>Avestin EmulsiFlex-C3 Homogenizer</td><td>Avestin</td><td>EF-C3</td><td></td></tr><tr><td>BCA מבחן</td><td>פירס</td><td>23225</td><td></td></tr><tr><td>בקמן אופטימה MAX-XP אולטרה-צנטריפוגה</td><td>בקמן קולטר</td><td>393315</td><td></td></tr><tr><td>קוקטייל מעכב פרוטאז שלם</td><td>רוש</td><td>4693116001</td><td></td></tr><tr><td>DOPC</td><td>Avanti</td><td>850375</td><td></td></tr><tr><td>DOPS</td><td>אוונטי</td><td>840035</td><td></td></tr><tr><td>ארגוסטרול (סיגמא)</td>סט מכבש <td>סיגמא</td><td>47130-U</td><td></td></tr><tr><td>עם בלוק 0.2 &mu; L/1 מ"ל</td><td>Avanti</td><td>610000</td><td></td></tr><tr><td>FEI Tecnai F20 מיקרוסקופ אלקטרונים שידור (200 קילו וולט)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>צינורות תרבית זכוכית</td><td>VWR</td><td>47729-570</td><td></td></tr><tr><td>חרוזי ספרוז IgG (GE Healthcare)</td><td>GE Healthcare</td><td>17-0969-01</td><td></td></tr><tr><td>מזרקי זכוכית מיקרולטר</td><td>המילטון</td><td>7637-01</td><td></td></tr><tr><td>ניו ברונסוויק אקסלה E25</td><td>אפנדורף</td><td>M1353-0000</td><td>או רעידות שוות ערך 30 מעלות; C</td></tr><tr><td>Ni-NTA חרוזי אגרוז מגנטיים</td><td>פירס</td><td>78605</td><td></td></tr><tr><td>אופטימה XE-90 אולטרה-צנטריפוגה</td><td>בקמן קולטר</td><td>A94516</td><td></td></tr><tr><td>Parafilm M</td><td>VWR</td><td>52858-076</td><td></td></tr><tr><td>PI3P</td><td>Echelon</td><td>P-3016</td><td>או שווה ערך לבקבוקי</td></tr><tr><td>פוליקרבונט</td><td>Beckman Coulter</td><td>355622</td><td></td></tr><tr><td>TLA-100 זווית קבועה רוטור</td><td>בקמן קולטר</td><td>343840</td><td></td></tr><tr><td>סוג 45 Ti רוטור</td><td>בקמן קולטר</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מייבש ואקום, תחתון ומכסה עם שסתום שקע</td><td>VWR</td><td>75871-436</td><td></td></tr><tr><td>משאבת ואקום אלקטל (פסקל 2005 C1)</td> <td>A& J ואקום</td><td>PN07050</td><td></td></tr><tr><td>מערבולת עם מחזיק קצף</td><td>VWR</td><td>10153-838</td><td></td></tr><tr><td>ערכת VWR MICROTUBE</td><td>VWR</td><td>12620-880</td><td></td></tr></tbody></table>

ביטוי, טיהור, וליפוזום קשירה של שמרים מסוג snx-bar הטרודיורס

Expression, Purification, and Liposome Binding of Budding Yeast SNX-BAR Heterodimers

החלבונים SNX-BAR הם מחלקה שימור אבולוציונית של שיפוץ הממברנה חלבונים המשחקים תפקידי מפתח במיון ובסחר של חלבונים ושומנים במהלך אנדוקציטוזה, מיון בתוך מערכת אנדוזוממית, ו האוטומטית. מרכזי לפונקציה SNX-BAR חלבון היא היכולת ליצור הומודימרס או הטרודימרים הקושרים ממברנות באמצעות שימור מאוד phox-הומולוגיה (PX) ו בר (Bin/אמפיפילפסין/מ א) תחומים. בנוסף, oligomerization של SNX-בר דימרס על ממברנות יכול לעורר את היווצרות tubules קרום ושלפוחיות ופעילות זו היא חשבה לשקף את התפקודים שלהם כמו חלבונים מעיל עבור הובלה אנדובית נגזר. החוקרים מנוצלים זמן רב במחקרים מחייב מבחנה באמצעות רקומביננטי SNX-BAR חלבונים על ליפוזומים סינתטיים או unilamellar שלפוחיות ענק (GUVs) כדי לחשוף את האיפור המדויק של שומנים הדרושים כדי לנהוג שיפוץ הממברנה, ובכך לחשוף את המנגנון שלהם של פעולה. עם זאת, בשל אתגרים טכניים עם מערכות ביטוי כפול, רעילות של ביטוי חלבון SNX-BAR בחיידקים, ואת מסיסות העניים של הפרט SNX-BAR חלבונים, רוב המחקרים עד כה נבדקו SNX-בר הומודימרס, כולל di, שאינם פיסיולוגיים הטופס במהלך הביטוי בחיידקים. לאחרונה, יש לנו אופטימיזציה פרוטוקול כדי להתגבר על החסרונות העיקריים של מערכת ביטויים טיפוסית בקטריאלי. באמצעות זרימת עבודה זו, אנו מדגימים כיצד לבטא ולטהר בהצלחה כמויות גדולות של הטרודימרים SNX-BAR וכיצד ליצור מחדש אותם על ליפוזומים סינתטיים עבור כריכה ובטלציה assays אמר.

פרוטוקול זה מתאר שיטה להפקת הייצור החזק של שמרים אנדוגניים מתחמי מערכות snx-BAR שניתן להשתמש בהם עבור שיפוץ קרום המטה ממברנה בחני (איור 1). הבנייה של זן שמרים המשמש לטיהור מנצל את היעילות של שילוב מחדש של הומוולוגי ב שמרים הנצה, המאפשר שינויים בבית גנומית של המוקד SNX-בארים (איור 2). עיצוב זה יש שני יתרונות, (אני) כבחירה אינו נדרש כדי לשמור על שינויים, בינונית YP סטנדרטי ניתן להשתמש, המאפשר צמיחה צפיפות התא גבוה יותר ולכן ייצור ג...

כאן, אנו מציגים זרימת עבודה עבור הביטוי, טיהור וליפופי מחייב של SNX-BAR הטרודימרים ב שמרים.

ביטוי, טיהור, וליפוזום קשירה של שמרים מסוג SNX-BAR הטרודיורס

SNX-BAR proteins are an evolutionarily conserved class of membrane remodeling proteins that play key roles in sorting and trafficking of protein and ...

SNX-BARs הם חלבונים שיפוץ קרום לשחק תפקידי מפתח במחלות אנושיות. באמצעות השיטות שלנו, אנו יכולים לקבוע את המאפיינים הביופיזיים המדויקים שלהם כדי להקל על קשירה שומנים ושיפוץ קרום. טיהור חלבוני SNB-BAR מתאים שמרים מאפשר רכישה של דימרים מקוריים של הומואים והטרו SNX-BAR תוך מזעור הרעילות וחדלות הפירעון שנתקלים בהם לעתים קרובות עם מערכות ביטוי שאינן מקוריות.השיטות שלנו ניתן להשתמש כדי להבין את הספציפיות השומנים של כל שמרים SNX-BARs או לייצר חלבונים SNX-BAR רקומביננטי מכל אורגניזם אחר. הרכבה נכונה של שולט חיונית למניעת אובדן ליפוזום במהלך תהליך ההבלטה. עבור סטודנטים מתחילים או חדשים בתחום, התבוננות ויזואלית בצעדים הקריטיים ביותר תשפר מאוד את סיכויי ההצלחה שלך.התחל על ידי חיסון ספוגית גדולה של תאי שמרים לתוך בקבוקון לפחות ארבע פעמים את נפח התרבות המכילה 50 מיליליטר של מדיום YP סטנדרטי בתוספת 2%raffinose ו 0.1% גלוקוז כמקור פחמן ולהגדיל את התרבות לילה שייקר 30 מעלות צלזיוס. למחרת בבוקר, לחסן את 50 מיליליטר טרום תרבות בליטר אחד של מדיום YP סטנדרטי עם 2%raffinose ו 0.1% גלוקוז בנפח 2.8 ליטר בלבל בקבוק פרנבאך לתרבות של ארבע עד חמש שעות באינקובטור רועד. כאשר הצפיפות האופטית ב 600 ננומטר מגיע 0.2, להוסיף גלקטוז לריכוז סופי של 2% לתאים לתרבות לילה באינקובטור רועד.למחרת בבוקר, לקצור תאים על ידי צנטריפוגה ולהעביר את גלולת שמרים לתוך צינור חרוט 50 מיליליטר. תן את גלולה ב 15 מיליליטר של חיץ טיהור כדי להשיג נפח סופי של כ 30 מיליליטר ולהעמיס את ההשעיה התא על homogenizer מקורר לארבע מעלות צלזיוס. Lyse הדגימות ב 20 כדי 25, 000 פאונד לאינץ 'מרובע במשך שניים עד שלושה סיבובים ולהעביר את lysate לתוך צינור חרוט חדש 50 מיליליטר על קרח.מיד לנקות את התא lysate על ידי צנטריפוגה בזהירות להעביר את supernatant לתוך צינור חדש. לאחר מכן, לצייד 300 microliters של חרוזי IgG Sepharose עם שלושה מתלים מחדש במאגר טיהור לפני הוספת חרוזים לתא פינה lysate עבור דגירה של שעתיים עם סיבוב בארבע מעלות צלזיוס. בסוף הדגירה, מוסיפים את חרוזים לעמוד כרומטוגרפיה של 10 מיליליטר ומאפשרים לליסנט הלא מאוגד לזרום דרכו.לשטוף את חרוזים 10 פעמים עם מיליליטר אחד של חיץ לשטוף לכל לשטוף המאפשר לכל לשטוף לזרום דרך לחלוטין לפני הוספת הנפח הבא. לאחר הכביסה האחרונה, השתמש פיפטה חיץ טרי כדי להעביר את חרוזים לתוך צינור microcentrifuge. להביא את הנפח הכולל של חרוזים ל 500 microliters עם חיץ לשטוף טרי ולהסיר את חרוזים מן lysate עם שני microliters של 10 מיליגרם למיליליטר TEV פרוטאז עבור דגירה לילה עם סיבוב בארבע מעלות צלזיוס.למחרת בבוקר, להשתמש במחט מד 27 כדי להסיר את העל טבעי לחלוטין ולהעריך את טוהר החלבון על ידי 10% polyacrylamide SDS דף. לאחר מכן לכמת את החלבונים המרוכזים באמצעות מיסי חלבון ברדפורד על פי פרוטוקולים סטנדרטיים ולאחסן את החלבון עד שבוע בארבע מעלות צלזיוס. כדי להכין את ליפוזומים, להשתמש במזרקי זכוכית כדי להעביר שומנים במלאי לתוך צינור תרבות זכוכית נקייה כדי להשיג תערובת שומנים סופית של 1%פוספטידילינוזיטול-3-פוספט, 20%ergosterol, 30%פוספטידילסרין, פוספטידילכולין כמתואר בטבלה.בהתאם ממסים כל שומנים הוא resuspended ב, התערובת עשויה להפוך מעונן על תוספת של כל השומנים. בזהירות לייבש את תערובות השומנים על ידי הפניית גז חנקן בזרימה נמוכה על תערובות בתנועה מעגלית לטיפול שומנים באופן אחיד בתחתית צינור הזכוכית. ואז לעטוף את צינור תרבות הזכוכית עם נייר כסף עוזב את הפתח חשוף עוד יותר לייבש את השומנים בוואקום במשך שעה אחת.בסוף הדגירה, מוסיפים 400 מיקרוליטרים של חיץ מחייב לכל בקבוקון כדי לייבש לחלוטין את השומנים בריכוז ליפוזום סופי של 2.5 מילימולרים לפני שימוש חוזר בשומנים במהירות בינונית על מערבולת בטמפרטורת החדר במשך 30 דקות. החיץ צריך להיות מעונן כמו שומנים הם resuspended. מעבירים את ליפוזומים המתווסכלים לצינור מיקרוצנטריפוגה ומקפיאים את הצינורות בחנקן נוזלי ואחריו הפשרה באמבט מים של 37 מעלות צלזיוס שבע עד שמונה פעמים.במכסה המנוע של אדים כימיים, נקה שני מזרקי זכוכית מיליליטר אחד עם נפח מלא של כלורופורם שלוש פעמים לכל מזרק כדי להסיר את כל השומנים שיורית לצייד כל מזרק עם שני כרכים של מים ultrapure ושני כרכים של חיץ מחייב. להרכיב מיני extruder על פי המלצות היצרן. לאחר מכן תטביע שתי חתיכות של תמיכה במסנן בממברנה אחת של 200 ננומטר במאגר כריכה.חשוב להרכיב את ה- mini-extruder כך שהוא אטום לחלוטין. ודרך טובה לבדוק אם יש דליפות היא להעביר חיץ דרך המכשיר. כריך את הממברנה בין תומך המסנן והנח את הממברנה במיני-אקסטרודר.באמצעות אחד המזרקים מיליליטר אחד, להעביר נפח של חיץ מחייב דומה לנפח של תערובת ליפוזום דרך mini-extruder ולהשתמש במזרק השני כדי להפיל את תערובת ליפוזום היפוך צינור microcentrifuge כדי לאסוף את האחרון של ליפוזומים לתוך כובע הצינור עבור האוסף שלהם. ואז להחדיר את ליפוזומים דרך קרום 200 ננומטר 19 עד 21 פעמים ולאסוף את ליפוזומים מובלטים לתוך צינור microcentrifuge חדש. לפני ביצוע בדיקות קשירה וחוסם ליפוזום SNX-BAR, לנקות מראש את החלבון המטוהר על ידי אולטרהצנטריפוגה ולהעביר את supernatant לצינור microcentrifuge חדש מבלי להפריע גלולה.לאחר מכן, הדגירה ארבעה micromolar של SNX4-ATG20 מטוהרים ו 2.5 מילימולר של ליפוזומים בנפח התגובה הכולל של 20 microliters עבור דגירה של 30 דקות ב 30 מעלות צלזיוס. כדי לדמיין ולכרות את צינורית ליפוזום, בסוף הדגירה, מיד לזהות את הדגימות על רשת נחושת מצופה פחמן וכתם שלילי עם 1% אורניל אצטט. ואז לנתח את הדגימות על מיקרוסקופ אלקטרונים שידור ב 200 קילובולטים.עבור קשירה liposome ומעים, להעביר 20 microliters של התגובה צינור צנטריפוגה פוליקרבונט ולסובב את המדגם עם נתב תואם אולטרהצנטריפוגה. בסוף הצנטריפוגה, בזהירות להעביר את supernatant לצינור microcentrifuge חדש resuspend גלולה ב 40 microliters של מאגר מדגם דף SDS. העבר את ההשעיה גלולה לצינור microcentrifuge חדש ולהוסיף 20 microliters של מאגר מדגם על טבעי.לאחר מכן לטעון כמויות מדגם שוות ערך של גלולה ועל טבעי על 10%polyacrylamide SDS ג'ל דף ולבצע כתמים קומאסי כדי לדמיין את SNX-BARs מאוגד ליפוזומים. כדי לבדוק אינדוקציה נכונה של ביטוי SNX-BAR, כתם מערבי נגד תג טיהור זיקה טנדם יכול לשמש כמו רמות החלבון של SNX-BARs לא ניתן לזהות באמצעות כתם קומאסי. לאחר טיהור ההטרודימר SNX-BAR, הרצועות של שני SNX-BARs אמורות להופיע ביחס סטואיכומטרי של אחד לאחד ולא אמורות להיות מעט להקות מזהמות.בניתוח מייצג זה, הטרודימרים SNX-BAR באו לידי ביטוי, מטוהרים, וכבול ליפוזומים סינתטיים כפי שהוכח. שים לב כי MVP1 יצר הומודימרים והתבטא בחיידקים כצפוי. SNX-BAR מחייב קומפוזיציות ליפוזום משתנות יכול להיות מכומת על ידי densitometry כדי להעריך את ההשפעות של phosphatidylserine למשל על איגוד ליפוזום.הדמיה מיקרוסקופית אלקטרונים מאפשרת את המדידה של צינוריות ליפוזום SNX4-ATG20 עם רוב הצינוריות בדרך כלל בעל קטרים בין 14 ל 26 ננומטר. שים לב כי SNX-BARs מטוהרים ניתן reconstituted עם מתחמי לכידת מטען על ליפוזומים כדי להבין כיצד הרכבות מלאות יכול להשפיע על שיפוץ קרום. כאשר משווים את הכריכה של שילובים שונים של עמעומי SNX-BAR מטוהרים לליפוזומים סינתטיים המורכבים משומנים שונים, נמצאו חלבוני SNX-BAR בעלי העדפות מחייבות שומנים ברורות.תמיד לעבוד ברדס בעת טיפול כלורופורם הקפד ללבוש את PPE הנכון בעת טיפול חדים או חומר זכוכית.

expression-purification-liposome-binding-budding-yeast-snx-bar

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

מיתוס מאפשר זיהוי רגיש של אינטראקציות חולף ויציב בין חלבונים לידי ביטוי cerevisiae אורגניזם מודל Saccharomyces. זה כבר מיושם בהצלחה מחקר אקסוגניים ושמרים חלבונים בממברנה נפרד על מנת לזהות שותפים באינטראקציה שלהם באופן תפוקה גבוהה.

Split-יוביקוויטין ממברנה שמרים בהתבסס שני היברידי (מיתוס) מערכת: כלי רב עוצמה עבור זיהוי חלבונים אינטראקציות

הכנת תמציות תא שמרים איכותיות היא צעד ראשון הכרחי בניתוח של חלבונים בודדים או proteomes שלם. כאן אנו מתארים פרוטוקול homogenization מהיר, יעיל, ואמין לתאי שמרי ניצנים שעבר אופטימיזציה כדי לשמר פונקציות חלבון, אינטראקציות, ולאחר translational שינויים.

הפקת ניצני שמרים וטיהור חלבון לחקר תפקוד, האינטראקציות, ולאחר translational השינויים

כתב יד זה מתאר את הגילוי של sumoylation וubiquitination של חלבוני קינטוכור, Ndc10 וNdc80, בcerevisiae Saccharomyces שמרי ניצנים.

טכניקת טיהור חלבון המאפשרת איתור של Sumoylation וUbiquitination של שמרים להנץ החלבונים קינטוכור Ndc10 וNdc80

אנו מספקים שיטה בסיסית הניתנת לשחזור למיקרוסקופיה ארוכת טווח של מחזור החיים המיני של שמרי ביקוע. עם התאמות קלות שתוארו, הפרוטוקול המוצג מאפשר התמקדות מחקרית בשלבים שונים של תהליך הרבייה.

מיקרוסקופי של שמרי ביקוע Lifecycle המיני

קרינה פלואורסצנטית מולקולה בודדת בחיי עיר הכלאה הפרוטוקול ממוטבת כדי לכמת את מספר מולקולות RNA בניצני שמרים במהלך גידול וגטטיבי, מיוזה.

קרינה פלואורסצנטית מולקולה בודדת ב באתרו הכלאה (smFISH) ניתוח הנצה גידול וגטטיבי שמרים, מיוזה

עיבוד אצווה של שמרים 2-היברידית מסכים מאפשר השוואה ישירה של הפרופילים האינטראקציה של מספר חלבונים הפיתיון עם סט מורכב של חלבונים פיוז'ן טרף. כאן, אנו מתארים שיטות מעודן, ריאגנטים החדש וכיצד ליישם ושימושם עבור מסכי כזה.

מסך 2-היברידית שמרים אצווה כדי להשוות בין אינטראקציות חלבון

טנדם RNA בידוד שגרה (טיול) עבור שחזור של mRNA בנוי endogenously-חלבון מתחמי מתואר. באופן ספציפי, מתחמי RNA-חלבון תפור ויוו, polyadenylated RNAs מבודדים של תמציות עם חרוזים oligo(dT), mRNAs מסוים נלכדים עם ששונה oligonucleotides antisense RNA. חלבונים מאוגדים mRNAs מזוהים על-ידי ניתוח immunoblot.

הליך בידוד RNA טנדם מבוססי Oligonucleotide לשחזר את מתחמי ה-mRNA האיקריוטים-חלבון

כאן אנו מציגים פרוטוקול אקספרס, solubilize של לטהר מספר שנאים בוראט האיקריוטים עם הומולוגיה למשפחה טרנספורטר SLC4 בעזרת שמרים. אנו מתארים גם assay cross-linking כימי כדי להעריך את החלבונים homomeric מטוהרים להרכבה multimeric. פרוטוקולים אלה ניתן להתאים חלבונים ממברנה מאתגרים אחרים.

ביטוי Solubilization, טיהור של בוראט האיקריוטים שנאים

כאן, אנו מתארים את הניצול של Grafix (קיבוע הדרגתי), צנטריפוגה הדרגתית גליצריול בנוכחות crosslinker, כדי לזהות אינטראקציות בין גורמי שיתוף שנקשרים באופן חולף לקומפלקס spliceosome.

ניצול של גראפיקס לאיתור אינטראקציות חולפות של Saccharomyces cerevisiae Spliceosome subcomplexes

בדיקת ACT1-CUP1, בדיקת גידול נחושת, מספקת קריאה מהירה של שחבור RNA שליח מבשר (pre-mRNA) וההשפעה שיש לגורמי שחבור מוטנטיים על תפקוד השחבור השחבור. מחקר זה מספק פרוטוקול ומדגיש את ההתאמה האישית האפשרית כדי להתמודד עם שאלת השחבור המעניינת.

מבחני ACT1-CUP1 קובעים את הרגישויות הספציפיות למצע של מוטנטים שחבורים בשמרים ניצנים

פרוטוקול זה מתאר את השלבים החיוניים לביצוע קמפיינים לבחירת פני השטח של שמרים להעשרת וריאנטים חלבוניים הנקשרים לאנטיגן מעניין.

הנדסת חלבונים על ידי תצוגת פני שטח שמרים

חקור שיטות לביטוי, טיהור וקשירת ליפוזומים של חלבוני SNX-BAR הטרודימריים משמרים. שיטות אלו מאפשרות לקבוע תכונות ביופיזיקליות ולהבין ספציפיות ליפידים בחלבוני מודל קרום.

ביטוי, טיהור, וליפוזום קשירה של שמרים מסוג SNX-BAR הטרודיורס

גלה סרטונים נוספים