Name: ויברtional ספקטרום של N719-כרומטופור/טיטניה ממשק הסימולציה מולקולארית פוטנציאלי-דינמיקה, Solvated על ידי טמפרטורת חדר הנוזל היוני (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-01-25T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 54 s
Description: חקור סימולציות דינמיקה מולקולרית מבוססות פוטנציאל אמפירי לחיזוי תכונות ויברציוניות של ממשקי תאים סולריים מחושמנים עם N719 על TiO₂ anatase בסביבה של נוזל יוני בטמפרטורת חדר.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

המחברים מודים לפרופ ' דוד קוקר לדיונים שימושיים ולקרן המדע אירלנד (SFI) למתן משאבי מיחשוב בעלי ביצועים גבוהים. מחקר זה נתמך על ידי ערכת המימון הדו SFI-NSFC (גרנט מספר SFI/17/NSFC/5229), כמו גם את התוכנית למחקר במוסדות ברמה השלישית (PRTLI) מחזור 5, ממומן על ידי קרן הפיתוח האזורית האירופי.

1. ביצוע הדמיה MD באמצעות DL_POLY
<ol><li>בנו את המבנה הראשוני DSC מערכות של N719-צבען נספחת לאנאז-טיטניה (101) משטח solvated על ידי [בחמים] + [NTf2]- נלקחמהעבודההקודמת 12,13. לצייר את המבנה הנדרש באמצעות תוכנת וסטה.</li>
	<li>בחר את N719 cis-di (thiocyanato)-bis (2, 2 '-bipyridl-4-carboxylate אוחר-4'-חומצה קרבוקסילית)-רותניום (II)-לצבוע רגישות ללא יונים משטחים ולהבטיח נוכחות של שני פרוטונים מאוגדים על פני השטח כדי לספק לנייטרליות המערכת הכוללת. הערה: אכן, לימודי עומק של דה אנג'ליס ואח ' הקימו את זה כדי להוות ייצוג ריאליסטי של N719 נספחת לאנאז-טיטניה21. הסיבה לכך היא שבשופט 21 הייתה רמת ההסכמה המשכנע ביותר עם תוצאות נסיוניות עבור מספר נכסים; במערכות נסיוניות, הפרוטונציה פני השטח של הדה-מפקטו , נחשבת לנובעת מהקטיונים של ILs שהובילו להעברה מסוימת של מטען עם פני השטח21.</li>
	<li>ודא כי הצבע הוא נספחת כימית אל פני השטח TiO2 דרך שתי קבוצות carboxylate אוחרות (כלומר, bidentate). התצורה הראשונית של צבע נספחת דומה לזה מסומן כמו I1 ונמצא על ידי שייפמן ואח '22, אשר היה נחוש להיות היציב ביותר עם פני השטח פרוטונציה נלקח בחשבון. התייעץ עם מדפים. 12 & 13 עבור חשבון מפורט של איך זה נעשה, כולל קואורדינטות כימיות-ספיחה.</li>
	<li>ודא כי צבען רגישות N719 (cis-di (thiocyanato)-bis (2, 20-bipyridl-4-carboxylate אוחר-40-חומצה carbox)-רותניום (II)) אין יונים נגדית. הוסף שני פרוטונים מאוגדים למשטח לצורך נייטרליות החיוב, כגון ref .12 & 13.</li>
	<li>בחר 12 קטיון-anion זוגות של 1-בוטיל-3 מתיונין (trifluoromethyl סולוניל) אימיד, הכולל 480 אטומים12,13. אלה נלקחו ממקורות. .12 & 13</li>
	<li>הרפה את התצורה של RTIL באמצעות הפוטנציאלים האמפיריים, באמצעות שדה הכוח המאומת היטב של Lopes et al.23. מודל אנטולי משתמש בשדה הכוח וכולל את ניידות הטיטניה בתהליך ההרפיה. באמצעות פרטי DL-פולי בשלב 2.1 למטה, לבצע מיטוב הגיאומטריה ב-DL-פולי, במקום MD, עם מעבר הדרגתי לסיום יחסי מיניטיזציה הדרגתי של 0.001. כאן, ציין אופטימיזציה בקובץ השדה, במקום בדינמיקה.</li>
	<li>עבור פני השטח של אנטול, (TiO2)96, המורכב של 288 אטומים, להבטיח שהוא תקופתי לאורך x-ו-y-מעבדה צירים, מקרין rtil זוג מקבילי (101) משטחים; את הממדים בציר x 23 Å ו-y ציר עד 21 Å. . זה נלקח מחדש .12 & 13</li>
	<li>ודא שכל מערכת DSC עם ממיס מפורשת מורכבת מ-827 אטומים12,13; במקרה של ' בתוך החללים ', ברגל של RTIL שימור, יש להיות 347 אטומים במערכת.</li>
</ol>2. ביצוע הדמיה MD מבוסס שדה כוח באמצעות DL_POLY
<ol><li>לבצע MD באמצעות DL-פולי עם ערכות שונות של טעינה חלקית (vide אינפרא) עבור 15 ps עם 1 fs זמן שלב ו ב 300 K באנסמבל nvt24,25, באמצעות הפרמטרים של השדה הכללי של rtil והמטרה הכללית לצבע 26, כאשר המודל הטוב למחקר ואמין מטסואני-אקאואגי משחק את הפוטנציאל של טיטניה27 כוח שדה. כדי להפעיל את DL-פולי במסוף, הקלד Dlpoly. X & היכן ממוקמות קבצי הקלט.</li>
	<li>ביצוע MD קלאסי באמצעות שדות הכוח האמפיריים הללו, כפי שיושמו בDL_POLY28. כאן, אין צורך להשתמש בממשק משתמש גרפי (GUI) בתוכנה, ולכן מומלץ להזין את הפרטים באמצעות מקיף, וקל לעקוב אחר התוכנה ידנית29. כאן, בקובץ הבקרה (בדוק מידע משלים עבור קבצי קלט), לציין "האף הובר" עבור NVT, ולבחור מסלול מהירות מיקום הדפסה כל 1 fs.</li>
	<li>בקובץ FIELD, עבור פרמטרים של Lennard-ג'ונס, החל את לורנץ-רטלוט שילוב כללים25. לקיחת הממוצע האריתמטי של ה-"לנארד-ג'ונס" (אל-ג'יי) והממוצע הגיאומטרי של מעמקי ה-אל-ג'יי, עבור שדות הכוח האמפיריים, כמפורט ב-ref .25, והזן זאת בחלק התחתון של קובץ השדה תחת הכרטיסייה שאינה בונדד-אינטראקציות.</li>
	<li>כדי לטפל באלקטרוסטטיקה ארוכת טווח, יש למרוח את שיטת אוואלד25; להשתמש באורך לא מאוחד לגזור של rcut = 10 Å. התייעץ עם משתמשים. 25 & 30 לקבלת פרטים מדויקים לגבי אופן המיטוב של פרמטרים אלקטרוסטטית. הגדר את פרמטר הדעיכה של החלל האמיתי עבור שיטת אוואלד בקובץ הבקרה כדי להיות ~ 3.14/rcut, ובחר את מספר הווקטורים של ה-אוואלד להבטיח סובלנות יחסית בהערכת אוואלד של 1e-5; ציין זאת בקובץ ה-CONTROL.</li>
	<li>ודא, בקובץ הבקרה, מצב ש-rגזור = 10 Å; לבצע סדרה של הערכות פוטנציאליות אנרגיה עם קובץ revcon (שונה בשם CONFIG) עד לחץ המערכת בפלט ממיר לתוך כמה אחוזים כדי לבחורלחתוךr, אבל להימנע כל rלחתוך מתחת ~ 2.5 פעמים הגדול ביותר אל-ג'יי מרחק25,30. הערה: זמן זה קצר 15 ps מסוג MD-הפצה נבחר להיות דומה לזה של ~ 8.5 ps יליד-אופנהיימר-MD (BOMD) עם תצורה זהה התחלתי של refs. 9, 10 & 17, כדי לאפשר השוואה ישירה ויברtional-ספקטרום החיזוי המוענקת על ידי מבוסס על ידי AI-20 ו-מבוססי שדה כוח MD (עם השוואה ואימות נגד הניסוי גם).</li>
	<li>מתוך קובץ ההיסטוריה (שאליו הודפסו הן המהירויות והן המיקומים בכל פעם, כפי שמכוונים לקובץ הבקרה), חלץ את ה-x, y, z-מהירויות באמצעות פיתון dye_atom_velocity_seperate. py (ראה מידע משלים) בטרמינל. זה יפריד בין המהירויות. בכל שלב</li>
	<li>חשב את ה-VACF באמצעות vacf151005.py (ראה מידע משלים). בטרמינל, הקלד ./classical_dye_autocorr. sh; זה יהיה לחשב את ה-VACF של כל אטומי הצבע. מחשב ספקטרום מ-MD (אםמשתמש 14,20 או מבוסס שדה כוח) באמצעות התמרת פורייה המוני משוקלל של הפונקציה של מהירות אטומית של הצבע (vacf)31,32,33 באמצעות פיתון MWPS.py (ראה מידע משלים). בטרמינל, הקלד ./run_all_4. sh; זה יהיה לחשב את ספקטרום הכוח משוקלל מסה.</li>
	<li>לבצע התמרת פורייה על אלה VACFs באמצעות תוכנה זמינה בדרך כלל.</li>
	<li>יש לזכור כי טיפול dft באיכות הטובה ביותר (למשל, השימוש בתוך שימור מפורש וטיפול מדויק של פיזור, לצד מבחר ורכב של פונקציונלי) חשוב להשתמש בתפעול נגד נתונים ניסיוניים12,13,20 ו התאמת הביצועים השוואתיים של MD ניסיוני-פוטנציאלי, בפרט, את ההשפעה הגדולה של אלקטרוסטטיקה ובחירות עבור חיובים חלקיים16. ראה מחדש. 12 ו -13 וללמוד את אלה כדי לקבל הערכה מעמיקה, ואם מתכוון לעשות את הפעולה הזאת (שאינה המקרה במחקר הנוכחי), לפעול בהתאם במצב כזה בעתיד, צריך את הצורך לנהל את הנושא.</li>
</ol>3. השוואת התוצאות של כל אחד משדות הכוח
הערה: חשוב להעריך מערכות בעלות תשלום חלקי עבור RTIL עבור הדמיה של MD מבוסס-הפוטנציאל האמפירי בשלב 2, עבור השוואה מוכנה אחד נגד השני, ניסוי ו-ab-MD התוצאות של ממיס RTIL מפורשת (באמצעות PBE פונקציונלי עם פיזור Grimme-D3, בזכותביצועי מעולה שלה לחיזוי של ספקטרום אלה היו כדלקמן:
<ol><li>שימו לב כי במקרה של האשמות הנגזרות rtil, את החיובים האניבים ניתן למצוא מ-Extended הוקקל תאוריה34,35, על בסיס מסלולים מבוססי המחשב העצמי23, בשל היעדר הפרמטרים של אניון-מטען ב-ref .20, עם חיובים להילקח מ lopes et al.23 להכין טבלה של חיובים הספרות, ולשים בתבנית שדה קובץ עבור DL-פולי.</li>
	<li>שימו לב כי החיובים של מוליקן RTIL יש לחשב באמצעות ניתוח האוכלוסייה Mulliken. בצע את הניתוח Mulliken על ידי ממוצע על פני ארבע נקודות של מסלול ה-ab הראשי MD20, מוכן להכין טבלה של חיובים הספרות, ולשים בפורמט קובץ שדה עבור DL-פולי.</li>
	<li>שימו לב כי החיובים מורחבת הנקל (EHT) הינם מצוידים מתוך התצורה הסופית של מסלולים של מערכת הניהול20, באמצעות eht, החלים הן האניטונים rtil והקישות. לבצע ניתוח EHT על ידי ממוצע מעל ארבע נקודות של מסלול ה-ab מאותחל מספר20, כפי שיושם בחבילת התוכנה של מו (על ידי בחירת התפריט מבצע ניתוח החיוב לאחר הקריאה בקובץ התצורה)35, הכנה והכנת טבלה של חיובים הספרות, ולשים בתבנית שדה קובץ עבור DL-פולי.</li>
	<li>שים לב כי הירפלד rtil יש לחשב מתוך ניתוח הירשפלד-תשלום על ידי ממוצע על פני ארבע נקודות שלמסלול ה-ab של MD, עבור אניונים והכשות20, כפי שיושם בחבילת התוכנה של מו (על ידי בחירת ' בדיקת חיוב ' תפריט לאחר הקריאה בקובץ התצורה)35. מרנורמליזציה של חיובים כאלה שהושגו, העבר את אלה בתבנית המתאימה בקובץ השדה DL-פולי.</li>
	<li>זכרו כי מערכות המטען השונות עבור [במים]+[NTf2]- אטומים מוצגים בטבלה 1 & טבלה 2, אשר גם מראה את הסכום הממוצע שבו כמה חיובים האטומי צריך להיות שונה, כדי לקחת סימטריה ושימור כולל החיוב בחשבון.</li>
	<li>שימו לב שערכות הטעינה הסופיות הן בעלות סכום החיובים המוסיף ל-+1 על הקטיון ו -1 על האניב. הקטיון ואניבמוצגים באיור 1ובאיור 1, בהתאמה . ספקטרום ה-DFT שנדגם, שממנו מערכות הטעינה הללו היו השראה, באמצעות ובגדול, יש העברת טעינה מרומזת ונוטות להוביל לחיובים הקרובים ל-± 1.</li>
</ol>

<ol><li>Ohno, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aOhno%2C+H+%22Electrochemical+aspects+of+ionic+liquids%22">Electrochemical aspects of ionic liquids</a>. , John Wiley & Sons. (2011).</li>
<li>Tefashe, U. M., Nonomura, K., Vlachopoulos, N., Hagfeldt, A., Wittstock, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+Cation+on+Dye+Regeneration+Kinetics+of+N719-Sensitized+TiO2+Films+in+Acetonitrile-Based+and+Ionic-Liquid-Based+Electrolytes+Investigated+by+Scanning+Electrochemical+Microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+C%22%5BJournal%5D)">Effect of Cation on Dye Regeneration Kinetics of N719-Sensitized TiO2 Films in Acetonitrile-Based and Ionic-Liquid-Based Electrolytes Investigated by Scanning Electrochemical Microscopy.</a> Journal of Physical Chemistry C. 116, 4316-4323 (2012).</li>
<li>Hardin, B. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Energy+and+Hole+Transfer+between+Dyes+Attached+to+Titania+in+Cosensitized+Dye-Sensitized+Solar+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Energy and Hole Transfer between Dyes Attached to Titania in Cosensitized Dye-Sensitized Solar Cells.</a> Journal of American Chemical Society. 133, 10662-10667 (2011).</li>
<li>Bai, Y., Mora-Seró, I., De Angelis, F., Bisquert, J., Wang, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Titanium+Dioxide+Nanomaterials+for+Photovoltaic+Applications%5BTitle%5D)+AND+%22Chimerical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Titanium Dioxide Nanomaterials for Photovoltaic Applications.</a> Chimerical Reviews. 114, 10095-10130 (2014).</li>
<li>Teuscher, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetics+of+the+Regeneration+by+Iodide+of+Dye+Sensitizers+Adsorbed+on+Mesoporous+Titania%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+C%22%5BJournal%5D)">Kinetics of the Regeneration by Iodide of Dye Sensitizers Adsorbed on Mesoporous Titania.</a> Journal of Physical Chemistry C. 118, 17108-17115 (2014).</li>
<li>Long, R., English, N. J., Prezhdo, O. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Minimizing+Electron-Hole+Recombination+on+TiO2+Sensitized+with+PbSe+Quantum+Dots%3A+Time-Domain+Ab+initio+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Minimizing Electron-Hole Recombination on TiO2 Sensitized with PbSe Quantum Dots: Time-Domain Ab initio Analysis.</a> Journal of Physical Chemistry Letters. 5, 2941-2946 (2014).</li>
<li>Agrawal, S., English, N. J., Thampi, K. R., MacElroy, J. M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspectives+on+quantum-based+molecular+simulation+of+excited-state+properties+of+organic+dye+molecules+in+dye-sensitised+solar+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Physical+Chemistry+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">Perspectives on quantum-based molecular simulation of excited-state properties of organic dye molecules in dye-sensitised solar cells.</a> Physical Chemistry Chemical Physics. 14, 12044-12056 (2012).</li>
<li>Agrawal, S., Dev, P., English, N. J., Thampi, K. R., MacElroy, J. M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+TD-DFT+study+of+the+effects+of+structural+variations+on+the+photochemistry+of+polyene+dyes%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Science%22%5BJournal%5D)">A TD-DFT study of the effects of structural variations on the photochemistry of polyene dyes.</a> Chemical Science. 3, 416-424 (2012).</li>
<li>Dev, P., Agrawal, S., English, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+Assessment+for+Predicting+Charge-Transfer+Excitations+of+Dyes+in+Complexed+State%3A+A+Study+of+Triphenylamine-Donor+Dyes+on+Titania+for+Dye-Sensitized+Solar+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+A%22%5BJournal%5D)">Functional Assessment for Predicting Charge-Transfer Excitations of Dyes in Complexed State: A Study of Triphenylamine-Donor Dyes on Titania for Dye-Sensitized Solar Cells.</a> Journal of Physical Chemistry A. 117, 2114-2124 (2012).</li>
<li>Lyons, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Silicon-bridged+triphenylamine-based+organic+dyes+for+efficient+dyesensitised+solar+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Solar+Energy%22%5BJournal%5D)">Silicon-bridged triphenylamine-based organic dyes for efficient dyesensitised solar cells.</a> Solar Energy. 160, 64-75 (2018).</li>
<li>Lyons, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organic+Dyes+Containing+Coplanar+Dihexyl-Substituted+Dithienosilole+Groups+for+Efficient+Dye-Sensitised+Solar+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Photo-Energy%22%5BJournal%5D)">Organic Dyes Containing Coplanar Dihexyl-Substituted Dithienosilole Groups for Efficient Dye-Sensitised Solar Cells.</a> International Journal of Photo-Energy. , 7594869(2017).</li>
<li>Byrne, A., English, N. J., Schwingenschlogl, U., Coker, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dispersion+and+Solvation+Effects+on+the+Structure+and+Dynamics+of+N719+Adsorbed+to+Anatase-Titania+Surfaces+in+Room-Temperature+Ionic+Liquids%3A+An+ab+initio+Molecular+Simulation+Study%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+C%22%5BJournal%5D)">Dispersion and Solvation Effects on the Structure and Dynamics of N719 Adsorbed to Anatase-Titania Surfaces in Room-Temperature Ionic Liquids: An ab initio Molecular Simulation Study.</a> Journal of Physical Chemistry C. 120, 21-30 (2016).</li>
<li>Byrne, A., English, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+study+via+ab+initio+MD+of+the+effect+solvation+by+room+temperature+ionic+liquid+has+on+the+structure+of+a+chromophore-titania+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Computational+Materials+Science%22%5BJournal%5D)">A systematic study via ab initio MD of the effect solvation by room temperature ionic liquid has on the structure of a chromophore-titania interface.</a> Computational Materials Science. 141, 193-206 (2018).</li>
<li>Krishnan, Y., Byrne, A., English, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vibrational+Study+of+Iodide-Based+Room-Temperature+Ionic-Liquid+Effects+on+Candidate+N719-Chromophore%2FTitania+Interfaces+for+Dye-Sensitised+Solar-Cell+Applications+from+Ab+initio+Based+Molecular-Dynamics+Simulation%5BTitle%5D)+AND+%22Energies%22%5BJournal%5D)">Vibrational Study of Iodide-Based Room-Temperature Ionic-Liquid Effects on Candidate N719-Chromophore/Titania Interfaces for Dye-Sensitised Solar-Cell Applications from Ab initio Based Molecular-Dynamics Simulation.</a> Energies. 11, 2570(2018).</li>
<li>Hengerer, R., Bolliger, B., Erbudak, M., Gräatzel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+stability+of+the+anatase+TiO2+%28101%29+and+%28001%29+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Surface+Science%22%5BJournal%5D)">Structure and stability of the anatase TiO2 (101) and (001) surfaces.</a> Surface Science. 460, 162-169 (2000).</li>
<li>Bandaru, S., English, N. J., MacElroy, J. M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Implicit+and+explicit+solvent+models+for+modeling+a+bifunctional+arene+ruthenium+hydrogen-storage+catalyst%3A+a+classical+and+ab+initio+molecular+simulation+study%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Computational+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Implicit and explicit solvent models for modeling a bifunctional arene ruthenium hydrogen-storage catalyst: a classical and ab initio molecular simulation study.</a> Journal of Computational Chemistry. 35, 683-691 (2014).</li>
<li>Mosconi, E., Selloni, A., De Angelis, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solvent+effects+on+the+adsorption+geometry+and+electronic+structure+of+dye-sensitized+TiO2%3A+a+first-principles+investigation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+C%22%5BJournal%5D)">Solvent effects on the adsorption geometry and electronic structure of dye-sensitized TiO2: a first-principles investigation.</a> Journal of Physical Chemistry C. 116, 5932-5940 (2012).</li>
<li>Bahers, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+Dye-Sensitized+Solar+Cells%3A+From+Theory+to+Experiment%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+Letter%22%5BJournal%5D)">Modeling Dye-Sensitized Solar Cells: From Theory to Experiment.</a> Journal of Physical Chemistry Letter. 4, 1044-1050 (2013).</li>
<li>Preat, J., Michaux, C., André, J., Perpète, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrrolidine-Based+Dye-Sensitized+Solar+Cells%3A+A+Time-Dependent+Density+Functional+Theory+Investigation+of+the+Excited+State+Electronic+Properties%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Quantum+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Pyrrolidine-Based Dye-Sensitized Solar Cells: A Time-Dependent Density Functional Theory Investigation of the Excited State Electronic Properties.</a> International Journal of Quantum Chemistry. 112, 2072-2084 (2012).</li>
<li>Byrne, A., Krishnan, Y., English, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ab+initio+Molecular-Dynamics+Studies+of+the+Effect+of+Solvation+by+Room-Temperature+Ionic+Liquids+on+the+Vibrational+Properties+of+a+N719-chromophore%2FTitania+Interface%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+C%22%5BJournal%5D)">Ab initio Molecular-Dynamics Studies of the Effect of Solvation by Room-Temperature Ionic Liquids on the Vibrational Properties of a N719-chromophore/Titania Interface.</a> Journal of Physical Chemistry C. 122, 26464-26471 (2018).</li>
<li>De Angelis, F., Fantacci, S., Selloni, A., Nazeeruddin, M. K., Grätzel, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((First-principles+modeling+of+the+adsorption+geometry+and+electronic+structure+of+Ru+%28II%29+dyes+on+extended+TiO2+substrates+for+dye-sensitized+solar+cell+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+C%22%5BJournal%5D)">First-principles modeling of the adsorption geometry and electronic structure of Ru (II) dyes on extended TiO2 substrates for dye-sensitized solar cell applications.</a> Journal of Physical Chemistry C. 114, 6054-6061 (2010).</li>
<li>Schiffmann, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protonation-dependent+binding+of+ruthenium+bipyridyl+complexes+to+the+anatase+surface%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+C%22%5BJournal%5D)">Protonation-dependent binding of ruthenium bipyridyl complexes to the anatase surface.</a> Journal of Physical Chemistry C. 114, 8398-8404 (2010).</li>
<li>Canongia Lopes, J. N., Deschamps, J., Padua, A. A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+Ionic+Liquids+Using+a+Systematic+All-Atom+Force+Field%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+B%22%5BJournal%5D)">Modeling Ionic Liquids Using a Systematic All-Atom Force Field.</a> Journal of Physical Chemistry B. 108, 2038-2047 (2004).</li>
<li>Hoover, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Canonical+dynamics%3A+equilibrium+phase-space+distributions%5BTitle%5D)+AND+%22Physical+Reviews+A%22%5BJournal%5D)">Canonical dynamics: equilibrium phase-space distributions.</a> Physical Reviews A. 31, 1695(1985).</li>
<li>Allen, M. P., Tildesley, D. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAllen%2C+MP+%22Computer+Simulation+of+Liquids%22">Computer Simulation of Liquids</a>. , 2nd Ed, Oxford University Press. (2017).</li>
<li>Jorgensen, W. L., Maxwell, D. S., Tirado-Rives, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+Testing+of+the+OPLS+All-Atom+Force+Field+on+Conformational+Energetics+and+Properties+of+Organic+Liquids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids.</a> Journal of American Chemical Society. 118 (45), 11225-11236 (1996).</li>
<li>Matsui, M., Akaogi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Dynamics+Simulation+of+the+Structural+and+Physical+Properties+of+the+Four+Polymorphs+of+TiO2%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Simulation%22%5BJournal%5D)">Molecular Dynamics Simulation of the Structural and Physical Properties of the Four Polymorphs of TiO2.</a> Molecular Simulation. 6, 239-244 (1991).</li>
<li>Todorov, I. T., Smith, W., Trachenko, K., Dove, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DL_POLY_3%3A+new+dimensions+in+molecular+dynamics+simulations+via+massive+parallelism%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Materials+Chemistry%22%5BJournal%5D)">DL_POLY_3: new dimensions in molecular dynamics simulations via massive parallelism.</a> Journal of Materials Chemistry. 16, 1911-1918 (2006).</li>
<li>Smith, W., Forester, T. R., Todorov, I. T. DL-POLY Classic user manual. , http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY_CLASSIC/MANUALS/USRMAN.pdf (2019).</li>
<li>English, N. J., Lauricella, M., Meloni, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Massively+parallel+molecular+dynamics+simulation+of+formation+of+clathrate-hydrate+precursors+at+planer+water-methane+interfaces%3A+insights+into+heterogeneous+nucleation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">Massively parallel molecular dynamics simulation of formation of clathrate-hydrate precursors at planer water-methane interfaces: insights into heterogeneous nucleation.</a> Journal of Chemical Physics. 140, 204714(2014).</li>
<li>Thomas, M., Brehm, M., Fligg, R., Vöhringer, P., Kirchner, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computing+vibrational+spectra+from+ab+initio+molecular+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Physical+Chemistry+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">Computing vibrational spectra from ab initio molecular dynamics.</a> Physical Chemistry Chemical Physics. 15, 6608-6622 (2013).</li>
<li>Mancini, J. S., Bowman, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+ab+initio+calculation+of+anharmonic+vibrational+frequencies%3A+Local-monomer+theory+and+application+to+HCl+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">On the ab initio calculation of anharmonic vibrational frequencies: Local-monomer theory and application to HCl clusters.</a> Journal of Chemical Physics. 139, 164115(2013).</li>
<li>Jaeqx, S., Oomens, J., Cimas, A., Gaigeot, M. P., Rijs, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-Phase+Peptide+Structures+Unraveled+by+Far-IR+Spectroscopy%3A+Combining+IR-UV+Ion-Dip+Experiments+with+Born-Oppenheimer+Molecular+Dynamics+Simulations%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition%22%5BJournal%5D)">Gas-Phase Peptide Structures Unraveled by Far-IR Spectroscopy: Combining IR-UV Ion-Dip Experiments with Born-Oppenheimer Molecular Dynamics Simulations.</a> Angewandte Chemie International Edition. 126, 3737-3740 (2014).</li>
<li>Hoffmann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Extended+H%C3%BCckel+Theory.+I.+Hydrocarbons%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">An Extended Hückel Theory. I. Hydrocarbons.</a> Journal of Chemical Physics. 39, 1397-1412 (1963).</li>
<li>Chemical Computing Group. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Molecular+Operating+Environment+software%22">Molecular Operating Environment software</a>. , Montréal, Québec, Canada. (2019).</li>
<li>Finnie, K. S., Bartlett, J. R., Woolfrey, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vibrational+spectroscopic+study+of+the+coordination+of+%282%2C+2%27-bipyridyl-4%2C+4%27-dicarboxylic+acid%29+ruthenium+%28II%29+complexes+to+the+surface+of+nanocrystalline+titania%5BTitle%5D)+AND+%22Langmuir%22%5BJournal%5D)">Vibrational spectroscopic study of the coordination of (2, 2'-bipyridyl-4, 4'-dicarboxylic acid) ruthenium (II) complexes to the surface of nanocrystalline titania.</a> Langmuir. 14, 2744-2749 (1998).</li>
<li>León, C. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLe%C3%B3n%2C+C+%22Vibrational+Spectroscopy+of+Photosensitizer+Dyes+for+Organic+Solar+Cells%22">Vibrational Spectroscopy of Photosensitizer Dyes for Organic Solar Cells</a>. , Cuvillier. (2006).</li>
</ol>

. למחברים אין מה לגלות

שיטות הסימולציה Ab מאותחל יקרות לבצע ומכאן כדי לבצע הדמיה על מאזני זמן הרבה יותר ידרוש שימוש בשדות כוח אמפיריים לפחות חלק מהמערכת DSC. לקראת סוף זה, מודל האטומיסטי שווה ערך נוצר של [במים]+[NTf2]- ממשק solvated, באמצעות שימוש ניסיוני, הדמיה קלאסית שדה כוח עבור MD. האנאז היה במודל שימוש בשדה הכוח של מטסואני-אקאוג'י (MA), בעוד מבנה הצבע טופל באמצעות פרמטרי OPLS. עבור RTIL, ארבעה שדות כוח שונים היו מועסקים כדי לקבוע את החשיבות של המטען של RTIL על הדינמיקה של הצבעים ויברtional. הפרמטרים של שדה הכוח היו ז...

ב-צבען-רגישות תאים סולריים (DSCs), פער הלהקה האופטי של מוליכים למחצה הוא גישור על ידי אור קליטת, או רגישות, צבע. DSCs דורשים טעינה מתמדת: לכן, אלקטרוליט החמצון חיוני כדי לטפח את האספקה המתמדת של התשלום (בדרך כלל בצורה של I-/i3-, בממס אורגני). זה מקל על מעבר של חורים מן הצבע רגישות לאלקטרוליט, עם הזריק אלקטרונים מתרגש צילום לתוך מצע תחמוצת המתכת עובר דרך מעגל חיצוני, עם שילוב מחדש בסופו של דבר מתרחש על הקתודה1. היבט מכריע עצומה ' השקפה חיובית עבור מגוון רחב של יישומים בעולם האמיתי מקורו בייצור הישיר שלהם, ללא צורך בחומרי גלם גבוה בטוהר; זה בניגוד גמור עם עלות הבירה גבוהה ואולטרה טוהר נדרש עבור photovoltaics מבוססי סיליקון. בכל מקרה, הסיכוי לשפר באופן משמעותי את צירי הזמן של חיי העבודה של DSCs על-ידי החלפת אלקטרוליטים יציבים פחות עם נוזלים יוניים בטמפרטורת החדר (RTILs) לאחר תנודתיות נמוכה מראה הבטחה משמעותית. המאפיינים הפיזיים המוצקים של RTILs בשילוב עם המאפיינים החשמליים הנוזליים שלהם (כגון רעילות נמוכה, פלאמביליות ותנודתיות)1 להוביל אלה כדי להוות אלקטרוליטים מצוינים למדי לשימוש ביישומי DSC.
בהתחשב בסיכויים כאלה עבור RTILs ב DSCs, זה בקושי מפתיע כי, בשנים האחרונות, כבר היתה דחיפה משמעותית של פעילות בלמידה DSC-אב טיפוס N719-כרומרופפור/טיטניה ממשקים עם RTILs. בפרט, עבודה חשובה על מערכות כאלה בוצעה2,3,4,5, אשר לשקול חבילה רחבה של תהליכים פיזיקאלית-כימיים, כולל את החיוב-חידוש מלאי הקינטיקה בצבעים2,5, השלבים המכניים של הדינמיקה האלקטרון-חור והעברה3, ו, כמובן, את ההשפעות של טיטניהמצעים הטבע
עכשיו, התקדמות המוח מקדמות הדמיה מולקולרית מבוסס DFT, במיוחד בעלי השפעה.6, ככלי עיצוב שימושי מאוד בתחום המדע חומרים ובמיוחד עבור DSCs7,8,9,10,11, עם הערכה קריטית של בחירה פונקציונלית אופטימלית להיות חיונית8,9, טכניקות devd הוכיחו שימושי מאוד בעבר בוחן פיזור משמעותי למדי ו-rtil השפעות שימור מפורש על מבנה הצבע, מצבי ספיחה ויברזציה משטחים DSC-מוליך למחצה. בפרט, אימוץ של האימו הובילה להצלחה מסוימת בהשגת לכידה סבירה, חצי כמותית וחיזוי של מאפיינים אלקטרוניים חשובים, כגון פער להקות, כמו גם כריכה מבנית13והרטט ספקטרום14. בסדר. 12-14, הדמיות של אימו בוצעו בהרחבה על הצבע N719-כרומאופפור התמונה מאוגד (101) אנטול-טיטניה, הערכת מאפיינים אלקטרוניים הן נכסים מבניים בנוכחותם של שניהם+[NTf2]-12,13ושוב+אני-14RTILs, בנוסף ספקטרום תנודה עבור המקרה של [בחמים]+אני-14. בפרט, קשיחות של פני השטח של המוליכים למחצה15, מלבד צילום השוואתי הטבועה שלה, הוביל את המשטח כדי לשנות מעט בתוך הדמיית האימו, מה שהופך (101) ממשקים אנטולי12,13,14בחירה מתאימה. כ-ref 12 מראה, המרחק הממוצע בין הקטיונים לבין פני השטח ירד על-ידי כ-0.5 Å, ההפרדה הממוצעת בין הקטיונים לבין האנטונים ירדה ב-0.6 Å, והשנים הניכרות של הRTILs בשכבה הראשונה סביב הצבע, היכן שהקטיון היתה על המקום גיל 1.5 בנוסף ממרכז הצבע, נגרמו ישירות על ידי אינטראקציות פיזור מפורשות במערכות RTIL-solvated. בלתי פיסי של הגדרת התצורה של N719 לצבוע של נספחת היה גם תוצאה של המבוא של השפעות פיזור מפורש בתוך הריק. ב-ref 13, הניתוח נערך אם ההשפעות המבבניות הללו של הבחירה התפקודית RTIL מפורשת ופונקציונלית השפיעו על ההתנהגות של DSSCs, המסכם הן שימור מפורש וטיפול בפיזור חשוב מאוד. בשופט 14, עם נתונים באיכות גבוהה וויברטיב-ספקטרלי של קבוצות אחרות בהישג יד, ההשפעות המיוחדות היו מסומנות באופן שיטתי בשני הצדדים במפורש.+אני-שימור וטיפול מדויק של פיזור הוקמה בשנת refs. 12 & 13 on the reproduction of salient spectral-mode features; זה הוביל למסקנה כי שימור מפורש חשוב, לצד טיפול מדויק של אינטראקציות פיזור, ממצאים מוקדמים יותר עבור תכונות מבניות ודינמיות במקרה של מידול הדמייה של זרזים בממס מפורש16. אכן, מוסבוני ואח ' ביצעו גם הערכה מרשימה של השפעות מפורשות על הטיפול ב-DFT בסימולציה DSC17. בהלול ואח '.18למדה ספקטרום הקליטה ניסיוני עבור צבעים יחד עם ספקטרום הקשורים ברמת TD-DFT; ספקטרום TD-DFT הוסכם היטב במונחים של מעברים מחושבים שלהם עם עמיתיהם הניסיוניים שלהם. בנוסף, ספקטרום הקליטה של נגזרים פירולידין (PYR) נחקרו על ידי Preat ואח ' ב ממיסים כמה19, המספקת תובנות משמעותיות לתוך המבנים הגיאומטריים והאלקטרונים של הצבעים, והיא מעניקה שינויים מבניים נאותים המשמשים למיטוב המאפיינים של מבנה ה-PYR DSSCs-רוח של עיצוב מולקולרי המבוסס על הדמיה-באמת.
לאחר שהקים בבירור את התרומה החשובה של השני dft ו-אימו לקראת מודל מדויק של מאפיינים ותפקוד של DSCs, כולל נושאים טכניים חשובים כגון שימור מפורש וטיפול הולם של אינטראקציות נפיצה מ מבנית, אלקטרונית ורטט נקודות7,8,9,10,11,12,13,14, עכשיו-ב הנוכחי העבודה-המוקד פונה לעבר השאלה הפרגמטית של כמה הגישות אמפיריים הפוטנציאל יכול להיות מותאם לכתובת החיזוי apposite וסביר של תכונות מבנית ויברליות של מערכות DSC כגון מערכת מסוג זה, לקיחת N719 צבען נספחת על אנטול (101)ב [במים]- rtil כמקרה בנקודה. זה חשוב, לא רק בגלל הקורפוס הגדול של פעילות הסימולציה מולקולרית מבוססי שדה מכונות מתודולוגי זמין להתמודד עם הדמיית DSC7, ומשטחי תחמוצת מתכת נרחב יותר, אבל גם בגלל הצגה שלהם עלות חישובית מופחתת לעומת הגישות מבוססות dft, יחד עם האפשרות של צימוד יעיל מאוד גישות דגימה מוטה כדי ללכוד ביעילות יותר בשלב החלל האבולוציה מבניים ממיסים rtil מאוד צמיגה, שנשלט על-ידי תכונות פיזיות מוצקות בטמפרטורות הסביבה. לכן, מונע על ידי השאלה הפתוחה הזאת של ומיטוב גישות שדה הכוח, הודיע על ידי שני DFT ו-האימו, כמו גם נתונים ניסיוניים עבור רטט ספקטרום14, אנו פונים למשימה לוחצת של הערכה אמפירית פוטנציאל הביצועים של הN719 מהירות אטומית של הפונקציה (vacf). אחד הדאגה המפתח הוא כמה שונה החיוב חלקי הפרמטרים של RTIL עשוי להשפיע על ויברtional-ספקטרום החיזוי, ותשומת לב מיוחדת ניתנה לנקודה זו, כמו גם את המשימה הרחבה של התאמת שדות כוח לחיזוי אופטימלי במצב ספקטרלי ביחס לניסוי ו-אימו20.

<table><tbody><tr><td>זו הייתה סימולציה מולקולרית, ולכן לא נעשה שימוש בציוד ניסיוני.</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>שם התוכנה היה DL-POLY (הגרסה ה'קלאסית' שלה זמינה תחת רישיון GnuPublic, דרך sourceforge)</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

ויברtional ספקטרום של n719-כרומטופור/טיטניה ממשק הסימולציה מולקולארית פוטנציאלי-דינמיקה, solvated על ידי טמפרטורת חדר הנוזל היוני

Vibrational Spectra of a N719-Chromophore/Titania Interface from Empirical-Potential Molecular-Dynamics Simulation, Solvated by a Room Temperature Ionic Liquid

חיזוי הסימולציה המולקולרית המדויק של ספקטרום הרטט, ומאפיינים מבניים, אנרגטיים וספקטרליים אחרים, של משטחי מתכת-תחמוצת הצילום במגע עם צבע קליטת אור הוא אתגר קוצני מתמשך וחמקמק בכימיה פיזית. עם זאת בראש, הדמיית דינמיקה מולקולרית (MD) בוצעו באמצעות הפוטנציאל האמפירי האופטימיזציה עבור היטב מייצג ו-מיועד לצבוע השמש מדוברת תאים סולאריים (DSC) solvated על ידי נרחב-למדה בטמפרטורת החדר נוזלי (rtil), במסווה של [במים]+[NTf2]- rtil solvated N719-רגישות לצבוע נספחת אל 101 אנטולי-טיטניה. בפעולה זו, תובנות חשובות שנעשו לתוך איך באמצעות RTIL כמו החור האלקטרוליטי לקבלת מודולים את המאפיינים הדינמיות והרטט של N719 צבען, הערכת ספקטרום של ממשק התמונה DSC-הרכב באמצעות טרנספורמציה פורייה של מהירות משוקלל המסה פונקציות מתאם אוטומטי מ-MD. ספקטרום התנודה הנרכש הושווה לספקטרום הניסוי ולאלה שנדגמו מדינאמיקה מולקולרית משנת ab (הרכב הראשי); בפרט, ספקטרום אמפירי-פוטנציאלי שונים שנוצר מ-MD לספק תובנה כיצד הפרמטרים חלקית מחייב המטען של הנוזל יונית משפיע על תחזית ספקטרום ויברזציה. בכל מקרה, התאמה זהירה של מודלים הכוח האמפירית הוכח להיות כלי יעיל בטיפול בתכונות DSC ויברליות, כאשר מאומת על ידי ה-אימו d וניסוי.

נכסים מבניים של מוטיבים מחייבים מוטיבים הכריכה הייצוגית של ארבעת הסטים השונים של המטען החלקי מתוארים באיור 2, לאחר 15 PS של MD. באיור 2א, עבור הספרות (הנ ל)-חיובים נגזר, ניתן לראות כי קיימת אינטראקציה מימן בולטת עם משטח פרוטון. מניתוח קפדני של המסלול, איגרות חוב מימן הם בעיקר משטח-פרוטון מאוגד בעוד שלושת האחרים (הנגזרות)20 החיוב סטים לא תכונה כזו אינטראקציה עם משטח פרוט...

תא השמש לצבוע-רגישות היה solvated על ידי RTILs; תוך שימוש בפוטנציאלים אמפיריים ממוטבים, הוחלה הדמיה של דינמיקה מולקולרית לחישוב מאפיינים ויברtional. ספקטרום הרטט המתקבל הושוו עם התנסות ודינמיקה מולקולארית ab; ספקטרום הפוטנציאל האמפירי שונים מראים כיצד משתני טעינה חלקית של הנוזל היוני משפיע על תחזית ספקטרום התנודה.

ויברtional ספקטרום של N719-כרומטופור/טיטניה ממשק הסימולציה מולקולארית פוטנציאלי-דינמיקה, Solvated על ידי טמפרטורת חדר הנוזל היוני

The accurate molecular simulation prediction of vibrational spectra, and other structural, energetic and spectral characteristics, of photo-active ...

פרוטוקול זה מתייחס לאופן שבו ניתן להתאים גישות פוטנציאליות אמפיריות כדי לטפל בחיזוי הסביר והסביר של תכונות מבניות ורטטיות של מערכות תאים סולריים עם רגישות לצבוע. זה חשוב בגלל גישות העלות החישובית המופחתת באופן מדהים עם האפשרות לגישות דגימה שונות. כדי לבצע סימולציה דינמית מולקולרית, פתח את DL_POLY תוכנת הסימולציה ולהשתמש בשדה הכוח מאומת היטב של לופז, ואח '.כדי להרגיע את תצורת הנוזל היוני בטמפרטורת החדר באמצעות פוטנציאל אמפירי. לאחר מכן השתמש בשדה כוח Matsui-Akaogi כולל הניידות של הטיטאניה בתהליך הרפיה כדי מודל anatase. כדי לבצע אופטימיזציה גיאומטריה עם מזעור הדרגתי מצומד הדרגתי הדרגתי של 0.0001, ציין מיטוב בקובץ השדה עבור 15 picoseconds עם עצירת זמן femtosecond אחת ב 300 קלווין בהרכב NVT.כדי להפעיל DL_POLY בטרמינל, הזן DL_POLY. X.In את קובץ הבקרה, ציין Nose-Hoover עבור NVT ובחר מסלול מהירות מיקום הדפסת כל femtosecond אחד. עבור פני השטח anatase, ודא שהוא תקופתי לאורך צירי מעבדת x ו- y המקרין לנוזלים יוניים בטמפרטורת החדר זוג משטחים מקבילים עם ציר x של 21 אנגסטרום וציר y של 21 אנגסטרום.ודא כי מערכת תאי השמש רגיש צבע עם ממס מפורש מורכב 827 אטומים. במקרה vacuole, צריך להיות 347 אטומים במערכת. בקובץ השדה עבור פרמטרים לנארד-ג'ונס, להחיל לורנץ-Berthelot שילוב כללים להזין את הממוצע האריתמטי של הרדיוס Lennard-Jones ואת הממוצע הגיאומטרי של מעמקי Lennard-ג'ונס עבור שדות כוח אמפירי בחלק התחתון של קובץ השדה תחת הכרטיסייה אינטראקציות שאינן מלוכדות.כדי לטפל באלקטרוסטטיקה לטווח ארוך, החל את שיטת אוואלד באמצעות אורך ניתוק לא מלוכדות של 10 אנגסטרום והגדר את פרמטר ריקבון החלל האמיתי עבור שיטת אוואלד בקובץ הבקרה כ- 3.14 לכל אורך ניתוק שאינו מלוכד. לאחר מכן בחר את מספר וקטור הגל של אוואלד כדי להבטיח עמידות יחסית בהערכת אוואלד של פי 10 לחמישית השלילית בתוך קובץ הבקרה. לבצע סדרה של הערכות אנרגיה פוטנציאליות עם קובץ REVCON ששמו שונה כמו config עד לחץ המערכת בפלט מתכנס בתוך כמה אחוזים כדי לבחור את אורך ניתוק שאינו מלוכדות.מקובץ ההיסטוריה, השתמש במהירות דיאטום פייתון בנפרד. py במסוף כדי לחלץ את x בודדים, y ו z מהירות בכל שלב. כדי לחשב את פונקציית המתאם האוטומטי של המהירות, השתמש ב- vacf151005.py ולהיכנס classical_dye_autocore. לטרמינל. פונקציית המתאם האוטומטי של המהירות ת שחושב עבור כל הדיאטומים.כדי לחשב את הספקטרום מהדינמיקה המולקולרית, השתמש בטרנספורמציית פורייה משוקללת מסה של פונקציית המתאם האוטומטי של מהירות האטום של הצבע, השתמש ב- Python MWPS. py ולהיכנס run_all_4. בטרמינל.ספקטרום הכוח המשוקלל ההמוני י שחושב. כדי להעריך סטים של שינויים חלקיים בנוזלים היוניים בטמפרטורת החדר עבור סימולציה דינמית מולקולרית בסיסית פוטנציאלית אימפריאלית להשוואה מוכנה זה מול זה, הכן טבלה של חיובי הספרות והזן טבלה זו לפורמט קובץ השדה עבור DL-POLY. כדי לחשב את המטענים הנוזליים של טמפרטורת החדר Mulliken, ממוצע מעל ארבע נקודות של מסלול הדינמיקה המולקולרית ab-initio, לנרמל מחדש ולהכין טבלה של חיובי הספרות ולהזן את הטבלה לפורמט קובץ שדה עבור DL-POLY.כדי לבצע את ניתוח EHT, ממוצע מעל ארבע נקודות של מסלול ab-initio דינמיקה מולקולרית כפי שיושם בחבילת התוכנה סביבת ההפעלה המולקולרית. נרמול מחדש והכנת טבלה של חיובי הספרות והזן את השדה בתבנית קובץ שדה עבור DL-POLY. כאן מוצגים מוטיבים מחייבים מייצגים של ארבע ערכות טעינה חלקיות שונות לאחר 15 פיקו-שניות של דינמיקה מולקולרית.עבור הספרות נגזר חיובים כפי שהוכח, אינטראקציה בולטת מליטה מימן עם פרוטון פני השטח ניתן לראות. עם זאת, שלוש מערכות המטען המולקולריות ab-initio אינן כוללות אינטראקציה קולומבית כה חזקה עם פרוטון פני השטח. ואכן, העוצמה הקטנה יותר של המטענים החלקיים בספרות הנגזרים ממקרה בהשוואה לאלה שנדגמו בדרכים שונות מהדינמיקה המולקולרית ab-initio מובילה להיקף נמוך יותר של מיגון מטען ביחס לטענים הנוזליים היוניים החלקיים של טמפרטורת החדר בעוצמה גדולה יותר.מעניין, סט המטען הנגזר Mulliken מראה קינקיות מתמשכת מסוימת של הצבע יש קשר מימן בולט עם אטום חמצן גישור על פני השטח anatase. מטען האיכות הטוב יותר מתאים מהדינמיקה המולקולרית ab-initio להוביל מוטיבים מחייבים מציאותיים יותר N719 כי הם בקנה אחד עם PEV מבוסס Born-אופנהיימר דינמיקה מולקולרית שמציעות פיזור Grimme-D3. המסה משוקלל ab-initio דינמיקה מולקולרית מהירות תפקוד מתאם אוטומטי תוצאות ספקטרליות להדגים מקבץ של פסגות ספקטרוסקופיות ב 300 עד 400 ס"מ אזור.הפסגות העיקריות הקיימות בספקטרום הקלאסי הן ב-600 ו-800 ס"מ עבור החיובים הנגזרים מהספרות, 525 ו-800 ס"מ עבור חיובי מוליקן, 675, 810 ו-900 ס"מ עבור חיובי EHT, ו-650, 800 ו-900 ס"מ עבור מטען הירשפלד. הקפד לבדוק את המבנה הראשוני של הגיאומטריה של הטיטאניה בכל הכיוונים. כדי לייעל, שדה כוח יכול לשמש כדי להעריך את הפוטנציאל האמפירי בספקטרום רטט כפי שחזו לדינמיקה המולקולרית.דינמיקה מולקולרית ab-initio היא אסטרטגיה יעילה ומבטיחה. השימוש בדינמיקה מולקולרית עשוי להיות חשוב גם בסימולציה לאפשר אב טיפוס של תאים סולריים רגישים לצבוע

vibrational-spectra-n719-chromophoretitania-interface-from-empirical

Research

JoVE Journal

Chemistry

כימיה

מינים מולקולריים אטומיים ודו אטומיים זמן נפתר נמדדים באמצעות LIBS. הספקטרום נאספים בעיכובי זמן שונים הבאים הדור של פלזמה התמוטטות אופטית עם Nd: YAG לייזר וקרינה מנותחים להסיק צפיפות אלקטרונים וטמפרטורה.

מדידה וניתוח של מימן אטומי והמולקולרי דו האטומי ALO, C<sub&gt; 2</sub&gt;, CN, וההתפלגות מושרה הלייזר הבא TIO הספקטרום אופטית

נחיתה רכה של יונים שנבחרו המוניים על גבי משטחים היא גישה רבת עוצמה לעריכה לשליטה מאוד של חומרים חדשים. בשילוב עם ניתוח על ידי בספקטרומטריית האתר משנית המונית יון (SIMS) וספקטרוסקופיה קליטת השתקפות אינפרא אדום (IRRAS), נחיתה רכה מספקת תובנות חסרות תקדים לתוך האינטראקציות של מינים מוגדרים היטב עם משטחים.

בSIMS אתרו וIR ספקטרוסקופיה של משטחים מוגדרים היטב הוכן על ידי רכה נחיתה של יונים המוניים שנבחרו

פרוטוקול לסינתזה של סוג חדש של mesogens, בהתבסס על בונדד הלוגן אניון סופרא מולקולרית [CnF2n + 1-I··· I··· -CnF2n +1]−, הוא דיווח.

ממולקולות חומרים: הנדסה בגבישים נוזליים יוניים חדש דרך הלוגן מליטה

מאמר זה מציג שיטה ספקטרוסקופית (TIRAS) הקליטה גמורה למדידת קצרת ימים רדיקלים חופשיים-ממשק פלזמה נוזלי. בפרט, TIRAS משמש לזיהוי אלקטרונים solvated מבוסס על שלהם ספיגת אופטי של אור אדום ליד 700 nm.

ספקטרוסקופיית בליעה גמורה (TIRAS) עבור זיהוי Solvated אלקטרונים על ממשק פלזמה-נוזל

כאן, אנו מציגים את הפרוטוקולים של ניתוחים דיפרנציאלית-זיהוי של זמן לפתור אינפרא-אדום הרטט ספקטרוסקופיה ו אלקטרון עקיפה המאפשרים אבחנת העיוותים של מבנים מקומיים סביב photoexcited מולקולות ב טורי גביש נוזלי, נותן מבט אטומית על הקשר בין המבנה את הדינמיקה של החומר photoactive.

טכניקות הרומן להתבוננות מבניים הדינמיקה של גביש נוזלי Photoresponsive

כאן, אנו מציגים פרוטוקול עבור parametrizing מילטוניאן הדוקה מחייב מחייבת לחישוב ספקטרום קליטה אופטי ותכונות אלקטרואופטיקה של חומרים מולקולריים מתוך העקרונות הראשונים של הקוונטים כימית חישובים.

רגש החמיריות לחישוב ספקטרום הקליטה אופטי ואלקטרואופטיקה תכונות של אגרגטים מולקולריים ומוצקים

כאן, אנו מציגים פרוטוקול כדי לקבל הדמיה היפרספקטראלית נתונים ולנתח את תכונות anisotropy אופטי של קריסטלים בודדים מבוססי לנתניד באמצעות מערכת הדמיה Hyperקטרלית.

הדמיה היפרספקטראלית ככלי לחקר Anisotropy אופטי ב לנתניד מבוססי גבישים בודדים מולקולריים

דינאמי, מאמץ מוחל על TiO2 סרטים דקים כדי ללמוד את ההשפעות של מתח על אלקטרוקטליזה, במיוחד הפחתת פרוטון וחמצון מים. סרטי TiO2 מוכנים על ידי טיפול תרמי של סגסוגת NiTi פסאודו-אלסטית (Nitinol).

החלת זן דינמי על סרטי תחמוצת דק משותק על סגסוגת ניקל-טיטניום פסאודואלסטית

פרוטוקול זה מציג את ניתוחי Franck-Condon Lineshape (FCLSA) של ספקטרום פליטה ומשמש כמדריך לשימוש בתוכנת ARL Spectral Fitting. תוכנת הקוד הפתוח מספקת דרך קלה ואינטואיטיבית לבצע ניתוח מתקדם של ספקטרום פליטה כולל חישובי אנרגיית מצב נרגשים, קביעת קואורדינטות צבע CIE ו- FCLSA.

התאמה ספקטרלית ARL כיישום להגדלת נתונים ספקטרליים באמצעות ניתוח קו פרנק-קונדון וניתוח צבעים

פרוטוקול זה הוא הכניסה למתחילים לעיבוד, התאמה ופירוש ספקטרום בליעה חולף. המוקד של פרוטוקול זה הוא הכנת מערכי נתונים, והתאמה באמצעות קינטיקה של אורך גל יחיד וניתוח חיים גלובלי. נדונים אתגרים הקשורים לנתוני קליטה חולפים והתאמתם.

מבוא לעיבוד, התאמה ופירוש של נתוני קליטה ארעיים

חקור סימולציות דינמיקה מולקולרית מבוססות פוטנציאל אמפירי לחיזוי תכונות ויברציוניות של ממשקי תאים סולריים מחושמנים עם N719 על TiO₂ anatase בסביבה של נוזל יוני בטמפרטורת חדר.

ויברtional ספקטרום של N719-כרומטופור/טיטניה ממשק הסימולציה מולקולארית פוטנציאלי-דינמיקה, Solvated על ידי טמפרטורת חדר הנוזל היוני (וידאו) | JoVE Journal

ויברtional ספקטרום של N719-כרומטופור/טיטניה ממשק הסימולציה מולקולארית פוטנציאלי-דינמיקה, Solvated על ידי טמפרטורת חדר הנוזל היוני

גלה סרטונים נוספים