Name: כימות האדם Norovirus וירוס כריכת כריכה של חיידקים קומנדסאל באמצעות זרימה Cy, לנסות (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-04-29T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 2 s
Description: למדו שיטת ציטומטריית זרימה לכימות קישור חלקיקי דמויי-וירוס נורובירוס אנושי לחיידקים קומנסליים. שיטה זו מאפשרת חקר אינטראקציות וירוס-חיידק ללא צורך בוירוס חי.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

היינו רוצים להודות לסוטונקה בהאר ולשנל מוסבי-רדיפות על הסקירה הקריטית של כתב היד הכתוב, כמו גם אלפונסו קאריו לסיוע ביצירת עקומות סטנדרטיות חיידקית. עבודה זו ממומנת בחלקו על ידי מענק מן המכון הלאומי לבריאות (R21AI140012) ועל ידי מענק זרע מאוניברסיטת פלורידה, המכון למזון ומדעי החקלאות.

הערה: תנאי הגדילה החיידקיים המתוארים בפרוטוקול הם תנאי התרבות הסטנדרטיים עבור מתקני הצמיחה של החברה ולקטטבק. Lactobacillus gasseri כדי לבצע את הווירוס: בקטריה מצורף שיטת עם מינים חיידקיים אחרים, החיידקים שנבחרו צריך להיות תרבותי תחת תנאים סטנדרטיים המתאימים לחיידק.
1. הכנת בינונית צמיחה חיידקית
<ol><li>
Enterobacter cloacae הצמיחה מדיה<ol>
<li>הכנת המדיום הנוזלי על ידי המסת 10 גרם של טריטונים, 5 גרם של תמצית שמרים 10 גרם נתרן כלוריד (הנאל) ב 1 L של המים המאיולים (ראה לוח חומרים). מערבבים את כל המדיה ביסודיות לעקר על ידי אוטוקלינג עבור 30 דקות.</li>
		<li>הכנת בינוני מוצק על ידי המסת 10 גרם של טריטונים, 5 גרם של תמצית שמרים, 10 גרם של נרוג, ו 15 גרם של אגר ב 1 L של מים DI. מערבבים את כל המדיה ביסודיות לעקר על ידי אוטוקלינג עבור 30 דקות.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
לקטטבק מדיה צמיחה<ol>
<li>הכנת בינוני נוזלי על ידי המסת 55 g של דה מאן, רוגוסה ו שארפ (גברת; ראה טבלת חומרים) אבקה 1 L של מים DI. השתמש במדיום תוך חודש של הכנה. כדי לחטא, חום בינוני עבור 15 דקות עד רתיחה ואחריו באמצעות אוטוקלינג עבור 15 דקות.</li>
		<li>להכין בינוני מוצק על ידי המסת 55 g של הגברת אבקת ו 15 גרם של אגר ב 1 L של מים DI. כדי לחטא, חום בינוני עבור 15 דקות עד רתיחה ואחריו באמצעות אוטוקלינג עבור 15 דקות.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. הקמת עקומת סטנדרטי מתייחס לדחיסות אופטית (OD) וחיידקים ריכוז
<ol><li>איחסן 5 מ ל של בינוני נוזלי מתאים עם מושבה אחת, מבודדת מצלחת אגר (E. cloacae) או ישירות מתוך מלאי הגליצרול קפוא (ל. גסרי).</li>
	<li>לגדל את החיידק בלילה, תחת תנאים אטמוספריים נאותה (Enterobacter cloacae: 37 ° צ' עם טלטול אירובי ב 200 rpm; ל. גאססרי: 37 מעלות צלזיוס באמבט מים ללא טלטול במכולה אטומה.</li>
	<li>העברה 2 x 1.3 mL משנת הלילה של תרבות לילה לשני בנפרד 1.5 mL שפופרות צנטריפוגה וחיידקים צנטריפוגה ב 10,000 x g עבור 5 דקות.</li>
	<li>להסיר את הסופר ולשטוף דגימות עם 1 מ ל של מלוחים סטרילי 1x פוספט מאגור (PBS). חזור על שלב השטיפה עבור סך של 2 שוטף.</li>
	<li>צנטריפוגה את הדגימות שוב ב 10,000 x g עבור 5 דקות, להסיר את supernatant ולהשעות מחדש ב 1.3 mL של הPBS 1x מעוקר.</li>
	<li>החל מ-0.5 mL של התרבות שטף, לדלל באופן סדרתי את החיידקים ב-1x PBS מן 10-1 עד 10-4.</li>
	<li>באמצעות ספקטרוסקופיה, למדוד את הצפיפות האופטית של התרבות שטף, מדולל כל אחד מארבעת הדילול ב 600 ננומטר (OD600).</li>
	<li>בצע מדלל טורי 10 מקפלים ב-1x PBS עבור כל דילול משלב 2.6. התפשטות לוחית 100 μL של 3 הדילול האחרון עבור כל סדרה על המדיום מוצק מתאים כדי לקבוע את מספר היחידות היווצרות המושבה לכל מיליליטר (CFU/mL) של כל מדגם. . לוחית כל דילול בטרילקאט</li>
	<li>הרשו ללוחות להתייבש בטמפרטורת החדר למשך 5 דקות. היפוך הצלחות והדגירה תחת תנאים אטמוספריים המתאים (E. cloacae: אירובי ב 37 ° צ', לוחות דגירה לילה; ל. גאססרי: אנאירובי ב 37 ° c, לוחות דגירה עבור 48 h במיכל אטום עם שקיות אוויר anerobic (ראה לוח חומרים)). הערה: השתמש 1 אנאירובית אוויר לצנצנת 2.5 L או 3 שקיות לכל 7.0 L צנצנת (ראה לוח חומרים).</li>
	<li>השתמש ספירות צלחות כדי לקבוע CFU/mL עבור כל אחד 5 דגימות (כלומר, לא מדולל, 10-1, 10-2, 10-3, 10-4). צור עקומה סטנדרטית בהשוואה ל-OD600 vs cfu/mL. המשוואה עבור הקו הזה ישמש בקטריה-חיידקים מצורף בחני לקבוע cfu/mL מבוסס על OD600.</li>
</ol>3. בקטריה-מצורף שיטת הקבצים
התראה: נורווירוס האדם הם ברמת בטיחות (BSL)-2 הסיכון וכל העבודה הכרוכה במעורבות של אחמי ם צריכה להתבצע בארונית ביו-בטיחות. הכנת התרבויות החיידקית, לפני השימוש המצורף, יש לבצע באמצעות תנאי בטיחות המתאימים לאורגניזם.
<ol><li>הכנה מגיב<ol>
<li>מתמיסת מלח 1 x פוספט באגירה (PBS)<ol>
<li>הכן 1 L של 10x PBS על ידי המסת מנה שלמה ב 1 L של מים DI.</li>
			<li>פתרון אוטוקלב עבור 30 דקות.</li>
			<li>להכין פתרון 1x ידי לדלל את הפתרון לעיל 1:10 במים DI.</li>
			<li>מסנן לחטא את הפתרון על ידי העברת אותו דרך מסנן 0.22 יקרומטר ולאחסן בטמפרטורת החדר.</li>
		</ol>
</li>
		<li>5% BSA<ol>
<li>להוסיף 5 g של סרום הפרה אלבומין (BSA) אבקה כדי 100 mL של PBS ליצור 5% (w/v) פתרון.</li>
			<li>מערבבים פתרון על ידי vortexing או על צלחת מהומה באמצעות בר לערבב מתכת עד הגושים התפרקה.</li>
			<li>סנן לעקר באמצעות מסנן יקרומטר 0.22.</li>
			<li>אחסן את הפתרון ב-4 ° c.</li>
		</ol>
</li>
		<li>הזרמת מאגרי כתם (FCSB)<ol>
<li>מסננים שנרכשו fcsb (ראה טבלת חומרים) באמצעות מסנן 0.22 יקרומטר.</li>
			<li>אחסן את הפתרון הנותר ב-4 ° c.</li>
		</ol>
</li>
		<li>מאגר חסימות של 5% (BB) הערה: הכינו טריות בכל פעם.<ol>
<li>הוסף 0.5 גרם של BSA ל 10 מ ל של FCSB סטרילי.</li>
			<li>מערבולת לערבב לחלוטין לדוגמה ולעזוב על הקרח עד השימוש.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>בניין נוגדן<ol>
<li>הקשר האנושי המשלים וירוס GII (ראה טבלת חומרים) עם r-phycoerythrin מרין (PE) באמצעות ערכת הנוגדן r-PE תיוג לכל הוראות היצרן (ראה טבלת חומרים).</li>
		<li>לאחסן את הנוגדן מצובן בחושך ב 4 ° צ' לשימוש עתידי בניתוח שיטת הקבצים המצורפים של אח מים-bacterium. הערה: הנוגדן העיקרי צריך להיות טיטרציה לפני השימוש בחיידק האח מים בדיקות מצורף כדי לקבוע את הריכוז המתאים הדרוש לזרימת cy, לנסות לנתח. הנוגדן טיטור יש לבצע בכל פעם את תגובת הקוניוגציה ועבור כל חיידק המשמש את הקובץ המצורף.</li>
	</ol></li>
	<li>נוגדן טיטור<ol>
<li>לדלל את מצובת אנטי אנושית norovirus GII הנוגדן 100-קיפול, עם דילול התחלתי של 1:100 ו דילול הסיום של 1:600 (שש מדלל בסך הכל).</li>
		<li>לבצע את הקובץ המצורף וירוס כמתואר להלן עם החריג הבא: בשלב 3.5.7 להשעות את הגלולה חיידקים ב 350 μL של 5% BB.</li>
		<li>חלק את המדגם לתוך 7 50 μL.</li>
		<li>הוסף 50 μL של כל נוגדן דילול לצינור אחד.</li>
		<li>הוסף 50 μL של 5% BB לשפופרת השביעית כפקד לא מוכתם.</li>
		<li>לבצע זרימה cy, לנסות על כל הדגימות כמתואר להלן.</li>
		<li>השוואת דגימות נוגדן מדולל כדי שולטת בלתי מוכתם אחד לשני. ריכוז הנוגדן הנמוך ביותר שאינו גורם לירידה או אובדן של אות חיובית יש לבחור לשימוש בעקבות הבאים.</li>
	</ol></li>
	<li>הכנת חיידקים<ol>
<li>לגדל את החיידקים ב 40 mL של מדיום נוזלי המתאים בתנאים אטמוספרי המתאים עד החיידקים הם בשלב נייח.<ol>
<li>לגדול E. cloacae תרבויות aerobically לילה בתוך לוריא ציר ב 37 ° c, רועד ב 200 סל ד כדי להגיע לשלב נייח.</li>
			<li>הגדל את התרבויות בתוך הגברת ציר בצינורות הברגים השחורים מבלי לרעוד באמבט מים שנקבע ל-37 ° c עבור 18 שעות כדי להגיע לשלב הנייח.</li>
		</ol>
</li>
		<li>העברת תרבויות הפאזה נייח כדי לנקות 50 mL ודגימות צנטריפוגה ב 2,288 x g עבור 10 דקות כדי הגלולה חיידקים.</li>
		<li>הסר את הסופרנטנט והשהה מחדש 13 מ ל של PBS 1 x מעוקר. חזור על שלב זה עבור שטיפת כולל של שתי שטיפות.</li>
		<li>צנטריפוגה את הדגימות שוב, להסיר את הסופר ולהשעות דגימות מחדש ב 20 מ ל של 1x PBS. הערה: אם הגלולה היא קטנה, נפח ההשעיה ניתן להפחתה.</li>
		<li>מדוד את ה-OD600 של התרבות.</li>
		<li>באמצעות עקומת התקן הקודם שהוכן, לקבוע את CFU לכל mL של התרבות שטף.</li>
		<li>לדלל את החיידקים לפי הצורך עם 1x PBS כדי להתאים ריכוז התרבות ל 1 x 108 cfu/mL.</li>
		<li>העבר 1 mL של 1 x 108 cfu/mL התרבות בקטריאלי למספר הדרוש של 1.5 mL שפופרות צנטריפוגה.</li>
		<li>צנטריפוגה את הצינורות ב 10,000 x g עבור 5 דקות.</li>
		<li>השהה מחדש את הגלולה החיידקית ב-1 מ ל מעוקר של 5% BSA.</li>
		<li>מודאת הצינורות במשך 1 h ב 37 ° צ' עם סיבוב קבוע.</li>
	</ol></li>
	<li>מצורף וירוס<ol>
<li>עבודה בתוך הקבינט BSL-2 בטיחות, להוסיף 10 μg של HuNoV אחם (ראה טבלת חומרים) לכל צינור המכיל חיידקים מחדש ב-PBS ולערבב ביסודיות על ידי ליטוף. הערה: ריכוז האח מים שונה עם כל הכנה של VIP. לכן, אמצעי האחסון שנוסף לחיידקים ישתנו בין אצוות ההכנה ויש להתאימו בהתאם, כך ש -10 μg יתווסף לכל צינורית בניסוי. עבור חיידקים שולטת רק (למשל, דגימות ללא אח מים), להוסיף נפח של PBS השווה נפח של ה-VIP הוסיף דגימות ניסיוני.</li>
		<li>הצינורות מודטים ב37 בגובה ° c עם סיבוב קבוע. הערה: אקדח שפופרת (ראה טבלת חומרים) המוגדר ל-40 סל ד משמש במהלך הדגירה.</li>
		<li>לאחר דגירה, צנטריפוגה את הדגימות ב 10,000 x g עבור 5 דקות.</li>
		<li>להיפטר supernatant ולהשעות מחדש את הגלולה חיידקים 1 מ ל של PBS.</li>
		<li>חזור על שלבי השטיפה ה3.5.3 וה3.5.4.</li>
		<li>צנטריפוגה את הדגימות ב 10,000 x g עבור 5 דקות.</li>
		<li>להיפטר supernatant ולהשעות מחדש את הגלולה חיידקים ב 150 μL של 5% BB.</li>
	</ol></li>
	<li>מכתים נוגדנים<ol>
<li>הכינו דף חדש של 5% BB. הערה: כל העבודה באמצעות נוגדנים מתויג fluorescently יש לבצע בחושך את הנוגדן, BB ו FCSB יש לשמור על הקרח.</li>
		<li>לדלל את ה-norovirus האנושית הנוגדן GII 1:125 עבור הדגימות E. cloacae ו 1:150 עבור בדיקות l. gasseri ב 5% BB, הכנת 50 μl של נוגדן מדולל לכל מדגם.</li>
		<li>לדלל את הנוגדן isotype באותו אופן הנוגדן האנושי norovirus הנגיף היה מדולל עבור כל חיידק ב 5% BB, הכנת 50 μL של בקרת isotype מדולל לכל מדגם.</li>
		<li>לחלק כל מדגם שיטת הקבצים המצורפים משלב 3.3.7 לתוך 3 50 μL ali ts על ידי העברתם לתוך נקי 1.5 mL צנטריפוגה צינורות.</li>
		<li>לערכת הדגימות הראשונה, הוסף 50 μL של BB. קבוצה זו תהיה שולטת בלתי מוכתמת (לונים).</li>
		<li>לקבוצה השניה, הוסף 50 μL של דילול הנוגדן של GII. זה התוצאות ריכוז נוגדן הסופי של 1:250 עבור E. cloacae ו 1:300 עבור L. gasseri. ערכת דגימה זו תהיה דגימות ויטראז ' (AB).</li>
		<li>לקבוצה השלישית, להוסיף 50 μL של נוגדן isotype מדולל. ערכה זו תהיה פקדי isotype (IC). מערבבים היטב על ידי ליטוף. מודקון את הדגימות על קרח ובחשיכה במשך 30 דקות.</li>
		<li>צנטריפוגה את כל הדגימות ב 10,000 x g עבור 5 דקות.</li>
		<li>בטל את הסופרנטאנט והשהה מחדש את הדגימות ב-100 μL של FCSB.</li>
		<li>צנטריפוגה את כל הדגימות ב 10,000 x g עבור 5 דקות. למחוק את הסופרנטאנט ולהשעות מחדש את דגימות ב 100 μl של FCSB.</li>
		<li>צנטריפוגה את כל הדגימות ב 10,000 x g עבור 5 דקות.</li>
		<li>בטל את הסופרנטאנט והשהה מחדש את הדגימות ב-150 μL של FCSB.</li>
		<li>העבר כל מדגם לשפופרת FCSB המכילה 400 μL של מאגר FCSB עבור נפח כולל של 550 μL.</li>
		<li>יש לשמור דגימות ב 4 ° צ' עד שהם נותחו על ידי שהזרים cy, לנסות. הערה: cy, הזרימה הציטונסה מבוצעת בתוך 4 שעות של כתמים נוגדן.</li>
	</ol></li>
</ol>4. הזרמה של הציטומה
הערה: הגדרות המתח המתוארות להלן מבוססות על הזרימה של cytometer והתוכנה המפורטת בטבלת החומרים , וסביר להניח שישתנו באמצעות ציטוטומטרים שונים. יש למטב את ההגדרות עבור כל אחד מהחיידקים. ודא שהצירים עבור כל הגרפים נמצאים בשלב ביואקספוננציאלי.
<ol><li>הגדרת סביבת העבודה הערה: ההגדרה של מגרשים המשמשים ליצירת סביבת העבודה שונה מאלה הנמצאים בשימוש במהלך בדיקות וניתוח נתונים. המטרה של הקמת סביבת העבודה היא להמחיש את אוכלוסיית התאים, להבטיח שאין הרבה מידע מוגזם של התאים החיידקיים שעלולים להשפיע על ניתוח במורד הזרם ולהבחין בין תאים מוכתמים ובלתי מוכתמים בזמן איסוף הנתונים.<ol>
<li>כדי להבטיח שחיידקים לא מתחברים יחד, להקים סדרה של מגרשים צפיפות.<ol>
<li>צור אזור פיזור קדמי (FSC-A) לעומת אזור פיזור צדדי (המטה-מע-א) כדי להמחיש את האוכלוסיה הכוללת.</li>
			<li>הגדר מגרשים כדי להעריך תאים בודדים לעומת גושי תאים על-ידי יצירת שני גרפים השווים הן קדימה (FSC-W) ורוחב פיזור צדדי (מהאס-בתים לשנייה) לקדימה (FSC-H) וגובה פיזור צדדי (המטה-ממדי), בהתאמה.</li>
			<li>צור מזימה המציגה רק את האוכלוסיה החיובית של PE (PE-A לעומת המטה-בי-א).</li>
		</ol>
</li>
		<li>הגדר מתח בסיסי 500 עבור E. cloacae ו-340 עבור ל. גסרי. . זה יהיה מותאם מאוחר יותר</li>
		<li>הגדר את האירועים הכולל שנספרו ל-10,000 אירועים.</li>
	</ol>
</li>
	<li>דגימות ריצה<ol>
<li>צור שלוש חלקות היסטוגרמה נפרדות שיוצרות ספירה המותוות כנגד האס-אס-אס, FSC-a או PE-A.</li>
		<li>מניחים דגימה בלתי מוכתמת על cytometer לרכוש את האירועים לדוגמה, להבטיח את השיא המקסימלי על ההיסטוגרמה עבור ה-אס. אס. אס. הוא בתוך 102 עד 103 ואת השיא המקסימלי על ההיסטוגרמה עבור fsc-a היא בין 104 כדי 105 על ציר ה-x. אם לא, פסגות לא נופל בתוך הטווחים שצוינו, להתאים את המתח FSC ו-מהאס-אס בהתאם.</li>
		<li>מניחים מדגם מוכתם (AB) על cytometer להתאים את PE מתח כדי להפוך את השיא המקסימלי בעבר 103 על ציר ה-x.</li>
		<li>בהתבסס על מדידות אלה, להגדיר את שער PE חיובי ולהגדיר את השער על PE-A לעומת מע-מתחת לגרף הצפיפות.</li>
		<li>הפעל את כל הדגימות תחת ההגדרות הנקבעות במהירות נמוכה או בינונית.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol><li>Hall, A. J., Glass, R. I., Parashar, U. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+insights+into+the+global+burden+of+noroviruses+and+opportunities+for+prevention%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Review+of+Vaccines%22%5BJournal%5D)">New insights into the global burden of noroviruses and opportunities for prevention.</a> Expert Review of Vaccines. 15 (8), 949-951 (2016).</li>
<li>Jones, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enteric+bacteria+promote+human+and+mouse+norovirus+infection+of+B+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Enteric bacteria promote human and mouse norovirus infection of B cells.</a> Science. 346 (6210), 755-759 (2014).</li>
<li>Baldridge, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Commensal+microbes+and+interferon-lambda+determine+persistence+of+enteric+murine+norovirus+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Commensal microbes and interferon-lambda determine persistence of enteric murine norovirus infection.</a> Science. 347 (6219), 266-269 (2015).</li>
<li>Lei, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enterobacter+cloacae+inhibits+human+norovirus+infectivity+in+gnotobiotic+pigs%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+reports%22%5BJournal%5D)">Enterobacter cloacae inhibits human norovirus infectivity in gnotobiotic pigs.</a> Scientific reports. 6, 25017(2016).</li>
<li>Lei, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+Protective+Efficacy+of+Probiotics+and+Rice+Bran+against+Human+Norovirus+Infection+and+Diarrhea+in+Gnotobiotic+Pigs%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">High Protective Efficacy of Probiotics and Rice Bran against Human Norovirus Infection and Diarrhea in Gnotobiotic Pigs.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 1699(2016).</li>
<li>Rodríguez-Díaz, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Relevance+of+secretor+status+genotype+and+microbiota+composition+in+susceptibility+to+rotavirus+and+norovirus+infections+in+humans%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Relevance of secretor status genotype and microbiota composition in susceptibility to rotavirus and norovirus infections in humans.</a> Scientific Reports. 7, 45559(2017).</li>
<li>Erickson, A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteria+Facilitate+Enteric+Virus+Co-infection+of+Mammalian+Cells+and+Promote+Genetic+Recombination%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">Bacteria Facilitate Enteric Virus Co-infection of Mammalian Cells and Promote Genetic Recombination.</a> Cell Host Microbe. 23 (1), 77-88 (2018).</li>
<li>Kuss, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intestinal+microbiota+promote+enteric+virus+replication+and+systemic+pathogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Intestinal microbiota promote enteric virus replication and systemic pathogenesis.</a> Science. 334 (6053), 249-252 (2011).</li>
<li>Robinson, C. M., Jesudhasan, P. R., Pfeiffer, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+lipopolysaccharide+binding+enhances+virion+stability+and+promotes+environmental+fitness+of+an+enteric+virus%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">Bacterial lipopolysaccharide binding enhances virion stability and promotes environmental fitness of an enteric virus.</a> Cell Host Microbe. 15 (1), 36-46 (2014).</li>
<li>Berger, A. K., Yi, H., Kearns, D. B., Mainou, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteria+and+bacterial+envelope+components+enhance+mammalian+reovirus+thermostability%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Pathogens%22%5BJournal%5D)">Bacteria and bacterial envelope components enhance mammalian reovirus thermostability.</a> PLOS Pathogens. 13 (12), 1006768(2017).</li>
<li>Miura, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histo-blood+group+antigen-like+substances+of+human+enteric+bacteria+as+specific+adsorbents+for+human+noroviruses%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Histo-blood group antigen-like substances of human enteric bacteria as specific adsorbents for human noroviruses.</a> Journal of Virology. 87 (17), 9441-9451 (2013).</li>
<li>Almand, E. A., Moore, M. D., Outlaw, J., Jaykus, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+norovirus+binding+to+select+bacteria+representative+of+the+human+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+One%22%5BJournal%5D)">Human norovirus binding to select bacteria representative of the human gut microbiota.</a> PLOS One. 12 (3), (2017).</li>
<li>Robinson, C. M., Woods Acevedo, M. A., McCune, B. T., Pfeiffer, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Related+enteric+viruses+have+different+requirements+for+host+microbiota+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Related enteric viruses have different requirements for host microbiota in mice.</a> Journal of Virology. , (2019).</li>
<li>Ettayebi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Replication+of+human+noroviruses+in+stem+cell-derived+human+enteroids%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Replication of human noroviruses in stem cell-derived human enteroids.</a> Science. 353 (6306), 1387-1393 (2016).</li>
<li>Van Dycke, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+robust+human+norovirus+replication+model+in+zebrafish+larvae%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Pathogens%22%5BJournal%5D)">A robust human norovirus replication model in zebrafish larvae.</a> PLOS Pathogens. 15 (9), 1008009(2019).</li>
<li>Li, D., Breiman, A., le Pendu, J., Uyttendaele, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+to+histo-blood+group+antigen-expressing+bacteria+protects+human+norovirus+from+acute+heat+stress%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Binding to histo-blood group antigen-expressing bacteria protects human norovirus from acute heat stress.</a> Frontiers in Microbiology. 6, 659(2015).</li>
<li>Almand, E. A., Moore, M. D., Jaykus, L. -A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+human+norovirus+binding+to+gut-associated+bacterial+ligands%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Characterization of human norovirus binding to gut-associated bacterial ligands.</a> BMC Research Notes. 12 (1), 607(2019).</li>
<li>Debbink, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Within-host+evolution+results+in+antigenically+distinct+GII.4+noroviruses%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Within-host evolution results in antigenically distinct GII.4 noroviruses.</a> Journal of Virology. 88 (13), 7244-7255 (2014).</li>
<li>Harrington, P. R., Lindesmith, L., Yount, B., Moe, C. L., Baric, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+Norwalk+virus-like+particles+to+ABH+histo-blood+group+antigens+is+blocked+by+antisera+from+infected+human+volunteers+or+experimentally+vaccinated+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Binding of Norwalk virus-like particles to ABH histo-blood group antigens is blocked by antisera from infected human volunteers or experimentally vaccinated mice.</a> Journal of Virology. 76 (23), 12335-12343 (2002).</li>
<li>Harrington, P. R., Vinje, J., Moe, C. L., Baric, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Norovirus+capture+with+histo-blood+group+antigens+reveals+novel+virus-ligand+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Norovirus capture with histo-blood group antigens reveals novel virus-ligand interactions.</a> Journal of Virology. 78 (6), 3035-3045 (2004).</li>
<li>Mallory, M. L., Lindesmith, L. C., Graham, R. L., Baric, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GII.4+Human+Norovirus%3A+Surveying+the+Antigenic+Landscape%5BTitle%5D)+AND+%22Viruses%22%5BJournal%5D)">GII.4 Human Norovirus: Surveying the Antigenic Landscape.</a> Viruses. 11 (2), (2019).</li>
<li>Prasad, B. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((X-ray+crystallographic+structure+of+the+Norwalk+virus+capsid%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">X-ray crystallographic structure of the Norwalk virus capsid.</a> Science. 286 (5438), New York, N.Y. 287-290 (1999).</li>
<li>Baric, R. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+self-assembly+of+norwalk+virus+capsid+protein+from+venezuelan+equine+encephalitis+virus+replicons%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Expression and self-assembly of norwalk virus capsid protein from venezuelan equine encephalitis virus replicons.</a> Journal of Virology. 76 (6), 3023-3030 (2002).</li>
<li>Rubio-del-Campo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Noroviral+p-particles+as+an+in+vitro+model+to+assess+the+interactions+of+noroviruses+with+probiotics%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+One%22%5BJournal%5D)">Noroviral p-particles as an in vitro model to assess the interactions of noroviruses with probiotics.</a> PLOS One. 9 (2), 89586(2014).</li>
<li>Tan, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Terminal+modifications+of+norovirus+P+domain+resulted+in+a+new+type+of+subviral+particles%2C+the+small+P+particles%5BTitle%5D)+AND+%22Virology%22%5BJournal%5D)">Terminal modifications of norovirus P domain resulted in a new type of subviral particles, the small P particles.</a> Virology. 410 (2), 345-352 (2011).</li>
</ol>

למחברים אין ניגודי אינטרסים.

היכולת לכמת כריכת וירוסים לחיידקים מהווה צעד ראשון קריטי להסבר המנגנונים שבהם חיידקים אלה משנים זיהום נגיפי. השיטות המתוארות במסמך זה היו ממוטבות למדוד אינטראקציות אנושיות של ה-VIP של האדם עם שניהם E. cloacae (חיידק גראם שלילי) ו -L. gasseri (חיידק גרם-חיובי), אבל יכול להיות מותאם לשימוש עם כל וירוס היונקים והחיידק של הריבית. בעוד שאחם הם חלופה אידיאלית לחיות וירוס לשימוש בקובץ מצורף מספר וחלקיקים אלה ניתן לכמת בקלות באמצעות cy, שימוש בזרימה, חלקיקים P השתמשו גם כדי לבחו...

האדם noroviruses (HuNoVs) הם הגורם המוביל של מחלת העיכול ברחבי העולם, אחראי על 685,000,000 זיהומים ומעל 200,000 מקרי מוות בכל שנה1. כמו עם וירוסים אחרים חיטוט, הנוכחות של חיידקים המ, הוכח לשפר את הזיהום של הפתוגן הזה, כמו גם וירוס פונדקאית שלה, מורטין norovirus2,3. ישנם גם דיווחים סותרים כי חיידקים עשויים לעכב זיהום על ידי האדם norovirus4,5,6. עבור מספר וירוסים, אינטראקציה ישירה בין הנגיף לבין החיידקים מופיעים באופן מיני המנגנונים המשפיעים על זיהום נגיפי2,7,8,9,10, וזה הוכח באמצעות מיקרוסקופ אלקטרוני כי noroviruses אנושיים לאגד ישירות על פני השטח של חיידקים11,12. לכן, אפיון אינטראקציות אלה הפכה לקריטית כדי לקבוע את המנגנונים שבהם החיידק משפיע על זיהום נגיפי. אפיון זה התחיל באופן קלאסי עם כבילה ויראלי הכריכה למערך של מינים חיידקיים, כי הם מרכיבים של המארחים מיקרובידום7,12,13. ההחזקה הזאת טוענת לא רק לחשוף את כמות הווירוס מאוגד חיידקים, אלא גם לסייע בקביעת ההשפעה של האינטראקציה הזאת על כושר והישרדות נגיפי.
כדי לכמת מצורף ויראלי, שיטות מועסקים באופן מסורתי כוללים מבוסס PCR המבוסס איזה מכמת ויראלי גנום12 או הדור של וירוס רדיויניום ושימוש בטעמים שונים לכמת חלקיקים ויראלי7,8,9,13. השימוש בשיטות אלה מחייב בדרך כלל גישה למניות וירוסים באיכות גבוהה ובטכניקות טיפוח-תרגול של מבחנה. בעוד מספר מערכות התרבות עבור norovirus האדם כעת קיימים2,14,15, ללא תמיכה שכפול חזק הנדרש כדי ליצור אלה מניות מרוכז מאוד אשר מגביל או מבטלת את השימוש ב-PCR ו הספירה לספור לכמת האנושית norovirus/אינטראקציות בקטריאלי.
כדי לעקוף בעיה זו, חלקיקים כמו וירוס (אחמי ם) ניתן להשתמש כפונדקאית כדי לחיות וירוס לחקור אינטראקציות בין האדם norovirus וחיידקים16,17. אחמי ם הם חלקיקים לא מדבקים הדומים מאוד לוירוס שממנו הם נגזרים. במקרה של norovirus אנושי, חלקיקים אלה מופקים מן הביטוי של VP1 (ומתישהו VP2) חלבון, אשר להרכיב את עצמי ליצור הקפיסידים ויראלי ללא פגע חסר חומר גנטי (כלומר, RNA עבור norovirus). האח מים האלה היו מאופיינים היטב, הם באופן מבנית ואנטי בדומה וירוסים בסוג פראי מהם הם נגזר18,19,20,21,22,23. לכן, אחמי ם משמשים כתחליף אידיאלי לחקירת האינטראקציות של פני השטח בין חיידקי הנגיף האנושי לבין חיידק הקומנדאני. , בהתחשב בעובדה שאין בנמצא חומר גנטי. מבוסס PCR לא יכול לשמש לכמת כריכה נגיפית מבוסס נוגדן זרימה cy, השיטה תוארה בעבר היה מסוגל לזהות רמות נמוכות של איגוד ה-VIP לחיידקים בדרך חצי כמותית16. שיטה זו היתה ממוטבת כדי לאפשר כימות מדויק של כריכת האח מים של norovirus האנושי לשני גרם שלילי ו גראם בקטריה החיידק16.

<table><tbody><tr><td>5 מ"ל צינורות פוליסטרן תחתונים עגולים עם מכסה מסננת תאים</td><td>קורנינג</td><td>352235</td><td>לאחר צביעת נוגדנים, הדגימה מועברת לצינורות לניתוח ציטומטריית זרימה.</td></tr><tr><td>Agar</td><td>Sigma</td><td>A7002</td><td>משמש להכנת מדיה</td></tr><tr><td>AnaeroPack</td><td>Thermo Scientific</td><td>R681001</td><td>חבילת גז אנאירובית המשמשת לתרבית של Lactobacillus gasseri</td></tr><tr><td>BD FacsDiva software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>BD LSR Fortessa זרימה ציטומטר</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>בקר סרום אלבומין</td><td>פישר Bioreagents</td><td>BP1605</td><td>משמש לזרימה ציטומטריה</td></tr><tr><td>מאגר כתמים ציטומטרי זרימה (FCSB)</td><td>BD Biosciences</td><td>554657</td><td>משמש לבקרת איזוטיפ של עכבר</td></tr><tr><td>IgG2b kappa (eBMG2b), PE, eBioscience</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12473281</td><td>בקרת איזוטיפ. נוגדן זה נרכש בצורה מצומדת מהיצרן.</td></tr><tr><td>אבקת MRS</td><td>BD Biosciences</td><td>288130</td><td>משמש להכנת מדיה ולתרבית לקטובצילוס גסרי.</td></tr><tr><td>נורו-וירוס קפסיד G2 נוגדן חד-שבטי (L34D)</td> <td>Thermo Fisher Scientific</td><td>MA5-18241</td><td>נוגדן נורו-וירוס GII. נוגדן זה זמין רק בצורה הלא מצומדת ולכן יש להצמיד אותו פלואורסצנטית לפני השימוש במבחני ציטומטריית הזרימה המתוארת. בפרוטוקול זה, PE היה הפלואור הנבחר, עם זאת, ניתן לבחור מולקולות פלואורסצנטיות אחרות כמתאימות ביותר לציטומטר הזרימה המשמש את החוקר.</td></tr><tr><td>נורו-וירוס GII.4 VLP</td><td>מבנה ביולוגי יצירתי</td><td>CBS-V700</td><td>נגיף נורו-וירוס אנושי דמוי חלקיק, VLPs נוצרו באמצעות מערכת baculovirus והושעו מחדש בתמיסת מלח חוצצת פוספט עם 10% גליצרול. המחברים ביצעו ניתוח מעקב ננו-ראייה עצמאי כדי לקבוע את ריכוז החלקיקים של ה-VLPs. הריכוז הוא כ-1011 VLPs למיליליטר. בהתבסס על ריכוז החלבון של ה-VLPs, מתווספים כ-200 חלקיקים לכל חיידק במבחני התקשרות VLP.</td></tr><tr><td>PBS 10X</td><td>Fisher Bioreagents</td><td>BP665</td><td>יש לדלל ל-1X לפני השימוש.</td></tr><tr><td>ערכת תיוג נוגדנים SiteClick R-PE</td> ערכת צימוד <td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S10467</td><td>המשמשת לעיבוד נוגדנים לא מצומדים.</td></tr><tr><td>נתרן כלורי</td><td>פישר מדעי</td><td>S271</td><td>משמש להכנת מדיה</td></tr><tr><td>טריפטון</td><td>אוקסואיד</td><td>LP0042</td><td>משמש להכנת מדיה</td></tr><tr><td>אקדח צינור</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>88881001</td><td>משמש בווירוס: בדיקת חיבור חיידקים. הגדר למהירות מקסימלית (40 סל"ד).</td></tr><tr><td>תמצית שמרים</td><td>BD Biosciences</td><td>212750</td><td>משמש להכנת מדיה</td></tr></tbody></table>

כימות האדם norovirus וירוס כריכת כריכה של חיידקים קומנדסאל באמצעות זרימה cy, לנסות

Quantifying Human Norovirus Virus-like Particles Binding to Commensal Bacteria Using Flow Cytometry

חיידקים הקומנדסאל מבוססים היטב כדי להשפיע על זיהום של וירוסים איקריוטית. כריכה ישירה בין הפתוגן לבין microbiome מארח אחראי על שינוי זיהום עבור רבים מווירוסים אלה. כך, אפיון האופי של הכריכה של חיידקים וירוס הוא צעד היסוד הדרוש כדי להבהיר את המנגנון (ים) שבו חיידקים לשנות זיהום נגיפי. בחיידק האדם, חיידקי הקומנדסאל משפרים את הדלקת התאים B. הווירוס נקשר ישירות חיידקים אלה, המציין כי אינטראקציה ישירה זו מעורבת במנגנון של שיפור הזיהום. ניתן להשתמש במגוון טכניקות כדי לכמת את האינטראקציות בין חיידקים ווירוסים, כולל ספירת שרשרת וירוסים ותגובת שרשראות פולימראז (PCR). שתי השיטות מחייבות שימוש בווירוס החי, שייתכן שיהיה צורך ליצור אותם במעבדה. כיום, אף אחד הקים מערכות תרבות מבחנה זמין עבור norovirus אנושי חזקים מספיק כדי לאפשר דור של מניות ויראלי מרוכזת מאוד. במקום וירוס חי, חלקיקים כמו וירוס (האח מים) שימשו כדי לאפיין את האינטראקציות בין norovirus וחיידקים. בזאת שיטת הזרימה cy, מתוארת עם שימושים נוגדנים ספציפיים וירוס כדי לכמת את הכריכה של VIP לחיידקים גראם שליליים וגראם חיוביים. הכללה של שני חיידקים בלבד ו isotype מותר אופטימיזציה של הקביעה כדי להפחית את כריכת נוגדן הרקע וכימות מדויקת של המצורף VIP לחיידקים נבדק. אח מים גבוהה: יחסי חיידק התוצאה בכריכת אחמי ם לאחוזים גדולים של אוכלוסיית החיידקים. עם זאת, כאשר הכמויות של ה-VIP מופחת, אחוז החיידקים מאוגדים גם פוחתת. בסופו של דבר, שיטה זו יכולה להיות מועסק בניסויים עתידיים להבהיר את התנאים הספציפיים ורכיבים מבניים המסדירים norovirus: אינטראקציות בקטריאלי.

אסטרטגיות האיסוף המשמשות לכמת את כריכת ה-VIP של האדם וירוס לחיידקים הללו מוצגים באיור 1. נקודות צפיפות הנציג מספק סקירה של כיצד דגימות היו מגודרת כדי לחסל את הפסולת הסלולרית והגושים תאים כך המצורף VIP נקבע על סינגתן אוכלוסיות (איור 1א). היסטוריגרמות הנציג להפגין רמות נמוכות של האות נוגדן אנטי norovirus בחיידקים רק דגימות חסר אח מים norovirus ואות רקע נמוך של בקטריה-חיידקים דגימות מוכתם עם נוגדן בקרת isotype (<str...

המטרה של פרוטוקול זה היא לכמת את הכריכה של הפתוגן איקריוטית האנושי הנגיף כדי חיידקים. לאחר ביצוע הראשונית וירוס חיידק הקובץ המצורף, הזרימה cy, לנסות לזהות חיידקים מאוגדים וירברית בתוך האוכלוסייה.

כימות האדם Norovirus וירוס כריכת כריכה של חיידקים קומנדסאל באמצעות זרימה Cy, לנסות

Commensal bacteria are well established to impact infection of eukaryotic viruses. Direct binding between the pathogen and the host microbiome is ...

אינטראקציות וירוסים-חיידקיים יכולות להיות חשובות לזיהום ויראלי מוצלח ולגירוי של תגובה חיסונית מארחת. אבל נכון לעכשיו, מלאי מרוכז ומטוהר מאוד של norovirus אנושי לא יכול להיות מיוצר במעבדה. טכניקה זו יכולה לשמש עם כל וירוס שנקשר לחיידקים, שעבורם חלקיקים דמויי וירוס או וירוס חי זמינים.זה מאפשר לנו לכמת אינטראקציות בין וירוסים וחיידקים אלה. לחסן חמישה מיליליטר של מדיום נוזלי עם מושבה מבודדת אחת של Cloacae Enterobacter מצלחת אגר ישירות ממלאי גליצרול קפוא. לגדל את החיידקים בן לילה.למחרת, להעביר 1.3 aliquots מיליליטר של התרבות לשני צינורות צנטריפוגה 1.5 מיליליטר נפרדים. צנטריפוגה הצינורות ב 10, 000 x גרם במשך חמש דקות. הסר את supernatants, ולאחר מכן לשטוף את הדגימות פעמיים באמצעות מיליליטר אחד של PBS סטרילי 1X עבור כל לשטוף.צנטריפוגה הדגימות שוב ב 10, 000 x g במשך חמש דקות. הסר את supernatant ו resuspend גלולה ב 1.3 מיליליטר של PBS 1X סטרילי. החל 0.5 מיליליטר של תרבות שטף, באופן סדרתי לדלל את החיידקים ב PBS 1X מ 10 למינוס אחד עד 10 למינוס ארבע.באמצעות ספקטרופוטומטר, למדוד את הצפיפות האופטית של התרבות סחוט undiluted וכל אחד מארבעת הדילולים ב 600 ננומטר. בצע דילול סדרתי פי 10 ב- PBS 1X עבור כל אחד מהדילולים הקודמים. להפיץ 100 microliters של שלושת הדילולים האחרונים עבור כל סדרה על לוחות אגר כדי לקבוע את מספר המושבה להרכיב יחידות למיליליטר עבור כל מדגם.אפשר לצלחות להתייבש בטמפרטורת החדר במשך חמש דקות. להפוך את הצלחות ולהטמם אותם באינקובטור. לאחר הכנת הראוגנטים, הנוגדנים והחיידקים כמתואר בכתב היד, הרכיבו את כל החומרים בארון BSL-2 biosafety.חלקיקים דמויי וירוס עבור norovirus אנושי מפורטים כמו BSL-2 פתוגנים וכל העבודה לבצע באמצעות VLP צריך להתבצע ארון biosafety מוסמך. הוסף 10 מיקרוגרם של VLPs norovirus אנושי לכל צינור של חיידקים ומערבבים ביסודיות על ידי pipetting. דגירה הצינורות במשך שעה אחת ב 37 מעלות צלזיוס עם סיבוב מתמיד.לאחר הדגירה, צנטריפוגה הצינורות ב 10, 000 x גרם במשך חמש דקות. שאף והשליך את העל-טבעי והתן מחדש את גלולת החיידקים במיליליטר אחד של PBS. לאחר חזרה על צעדי לשטוף פעם אחת, צנטריפוגה הצינורות שוב ב 10, 000 X g במשך חמש דקות.השליכו את גלולת חיידקי ה-VLP ב-150 מיקרוליטרים של חיץ חסימה של 5%. שגיאה נפוצה המתרחשת היא כי צינורות מוחלפים ואת הטיפול הלא נכון מתווסף. כדי למנוע זאת, לסדר את כל הצינורות בשורות התואמות את הטיפול הנכון ולהוסיף טיפול אחד בבת אחת לצינורות.עבור כל דגימת חיידקים, להכין 50 microliters של נוגדן NOROVIRUS GII אנושי מדולל. באמצעות חיץ חסימה של 5%, לדלל את הנוגדן 1 עד 125 עבור דגימות E.cloacae. הכינו 50 מיקרוליטרים של נוגדן isotype מדולל לכל דגימת חיידקים באמצעות אותם יחסי דילול.חלק כל דגימת בדיקה מצורפת ל-350 מיליליטר aliquots על-ידי העברתם לצינורות צנטריפוגה נקיים של 1.5 מיליליטר. כדי ליצור פקדים שאינם נגועים, הוסף 50 מיקרוליטרים של מאגר חסימה לאליקוט הראשון מכל דגימת חיידקים. לדגימות המוכתמות, הוסיפו 50 מיקרוליטרים של דילול הנוגדנים של GII לסט השני של האלקוטים.צור את פקדי האזאוטיפים על-ידי הוספת 50 מיקרוליטרים של נוגדן האזאוטיפים המדולל לקבוצה השלישית של האליקוטים. דגירה כל הדגימות על קרח ובחושך במשך 30 דקות. ואז צנטריפוגה כל הדגימות ב10, 000 X G במשך חמש דקות.השלך את העל-טבעיים והתן מחדש כל דגימה ב- 150 מיקרוליטרים של FCSB. שוב, צנטריפוגה כל הדגימות ב10, 000 X G במשך חמש דקות. שוב, להשליך את supernatants ולתלות מחדש את הדגימות ב 100 microliters של FCSB.לאחר צנטריפוגה הדגימות בפעם האחרונה והשליכת supernatants, resuspend הדגימות ב 150 microliters של FCSB. העבר כל דגימה לצינור המכיל 400 מיקרוליטרים של FCSB עבור נפח כולל של 550 מיקרוליטרים. לאחסן את הדגימות ב 4 מעלות צלזיוס עד שהם מנותחים על ידי ציטומטריה זרימה.קובץ מצורף VLP נמדד באמצעות ציטומטריית זרימה. ראשית, חלקות צפיפות שימשו לשער החוצה פסולת הסלולר, ואחריו העלילה נקודה הבאים gating כדי להסיר כפילויות חיידקיות גושים הסלולר. היסטוגרמות מייצגות מדגימות חוסר אות PE בדגימות חיידקיות בלבד ושינוי בעוצמת האות PE בדגימות VLP:חיידק בהשוואה לפקדים לא מזוהמים ואיזוטיפים.לאחר שעה אחת של דגירה עם 10 מיקרוגרם של VLP, ציטומטריית זרימה זיהתה כריכת חלקיקים הן E.colacae והן L.gasseri. כדי לקבוע את המגבלה של כימות מחייב עבור מבחן זה, סדרת דילול של VLPs נוצר לפני הוספת החיידקים. הפחתות בכמות VLP גרמו הפחתות תואמות לאחוז החיידקים מאוגדים על ידי VLP.לדעת את הנגיף:יחס חיידק ושמירה על היחס עקבי בין ניסויים חשוב בפענוח תוצאות. מוטנטים חיידקיים ויראליים יכולים להיווצר כדי לקבוע באופן ספציפי את מבני השטח המיקרוביאליים המתווים אינטראקציה זו. טכניקה זו מאפשרת לחוקרים לענות על שאלות לגבי נסיבות ותנאים המשפיעים על אינטראקציות norovirus-חיידקי, כולל כיצד שינויים גנוטיפ וירוס, תנאי צמיחה חיידקיים, ושינויים במבני פני השטח חיידקי לשנות מחייב ויראלי.

quantifying-human-norovirus-virus-like-particles-binding-to-commensal

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

כאן אנו מתארים שיטה לכמת חלקיקים זיהומיות של norovirus העכברי (MNV), שהוא היחיד שיעילות norovirus משכפל בתרבות תא. Assay פלאק מנצל הכמיהות של MNV למקרופאגים Murine ויכול להיות מותאם לשימוש עם דגימות ביולוגיות או סביבתיות המכילות MNV.

Assay רובד לnorovirus Murine

Source: Moore, M. D., et al. Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity. J. Vis. Exp. (2017)The video demonstrates a protocol for monitoring the heat-induced aggregation of virus-like particles using dynamic light scattering (DLS). It begins with preparing a monodisperse suspension of purified particles. The sample is then loaded into a preheated DLS instrument. As the capsid proteins denature with heat, exposed hydrophobic regions cause particle...

Tracking Aggregation of Virus-Like Particles Using Dynamic Light Scattering

סרטון זה מדגים את זיהוי האינטראקציה של ויטרונקטין עם חלבוני פני השטח של חיידקים. ניתוח ציטומטריית הזרימה מודד את האות הפלואורסצנטי של נוגדנים המסומנים באופן פלואורסצנטי הקשורים לויטרונקטין, ומאשר את נוכחותו על פני השטח של החיידקים. טכניקה זו מספקת תובנות לגבי אינטראקציות מארח-פתוגן וטיפולים פוטנציאליים בזיהום חיידקי.

איתור קישור ויטרונקטין למשטחים חיידקיים באמצעות ציטומטריית זרימה

סרטון זה מדגים בדיקה לכימות חלקיקים דמויי וירוס נורו-וירוס אנושי (VLPs) הנקשרים לחיידקי מעיים אנושיים. התרחיפים החיידקיים מעורבבים עם ה-VLPs ומודגרים כדי לאפשר היווצרות קומפלקסים של חיידקי VLP. לאחר מכן מסומנים הקומפלקסים בנוגדנים ספציפיים ל-VLP המתויגים כפלואורופורים, ולאחר מכן הדמיה וכימות מבוססי ציטומטריית זרימה כדי לזהות את אחוז החיידקים הקשורים ל-VLP.

בדיקה לכימות הקשר של VLPs נורו-וירוס אנושי לחיידקי מעיים

כאן אנו מציגים נוהל למדידת סך כל הנגיפים הניתנים לתרבית באמצעות קו תאי הכליה של הקוף הירוק של באפלו. הנוהל מספק כלי סטנדרטי למדידת הופעת נגיפים זיהומיים במי הסביבה ובמי השתייה.

מדידת שיטת EPA 1615. של enterovirus ואת מופע norovirus במים על ידי תרבות RT-qPCR. II. Assay וירוס culturable סה&quot;כ

כאן אנו מציגים הליך לכימות אנטרו-וירוס ונורו-וירוס במי סביבה ושתייה באמצעות PCR כמותי של שעתוק הפוך. התאוששות הנגיף הממוצעת ממי תהום עם הליך סטנדרטי זה משיטת EPA 1615 הייתה 20% עבור נגיף הפוליו ו-30% עבור נורו-וירוס עכברים.

EPA שיטת המדידה של 1615. Enterovirus ומופע norovirus במים על ידי תרבות וRT-qPCR. חלק שלישי. איתור וירוסים על ידי RT-qPCR

אנו מציגים פרוטוקול המתאר שיטה כמותית למחצה למדידת שניהם, היצמדות של נגיף שפעת A לתאי A549, כמו גם הפנמת חלקיקי הנגיף לתאי המטרה על ידי זרימה ציטומטרית.

מדידה מצורף והפנמה של שפעת וירוס בתאי A549 על ידי cytometry הזרימה

כאן, אנו מתארים שיטה להביע ולטהר norovirus באיכות גבוהה בולטות (P) תחומים ב E. coli לשימוש במחקרים קריסטלוגרפיה באמצעות קרני רנטגן. שיטה זו יכולה להיות מיושמת על תחומי P calicivirus אחרים, כמו גם חלבונים הלא מבניים, כלומר., הגנום צמוד חלבונים נגיפיים (VPG), פרוטאז, ו RNA רפליקאז (RdRp).

הפקה של דומיינים בולטים norovirus אדם<em&gt; E. coli</em&gt; עבור רנטגן קריסטלוגרפיה

וירוסים או שלפוחיות חוץ-תאיות נלכדו חיסונית עם ננו-חלקיקים מגנטיים של 15 ננומטר יחד עם נוגדנים המזהים אנטיגנים על פני השטח. הנגיפים או השלפוחיות שנתפסו סומנו בנוגדנים פלואורסצנטיים כנגד אנטיגנים אחרים על פני השטח. הקומפלקסים שהתקבלו הופרדו בשדה מגנטי גבוה ונותחו באמצעות ציטומטרים זרימה קונבנציונליים המופעלים על פלואורסצנטיות.

זרימה Virometry לנתח אנטיגני ספקטרה של virions ואת תאי שלפוחית

מתודולוגיית דגימה מבוססת קצף מאקרו פותחה והוערכה לאיתור וכימות של נורו-וירוס על משטחים קשים סביבתיים.

שיטת הדגימה ספוגית לצורך זיהוי של norovirus האדם על משטחים

שיטות איתור שגרתית ניצול גנום ויראלי הגברה מוגבלים על ידי חוסר יכולתם להפלות זיהומיות של חלקיקים שאינן זיהומיות. מטרת מאמר זה נועד לספק נתונים היסטוריים פרוטוקולים עבור שיטות אלטרנטיביות לסייע אפליה של חלקיקים norovirus זיהומיות באמצעות איגוד aptamer, פיזור אור דינאמי במיקרוסקופ אלקטרונים הילוכים.

שיטות אלטרנטיביות במבחנה מצפני Capsid ויראלי המבנית

למדו שיטת ציטומטריית זרימה לכימות קישור חלקיקי דמויי-וירוס נורובירוס אנושי לחיידקים קומנסליים. שיטה זו מאפשרת חקר אינטראקציות וירוס-חיידק ללא צורך בוירוס חי.

כימות האדם Norovirus וירוס כריכת כריכה של חיידקים קומנדסאל באמצעות זרימה Cy, לנסות

גלה סרטונים נוספים