Name: הערכת תכולת תאית גבישית של ביומסה צמחית בשיטת Updegraff (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-05-15T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 34 s
Description: למדו את שיטת Updegraff להערכת תכולת תאית גבישית בביומסה צמחית. פרוטוקול זה כולל חמישה שלבים: הכנת חומר צמחי, חילוץ דופן תא גולמי, טיפול בחומצות לסילוק המיצלולוז והליגנין, הידרוליזה חומצית ושימוש במבחן anthrone לכימות הסוכר.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים למחלקה למדעי הקרקע והכותנה בע"מ על תמיכתם החלקית במחקר זה.

1. הכנה ניסיונית
<ol><li>טוחנים חומר צמחי מיובש לאבקה דקה.</li>
	<li>מאגר סולובליזציה של חלבונים (PSB): הכינו פתרונות מלאי של 1 M Tris (pH 8.8), 0.5 M חומצה אתילנדיאמיאנטטראקטית (EDTA) (pH 8.0) ומובלעת אותן אוטומטית. הפוך מאגר PSB טרי מפתרונות מלאי אלה עם ריכוזים סופיים של 50 mM Tris, 0.5 מ"מ EDTA ו 10% נתרן דודציל סולפט (SDS) במים סטריליים.</li>
	<li>הכן 100 מ"ל של 70% אתנול (v / v): 70 מ"ל של 100% אתנול ו 30 מ"ל של מים סטריליים.</li>
	<li>הכינו 100 מ"ל של מתנול: כלורופורם ביחס של 1:1 (מתנול 50 מ"ל ו-50 מ"ל כלורופורם).</li>
	<li>הכן 82.5 מ"ל של ריאגנט Updegraff. הוסף 75 מ"ל של 80% חומצה אצטית ל 7.5 מ"ל של חומצה חנקתית, כך היחס האולטימטיבי של מים: חומצה אצטית: חומצה חנקתית היא 2:8:1 (v / v). כדי להכין 80% חומצה אצטית, להמיס 80 מ"ל של חומצה אצטית קרחונית ב 20 מ"ל של מים סטריליים (v / v).</li>
	<li>הכינו מלאי טרי של תמיסת גלוקוז 1 מ"ג/מ"ל. ממיסים 10 מ"ג ג גלוקוז ב-10 מ"ל מים (w/v).</li>
	<li>כדי להכין 100 מ"ל של 67% חומצה גופרתית (v / v), להוסיף 67 מ"ל של חומצה גופרתית מרוכזת ל 33 מ"ל של מים. תמיד להשתמש בבקבוק זכוכית ולהוסיף חומצה לאט למים. שלב זה הוא אקסותרמי (משחרר חום). לפיכך, להכין פתרון זה על קרח להתקרר במקרר לפחות 2 שעות לפני השימוש.</li>
	<li>הכינו אנתרון טרי של 0.2% (w/v) לכל אצווה של דגימות ניסיוניות. שוקלים 0.2 גרם של אנתרון ומתמוססים ב-100 מ"ל של חומצה גופרתית מרוכזת ומצוננת מראש בבקבוק זכוכית עטוף בנייר אלומיניום. יש לשמור במקרר למשך 1-2 שעות לפני השימוש. הערה: חומצה גופרתית מרוכזת ומצמררת מראש במקרר ביום הניסוי, והכנה טרייה של אנתרון מומלצת מאוד להערכה מדויקת של תכולת הגלוקוז.</li>
</ol>2. הכנת חומר ביומסה צמחית
<ol><li>לאסוף דגימות ביומסה צמחית מקווי ניסוי כותנה בני חודשיים הגדלים בחממה עם אותם תנאי צמיחה, אותו שלב התפתחות, אותה תנוחה של הצמחים ואותו סוג של רקמה (עלה /גזע/שורש). הערה: לאסוף מינימום של שלושה משכפלים ביולוגיים עבור כל מדגם. לשטוף אותם ביסודיות עם מים כדי להסיר את כל הלכלוך מרקמת השורש.</li>
	<li>רקמת שורש יבשה באוויר למשך יומיים על מגבות נייר בטמפרטורת החדר להסרת תכולת הלחות (איור 1). הערה: רקמות רצויות יבשות לאוויר להערכת תאית למניעת זיהום פטרייתי.</li>
	<li>מקם את דגימות הבסיס במיכלים בודדים. ואז לתייג ולייבש אותם באינקובטור ב 49 °C (69 °F) במשך 10 ימים(שולחן החומרים). הערה: לחלופין, מייבש הקפאה יכול לשמש לייבוש רקמת הצמח בפחות זמן (1 או 2 ימים) מבלי לגרום לשינויים כימיים בחומר הביומסה של הצמח.</li>
	<li>חותכים את הדגימות המיובשות לחתיכות קטנות, מקפיאים אותן בחנקן נוזלי וטוחנים לאבקה דקה אחידה באמצעות מרגמה ועלי, טחנת מקפיא או מטחנת ביומסה(איור 1). הערה: טחנת המקפיא שימשה בקצב של 10 cps במשך 3 מחזורים.</li>
	<li>לאסוף את הרקמה המוארקת (איור 2) ולהמשיך עם חילוץ דופן התא. הערה: ניתן להשהות את התהליך בשלב זה על ידי אחסון הדגימות במיכלים אטומים בטמפרטורת החדר.</li>
</ol>3. הפקת קירות תאים גולמיים מביומסה צמחית
הערה: קירות תאי הצמח מכילים תאית, ליגנין, רכיבים שאינם תאית, פקטין, חלבוני מטריצה, תרכובות פנוליות ומים26. מאז תאית קיים בקירות התא, הצעד הראשון הוא להפריד רכיב קיר התא מרכיבי קיר שאינם תאים של ביומסה הצמח26.
<ol><li>תווית ולשקול בודדים ריקים 2 צינורות מ"ל לפני תחילת תהליך החילוץ קיר התא.</li>
	<li>רשום לעצמך משקולות צינור ריקות במחברת מעבדה לפני שתמשיך הלאה.</li>
	<li>שוקלים 20 מ"ג של אבקת רקמה משלב 2.5 ומעבירים אותה לצינורות 2 מ"ל שקלו מראש ומתייגים אותם.</li>
	<li>יש להוסיף 1 מ"ל של מאגר סולובליזציה של חלבונים (PSB) (50 מ"מ טריס הידרוכלוריד (HCl) pH חיץ 8.8, 0.5 מ"מ EDTA ו-10% נתרן דודציל סולפט (SDS) כדי לסלוביליזציה של חלבונים. מערבולת וצנטריפוגה ב 25,200 x גרם במשך 5 דקות בטמפרטורת החדר (RT). לאחר צנטריפוגה, להשליך את supernatant ולשמור את גלולה. הערה: ניתן לשמור את ה-supernatant אם יש צורך לנתח את רכיב החלבון.</li>
	<li>חזור על שלב 3.4 פעמיים נוספות.</li>
	<li>לכדור השמור, מוסיפים 1 מ"ל של מים מזוקקים ומערבולת. צנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 5 דקות בטמפרטורת החדר (RT) ולהסיר את supernatant.</li>
	<li>חזור על שלב 3.6 פעמיים נוספות.</li>
	<li>הוסף 1 מ"ל של 70% אתנול גלולה הציל, מערבולת לחמם אותו ב 70 מעלות צלזיוס במשך 1 שעות באמבט מים / בלוק חום כדי להסיר רכיבים מסיסים עמילן מן הדגימות. וורטקס וצנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 5 דקות ב RT. להשליך את supernatant ולשמור את גלולה.</li>
	<li>חזור על שלב 3.8 פעם נוספת.</li>
	<li>לכדור להוסיף 1 מ"ל של 100% מתנול ומערבולת. צנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 5 דקות בטמפרטורת החדר (RT) ולהסיר את supernatant.</li>
	<li>הוסף 1 מ"ל של כלורופורם / מתנול (כלורופורם ומתנול ביחס 1:1) לכדור ומערבולת. צנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 5 דקות ב RT ולהסיר את supernatant. התוספת של מתנול וכלורופורם ממס solubilizes ומסיר את שבר השומנים מן הביומסה27.</li>
	<li>לכדור, להוסיף 1 מ"ל של 100% אצטון ומערבולת. דגירה בטמפרטורת החדר במשך 5 דקות. צנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 5 דקות ב RT ולהסיר את supernatant. אצטון מסיר פיגמנטים כגון כלורופיל וחומצות שומן חופשיות מהביומסה28,29.</li>
	<li>יבש את גלולה ב 37 מעלות צלזיוס לילה או להמשיך עוד יותר על ידי ייבוש ואקום. הערה: גלולה מיובשת היא קיר התא הגולמי המשמש להערכת תאית גבישית. ניתן להשהות את התהליך בשלב זה או להמשיך הלאה באמצעות מייבש ואקום לייבוש דגימות.</li>
</ol>4. טיפול עם ריאגנט Updegraff (חומצה אצטית וחנקתית) כדי להסיר רכיבים שאינם צלולוסיים
הערה: הפרוטוקול כולל שימוש בחומצות וכימיקלים אחרים. ללבוש ציוד מגן אישי (PPE) לאורך כל התהליך.
<ol><li>למדוד 5 מ"ג של גלולת קיר תא גולמי מיובש לתוך צינור טרי 2 מ"ל בורג כתרים. שימו לב למשקל המדויק (איור 3)30.</li>
	<li>כלול פקד חיובי בשלב זה. השתמש 2 מ"ג של נייר מסנן (טבלה של חומרים) כפקד חיובי המניב 80% תוכן תאית.</li>
	<li>הוסף 1.5 מ"ל של מגיב Updegraff ל 5 מ"ג שקל של תמצית דופן התא ושליטה חיובית. מערבבים על ידי מערבולת. הערה: יש לעבד את הפקד החיובי באותו אופן כמו דגימות הניסוי משלב זה ואילך. צעד זה צריך להתבצע מכסה המנוע אדים עם ציוד מגן אישי נאות (PPE). התראה: שלב זה צריך להתבצע בצינורות כובע בורג כדי למנוע התזה של מדגם ו popping של הצינורות. יש לכלול שלושה משכפלים ביולוגיים של כל דגימה יחד עם שלושה שכפולים לשליטה חיובית.</li>
	<li>מחממים את ההשעיה ב 100 מעלות צלזיוס במשך 30 דקות באמבט מים רותחים ומצננים על ספסל במשך 10 דקות. צנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 10 דקות ב RT. הסר את supernatant על ידי צנטריפוגה ולשמור את גלולה. הערה: הפסולת שנוצרת צריכה להיאסף בנפרד עבור ממיסים אורגניים, חומצה גופרתית, ריאגנט Updegraff (חומצה אצטית וחומצה חנקתית). פסולת עם חומצה אצטית וחומצה חנקתית צריכה להישמר בטמפרטורות קרירות עם כובעים מאווררים ומעולם לא מעורבב עם כל ממיסים אורגניים אחרים וחומצות אחרות כדי למנוע כל פיצוץ.</li>
	<li>מוסיפים 1 מ"ל מים לכדור. צנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 10 דקות ב RT. להסיר 500 μL של supernatant ולהוסיף 1 מ"ל של אצטון לצינור.</li>
	<li>צנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 5 דקות ב RT. הסר 1 מ"ל של supernatant, ולהוסיף 1 מ"ל של אצטון לצינור וצנטריפוגה ב 25,200 x g במשך 5 דקות ב RT.</li>
	<li>לאחר צנטריפוגה, להסיר את כל supernatant ולהשעות את גלולה ב 1 מ"ל של אצטון. דגירה את הצינורות בטמפרטורת החדר במשך 5 דקות להסתובב ב 25,200 x g במשך 5 דקות ב RT.</li>
	<li>להשליך את supernatant ולשמור את גלולה. יבש את גלולה ב 37 °C (60 °F) לילה (איור 3). הערה: ניתן להשהות את התהליך בשלב זה או להמשיך להשתמש ביובש ואקום לייבוש ולהמשיך לשלב הבא.</li>
</ol>5. הידרוליזה של תאית על ידי חומצה כדי לייצר יחידות מונומר גלוקוז
<ol><li>מוסיפים 1 מ"ל של 67% חומצה גופרתית לכדור המיובש. וורטקס לערבב את גלולה לחלוטין בחומצה.</li>
	<li>לנער צינורות בטמפרטורת החדר במשך 1 שעות כדי להמיס את גלולת תאית ב 67% חומצה גופרתית. הערה: כחלופה, solubilization של גלולת תאית ב 67% חומצה גופרתית ניתן לשפר על ידי sonication של כל מדגם במשך 10 דקות לאחר 30 דקות של דגירה בשייקר. לאחר sonication, דגימות ניתן לדגיר מחדש בשייקר ב RT. עם זאת, ראינו מסיסות מוחלטת של גלולה תאית ללא sonication כאשר אנו מתחילים עם 5 מ"ג של תמצית דופן התא הגס (איור 3). הליך זה עבד היטב עבור דגימות ביומסה צמחית שונות3.</li>
</ol>6. מדידת תכולת הגלוקוז על ידי בדיקת אנתרון והערכת תכולת תאית
<ol><li>בשלב זה, התאית היא בצורה של מונומרים גלוקוז חינם. לקבוע את כמות תאית על ידי מדידת כמות הגלוקוז הנוכחי במדגם על ידי ספקטרופוטומיה.</li>
	<li>קח 10 μL של המדגם משלב 5 ולהוסיף אותו 490 μL של מים מזוקקים סטריליים כדי להפוך דילול של כל מדגם ל 500 μL. וורטקס תערובת מדוללת של מדגם ומים במשך 10 שניות.</li>
	<li>מוסיפים 1 מ"ל של 0.2% ריאגנט אנתרון טרי מוכן לכל צינור ומערבבים מיד על ידי מערבולת.</li>
	<li>מרתיחים דגימות ב 100 מעלות צלזיוס במשך 10 דקות ומצננים את הצינורות על הקרח במשך 5 דקות. העבר 200 μL של כל מדגם בשלוש בארות של צלחת 96 גם. טען את צלחת הבאר 96 לתוך ספקטרופוטומטר כדי למדוד את הספיגה ב 620 ננומטר. הערה: לרתיחה בטמפרטורה גבוהה, יש להשתמש בצינורות מכוסי בורג כדי למנוע התזת כימיקלים מזיקים ולמנוע אובדן דגימות.</li>
</ol>7. הכנת עקומת גלוקוז סטנדרטית
<ol><li>להכנת תקן גלוקוז, הכינו מלאי טרי של 1 מ"ג/מ"ל גלוקוז על ידי המסת 10 מ"ג גלוקוז ב-10 מ"ל מים מזוקקים סטריליים. הוסף פתרון מלאי זה של 1 מ"ג / מ"ל במרווחים μL 20 (0, 20, 40, 60, 80,100,120,140, 160, 180 μL) למים מזוקקים סטריליים (נפח כולל 1 מ"ל) להכנת תקני גלוקוז הנעים בין 0 מיקרוגרם ל-180 מיקרוגרם/מ"ל ריכוזים(איור 3). וורטקס כל תקן גלוקוז לאחר הוספת מים סטריליים.</li>
	<li>מתוך אלה 10 ריכוזים שונים, aliquot 500 μL של כל ריכוז גלוקוז לתוך צינור טרי 2 מ"ל בורג כתרים.</li>
	<li>מוסיפים 1 מ"ל של אנתרון טרי מוכן 0.2% לכל צינור ומערבבים מיד על ידי מערבולת. דגירה על קרח ומרתיחים ב 100 מעלות צלזיוס במשך 10 דקות ואחריו דגירה על הקרח במשך 5 דקות23.</li>
	<li>העבר 200 μL של כל תקן לשלוש בארות בצלחת 96 באר מיקרו טיטר לשלושה שכפולים טכניים ומדוד את הספיגה ב-620 ננומטר(איור 3).</li>
	<li>פיתח עקומת גלוקוז סטנדרטית על-ידי התוויית ריכוזי גלוקוז שונים (0 עד 180 מיקרוגרם/מ"ל) כנגד ערכי ספיגה מנורמלים ב- 620 ננומטר (איור 7). השתמש בקו הרגרסיה Y= mx+c שנוצר מערכי הספיגה כדי לחשב את תוכן התאית בדוגמאות המוכנות. הערה: תקני גלוקוז חייבים להיות מוכנים טריים לכל קבוצה של ניסויים. יש להגדיל את ריכוז הגלוקוז אם ערכי ה- OD גבוהים מדי / נמוכים מדי, כך שערכים אלה נמצאים בטווח של ערכי ספיגת העקומה הסטנדרטיים. קו הרגרסיה יוצר ערכי m ו- c שונים בהתבסס על תקני הסוכר המשמשים עבור כל אצווה של דגימות. מערבבים צינורות מיד לאחר התוספת של אנתרון23. אנתרון, דגימות מדוללות וסטנדרטים מוכנים תמיד נשמרו קרים עד שמדרון האנתרון בוצע בגלל האופי האקסותרמי של תגובה זו.</li>
</ol>

<ol><li>Somerville, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+synthesis+in+higher+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Cell+and+Developmental+Biology%22%5BJournal%5D)">Cellulose synthesis in higher plants.</a> Annual Review of Cell and Developmental Biology. 22, 53-78 (2006).</li>
<li>Balasubramanian, V. K., Rai, K. M., Thu, S. W., Hii, M. M., Mendu, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+identification+of+multifunctional+laccase+gene+family+in+cotton+%28Gossypium+spp.%29%3B+expression+and+biochemical+analysis+during+fiber+development%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Genome-wide identification of multifunctional laccase gene family in cotton (Gossypium spp.); expression and biochemical analysis during fiber development.</a> Scientific Reports. 6, 34309(2016).</li>
<li>Mendu, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+thermochemical+analysis+of+high-lignin+feedstocks+for+biofuel+and+biochemical+production%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+for+Biofuels%22%5BJournal%5D)">Identification and thermochemical analysis of high-lignin feedstocks for biofuel and biochemical production.</a> Biotechnology for Biofuels. 4, 43(2011).</li>
<li>Kraszkiewicz, A., Kachel-Jakubowska, M., Lorencowicz, E., Przywara, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Influence+of+cellulose+content+in+plant+biomass+on+selected+qualitative+traits+of+pellets%5BTitle%5D)+AND+%22Agriculture+and+Agricultural+Science+Procedia%22%5BJournal%5D)">Influence of cellulose content in plant biomass on selected qualitative traits of pellets.</a> Agriculture and Agricultural Science Procedia. 7, 125-130 (2015).</li>
<li>Jordan, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+cell+walls+to+ethanol%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">Plant cell walls to ethanol.</a> Biochemical Journal. 442, 241-252 (2012).</li>
<li>Brett, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+microfibrils+in+plants%3A+biosynthesis%2C+deposition%2C+and+integration+into+the+cell+wall%5BTitle%5D)+AND+%22International+Review+of+Cytology%22%5BJournal%5D)">Cellulose microfibrils in plants: biosynthesis, deposition, and integration into the cell wall.</a> International Review of Cytology. 199, 161-199 (2000).</li>
<li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+synthase+complexes+act+in+a+concerted+fashion+to+synthesize+highly+aggregated+cellulose+in+secondary+cell+walls+of+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Cellulose synthase complexes act in a concerted fashion to synthesize highly aggregated cellulose in secondary cell walls of plants.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 113, 11348-11353 (2016).</li>
<li>Polko, J. K., Kieber, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+regulation+of+cellulose+biosynthesis+in+plants%5BTitle%5D)+AND+%22The+Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The regulation of cellulose biosynthesis in plants.</a> The Plant Cell. 31, 282-296 (2019).</li>
<li>Brown, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+biosynthesis+of+cellulose%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Macromolecular+Science%2C+Part+A%22%5BJournal%5D)">The biosynthesis of cellulose.</a> Journal of Macromolecular Science, Part A. 33, 1345-1373 (1996).</li>
<li>Gautam, S. P., Bundela, P. S., Pandey, A. K., Jamaluddin, M. K., Sarsaiya, A., Sarsaiya, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+on+systematic+study+of+cellulose%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+and+Natural+Science%22%5BJournal%5D)">A review on systematic study of cellulose.</a> Journal of Applied and Natural Science. 2, (2010).</li>
<li>Coughlan, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymic+hydrolysis+of+cellulose%3A+An+overview%5BTitle%5D)+AND+%22Bioresource+Technology%22%5BJournal%5D)">Enzymic hydrolysis of cellulose: An overview.</a> Bioresource Technology. 39, 107-115 (1992).</li>
<li>Robak, K., Balcerek, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Review+of+second+generation+bioethanol+production+from+residual+biomass%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Technology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Review of second generation bioethanol production from residual biomass.</a> Food Technology and Biotechnology. 56, 174-187 (2018).</li>
<li>Cross, C. F., Bevan, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+and+chemical+industry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+Society+of+Chemical+Industry%22%5BJournal%5D)">Cellulose and chemical industry.</a> Journal of the Society of Chemical Industry. 27, 1187-1193 (1908).</li>
<li>Paloheimo, L., Eine, H., Kero, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+cellulose+determination%5BTitle%5D)+AND+%22Agricultural+and+Food+Science%22%5BJournal%5D)">A method for cellulose determination.</a> Agricultural and Food Science. 34, (1962).</li>
<li>Kurschner, K., Hanak, A., Diese, Z. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKurschner%2C+K+%22Zeitschrift+f%C3%BCr+Lebensmittel-Untersuchung+und-Forschung%22">Zeitschrift für Lebensmittel-Untersuchung und-Forschung</a>. 59, 448-485 (1930).</li>
<li>Norman, A. G., Jenkins, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+method+for+the+determination+of+cellulose%2C+based+upon+observations+on+the+removal+of+lignin+and+other+encrusting+materials%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journalournal%22%5BJournal%5D)">A new method for the determination of cellulose, based upon observations on the removal of lignin and other encrusting materials.</a> Biochemical Journalournal. 27, (1933).</li>
<li>Kiesel, A., Semiganowsky, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose-Bestimmung+durch+quantitative+verzuckerung%5BTitle%5D)+AND+%22Berichte+der+deutschen+chemischen+Gesellschaft+%28A+and+B+Series%29%22%5BJournal%5D)">Cellulose-Bestimmung durch quantitative verzuckerung.</a> Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft (A and B Series). 60, 333-338 (1927).</li>
<li>Waksman, S. A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+system+of+proximate+chemical+analysis+of+plant+materials%5BTitle%5D)+AND+%22Industrial+Engineering+Chemistry+and+Analytical+Edition%22%5BJournal%5D)">A system of proximate chemical analysis of plant materials.</a> Industrial Engineering Chemistry and Analytical Edition. 2, 167-173 (1930).</li>
<li>Salo, M. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+carbohydrates+in+animal+foods+as+seven+fractions%5BTitle%5D)+AND+%22Agricultural+and+Food+Science%22%5BJournal%5D)">Determination of carbohydrates in animal foods as seven fractions.</a> Agricultural and Food Science. , 32-38 (1961).</li>
<li>Giger-Reverdin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Review+of+the+main+methods+of+cell+wall+estimation%3A+interest+and+limits+for+ruminants%5BTitle%5D)+AND+%22Animal+Feed+Science+and+Technology%22%5BJournal%5D)">Review of the main methods of cell wall estimation: interest and limits for ruminants.</a> Animal Feed Science and Technology. 55, 295-334 (1995).</li>
<li>Updegraff, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Semimicro+determination+of+cellulose+inbiological+materials%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Semimicro determination of cellulose inbiological materials.</a> Analytical Biochemistry. 32, 420-424 (1969).</li>
<li>Viles, F. J., Silverman, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+starch+and+cellulose+with+anthrone%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Determination of starch and cellulose with anthrone.</a> Analytical Chemistry. 21, 950-953 (1949).</li>
<li>Scott, T. A., Melvin, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+dextran+with+anthrone%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Determination of dextran with anthrone.</a> Analytical Chemistry. 25, 1656-1661 (1953).</li>
<li>Kumar, M., Turner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol%3A+a+medium-throughput+method+for+determination+of+cellulose+content+from+single+stem+pieces+of+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Methods%22%5BJournal%5D)">Protocol: a medium-throughput method for determination of cellulose content from single stem pieces of Arabidopsis thaliana.</a> Plant Methods. 11, 46(2015).</li>
<li>Yemm, E. W., Willis, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+estimation+of+carbohydrates+in+plant+extractsby+anthrone%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Journal%22%5BJournal%5D)">The estimation of carbohydrates in plant extractsby anthrone.</a> Biochemical Journal. 57, 508-514 (1954).</li>
<li>Houston, K., Tucker, M. R., Chowdhury, J., Shirley, N., Little, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plant+cell+wall%3A+A+complex+and+dynamic+structure+as+revealed+by+the+responses+of+genes+under+Stress+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">The plant cell wall: A complex and dynamic structure as revealed by the responses of genes under Stress conditions.</a> Frontiers in Plant Science. 7, (2016).</li>
<li>Jiang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomass+extraction+using+non-chlorinated+solvents+for+biocompatibility+improvement+of+polyhydroxyalkanoates%5BTitle%5D)+AND+%22Polymers%22%5BJournal%5D)">Biomass extraction using non-chlorinated solvents for biocompatibility improvement of polyhydroxyalkanoates.</a> Polymers. 10, 731(2018).</li>
<li>Li, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+saponification+method+for+chlorophyll+removal+from+microalgae+biomass+as+oil+feedstock%5BTitle%5D)+AND+%22Marine+Drugs%22%5BJournal%5D)">A saponification method for chlorophyll removal from microalgae biomass as oil feedstock.</a> Marine Drugs. 14, 162(2016).</li>
<li>Wiltshire, K. H., Boersma, M., Möller, A., Buhtz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+pigments+and+fatty+acids+from+the+green+alga+Scenedesmus+obliquus+%28Chlorophyceae%29%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Ecology%22%5BJournal%5D)">Extraction of pigments and fatty acids from the green alga Scenedesmus obliquus (Chlorophyceae).</a> Aquatic Ecology. 34, 119-126 (2000).</li>
<li>Foster, C. E., Martin, T. M., Pauly, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+compositional+analysis+of+plant+cell+walls+%28lignocellulosic+biomass%29+part+II%3A+carbohydrates%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Comprehensive compositional analysis of plant cell walls (lignocellulosic biomass) part II: carbohydrates.</a> Journal of Visualized Experiments. (1837), (2010).</li>
<li>Haigler, C., Betancur, L., Stiff, M., Tuttle, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cotton+fiber%3A+a+powerful+single-cell+model+for+cell+wall+and+cellulose+research%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">Cotton fiber: a powerful single-cell model for cell wall and cellulose research.</a> Frontiers in Plant Science. 3, (2012).</li>
<li>Spirk, S., Nypelö, T., Kontturi, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Editorial%3A+Biopolymer+thin+films+and+coatings%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Editorial: Biopolymer thin films and coatings.</a> Frontiers in Chemistry. 7, (2019).</li>
<li>Long, L. -Y., Weng, Y. -X., Wang, Y. -Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellulose+aerogels%3A+Synthesis%2C+applications%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Polymers%22%5BJournal%5D)">Cellulose aerogels: Synthesis, applications, and prospects.</a> Polymers. 10, 623(2018).</li>
</ol>

המחברים מצהירים כי אין להם ניגוד עניינים.

סיבי כותנה הם סיבים טבעיים המיוצרים מן זרעי הכותנה. סיבי כותנה הוא תא יחיד עם ~ 95% תוכן תאית2 עם תוכן תאית גבישי גבוה עם יישומים נרחבים בתעשיית הטקסטיל31. כמו, סיבי כותנה מכיל ~ 95% תאית, השתמשנו ברקמות שורש כותנה להדגמה של הערכת תוכן תאית גבישית. רקמות שורש כותנה עשירות במידה בינונית בתכולת תאית גבישית ומייצגות ביומסה צמחית זמינה בדרך כלל. כמות דופן התא הכולל הנדרש עבור התוכן תאית גבישית היא רק 5 מ"ג ולכן שיטה זו ניתן להשתמש להערכת תוכן תאית גבישי בשלבים התפתחותיים שונים ...

תאית היא המרכיב העיקרי נושא העומס של קירות התא, אשר קיים הן בקירות התא הראשי והן בקירות התא המשני. דופן התא היא מטריצה חוץ-תאית המקיפה תאי צמחים ומורכבת בעיקר מחלבוני תאית, ליגנין, המיצלולוז, פקטין ומטריצה. כשליש מהביומסה של הצמחים היא תאית1 והיא ממלאת תפקידים משמעותיים בצמיחה ובהתפתחות הצמח על ידי מתן כוח, קשיחות, קצב וכיוון של צמיחת תאים, תחזוקת צורת תאים והגנה מפני גורמי לחץ ביוטיים ואביוטיים. סיבי כותנה מכילים 95% תאית2 תוכן, בעוד עצים מכילים 40% עד 50% של תאית בהתאם למין הצמח וסוגי איברים3. התאית מורכבת מיחידות חוזרות של צ'לוביוז, מפרק של שאריות גלוקוז המחוברות על ידי β-1,4 קשרים גליקופידיים4. אתנול צלולוסי מופק מן הגלוקוז נגזר תאית נוכח בקירות תא הצמח5. סיבים צלולוסיים מורכבים ממספר סיבי מיקרו שבהם כל סיב מיקרו פועל כיחידת ליבה עם מונומרים גלוקוז 500-150001,6. homopolymer תאית מסונתז על ידי קרום פלזמה מוטבע קומפלקסים סינתאז תאית (CSC)1,7. חלבוני סינתאז תאית בודדים A (CESA) מסנתזים שרשראות גלוקן ושרשראות הגלוקן הסמוכות מחוברות באמצעות קשרי מימן ליצירת תאית גבישית1,8. תאית קיימת במספר צורות גבישיות עם שתי צורות דומיננטיות, תאית Iα ו תאית Iβ כצורות מקוריות9. בצמחים גבוהים יותר, תאית קיימת בצורת תאית Iβ בעוד תאית הצמח התחתון קיים בצורת Iα10,11. בסך הכל, התאית ממלאת תפקיד משמעותי בהקניית כוח ונוקשות לקירות תאי הצמח.
דלקים ביולוגיים מהדור הראשון מיוצרים בעיקר מעמילן תירס, סוכרי קנים וסוכרי סלק, שהם מקורות מזון, ואילו דלקים ביולוגיים מהדור השני מתמקדים בייצור דלק ביולוגי מחומר קיר תא ביומסה שאינו מזון12. הערכה מדויקת של תכולת תאית גבישית חשובה לא רק למחקר בסיסי על ביוסינתזה תאית ודינמיקה של דופן התא, אלא גם למחקר יישומי של דלק ביולוגי ומוצרי ביו. שיטות שונות פותחו ואופטימיזציה להערכת תאית בביומסה הצמחית, ושיטת Updegraff היא השיטה הנפוצה ביותר להערכת תאית. השיטה המדווחת הראשונה להערכת תאית הייתה על ידי קרוס ובבן בשנת 190813. השיטה התבססה על העיקרון של כלור חלופי ומיצוי על ידי נתרן גופרתי. עם זאת, תאית שהושגה על ידי המקורי, כמו גם פרוטוקולים שונה של שיטת קרוס בוואן הראה זיהום של שברים קטנים של ליגנין בנוסף כמות משמעותית של xylans ו mannans14. למרות מספר שינויים להסרת ליגנין והמיצלולוזים מהשבר התאי, שיטת Cross-Bevan שמרה על כמות ניכרת של מנאנים יחד עם תאית. מאוחר יותר, השיטה של Kurschner פותחה על ידי שימוש בחומצה חנקתית ואתנול כדי לחלץ תאית15. שיטה זו קבעה כי סך ליגנין ו 75% של pentosans הוסרו אבל התוצאות תאית האמיתית היו זהים לאלה המוערכים על ידי שיטת כלור של קרוס בוואן. שיטה נוספת (נורמן וג'נקינס) פותחה על ידי שימוש במתנול-בנזן, נתרן סולפט ונתרן היפוכלוריט לחילוץ תאית16. שיטה זו גם שמרה על חלק קטן של ליגנין (3%) וכמויות משמעותיות של פנטוסנים המובילות להערכת תאית מדויקת. מאוחר יותר, Kiesel ו Semiganowsky השתמשו בגישה שונה כדי הידרוליזה תאית באמצעות 80% מרוכז חומצה גופרתית, ואת סוכרים מופחתים הידרוליזה הוערכו על ידי השיטה של ברטרנד17. שתי השיטות, של וקסמן וסטיבנס18 וסאלו14,19 שפותחו על בסיס השיטה של קיזל וסמיגנובסקי, הניבו גם 4-5% פחות תוכן תאית בהשוואה לשיטותקודמות 20.
שיטת Updegraff היא השיטה הנפוצה ביותר להערכת תכולת תאית גבישית. שיטה זו תוארה לראשונה על ידי Updegraff למדידת תאית בשנת 196921. שיטת Updegraff משלבת את שיטת קורשנר (שימוש בחומצה חנקתית), שיטות קיזל וסמינובסקי (הידרוליזה של תאית לתוך מונומרים של גלוקוז באמצעות חומצה גופרתית) עם כמה שינויים, ואת מבחני האנתרון של ויילס וסילברמן להערכת צבעים פשוטה של גלוקוז ותכולת תאית גבישית22. העיקרון של שיטה זו הוא השימוש בחומצה אצטית וחומצה חנקתית (מגיב Updegraff) כדי לחסל hemicellulose ו ליגנין מרקמות הצמח הומוגנית, אשר משאיר תאית עמידה חומצה אצטית / חנקתית לעיבוד נוסף והערכת15. תאית עמידה חומצה אצטית / חנקתית מטופלת עם 67% חומצה גופרתית כדי לשבור את תאית לתוך מונומרים גלוקוז מונומרים גלוקוז שוחרר מוערך על ידי anthrone assay21,23. מספר שינויים בשיטת Updegraff המקורית שימשו כדי לפשט את ההליך ואת הערכת תאית על ידי anthrone assay24. באופן כללי, ניתן לחלק שיטה זו לחמישה שלבים. בשלב הראשון, החומר הצמחי מוכן. בשלב השני, קיר התא הגולמי מופרד מן הביומסה הכוללת, כמו תאית היא המרכיב העיקרי של קירות התא הצמח. מאוחר יותר, בשלב השלישי, התאית מופרדת מרכיבי דופן התא הלא צלולוסי על ידי טיפול עם ריאגנט Updegraff. בשלב הרביעי, תאית עמידה חומצה אצטית / חנקתית מחולק מונומרים גלוקוז על ידי טיפול חומצה גופרתית. טיפול חומצה גופרתית של תוצאות תאית היווצרות של תרכובות 5-hydroxymethylfurfural מהתגובה של מונומרים גלוקוז עם חומצה גופרתית. לבסוף, בשלב האחרון, האנתרון יוצר קומפלקס כחול ירקרק על ידי רותחים עם תרכובת furfural שנוצר בשלב הקודם25. שיטה קוורימטרית מבוססת אנתרון זו שימשה לראשונה בשנת 1942 על ידי דרייווד. אנתרון הוא צבע המזהה תרכובות פורפורליות של מוצרים מיובשים פנטוז ו hexose כגון 5-hydroxymethylfurfural, בתנאים חומציים. תגובה עם הקסוס מייצרת צבע אינטנסיבי ותגובה טובה יותר בהשוואה pentoses25. כמות הגלוקוז המאוגד נמדדת על ידי ספיגת ספקטרופוטומטר ב 620 ננומטר ואת עוצמת קומפלקס כחול ירקרק הוא פרופורציונלי ישירות לכמות הסוכר במדגם. ערכי הספיגה הנמדדים הושוו לקו רגרסיה של עקומת גלוקוז סטנדרטית לחישוב ריכוז הסוכר של המדגם. תכולת הגלוקוז הנמדדת שימשה להערכת תכולת תאית של ביומסה הצמח.

<table><tbody><tr><td>אצטון</td><td>פישר כימיקל</td><td>A18-500</td><td>בשימוש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>Anthrone</td><td>Sigma Aldrich</td><td>90-44-8</td><td>לבדיקה קולורימטרית</td></tr><tr><td>צנטריפוגה</td><td>Eppendorf</td><td>5424</td><td>לצנטריפוגה</td></tr><tr><td>כלורופורם</td><td>Mallinckrodt</td><td>67-66-3</td><td>בשימוש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>6381-92-6</td><td>משמש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>אתנול</td><td>Millipore Sigma</td><td>EM-EX0276-4S</td><td>משמש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>נייר סינון</td><td>Whatman</td><td>1004-090</td><td>בקרה חיובית</td></tr><tr><td>חומצה אצטית קרחונית</td><td>סיגמא</td><td>מק"ט A6283</td><td>משמש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>בלוק חום/ ThermoMixer F1.5</td><td>Eppendorf</td><td>13527550</td><td>לטמפרטורות מבוקרות</td></tr><tr><td>אינקובטור</td><td>Fisherbrand</td><td>150152633</td><td>משמש לייבוש דגימת צמח</td></tr><tr><td>סולם מדידה</td><td>Mettler Toledo</td><td>30243386</td><td>לכמויות ספציפיות</td></tr><tr><td>מתנול 100</td>% <td>Fisher Chemical</td><td>A412-500</td><td>משמש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>Microplate (96 well)</td> <td>Evergreen Scientific</td><td>222-8030-01F</td><td>לבדיקת anthrone</td></tr><tr><td>חומצה חנקתית</td><td>Sigma Aldrich</td><td>695041</td><td>משמש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>מיקרוביאלי פוליפרופילן (2 מ"ל) / צינורות מכוסים בורג</td><td>מוצרי BioSpec</td><td>10831</td><td>לטמפרטורות גבוהות</td></tr><tr><td>ספקטרופוטומטר (גלאי מולטימוד)</td> <td>Beckmancoulter DTX880</td><td>1000814</td><td>למדידת ספיגות</td></tr><tr><td>Spex SamplePrep 6870 מקפיא / טחנה</td><td>Spex Sample Prep</td><td>68-701-15</td><td>לטחינת רקמות צמחים לאבקה דקה</td></tr><tr><td>חומצה גופרתית</td><td>J.T.Baker</td><td>02-004-382</td><td>בשימוש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>נתרן דודציל סולפט (SDS)</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>151-21-3</td><td>בשימוש בצינורות חיץ PSB</td></tr><tr><td>(2 מ"ל)</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>05-408-138</td><td>בשימוש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>Tris Hydrochloride</td><td>Sigma Aldrich</td><td>&nbsp; 1185-53-1</td><td>בשימוש במאגר PSB</td></tr><tr><td>מים מזוקקים אולטרה-טהורים</td><td>Invitrogen</td><td>10977</td><td>משמש בפרוטוקול</td></tr><tr><td>מייבש ואקום (ואקופוגה פלוס)</td> <td>Eppendorf</td><td>22820001</td><td>לייבוש דגימות</td></tr><tr><td>מערבל מערבולת</td><td>פישרברנד</td><td>14-955-151</td><td>לערבוב</td></tr><tr><td>אמבט</td><td>מים Thermoscientific</td><td>TSGP02PM05</td><td>לתנאים מבוקרים בטמפרטורה ספציפית שלבים</td></tr><tr><td>נייר שקילה</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>09-898-12A</td><td>בשימוש בפרוטוקול</td></tr></tbody></table>

הערכת תכולת תאית גבישית של ביומסה צמחית בשיטת updegraff

Estimation of Crystalline Cellulose Content of Plant Biomass using the Updegraff Method

תאית היא הפולימר הנפוץ ביותר על פני כדור הארץ שנוצר על ידי פוטוסינתזה והמרכיב העיקרי נושא העומס של קירות התא. קיר התא ממלא תפקיד משמעותי בצמיחה ובהתפתחות הצמח על ידי מתן כוח, קשיחות, קצב וכיוון של צמיחת תאים, תחזוקת צורת תאים והגנה מפני לחצים ביוטיים ואביוטיים. דופן התא מורכבת בעיקר תאית, ליגנין, hemicellulose ופקטין. לאחרונה קירות תאי הצמח היו ממוקדים לייצור דלק ביולוגי וביו-אנרגיה מהדור השני. באופן ספציפי, רכיב תאית של דופן התא הצמח משמש לייצור אתנול צלולוסי. הערכה של תוכן תאית של ביומסה היא קריטית למחקר בסיסי ויישומי של דופן התא. שיטת Updegraff היא פשוטה, חזקה, ואת השיטה הנפוצה ביותר להערכת תוכן תאית גבישית של ביומסה צמחית. האלכוהול מסיסים תאים גולמיים החלק על הטיפול עם ריאגנט Updegraff מבטל את שברי hemicellulose ו ליגנין. מאוחר יותר, חלק תאית עמיד ריאגנט Updegraff נתון לטיפול חומצה גופרתית כדי הידרוליזה הומופולימר תאית ליחידות גלוקוז מונומרי. קו רגרסיה מפותח באמצעות ריכוזים שונים של גלוקוז ומשמש להערכת כמות הגלוקוז המשתחרר על הידרוליזה תאית בדגימות הניסוי. לבסוף, התוכן תאית מוערך בהתבסס על כמות מונומרים גלוקוז על ידי בדיקת אנתרון צבעוני.

צמחים כותנה גדל בבית הירוק נבחרו למחקר זה. שני קווים ניסיוניים שונים של כותנה נבחרו לניתוח השוואתי של תכולת תאית. עבור כל קו ניסיוני, רקמת השורש נאספה משלושה משכפלים ביולוגיים. סך של 500 מ ג של רקמה היה הומוגני ו 20 מ ג של זה שימש להפקת דופן התא הגולמי. מאוחר יותר, 5 מ"ג של תמצית דופן התא הגולמי שימש לטיפול ריאגנט Updegraff כדי להסיר hemicellulose ו ליגנין מן תאית. התאית המטוהרת עברה הידרוליזה על ידי טיפול בחומצה גופרתית כדי לפרק את התאית ליחידות גלוקוז. התוצאות של קריאות ספיגה ב 620 ננומטר (טבלה משלימה 1</strong...

שיטת Updegraff היא השיטה הנפוצה ביותר להערכת תאית. המטרה העיקרית של הדגמה זו היא לספק פרוטוקול Updegraff מפורט להערכת תכולת תאית בדגימות ביומסה צמחית.

הערכת תכולת תאית גבישית של ביומסה צמחית בשיטת Updegraff

Cellulose is the most abundant polymer on Earth generated by photosynthesis and the main load-bearing component of cell walls. The cell wall plays a ...

כאן, אנו מדגימים את שיטת Updegraff, השיטה הנפוצה ביותר בעולם להערכת תוכן תאית גבישית. תאית מורכבת בעצם מונומרים גלוקוז מקושר על ידי בטא 1, 4 קשרים גליקוסידיים. חילקנו את הפרוטוקול הזה לחמישה שלבים.בשלב הראשון, אנו מכינים את החומר ביומסה הצמח. בשלב השני, אנחנו מוציאים את קיר התא הגולמי. בשלב השלישי, אנו משתמשים בטיפול Updegraff שבו Updegraff מורכב חומצה אצטית וחומצה חנקתית המסייעת בהסרת hemicellulose ו lignin מהדגימות שלנו.בשלב הרביעי, אנו כפופים אותו חומצה הידרוליזה בעזרת חומצה גופרתית המייצרת מונומרים גלוקוז. לבסוף, בשלב החמישי, אנו משתמשים ב-anthrone assay כדי להעריך את תכולת התאית הגבישית. לאסוף את החומר הצמחי מהחממה, לשטוף אותם ביסודיות עם מים, אוויר יבש במשך יומיים, להפריד את הרקמה ולהעביר את הרקמה למיכלים המסומנים בנפרד דגירה באינקובטור ב 49 מעלות צלזיוס במשך 10 ימים.ואז לבסוף, לחתוך לחתיכות באמצעות מספריים או להב. להקפיא את הרקמה ולהעמיס לתוך מרגמה ועלי לטחינה עדינה לתוך אבקה אחידה או לחילופין להשתמש מקפיא / טחנה. כאן, אנו מדגימים באמצעות מקפיא / מיל, אז אנחנו מעמיסים את דגימות הרקמה שלנו לתוך בקבוקונים שחיקה אלה ומניחים אותם במקפיא / מיל ולהפעיל את מהירות 10 CP במשך שלושה מחזורים.אבקת הרקמות נאספת בצינור פלקון כפי שמוצג כאן. שוקלים 20 מ"ג של אבקת הרקמה ומעבירים לצינור שני מ"ל שקל מראש. הוסיפו מ"ל אחד של מאגר סולובליזציה של חלבונים להסרת חלבונים. מערבולת.צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות. השלך את הסופרנט. חזור על שלב זה פעמיים נוספות.מוסיפים מ"ל אחד של מים סטריליים לכדור השמור. מערבולת. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות. חזור על שלב זה פעמיים נוספות.הוסף ML אחד של 70% אתנול לכדור שנשמר. מערבולת. מעבירים לבלוק צלזיוס שחומם מראש ב-70 מעלות עם רעידות בו זמנית למשך שעה. לאחר דגירה של שעה, צנטריפוגה ב 15, 000 סל"ד במשך חמש דקות.חזור על שלב זה פעם נוספת. לכדור שנשמר, להוסיף מ"ל אחד של 100% מתילון. מערבולת. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות.הוסף ML אחד של מתנול כלורופורם. מערבולת. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות. השלך את supernatant ולהוסיף mL אחד של אצטון. מערבולת.דגירה בטמפרטורת החדר במשך חמש דקות. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות. להשליך מחדש את supernatant ואוויר לייבש אותם ב 37 מעלות צלזיוס לילה או להמשיך על ידי ייבוש ואקום.לטעון את הדגימות שלך לתוך מייבש ואקום ואוויר יבש במשך שעתיים עד שלוש שעות או עד גלולה יבש לחלוטין. לשקול חמישה מ"ג של תמצית דופן התא המתקבל מהשלב הקודם. העברה לצינור כובע בורג 2 מ"ל.כלול גם שליטה חיובית בשלב זה. השתמש בשני מ"ג של נייר מסנן Whatman למטרה זו. העבר לצינור כובע בורג של שני מ"ל.הוסף 1.5 מ"ל של ריאגנט Updegraff לכל תמצית קיר התא שקל. וורטקס ודגרת ב 100 מעלות צלזיוס בבלוק שחומם מראש במשך 30 דקות. לאחר 30 דקות דגירה, להעביר למדף.אפשר לו להתקרר על הספסל במשך 10 דקות. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד ל-10 דקות. להשליך את supernatant מבלי להפריע גלולה.מוסיפים מ"ל אחד של מים סטריליים. מערבולת. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד ל-10 דקות. השלך 500 מיקרוליטרים של העל-טבעי.הוסף מ"ל אחד של אצטון. מערבולת. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות. השלך ML אחד של העל-טבעי.הוסף מ"ל אחד של אצטון. מערבולת. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות. השלך את העל-טבעי לחלוטין.הוסף מ"ל אחד של אצטון. מערבולת. צנטריפוגה ב-15,000 סל"ד לחמש דקות. השלך את הסופרנט.יבש ב 37 מעלות צלזיוס לילה. לאחר דגירה של לילה אחד, העבר למדף. הוסף מ"ל אחד של 67% חומצה גופרתית. מערבולת.דגירה ב 25 מעלות צלזיוס במשך שעה אחת עם רעידות בו זמנית. לאחר דגירה של שעה, ודא את גלולה מומס לחלוטין. העבר למדף.זהו השלב האחרון של החילוץ תאית. עכשיו הדגימות מוכנות לדילול דגימה. לדילול הדגימה, השתמשו ב-10 מיקרוליטרים של כל דגימה מהשלב הקודם והוסיפו 490 מיקרוליטרים של מים סטריליים.חזור על זה לכל הדגימות הניסיוניות. להכנת עקומת הגלוקוז הסטנדרטית, הכינו מלאי טרי של מ"ג אחד לכל מ"ל גלוקוז והכינו אפס מיקרוגרם ל-200 ריכוזי מיקרוגרם על ידי הוספת מ"ג אחד לכל מ"ל גלוקוז במרווחים של 20 מיקרוליטר והגדלת הנפח הסופי ל-mL אחד עם מים סטריליים. יש ליטול 500 מיקרוליטר מכל תקן מוכן בצינור כובע בורג ולהוסיף 0.2% אנתרון מ"ל אחד.ועכשיו הדגימות מוכנות לבדיקת אנתרון. הוסף מ"ל אחד של אנתרון שהוכן טרי. מערבבים מיד על ידי מערבולת ומעבירים לקרח.חזור על הפעולה עבור כל הסטנדרטים והדגימות באותו אופן. לאחר מכן העבר לגוש צלזיוס שחומם מראש ל-100 מעלות למשך 10 דקות. לאחר 10 דקות דגירה, להעביר קרח דגירה במשך חמש דקות על הקרח.לאחר הדגירה, יש ליטול 200 מיקרוליטרים של כל דגימה בשלושה עותקים משוכפלים. חזור על הפעולה הן עבור תקנים והן עבור דוגמאות באותו אופן. וצלחת טעונה של 96 באר הועמסה לגלאי רב-מוד.באמצעות תוכנית Smart Max Pro, הגדרנו את הגדרת המסנן ל- 620 ננומטר. סוג לוח לסוג של 96 באר. בחר את כל אזור הקריאה.לחץ על אישור. קרא. קרא צלחת. אתה מקבל את קריאות הספיגה הן של תקנים והן של דוגמאות, שייאספו בגיליון Excel לצורך ניתוח נוסף והערכת תוכן תאית.עקומת תקן גלוקוז מוכנה באמצעות ריכוזי הגלוקוז במיקרוגרם ל-mL על ציר x וערכי הספיגה המנורמלים של הריכוז המתאים ב-620 ננומטר על ציר ה-y. אנחנו מקבלים את קו הרגרסיה עם ערכי m ו- c בגרף הפיזור התואם שאנו משתמשים בו כדי להעריך את תכולת התאית הגבישית לדוגמה. בשלב הראשון, אנחנו ממוצע ערכי OD ב 620 ננומטר.ואז נרמלנו את הנתונים על ידי חיסור הערך הריק. אנו מחשבים את ריכוז הסוכר באמצעות הנוסחה x שווה OD מינוס c/m שבו אנו מחברים c ו- m ערכים מהשלב הקודם של קו הרגרסיה בעקומה הסטנדרטית. מכיוון שהנפח הכולל ששימש לבדיקת אנתרון הוא 500 מיקרוליטרים, אנו מחלקים אותו בגורם דילול 2.מכיוון שנפח הדגימה שהיה בשימוש היה רק 10 מיקרוליטרים, נתחלק עוד יותר ב-10 כדי לקבל מיקרוגרם לריכוז מיקרוליטר של גלוקוז השווה לריכוז מ"ג ל-mL. ואז השתמשנו בגורם הלחות 1.11 שהוא רווח הלחות בתהליך. ולבסוף, אנו מחשבים את אחוז התוכן תאית גבישית על ידי חלוקת אותו עם משקל דופן התא, אשר קרוב לחמישה מ"ג, ולהתרבות על ידי 100 כדי לקבל את האחוז.ואז אנחנו ממוצע התוכן תאית גבישית של שלושה משכפלים ביולוגיים כדי לקבל את הערך עבור דגימות בודדות, אשר יושוו מול ממוצע קו ניסיוני אחר של שלושה משכפלים ביולוגיים. וניתן להשתמש במבחן t כדי לבחון את רמת המשמעות שלהם. כאן בטבלה A, אנו מציגים את ערכי הטבלה של הריכוז ואת OD בהתאמה ב 620 ננומטר, אשר שימש עוד יותר להתוות גרף פיזור וקו רגרסיה עם ערכי m ו- c ששימשו C להשגת הבדלי התוכן תאית בין שני קווי הניסוי.לסיכום, שתי הדגימות מראות הבדלים בתאית. תודה שצפית.

estimation-crystalline-cellulose-content-plant-biomass-using

Research

JoVE Journal

Environment

סביבה

ביומסה הצמח הוא משאב מרכזי פחמן ניטרלי מתחדשת שיכול לשמש לייצור דלק ביולוגי. ביומסה הצמח מורכב בעיקר קירות התא, חומר מרוכב מורכבות מבנית כינה lignocellulosics. כאן אנו מתארים פרוטוקול לניתוח מקיף של התוכן הרכב ליגנין polyphenolic.

ניתוח מקיף של ההלחנה קירות התא הצומח (ביומסה Lignocellulosic) חלק א: ליגנין

ביומסה הצמח הוא משאב מרכזי פחמן ניטרלי מתחדשת שיכול לשמש לייצור דלק ביולוגי. ביומסה הצמח מורכב בעיקר קירות התא, חומר מרוכב מורכבות מבנית כינה lignocellulosics. כאן אנו מתארים פרוטוקול לניתוח מקיף של התוכן והרכב של פחמימות קיר נגזר.

ניתוח מקיף של ההלחנה קירות התא הצומח (ביומסה Lignocellulosic) חלק II: פחמימות

הדרך המהירה מתואר להשיג תובנות מבנה סוכרים מטריקס תאיים. השיטה מנצלת את הייחודיות של glycosylhydrolases ואת הרגישות של ספקטרומטריית מסה המאפשר כמויות זעירות של חומרים כדי להיות מנותח. טכניקה זו ניתנת להתאמה כדי לשמש ישירות על הרקמה עצמה.

אוליגו פרופיל המוניים (OLIMP) של סוכרים תאית

טכניקת התערבות RNA פעמיים תקועה (dsRNAi) היא מועסק ללמטה להסדיר את אנזים cinnamoyl תירס רדוקטאז גן (ZmCCR1) לתוכן ליגנין צמח נמוך יותר. ליגנין למטה תקנה מקיר התא דמיינו ידי ניתוח מיקרוסקופי ולכמת בשיטת Klason. שינויי הלחנה בhemicellulose ותאיים גבישים מנותחים.

ליגנין Down-תקנה של<em&gt; Zea mays</em&gt; באמצעות dsRNAi וKlason ליגנין ניתוח

מבנה דופן התא של הצמח ותכונות הכימיה מוערכים כדי לזהות חומרי גלם אידיאליים לדלקים ביולוגיים וביו-חומרים. לשיטות סטנדרטיות יש מגבלות כאשר הן מיושמות על ערכות נתונים גדולות. שיטות טיפול מקדים בתפוקה גבוהה, סכריזציה של אנזימים וספקטרומטריית מסה של קרן פירוליזה-מולקולרית משוות מספר רב של דגימות ביומסה עם ירידה בזמן הניסוי ובעלות.

הקרנת תפוקה גבוהה של וריאציות סרבנות בlignocellulosic יומסה: סה&quot;כ ליגנין, מונומרים ליגנין, ואנזימתי שחרור סוכר

תאית גבישית היא מרכיב חשוב בדופן התא של הצמח. עם זאת, הכימות שלו ברזולוציה סלולרית הוא מאתגר מבחינה טכנית.  כאן, אנו מדווחים על שימוש בטכנולוגיית אור מקוטב וחתכי שורש כדי לקבל מידע על הרכב דופן התא ברזולוציה מרחבית-זמנית.

כימות רזולוציה גבוהות של הצטברות צלולוזת גבישים ב<em&gt; ארבידופסיס</em&gt; שורשי לפקח סלולארי רקמות ספציפיות קיר שינויים

פרוטוקול זה נועד להציג שיטה כללית לדמיין ליגנין, תאית, hemicellulose בקירות תא הצמח באמצעות הדמיה ראמאן ניתוח רב משתני.

שילוב ראמאן הדמיה ניתוח רב משתנים לדמיין ליגנין, תאית, ו Hemicellulose בקיר תא צמחים

כאן, אנו מציגים assay אמין וקל למדידת תוכן הגליקוגן בתאי cyanobacterial. ההליך כרוך משקעים, דה פולימריזציה לבחירה, ואיתור של שאריות גלוקוז. שיטה זו מתאימה הן wildtype והן זנים מהונדסים גנטית והוא יכול להקל על ההנדסה המטבולית של cyanobacteria.

קביעת תוכן הגליקוגן בקיאנובקטריה

OrganoCat היא שיטה לטיפול מראש ופירוק של ליגנוקולוז בתנאים קלים לתוך ליגנין, סוכרים מותססים, עיסת תאית. במערכת ממס ביוגנית, דו-פאזית של מים ו-2-מתיל-טרהידרופורן עם 2,5-furancarboxylic חומצה כזרז, מוצרי OrganoCat מופרדים במקום להתאוששות מוצר פשוטה.

שבר ביומסה ליגנוקולוסית באמצעות תהליך OrganoCat

טיפול מקדים מבוסס אוטקטי עמוק בסיוע מיקרוגל הוא תהליך ירוק, מהיר ויעיל לשברים ליגנוקלוסיים והתאוששות ליגנין בטוהר גבוה.

מיצוי ליגנין מהיר במיוחד משאריות ליגנוקלולוסיות ים תיכוניות יוצאות דופן

כאן, אנו מציגים שיטת TGA שונה להערכת תוכן ליגנין בביומסה צמחית עשבוני. שיטה זו מעריכה את תוכן ה-lignin על ידי יצירת קשרים תיותרים ספציפיים עם ליגנין ומציגה יתרון על פני שיטת קלסון, שכן היא דורשת מדגם קטן יחסית להערכת תוכן ליגנין.

הערכת תכולת ביומסה ליגנין צמחית באמצעות חומצה תיוגליקולית (TGA)

למדו את שיטת Updegraff להערכת תכולת תאית גבישית בביומסה צמחית. פרוטוקול זה כולל חמישה שלבים: הכנת חומר צמחי, חילוץ דופן תא גולמי, טיפול בחומצות לסילוק המיצלולוז והליגנין, הידרוליזה חומצית ושימוש במבחן anthrone לכימות הסוכר.

הערכת תכולת תאית גבישית של ביומסה צמחית בשיטת Updegraff

גלה סרטונים נוספים