זיהוי אוטומטי של ענפים דנדריטיים והתמצאותם

SOA הוא כלי אוטומטי בעל ממשק ידידותי למשתמש, לזיהוי, פילוח, ומיצוי של מידע מורפולוגי חשוב מתמונות של רשתות קו 2D מורכבות. תהליך העבודה הוא פשוט ואינטואיטיבי והנתונים מתקבלים באופן מיידי וקל. יתר על כן, מכיוון ש- SOA ניתן להתאמה וגמיש, ניתן להרחיב את יכולת הניתוח שלו עבור יישומים אחרים.

SOA יכול לשמש לניתוח של סוגים אחרים של רשתות 2D, כגון רשתות של תאים שאינם עצביים, מבנים מורכבים שנוצרו על ידי cytoskeleton, ורשתות לא ביולוגיות, כמו צינורות. פתח את דף האינטרנט, מצא את SOA. תסגור את התיקיה, והורד את קובץ ה- zip על-ידי לחיצה כפולה.

בטל את הניצוי של התיקיה על-ידי לחיצה באמצעות לחצן העכבר הימני ובחירה של קבצי חילוץ. שים לב לנתיב החילוץ בחלון האפשרויות שנפתח בתיבת הטקסט של כתובת היעד המציגה את הנתיב עבור הקבצים שחולצו. לאחר מכן, פתח את קובץ SOA שחולץ ולחץ פעמיים על .EXE SOA.

המתן לפתיחת חלון שחור ולאחר מכן יופיע היישום. בשורת התפריטים של מציג SOA, בחר קובץ ולאחר מכן בחר תמונה מקבצי המחשב ולחץ עליה. לחץ על פתח, התבונן בנתיב הקובץ ולאחר מכן לחץ על הבא.

למיטוב פילוח בקצוות, התאם את הסף לתצוגה על-ידי בחירת סף והזנת מספר. בשורות מיזוג, התאם את המרחק המינימלי למיזוג עבור התצוגה על-ידי בחירת מרחק הדקות למיזוג והזנת מספר, ואת הזווית המינימלית למיזוג עבור התצוגה על-ידי בחירת זווית הכרה למיזוג והזנת מספר. לאחר מכן, לחץ על צור תמונת פילוח תצוגה מקדימה ושנה את הפרמטרים כדי להשיג זיהוי מרבי של מקטעים.

אם יש צורך לשנות מאפיינים, לחץ על לחצן חלון הסגירה והתחשב מחדש את הסף במרחק ובזווית המינימליים למיזוג. ליצירת קבצי הפלט, לחצו על 'בסדר' כדי להציג באופן חזותי את תמונות הפילוח בגרפים המנתחים. בחלון שמופיע, בחר מיקום שבו יישמר קובץ xlsx.

הוסף שם קובץ ולאחר מכן בחר שמור והמתן לקובץ xlsx עם נתונים שייווצר וישמור. כדי לנווט הלוך ושוב בין תצוגות שהוגדרו קודם לכן, השתמש בלחצנים קדימה ואחורה. הפעל גלילה רציפה ושינוי גודל תצוגה על-ידי לחיצה על לחצן זום ולאחר מכן הזז את העכבר למיקום הרצוי.

לאחר מכן, פתור את האיור על-ידי לחיצה והחזקה של לחצן העכבר השמאלי תוך כדי גרירתו למיקום חדש. שחרר את לחצן העכבר והנקודה שנבחרה בתמונה תופיע במיקום החדש. החזק את מקשי X או Y ל לדחיית תנועת הצירים.

כדי להגדיל את התצוגה, החזק את לחצן העכבר הימני לחוץ וגרור אותו למיקום חדש. זוז ימינה כדי להגדיל את ציר ה-x ולנוע שמאלה כדי להקטין את התצוגה בציר ה-x. עשה את אותו הדבר עבור ציר ה- y בתנועות למעלה ולמטה.

בעת התקרבות, שים לב שהנקודה מתחת לעכבר נשארת נייחת, מה שמאפשר הגדלה או הקטנה של נקודה זו. השתמש במקשי הצירוף, X, Y או Control, כדי להגביל את גודל התצוגה ליחס X, Y או רוחב-גובה בהתאמה. כדי להפעיל את גודל התצוגה למצב מלבן, לחץ על לחצן מרחק מתצוגה למלבן.

מקם את הסמן מעל התמונה ולחץ על לחצן העכבר השמאלי. גרור את העכבר למיקום חדש בעת החזקת הלחצן כדי להגדיר אזור מלבני. השתמש בכלי קביעת התצורה של עלילת המשנה כדי לקבוע את תצורת המראה של עלילת המשנה.

כדי לפתוח תיבת דו-שיח לשמירת קובץ, לחץ על לחצן השמירה ושמור את הקובץ בתבניות המתאימות. זרימת עבודה טיפוסית של SOA מוחלת על תמונה 2D מייצגת של רשת דנדריטית המסומנת בנוגדן אנטי-MAP2 פלואורסצנטי. ה- GUI של SOA מאפשר השוואה של התמונה המקורית לתמונה המפולחת ומספק ניטור בזמן אמת של ההשפעה של כל שינוי בהגדרות הפילוח.

הענפים הדנדריטיים מסווגים כמקבילים ולא מקבילים. לאחר השלמת הניתוח, מספר הענפים המקבילים בטווח הנבדק מופק ומתוות בגרף תדרים. כדי להבין אם היקף הצמיחה המקבילה בין הענפים הדנדריטיים הוא אקראי או מכוון, התוצאות של גרף זה משווות לאלה המופקות מסימולציה של צמיחה אקראית של קווים באותו מספר כמו אלה של הענפים הדנדריטיים בתרבויות.

לאחר מכן, ה- SOA מודד את המרחקים בין הענפים המקבילים, כמו גם את אורכי הענפים ההקבלתיים והלא מקבילים ואורכיהם הממוצעים. כדי לקבוע אם קיימים כיווני צמיחה מועדפים, SOA מציג היסטוגרמה של התפלגות זוויות הצמיחה של הענפים הדנדריטיים, ומאפשר זיהוי מהיר של כיווני צמיחה מועדפים וענפים דנדריטיים ספציפיים בכל קבוצה. פלט SOA יכול לשמש כמסד נתונים עבור כלי המבצע ניתוחים מעמיקים ומורכבים יותר.