Name: כימות ההשפעה הפוטנציאלית של מוצרים מבוססי גלייפוסט על מיקרוביום (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-01-10T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 42 s
Description: חקור את השיטה הביואינפורמטית לכימות ההשפעה של גלייפוסט על מיקרוביומים בצמחים ובחיות. מתודולוגיה זו מספקת מסגרת חזקה לניסויים עתידיים ולזיהוי דיסביוזיס מיקרוביאלי.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו מומנה על ידי האקדמיה של פינלנד (מענק מס '311077 למרג'ו הלנדר).

ניגודי עניינים: אין.

פרוטוקול זה מספק הדרכה כללית כיצד לכמת את ההשפעה של GBP על מיקרוביום בהתבסס על ניתוח של חלבון EPSPS. לפרוטוקול יש שלושה שלבים קריטיים עיקריים: (i) כימות של חלבון EPSPS מנתוני מיקרוביום. שלב זה הוא קריטי מכיוון ש-EPSPS הוא אנזים המטרה הישיר של קוטל העשבים. לפיכך, מינים שיש להם עותק של הגן EPSPS עשויים להיות מושפעים מהשימוש בליש"ט. עם זאת, אפילו מינים שאין להם עותק של הגן EPSPS עשויים להיות מושפעים מקוטל העשבים באמצעות מנגנונים חלופיים שאינם מטרה43,44. (ii) אם הניתוח של הגן EPSPS אינו נכלל בתכנון המחקר, ניתן לקבל הערכה טובה על ידי ניתוח 16S rRNA (חיידקים) או ITS (פטריות). במקרה זה, חיוני להסתמך על טבלת ייחוס מקיפה (לדוגמה, מסד הנתונים ATGC מספק רצפים של חלבון EPSPS מכמה מינים קרובים). (iii) חלבון ה-EPSPS מחולק לרגיש או עמיד בפני גלייפוסט, בהתאם לשאריות מסוימות של חומצות אמינו של האתר הפעיל של ה-EPSPS. עם זאת, מוטציות המשפיעות על חומצת אמינו אחת עשויות לשנות סיווג זה45 ומעברים בין המעמדות עשויים להתרחש בפרק זמן קצר יחסית14.
את הרגישות הפוטנציאלית של אורגניזמים לגלייפוסט ניתן לקבוע על ידי גנומים של ייחוס, סמני חומצות אמינו ויישור רצפים. (i) גנומים של ייחוס: ניתן לסווג את האנזים EPSPS כרגיש פוטנציאלית (סוג I [אלפא או בטא]46,47) או עמיד (דרגות II 48,49, III50 ו- IV51) לגלייפוסט בהתבסס על נוכחותם של סמנים ומוטיבים של חומצות אמינו (במקרה של מחלקה III). סמנים ומוטיבים אלה של חומצות אמינו מבוססים על מיקומם של שאריות חומצות אמינו בחלבון EPSPS של Vibrio cholerae (vcEPSPS, מחלקה I), Coxiella burnetii (cbEPSPS, מחלקה II), Brevundimonas vesicularis (bvEPSPS, class III) ו-Streptomyces davawensis (sdEPSPS, מחלקה IV). (ii) סמני חומצות אמינו: גלייפוסט מתקשר עם האנזים EPSPS ומתחרה בפוספונולפירובט (PEP, הסובסטרט השני של אנזים EPSPS)52,53. במינים מסוימים, שינויים קטנים בחומצות אמינו ברצף EPSPS מספקים זיקה גבוהה יותר ל-PEP ועמידות בפני גלייפוסט 12,14,52,54,55. ברצפים אחרים, גלייפוסט קושר את רצף EPSPS בקונפורמציה לא מעכבת 45. למרות שתוארו רצפים עמידים רבים של 12,14,48,49,52,54,55 וסובלניים ל-56,57 EPSP לגלייפוסט, מערכת הסיווג הנוכחית של ה-EPSPS מחולקת לארבע מחלקות עיקריות (I-IV)12 (טבלה 5) ). (iii) יישור רצפים: על מנת לסווג אנזים EPSPS, ביצענו יישורים זוגיים, עם פרמטרים מרובים של תוכנית יישור רצף כברירת מחדל35-, של רצף השאילתה כנגד כל אחד מרצפי הייחוס (vcEPSPS, cbEPSPS, bvEPSPS ו- sdEPSPS). יישורים אלה נחוצים כדי לזהות את מיקומם של סמני חומצות האמינו ברצף השאילתה. כתוצאה מכך, אנזים מסווג כמתוארב-12 דרגות I, II ו/או IV בהתבסס על נוכחותם של סמני חומצות אמינו וסמני מוטיבים מבוססי דרגה III.
הפרוטוקול מבוסס על ארבעה סוגים ידועים של EPSPS: סוג אחד רגיש, שלושת האחרים עמידים). עם זאת, כ-10% מרצפי ה-EPSPS בפרוקריוטים עדיין אינם מסווגים (16% בארכיאה ו-8% בחיידקים)12. לפיכך, מחקר נוסף צריך לנתח את הרצפים האלה כדי לקבוע את הרגישות לגלייפוסט. שרת EPSPSClass מספק אפשרות לבדיקת סמנים גנטיים חדשים. הזיהוי של מחלקות ידועות של EPSPS הוא פשוט, כפי שמוצג בסעיף 4.4. ואיור 5. יתר על כן, באותם מקרים שבהם משתמשים רוצים להשוות בין חלבוני השאילתה וההתייחסות שלהם, השרת מספק אפשרות לכלול באופן ידני רצף ייחוס וקבוצה של סמני חומצות אמינו (איור 11). ניתן להשתמש באפשרות זו כדי לזהות סוגים חדשים של EPSPS, כמו גם כדי לבדוק קוטלי עשבים אחרים ורצפי מטרה.
הניתוח של מחלקת EPSPS נקבע על ידי ניתוח רצף ונוכחות /היעדר סמנים של חומצות אמינו. זוהי הערכה ראשונית שיכולה לשמש לבדיקת השערות בתחום. סמני חומצות אמינו נקבעו בספרות על סמך מחקרים אמפיריים ותצפיתיים 46,47,48,49,50,51. עם זאת, רצפי חלבוני ייחוס לקביעת מחלקת EPSPS נבדקו רק במספר מוגבל של מינים, ולעתים הם עלולים שלא להסביר את העמידות לגלייפוסט. ההשפעה של מוטציות מפצות, ותחומים הקשורים ל-EPSPS (בעיקר בפטריות) עשויה גם היא להשפיע על הרגישות לגלייפוסט58. הניתוח של מאמר זה מבוסס על ארבע מחלקות EPSPS. סקר שנערך בקרב חיידקים במיקרוביום של המעיים האנושיים הראה שכ-30% מהם לא היו מסווגים (כלומר, חלבוני EPSPS ממינים אלה אינם שייכים לאף אחד מהסוגים הידועים), ויש צורך במחקרים נוספים כדי לזהות סוגים אחרים של EPSPS. כמו כן, יש לשים לב כי רצף החלבון EPSPS בחיידקים ובצמחים הוא יונידומאין, בעוד שחלבוני EPSPS פטרייתיים מכילים מספר תחומים59. לפיכך, קיפול חלבון בפטריות עשוי להוביל לתגובה שונה של אנזים EPSPS לגלייפוסט. יתר על כן, מנגנוני התנגדות נוספים שאינם מטרה (למשל, משאבות efflux וביטוי יתר של הגן EPSPS 13) או רגישות לגלייפוסט (למשל, השפעת גלייפוסט על שרשרת ההובלה המיטוכונדרית12) אינם נלקחים בחשבון.
אף על פי ש-GBPs קיימים כקוטל עשבים מאז 1974 ונמצאים בשימוש נרחב מאז 1991, זוהי השיטה הביואינפורמטית הראשונה שקובעת את הרגישות הפוטנציאלית של אורגניזמים לגלייפוסט. השיטה מבוססת על זיהוי שאריות חומצות אמינו ידועות ברצף המטרה. לפיכך, השיטה שלנו מספקת הערכה בסיסית של ההשפעה הפוטנציאלית של גלייפוסט על המין. בעתיד הקרוב, שיטות ביואינפורמטיקה חדשניות צריכות לכלול סוגים נוספים של חלבון EPSPS כדי לקבוע את הרגישות הפוטנציאלית לגלייפוסט של רצפים לא מסווגים 12,54,55. בנוסף, בהתחשב בכך שההתנהגות המדויקת של האנזים EPSPS עשויה להשתנות בהתאם לשינויים בחומצת אמינו בודדת 12,14,52,52,54,55, בהמשך בניסויי סיליקו יש לקחת בחשבון שינויים קטנים בקיפול חלבון EPSPS, כמו גם את ההשפעה של התחומים הקשורים ל- EPSPS על מבנה החלבון בפטריות 58 . יתר על כן, הוכח כי סובלנות לגלייפוסט עשויה להיות מיוצרת על ידי ביטוי יתר של חלבון EPSPS56,57; לפיכך, ניתן להשתמש בניתוחי ביואינפורמטיקה המבוססים על ההנמקה של השימוש בקודון60 כדי לזהות רצפי EPSPS חדשים שממקסמים או ממזערים את ביטוי הגנים.
חקלאים, פוליטיקאים ומקבלי החלטות זקוקים בדחיפות להבנה מעמיקה של הסיכונים הכרוכים בשימוש הכבד בחומרי הדברה. לפיכך, הן כלים ביואינפורמטיים החושפים את הרגישות הפוטנציאלית של אורגניזמים לחומרי הדברה והן מחקרים ניסיוניים משוכפלים היטב, אקראיים ומציאותיים בשדה שנערכו בסביבות שונות הם נחוצים. השיטה הביואינפורמטית המוצגת, שנועדה לבחון את רגישותם של אורגניזמים לגלייפוסט, ניתנת לווסת עבור חומרי הדברה אחרים. באופן דומה, ניתן ליישם את שיטות האקולוגיה הניסויית כדי לחקור כל שאלה אקולוגית קשורה. יחד, ניתן להשתמש בשיטות כדי להדגים נפגעים בין תצפיות שדה, נתונים גנומיים ושימוש בחומרי הדברה. כל השיטות המוצגות אינן יסולא בפז בהערכת סיכונים. שיטות ביואינפורמטיות יכולות לשמש, למשל, לניטור התאמות מיקרוביאליות לאגרוכימיקלים ולספק שיטה כמותית לבדיקת הסיכונים הפוטנציאליים האחרים הקשורים, כגון עלייה בעמידות של פתוגנים לאגרוכימיקלים, השפעות שליליות על חיידקים המשמשים כחומרי הדברה ביולוגית בניהול מזיקים משולב (IPM), ועמידות לאנטיביוטיקה בחיידקים.

השימוש הכבד בחומרי הדברה בחקלאות המודרנית הוא ללא ספק תורם מרכזי לירידה במגוון הביולוגי1. מאמר זה מתמקד בגלייפוסט מכיוון שמוצרים מבוססי גלייפוסט (GBPs) הפכו לחומרי ההדברה הנפוצים ביותר בעולם בשל יעילותם ומחירם הזול 2,3. בנוסף להרג עשבים שוטים בשדות חקלאיים, GBPs משמשים בדרך כלל בסילוויקולטורה, סביבות עירוניות וגינות ביתיות; בנוסף, הם הוכרזו כלא רעילים לאורגניזמים שאינם ממוקדי מטרה אם נעשה בהם שימוש בהתאם להוראות היצרן. עם זאת, מספר גדל והולך של מחקרים אחרונים גילו כי שאריות של גלייפוסט ותוצרי הפירוק שלו עשויות להישמר ולהובל בקרקעות, ובכך להיות בעלות השפעות מדורגות על אורגניזמים שאינם מטרה 4,5,6,7,8 . ההשפעות של גלייפוסט אינן מוגבלות רק לצמחים - מסלול השיקימט קיים גם בפטריות ובפרוקריוטים רבים. גלייפוסט מכוון לאנזים 5-enolpyruvylshikimate-3-פוספט סינתאז (EPSPS) במסלול שיקימט, הידוע גם בשם aroA9. אנזים זה נמצא במרכז מסלול השיקימט בסינתזה של שלוש חומצות האמינו הארומטיות החיוניות (פנילאלנין, טירוזין וטריפטופן), והוא נמצא ברוב הפרוקריוטים, הצמחים והפטריות10,11. כמה מינים מיקרוביאליים פיתחו עמידות חלקית או מוחלטת לגלייפוסט באמצעות מספר מנגנונים, כולל מוטציות ברצפי EPSPS. לפיכך, הוצע כי לשימוש ב-GBPs עשויה להיות השפעה ישירה על המיקרוביום של צמחים ובעלי חיים, כולל המיקרוביום של המעי האנושי 12,13,14. עם זאת, לשימוש בליש"ט עלולה להיות השפעה שלילית על כמעט כל פונקציה ושירות של המערכת האקולוגית המסתמכים על מיקרובים ותהליכים מקלים על מיקרובים. האיומים הנובעים מכך עשויים לעסוק בתהליכי קרקע ביוכימיים, בביולוגיה של האבקה וברווחת בעלי חיים ובני אדם. זה דורש הבנה מקיפה יותר של האופן שבו גלייפוסט משפיע על מסלולים ושיטות של שיקימטים להערכת הרגישות של מיקרובים לגלייפוסט.
בפרוטוקול זה אנו מציגים צינור לבדיקת ההשפעה של גלייפוסט וליש"ט על המיקרוביום, מניסויי שדה ועד ניתוחי ביואינפורמטיקה. אנו מתארים בפירוט שיטת ביואינפורמטיקה שפורסמה לאחרונה, שניתן להשתמש בה כדי לקבוע את הרגישות הפוטנציאלית של אורגניזמים לגלייפוסט12. למיטב ידיעת החוקרים, זהו הכלי הראשון ועד כה, היחיד בביואינפורמטיקה המעריך את הרגישות הפנימית של האנזים EPSPS למרכיב הפעיל של GBPs. שיטת ביואינפורמטיקה זו מבוססת על זיהוי סמני חומצות אמינו ידועים באנזים המטרה גלייפוסט (EPSPS)12. הצינור מחולק לחמישה שלבי עבודה עיקריים (איור 1): 1) מבוא קצר לשני ניסויי שדה כדי לבחון את ההשפעה של GBPs, 2) סיכום קצר של ניתוחי מיקרוביום (גן 16S rRNA, ITS ו-EPSPS ), 3) איסוף רצפי EPSPS ממאגרים ציבוריים, 4) קביעת הרגישות הפוטנציאלית של אורגניזמים לגלייפוסט, ו-5) הערכת מחלקת EPSPS מסמנים מיקרוביאליים אוניברסליים (16S rRNA ו-ITS).

<table><tbody><tr><td>מכשיר ביו-אנלייזר 2100</td><td>Agilent</td><td>G2939B</td><td>לבדיקת הריכוז והאיכות של מוצרי PCR</td></tr><tr><td>תערובת dNTP (10 מ"מ כל אחד)</td> <td>ThermoFisher Scientific</td><td>R0192</td><td>לתגובות PCR</td></tr><tr><td>ערכת GoTaq G2 DNA פולימראז</td><td>Promega</td><td>M7848</td><td>מאגר PCR ו-DNA פולימראז להגברת PCR</td></tr> ערכת <tr><td>מיני מפעל ספין Invisorb</td><td>INVITEK 1037100300 מולקולרית</td><td></td><td>מיצוי DNA גנומי מרקמות צמחים</td></tr><tr><td>Ion Chip Minifuge</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4479672</td><td>לריצוף ממוקד של מוצרי PCR מיקרוביאליים</td></tr><tr><td>Ion PGM System</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4462921</td><td>לריצוף ממוקד של מוצרי PCR מיקרוביאליים</td></tr><tr><td>Ion PGM Torrent Server</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4483643</td><td>לריצוף ממוקד של מוצרי PCR מיקרוביאליים</td></tr><tr><td>Pippinprep</td><td>SageScience</td><td>PIP0001</td><td>לפיצול גודל של אמפליקונים PCR</td></tr><tr><td>מיכל לחץ</td><td>Berthoud</td><td>102140</td><td>לריסוס מוצרים מבוססי גליפוסט בשטח</td></tr><tr><td>פריימרים</td><td>Sigma Aldrich</td><td>בהתאמה אישית</td><td>להגברת PCR</td></tr><tr><td>טילר סיבובי</td><td>Grillo</td><td>984511</td><td>לעיבוד האדמה בחלקות ניסוי</td></tr><tr><td>S1000 ThermalCycler</td><td>BIO-RAD</td><td>1852196</td><td>להגברת PCR</td></tr></tbody></table>

כימות ההשפעה הפוטנציאלית של מוצרים מבוססי גלייפוסט על מיקרוביום

Quantification of the Potential Impact of Glyphosate-Based Products on Microbiomes

מוצרים מבוססי גלייפוסט (GBP) הם קוטלי העשבים הנפוצים ביותר בספקטרום רחב ברחבי העולם. המטרה של גלייפוסט היא האנזים 5-enolpyruvylshikimate-3-פוספט סינתאז (EPSPS) במסלול שיקימט, שהוא כמעט אוניברסלי בצמחים. עיכוב האנזים עוצר את הייצור של שלוש חומצות אמינו חיוניות: פנילאלנין, טירוזין וטריפטופן. EPSPS קיים גם בפטריות ובפרוקריוטים, כגון ארכיאה וחיידקים; לפיכך, השימוש בליש"ט עשוי להשפיע על הרכב המיקרוביום של קרקעות, צמחים, אוכלי עשב וצרכנים משניים. מאמר זה נועד להציג קווים מנחים כלליים להערכת ההשפעה של GBP על מיקרוביום מניסויי שדה ועד ניתוחי ביואינפורמטיקה ולספק כמה השערות הניתנות לבדיקה. שני ניסויי שדה מוצגים כדי לבחון את הליש"ט על אורגניזמים שאינם מטרה. ראשית, מיקרובים הקשורים לצמחים מ-10 חלקות בקרה וליש"ט משוכפלות המדימות חיתוך ללא עיבוד נדגמים ומנותחים. בניסוי השני התקבלו דגימות ממחלקות ניסיוניות שהופרו על ידי זבל עופות המכיל שאריות גלייפוסט או זבל בקרה שלא טופל. ניתוח ביואינפורמטיקה של רצפי חלבוני EPSPS מנוצל כדי לקבוע את הרגישות הפוטנציאלית של מיקרובים לגלייפוסט. הצעד הראשון בהערכת ההשפעה של ליש"ט על המיקרוביום הוא לקבוע את הרגישות הפוטנציאלית שלהם לאנזים המטרה (EPSPS). רצפים מיקרוביאליים ניתן לקבל ממאגרים ציבוריים או באמצעות הגברת PCR. עם זאת, ברוב מחקרי השדה, הרכב המיקרוביום נקבע על סמך סמני דנ"א אוניברסליים כגון rRNA 16S והספייסר המתומלל הפנימי (ITS). במקרים אלה, ניתן להעריך את הרגישות לגלייפוסט רק באמצעות ניתוח הסתברותי של רצפי EPSPS באמצעות מינים קרובים. הכימות של הרגישות הפוטנציאלית של אורגניזמים לגלייפוסט, בהתבסס על האנזים EPSPS, מספק גישה איתנה לניסויים נוספים לחקר מנגנוני מטרה ומנגנונים שאינם עמידים למטרה.

מטרת פרוטוקול זה היא לספק צינור כללי, מניסויי שדה ועד ניתוחי ביואינפורמטיקה, המכמת את הרגישות הפוטנציאלית של אורגניזמים לקוטלי העשבים גלייפוסט. בניסוי 2 ריכוז הגלייפוסט הממוצע במזון השליו היה 164 מ"ג/ק"ג והריכוז הממוצע של גלייפוסט בדגימות ההפרשה (שתן וחומר צואה גם יחד) היה 199 מ"ג/ק"ג. מצעים שנאספו משליו שניזונו ממזון מזוהם בליש"ט היו בממוצע 158 מ"ג/ק"ג ומצעי בקרה שגודלם 0.17 מ"ג/ק"ג גלייפוסט (טבלה 3). בניסויי השדה, מיני צמחים הגיבו באופן שונה לשאריות גלייפוסט בקרקעות (סעיף 1). ביומסה של אונס שיבולת שועל ולפת הייתה גדולה יותר בקרקעות בקרה בהשוואה לקרקעות שטופלו בליש"ט. עם זאת, נראה כי פולי פאבה ותפוחי אדמה נהנו מטיפול בליש"ט בסוף עונת הגידול15. גלייפוסט בזבל עופות הפחית את צמיחת הצמחים בעשב (Festuca pratensis) ובתות שדה (Fragaria x vescana) (סעיף 1). ניתוחי המיקרוביוטה מניסויי השדה טרם נותחו במלואם ואינם מוצגים כאן (סעיף 2). התוצאות של פרוטוקול זה, כאשר הן נקראות באופן ישיר (כפי שמוצג בסעיפים 3 ו-4) או בעקיפין (סעיף 5), מספקות מדד לשיעור של אורגניזמים רגישים ועמידים פוטנציאליים לגלייפוסט במערך נתונים (איור 9). השימוש בשיטה זו נבדק עם אוסף של רצפי חלבוני EPSPS ממינים מיקרוביאליים של מיקרוביום הליבה של המעי האנושי שהתקבלו ממאגרים ציבוריים12. במחקר נותחו 890 זנים מ-101 מיני החיידקים הנפוצים ביותר בשיטת EPSPSClass כדי לכמת את שיעור החיידקים הרגישים והעמידות ביותר. התוצאות הראו כי 54% מהמינים במיקרוביום הליבה של המעיים האנושיים רגישים פוטנציאלית לגלייפוסט12. מגמה זו נצפתה גם ברוב העולם הפרוקריוטי; בנוסף, אצל אאוקריוטים (בעיקר צמחים ופטריות), שיעור המינים הרגישים הפוטנציאליים גבוה עוד יותרמ-12. יתר על כן, השתמשנו בשיטה זו כדי לכמת שינויים ברגישות בחלבון EPSPS ברמה מיקרו-אבולוציונית (איור 10)14. זיהינו שינויים במצב הרגישות ב-12 מתוך 32 קבוצות קרובות של פרוקריוטים שנותחו (טבלה 4)14. לפיכך, השימוש המתמשך ב-GBPs עלול לייצר דיסביוזה מיקרוביאלית (כלומר, חוסר איזון של מיני חיידקים רגישים ועמידים) במיקרוביום של צמחים, בעלי חיים וקרקע. יתר על כן, הועלתה ההשערה כי עלייה בחיידקים עמידים לגלייפוסט עשויה לקדם מיקרוביום עמיד למולטי-דרוג 14,41,42. לפיכך, פרוטוקול זה שופך אור על הפרשנות של כל התרחישים הללו, שכן שיטת סיווג EPSPS מספקת הערכה ישירה של הרגישות הפנימית של המיקרוביום לגלייפוסט. בשל הרגישות הפנימית של חלבון EPSPS לגלייפוסט נשמרת באופן פילוגנטי14, ניתן לבצע אקסטרפולציה של התוצאות ממערכי נתונים קיימים למיקרוביום לא ידוע (איור 8).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig01.jpg"> איור 1: צינור כללי זהו צינור כללי לניתוח רגישות לליש"ט מניסויי שדה ועד ניתוח ביואינפורמטיקה. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig01large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig02.jpg"> איור 2: ניסוי שדה 1 כדי לבחון את ההשפעות של שאריות ליש"ט על מיקרובים הקשורים לצמחי יבול. שדה הניסוי מורכב מ-10 חלקות בקרה מתחלפות ומחלקות טיפול של 10 ליש"ט (23 מ' x 1.5 מ') עם רצועות חיץ באורך 1.5 מ' בין החלקות. פעמיים בשנה מאז 2014, חלקות הליש"ט טופלו בליש"ט מסחריות (ריכוז גלייפוסט 450 גרם L-1, קצב יישום 6.4 ליטר ha-1 ב-5 ליטר של מי ברז לכל חלקה) ובחלקות הבקרה עם אותה כמות של מי ברז ללא גלייפוסט. הטיפולים יושמו באמצעות מיכל לחץ המופעל ביד באמצעות מכסה מנוע פלסטיק בקצה הממטרות כדי להגן על GBPs מפני התפשטות מחוץ לחלקות הטיפול. לאחר תקופת בטיחות של שבועיים בעקבות יישום הליש"ט, נזרעו שיבולת שועל (Avena sativa), שעועית פאבה (Vicia faba) ואונס לפת (Brassica rapa subsp. oleifera), ותפוחי אדמה (Solanum tuberosum) נשתלו בחלקות. דגימות מיקרוביוטה מצמחי היבול, העלים והשורשים שנחקרו, נאספו מספר פעמים מאז תחילת הניסוי בשנת 2014. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig02large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig03.jpg"> איור 3: ניסוי שדה 2 בדק את ההשלכות של שאריות ליש"ט בדשן זבל עבור שני גידולים רב-שנתיים והמיקרוביוטה הקשורה אליהם. מצעים שנאספו מניסוי של 12 חודשים בכלובים עם שליו יפניים שניזונו מהדברה או מזון מזוהם בליש"ט שימשו כדשן זבל בניסוי שדה. שדה הניסוי כלל 18 חלקות בקרה ו-18 ליש"ט (1 מ' x 1 מ') המסודרות ברשת של 6 X 6 על 6 לוח שחמט. המצעים היו מפוזרים על שדה הניסוי פעמיים, באוגוסט 2018 ובמאי 2019 (25 L / מגרש). חלקות הבקרה הופרו עם מצעים שנאספו משליו שהוזנו בהזנת בקרה וחלקות ליש"ט עם מצעים משליו שהוזנו במזון מזוהם ליש"ט. שאריות גלייפוסט במצעי בקרה היו 0.17 מ"ג/ק"ג גלייפוסט ובמצעי ליש"ט הכמות הייתה 158 מ"ג/ק"ג גלייפוסט. שני אנדופיטים-סימביוטיים (E+), שניים ללא אנדופיטים (E-) Festuca pratensis, ושני ווקנה של Fragaria x נשתלו לכל חלקה בספטמבר 2018, כחודש לאחר התפשטות המצעים הראשונים. מדידות של ביצועי הצמח וכושרו, כמו גם דגימה של מיקרוביוטה הקשורה לשורש ועלים, נערכו במהלך שתי עונות גידול רצופות (2019 ו-2020). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig03large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig04.jpg"> איור 4: ניתוח של הטקסה המיקרוביאלית באמצעות גן 16S rRNA/אזור ITS ורגישות של מיקרוביום לגלייפוסט באמצעות הגן EPSPS . (A) ניתוח של רצפי 16S rRNA או ITS לזיהוי טקסה מיקרוביאלית. (B) ניתוח רצפי EPSPS כדי לזהות רגישות של חיידקים לגלייפוסט (GS-גלייפוסט רגיש/GR-גלייפוסט עמיד) <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig04large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig05.jpg"> איור 5: אלגוריתם לזיהוי המחלקה של רצפי חלבוני EPSPS. הקלט הוא רצף חלבונים EPSPS בפורמט FASTA. האלגוריתם מבצע השוואות עם סמנים ידועים של חומצות אמינו ברצפי חלבוני ייחוס הקובעים את הרגישות הפוטנציאלית לגלייפוסט. האלגוריתם יושם בשרת האינטרנט הנגיש באופן חופשי EPSPSClass29. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig05large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig06.jpg"> איור 6: כניסות ויציאות בסיסיות של שרת האינטרנט EPSPSClass. (A) קלט: רצף חלבון EPSPS בפורמט FASTA. (B) פלט 1 - זהות: שבר של סמני חומצות אמינו הנמצאים ברצפי השאילתות (מחלקות I-IV) ובמוטיבים (Class III). (C) פלט 2 - זהות: יישורים של השאילתה ורצפי ההפניה. (D) פלט 3 - יישור זוגי של רצפי השאילתה וההפניות. (E) רצפי EPSPS ייחוס: Vibrio cholerae (vcEPSPS, מחלקה I), Coxiella burnetii (cbEPSPS, מחלקה II), Brevundimonas vesicularis (bvEPSPS, מחלקה III), Streptomyces davawensis (sdEPSPS, מחלקה IV). (ו) קישורים לביצוע חיפושי פיצוץ נוספים וזיהוי של דומיינים שמורים <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig06large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig07.jpg"> איור 7: גישה לערכות נתונים מחושבות מראש של רצפי EPSPS. עקוב אחר האינדיקציות באיור כדי לגשת לערכת הנתונים המחושבת מראש של רצפי EPSPS. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig07large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig08.jpg"> איור 8: דוגמה לאופן שבו ניתן להעריך את הרגישות הפוטנציאלית בפרויקטים של מיקרוביום ללא רצפי EPSPS. הדוגמה משתמשת בערכים ממסד הנתונים של צבירים גנומיים הדוקים הניתנים ליישור30, המכיל רצפים ממינים פרוקריוטים. מינים היפותטיים מפרויקט מיקרוביום הם סטפילוקוקוס אאורוס, קורינביבקטריום דיפתריה, קמפילובקטר ג'ג'וני, כלמידיה פסיטאצ'י וסולפולובוס איילנדיקוס. ציון הרגישות לגלייפוסט מחושב כ Number_Sensitive_Sequences/Total_Number_Of_Sequences. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig08large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig09.jpg"> איור 9: סכמת הפרשנות של התוצאות מפרוטוקול זה ומתרחישים אבולוציוניים היפותטיים. נקודות שחורות מציינות מינים מיקרוביאליים שאינם מסווגים; לפיכך, רגישותם לגלייפוסט אינה ידועה. בחלק מהמיקרוביום, שיעור החיידקים הרגישים מעט גבוה יותר, כמו במיקרוביום של המעייםהאנושיים 12. (B) לאורך זמן, השימוש בגלייפוסט עלול להוביל לדיסביוזה מיקרוביאלית (כלומר, חוסר איזון בשיעור החיידקים הרגישים והעמידות) ולהוביל לתרחישים היפותטיים שונים. (C) מקרה היפותטי 1 (ללא סלקציה): השימוש בגלייפוסט אינו משפיע על המיקרוביום; לפיכך, חלקם של חיידקים רגישים ועמידים נשאר קבוע. (D) מקרה היפותטי 2: השימוש בגלייפוסט מסיר מהאוכלוסייה חיידקים הרגישים לגלייפוסט. אנו משערים כי תרחיש זה עשוי להיות תלוי מינון. (E) מקרה היפותטי 3: לחץ בחירה משימוש בגלייפוסט משפר מוטציות בגן EPSPS שמשנות את מצב הרגישות של חיידקים. לפיכך, כל האוכלוסייה המיקרוביאלית הופכת עמידה בפני גלייפוסט. יתר על כן, בתרחיש זה, ייתכן שתהיה עלייה בחיידקים עמידים למולטי-דרוגים. (F) מקרה היפותטי 4: השימוש בגלייפוסט משנה את הרכבם של מיני חיידקים מסוימים, ומייצר חוסר איזון כלפי חיידקים עמידים, בעוד שכמה מיני חיידקים נותרים ללא שינוי, אולי בשל מנגנונים עמידים נוספים כגון משאבות efflux או על ידי ביטוי יתר של הגן EPSPS 13. תרחיש זה עשוי גם להוביל לעלייה בחיידקים עמידים לגלייפוסט, כמו גם לעלייה בעמידות החיידקים לאנטיביוטיקה נוספת. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig09large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig10v2.jpg"> איור 10: התפלגות הרגישות החזויה לגלייפוסט על פני עץ המין. תרשימי עוגה מציינים את שיעור המינים הרגישים (ירוק) או עמידים (אדומים) לגלייפוסט, ולא מסווגים (שחורים). נתון זה הותאם באישור Rainio et al.14. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig10largev2.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 11" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63109/63109fig10.jpg"> איור 11: כניסות ויציאות של שרת האינטרנט EPSPSClass כדי לבדוק את רצף ההפניות של המשתמש עצמו. (ב) קלט 2: רצף ייחוס. (C) קלט 3: סמני חומצות אמינו ברצפי הייחוס. (D) פלט: זהות: שבר של סמני חומצות אמינו ברצפי השאילתות (מחלקה I-IV ורצפי הייחוס של המשתמש עצמו). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/63109fig10large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
טבלה 1: רשימת פריימרים להגברת PCR של גן 16S rRNA ואזור ITS בניתוח מיקרוביום <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%201-63109R2.xlsx" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להוריד טבלה זו.</a>
טבלה 2: קודים של האנזים 5-enolpyruvylshikimate-3-פוספט סינתאז (EPSPS) במסדי נתונים שונים <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%202_63109R2.xlsx" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להוריד טבלה זו.</a>
טבלה 3: ריכוז גלייפוסט ממוצע <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%203-63109R2.xlsx" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להוריד טבלה זו.</a>
טבלה 4: טבלה מסכמת של אחוז המינים הרגישים/עמידים לגלייפוסט. טבלה זו הותאמה באישור Rainio et al.14. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%204-63109R2.xlsx" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להוריד טבלה זו.</a>
טבלה 5: מיקומי סמני חומצות האמינו ברצפי הייחוס אנא <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63109/Table%205-63109R2.xlsx" target="_blank">לחץ כאן כדי להוריד טבלה זו.</a>

מוצרים מבוססי גלייפוסט (GBP) הם קוטלי העשבים הנפוצים ביותר בספקטרום רחב ברחבי העולם. במאמר זה אנו מציגים קווים מנחים כלליים לכימות ההשפעה של GBP על מיקרוביום, מניסויי שדה ועד ניתוחי ביואינפורמטיקה.

Glyphosate-based products (GBP) are the most common broad-spectrum herbicides worldwide. The target of glyphosate is the enzyme ...

כאן, אנו מספקים זרימת עבודה הכוללת את שיטת הביואינפורמטיקה הטובה ביותר לביצוע הניסויים כדי להעריך את ההשפעה של גלייפוסט על מיקרוביום. היתרון העיקרי הוא שהוא מספק השערה חזקה הניתנת לבדיקה לניסויי שדה ומעבדה עתידיים. ניתן ליישם את המתודולוגיה המתוארת במגוון מערכות, כולל צמחים, בעלי חיים ומיקרובים.כל חלק של המתודולוגיה הוא די פשוט. אולי החלק המאתגר ביותר הוא לשלב צוות רב תחומי המסוגל לבצע חלקים שונים של העבודה. מי שידגים את ההליך יהיה סוני מתיו, חוקר מהמעבדה שלי.כדי להתחיל את הניסוי הראשון על ידי חלוקת שדה הניסוי ל -10 שכפולים של שליטה וטיפול GBP עם רצועות חיץ של צמחייה בין החלקות. טפלו בחלקות הבקרה במי ברז ובחלקות ליש"ט עם ליש"ט מסחריות כדי לחקות את מינון הגלייפוסט המרבי המותר בשיטות חקלאיות. דגימת המיקרוביוטה מצמחי ניסוי.לאסוף 10 שכפולים של דגימות הצמח מהשדה, מיד להניח אותם על קרח ולהביא אותם למעבדה לעיבוד נוסף. לניסוי השני, אספו מצעים, כולל שבבי עץ, צואה וחלק מהמזון שנשפך משליו שניזון ממזון מזוהם ב-GBP או מזין מבוקר בניסוי של 12 חודשים בכלובים. שלח את דגימות המצעים למעבדה מוסמכת למדידות ריכוז הגלייפוסט מיד לאחר התפשטותו.לשתול עשב רב שנתי וצמחי תות בכל חלקת אדמה כדי לחקור את המיקרוביוטה של השורש והעלים שלהם. זהה והסר את המיקרובים האנדופיטיים על ידי שטיפה ועיקור של דגימות הצמחים. לאחר עיקור הדגימות, יש לחלץ דנ"א גנומי באמצעות ערכת מיצוי דנ"א צמחית זמינה מסחרית בהתאם לפרוטוקול היצרן.באמצעות גישה מקוננת, הגבר את האזורים המשתנים V6 עד V8 של הגן 16S rRNA ועשה תערובת מאסטר PCR עבור מספר הדגימות הנדרש כמתואר בכתב היד של הטקסט. עבור הסיבוב הראשון של PCR, השתמש בפריימרים 799 קדימה ו- 1492 לאחור. הגדר את פרופיל ההגברה בתרמוצילר למשך 35 מחזורים.כדי לאמת את ההגברה, בצע אלקטרופורזה באמצעות חמישה מיקרוליטרים של מוצר מוגבר ולאחר מכן דילל את 25 המיקרוליטרים הנותרים של מוצר ה- PCR במים אולטרה-אפורים אוטוקלאבים ביחס של אחד ל -10. באמצעות הפריימרים האוניברסליים 1062 קדימה ו-1390 לאחור, ערכו את הסיבוב השני של ההגברה עם 25 מחזורים. דיללו את מוצרי ה-PCR המתקבלים במים אולטרה-פורים אוטוקלאבים ביחס שווה.בצע את הסיבוב השלישי של הגברה עם שמונה מחזורים כדי לתייג את המוצרים עם הברקודים ורצף המתאמים P1. אמתו את הריכוז באיכות של מוצרי PCR על ביואנליזר ואגדו את הנפחים המרכיבים 30 ננוגרם של דנ"א של כל דגימה בצינור 1.5 מיליליטר כדי להכין ספריית שוויון. בחר את האמפליקונים בגודל 350 עד 550 זוגות בסיסים לפי פיצול גודל באמצעות מערכת אוטומטית לבחירת גודל DNA על קלטת ג'ל אגרוז.אספו את ה-elute המכיל את האמפליקונים בגודל שצוין לתוך בקבוקון בקלטת והתוצאה היא ספריית גנים מטוהרת של 16S rRNA. מעבירים את האלואנט שנאסף לתוך צינור 1.5 מיליליטר ומוודאים את הטוהר והריכוז בביואנליזר. דיללו את ספריית הדנ"א באמצעות מים אולטרה-פוריים אוטו-חלביים לריכוז סופי של 26 פיקומולארים.כדי להגביר את אזור ITS, לאחר הגדרת התגובה עם פריימרים של ITS, הגדר את פרופיל ההגברה על התרמוציקלר. לאחר מכן לנתח חמישה מיקרוליטרים של המוצר המוגבר על 1.5% ג'ל אגרוז ולדלל את 25 המיקרוליטרים הנותרים של המוצר ביחס של אחד עד 10 באמצעות מים אולטרה-אפורים אוטוקלבים. צור תערובת מאסטר PCR עבור מספר הדגימות הנדרש עם פריימרים קדמיים המתויגים בברקוד ופריימרים הפוכים המתויגים על-ידי מתאם P1.באמצעות מוצר ה-PCR המדולל כתבנית, בצעו את הסבב השני של ההגברה. בדומה להכנת הספרייה לגן 16S rRNA, הכינו את הספרייה לאזור ITS המטוהר. ליזום את ניתוחי הביואינפורמטיקה של רצף החלבון EPSPS.הערך את הרגישות הפוטנציאלית של רצף השאילתה לגלייפוסט מהשרת בתנאי פלטים שבהם הפלט מציג את החלק של סמני חומצות האמינו הקיימים ברצפי השאילתה ואת מספר המוטיבים. פלט שניים מציג יישורים של השאילתה ורצפי ההפניה המבוססים על שאריות סמן. פלט שלוש מציג יישורים זוגיים מלאים של רצפי השאילתה וההפניות.פלט 4 מראה רצפי ייחוס EPSPS של ויבריו כולרה, Coxiella burnetii, Brevundimonas vesicularis, ו- Streptomyces davawensis. בסוף דף הפלט, מצא קישורים לכלים חיצוניים כגון BLASTp ותחומים שמורים כדי לנתח עוד יותר את רצף EPSPS של השאילתה. לאחר זיהוי רצפי EPSPS מהמאגרים הציבוריים, גש לערכות נתונים אלה מהדף הראשי של שרת מחלקת EPSPS המכיל מידע טקסונומי וממחלקת EPSPS של מעל 50, 000 רצפים.שקלו את הביומסה מעל פני הקרקע של הצמחים בסוף עונת השדה כדי להשוות את צמיחת הצמחים בליש"ט ולשלוט בחלקות. בגיליון אלקטרוני, מיפו את ה-OTUs החיידקיים עבור ניסויי מיקרוביום לתוך מערכי נתונים מחושבים מראש. ועל סמך ציון הסתברותי, חשב את הרגישות הפנימית לגלייפוסט.שיטה זו שימשה לכימות שינויים ברגישות בחלבון EPSPS ברמה מיקרו-אבולוציונית. זיהינו שינויים במצב הרגישות ב-12 מתוך 32 קבוצות קרובות של פרוקריוטים שנותחו. לפיכך, השימוש הרציף במוצרים מבוססי גלייפוסט עשוי לייצר דיסביוזה מיקרוביאלית במיקרוביום של צמחים, בעלי חיים וקרקע.ודא את האיכות של הליכים לפני ואחרי PCR כדי להשיג ספריות אמפלייקון אופטימליות. כמו כן, ודא שרצף החלבון EPSPS אינו חלקי לפני השימוש בתוכנה. בניסויי שדה, הקפידו למנוע זיהום של בקרות עם גלייפוסט.

quantification-potential-impact-glyphosate-based-products-on

Research

JoVE Journal

Environment

סביבה

קונסורציומים חיידקים בתוך bumble דבורים כוורות להעשיר ולשמר אבקה של דבורה הזחלים. באמצעות רצף הדור הבא, יחד עם המעבדה, המבוסס על שדה ניסויים, כתב יד זה מתאר פרוטוקולים המשמשים כדי לבדוק את ההשערה כי שאריות פטריות לשנות את microbiome אבקה, ודמוגרפיה המושבה, המוביל בסופו של דבר אל המושבה הפסד.

אמפירית, Metagenomic, שיטות חישוביות להאיר את מנגנוני הבריאות דבורה איזה פשרה קוטלי פטריות

חפירה של שורשי צמחים מן השדה, כמו גם עיבוד של דגימות לתוך endosphere, rhizosphere ואדמה מתוארים בפירוט, כולל הפקת דנ א ושיטות ניתוח הנתונים. נייר זה נועד לאפשר מעבדות אחרות שימוש בטכניקות אלה לצורך המחקר של קרקע, endosphere, rhizosphere microbiomes.

בידוד וניתוח של הקהילות מיקרוביאלית בקרקע, Rhizosphere ושורשים בניסויים עשב רב שנתי

כאן אנו מספקים נתונים היסטוריים פרוטוקולים עבור המינהל אנטיביוטיקה דרך הפה עכברים, איסוף דגימות צואה, הפקת דנ א, כימות של צואה חיידקים על ידי qPCR.

פולימראז כמותי המבוסס על תגובת שרשרת ניתוחים של מאתר Microbiota מעיים לאחר טיפול אנטיביוטי דרך הפה

פרוטוקול זה מתאר את מערכת התסיסה התרבותית של תרבות האצווה האנושית של מיקרוביוטה בצואה, באמצעות אינולין (באופן מוכר, ואחד מהמיקרוביוטה הנפוצים ביותר) כדי להדגים את השימוש במערכת זו בהערכת השפעות ספציפיות התערבויות על הרכב microbiota צואה ופעילויות מטבולית.

באצווה מחוץ לגופית-מודל תרבות להעריך את ההשפעות של משטרי התערבותית על האדם מיקרוביוטה בצואה

הפרשת ההפרשה של שורשים היא בדרך כלל אסטרטגיית ניקוי רעלים חיצונית לצמחים בתנאי עקה. פרוטוקול זה מתאר כיצד להעריך את ההשפעה של קסנוביוטיקה על אספסת באמצעות ניתוח מטבולי לא ממוקד.

אוסף של שורש אלפלפה מפריש כדי לחקור את ההשפעה של di(2-ethylhexyl) פתלאט על ייצור מטבוליטים

Caenorhabditis elegans הוא מודל רב-עוצמה לבחינת הדטרמיננטים המולקולריים המניעים אינטראקציות בין המארח למיקרוביום. אנו מציגים צינור בתפוקה גבוהה המתאר את רמות ההתיישבות של מיקרוביום המעי בבעלי חיים בודדים יחד עם היבטים מרכזיים של הפיזיולוגיה של C. elegans.

יישום של ורמימטריית זרימה לכימות וניתוח של מיקרוביום המעי Caenorhabditis elegans

מוצג כאן פרוטוקול לקביעת בליעה, טרנסלוקציה והפצה של אימידקלופריד בחיטה בתנאים הידרופוניים באמצעות ספקטרומטריית מסות כרומטוגרפיה-טנדם נוזלית (LC-MS-MS). התוצאות הראו כי אימידקלופריד יכול להיספג על ידי חיטה, ואימידקלופריד זוהה הן בשורשי החיטה והן בעלים.

קביעת קליטה, טרנסלוקציה והפצה של אימידקלופריד בחיטה

הפרוטוקול הנוכחי מתאר שיטה פשוטה ויעילה לזיהוי מטבוליטים של 2,4-דיברומופנול בצמחים.

הבהרת חילוף החומרים של 2,4-דיברומופנול בצמחים

הפרוטוקול מתאר שיטה חדשה להערכת ציטוטוקסיות אינטגרלית של מטבוליטים של חומרי הדברה טריאזולים בצמחים.

הערכת ציטוטוקסיות של מטבוליטים של חומרי הדברה טריאזולים טיפוסיים בצמחים

כדי למדוד את שיעורי פוטנציאל של פעילות אנזים תאית קרקע, מצעים סינטטיים המאוגדים צבע פלואורסצנטי מתווספים דגימות קרקע. פעילות אנזים נמדדה כצבע פלואורסצנטי משתחרר מהמצע על ידי תגובה-זרז אנזים, שבו הקרינה גבוהה יותר מצביעה יותר השפלה מצע.

תפוקה גבוהה fluorometric מדידה של קרקע פוטנציאלית פעילויות אנזים תאיות

חקור את השיטה הביואינפורמטית לכימות ההשפעה של גלייפוסט על מיקרוביומים בצמחים ובחיות. מתודולוגיה זו מספקת מסגרת חזקה לניסויים עתידיים ולזיהוי דיסביוזיס מיקרוביאלי.

כימות ההשפעה הפוטנציאלית של מוצרים מבוססי גלייפוסט על מיקרוביום

גלה סרטונים נוספים