Name: שימוש בספקטרומטר ניידות יונים מחזורי לניסויי ניידות יון דו-מושבית (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-01-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 40 s
Description: למד כיצד לבצע ניסויי ניידות יון דו-מושבית לזיהוי איזומרים בביומולקולות באמצעות ספקטרומטר ניידות יונים מחזורי. השיטה מאפשרת סיווג גליקנים לקבוצות מבניות ומספקת מידע קשה להשגה בספקטרומטריית מסה בלבד.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

S.O. מודה לסוכנות המחקר הלאומית הצרפתית על מימון הדוקטורט שלו (הענק ANR-18-CE29-0006).

למחברים אין ניגוד אינטרסים לחשוף.

ה- SELECT SERIES Cyclic IMS הוא כלי רב עוצמה המאפשר בחירת אוכלוסיית יונים מוגדרת - של ניידות m/z ויונים נתונה - ללא צורך בהפרדה כרומטוגרפית במעלה הזרם. המכשיר מאפשר ליצור מפת פיצול דו-שנתית של אוכלוסיית יונים זו, שממנה ניתן לחלץ הן MS / MS והן ספקטרום IMS / IMS / IMS. עם זאת, המשתמש חייב לציין מספר נקודות קריטיות הדורשות תשומת לב במהלך התהליך הניסיוני.
ראשית, המשתמש צריך לבדוק בזהירות את חלון הבידוד של טרשת נפוצה לנוכחות של מזהמים איזובריים אפשריים. אכן, חלון הבידוד של מרובע הוא רחב י...

האפיון הכימי המלא של ביומולקולות הוא המפתח להבנת התכונות הביולוגיות והתפקודיות הבסיסיות שלהם. לשם כך, מדעים "omics" התפתחו בשנים האחרונות, במטרה לאפיין בקנה מידה גדול של מבנים כימיים בריכוזים ביולוגיים. בפרוטאומיקה ובמטבולומיקה, טרשת נפוצה הפכה לכלי ליבה כדי לפענח את ההטרוגניות המבנית שנמצאת במדיה הביולוגית - במיוחד הודות לרגישותה וליכולתה לספק מידע מבני באמצעות MS דו-מושבי (MS/MS). באסטרטגיות MS/MS, יון נבחר על פי המסה שלו, לאחר מכן מקוטע, ולבסוף, המסות של שבריו נרכשים כדי ליצור טביעת אצבע של המולקולה. ספקטרום MS/MS יכול לשמש, בפרט, כדי להתאים מסדי נתונים ספקטרליים 1,2, או לשחזר באופן זמני את מבני האב3,4. תחת ההנחה כי ספקטרום דומה שייך לתרכובות דומות, נתוני MS / MS יכולים לשמש גם לבניית רשתות מולקולריות (MNs) המחברות מינים קשורים באמצעות ציון דמיון 5,6.
עם זאת, בגלל המאפיין הטבוע של טרשת נפוצה כדי לזהות את יחס המסה למטען (m/z) של יונים, הטכניקה עיוורת למספר תכונות מבניות הנופלות בטווח של איזומריזם (סטריאו).. לדוגמה, פחמימות עשויות מכמה תתי-יחידות חד-יחידות חד-צדדיות, שרבות מהן סטריאואיזומרים או אפילו אפימרים (למשל, Glc לעומת Gal או Glc vs. Man). יחידות משנה אלה מקושרות על ידי קשרים גליקוסידיים, אשר יכולים להיות שונים על ידי המיקום של ההצמדה (regioisomerism) ואת התצורה הסטרית של הפחמן האנומרי (אנומריזם). מאפיינים אלה מקשים על טרשת נפוצה עצמאית להבחין בין איזומרים פחמימות7, ורק regioisomerism ניתן לטפל באמצעות שיטות הפעלה אנרגיה גבוהה8,9,10. למרות נגזרות היא אפשרות לשבש את השתוות של קבוצות סטריאוטיאוסומריות11, זה דורש הכנה מדגם נרחבת. אפשרות נוספת, פשוטה יותר, היא לשייך טרשת נפוצה עם ממד אנליטי הרגיש לאיזומריזם, כגון IMS.
מכיוון שפרוטוקול זה מיועד למשתמשים שכבר מכירים את המושגים הבסיסיים של IMS, ומכיוון שביקורות מפורטות זמינות במקומות אחרים12,13, רק סקירה קצרה של עקרונות IMS ניתנת כאן. IMS היא שיטת הפרדה של שלב הגז המסתמכת על אינטראקציה של יונים עם גז חוצץ ושדה חשמלי, ובסופו של דבר מפרידה יונים על פי הקונפורמציות של שלב הגז שלהם. עקרונות שונים של IMS בשילוב טרשת נפוצה ניתן למצוא על מכשירים מסחריים: חלקם פועלים בשדות חשמליים גבוהים ונמוכים לסירוגין (IMS אסימטריים שדה, FAIMS), בעוד שרובם פועלים בתוך מגבלת השדה הנמוך - בעיקר IMS צינור להיסחף (DTIMS, שדה חשמלי יורד באופן ליניארי), IMS גל נסיעה (TWIMS, גלים פוטנציאליים סימטריים) ו- IMS לכודים (TIMS, זרימה גבוהה של יונים לוכדים גז חוצץ נגד שדות חשמליים)13 . שיטות השדה הנמוך מאפשרות גישה למה שמכונה CCS, מאפיין של זוג היונים-גז המייצג את פני השטח (ב- Å2 או nm2) של היון המקיים אינטראקציה עם גז המאגר במהלך ההפרדה. CCS הוא תיאורטית בלתי תלוי במכשיר ולכן הוא שימושי כדי ליצור נתונים שניתן לשחזר בין מעבדות שונות14. הפרדות ניידות יונים יכולות להיות מושפעות מפרמטרים שונים, ובמיוחד מתנודות של לחץ הגז וטמפרטורת הגז בתא הניידות. כיול CCS הוא דרך לתקן זאת, שכן הן הכיול והן מינים של עניין יושפעו באופן דומה13. עם זאת, חובה להתקין את המכשיר בחדר מבוקר טמפרטורה ויש לו מערכת בקרת לחץ גז אמינה.
התפתחות מעניינת של IMS היא IMS / IMS, שהוצגה לראשונה בשנת 2006 על ידי הקבוצה של קלמר כאנלוגית של MS / MS15,16. ב- IMS / IMS, יון של עניין מבודד באופן סלקטיבי בהתבסס על ניידות היונים שלו; לאחר מכן הוא מופעל (עד לפיצול אפשרי), ומבוצע ניתוח IMS חדש של היון או הקטעים המופעלים. בעיצוב האינסטרומנטלי הראשון, שני תאי IMS הוכנסו לסדרה, מופרדים על ידי משפך יונים שבו עמדה ההפעלה. מאז, למרות שהוצעו מספר הגדרות IMS/IMS (לסקירה, ראו אלדריד ותלסינו17), ספקטרומטר המסה המסחרי הראשון עם יכולת IMS/IMS הפך לזמין רק בשנת 201918. מכשיר זה שיפר באופן משמעותי את הרעיון הראשוני על ידי שילובו עם פריצת דרך טכנולוגית נוספת: עיצוב מחזורי של תא IMS.
תא ה- IMS המחזורי מאפשר תיאורטית להגדיל כמעט לאין שיעור את אורך נתיב הסחף, ובכך את כוח הפענוח של המכשיר19. זה הושג באמצעות גיאומטריה מכשיר מסוים, שבו תא TWIMS מחזורי ממוקם אורתוגנלית לציר האופטי היונים הראשי. אזור מערך רב-תכליתי בכניסה לתא IMS מאפשר שליטה בכיוון נתיב היון: (i) שליחת יונים לצדדים להפרדת IMS, (ii) קדימה לזיהוי MS, או (iii) אחורה מתא ה- IMS לאחסון בתא סידור מראש. מתא אחסון זה מראש, ניתן להפעיל את היונים ואת הקטעים שהוכנסו מחדש בתא IMS למדידת ניידות יונים, גישה ששימשה בהצלחה לאפיון stereoisomers20. בסופו של דבר, הנתונים שנאספו מכילים ניידות יונים ומידע m/z עבור המבשר ורסיסיו.
בפרסום שפורסם לאחרונה שהשתמש בעיצוב מחזורי זה לניתוחי גליקנים (Ollivier et al.21), הראינו כי פרופיל הניידות של השברים הכלולים בנתוני IMS / IMS כאלה פועל כטביעת אצבע של ביומולקולה שניתן להשתמש בה באסטרטגיית רשת מולקולרית. הרשת שנוצרה, הנקראת IM-MN, הובילה לארגון ערכות נתונים של גליקומוניקה באופן רלוונטי מבחינה מבנית, ואילו הרשת שנבנתה אך ורק מנתוני MS/MS (MS-MN) חשפה מידע מועט. כדי להשלים פרסום זה ולסייע למשתמשי IMS מחזוריים ליישם זרימת עבודה זו, פרוטוקול זה מספק תיאור מלא של הפרוטוקול המשמש לאיסוף הנתונים. פרוטוקול זה מתמקד רק ביצירת נתוני IMS/IMS שבהם משתמשים יכולים להשתמש כדי לבנות רשתות IM-MN (ראה21) - או עבור כל יישום אחר לפי בחירתם. בניית IM-MN לא תיחשב כאן, שכן פרוטוקולים עבור רשת מולקולרית כבר זמינים22. הנקודות המכריעות שיש לעקוב אחריהן כדי ליצור רכישות IMS/IMS יקרות ערך הניתנות לשחזור מודגשות. לוקח את הדוגמה של אחד oligosaccharides נחקר על ידי אוליבייה ואח '. 21, השלבים הבאים מפורטים: (i) הכנת מדגם, (ii) כוונון של מכשיר IMS מחזורי, (iii) איסוף שיא אוטומטי של הנתונים, ו - (iv) כיול CCS.

<table><tbody><tr><td>תערובת 33-&alpha;-L- plus 23-&alpha;-L-Arabinofuranosyl-xylotetraose (XA3XX/XA2XX)</td><td>תערובת Megazyme Ltd., Wicklow, אירלנד</td><td>O-XAXXMIX</td><td>XA2XX + תערובת XA3XX 33</td></tr><tr><td>-&alpha;-L-Arabinofuranosyl-xylotetraose (XA3XX)</td><td>Megazyme Ltd., Wicklow, Ireland</td><td>O-XA3XX</td><td>Pure XA3XX standard</td></tr><tr><td>צינורות נעילה בטוחה של אפנדורף, 1.5 מ"ל, איכות אפנדורף, חסרת צבע, 1,000 צינורות</td><td>אפנדורף, המבורג, גרמניה</td><td>0030120086</td><td>משמש להכנת תמיסת מלאי הפחמימות ודילול</td></tr><tr><td>FALCON 50 מ"ל צינור חרוטי פוליפרופילן 30 x 115 מ"מ</td><td>Corning Science M&eacute; xico S.A. de C.V., Reynosa, Tamaulipas, מקסיקו</td><td>352070</td><td>משמש להכנת תמיסת המלאי המימית של 100 מ"מ LiCl</td></tr><tr><td>ליתיום כלוריד (מגיב ACS, &ge; 99%)</td><td>Sigma-Aldrich Inc., Saint Quentin Fallavier, France</td><td>310468</td><td>משמש לסמם את הדגימה עם</td></tr><tr><td>ערכת כיול ליתיום Major Mix IMS/Tof</td><td>Waters Corp., Wilmslow, UK</td><td>186008113</td><td>פתרון כיול עבור MS ו-IMS</td></tr><tr><td>MassLynx 4.2 SCN1016 מהדורה 6 (פלטפורמת מנתח משובץ של ווטרס עבור IMS 2.9.1 מהדורה מחזורית 9)</td><td>Waters Corp., Wilmslow, UK 721022377</td><td></td><td>תוכנת ספק IMS מחזורית לבקרת מכשירים ועיבוד נתונים</td></tr><tr><td>מתנול עבור HPLC PLUS ריאגנטים בדרגת שיפוע</td><td>Carlo-Erba, Val de Reuil, France</td><td>412383</td><td>ממס בטוהר גבוה</td></tr><tr><td>MS Leucine Enkephaline Kit</td><td>Waters Corp., Wilmslow, UK</td><td>700002456</td><td>תרכובת ייחוס המשמשת לכוונון ספקטרומטר המסה</td></tr><tr><td>SCHOTT DURAN 100 מ"ל בקבוק זכוכית בורוסיליקט</td><td>VWR INTERNATIONAL, רדנור, פנסילבניהארה"ב</td><td>218012458</td><td>משמש להכנת הפתרון של 500 ומיקרו;, M LiCl ב-50:50 MeOH/Water</td></tr><tr><td>SELECT SERIES Cyclic IMS</td><td>Waters Corp., Wilmslow, בריטניה</td><td></td><td>ספקטרומטר מסה ניידות יונים 186009432 מצויד בתא IMS גלילי</td></tr><tr><td>אתר אינטרנט: http://mzmine.github.io/</td> <td>MZmine Development</td> <td>Team-Link</td> <td>להורדת תוכנת MZmine</td></tr><tr><td>אתר: https://github.com/siollivier/IM-MN</td><td>INRAE, UR BIA, BIBS Facility, נאנט, צרפת</td><td>-</td><td>קישור לסקריפט R פנימי המכיל פונקציית כיול CCS</td></tr></tbody></table>

שימוש בספקטרומטר ניידות יונים מחזורי לניסויי ניידות יון דו-מושבית

Using a Cyclic Ion Mobility Spectrometer for Tandem Ion Mobility Experiments

אפיון מדויק של מבנים כימיים חשוב להבין את המנגנונים הביולוגיים הבסיסיים שלהם ואת המאפיינים התפקודיים שלהם. ספקטרומטריית מסה (MS) היא כלי פופולרי אך לא תמיד מספיקה כדי לחשוף לחלוטין את כל התכונות המבניות. לדוגמה, למרות פחמימות רלוונטיות מבחינה ביולוגית, האפיון שלהם מסובך על ידי רמות רבות של איזומריזם. ספקטרומטריית ניידות יונים (IMS) היא השלמה מעניינת מכיוון שהיא רגישה לקונפורציות יונים, ולכן לאיזומריזם. 
יתר על כן, ההתקדמות האחרונה שיפרה באופן משמעותי את הטכניקה: הדור האחרון של מכשירי IMS מחזוריים מציע יכולות נוספות בהשוואה למכשירי IMS ליניאריים, כגון כוח פתרון מוגבר או האפשרות לבצע ניסויים בניידות יונים דו-מושבית (IMS/IMS). במהלך IMS/IMS, יון נבחר בהתבסס על ניידות היונים שלו, מקוטע וניתוח מחדש כדי לקבל מידע על ניידות יונים על שבריו. עבודה שנערכה לאחרונה הראתה כי פרופילי הניידות של הקטעים הכלולים בנתוני IMS/IMS כאלה יכולים לשמש כטביעת אצבע של גליקן מסוים וניתן להשתמש בהם באסטרטגיית רשת מולקולרית כדי לארגן ערכות נתונים של גליקומוניקה באופן רלוונטי מבחינה מבנית. 
מטרת פרוטוקול זה היא אפוא לתאר כיצד ליצור נתוני IMS/IMS, מהכנה מדגמית לכיול חתך הרוחב הסופי של התנגשות (CCS) של ממד ניידות היונים המניב ספקטרום ניתן לשחזור. אם ניקח את הדוגמה של גליקאן נציג אחד, פרוטוקול זה יראה כיצד לבנות רצף בקרה של IMS /IMS במכשיר IMS מחזורי, כיצד להסביר את רצף הבקרה הזה כדי לתרגם את זמן ההגעה של IMS לזמן הסחף (כלומר, זמן ההפרדה האפקטיבי החל על היונים), וכיצד לחלץ את פרטי הניידות הרלוונטיים מהנתונים הגולמיים. פרוטוקול זה נועד להסביר בבירור את הנקודות הקריטיות של ניסוי IMS/IMS ובכך לסייע למשתמשי IMS מחזוריים חדשים לבצע רכישות פשוטות וניתנות לשחזור.

פנטסכריד arabinoxylan, XA2XX, נבחר כדוגמה כדי להמחיש פרוטוקול זה. תרכובת זו זמינה מסחרית, אך רק כתערובת עם פנטסכריד ערבינוקסילן אחר, XA3XX (XA3XXX טהור זמין גם מסחרית). המבנים של XA2XX ו- XA3XX ניתנים באיור S1 משלים. כמו היחס של XA2XXX ו XA3XXX בתערובת המסחרית הוא ~ 50:50, פתרון ב 20 מיקרוגרם / מ"ל של התערובת היה מוכן להגיע לריכוז XA2XX של ~ 10 מיקרוגרם / מ"ל ב 50:50 MeOH / H2O + 500 μM LiCl.
<p class="...

ספקטרומטריית ניידות יונים (IMS) היא השלמה מעניינת לספקטרומטריית מסה לאפיון ביומולקולות, בעיקר משום שהיא רגישה לאיזומריזם. פרוטוקול זה מתאר ניסוי IMS (IMS/IMS) דו-מושבי, המאפשר בידוד של מולקולה ויצירת פרופילי הניידות של שבריה.

Accurate characterization of chemical structures is important to understand their underlying biological mechanisms and functional properties. Mass ...

הפרוטוקול מתאר כיצד להקליט פרופיל ניידות יונים עבור השברים המיוצרים עם הפעלת מולקולה בספקטרומטר המסה, ולהבדיל בין מבנים איסומריים. הפרוטוקול מאפשר לסווג את הגליקנים ל -11 קבוצות לגבי כמה מהמאפיינים המבניים העיקריים שלהם, ובכך לספק מידע שאחרת קשה להשיג. זה יכול לשמש לבניית רשתות מולקולריות שהן גנריות ביותר ומותאמות למשפחות מולקולריות רבות, כגון מטבוליטים או תרופות מעניינות בתחומי מחקר רבים.הגישה מפיקה את המרב ממושג חדש בספקטרומטריית ניידות היונים, ותהיה שימושית כאשר ספקטרומטריית המסה לבדה לא תצליח להפלות בין שני מבנים. הניסוי דורש שליטה טובה בספקטרומטריית מסה וניידות יונים. עם זאת, הנסיין צריך להיות מוצלח ביישום השיטה אם אחד עוקב בזהירות כל אחד מהשלבים.מי שידגים את ההליך יהיה סיימון אוליבייה, דוקטורנט מהמעבדה שלי. כדי להתחיל, הגדר רצף IMS של מעבר יחיד מהדף כוונון, מקם את הכלי במצב ניידות ופתח את החלון בקרת רצף מחזורי. בחר מצב מתקדם מהכרטיסיה פונקציות מחזוריות של חלון חדש זה, בחר הוסף חבילה ולאחר מכן יחיד/מרובה מעברים.המתן עד שרצף של אירועי ניידות יופיע בכרטיסיה רצף של אותו חלון. התאם את הרצף כך שכל היונים הקליברנטיים יבצעו מעבר יחיד סביב מסלול המרוצים המחזורי של IMS. עם זאת, אל תשנה את זמן ההזרקה או את זמן ההוצאה והרכישה, הפחת את הזמן הנפרד לאלפית השנייה.אם יונים מסוימים של תערובת הכיול אינם מתאימים בחלון זמן ההגעה המוצג, שנה את הסינכרון של ה- IMS עם דוחף מנתח TOF התאוצה האורתוגונלית על-ידי הגדלת מספר הדחיפות לסל בכרטיסיה הגדרות ADC. כדי להקליט רכישה של שתי דקות בחלון בקרת רצף מחזורי, לחץ על רכישה כדי לפתוח את החלון המוקפץ הגדרות רכישה, הזן את שם הקובץ, תיאור ואורך הרכישה, דקות ולחץ על שמור. העבר את הכלי למצב TOF מהדף כוונון MS כדי לבדוק את יציבות האות.הקלט רכישת טרשת נפוצה מלאה של המדגם למשך דקה אחת, אשר יהיה שימושי כדי לבדוק את התבנית האיזוטופית ואת נוכחותם של מזהמים פוטנציאליים. מקם את הכלי במצב MSMS מהכרטיסיה פרופיל Quad/MS של דף הכוונון הראשי. בחר את המסה של הברזל הממוקד בשדה המסה של MSMS לבידוד ברביעייה.רשום רכישה של דקה אחת כדי לבדוק את בידוד המבשר בעת עיבוד הנתונים. כדי לבצע בחירה מבוססת ניידות של איזומר העניין, העבר את המכשיר למצב ניידות בחלון בקרת רצף מחזורי, מהכרטיסיה פונקציות מחזוריות, בחר הוסף חבילה ולאחר מכן חתך. המתן להופעת רצף מורכב של אירועי ניידות בכרטיסיה רצף.מקם את האירוע 'הוצא ורכוש' מיד לאחר האירוע הנפרד הראשון ולאחר מכן לחץ על הפעל. חפש את תוצאות ההפרדה הראשונית שיוצגו בזמן אמת. הגדל את משך הזמן של האירוע הנפרד הראשון עבור הפרדה מרובת מעברים על-ידי שינוי ערך הזמן עבור אירוע זה ברצף עד שהרזולוציה של פסגות IMS תהיה משביעת רצון.הקלט רכישה של דקה אחת לעיון. לחץ על השהה, מקם את האירוע 'הוצא ורכוש' מתחת לאירועי 'הוצא', 'הוצא' ל'חנות מקדימה' ו'חסימה והוצאה'. התאם את משך האירועים כך שהשיא הממוקד יהיה באזור 'הוצא אל טרום-חנות', וכל יון אחר נמצא באזור 'הוצא' או 'החזק' ו'הוצא'.מקם את האירוע 'הוצא ורכוש' בסוף הרצף מתחת להוצאה מחדש מקדם-חנות והאירועים הנפרדים השניים. לחץ על הפעל כדי להציג את האוכלוסיה שנבחרה. בדוק את איכות הבידוד.הקלט רכישה של דקה אחת לעיון. בכרטיסיה רצף, בעמודה לצד זמני האירוע המוגדרים על-ידי המשתמש, חפש את הזמנים המסוכמים של כל האירועים. שימו לב לשרירי הבטן של הזמן שנמצאו על קו האירוע Reinject מקדם-חנות לביצוע כיול CCS.הגדר את משך הזמן של האירוע נפרד ישירות בהמשך ההוצאה והרכישה לאלפית שנייה אחת. בשורה הוצא מחדש מקדם-חנות, סמן את התיבה אפשר הפעלה ומטב את הפיצול עם הפקד המוכלל. אם הפיצול אינו משביע רצון עם הפקד המובנה, בטל את הסימון בתיבה אפשר הפעלה והמשיך לייעל באופן ידני את מתחי החזרה, להגדיל את מעבר הצבע לפני המערך ולהוריד את מתח היסט המערך עד שהתוצאות יהיו משביעות רצון.כדי להקליט רכישה של שתי דקות בחלון המוקפץ רכישה, סמן את האפשרות שמור על זמן דריפט כדי ליצור קובץ המכיל רק את זמני ההגעה, לעומת M חלקי Z המסומן כ_dt.raw. לאחר ביצוע ניתוח טרשת נפוצה של תערובת פנטאסכריד arabinoxylan, הספקטרום הציג דפוס איזוטופי עם שיא יחיד ב M מעל Z 685.24 מציע כי שתי התרכובות הן isomeric בטבע. התוספות של pentasaccharides הופרדו באמצעות תא IMS מחזורי, ושלוש פסגות הופרדו עם זמני הגעה שונים.XA3XXX טהור מציג את הפסגות ב 83 ו 90 אלפיות השנייה, בעוד XA2XX מציג שיא ב 94 אלפיות השנייה. לאחר השלב הראשון של הפרדת IMS, נפלטו יונים השייכים ל- XA3XX, והשיא ב- 94 אלפיות השניה נבחר לניתוח IMS-IMS. הפרדה של שלושה מעברים בוצעה לאחר הזרקה מחדש של היון ללא הפעלה, ושיא עבור XA2XX הושג ב 199 אלפיות השניה.נתוני ה- IMS-IMS MS שנוצרו בוטלו באמצעות זמן ההגעה וממדי M חלקי Z, ויצרו את ספקטרום IMS-IMS- IMS. הפסגות מעל 0.2% עוצמה יחסית יוצאו לכיול CCS, וכתוצאה מכך ספקטרום IMS-IMS-IMS מכויל CCS. תמיד חשוב לבדוק את הבידוד של יון מבשר, אחרת, הספקטרום עשוי לבוא מתערובת של דריבית הריבית והמזהמים.השתמשנו בעבר בספקטרום IMS-IMS-IMS כדי לבנות רשתות ולסווג תרכובות, אך ניתן להשתמש בהן גם כדי לחפש במסדי נתונים זיהויים מורכבים. טכניקה זו היא מאוד לאחרונה, אבל אנו מצפים שזה יהיה מאוד שימושי בגליקומיקה, כמו גם בכל הקשר שבו אנליסטים מתמודדים עם מולקולות isomeric.

using-cyclic-ion-mobility-spectrometer-for-tandem-ion-mobility

Research

JoVE Journal

Chemistry

כימיה

יון ניידות ספקטרומטריית מסה היא המתעוררים גז שלב טכנולוגיה שמפרידה יונים, המבוסס על ההתנגשות שלהם חתך ומסה. השיטה מספקת מידע תלת מימדי על טופולוגיה את הצורה הכוללת של קומפלקסים חלבונים. כאן, אנו המתאר הליך בסיסי לקביעת מכשיר ואופטימיזציה, כיול פעמים להיסחף, ופרשנות של נתונים.

גל T-Ion Mobility-ספקטרומטריית מסה: הפרוצדורות בסיסי לניתוח חלבונים מורכבים

פרוטוקול לשיפור אותות יון פחמימות ספקטרומטריית MALDI על ידי מבנים גבישיים רפורמה במהלך תהליכי הכנה מדגם הוא הפגין.

שיטת הכנה מדגם יעיל לשיפור אותות יון פחמימות לייזר בסיוע מטריקס Desorption/יינון ספקטרומטריית

ספקטרומטר מסה (MS) התפתחה כלי חשוב החקירה של מבנה, הדינמיקה של הרכבות macromolecular. כאן, אנחנו משלבים גישות MS לחקור היווצרות מורכבות חלבון ואיגוד ליגנד.

ניתוח ארכיטקטורות חלבון חלבון-ליגנד מתחמי באמצעות ספקטרומטר מסה מבניים אינטגרטיבית

פרוטוקול זה מתאר השימוש כרומטוגרפיה גבוהה-ירידה לפרטים-יונים עם פיזור אור רב זווית נחישות המוני טוחנת מדויק של חלבונים, חלבונים מתחמי פפטידים במדגם הטרוגנית. שיטה זו היא ערך להערכת איכות, כמו גם באשר אפיון oligomers מקורית, מטען גרסאות ודוגמאות מעורב-חלבון.

יונים כרומטוגרפיה (IEX) מצמידים מרובה זווית פיזור אור (MALS) עבור חלבון הפרדה ואפיון

בניידות המסה-הספקטרומטר ההמוני וטכניקות הדוגמנות המולקולריות ניתן לאפיין את ביצועי המתכת הסלקטיבית של הפפטידים העשויים מתכת-כריכה ומתיונין-הנחושת המטאוקובטין. פיתוח מחלקות חדשות של פפטידים מתכת הכלפת יסייע להוביל לtherapeutics עבור מחלות הקשורות באיזון מתכת ביון.

שיטות לקביעת מבנה ומנגנונים של זיהוי יון מתכת וחמצון פעילות של כריכת מתכת Oligopeptides

מאמר זה מתאר פרוטוקול ניסיוני המשתמש בספקטרומטריית מסות-ניידות אלקטרו-יונים, חישובים קוונטיים אמפיריים למחצה ודיסוציאציה הנגרמת על ידי התנגשות סף הנפתרת על-ידי אנרגיה, כדי למדוד את התרמוכימיה היחסית של הדיסוציאציה של קומפלקסים של מתכות טרנריות קשורות.

מחקרים תרמוכימיים של קומפלקסים טרנריים Ni(II) ו-Zn(II) באמצעות ספקטרומטריית ניידות-מסה של יונים

שיטה לסינון אנלוגים של פנטניל המבוססת על זמן השמירה שלהם, ניידות ותבנית פיצול ספקטרומטריית מסות.

סינון אנלוגי פנטניל באמצעות LC-TIMS-TOF MS/MS

תהליך עבודה אנליטי המבוסס על כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטריית ניידות יונים לכודים וספקטרומטריית מסה של זמן טיסה (LC-TIMS-ToF MS/MS) לביטחון גבוה וניתוח "מלמטה למעלה" בעל יכולת שחזור גבוהה של שינויים וזיהוי של היסטון בהתבסס על פרמטרים עיקריים (זמן שמירה [RT], חתך התנגשות [CCS] ויחס מסה למטען מדויק [m/z]).

בדיקת שינוי היסטון באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטריית ניידות יונים לכודים וספקטרומטריית מסה בזמן טיסה

פרוטוקול זה מציג שיטת ספקטרומטריית מסה מאומתת של כרומטוגרפיה נוזלית - ניידות יון ברזולוציה גבוהה כדי לקבוע את נוכחותם של אלקלואידים ארגוט במזון בהתאם לתקנה של הנציבות (EU) 2023/915 שפורסמה לאחרונה.

זיהוי אלקלואידים ארגוטיים מוסדרים במטריצות מזון על ידי ספקטרומטריית ניידות יונים לכודים בכרומטוגרפיה נוזלית-ספקטרומטריית מסה בזמן טיסה

אנו מציגים את שיטת החומצה הפוליקרבוקסילית של בנזן (BPCA) להערכת פחמן פירוגני (PyC) בסביבה. הגישה הספציפית לתרכובת מספקת באופן ייחודי מידע סימולטני על המאפיינים, הכמות וההרכב האיזוטופי (13C ו-14C) של PyC.

אפיון, כימות מתחם ספציפי ניתוח איזוטופי של Pyrogenic פחמן שימוש בנזן Polycarboxylic חומצות (BPCA)

למד כיצד לבצע ניסויי ניידות יון דו-מושבית לזיהוי איזומרים בביומולקולות באמצעות ספקטרומטר ניידות יונים מחזורי. השיטה מאפשרת סיווג גליקנים לקבוצות מבניות ומספקת מידע קשה להשגה בספקטרומטריית מסה בלבד.

שימוש בספקטרומטר ניידות יונים מחזורי לניסויי ניידות יון דו-מושבית

גלה סרטונים נוספים