Name: מחקרים תרמוכימיים של קומפלקסים טרנריים Ni(II) ו-Zn(II) באמצעות ספקטרומטריית ניידות-מסה של יונים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-06-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 16 min 11 s
Description: חקור תרמוכימיה של קומפלקסים טרנריים Ni(II) ו-Zn(II) באמצעות ספקטרומטריית ניידות-מסה של יונים ומודלים מולקולריים. שיטה זו מאפשרת אפיון מסלולי תגובה ומבנים קונפורמציוניים ליישומים בביוכימיה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

חומר זה מבוסס על עבודה הנתמכת על ידי הקרן הלאומית למדע תחת 1764436, תוכנית NSF REU (CHE-1659852), תמיכה במכשירי NSF (MRI-0821247), מלגת פיזיקה ואסטרונומיה להצלחה (PASS) פרויקט NSF (1643567), קרן וולש (T-0014), ומשאבי מחשוב ממחלקת האנרגיה (TX-W-20090427-0004-50) ותקשורת L3. המחברים מודים לקנט מ. ארווין (אוניברסיטת נבאדה - רינו) ופיטר ב. ארמנטרוט (אוניברסיטת יוטה) על שיתוף תוכנית CRUNCH ועל עצות לגבי התאמה מ- PBA. המחברים מודים לקבוצה של מייקל ט' באואר באוניברסיטת קליפורניה - סנטה ברברה על שיתוף תוכנית סיגמא.

<ol><li>Kim, Y. -M., Chen, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ligand+binding+energy+in+%5B%28bipy%29Rh%28PCH%29%5D%2B+by+collision-induced+dissociation+threshold+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Ligand binding energy in [(bipy)Rh(PCH)]+ by collision-induced dissociation threshold measurements.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 202 (1-3), 1-3 (2000).</li>
<li>Plattner, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrospray+mass+spectrometry+beyond+analytical+chemistry%3A+Studies+of+organometallic+catalysis+in+the+gas+phase%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Electrospray mass spectrometry beyond analytical chemistry: Studies of organometallic catalysis in the gas phase.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 207 (3), 125-144 (2001).</li>
<li>Narancic, S., Bach, A., Chen, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+fitting+of+energy-resolved+reactive+cross+sections+in+threshold+collision-induced+dissociation+%28T-CID%29+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+A%22%5BJournal%5D)">Simple fitting of energy-resolved reactive cross sections in threshold collision-induced dissociation (T-CID) experiments.</a> Journal of Physical Chemistry A. 111 (30), 7006-7013 (2007).</li>
<li>Ervin, K., Armentrout, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+and+random+errors+in+ion+affinities+and+activation+entropies+from+the+extended+kinetic+method%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Systematic and random errors in ion affinities and activation entropies from the extended kinetic method.</a> Journal of Mass Spectrometry. 39 (9), 1004-1015 (2004).</li>
<li>Cooks, R. G., Wong, P. S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetic+method+of+making+thermochemical+determinations%3A+Advances+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Accounts+of+Chemical+Research%22%5BJournal%5D)">Kinetic method of making thermochemical determinations: Advances and applications.</a> Accounts of Chemical Research. 31 (7), 379-386 (1998).</li>
<li>Ervin, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microcanonical+analysis+of+the+kinetic+method.+The+meaning+of+the+%26%2334%3Bapparent+entropy%26%2334%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Microcanonical analysis of the kinetic method. The meaning of the &#34;apparent entropy&#34.</a> Journal of the American Society of Mass Spectrometry. 13 (5), 435-452 (2002).</li>
<li>Amarasinghe, C., Jin, J. -P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+affinity+tags+to+overcome+obstacles+in+recombinant+protein+expression+and+purification%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+%26+Peptide+Letters%22%5BJournal%5D)">The use of affinity tags to overcome obstacles in recombinant protein expression and purification.</a> Protein & Peptide Letters. 22 (10), 885-892 (2015).</li>
<li>Bornhorst, J. A., Falke, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification+of+proteins+using+polyhistidine+affinity+tags%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Purification of proteins using polyhistidine affinity tags.</a> Methods in Enzymology. 326, 245-254 (2000).</li>
<li>Yousef, E. N., Angel, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+the+pH-dependent+formation+of+His+and+Cys+heptapeptide+complexes+of+nickel%28II%29%2C+copper%28II%29%2C+and+zinc%28II%29+as+determined+by+ion+mobility-mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Comparison of the pH-dependent formation of His and Cys heptapeptide complexes of nickel(II), copper(II), and zinc(II) as determined by ion mobility-mass spectrometry.</a> Journal of Mass Spectrometry. 55 (3), 4489(2020).</li>
<li>Lin, Y. -F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Weak+acid-base+interactions+of+histidine+and+cysteine+affect+the+charge+states%2C+tertiary+structure%2C+and+Zn%28II%29-binding+of+heptapeptides%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Weak acid-base interactions of histidine and cysteine affect the charge states, tertiary structure, and Zn(II)-binding of heptapeptides.</a> Journal of the American Society of Mass Spectrometry. 30, 2068-2081 (2019).</li>
<li>Wagoner, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+multiple+conformational+charge+states+of+zinc%28II%29+coordination+by+2His-2Cys+oligopeptide+investigated+by+ion+mobility+-+mass+spectrometry%2C+density+functional+theory+and+theoretical+collision+cross+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">The multiple conformational charge states of zinc(II) coordination by 2His-2Cys oligopeptide investigated by ion mobility - mass spectrometry, density functional theory and theoretical collision cross sections.</a> Journal of Mass Spectrometry. 51 (12), 1120-1129 (2016).</li>
<li>Flores, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formation+of+Co%28II%29%2C+Ni%28II%29%2C+Zn%28II%29+complexes+of+alternative+metal+binding+heptapeptides+and+nitrilotriacetic+acid%3A+Discovering+new+potential+affinity+tags%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Formation of Co(II), Ni(II), Zn(II) complexes of alternative metal binding heptapeptides and nitrilotriacetic acid: Discovering new potential affinity tags.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 463, 116554(2021).</li>
<li>Flores, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thermochemical+and+conformational+studies+of+Ni%28II%29+and+Zn%28II%29+ternary+complexes+of+alternative+metal+binding+peptides+with+nitrilotriacetic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Thermochemical and conformational studies of Ni(II) and Zn(II) ternary complexes of alternative metal binding peptides with nitrilotriacetic acid.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 473, 116792(2022).</li>
<li>Sesham, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+pH+dependent+Cu%28II%29+and+Zn%28II%29+binding+behavior+of+an+analog+methanobactin+peptide%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">The pH dependent Cu(II) and Zn(II) binding behavior of an analog methanobactin peptide.</a> European Journal of Mass Spectrometry. 19 (6), 463-473 (2013).</li>
<li>Choi, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Redox+activity+and+multiple+copper%28I%29+coordination+of+2His-2Cys+oligopeptide%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Redox activity and multiple copper(I) coordination of 2His-2Cys oligopeptide.</a> Journal of Mass Spectrometry. 50 (2), 316-325 (2015).</li>
<li>Vytla, Y., Angel, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applying+ion+mobility-mass+spectrometry+techniques+for+explicitly+identifying+the+products+of+Cu%28II%29+reactions+of+2His-2Cys+motif+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Applying ion mobility-mass spectrometry techniques for explicitly identifying the products of Cu(II) reactions of 2His-2Cys motif peptides.</a> Analytical Chemistry. 88 (22), 10925-10932 (2016).</li>
<li>Yousef, E. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+mobility-mass+spectrometry+techniques+for+determining+the+structure+and+mechanisms+of+metal+ion+recognition+and+redox+activity+of+metal+binding+oligopeptides%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Ion mobility-mass spectrometry techniques for determining the structure and mechanisms of metal ion recognition and redox activity of metal binding oligopeptides.</a> Journal of Visualized Experiments. (151), e60102(2019).</li>
<li>Ilesanmi, A. B., Moore, T. C., Angel, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((pH+dependent+chelation+study+of+Zn%28II%29+and+Ni%28II%29+by+a+series+of+hexapeptides+using+electrospray+ionization+-+Ion+mobility+-+Mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">pH dependent chelation study of Zn(II) and Ni(II) by a series of hexapeptides using electrospray ionization - Ion mobility - Mass spectrometry.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 455, 116369(2020).</li>
<li>Armentrout, P. B., Ervin, K. M., Rodgers, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+rate+theory+and+kinetic+energy-resolved+ion+chemistry%3A+Theory+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+A%22%5BJournal%5D)">Statistical rate theory and kinetic energy-resolved ion chemistry: Theory and applications.</a> Journal of Physical Chemistry A. 112 (41), 10071-10085 (2008).</li>
<li>Dalleska, N. F., Honma, K., Sunderlin, L. S., Armentrout, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solvation+of+transition+metal+ions+by+water.+Sequential+binding+energies+of+M%2B%28H2O%29x+%28x+%3D+1-4%29+for+M+%3D+Ti+to+Cu+determined+by+collision-induced+dissociation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Solvation of transition metal ions by water. Sequential binding energies of M+(H2O)x (x = 1-4) for M = Ti to Cu determined by collision-induced dissociation.</a> Journal of the American Chemical Society. 116 (8), 3519-3528 (1994).</li>
<li>Ervin, K. M., Armentrout, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translational+energy+dependence+of+Ar+%2B+XY+%E2%86%92+ArX%2B+%2B+Y+%28XY+%3D+H2%2CD2%2CHD%29+from+thermal+to+30+eV+c.m%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">Translational energy dependence of Ar + XY → ArX+ + Y (XY = H2,D2,HD) from thermal to 30 eV c.m.</a> Journal of Chemical Physics. 83, 166-189 (1985).</li>
<li>DeTuri, V. F., Ervin, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Competitive+threshold+collision-induced+dissociation%3A+Gas-phase+acidities+and+bond+dissociation+energies+for+a+series+of+alcohols%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physical+Chemistry+A%22%5BJournal%5D)">Competitive threshold collision-induced dissociation: Gas-phase acidities and bond dissociation energies for a series of alcohols.</a> Journal of Physical Chemistry A. 103 (35), 6911-6920 (1999).</li>
<li>Iceman, C., Armentrout, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collision-induced+dissociation+and+theoretical+studies+of+K%2B+complexes+with+ammonia%3A+a+test+of+theory+for+potassium+ions%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Collision-induced dissociation and theoretical studies of K+ complexes with ammonia: a test of theory for potassium ions.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 222 (1-3), 329-349 (2003).</li>
<li>Rodgers, M. T., Ervin, K. M., Armentrout, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+modeling+of+collision-induced+dissociation+thresholds%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">Statistical modeling of collision-induced dissociation thresholds.</a> Journal of Chemical Physics. 106, 4499-4508 (1997).</li>
<li>Rodgers, M. T., Armentrout, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+modeling+of+competitive+threshold+collision-induced+dissociation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">Statistical modeling of competitive threshold collision-induced dissociation.</a> Journal of Chemical Physics. 109, 1787-1800 (1998).</li>
<li>Armentrout, P. B., Ervin, K. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aArmentrout%2C+PB+%22CRUNCH%2C+Fortran+program%2C+version+5.2002%22">CRUNCH, Fortran program, version 5.2002</a>. , (2016).</li>
<li>Pringle, S. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+investigation+of+the+mobility+separation+of+some+peptide+and+protein+ions+using+a+new+hybrid+quadrupole%2Ftravelling+wave+IMS%2Foa-ToF+instrument%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">An investigation of the mobility separation of some peptide and protein ions using a new hybrid quadrupole/travelling wave IMS/oa-ToF instrument.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 261 (1), 1-12 (2007).</li>
<li>Smith, D. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+drift+time+measurements+from+travelling+wave+ion+mobility+spectrometry-mass+spectrometry+studies%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Deciphering drift time measurements from travelling wave ion mobility spectrometry-mass spectrometry studies.</a> European Journal of Mass Spectrometry. 15 (2), 113-130 (2009).</li>
<li>Forsythe, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collision+cross+section+calibrants+for+negative+ion+mode+traveling+wave+ion+mobility-mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Analyst%22%5BJournal%5D)">Collision cross section calibrants for negative ion mode traveling wave ion mobility-mass spectrometry.</a> Analyst. 140 (20), 6853-6861 (2015).</li>
<li>Allen, S. J., Giles, K., Gilbert, T., Bush, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+mobility+mass+spectrometry+of+peptide%2C+protein%2C+and+protein+complex+ions+using+a+radio-frequency+confining+drift+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Analyst%22%5BJournal%5D)">Ion mobility mass spectrometry of peptide, protein, and protein complex ions using a radio-frequency confining drift cell.</a> Analyst. 141 (3), 884-891 (2016).</li>
<li>Salbo, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Traveling-wave+ion+mobility+mass+spectrometry+of+protein+complexes%3A+accurate+calibrated+collision+cross-sections+of+human+insulin+oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Communications+in+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Traveling-wave ion mobility mass spectrometry of protein complexes: accurate calibrated collision cross-sections of human insulin oligomers.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 26 (10), 1181-1193 (2012).</li>
<li>Stewart, J. J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+parameters+for+semiempirical+methods+V%3A+Modification+of+NDDO+approximations+and+application+to+70+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Modeling%22%5BJournal%5D)">Optimization of parameters for semiempirical methods V: Modification of NDDO approximations and application to 70 elements.</a> Journal of Molecular Modeling. 13, 1173(2007).</li>
<li>Frisch, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFrisch%2C+MJ+%22Gaussian+09%2C+Revision+C.01.+Wallingford+CT%3A+Gaussian%2C+Inc%22">Gaussian 09, Revision C.01. Wallingford CT: Gaussian, Inc</a>. , (2012).</li>
<li>Becke, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Density-functional+thermochemistry.+III.+The+role+of+exact+exchange%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chemical+Physics%22%5BJournal%5D)">Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange.</a> Journal of Chemical Physics. 98, 5648-5652 (1993).</li>
<li>Wyttenbach, T., von Helden, G., Batka, J. J., Carlat, D., Bowers, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+the+long-range+potential+on+ion+mobility+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Effect of the long-range potential on ion mobility measurements.</a> Journal of the American Society of Mass Spectrometry. 8, 275-282 (1997).</li>
<li>Shvartsburg, A. A., Jarrold, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+exact+hard-spheres+scattering+model+for+the+mobilities+of+polyatomic+ions%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Physics+Letters%22%5BJournal%5D)">An exact hard-spheres scattering model for the mobilities of polyatomic ions.</a> Chemical Physics Letters. 261 (1-2), 86-91 (1996).</li>
<li>Heerdt, G., Zanotto, L., Souza, P. C. T., Araujo, G., Skaf, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collision+cross+section+calculations+using+HPCCS%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Collision cross section calculations using HPCCS.</a> Methods in Molecular Biology. 2084, 297-310 (2020).</li>
<li>Zanotto, L., Heerdt, G., Souza, P. C. T., Araujo, G., Skaf, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+performance+collision+cross+section+calculation-HPCCS%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Computational+Chemistry%22%5BJournal%5D)">High performance collision cross section calculation-HPCCS.</a> Journal of Computational Chemistry. 39 (21), 1675-1681 (2018).</li>
<li>https://cccbdb.nist.gov/pollistx.asp. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://cccbdb.nist.gov/pollistx.asp">https://cccbdb.nist.gov/pollistx.asp</a> (2022).</li>
<li>Raja, U. K. B., Injeti, S., Culver, T., McCabe, J. W., Angel, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+the+stability+of+insulin+oligomers+using+electrospray+ionization+ion+mobility+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Probing the stability of insulin oligomers using electrospray ionization ion mobility mass spectrometry.</a> European Journal of Mass Spectrometry. 21 (6), 759-774 (2015).</li>
<li>Merenbloom, S. I., Flick, T. G., Williams, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+hot+are+your+ions+in+TWAVE+ion+mobility+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">How hot are your ions in TWAVE ion mobility spectrometry.</a> Journal of the American Society of Mass Spectrometry. 23 (3), 553-562 (2012).</li>
</ol>

למחברים אין ניגוד עניינים לחשוף.

שלבים קריטיים ניתוחי דיסוציאציה הנגרמת על-ידי התנגשות (TCID) של סף ES-IM-MS. ה-TCID השתמש בתא גל ה-T ההעברה בנוכחות ארגון כתא ההתנגשות. לפני הדיסוציאציה, היונים המבשרים עוברים תרמית על ידי התנגשויות באנרגיה נמוכה עם גז חנקן כשהם עוברים דרך תא ניידות היונים (IM). התוצאה היא TCID הניתן לשחזור אנרגטי רב יותר מזה המושג על ידי שימוש במלכודת כתא ההתנגשות 6,40. התרמיזציה של [amb+M(II)+NTA]- לפני הדיסוציאציה מאפשרת גם לאפיי...

מחקר זה מתאר טכניקה חדשה המשתמשת בספקטרומטר ניידות-מסה של יונים הזמין באופן מסחרי, המאפשר לקבוע את התרמוכימיה היחסית לדיסוציאציה של קומפלקס מתכת חלופי (amb) של מתכת טרנרית [amb+M(II)+NTA], כאשר M = Zn או Ni ו-NTA = חומצה ניטרילוטריאלית (איור 1). תגובות אלה מדגימות את הדיסוציאציה של החלבון הרקומביננטי המתויג כ-amb המוצמד למתכת המשותקת על-ידי NTA במהלך כרומטוגרפיה של זיקת מתכת משותקת (IMAC)1,2. לדוגמה, שיטה זו מתוארת באמצעות תגי הפטפטפטיד amb של amb A ו- H (איור 2) (שנבחרו ממחקרים קודמים 3,4,5,6,7,8,9,10,11,12 ) המציגים תכונות מחייבות Zn(II) ו- Ni(II), ולכן יש להם יישומים פוטנציאליים כתגי טיהור. עם זאת, התהליך המתואר יכול לשמש להערכת אנרגיות תרמוכימיות בכל מערכת אורגנומטלית. לפפטידים אמביים אלה יש אתרי קשירת מתכת בעמדות Aa1-Aa 2 ו-Aa6-Aa 7 המתחרים באתרי הקרבוקסילאט והאמין של ה-NTA. שלוש חומצות האמינו המרכזיות של אמב מספקות ספייסר (Gly3), ציר לשתי הזרועות (Pro4) ואינטראקציה בין קטיון π מתכות למרחקים ארוכים (Tyr5).
מצב המטען הכולל של 1− של קומפלקסי [amb+M(II)+NTA]- נקבע על ידי מצב הפרוטונציה של אתרי הקישור הפוטנציאליים שלהם. מכיוון שיש Ni(II) או Zn(II) עם מצב החמצון 2+, חייבת להיות רשת של שלושה אתרים טעונים שלילית. המידול המולקולרי של קומפלקסי [amb+M(II)+NTA]- מנבא שמדובר בשני פרוטונים מה-NTA ובפרוטון אחד מה-amb (כלומר, [amb-H+M(II)+NTA-2H]-). ערוצי המוצר מכילים מין יוני ומין נייטרלי (כלומר, [NTA-3H+M(II)]- + amb או [amb-3H+M(II)]- + NTA). בכתב היד, "-3H" אינו נכלל בשמות הקומפלקסים, אך הקורא צריך לדעת כי -3H משתמע. המכשיר מודד את העוצמות היחסיות של שני מיני המסה למטען היוניים (m/z). תכונה מרכזית של ניתוחי ES-IM-MS היא שהיא מאפשרת לבחון את התגובה של מין m/z מסוים, כפי שנעשה כאן ובמחקרים קודמים של amb 3,4,5,6,7,8,9,10,11,12.
רכישת נתונים תרמוכימיים עבור קומפלקסים גדולים באמצעות דיסוציאציה הנגרמת על ידי התנגשות היא נושא בעל עניין משמעותי13,14. מתודולוגיות הכוללות את השיטה הקינטית אינן תורמות להתאמת נתונים על פני מגוון אנרגיות, והן גם אינן לוקחות בחשבון סביבות מרובות התנגשויות15,16,17,18. כאן, שיטת הסף CID (TCID), שפותחה באמצעות ספקטרומטריית מסה טנדם מונחית של קרן יונים על ידי ארמנטרוט, ארווין ורוג'רס, מיושמת19 על פלטפורמת מכשירים חדשה ES-IM-MS המשתמשת במדריכי יונים של גלים נעים. שיטת TCID מאפשרת אנליזה תרמוכימית יחסית של הדיסוציאציה של הקומפלקסים הטרנריים לשני ערוצי המכפלה שלהם וכוללת חוק סף המתאר את העברת אנרגיית ההתנגשות בין האנרגיה התרגומית של המגיב (קומפלקס טרנרי במחקר זה) לבין גז מטרה אינרטי (ארגון במקרה זה). השיטה כוללת אינטגרציה על התפלגות האנרגיה הפנימית של המגיב20, התפלגויות האנרגיה התרגומיות בין המגיב לגז המטרה 21, והתפלגות התנע הזוויתי הכוללת22,23. הסתברות דיסוציאציה ותיקון סטטיסטי של רייס-רמספרגר-קאסל-מרקוס (RRKM) של התזוזות הקינטיות הנובעות מחלון הזמן המוגבל לתצפית על התוצרים כלולים24. עבור שני ערוצי מוצרים עצמאיים, שיטת TCID התחרותית מאפשרת התאמה בו זמנית של שני ערוצי המוצרים המתחרים. דיסוציאציה של הקומפלקס היא באמצעות מצב מעבר מקיף, אשר יש את התכונות של המכפלות אבל מוחזק יחד על ידי דיפול נעול25. שיטת TCID משולבת בתוכנית CRUNCH26, ופעולת ממשק המשתמש מתוארת כאן כדי להעריך את התרמוכימיה של שני ערוצי הדיסוציאציה של הקומפלקסים הטרנריים [amb+M(II)+NTA]. תוכנית CRUNCH זמינה על פי בקשה מהמפתחים26.

<table><tbody><tr><td>Acetonitrile HPLC-grade</td><td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td><td>A998SK-4</td><td></td></tr><tr><td>פפטידים אלטרנטיביים לקשירת מתכות (amb)</td> פפטידים מעוצבים <td>PepmicCo (www.pepmic.com)</td><td></td> <td>סונתזו בהזמנה</td></tr><tr><td>אמוניום אצטט (אולטרה-טהור)</td><td>VWR</td><td>97061-014</td><td></td></tr><tr><td>אמוניום הידרוקסיד (דרגת קורט מתכת)</td><td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td><td>A512-P500</td><td></td></tr><tr><td>Driftscope 2.1 תוכנת</td><td>ווטרס (www.waters.com)</td><td></td><td>תוכנית ניתוח תוכנה</td></tr><tr><td>Gaussian 09</td><td>Gaussian</td><td></td><td>Electronic Structure Modeling Software</td></tr><tr><td>GaussView</td><td>ממשק גרפי גאוס</td><td></td><td></td> להדמיית חישובים</tr><tr><td>חומצה אצטית קרחונית (דרגת אופטימה)</td><td>פישר סיינטיפיק (www.Fishersci.com)</td><td>A465-250</td><td></td></tr><tr><td>שיטת לנארד-ג'ונס (LJ) בקנה מידה יונים</td> קבוצת <td>סיגמא</td><td></td><td>מייקל ט. באוארס מאוניברסיטת קליפורניה בסנטה ברברה</td></tr><tr><td>MassLynx 4.1</td><td>ווטרס (www.waters.com)</td><td></td> <td>תוכנית ניתוח תוכנה</td></tr><tr><td>צינורות מיקרוצנטריפוגה</td><td>VWR</td><td>87003-294</td><td>1.7 מ"ל, צינורות</td></tr><tr><td>מיקרוצנטריפוגה</td> פוליפרופילן <td>VWR</td><td>87003-298</td><td>2.0 מ"ל, פוליפרופילן</td></tr><tr><td>Ni(II) ניטראט הקסהידראט (99% טוהר)</td><td>סיגמא-אולדריץ' (www.sigmaaldrich.com)</td><td>A15540</td><td></td></tr><tr><td>פולי-DL-אלנין</td><td>סיגמא-אולדריץ' (www.sigmaaldrich.com)</td><td>P9003-25MG</td><td></td></tr><tr><td>מים סינפט G1 HDMS</td><td>מים (www.waters.com)</td><td></td><td>&nbsp; quadrupole - ניידות יונים- ספקטרומטר מסה של זמן טיסה</td></tr><tr><td>Zn(II) חנקת הקסהידרט (99%+ טוהר)</td><td>אלפא אסאר (www.alfa.com)</td><td>12313</td><td></td></tr></tbody></table>

מחקרים תרמוכימיים של קומפלקסים טרנריים ni(ii) ו-zn(ii) באמצעות ספקטרומטריית ניידות-מסה של יונים

Thermochemical Studies of Ni(II) and Zn(II) Ternary Complexes Using Ion Mobility-Mass Spectrometry

מאמר זה מתאר פרוטוקול ניסיוני המשתמש בספקטרומטריית מסות-ניידות של יונים אלקטרוספריים (ES-IM-MS) ובדיסוציאציה הנגרמת על-ידי התנגשות באנרגיה (TCID) כדי למדוד את התרמוכימיה של הדיסוציאציה של [amb+M(II)+NTA]- קומפלקסים טרנריים לשני ערוצי מכפלה: [amb+M(II)] + NTA או [NTA+M(II)]-  + amb, כאשר M = Zn או Ni ו- NTA היא חומצה ניטרילוטריאצטית. הקומפלקסים מכילים את אחד מההפטפטפטידים החלופיים לקשירת מתכת (amb) עם המבנים הראשוניים אצטיל-שלו 1-Cys 2-Gly 3-Pro 4-Tyr 5-His 6-Cys 7 או אצטיל-Asp 1-Cys2-Gly 3-Pro 4-Tyr 5-His 6-Cys 7, כאשר חומצות האמינו Aa 1,2,6,7 עמדות הן אתרי קשירת המתכת הפוטנציאליים. מצבים נייחים מותאמים לגיאומטריה של קומפלקסים טרנריים ומוצריהם נבחרו מחישובי כימיה קוונטית (כיום המילטוניאן החצי אמפירי PM6) על ידי השוואת האנרגיות האלקטרוניות שלהם וחתכי ההתנגשות שלהם (CCS) לאלה שנמדדו על ידי ES-IM-MS. מחישובי התדרים של PM6, הפרמטרים המולקולריים של הקומפלקס הטרנרי ותוצריו מדגימים את העוצמות התלויות באנרגיה של שני ערוצי המוצר באמצעות שיטת TCID תחרותית כדי לקבוע את אנרגיות הסף של התגובות המתייחסות לאנתלפיות 0 K של דיסוציאציה (ΔH0). מכניקה סטטיסטית תיקונים תרמיים ואנטרופיה באמצעות תדרי סיבוב ורטט PM6 מספקים את 298 K אנתלפיות של דיסוציאציה (ΔH298). שיטות אלה מתארות שגרת EI-IM-MS שיכולה לקבוע קבועי תרמוכימיה ושיווי משקל עבור מגוון קומפלקסים של יוני מתכת טרנריים.

הדיסוציאציה התחרותית הנגרמת על ידי התנגשות של [amb+M(II)+NTA]- קומפלקסים טרנריים של A ו-H לתוך [amb+M(II)]- + NTA או [NTA+M(II)]- + amb, מוצגת באיור 3. ה-amb מוצג כ-A או H וה-M = Zn או Ni. [A+Zn(II)+NTA]- קומפלקס טרנרי (איור 3A) מציג סף נראה לעין של כ-0.7 אנרגיית התנגשות eV (CE) כדי לייצר [A+Zn(II)]- וכ-0.9 eV כדי לייצר [NTA+Zn(II)]-.</...

מאמר זה מתאר פרוטוקול ניסיוני המשתמש בספקטרומטריית מסות-ניידות אלקטרו-יונים, חישובים קוונטיים אמפיריים למחצה ודיסוציאציה הנגרמת על ידי התנגשות סף הנפתרת על-ידי אנרגיה, כדי למדוד את התרמוכימיה היחסית של הדיסוציאציה של קומפלקסים של מתכות טרנריות קשורות.

מחקרים תרמוכימיים של קומפלקסים טרנריים Ni(II) ו-Zn(II) באמצעות ספקטרומטריית ניידות-מסה של יונים

This article describes an experimental protocol using electrospray-ion mobility-mass spectrometry (ES-IM-MS) and energy-resolved threshold ...

טכניקה חדשה זו משלבת ספקטרומטריית ניידות יונים עם מודלים מולקולריים ותאוריית דינמיקת תגובות כדי לקבוע את התרמוכימיה היחסית של שתי תגובות דיסוציאציה מתחרות של קומפלקס טרנרי. השילוב של טכניקות אלה מאפיין את מסלולי התגובה של המגיבים והמוצרים, את המבנים הקונפורמיים ואת זיקתו של הליגנד ליצירת קומפלקס טרנרי עם יון המתכת. מחקר זה מדגים את התגובה של שני תגי פפטיד פוטנציאליים לטיהור חלבונים רקומביננטיים, כאשר התג מגיב עם המתכת הכלאט על ידי חומצה ניטרילוטריאצטית בעמודת זיקה מתכתית משותקת.התחל על ידי טעינת דגימת 2 מיליליטר לתוך מזרק אף קהה של 2.5 מיליליטר והזרקת הדגימה לתוך האלקטרוספריי של המכשיר באמצעות משאבת המזרק של המכשיר בקצב זרימה של 10 מיקרוליטר לדקה. מקם את המכשיר בספקטרומטריית ניידות יונים שלילית, או במצב IM-MS. זהה את תבנית האיזוטופים של המסה למטען של קומפלקס קשירה טרנרי של מתכת חלופית טעונה שלילית, או קומפלקס אמב-מתכת-NTA, על-ידי פתיחת תוכנית ספקטרומטריית המסה ובחירה בספקטרום.לאחר מכן, בחר כלים ואחריהם מודל איזוטופ. בחלון הקופץ, רשום את הנוסחה המולקולרית של המרכובת, סמן את התיבה עבור הצג יון טעון, הזן 1 עבור המטען של אחד שלילי, ולחץ על OK.In תבנית האיזוטופים המוצגת של המתחם, שים לב לשיא המסה הנמוך ביותר. בתוכנת המכשיר, בחר הגדרה ואחריה פרופיל מרובע.לאחר מכן, בחר ידני קבוע והזן את המסה של שיא התבנית האיזוטופית הנמוכה ביותר. לחץ על עדכן וסגור את החלון. שוב, בחר הגדרה ולאחר מכן לחץ על פתרון מרובע.אסוף את ספקטרום ה-IM-MS של היון השלילי החל מאנרגיית התנגשות ההעברה הראשונה באמצעות משך ריצה של 5 דקות וזמן סריקה של 2 שניות. חזור על הפעולה כדי לאסוף את ספקטרום ה-IM-MS עבור כל אחת מאנרגיות ההתנגשות האחרות. השתמש בהתפלגויות זמן ההגעה המשולבות, או אזורי ATD, עבור קומפלקס אמב-מתכת-NTA ושני מוצרים, קומפלקס מתכת NTA וקומפלקס אמב-מתכת, כדי לנרמל לסולם אחוזים יחסי.מתוך סף השכפול של דיסוציאציה הנגרמת על-ידי התנגשות, או מדידות TCID, מצא את הממוצע ואת סטיות התקן של כל נקודת נתונים. לאחר מכן, המירו את אנרגיית ההתנגשות של העברת מסגרת המעבדה לאנרגיית ההתנגשות במרכז המסה. כדי למדוד חתכי התנגשות, אסוף את ספקטרום היונים השליליים IM-MS של 10 ppm poly-DL-alanine, או דגימת PA, למשך 10 דקות באמצעות תנאי ההפעלה האינסטרומנטליים.לאחר מכן, אסוף את ספקטרום IM-MS של כל קומפלקס ternary במשך 5 דקות. חלץ את ה- ATD של כל אחד ממתחמי הרשות הפלסטינית והטרינריים וייצא את הקבצים שלהם לתוכנת ספקטרומטריית המסה באמצעות האפשרות שמור על זמן סחף. מצא את זמני ההגעה הממוצעים מהמקסימום של עקומות ה- ATD המתאימות.השתמש בשיטת כיול חתך כדי להמיר את זמני ההגעה הממוצעים לחתכי התנגשות של המתחם הטרנרי. מהתפריט הראשי של CRUNCH, פתח את קובץ הטקסט GB5 המכיל את האנרגיה של מרכז המסה, או העוצמות היחסיות התלויות ECM של המוצרים. השב לא לקריאת פרמטרים.לאחר מכן, בחר מידול ואחריו הגדר את כל הפרמטרים. מתוך אפשרויות מודל התגובה, בחר באפשרות ברירת המחדל של סף CID ואחריה RRKM עם אינטגרציה על התפלגות העברת האנרגיה של המתחם הטרנרי. הזן 2 עבור ערוצי מוצרים עצמאיים עם דגם, ובחר חשב חתכים.עבור סוג המודל הלא מפותל, בחר חתך קלווין 0, הכולל את תיקון RRKM הסטטיסטי של התזוזות הקינטיות עקב חלון הזמן של 50 מיקרו-שניות מתא ההתנגשות לגלאי זמן הטיסה. עבור אפשרויות הקונבולוציה, בחר את האינטגרל הכפול של טירנן, הכולל את הקונבולוציה על פני התפלגויות אנרגיה תרגומיות בין יון הקומפלקס הטרנרי לבין גז התנגשות הארגון. לשיטת האינטגרציה הנומרית, בחר ריבוע גאוס עם חתכים שנשמרו מראש.מהאפשרויות להזנת הפרמטרים המולקולריים, הזן G כדי לקרוא את קובץ המידול המבני עם תדרי הרטט והסיבוב PM6 של הקומפלקס הטרנרי. תשובה כן לשאלה:האם אחד המגיבים אטומי? כתוב את המיקום והשם של קובץ המידול.הזן 1 עבור המטען על יון ו-1.664 עבור הקיטוב של גז הארגון. מסת היון ומסת המטרה הן עבור הקומפלקס הטרנרי והארגון, בהתאמה, והן נקראות באופן אוטומטי מקובץ הטקסט GB5. הזן 0 לקבלת רטט הרמוני.לחץ על Enter כדי לקרוא את קבועי הסיבוב 1-D ו- 2-D מקובץ המידול המבני. בחר ערכי ברירת מחדל של 0 עבור טיפולי הרוטור המעוכב ו- 1 עבור סימטריית המולקולות. בחר את ברירת המחדל של 300 קלווין לטמפרטורת התגובה.בחר אינטגרציה עבור השיטה להפחתת צפיפות מערך המצבים. בחר כן כדי לחתוך את חלוקת האנרגיה. הזן מספר גל 40000 לקבלת אנרגיה מרבית לחלוקה, 2 מספר גל עבור גודל סל ו- 32 עבור מספר הנקודות בחלוקת אנרגיה.עבור פרמטרים עבור דגם TCID/RRKM, בחר כן לשינוי, הזן 0 עבור זמן קבוע ו- 0.000050 שניות עבור הגבול העליון של חלון הזיהוי. עבור ערוץ מוצר 1, בחר 1 עבור מצב מעבר יחיד מאפשרויות ערוץ הדיסוציאציה ו- 0 עבור אף אחד מהדיסוציאציה הרציפה. עבור סוג מצב המעבר, בחר 1 למסלול.בחר G כדי לקרוא את קבצי תוכנית המידול המכילים את הפרמטרים הסיבוביים והרטטיים של PM6 עבור קומפלקס המתכת האמבית בתוספת מוצרי NTA. הזן לא עבור:האם אחד ממצבי המעבר של מרחב הפאזה, או PSL TS, הוא אטום מינים? הזן את המיקום והשם של קובץ קומפלקס האמב-מתכת.השתמש ב- 1.062 עבור תדרי קנה מידה, לחץ על Enter עבור מספר האטומים, והזן לא עבור:האם המולקולה ליניארית? חזור על אותו הדבר עבור קובץ המידול המכיל את תדרי הרטט והתדרים הסיבוביים של מוצר NTA. הזן את התיאור של TS המקיף. הזן 1.0 לטעינה של יון מתכת אמב, ולאחר מכן הזן את הקוטביות ואת מומנט הדיפול של NTA.בחר 0 קלווין לטמפרטורת סיבוב ודיפול נעול לטיפול במצב המעבר המקיף. הזן את המסות הממוצעות של יון המתכת האמב ו- NTA. מכה Enter כדי לקרוא את קבועי הסיבוב 1-D ו- 2-D מקבצי המידול.בחר 0 עבור רוטורים מעוכבים, 1 עבור סימטריה של מולקולות ו- 1 עבור ניוון תגובה. הזן את האפשרות ללא שינויים. עבור ערוץ מוצר 2, בחר 1 עבור מצב מעבר יחיד, 0 עבור ללא עבור הדיסוציאציה הרציפה ו- 1 עבור מסלול עבור סוג מצב המעבר.בחר G לקריאה בקובצי מידול המכילים את הפרמטרים הסיבוביים והרטטיים PM6 עבור קומפלקס NTA-metal ומוצרי AMB. לאחר מכן, הזן את התיאור של TS המקיף. הזן 1.0 לטעינה של יון קומפלקס מתכת NTA, והזן את הקוטביות ואת מומנט הדיפול של ה- amb. בחר 0 קלווין עבור טמפרטורת הסיבוב ודיפול נעול לטיפול במצב המעבר המקיף.הזן את המסות הממוצעות של קומפלקס מתכת NTA ומוצרי אמב. מכה Enter כדי לקרוא את קבועי הסיבוב 1-D ו- 2-D מקבצי המידול. בחר 0 עבור רוטורים מעוכבים, 1 עבור סימטריה של מולקולות ו- 1 עבור ניוון תגובה.לאחר מכן, הזן ללא שינויים. כדי לטפל בסיבובים דו-ממדיים לא פעילים, בחר באפשרויות ברירת המחדל להתפלגות תנע זוויתית סטטיסטית ושלב התפלגות P-E, G מעל J. השתמש בערך ברירת המחדל של 32 במספר הנקודות באינטגרציה.בתפריט 'מודל', בחרו 'מטב פרמטרים להתאמת נתונים', והזינו את האנרגיה המינימלית והאנרגיה המרבית כדי להתחיל ולסיים את התאמת הנתונים, בהתאמה. בחר 1 עבור סטיות התקן הניסיוניות של מודלי השקלול. בהתבסס על הנתונים, בחר סטיית תקן מינימלית קבילה של בדרך כלל 0.01 עד 0.001.השתמש בערך ברירת המחדל עבור מגבלת ההתכנסות E0 ובחר לא כדי להחזיק פרמטר כלשהו בערך הנוכחי, 0.5 ו- 2.0 electronvolt עבור הגבולות התחתונים והעליונים ו- 2 עבור שיטת ההערכה הנגזרת. בתפריט 'מיטוב', בחרו 'התחל מיטוב'. תוכנית CRUNCH תבצע אופטימיזציה של מודל TCID שנבחר לנתוני הניסוי.לבסוף, בתפריט מודל, בחר delta-H ו- S ב- T להערכה התרמוכימית של שני ערוצי הדיסוציאציה. התמונה המייצגת מציגה את המבנים העיקריים של פפטידים חלופיים לקשירת מתכת A ו- H. הצבע מדגיש את אתרי קשירת המתכת הפוטנציאליים.התלות האנרגטית ביצירת יוני המוצר אמב-מטאל ו-NTA-מתכת מוצגת כאן. אנרגיית ההתנגשות במרכז המסה, שבה יש 50% דיסוציאציה של קומפלקס ה-amb-metal-NTA, נכללת בגרפים. התמונות המייצגות מציגות את מודל הדינמיקה עבור שיטת TCID הנפתרת באנרגיה.ההתנגשויות בין קומפלקס אמבה-אבץ-NTA בתוספת ארגון גורמות לדיסוציאציה לקומפלקס אמבה-אבץ ו-NTA חופשי, או קומפלקס NTA-אבץ ותוצרי אמב"ה חופשיים. אנרגיות הסף E1 ו-E2 שוות ערך ל-0 אנתלפיות קלווין של דיסוציאציה לתגובות קומפלקס אמבה-אבץ-NTA לקומפלקס אמבה-אבץ ו-NTA חופשי, או קומפלקס אמבה-אבץ-NTA לקומפלקס NTA-אבץ ו-ambH חופשי, בהתאמה. קומפלקסים של אמב-מתכת-NTA המותאמים לגיאומטריה של PM6 של A ו-H מוצגים כאן.קונפורמרים אלה שימשו במידול TCID של נתוני הניסוי ונבחרו מתוך מבנים מועמדים אחרים על ידי השוואת האנרגיות האלקטרוניות של PM6 שלהם וכיצד חתכי ההתנגשות המחושבים שלהם בהשוואה לחתכי ההתנגשות של IM-MS נמדדו. ה-TCID שנפתר אנרגטית של ארבעת קומפלקסי ה-amb-metal-NTA מתואר בתמונות אלה. עבור מינים A ו-H, יוני המוצר של אמב-מטאל ו-NTA-מתכת עם התאמות סף CRUNCH מפותלות מוצגים כאן.ערכי האנרגיה הם האנתלפיות של דיסוציאציה ב-0 קלווין עבור התגובות amb-metal-NTA ל-amb-metal ו-NTA חופשי, או amb-metaL-NTA ל-NTA-metal ו-amb חופשי. כאן מוצגת השוואה של האנרגיות החופשיות של גיבס של אסוציאציה בקילוג'ולים לכל שומה וקבועי היווצרות הנגזרים מהאנתלפיות של דיסוציאציה, נטו אפס קלווין, עם חישובי מכניקה סטטית באמצעות הפרמטרים PM6. התגובה של NTA-ניקל ו-ambA חופשי ליצירת קומפלקס ambA-ניקל-NTA מציגה את קבוע ההיווצרות הגבוה ביותר ומייצגת את התגובה שבה החלבון המתויג ב-ambA משותק על-ידי ה-NTA-ניקל בתוך עמודת הזיקה.התאמת CRUNCH דורשת סינון קפדני של מגיבים ומוצרים כדי לקבל אנרגיות סף מדויקות. נדרשת מומחיות במידול מולקולרי להשגת המבנים והפרמטרים המולקולריים המהימנים. ניתן לפתח את השיטות הכוללות המתוארות כאן לסינון היעילות של מולקולות שנועדו לקשור קו-פקטורים מתכתיים ואתרים פעילים של חלבונים כדי לחסום את הפונקציות האנזימטיות.

thermochemical-studies-ni-ii-zn-ii-ternary-complexes-using-ion

Research

JoVE Journal

Chemistry

כימיה

יון ניידות ספקטרומטריית מסה היא המתעוררים גז שלב טכנולוגיה שמפרידה יונים, המבוסס על ההתנגשות שלהם חתך ומסה. השיטה מספקת מידע תלת מימדי על טופולוגיה את הצורה הכוללת של קומפלקסים חלבונים. כאן, אנו המתאר הליך בסיסי לקביעת מכשיר ואופטימיזציה, כיול פעמים להיסחף, ופרשנות של נתונים.

גל T-Ion Mobility-ספקטרומטריית מסה: הפרוצדורות בסיסי לניתוח חלבונים מורכבים

אנו מציגים את הטכניקה למדידה ברמת דיוק גבוהה של יחסי איזוטופים של אבץ באיברי עכבר.

מדידות דיוק אבץ איזוטופי גבוהות יישומים לאיברי עכבר

מוצג האפיון של קומפלקסים שנוצרו ביחסים יחסיים שונים של כספית (II) לטטרפפטידים של דיציסטיניל על ידי יינון אלקטרו-ספריי, ספקטרומטריית מסה אורביטראף.

חקר complexation של מרקורי (II) עם Dicysteinyl Tetrapeptides ידי Ionization electrospray ספקטרומטריית המסה

כאן, אנו מציגים פרוטוקול לתיאור חקירות באתרו לשעבר וב -באתרו של המרות מבניים במשקפיים מתכתי. אנחנו מועסקים שיטות אנליטיות מבוסס על הגרעין אשר לבדוק אינטראקציות hyperfine. נדגים את הישימות של מסות מוסבאואר, פיזור קדימה הגרעין של קרינה סינכרוטרון במהלך הניסויים מונחה-חום.

שיטות של באתרו לשעבר בחיי עיר חקירות של המרות מבניים: המקרה של התגבשות של משקפיים מתכתי

ספקטרומטר מסה (MS) התפתחה כלי חשוב החקירה של מבנה, הדינמיקה של הרכבות macromolecular. כאן, אנחנו משלבים גישות MS לחקור היווצרות מורכבות חלבון ואיגוד ליגנד.

ניתוח ארכיטקטורות חלבון חלבון-ליגנד מתחמי באמצעות ספקטרומטר מסה מבניים אינטגרטיבית

קביעה מדויקת של קצב הזרימה של גזים מפותחת היא המפתח ללמוד את הפרטים של תגובות. אנו מספקים שיטה הרומן ניתוח כמותי של ניתוח הספקטרום האופייני המקביל ניתוח הספקטרום thermogravimetry-המונית על ידי הקמת מערכת כיול של הספקטרום האופייני, רגישות יחסית, להשגת קצב הזרימה.

ניתוח כמותי על-ידי ניתוח הספקטרום Thermogravimetry-המונית לתגובות עם גזים מפותחת

בניידות המסה-הספקטרומטר ההמוני וטכניקות הדוגמנות המולקולריות ניתן לאפיין את ביצועי המתכת הסלקטיבית של הפפטידים העשויים מתכת-כריכה ומתיונין-הנחושת המטאוקובטין. פיתוח מחלקות חדשות של פפטידים מתכת הכלפת יסייע להוביל לtherapeutics עבור מחלות הקשורות באיזון מתכת ביון.

שיטות לקביעת מבנה ומנגנונים של זיהוי יון מתכת וחמצון פעילות של כריכת מתכת Oligopeptides

נייטרלי SO2 אשכולות של אנרגיה קינטית נמוכה (≪ 0.8 eV/בוחרים) משמשים desorb מולקולות פני השטח מורכבים כגון פפטידים או שומנים לניתוח נוסף באמצעות ספקטרומטר מסה באמצעות ספקטרומטר המסה של מלכודת יונים. אין צורך בהכנה לדוגמה מיוחדת, וניתן להתבונן בזמן אמת על תגובות.

ניתוח של מולקולות מורכבות והתגובות שלהם על משטחים באמצעות מצבר-המושרה באמצעות אשכול/אינון המסה ספקטרומטריה

מספר הליכים שונים להכנת חלקיקים לניתוח פני השטח מוצגים (יציקת טיפה, ציפוי ספין, תצהיר מאבקות, קריופיקסציה). אנו דנים באתגרים, בהזדמנויות וביישומים האפשריים של כל שיטה, במיוחד לגבי השינויים במאפייני פני השטח הנגרמים על ידי שיטות ההכנה השונות.

הכנת חלקיקים לניתוח ToF-SIMS ו- XPS

עבודה זו נועדה לקבוע את קינטיקה התגובה של קתודה סוללת ליתיום-יון וחומרי אנודה העוברים בריחה תרמית (TR). ספקטרומטר אנליזה תרמית סימולטנית (STA)/ספקטרומטר אינפרה-אדום התמרת פורייה (FTIR)/ספקטרומטריית מסה של כרומטוגרפיית גז (GC-MS) שימשו לחשיפת אירועים תרמיים ולגילוי גזים שהתפתחו.

זיהוי וכימות מנגנוני הפירוק בסוללות ליתיום-יון; קלט לסימולציית זרימת חום למידול בריחה תרמית

ספקטרומטריית ניידות יונים (IMS) היא השלמה מעניינת לספקטרומטריית מסה לאפיון ביומולקולות, בעיקר משום שהיא רגישה לאיזומריזם. פרוטוקול זה מתאר ניסוי IMS (IMS/IMS) דו-מושבי, המאפשר בידוד של מולקולה ויצירת פרופילי הניידות של שבריה.

שימוש בספקטרומטר ניידות יונים מחזורי לניסויי ניידות יון דו-מושבית

חקור תרמוכימיה של קומפלקסים טרנריים Ni(II) ו-Zn(II) באמצעות ספקטרומטריית ניידות-מסה של יונים ומודלים מולקולריים. שיטה זו מאפשרת אפיון מסלולי תגובה ומבנים קונפורמציוניים ליישומים בביוכימיה.

מחקרים תרמוכימיים של קומפלקסים טרנריים Ni(II) ו-Zn(II) באמצעות ספקטרומטריית ניידות-מסה של יונים

גלה סרטונים נוספים