Name: הפרדה ואיסוף אוטומטיים של חומרים הקשורים לסרטן מדגימות קליניות (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-01-13T14:40:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: למדו פרוטוקול אוטומטי להפרדת DNA חופשי ותאי גידול מסתובבים מדם שלם. שיטה זו ממזערת זיהום ומאפשרת איסוף חומרים הקשורים לסרטן בטוהר גבוה למחקר גנומי של סרטן.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

כתב יד זה נתמך בחלקו על ידי הקרן לפיתוח מכשור רפואי בקוריאה (KMDF, מענק מס 'RS-2020-KD000019) והמכון לפיתוח תעשיית הבריאות של קוריאה (KHIDI, מענק מס' HI19C0521020020).

כל דגימות הדם השלמות התקבלו מחולי סרטן ריאות. המחקר והניתוח בקלינומיקס מתבצעים על ידי המכון לחקר גנומיקה של סרטן, ואישור מחקר IRB על ידי הממשלה מובל על ידי ועדת הביקורת המוסדית של המרכז הרפואי אסאן (IRB NO. 2021-0802) עם מספר IRB רשום למחקר בקלינומיקס.
1. הכנת מדגם
<ol><li>אסוף 9 מ"ל של דם שלם לתוך צינור איסוף דם יציב EDTA או cfDNA.</li>
	<li>מערבבים היטב על ידי היפוך הצינור למעלה ולמטה כ-10 פעמים.</li>
	<li>אחסנו את הדגימות בטמפרטורת החדר (RT; לאחסון לטווח קצר) או בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס (לאחסון לטווח ארוך). אין להקפיא ולהפשיר.</li>
</ol>2. הכנת המכשיר
<ol><li>לחץ על מתג ההפעלה כדי להפעיל את המכשיר. הערה: מסך טעינה מופיע בלוח המגע, והכלי מאותחל. יש להרחיק את הידיים מהמכשיר במהלך האתחול. מסך בחירת המחסנית מופיע לאחר השלמת אתחול המכשיר.</li>
	<li>בחר את המצב לדוגמה לשימוש. שנה את מספר הדוגמאות על-ידי לחיצה על החץ.</li>
</ol>3. הפעלת המכשיר ואיסוף הדגימות
<ol><li>העמסת מחסנית LBx-1<ol><li>בחר את סוג המחסנית בלוח מסך המגע של המכשיר. שנה את מספר הדוגמאות על-ידי לחיצה על לחצן החץ.</li>
		<li>פתח את דלת המכשיר והכנס את כל המחסניות לשימוש לפי סדר המספר על מחזיק המחסנית. הקפד להכניס כראוי את המחסנית ואת מחזיק המחסנית. אם המחסנית אינה מוכנסת כראוי, הדבר עלול לגרום נזק ניכר למכשיר.</li>
		<li>לקבלת ארבע מחסניות בסך הכל, הנח את מחסנית הדמה בשטח הריק של מחזיק המחסנית.</li>
		<li>השתמש בגלגל התמיכה כדי להרכיב את המחסנית ולהדק את אום הנעילה כדי לאבטח אותה.</li>
		<li>סגור את הדלת ולחץ על לחצן RUN במסך לוח המגע. המכשיר סוגר את השסתומים על מחסניות, אשר לוקח כ 30 שניות.</li>
		<li>עקוב אחר ההודעה כדי לפתוח את הדלת, להסיר את גלגל התמיכה ולהסיר את המחסנית הסגורה באמצעות שסתום ממחזיק המחסנית.</li>
		<li>מניחים את המחסנית על השולחן ומתכוננים להזריק את כל דגימת הדם. פיפטה מקסימום של 10 מ"ל של דגימת דם שלמה באמצעות פיפטה סרולוגית. אזהרה: סכנות הטיפול בדם. במהלך כל הליך הטיפול בדגימות דם וריאגנטים, חשוב ללבוש מעיל מעבדה וכפפות מעבדה. MSDS בתנאי צריך להיות נחקר ביסודיות על ידי עובדי המעבדה.</li>
		<li>הכנס את קצה הפיפטה עמוק לתוך כניסת הדגימה של המחסנית והזריק באיטיות את כל דגימת הדם. הערה בעת שימוש ביותר או שווה ל-9 מ"ל של דגימת דם שלמה, אין צורך בתוספת מלח עם מאגר פוספט (PBS). בעת שימוש בפחות מ-9 מ"ל של דגימת דם שלמה, הוסף PBS כדי להפוך את הנפח הכולל ל-9 מ"ל. לדוגמה, בעת שימוש ב- 7.2 מ"ל של דם שלם, אנא הוסף 1.8 מ"ל של PBS לכניסת הדגימה. פיפטה סרולוגית או קצה פיפטה יכולים לשמש להזרקת דם שלם ו- PBS. בעת שימוש בפחות מ-8 מ"ל של דגימת דם שלמה, ייתכן שלא ניתן לשחזר את הפרווה של באפי אפילו על ידי הוספת 1 מ"ל של PBS. להכנת gDNA, השתמש ב-200 μL של דם שלם, שהופרד לפני שלב זה.</li>
		<li>הכנס את המחסניות לשימוש לפי סדר המספר במחזיק המחסנית. השתמש בגלגל התמיכה כדי להרכיב את המחסנית ולהדק את אום הנעילה כדי לאבטח אותה. סגור את הדלת ולחץ על בסדר לחצן. הערה: פלזמה ופרווה באפי מופרדות מדם שלם באופן אוטומטי, מה שאורך כ-30 דקות. שים לב סכנה במהלך הפעולה. פתיחת הדלת או נגיעה במכשיר במהלך פעולות סיבוב במהירות גבוהה עלולה לגרום לפציעות חמורות. קיים גם סיכון לפציעה עקב העמסה אסימטרית של הרוטור. אם רעידות ורעשים חריגים מתרחשים כאשר המכשיר מתחיל בהעשרת תאים בסיוע או במצב מומחה, מיקום המחסנית עשוי להיות לא סימטרי. לחץ מיד על מקש ההפעלה כדי לעצור ולהתקין כראוי את המחסנית.</li>
		<li>חפשו את ההודעה על המסך המלווה בצליל אזעקה, המופיע כאשר ההפרדה בין הפלזמה למעיל באפי הושלמה.</li>
		<li>עצור את השעון המעורר על-ידי פתיחת הדלת או לחיצה על לחצן STOP . פתח את הדלת, הסר את המחסנית והנח אותה על השולחן.</li>
		<li>לשחזר 3 מ"ל של פלזמה מן מוצא פלזמה באמצעות קצה פיפטה 1 מ"ל. שחזר את ציפוי באפי של 3 מ"ל משקע מעיל באפי באמצעות קצה פיפטה של 1 מ"ל.</li>
	</ol></li>
	<li>טעינת מחסנית LBx-2<ol><li>בחר את שם המחסנית בלוח מסך המגע של המכשיר. שנה את מספר הדוגמאות על-ידי לחיצה על לחצן החץ.</li>
		<li>פתח את הדלת והכנס את המחסניות לשימוש לפי סדר המספר על מחזיק המחסנית.</li>
		<li>לקבלת ארבע מחסניות בסך הכל, הנח את מחסנית הדמה בשטח הריק של מחזיק המחסנית.</li>
		<li>השתמש בגלגל התמיכה כדי להרכיב את המחסנית ולהדק את אום הנעילה כדי לאבטח אותה. הקפד להכניס כראוי את המחסנית למחזיק המחסנית. אם המחסנית אינה מוכנסת כראוי, הדבר עלול לגרום נזק ניכר למכשיר.</li>
		<li>סגור את הדלת ולחץ על לחצן RUN במסך לוח המגע. המכשיר סוגר את השסתומים על המחסנית, אשר לוקח כ 30 שניות.</li>
		<li>עקוב אחר ההודעה כדי לפתוח את הדלת, להסיר את גלגל התמיכה, להסיר את המחסנית הסגורה באמצעות שסתום ממחזיק המחסנית ולהניח אותה על השולחן.</li>
		<li>מניחים את המחסנית על השולחן ומתכוננים להזריק את תמיסת שיפוע הצפיפות ואת כל דגימת הדם. בדוק את נפח תמיסת שיפוע הצפיפות ואת PBS שיש להזריק בהתאם לנפח דגימת הדם כולה (טבלה משלימה 1).</li>
		<li>פיפטה את תמיסת גרדיאנט הצפיפות באמצעות פיפטה סרולוגית. הכנס את קצה הפיפטה עמוק לתוך פתח הכניסה של המחסנית והזרק באיטיות את תמיסת שיפוע הצפיפות.</li>
		<li>לאחר הזרקת תמיסת שיפוע הצפיפות, פיפטה את כל דגימת הדם באמצעות פיפטה סרולוגית. הכנס את קצה הפיפטה עמוק לתוך כניסת הדגימה של המחסנית והזריק באיטיות את כל דגימת הדם. הערה: בעת שימוש בפחות מ-9 מ"ל מדגימת הדם כולה, הוסף PBS על-ידי הפניה לטבלה זו (טבלה משלימה 1).</li>
		<li>הכנס את המחסניות לשימוש לפי המספר על מחזיק המחסנית. השתמש בגלגל התמיכה כדי להרכיב את המחסנית ולהדק את אום הנעילה כדי לאבטח אותה. סגור את הדלת ולחץ על בסדר לחצן.</li>
		<li>פלזמה ו- PBMC מופרדים מדם שלם באופן אוטומטי, מה שלוקח בערך 30 דקות. חפש את ההודעה המופיעה מלווה בצליל אזעקה, כאשר הפרדת הפלזמה וה- PBMC הושלמה.</li>
		<li>עצור את השעון המעורר על-ידי פתיחת הדלת או לחיצה על לחצן STOP . פתח את הדלת, הסר את המחסנית והנח אותה על השולחן.</li>
		<li>לשחזר 3 מ"ל של פלזמה מן מוצא פלזמה באמצעות קצה פיפטה 1 מ"ל. שחזר 3 מ"ל של PBMC משקע PBMC באמצעות קצה פיפטה של 1 מ"ל.</li>
	</ol></li>
	<li>טעינת מחסנית FAST-auto<ol><li>בחר את המחסנית בלוח מסך המגע של המכשיר. שנה את מספר הדוגמאות על-ידי לחיצה על לחצן החץ.</li>
		<li>פתח את הדלת והכנס את המחסניות לשימוש לפי סדר המספר על מחזיק המחסנית. לקבלת ארבע מחסניות בסך הכל, הנח את מחסנית הדמה בשטח הריק של מחזיק המחסנית.</li>
		<li>השתמש בגלגל התמיכה כדי להרכיב את המחסנית ולהדק את אום הנעילה כדי לאבטח אותה.</li>
		<li>סגור את הדלת ולחץ על לחצן RUN במסך משטח המגע. המכשיר סוגר את השסתומים על המחסנית, אשר לוקח כ 30 שניות.</li>
		<li>עקוב אחר ההודעה כדי לפתוח את הדלת, להסיר את גלגל התמיכה ולהסיר את המחסנית הסגורה באמצעות שסתום ממחזיק המחסנית.</li>
		<li>מניחים את המחסנית על השולחן ומתכוננים להזריק את תמיסת ה- PBS ודגימת דם שלמה. פיפטה 6 מ"ל של תמיסת PBS באמצעות פיפטה סרולוגית. הכנס את קצה הפיפטה עמוק לתוך כניסת ה- PBS של המחסנית והזרק באיטיות 6 מ"ל של תמיסת PBS.</li>
		<li>לאחר הזרקת תמיסת PBS, פיפטה 3 מ"ל של דם שלם או דגימת PBMC שהתקבלה מ- LBx-2 באמצעות פיפטה סרולוגית, אשר נשטפה בעבר עם 1% BSA כדי למנוע הידבקות של שאריות. הכנס את קצה הפיפטה עמוק לתוך כניסת הדגימה של המחסנית והזריק באיטיות את כל דגימת הדם.</li>
		<li>הכנס את המחסניות לשימוש לפי סדר המספר במחזיק המחסנית. השתמש בגלגל התמיכה כדי להרכיב את המחסנית ולהדק את אום הנעילה כדי לאבטח אותה. סגור את הדלת ולחץ על בסדר לחצן.</li>
		<li>CTCs מועשרים מדם שלם באופן אוטומטי, אשר לוקח בערך 15 דקות. חפש הודעה שמופיעה מלווה בצליל אזעקה עם השלמת העשרת ה- CTCs. עצור את השעון המעורר על-ידי פתיחת הדלת או לחיצה על לחצן STOP .</li>
		<li>פתח את הדלת, הסר את המחסנית והנח אותה על השולחן. הכנס את מסיר הלוח האחורי (BPR) לארבעת החורים בחזית המחסנית. לחץ על הכנף הכחולה כהה עם האגודלים של שתי הידיים, ולאחר מכן לחץ על הגוף הכחול בהיר עד שהוא לוחץ.</li>
		<li>הסר בזהירות את גוף המחסנית על ידי הרמתה. מרימים בעדינות רבה את קרום המסנן עד הקצה באמצעות פינצטה. אנא הקפידו להשתמש בשפה החיצונית (החלק בעל הקצה הרחב של 1 מ"מ) של קרום המסנן כדי לצבוט ולהחזיק את קרום המסנן.</li>
		<li>בזהירות למקם את קרום המסנן (שעליו CTCs מועשרים שוכנים) לתוך צינור 1.5 מ"ל להכנת חומצת גרעין. במידת הצורך, לשחזר את הדם מסונן לשקע הדם באמצעות קצה פיפטה 1 מ"ל.</li>
	</ol></li>
</ol>4. תחזוקת המערכת
<ol><li>הכנה לניקוי וחיטוי המכשיר<ol><li>נקו את כל המשטחים הנגישים של המכשיר והאביזרים פעם בשבוע באמצעות אתנול ורקמות מיובשות, וגם מיד כאשר מזוהמים.</li>
		<li>נקו את הקערה ואת פיר הרוטור באופן קבוע באמצעות אלכוהול (אתנול ואיזופרופנול) או חומרי חיטוי על בסיס אלכוהול.</li>
	</ol></li>
	<li>ניקוי וחיטוי המכשיר הערה: לפתרון בעיות כלליות ולהערות אחרות במחשב, עיין בטבלה משלימה 2.<ol><li>כבה את המכשיר באמצעות מתג ההפעלה הראשי. נתק את תקע החשמל מספק הכוח.</li>
		<li>פתחו את הדלת ונקו וחטאו את כל המשטחים הנגישים של המכשיר, כולל כבל החשמל, באמצעות מטלית לחה וחומרי הניקוי המומלצים.</li>
		<li>בדוק את פיר הרוטור עבור נזק. בדוק את המכשיר עבור קורוזיה ונזק.</li>
		<li>חבר את המכשיר לספק הכוח רק אם הוא יבש לחלוטין מבפנים ומבחוץ.</li>
	</ol></li>
	<li>נתקו את תקע החשמל הראשי והסירו את מחזיק הנתיכים. מחזיק הנתיך ממוקם מעל שקע החשמל. החלף את הנתיך המשומש בנתיך רזרבי מהמיכל.</li>
</ol>

<ol><li>Babayan, A., Pantel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+liquid+biopsy+approaches+for+early+detection+and+monitoring+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Medicine%22%5BJournal%5D)">Advances in liquid biopsy approaches for early detection and monitoring of cancer.</a> Genome Medicine. 10 (1), 21(2018).</li>
<li>Crowley, E., Di Nicolantonio, F., Loupakis, F., Bardelli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Liquid+biopsy%3A+monitoring+cancer-genetics+in+the+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Clinical+Oncology%22%5BJournal%5D)">Liquid biopsy: monitoring cancer-genetics in the blood.</a> Nature Reviews Clinical Oncology. 10 (8), 472-484 (2013).</li>
<li>Bardelli, A., Pantel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Liquid+biopsies%2C+what+we+do+not+know+%28yet%29%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Liquid biopsies, what we do not know (yet).</a> Cancer Cell. 31 (2), 172-179 (2017).</li>
<li>Mattox, A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+liquid+biopsies+for+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Translational+Medicine%22%5BJournal%5D)">Applications of liquid biopsies for cancer.</a> Science Translational Medicine. 11 (507), (2019).</li>
<li>Heitzer, E., Perakis, S., Geigl, J. B., Speicher, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+potential+of+liquid+biopsies+for+the+early+detection+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Precision+Oncology%22%5BJournal%5D)">The potential of liquid biopsies for the early detection of cancer.</a> NPJ Precision Oncology. 1 (1), 36(2017).</li>
<li>Scudellari, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Myths+that+will+not+die%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Myths that will not die.</a> Nature. 582 (7582), 322-326 (2015).</li>
<li>Prasad, V., Fojo, T., Brada, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Precision+oncology%3A+origins%2C+optimism%2C+and+potential%5BTitle%5D)+AND+%22The+Lancet+Oncology%22%5BJournal%5D)">Precision oncology: origins, optimism, and potential.</a> The Lancet Oncology. 17 (2), 81-86 (2016).</li>
<li>Prasad, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspective%3A+The+precision-oncology+illusion%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Perspective: The precision-oncology illusion.</a> Nature. 537 (7619), 63(2016).</li>
<li>Siravegna, G., Marsoni, S., Siena, S., Bardelli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+liquid+biopsies+into+the+management+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Clinical+Oncology%22%5BJournal%5D)">Integrating liquid biopsies into the management of cancer.</a> Nature Reviews Clinical Oncology. 14 (9), 531-548 (2017).</li>
<li>Bettegowda, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+circulating+tumor+DNA+in+early-and+late-stage+human+malignancies%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Translational+Medicine%22%5BJournal%5D)">Detection of circulating tumor DNA in early-and late-stage human malignancies.</a> Science Translational Medicine. 6 (224), 24(2014).</li>
<li>Udomruk, S., Orrapin, S., Pruksakorn, D., Chaiyawat, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Size+distribution+of+cell-free+DNA+in+oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Critical+Reviews+in+Oncology%2FHematology%22%5BJournal%5D)">Size distribution of cell-free DNA in oncology.</a> Critical Reviews in Oncology/Hematology. 166, 103455(2021).</li>
<li>Paterlini-Brechot, P., Benali, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+tumor+cells+%28CTC%29+detection%3A+clinical+impact+and+future+directions%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Letters%22%5BJournal%5D)">Circulating tumor cells (CTC) detection: clinical impact and future directions.</a> Cancer Letters. 253 (2), 180-204 (2007).</li>
<li>Loeian, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Liquid+biopsy+using+the+nanotube-CTC-chip%3A+capture+of+invasive+CTCs+with+high+purity+using+preferential+adherence+in+breast+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+on+a+Chip%22%5BJournal%5D)">Liquid biopsy using the nanotube-CTC-chip: capture of invasive CTCs with high purity using preferential adherence in breast cancer patients.</a> Lab on a Chip. 19 (11), 1899-1915 (2019).</li>
<li>Rikkert, L. G., Van Der Pol, E., Van Leeuwen, T. G., Nieuwland, R., Coumans, F. A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Centrifugation+affects+the+purity+of+liquid+biopsy-based+tumor+biomarkers%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+Part+A%22%5BJournal%5D)">Centrifugation affects the purity of liquid biopsy-based tumor biomarkers.</a> Cytometry Part A. 93 (12), 1207-1212 (2018).</li>
<li>Sharma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+tumor+cell+isolation%2C+culture%2C+and+downstream+molecular+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+advances%22%5BJournal%5D)">Circulating tumor cell isolation, culture, and downstream molecular analysis.</a> Biotechnology advances. 36 (4), 1063-1078 (2018).</li>
<li>Bennett, C. W., Berchem, G., Kim, Y. J., El-Khoury, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+DNA+and+next-generation+sequencing+in+the+service+of+personalized+medicine+for+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncotarget%22%5BJournal%5D)">Cell-free DNA and next-generation sequencing in the service of personalized medicine for lung cancer.</a> Oncotarget. 7 (43), 71013(2016).</li>
<li>Lowes, L. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+tumor+cells+%28CTC%29+and+cell-free+DNA+%28cfDNA%29+workshop+2016%3A+scientific+opportunities+and+logistics+for+cancer+clinical+trial+incorporation%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">Circulating tumor cells (CTC) and cell-free DNA (cfDNA) workshop 2016: scientific opportunities and logistics for cancer clinical trial incorporation.</a> International Journal of Molecular Sciences. 17 (9), 1505(2016).</li>
<li>Bryzgunova, O. E., Konoshenko, M. Y., Laktionov, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Concentration+of+cell-free+DNA+in+different+tumor+types%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Review+of+Molecular+Diagnostics%22%5BJournal%5D)">Concentration of cell-free DNA in different tumor types.</a> Expert Review of Molecular Diagnostics. 21 (1), 63-75 (2021).</li>
<li>Park, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+tumour+cells+as+an+indicator+of+early+and+systemic+recurrence+after+surgical+resection+in+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Circulating tumour cells as an indicator of early and systemic recurrence after surgical resection in pancreatic ductal adenocarcinoma.</a> Scientific Reports. 11 (1), 1-12 (2021).</li>
<li>Heidrich, I., Ačkar, L., Mossahebi Mohammadi, P., Pantel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Liquid+biopsies%3A+Potential+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Cancer%22%5BJournal%5D)">Liquid biopsies: Potential and challenges.</a> International Journal of Cancer. 148 (3), 528-545 (2021).</li>
<li>Celec, P., Vlková, B., Lauková, L., Bábíčková, J., Boor, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+DNA%3A+the+role+in+pathophysiology+and+as+a+biomarker+in+kidney+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Reviews+in+Molecular+Medicine%22%5BJournal%5D)">Cell-free DNA: the role in pathophysiology and as a biomarker in kidney diseases.</a> Expert Reviews in Molecular Medicine. 20, 1(2018).</li>
<li>Thierry, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Origin+and+quantification+of+circulating+DNA+in+mice+with+human+colorectal+cancer+xenografts%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Origin and quantification of circulating DNA in mice with human colorectal cancer xenografts.</a> Nucleic Acids Research. 38 (18), 6159-6175 (2010).</li>
<li>Moreira, V. G., de la Cera Martínez, T., Gonzalez, E. G., Garcia, B. P., Menendez, F. V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increase+in+and+clearance+of+cell-free+plasma+DNA+in+hemodialysis+quantified+by+real-time+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Chemistry+and+Laboratory+Medicine+%28CCLM%29%22%5BJournal%5D)">Increase in and clearance of cell-free plasma DNA in hemodialysis quantified by real-time PCR.</a> Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (CCLM). 44 (12), 1410-1415 (2006).</li>
<li>Gauthier, V. J., Tyler, L. N., Mannik, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blood+clearance+kinetics+and+liver+uptake+of+mononucleosomes+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Immunology%22%5BJournal%5D)">Blood clearance kinetics and liver uptake of mononucleosomes in mice.</a> Journal of Immunology. 156 (3), 1151-1156 (1996).</li>
<li>Meng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+tumor+cells+in+patients+with+breast+cancer+dormancy%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Cancer+Research%22%5BJournal%5D)">Circulating tumor cells in patients with breast cancer dormancy.</a> Clinical Cancer Research. 10 (24), 8152-8162 (2004).</li>
<li>Alix-Panabières, C., Pantel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+in+circulating+tumour+cell+research%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Challenges in circulating tumour cell research.</a> Nature Reviews Cancer. 14 (9), 623-631 (2014).</li>
<li>Zhou, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+circulating+tumor+cells+in+non-small-cell-lung-cancer+patients+using+a+multi-flow+microfluidic+channel%5BTitle%5D)+AND+%22Microsystems+%26+Nanoengineering%22%5BJournal%5D)">Isolation of circulating tumor cells in non-small-cell-lung-cancer patients using a multi-flow microfluidic channel.</a> Microsystems & Nanoengineering. 5 (1), 8(2019).</li>
<li>Sajay, B. N. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+an+optimal+and+unbiased+approach+for+tumor+cell+isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Biomedical+Microdevices%22%5BJournal%5D)">Towards an optimal and unbiased approach for tumor cell isolation.</a> Biomedical Microdevices. 15 (4), 699-709 (2013).</li>
<li>Bailey, P. C., Martin, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insights+on+CTC+biology+and+clinical+impact+emerging+from+advances+in+capture+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Insights on CTC biology and clinical impact emerging from advances in capture technology.</a> Cells. 8 (6), 553(2019).</li>
<li>Ahn, S. M., Simpson, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Body+fluid+proteomics%3A+Prospects+for+biomarker+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics-Clinical+Applications%22%5BJournal%5D)">Body fluid proteomics: Prospects for biomarker discovery.</a> Proteomics-Clinical Applications. 1 (9), 1004-1015 (2007).</li>
</ol>

למחברים אין ניגודי עניינים הקשורים לעבודה זו.

הכמות והריכוז של cfDNA ו- CTC תלויים באדם, בשלב ובסוג הסרטן. זה גם תלוי במצבו של המטופל 2,4,5,10,20. בפרט, בשלבים המוקדמים או הטרום סרטניים של סרטן, הריכוזים של חומרים הקשורים לסרטן הם נמוכים מאוד, ולכן קיימת אפשרות גבוהה כי זה לא יכול להיות מזוהה. עם זאת, לגילוי מוקדם יש השפעה חיובית מאוד על הישרדות המטופלים ועל קביעת אסטרטגיית הטיפול. מכיוון של-cfDNA ול-CTC ...

גילוי מוקדם ומדויק של מחלות שונות, כולל סרטן, הוא הגורם החשוב ביותר בקביעת אסטרטגיית טיפול 1,2,3,4. בפרט, גילוי מוקדם של סרטן קשור קשר הדוק עם סיכויי הישרדות מוגברים עבור המטופל 5,6,7,8. לאחרונה, ביופסיות נוזליות היו באור הזרקורים לגילוי מוקדם של סרטן. גידולים מוצקים עוברים אנגיוגנזה ומשחררים חומרים שונים לדם. בפרט, דנ"א במחזור (ctDNAs), רנ"א במחזור (ctRNAs), חלבונים, שלפוחיות כגון אקסוזומים ותאי גידול במחזור הדם (CTCs) נמצאו בדמם של חולי סרטן 2,9. למרות שיש הבדלים בכמות החומרים הללו, הם נצפים בעקביות לא רק בשלבים המוקדמים אלא גם בשלבים מאוחרים יותר 6,10. עם זאת, הבדלים בודדים אלה הם גבוהים מאוד; לדוגמה, כמות הדנ"א נטול התאים (cfDNA) המכילה ctDNA היא פחות מ-1,000 ננוגרם, ומספר ה-CTCs קטן מ-100 ב-10 מ"ל של דם שלם מחולי סרטן11,12,13. מחקרים רבים אפיינו סרטן בשימוש בחומרים אלה בכמויות קטנות יותר (כלומר, cfDNA, ctDNA ו- CTCs). כדי להשיג תוצאות מדויקות, חשוב להפריד במדויק כמויות קטנות של חומרים עם טוהר גבוה13,14. שיטות צנטריפוגה קונבנציונליות משמשות בדרך כלל, אך הן קשות לטיפול ויש להן טוהר נמוך בהתאם למיומנות המשתמש. מאז גילוי ה-CTCs, פותחו מספר טכניקות הפרדה, כגון צנטריפוגה או הפרדת דרגות צפיפות, אימונובייד ושיטות מיקרופלואידיות. מספר טכניקות הכלה פותחו מאז גילוי CTCs. עם זאת, טכניקות אלה מוגבלות לעתים קרובות כאשר יש צורך לבודד תאים מן השבבים השונים ואת הממברנות המשמשים לבודד אותם15. כמו כן, שיטות התיוג דורשות ציוד כגון FACS, ויש מגבלות לתהליך במורד הזרם עקב זיהום תיוג.
לאחרונה, השימוש בביופסיות נוזליות גדל, ומחקרים שונים נערכים לגילוי מוקדם של סרטן. למרות ששיטה זו פשוטה, עדיין ישנם קשיים בניתוח במורד הזרם, ומחקרים שונים מנסים להתגבר על קשיים אלה16,17. בנוסף, אתרים רבים, כולל בתי חולים, דורשים שיטות אוטומטיות, ניתנות לשחזור וטוהר גבוה הנוחות לשימוש. כאן פיתחנו מעבדה על דיסק להפרדה אוטומטית של חומרים מדגימות דם לאחר ביופסיה נוזלית. התקנים אלה מבוססים על העיקרון של צנטריפוגה, מיקרופלואידיקה ולכידת תאים בגודל נקבוביות. ישנם שלושה סוגים של דיסקים: LBx-1 יכול לרכוש פלזמה וציפוי באפי, בעוד LBx-2 יכול לרכוש פלזמה ו- PBMC מדם שלם עם נפח של פחות מ -10 מ"ל; FAST-auto יכול גם לרכוש CTCs באמצעות קרום הניתן להסרה מהדיסק. ניתן להשתמש בעד ארבעה מכל דיסק בהפעלה אחת. מעל לכל, היתרון של מכשיר ושיטה זו הוא כי הוא יכול לקבל מגוון רחב של חומרים שמקורם בסרטן מאותה דגימה באמצעות כמות קטנה של דם. משמעות הדבר היא כי הדם של המטופל רק צריך להיות נמשך פעם אחת. בנוסף, יש לו את היתרון של אי הכללת טעויות עקב הבדלים בתקופת דגימת הדם. פלטפורמה זו קלה לשימוש ומספקת תוצאות מדויקות עבור ביופסיות נוזליות ויישומים במורד הזרם. בפרוטוקול זה, השימוש במכשיר ובמחסנית מוצג.

<table><tbody><tr><td>1% BSA (אלבומין סרום בקר)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A3059</td><td></td></tr><tr><td>1.5 מ"ל צינור מיקרוצנטריפוגה</td><td>Axygen</td><td>MCT-150-C-S</td><td></td></tr><tr><td>15 מ"ל צינור חרוטי</td><td>SPL</td><td>50015</td><td></td></tr><tr><td>4150 TapeStation System</td><td>Agilent</td><td>G2992AA</td><td>סרט מסך DNA נטול תאים (Agilent, 5067-5630), מאגר דגימת DNA ללא תאים (Agilent, 5067-5633)</td></tr><tr><td>Apostle MiniMax ערכת בידוד DNA ללא תאים ביעילות גבוהה&nbsp;</td><td>השליח</td><td>A17622-250</td><td>5 מ"ל X 50 גרסת הכנה</td></tr><tr><td>BD שפופרות איסוף דם</td><td>BD</td><td>367525</td><td>EDTA (10 מ"ל)</td></tr><tr><td>BioViewCCBS</td><td>Clinomics</td><td></td><td>BioView Clinomics-Customized Bioview System. ציוד התאמה אישית מבוסס מיקרוסקופ Allegro Plus</td></tr><tr><td>CD45 נוגדן חד שבטי (HI30), PE-Alexa Fluor 610</td><td>Invitrogen</td><td>MHCD4522</td><td></td></tr><tr><td>FAST Auto מחסנית</td><td>Clinomics</td><td>CLX-M3001</td><td></td></tr><tr><td>LBx-1 מחסנית</td><td>Clinomics</td><td>CLX-M4101</td><td></td></tr><tr><td>LBx-2 מחסנית</td><td>Clinomics</td><td>CLX-M4201</td><td></td></tr><tr><td>OPR-2000 מכשיר</td><td>Clinomics</td><td>CLX-I2001</td><td></td></tr><tr><td>כיסוי זכוכית</td><td>Marienfeld Superior</td><td>HSU-0101040</td><td></td></tr><tr><td>DynaMag 2 מגנט מעמד</td><td>תרמו פישר מדעי</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>Ficoll Paque Solution</td><td>GE healthcare</td><td>17-1440-03</td><td>צפיפות שיפוע</td></tr><tr><td>פתרון קצה מסנן, 10 ומיקרו; L</td><td>Axygen</td><td>AX-TF-10</td><td>קצות פיפטה עם מחסומי אירוסול מומלצים כדי לסייע במניעת זיהום צולב.</td></tr><tr><td>קצה מסנן, 200 ומיקרו; L</td><td>Axygen</td><td>AX-TF-200</td><td>קצות פיפטה עם מחסומי אירוסול מומלצים כדי לסייע במניעת זיהום צולב.</td></tr><tr><td>קצה מסנן, 100 ומיקרו; L</td><td>Axygen</td><td>AX-TF-100</td><td>קצות פיפטה עם מחסומי אירוסול מומלצים כדי לסייע במניעת זיהום צולב.</td></tr><tr><td>קצה מסנן, 1000 ומיקרו; L</td><td>Axygen</td><td>AX-TF-1000</td><td>קצות פיפטה עם מחסומי אירוסול מומלצים כדי לסייע במניעת זיהום צולב.</td></tr><tr><td>FITC אנטי-אנושי CD326 (EpCAM) נוגדן</td><td>BioLegend</td><td>324204</td><td></td></tr><tr><td>FITC עכבר אנטי-אנושי ציטוקרטין</td><td>BD Biosciences</td><td>347653</td><td></td></tr><tr><td>תמיסת פורמלדהיד (35% משקל ב-H2O)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>433284</td><td></td></tr><tr><td>Kimtech Science מגבים</td><td>יוהאן-קימברלי</td><td>41117</td><td></td></tr><tr><td>כפפת לטקס</td><td>Microflex</td><td>63-754</td><td></td></tr><tr><td>מתלה להפרדת חרוזים מגנטיים</td><td>V& P Scientific</td><td>VP 772F2M-2</td><td></td></tr><tr><td>צנרת ידנית&nbsp; (0.5-10 ומיקרו; L)</td> <td>Eppendorf</td><td>3120000020</td><td></td></tr><tr><td>צנרת ידנית&nbsp; (2-20 ומיקרו; L)</td> <td>Eppendorf</td><td>3120000038</td><td></td></tr><tr><td>צנרת ידנית&nbsp; (10-100 ומיקרו; L)</td> <td>Eppendorf</td><td>3120000046</td><td></td></tr><tr><td>צנרת ידנית&nbsp; (20-200 ומיקרו; L)</td> <td>Eppendorf</td><td>3120000054</td><td></td></tr><tr><td>צנרת ידנית&nbsp; (100-1000 ומיקרו; L)</td> <td>Eppendorf</td><td>3120000062</td><td></td></tr><tr><td>מדיום הרכבה עם DAPI&nbsp;- מימי, Fluoroshield</td><td>abcam</td><td>ab104139</td><td></td></tr><tr><td>בקרת IgG אנושית רגילה</td><td>R& D Systems</td><td>1-001-A</td><td></td></tr><tr><td>OLYMPUS BX-UCB</td><td>Olympus</td><td>9217316</td><td></td></tr><tr><td>Pan Cytokeratin נוגדן חד שבטי (AE1/AE3), Alexa Fluor 488</td><td>Invitrogen</td><td>53-9003-82</td><td></td></tr><tr><td>PBS (תמיסת מלח חוצצת פוספט)</td><td>Corning</td><td>21-040CVC</td><td></td></tr><tr><td>נייד Pipet Aid</td><td>Drummond</td><td>4-000-201</td><td></td></tr><tr><td>זכוכית שקופיות</td><td>Marienfeld Superior</td><td>HSU-1000612</td><td></td></tr><tr><td>StainTray Staining Box</td><td>Simport</td><td>M920</td><td></td></tr><tr><td>פיפטה סרולוגית סטרילית (10 מ"ל)</td><td>SPL</td><td>91010</td><td></td></tr><tr><td>Triton&nbsp; תמיסת X-100</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>93443</td><td></td></tr><tr><td>TWEEN&nbsp; 20</td><td>Sigma Aldrich</td><td>P7949</td><td></td></tr><tr><td>דם</td><td></td><td></td> מלא <td>מאוחסן בטמפרטורה של 4-8 מעלות; C על ידי איסוף בצינור יציב EDTA או cfDNA: אם הדם כולו אינו מספיק ב-9 מ"ל, הוסף PBS (מי מלח עם פוספט) לפי הצורך.</td></tr><tr><td>X-Cite 120Q (תאורת מנורת פלואורסצנטי)</td><td>Excelitas</td><td>010-00157</td><td></td></tr></tbody></table>

הפרדה ואיסוף אוטומטיים של חומרים הקשורים לסרטן מדגימות קליניות

Automatic Separation and Collection of Cancer-Related Substances from Clinical Samples

לאחרונה, ביופסיות נוזליות שימשו לאבחון מחלות שונות, כולל סרטן. נוזלי גוף מכילים חומרים רבים, כולל תאים, חלבונים וחומצות גרעין שמקורם ברקמות רגילות, אך חלק מחומרים אלה מקורם גם באזור החולה. החקירה והניתוח של חומרים אלה בנוזלי הגוף ממלאים תפקיד מרכזי באבחון מחלות שונות. לכן, חשוב להפריד במדויק את החומרים הנדרשים, וכמה טכניקות מפותחות לשימוש למטרה זו.
פיתחנו סוג מעבדה על דיסק של מכשיר ופלטפורמה בשם CD-PRIME. מכשיר זה הוא אוטומטי ויש לו תוצאות טובות עבור זיהום מדגם ויציבות הדגימה. יתר על כן, יש לו יתרונות של תשואת רכישה טובה, זמן פעולה קצר, ושכפול גבוה. בנוסף, בהתאם לסוג הדיסק שיש להרכיב, ניתן להפריד פלזמה המכילה DNA ללא תאים, תאי גידול במחזור, תאים חד-גרעיניים של דם היקפי או ציפויי באפי. לפיכך, רכישת מגוון חומרים הנמצאים בנוזלי הגוף יכולה להיעשות עבור מגוון רחב של יישומים במורד הזרם, כולל המחקר של omics.

המטרה של טכניקה זו היא לבודד בקלות ובאופן אוטומטי חומרים הקשורים לסרטן מדם שלם. בפרט, כל אחד יכול להשתמש בטכניקה זו בכל תחומי המחקר והניתוח המתאימים. ההפרדה בו זמנית וניתנת לשחזור של חומרים מרובים בדגימת דם אחת היא משמעותית בביופסיות נוזליות. דיסקיות LBx-1 ו- LBx-2 משמשות לבידוד פלזמה וציפוי באפי או PBMC מדם שלם. איור 1 מציג את החומרים המופרדים על-ידי היישום של מכשיר זה. ראשית, הפלזמה התקבלה מ 10 מ"ל של דם באמצעות LBx-1 או PBMCs התקבלו באמצעות LBx-2. שנית, 3 מ"ל של ציפוי באפי שהופרד הוזרקו מ...

מאמר זה מתאר את היישום של ציוד אוטומטי כדי להפריד ולאסוף בקלות וביעילות, כגון DNA ללא תאים ותאי גידול במחזור, מדם שלם.

Recently, liquid biopsies have been used to diagnose various diseases, including cancer. Body fluids contain many substances, including cells, proteins, ...

הפרוטוקול שלנו ידידותי למשתמש. באמצעות טכניקה זו, כל אחד יכול בקלות לבודד רכיב מן הדם. ניתן למזער את הזיהום ולהפריד חומרים בצורה מדויקת.עם אוטומציה והקמת פרוטוקול זה, חוקרים יכולים להשיג בקלות חומרים הקשורים לסרטן עם טוהר גבוה, אשר מועיל עבור מחקרים שונים במורד הזרם. בפרט, הוא צפוי לספק יתרונות חשובים למחקר משתמשי הקצה. מי שידגים את ההליך שלהם יהיה ג'יי ג'ונג, חוקר בכיר ועוזר מנהל במכון לחקר הגנומיקה של הסרטן.כדי להתחיל, טען את מחסנית LBx 1 על-ידי בחירת סוג המחסנית בלוח מסך המגע של המכשיר. לחץ על לחצן החץ כדי לשנות את מספר הדוגמאות. לאחר מכן, פתח את דלת המכשיר והכנס את כל המחסניות לשימוש לפי סדר המספר על מחזיק המחסנית.לקבלת ארבע מחסניות בסך הכל, הנח את מחסנית הדמה בשטח הריק של מחזיק המחסנית. השתמש בגלגל התמיכה כדי להרכיב את המחסנית ולהדק את אום הנעילה כדי לאבטח אותה. סגור את הדלת ולחץ על לחצן ההפעלה במסך לוח המגע.המכשיר סוגר את השסתומים במחסניות דבר שאורך כ-30 שניות. עקוב אחר ההודעה כדי לפתוח את הדלת. הסר את גלגל התמיכה והסר את המחסנית הסגורה באמצעות שסתום ממחזיק המחסנית.פיפטה מקסימום של 10 מיליליטר של דגימת דם שלמה באמצעות פיפטה סרולוגית. הכנס את קצה הפיפטה עמוק לתוך פתח הדגימה של המחסנית, והזריק באיטיות את כל דגימת הדם. לאחר הכנסת המחסניות למכשיר, סגור את דלת המכשיר ולחץ על כפתור אישור.פרווה פלזמה ובאפי מופרדים באופן אוטומטי מדם שלם, אשר לוקח בערך 30 דקות. לאחר הפרדת הפלזמה ומעיל הבאפי, תופיע הודעה על המסך מלווה בצליל אזעקה. עצור את האזעקה על-ידי פתיחת הדלת או לחיצה על לחצן העצירה.פתח את הדלת. הסר את המחסנית והנח אותה על השולחן. לשחזר שלושה מיליליטר של פלזמה מן מוצא פלזמה באמצעות קצה פיפטה של מיליליטר אחד.לאחר מכן, החזירו שלושה מיליליטרים של ציפוי באפי משקע מעיל באפי באמצעות קצה פיפטה של מיליליטר אחד. לאחר מכן, טען את מחסנית LBx 2 על ידי בחירת שם המחסנית בלוח מסך המגע של המכשיר. לחץ על לחצן החץ כדי לשנות את מספר הדוגמאות ובצע את אותו הליך המוצג עבור מחסנית LBx 1 כדי להכניס את המחסנית למחזיק המחסנית.לאחר הכנסת המחסנית וסגירת הדלת, לחץ על לחצן ההפעלה במסך לוח המגע. בצע את ההליך שהוצג קודם לכן כדי להסיר את המחסנית הסגורה באמצעות שסתום ממחזיק המחסנית ולהניח אותה על השולחן. פיפטה את תמיסת גרדיאנט הצפיפות באמצעות פיפטה סרולוגית.הכנס את קצה הפיפטה עמוק לתוך הכניסה של המחסנית ולהזריק לאט את התמיסה. לאחר מכן, פיפטה את כל דגימת הדם ולהזריק אותה באיטיות לתוך פתח הדגימה. לאחר הכנסה ואבטחה של המחסנית, סגור את הדלת ולחץ על כפתור אישור.לאחר שהפלזמה וה- PBMC מופרדים באופן אוטומטי מדם שלם, תופיע הודעה המלווה בצליל אזעקה. פתח את הדלת והסר את המחסנית. לשחזר שלושה מיליליטר של פלזמה מן מוצא פלזמה באמצעות קצה פיפטה של מיליליטר אחד, ולאחר מכן, לשחזר שלושה מיליליטר של PBMC מן מוצא PBMC.באופן דומה, עבור מחסנית FAST-auto, לאחר הסרת המחסנית הסגורה בשסתום ממחזיק המחסנית, הזרקת שישה מיליליטר של פתרון PBS לכניסת PBS של המחסנית. לאחר מכן, פיפטה שלושה מיליליטר של דם שלם או מעיל באפי שהתקבלו LBx 1, או דגימת PBMC המתקבלת LBx 2, ולאט לאט להזריק את הדגימה לתוך פתח הדגימה של המחסנית. לאחר הכנסת המחסנית ואבטחתה, סגור את הדלת ולחץ על כפתור אישור.לאחר השלמת ההעשרה האוטומטית של CTCs, הפסק את האזעקה. הסר את המחסנית והכנס את מסיר הלוח האחורי, או BPR, לארבעת החורים בחזית המחסנית. לחץ על הכנף הכחולה כהה עם האגודלים של שתי הידיים ולאחר מכן, לחץ על הגוף הכחול בהיר עד שהוא לוחץ.הסר בזהירות את גוף המחסנית על ידי הרמתו. בעדינות רבה, להרים את קרום המסנן על ידי הקצה באמצעות פינצטה, ומניחים את הממברנה לתוך צינור 1.5 מיליליטר להכנת חומצת גרעין, או על זכוכית שקופית עבור מכתים. במידת הצורך, לשחזר את הדם מסונן לשקע הדם באמצעות קצה פיפטה של מיליליטר אחד.ה-cfDNAs שחולצו הוערכו באמצעות Bioanalyzer, וקלטות מסך cfDNA שימשו יחד עם סולם אלקטרוני. הקו הירוק שימש ליישור הסולם והמדגם. סימני המשולש מציינים את רצועת הדנ"א.לרוב cfDNA יש אורך של 166 זוגות בסיסים וחלקם קיימים בכפולות שלמות של אורך. בדרך כלל, הריכוז של cfDNA מודד עד גודל של 50 עד 700 זוגות בסיסים. למרות שיש הבדל בכמות המתקבלת מכל דגימה בודדת, כגון 8.47 ננוגרם למיליליטר, ו-5.2 ננוגרם למיליליטר, התוצאות של מיצוי cfDNA היו טובות הן לריכוז והן לחלוקת הגודל בכל המקרים.תוצאות אלה מצביעות על כך ששיטת LBx 1 מפרידה במדויק בין פלזמה המכילה cfDNA. ב-FAST-auto, הממברנה הוסרה והוכתמה בנוגדנים פלואורסצנטיים כדי לזהות CTCs ותאי דם לבנים. הממברנה המוכתמת, שהונחה על שקופיות זכוכית, נצפתה תחת מיקרוסקופ פלואורסצנטי.לאחר צביעת הממברנה, תאים מראים DAPI או אותות חיוביים גרעיניים בכחול, בעוד EpCAM ו- CK או CTCs חיוביים מודגשים בירוק, ו- CD45 או WBC חיובי מודגשים באדום. זה לא קשה להסיר את הממברנה. עם זאת, יש צורך להיזהר על אובדן וזיהום של CTCs.דם שלם, PBMC ומעיל באפי זמינים כולם. במקום זאת, אתה רק צריך להגדיר את עוצמת הקול כולה. ניתן להשתמש גם בנוזלים אחרים, אם כי יידרשו בדיקות.טכניקה זו יכולה להיות מופעלת ישירות בבתי חולים ואת החומר ניתן להשיג במהירות.

automatic-separation-collection-cancer-related-substances-from

Research

JoVE Journal

Cancer Research

מחקר סרטן

בתאי הגידול במחזור מבודדים מהדם של חולי סרטן ללא גרימת נזק לתאים. בידוד של תאים סרטניים נעשה באמצעות משטח bimolecular של selectin-E בנוסף נוגדנים כנגד סמנים אפיתל. ציפוי Nanotube במיוחד מקדם תאים סרטניים וכתוצאה מכך הידבקות purities ללכוד גבוהה.

בידוד מהיר של נספח אווירי בתאי הגידול במחזור של דגימות דם החולה

תאי גידול במחזור (CTCs) הם פרוגנוסטיים במספר סוגי הסרטן גרורתי. כתב יד זה מתאר את מערכת הזהב סטנדרטית CellSearch (CSS) פלטפורמת ספירת CTC ומדגיש שגיאות סיווג מוטעות נפוצות. בנוסף, שני פרוטוקולים מותאמים מתוארים לאפיון סמן מוגדר על ידי משתמש של ספירת CTCs וCTC בעכברי מודל פרה של גרורות שימוש בטכנולוגיה זו.

עיבוד של semiautomated מחזור תא גידול מבחני (CTC) ליישומים קליניים ומחקר הקליני

ניתוחים מעמיקים של פרוטאומים של תאים סרטניים מקלים על זיהוי מטרות תרופות חדשות וסמנים ביולוגיים אבחוניים. אנו מתארים זרימת עבודה ניסויית לניתוח כמותי של פרוטאומים (פוספו-) בתת-אוכלוסיות של תאים סרטניים שמקורם בגידולים נוזליים ומוצקים. זה מושג על ידי שילוב של אסטרטגיות העשרה תאיות עם ספקטרומטריית מסה כמותית מבוססת Super-SILAC.

Mass כמותי spectrometric פרופיל של Proteomes סרטן התאים נגזרים מנוזלים וגידולים מוצקים

גידולים עוריים נמחקים לעתים קרובות לאחר ניתוח microsraphic Mohs. פרוטוקול מתואר כאן המאפשר לצוות התמיכה הקלינית לעבד ולאחסן באופן יעיל גידול סרטני ( כגון קרצינומה של תאי קשקש , קרצינומה של תאי בסיס ומלנומה) עבור יישומים במעבדה במורד הזרם מבלי להפריע לפעולות קליניות.

הקמת מאגר ביולוגי המבוסס על מרפאה

האפיון של מחזורי תאים סרטניים (CTCs) הוא נושא פופולרי במחקר טרנסלtional. פרוטוקול זה מתאר את הטיפול באופן אוטומטי למחצה החיסונית (IF) לאפיון PD-L1 וספירה של CTCs בסרטן ריאות תאים שאינם קטנים (NSCLC) מטופלים דגימות.

Semi-אוטומטי PD-L1 אפיון וספירה של תאים סרטניים במחזור בין שאינם קטנים תאים סרטן ריאות חולים על ידי Immunofluorescence

כתב היד מציג באתר דגימה של גידולים במוח האנושי עם מיקרו-ארכה שלב מוצק ואחריו פרופיל ביוכימי שלהם לקראת גילוי סמנים ביולוגיים.

באתר דגימה וחילוץ של גידולים במוח עבור מטבולומיקה וניתוח Lipidomics

ביובנקים הם משאבים חיוניים למחקר ביו-רפואי והיחידה לרפואה תרגומית ודיגיטלית במכון האירופי לאונקולוגיה היא מודל בתחום זה. כאן אנו מספקים תיאור מפורט של נהלי ההפעלה הסטנדרטיים של ביו-בנקים לניהול סוגים שונים של דגימות ביולוגיות אנושיות.

ביובנק לרפואה תרגומית: נהלי הפעלה סטנדרטיים לניהול דגימות אופטימלי

הביופסיה הנוזלית חוללה מהפכה בגישה שלנו למחקרים תרגומיים אונקולוגיים, כאשר איסוף הדגימות, האיכות והאחסון היוו שלבים מכריעים ליישום הקליני המוצלח שלה. כאן אנו מתארים פרוטוקול מתוקנן ומאומת ליישומי דנ"א ללא מחזור במורד הזרם, שניתן ליישם ברוב מעבדות המחקר התרגומיות.

פרוטוקול קדם-אנליטי של ביופסיה נוזלית סטנדרטית ליישומי דנ"א ללא מחזור במורד הזרם

השבב המיקרופלואידי הקליני הוא טכניקת ניתוח ביו-רפואית חשובה המפשטת עיבוד מקדים של דגימות דם קליניות של מטופלים ומכתימה באופן אימונופלואורסצנטי תאי גידול במחזור הדם (CTCs) באתרם על השבב, ומאפשרת זיהוי וזיהוי מהירים של CTC יחיד.

פלטפורמת שבבים מיקרופלואידית קלינית לבידוד תאי גידול רב-תכליתיים במחזור הדם

פרוטוקול זה מאחד את ניתוח SDS-PAGE לפרופיל קורונה חלבוני מותאם אישית על ננו-חלקיקים, ומאפשר גילוי שכפול, ניתן להרחבה ובעלות נמוכה של חתימות ספציפיות לסרטן. התוכנית נועדה לאבחון מוקדם של אדנוקרצינומה בצינור הלבלב, ומציעה אלטרנטיבה מעשית, המותאמת ל-REASWARDED, לשיטות פרוטאומיות מורכבות הן במחקר והן בקליניות.

תהליך עבודה סטנדרטי של SDS-PAGE לפרופיל קורונה של חלבונים מותאם אישית בגילוי סרטן מוקדם

למדו פרוטוקול אוטומטי להפרדת DNA חופשי ותאי גידול מסתובבים מדם שלם. שיטה זו ממזערת זיהום ומאפשרת איסוף חומרים הקשורים לסרטן בטוהר גבוה למחקר גנומי של סרטן.

הפרדה ואיסוף אוטומטיים של חומרים הקשורים לסרטן מדגימות קליניות

גלה סרטונים נוספים